第一 蛋白質(zhì)組與臨床蛋白質(zhì)組學(xué).ppt

1、蛋白質(zhì)組學(xué)Proteomics,碩士生學(xué)位課程：,總學(xué)時數(shù)：36 教學(xué)目的和要求 1. 掌握蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué)的基本概念，基本理論與基本方法。 2. 熟悉蛋白質(zhì)組研究的關(guān)鍵技術(shù)。 3. 熟悉利用蛋白質(zhì)組研究策略設(shè)計研究課題的基本思路。 4. 培養(yǎng)開展臨床蛋白質(zhì)組學(xué)與疾病蛋白質(zhì)組學(xué)研究的基礎(chǔ)能力。,按照課程的總體要求，將課程分為12個專題進(jìn)行講授：,1、蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學(xué) 2、蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的樣品制備與分離技術(shù) 3、生物質(zhì)譜 4、蛋白質(zhì)研究的其它方法（1） 5、蛋白質(zhì)研究的其它方法（2） 6、臨床蛋白質(zhì)組學(xué)與疾病蛋白組學(xué) 7、藥物蛋白質(zhì)組學(xué)及其臨床應(yīng)用,8、血漿/血清蛋白質(zhì)組學(xué)和體液蛋白質(zhì)

2、組學(xué) 9、亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)及研究進(jìn)展 10、心血管系統(tǒng)與消化系統(tǒng)疾病蛋白質(zhì)組學(xué) 11、神經(jīng)系統(tǒng)蛋白質(zhì)組學(xué) 12、臨床腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué),授課教師,第1講: 邱宗蔭 教授 第2講: 顏玉蓉 副教授 第3講: 母昭德 副教授 第4講: 周 蘭 教授 第5講: 張雪梅 教授 第6講: 馮 濤 教授,第7講: 張雪梅 教授 第8講: 何於娟 副教授 第9講: 顏玉蓉 副教授 第10講: 馮 濤教授 第11講: 周 蘭教授 第12講: 周 蘭教授,參考教材與文獻(xiàn),主要參考教材： 邱宗蔭，尹一兵 等 編著，臨床蛋白質(zhì)組學(xué)?？茖W(xué)出版社，2008.4。 其它參考教材： 1、R.J.Simpson. Protein

3、s and Proteomics : A Laboratory Manual.（影印版）?？茖W(xué)出版社，2003。,2、R.J.Simpson. Purifying Proteins for Proteomics. （影印版）?？茖W(xué)出版社，2004。 3、夏其昌 曾 嶸 等編著。蛋白質(zhì)化學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)。科學(xué)出版社，2004。 4、陳主初 肖志強(qiáng) 主編。疾病蛋白質(zhì)組學(xué)?；瘜W(xué)工業(yè)出版社，2006。,主要參考雜志,1、Proteomics(WILEY-VCH Verlag GmbH GPI, glycosylphosphatidylinositol; Me, methyl group; P, phos

4、phoryl group; Ub, ubiquitin.,蛋白質(zhì)的糖基化是低聚糖以糖苷的形式與蛋白上特定的氨基酸殘基共價結(jié)合的過程。,Glycosylation：Carbohydrates added to basic protein structure,Folded protein structure (schematic),葡萄糖（Glc）,甘露糖（Man）,半乳糖（Gal）,N-乙酰葡糖胺（GlcNAC）,唾液酸，泛指的（Sia）,泛素與泛素化,以色列科學(xué)家阿龍切哈諾沃(Aaron Ciechanover, 1947-) 、阿夫拉姆赫什科（Avram Hershko, 1937-）和美國

5、科學(xué)家歐文羅斯（Irwin Rose, 1926-）因在“泛素調(diào)節(jié)的蛋白質(zhì)降解”方面的出色研究而獲得2004年諾貝爾化學(xué)獎。 這三位科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，一種被稱為泛素的多肽在需要能量的蛋白質(zhì)降解過程中扮演著重要角色。這種多肽由76個氨基酸組成，它最初是從小牛的胰臟中分離出來的。它就像標(biāo)簽一樣，被貼上標(biāo)簽的蛋白質(zhì)就會被運(yùn)送到細(xì)胞內(nèi)的“垃圾處理廠”，在那里被降解。,泛素與泛素化,泛素: 泛素（Ubiquitin）是由76個氨基酸組成的高度保守的多肽鏈,因其廣泛分布于各類細(xì)胞而得名。 泛素化:泛素共價地結(jié)合于底物蛋白質(zhì)的賴氨酸殘基，被泛素標(biāo)記的蛋白質(zhì)將被特異性地識別并迅速降解，泛素的這種標(biāo)記作用是非底物特異

