(2021年整理)幾款軟件構(gòu)建生物進(jìn)化樹的方法比較

1、幾款軟件構(gòu)建生物進(jìn)化樹的方法比較幾款軟件構(gòu)建生物進(jìn)化樹的方法比較 編輯整理：尊敬的讀者朋友們：這里是精品文檔編輯中心，本文檔內(nèi)容是由我和我的同事精心編輯整理后發(fā)布的，發(fā)布之前我們對文中內(nèi)容進(jìn)行仔細(xì)校對，但是難免會有疏漏的地方，但是任然希望（幾款軟件構(gòu)建生物進(jìn)化樹的方法比較）的內(nèi)容能夠給您的工作和學(xué)習(xí)帶來便利。同時也真誠的希望收到您的建議和反饋，這將是我們進(jìn)步的源泉，前進(jìn)的動力。本文可編輯可修改，如果覺得對您有幫助請收藏以便隨時查閱，最后祝您生活愉快 業(yè)績進(jìn)步，以下為幾款軟件構(gòu)建生物進(jìn)化樹的方法比較的全部內(nèi)容。生物進(jìn)化樹的構(gòu)建目 錄前言2一、 ncbi6二、 mega8三、 dnaman12四、

2、dnastar15五、 bio edit18前言1 背景資料進(jìn)化樹（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetie tree)進(jìn)化樹，用來表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹狀結(jié)構(gòu)圖.在進(jìn)化樹中，各個分類單元（物種）依據(jù)進(jìn)化關(guān)系的遠(yuǎn)近，被安放在樹狀圖表上的不同位置。所以，進(jìn)化樹簡單地表示生物的進(jìn)化歷程和親緣關(guān)系.已發(fā)展成為多學(xué)科(包括生命科學(xué)中的進(jìn)化論、遺傳學(xué)、分類學(xué)、分子生物學(xué)、生物化學(xué)、生物物理學(xué)和生態(tài)學(xué),又包括數(shù)學(xué)中的概率統(tǒng)計、圖論、計算機(jī)科學(xué)和群論）交叉形成的一個邊緣領(lǐng)域。歸納總結(jié)生物進(jìn)化的總趨勢有以下幾類：1 結(jié)構(gòu)上：由簡單到復(fù)雜2 生活環(huán)境上：由水生到陸生3 進(jìn)化水

3、平上：由低等到高等一般來說，進(jìn)化樹是一個二叉樹。它由很多的分支和節(jié)點構(gòu)成。根據(jù)位置的不同,進(jìn)化樹的節(jié)點分為外部節(jié)點和內(nèi)部節(jié)點，外部節(jié)點就是我們要進(jìn)行分類的分類單元(物種)。而物種之間的進(jìn)化關(guān)系則用節(jié)點之間的連線表示.內(nèi)部節(jié)點表示進(jìn)化事件發(fā)生的地方，或表示分類單元進(jìn)化的祖先。在同一個進(jìn)化樹中，分類單元的選擇應(yīng)當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)一致。進(jìn)化樹上不同節(jié)點之間的連線稱為分支,其中有一端與葉子節(jié)點相連的分支稱為外枝，不與葉子節(jié)點相連的分支稱為內(nèi)枝。進(jìn)化樹一般有兩種：有根樹和無根樹.有根樹有一個鮮明的特征,那就是它有一個唯一的根節(jié)點。這個根節(jié)點可以理解為所有其他節(jié)點的共同祖先。所以，有根樹能可以準(zhǔn)確地反映各個物種的進(jìn)化