6、性的。泛素化是細(xì)胞維持對那些受組成型調(diào)節(jié)和環(huán)境刺激產(chǎn)生的蛋白質(zhì)水平的基本調(diào)節(jié)方式。 泛素-蛋白酶體途徑: 是真核細(xì)胞內(nèi)重要的蛋白質(zhì)質(zhì)控系統(tǒng)，參與調(diào)節(jié)細(xì)胞周期進(jìn)程，細(xì)胞增生與分化，以及信號傳導(dǎo)等多種細(xì)胞生理過程，因此細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)泛素化降解是蛋白質(zhì)重要的轉(zhuǎn)錄后修飾方式之一。,Ubiquitin: Proteins are usually tagged for selective destruction in proteolytic complexes called proteasomes by covalent attachment of ubiquitin, a small, compact,

7、highly conserved protein.,An isopeptide bond links the terminal carboxyl of ubiquitin to the -amino group of a lysine residue of a condemned protein.,Ubiquitin Isopeptide Bond,Target protein,Target lysine e-amino group,Ub carboxy terminus,Ubiquitination,大量研究證實(shí)，這種泛素調(diào)節(jié)的蛋白質(zhì)降解過程在生物體中的作用非常重要。通常有30新合成的蛋白質(zhì)

8、通過泛素化被銷毀。因此，可以認(rèn)為，泛素化是一個把關(guān)的過程，如果它把關(guān)不嚴(yán)，就會使一些不合格的蛋白質(zhì)蒙混過關(guān)；如果把關(guān)過嚴(yán)，又會使合格的蛋白質(zhì)供不應(yīng)求。這都容易使生物體出現(xiàn)一系列問題。比如，P53蛋白質(zhì)可以抑制細(xì)胞發(fā)生癌變，但如果對P53蛋白質(zhì)的生產(chǎn)把關(guān)不嚴(yán)，就會導(dǎo)致人體抑制細(xì)胞癌變的能力下降，誘發(fā)癌癥。 泛素調(diào)節(jié)的蛋白質(zhì)降解在生物體中如此重要，因而對它的開創(chuàng)性研究也就具有了特殊意義。目前，在世界各地的很多實(shí)驗(yàn)室中，科學(xué)家不斷發(fā)現(xiàn)和研究與這一降解過程相關(guān)的細(xì)胞新功能。這些研究對進(jìn)一步揭示生物的奧秘，以及探索一些疾病的發(fā)生機(jī)理和治療手段具有重要意義。,泛素化過程(死亡之吻),Phosphoryla

9、tion,磷酸化是通過蛋白質(zhì)磷酸化激酶將ATP的磷酸基轉(zhuǎn)移到蛋白的特定位點(diǎn)上的過程。大部分細(xì)胞過程實(shí)際上是被可逆的蛋白磷酸化所調(diào)控的, 至少有30%的蛋白被磷酸化修飾。 磷酸化的作用位點(diǎn)為蛋白上的Ser, Thr, Tyr殘基。在磷酸化調(diào)節(jié)過程中酶，細(xì)胞的形態(tài)和功能都發(fā)生改變。 可逆的磷酸化過程幾乎涉及所有的生理及病理過程，如細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、腫瘤發(fā)生、新陳代謝、神經(jīng)活動、肌肉收縮以及細(xì)胞的增殖、發(fā)育和分化等。,Acetylation,乙酰化也是細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)翻譯后修飾的一種重要形式。組蛋白等許多蛋白都可以發(fā)生乙?；?Palmitoylation棕櫚?；?十六(烷)?；?,蛋白質(zhì)棕櫚?；堑鞍踪|(zhì)翻

10、譯后脂質(zhì)共價修飾的一種重要形式, 對象主要是胞質(zhì)蛋白質(zhì)。對蛋白質(zhì)功能產(chǎn)生多重影響。,磷酸化,棕櫚?；?糖基化,損傷,損傷,泛素化,泛素化,Approximately 200 different types of posttranslational modifications have been reported.,The life cycle of a protein,Factoren die bijdragen aan de complexiteit van het proteoom,Alternatieve splicing -/+ + +,multi- domein eiwitten +

11、 + +,Fosforylering,Glycosylering,Acetylering,Carboxylering,Sulfatering,Proteolytische,Klieving,Myristoylering,ADP-ribosylering,Ubiquitinering,Proteome complexity,30 000多個基因,120 000種可能的mRNA,24 000 000種可能的蛋白質(zhì)同型異構(gòu)體 (protein isoforms),預(yù)計有2 000 000種行使功能的蛋白質(zhì),46種可變剪切形式,200種的翻譯后修飾(PTM)方式,預(yù)計的基因組與蛋白質(zhì)組的數(shù)量關(guān)系,蛋白

12、質(zhì)組與基因組的重要差別之二：時空性,在測定基因組的DNA序列時不需要考慮時空的影響。在蛋白質(zhì)組的研究中，時間和空間的影響都是不可忽略的。 1. 在個體發(fā)育的不同階段或細(xì)胞的不同活動時期，細(xì)胞內(nèi)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)種類是不一樣的。 2. 不同蛋白質(zhì)的壽命也不一樣。有些蛋白質(zhì)在合成后成為細(xì)胞的結(jié)構(gòu)成分，相當(dāng)穩(wěn)定；而有些蛋白質(zhì)在產(chǎn)生后被用來進(jìn)行某種細(xì)胞活動，比如基因轉(zhuǎn)錄的調(diào)控，工作一旦完成就被迅速降解。,3. 不同的蛋白質(zhì)通常分布在細(xì)胞的不同部位，它們的功能與其空間定位密切相關(guān)。要想真正了解蛋白質(zhì)的功能，通常還需要知道蛋白質(zhì)所處的空間位置。 4.更為重要的是，許多蛋白質(zhì)在細(xì)胞里不是靜止不動的，它們在細(xì)胞里常

13、常通過在不同亞細(xì)胞環(huán)境里的運(yùn)動發(fā)揮作用。例如細(xì)胞周期的調(diào)控過程、細(xì)胞的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控，都依賴于蛋白質(zhì)空間位置的變化和運(yùn)動。 因此，在進(jìn)行蛋白質(zhì)組分析時，需要把時間和空間作為重要的參數(shù)。,/cells/animals/animalmodel.html,蛋白質(zhì)間主要以相互作用的形式參與生命活動。也許可以說，不與其他蛋白質(zhì)發(fā)生作用的“孤立蛋白質(zhì)”根本就不存在。 蛋白質(zhì)之間的相互作用大致有三類 一、與生命活動相關(guān)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)； 二、結(jié)構(gòu)型或功能型蛋白質(zhì)復(fù)合體的形成，包括：多亞基蛋白質(zhì)、多成分的蛋白質(zhì)復(fù)合物等； 三、控制著重要細(xì)胞內(nèi)活動的、

14、瞬時的蛋白質(zhì)相互作用。,蛋白質(zhì)組與基因組的重要差別之三：相互作用,Anne-Claude Gavin, et al. Nature, 2002, Vol. 415, p141-147,Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes,The protein complex network, and grouping of connected complexes.,作者提出,真核生物蛋白質(zhì)組是一個多蛋白復(fù)合體網(wǎng)絡(luò). 圖中不同的彩色代表不同的多蛋白復(fù)合體,如:細(xì)胞周期;

15、信號傳導(dǎo);轉(zhuǎn)錄;DNA保持;染色體結(jié)構(gòu);蛋白質(zhì)和RNA運(yùn)輸;RNA代謝;蛋白質(zhì)合成;能量代謝;膜生物合成等.,英國、德國及丹麥科學(xué)家近日研究表明，人類和果蠅等簡單有機(jī)體的巨大差別不在于基因數(shù)，而在于他們體內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用（protein interactions）的數(shù)量。研究人員將人體內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用的總數(shù)稱作“人類相互作用組”（human interactome），意在與人類基因組相比較。 在最新的研究中，英國倫敦帝國理工學(xué)院生命科學(xué)系的Michael Stumpf和同事設(shè)計了一種新穎的數(shù)學(xué)工具，結(jié)合相關(guān)數(shù)據(jù)能夠估計出一個有機(jī)體蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的尺寸。 結(jié)果顯示，人體內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)量