4、順序，從根節(jié)點進(jìn)化到任何其他節(jié)點只有能有一條惟一的路徑。無根樹則不能直接給出根節(jié)點，無根樹只反映各個不同節(jié)點之間的進(jìn)化關(guān)系的遠(yuǎn)近，沒有物種如何進(jìn)化的過程。但是，我們可以在無根樹種指派根節(jié)點，從而找出各個物種的進(jìn)化路徑。無根樹有根樹放射樹分子進(jìn)化樹（以分子數(shù)據(jù)為依據(jù)構(gòu)建的進(jìn)化樹）不僅精確地反映物種間或群體間在進(jìn)化過程中發(fā)生的極微細(xì)的遺傳變異(小至一個氨基酸或一個核昔酸差異)，而且借助化石提供的大分子類群的分化年代能定量地估計出物種間或群體間的分化年代，這對進(jìn)化論的研究而言無疑是一場革命。序列比較是生物信息學(xué)中最頻繁也是最有價值的工作。要知道一個序列(結(jié)構(gòu)）與另一個序列(結(jié)構(gòu))或者與一批序列(結(jié)構(gòu)

5、）之間的差異，唯一的途徑就是序列（結(jié)構(gòu))的比較分析。序列水平上的比較反映的是字符串之間的差異，能夠發(fā)現(xiàn)堿基序列或者氨基酸序列的保守模式。但是,在分子生物學(xué)中,比較是多方面的，除了核酸或蛋白質(zhì)序列的比較，也可以是結(jié)構(gòu)的比較等.事實上，相差很大的序列可以形成具有相同功能的分子。而結(jié)構(gòu)水平上的比較更能反映功能上的差異，能夠發(fā)現(xiàn)與功能緊密相關(guān)的結(jié)構(gòu)域。結(jié)構(gòu)比較方面的工作都是圍繞蛋白質(zhì)及rna展開的.構(gòu)建進(jìn)化樹的方法包括兩種:一類是序列類似性比較，主要是基于氨基酸相對突變率矩陣（常用pam250）計算不同序列差異性積分作為它們的差異性量度(序列進(jìn)化樹）；另一類在難以通過序列比較構(gòu)建序列進(jìn)化樹的情況下，通

6、過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較包括剛體結(jié)構(gòu)疊合和多結(jié)構(gòu)特征比較等方法建立結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹.三種主要的建樹方法分別是 距離法（distance method）、最大節(jié)約法（maximum parsimony， mp)和最大似然法（maximum likelihood，ml）。2 同源性同源性（homology)是比較生物學(xué)中的一個中心概念。同源，最基本的意義就是具有共同祖先.一般來說，如果兩個物種中有兩個性狀滿足一下兩個條件中的任意一個，就可以稱這兩個性狀為一對同源狀。在分子進(jìn)化研究中，同源性一般是指兩個核酸分子的核苷酸序列或者兩種蛋白質(zhì)的氨基酸序列質(zhì)檢的相似程度.序列分析是最終測定同源性程度的方法。1 直系同源(

7、orthology） 可以反映物種血統(tǒng)上的同源性,即物種進(jìn)化的歷史2 并系同源（paralogy) 只反映基因進(jìn)化的歷史.3 異同源（xenology) 僅僅部分反映基因進(jìn)化歷史。4 多異同源（paraxenology） 與異同源的不同點在于主要基因組中它擁有的兩個或者更多的外源基因拷貝.5 部分同源（plerology)由許多不同功能部分組成，而一個基因的組成中包含其他基因的片段.1、 ncbi1 進(jìn)入ncbi standard nucleotide blast 標(biāo)準(zhǔn)界面，輸入要比對的序列、名稱，后blast2 比對后的結(jié)果分析1 血緣分類報告2 距離進(jìn)化樹分析結(jié)果根據(jù)實際情況適用tree method ，max seq difference ，sequnce label等信息2、 mega1 將基因序列，導(dǎo)入軟件中，比對比對完成后,查看進(jìn)化樹.首先顯示比對后文件到phylogenetic analysis查看比對結(jié)果顯示進(jìn)化樹查看進(jìn)化樹3、 dnaman插入序列，多序列比對比對后進(jìn)化樹分析，可以導(dǎo)出為clustal格式，可以用bioedit來查看四、dnastar比對前設(shè)置 殘基表打開dnastar下megalign軟件，將要分析的基因系列導(dǎo)入.比對基因