16、大約為65萬，是果蠅的10倍，是單細(xì)胞酵母等的20倍。這與之前基因數(shù)的比較結(jié)果相差巨大人類的基因數(shù)與果蠅的基因數(shù)相比，二者相差不到2倍。 Stumpf說：“僅僅了解人類基因組肯定不足以解釋我們與其它物種的差別。我們的研究表明，蛋白質(zhì)相互作用應(yīng)該是一把開啟生物體之間差別程度原因之鎖的鑰匙?！?人體內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)量Michael P.H.Stumpf, et al. Estimating the size of the human interactome. PNAS, 2008, 105: 6959-6964,蛋白質(zhì)相互作用的網(wǎng)絡(luò)圖譜,德國海德堡的科學(xué)家Erich E. Wanker等為系統(tǒng)

17、檢測人類蛋白質(zhì)間相互作用，選擇了4 456個誘餌蛋白和5 632個獵物蛋白，采用酵母雙雜交方法進(jìn)行研究。結(jié)果，在1 705種蛋白質(zhì)間之間確定了3186種新的相互作用關(guān)系。采用免疫共沉淀和Pull-down技術(shù)驗(yàn)證了這一結(jié)果。通過拓?fù)鋵W(xué)等評價，至少確認(rèn)了401種蛋白質(zhì)間有911種相互作用聯(lián)系。 進(jìn)一步研究這些蛋白質(zhì)間相互作用與人類疾病的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)了至少兩個新的與Axin-1相互作用的蛋白質(zhì)ANP32A和CRMP1能夠調(diào)節(jié)Wnt信號通路，從而影響發(fā)育，腫瘤等。雖然這僅僅篩選了這兩個新蛋白，但可以肯定的是，這一研究成果中包含有大量的重要信息有待更深入地發(fā)掘。,Erich E. Wanker et a

18、l. A Human Protein-Protein Interaction Network: A Resource for Annotating the Proteome. Cell, 2005(122): 957968,蛋白質(zhì)相互作用的重要意義,200種蛋白質(zhì)及2000種組合結(jié)構(gòu)進(jìn)行解析后，發(fā)現(xiàn)其中三分之一的蛋白質(zhì)相互組合會導(dǎo)致疾病，容易導(dǎo)致疾病的蛋白質(zhì)和其它蛋白質(zhì)結(jié)合以后也將變得十分活躍，致使發(fā)病和病情惡化。 絕大多數(shù)疾病都是由10萬種以上的特定蛋白質(zhì)相互作用所致。 蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用和識別在諸如生物催化、轉(zhuǎn)運(yùn)、信號傳導(dǎo)、免疫、細(xì)胞調(diào)控等多種生命過程起著重要的作用。,可以說，蛋白質(zhì)間的

19、相互作用、相互協(xié)調(diào)是細(xì)胞進(jìn)行一切代謝活動的基礎(chǔ),蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用控制著生命的各個過程，決定著幾乎所有的生物功能，是整個生命結(jié)構(gòu)和生命活動的基礎(chǔ)和重要特征之一。 細(xì)胞各種重要的生理過程，包括信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞對外界環(huán)境及內(nèi)環(huán)境變化的反應(yīng)等，都是以蛋白質(zhì)間相互作用為紐帶，并形成網(wǎng)絡(luò)。 高等動物基因組已有的研究結(jié)果也表明，調(diào)節(jié)生物體復(fù)雜性的不是基因數(shù)量的增加，而是基于更為復(fù)雜的蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)間發(fā)生的相互作用。,蛋白質(zhì)之間的相互作用不限于過去認(rèn)識到的連鎖反應(yīng)或級聯(lián)反應(yīng)，它是一個復(fù)雜交錯和具有精密調(diào)控的反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)， 因此，要了解細(xì)胞的功能，必須從孤立情況下和與別的蛋白質(zhì)相互作用情況下這兩個層面來認(rèn)識蛋白

20、質(zhì)的功能。相對來說，基因之間并不發(fā)生這種直接的相互作用。,Proteomics- The Study of the Proteome,Genomics Sequence,mRNA,Protein Product,Functional protein,Transcriptional control,Translational control,Post-translational control,mRNA stability mRNA secondary structure,protein processing protein modification protein stability prot

21、ein complex formation,(Levels of Control),、蛋白質(zhì)組學(xué)的研究策略與研究模式,提取的樣品蛋白質(zhì)或多肽,Bottom Up策略,Top Down 策略,蛋白質(zhì)分離,高分辨MS/MS 質(zhì)譜鑒定, 序列分析,雙向電泳分離,電泳策略,酶解得到肽混合物,質(zhì)譜測定肽質(zhì)量指紋譜（MALDI-MS,ESI-MS),利用質(zhì)譜分析數(shù)據(jù), 以分析軟件通過互聯(lián)網(wǎng)上的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫搜索目標(biāo)蛋白質(zhì),Shotgun策略,酶解得到肽混合物,多維色譜分離,MS/MS質(zhì)譜鑒定, 序列分析,MS分析,m/z 譜 比較分析,蛋白質(zhì)功能分析(western blot、免疫組織化學(xué)、激光共聚焦顯微技

22、術(shù)、分子生物學(xué)技術(shù)),/ilab/fallbiosem/documents/2380/home/leduc-090205.ppt,Top-down versus bottom-up proteomics,Top-down Advantages Complete protein sequence access PTM location No protein digestion required Disadvantages MS equipments are expensive to purchase and operate Does not

23、work well for large proteins (50kDa) Limitation in coupling with online separations Protein fragmentation poorly understood,Bottom-up Advantages More mature technique Can be fully automated Feasible for complicated samples Quantification Disadvantages Partial sequence coverage Loss of information of

24、 PTMs Loss of information about low-abundance proteins,蛋白質(zhì)組學(xué)通常分為4種研究模式,1、完全蛋白質(zhì)組學(xué)，是檢測特定細(xì)胞或組織內(nèi)所有蛋白質(zhì)組成、定位、理化參數(shù)等； 2、功能蛋白質(zhì)學(xué)，研究與某一功能相關(guān)的所有蛋白質(zhì)； 3、修飾蛋白質(zhì)組學(xué)，研究蛋白質(zhì)修飾，如甲基化、磷酸化、泛素化等； 4、比較蛋白質(zhì)組學(xué)（差異蛋白質(zhì)組學(xué)），通過比較分析不同狀態(tài)下細(xì)胞或組織蛋白質(zhì)表達(dá)圖譜，著重研究不同生物體在不同時刻或狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達(dá)的變化情況，發(fā)現(xiàn)與特定生理病理狀態(tài)密切相關(guān)的差異表達(dá)蛋白，從而闡明特定生理病理狀態(tài)產(chǎn)生的本質(zhì)規(guī)律。,Pandey A , Mann

25、 M. Proteomics to study genes and genomes. Nature ,2000 ,405(6788) :837 - 846.,比較蛋白質(zhì)組學(xué),比較蛋白質(zhì)組學(xué)（Comparative Proteomics）針對不同空間、不同時間上動態(tài)變化著的蛋白質(zhì)組的整體進(jìn)行比較，分析不同蛋白質(zhì)組之間在表達(dá)數(shù)量、表達(dá)水平和修飾狀態(tài)上的差異，可以發(fā)現(xiàn)與病變相關(guān)的特異蛋白質(zhì)。 Comparative Proteomics：Study the proteomic changes in different states by identifying differentially expr

26、essed proteins and their modification,Comparative Proteomics,Purposes：Therapeutic target discovery Diagnostic/prognostic marker development Mechanistic study,空間上的差異,時間上的差異,N,D,N,D,N,D,0,1000,994.5,245.9,228.9,186.9,175.1,171.3,159.0,44.0,69.9,比較蛋白質(zhì)組學(xué)的研究模式,starting tissue,sample points,2-DE map,diffe

27、rentially expressed spots,peptide MS and MS-MS,protein sequence,metabolic drug targets,N,D,Mass spectrometry,比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究具有的優(yōu)勢：,1、在技術(shù)上有更高的可實(shí)現(xiàn)性，目前的研究技術(shù)還難以把細(xì)胞內(nèi)所有的蛋白質(zhì)展現(xiàn)出來； 2、可以反映蛋白質(zhì)的動態(tài)本質(zhì)； 3、具有廣泛和明確的應(yīng)用前景，如疾病生物標(biāo)記物的研究等。,目前蛋白質(zhì)組研究中的主流技術(shù),Proteome Separation 1 DE 2 DE Multi-dimensional HPLC,Bio mass Spectrometry

28、 MALDI TOF MS ESI MS Hybrid MS/MS,Bioinformatics Databases Tools and Softwares,二維電泳圖譜所傳達(dá)的信息,蛋白質(zhì)的分布范圍(偏酸性或偏堿性) 表達(dá)蛋白質(zhì)的可能個數(shù)(凝膠點(diǎn)的數(shù)目) 蛋白質(zhì)的的大概相對分子量 蛋白質(zhì)的的大概相對等電點(diǎn) 蛋白質(zhì)相對表達(dá)豐度(點(diǎn)的灰度值) 但是，通過二維電泳分離不能得到完整的功能蛋白質(zhì)，得到的是構(gòu)成蛋白質(zhì)的各個亞基。,pI 4.010.0,200 kDa,人血漿中低豐度蛋白質(zhì)組的 二維電泳圖譜,Standard Method for Complex Peptide Mixture Analy

29、sis,質(zhì)譜分析法(mass spectrometry, MS),是將化合物形成離子和碎片離子，按質(zhì)荷比（m/z）的不同進(jìn)行分離，來進(jìn)行成分和結(jié)構(gòu)分析的方法。 質(zhì)譜分析中，多種離子化技術(shù)均可使物質(zhì)分子失去外層價電子形成分子離子（molecular ion，M+），分子離子中的化學(xué)鍵還可以繼續(xù)發(fā)生某些有規(guī)律的斷裂而形成不同質(zhì)量的碎片離子（fragment ion）：,M M+ + 碎片離子 + 中性分子,質(zhì)譜儀的構(gòu)成,質(zhì)量分析器,檢測器,計算機(jī) 控制與 數(shù)據(jù)處理,樣品導(dǎo)入系統(tǒng),離子源,真空泵,I,m/z,質(zhì)譜圖 Mass spectrum,Inlet System,Ion sources,Mas

30、s analyzers,Detector,Data system,Vacuum Pumping system,GC-trap,僅適用于揮發(fā)性物質(zhì)的分析,MALDI-TOF MS + PSD,測定分子質(zhì)量, 提供某些結(jié)構(gòu)信息,Ion Trap MS,測定分子質(zhì)量, 提供詳細(xì)的結(jié)構(gòu)信息,Triple quadrupole LC/MS,定量分析,從復(fù)雜系統(tǒng)中 提取質(zhì)量,2-Sector,FT-ICR,從復(fù)雜系統(tǒng)中提取質(zhì)量 提供詳細(xì)的結(jié)構(gòu)信息,高,低,信息量（Information）,100K 200K 300K 400K 500K 600K,儀器價格（US￥）,LC MS IT TOF,LTQ Or

31、bitrap,Q TOF,TOF-TOF,生物信息學(xué)(Bioinformatics),在生命科學(xué)的研究中，以計算機(jī)為工具對生物信息進(jìn)行存儲、檢索和分析的一門交叉學(xué)科。通過對生物學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的獲取、加工、存儲、檢索與分析，進(jìn)而揭示數(shù)據(jù)所蘊(yùn)含的生物學(xué)意義。 生物信息學(xué)主要研究兩種信息載體(DNA分子,蛋白質(zhì)分子) 研究內(nèi)容： 基因組生物信息學(xué) 蛋白質(zhì)組生物信息學(xué) 代謝調(diào)控生物信息學(xué),Computational approaches to answer biological questions,生物信息學(xué)的基本架構(gòu),染色體,基因組圖譜,基因組數(shù)據(jù)庫,核酸,DNA序列,核酸序列數(shù)據(jù)庫,蛋白質(zhì)序列,蛋白質(zhì)

32、序列數(shù)據(jù)庫,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,蛋白質(zhì),基因組作圖,序列測定,結(jié)構(gòu)測定,生物信息學(xué) 數(shù)據(jù)庫工具,生物信息學(xué) 數(shù)據(jù)庫工具,二次數(shù)據(jù)庫；復(fù)合數(shù)據(jù)庫,自1993年起，Nucleic Acids Research 每年都會在第一期推出生物數(shù)據(jù)庫特刊，介紹上一年度的數(shù)據(jù)庫增加和更新情況。,全球蛋白資源數(shù)據(jù)庫UniProt,UniProt是目前為止收錄蛋白質(zhì)序列目錄最廣泛、功能注釋最全面的一個數(shù)據(jù)庫。 UniProt由歐洲生物信息學(xué)研究所（European Bioinformatics Institute）、美國蛋白質(zhì)信息資源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信