Pubmed檢索攻略.doc

1、pubmed簡介一、何為pubmed？pubmed是美國國立衛(wèi)生研究所（nih）下屬美國國立醫(yī)學圖書館（nlm）開發(fā)的因特網檢索系統(tǒng)，建立在國立生物醫(yī)學信息中心（ncbi）平臺上。pubmed主要提供基于web的medline數據庫檢索服務，其中包括醫(yī)學文獻的定購、全文在線閱讀的鏈接、專家信息的查詢、期刊檢索以及相關書籍的鏈接等。 二、pubmed與圖書館光盤版本的medline有何不同？pubmed與光盤版本medline的不同之處在于：由于互聯(lián)網的及時性，pubmed的更新速度快于光盤版，光盤版本的更新周期是3個月，而pubmed的更新周期是1天，pubmed包含了一些尚未收錄入光盤版me

2、dline的最新文獻信息，因此pubmed享有pre-medline的美譽。三、如何進入pubmed檢索系統(tǒng)？在瀏覽器地址欄中輸入網址：http://pubmed/四、pubmed主頁的基本組成？pubmed的檢索系統(tǒng)大致由三個板塊組成：頁面上方的檢索框和功能按鈕（limit、preview/index、history、clipboard、details）。在檢索框for后面的空格中輸入需要查詢的關鍵詞，點擊go會出現(xiàn)相關的文獻。每個功能按鈕的具體功能下面會逐項介紹。左面的導航條指向pubmed的一些其它功能板塊，如mesh browser、journa

3、l browser等。剩下的右下方大片空間便是顯示檢索結果的空間。五、pubmed的主要功能按鈕組成？pubmed的主要功能按鈕有五種：limit按鈕、preview/index按鈕、history按鈕、clipboard按鈕和details按鈕。六、limit 按鈕的主要功能？當點擊limit按鈕，將出現(xiàn)以下界面：各下拉框的基本作用如下：all field：下拉可選擇搜索的范圍，如作者名、關鍵詞等publication types:下拉可選擇所查文獻的類型，如臨床試驗、薈萃分析等ages:下拉可選擇所查文獻研究對象的不同年齡組entrez date:下拉可選擇所查文獻距離現(xiàn)在不同時間范圍pu

4、blication date:下拉可選擇限定所查文獻發(fā)表日期language:下拉可選擇所查文獻的語種human or animal:下拉可選擇所查文獻的研究對象：人或動物subset:下拉選擇不同的醫(yī)學網絡系統(tǒng)，可查詢特殊領域的文獻aids, toxicity七、preview/index按鈕的功能？點擊preview按鈕，可以預覽檢索的結果，此預覽功能使我們?yōu)g覽結果前，先知道查詢的結果數量，從而可估計是否有必要進一步修改檢索式以縮小或擴大檢索范圍，避免每次因傳輸大量的無用數據而浪費時間。 index按鈕的功能則使我們在輸入一個檢索詞之后知道這個檢索詞將導出多少篇文獻，同時其特有的允許多選的

5、機制也方便了我們進行復雜可以預覽結果的檢索。八、history按鈕的功能？點擊history按鈕將進入history頁面，該頁中記載了從瀏覽器打開至今所發(fā)生的全部檢索記錄。事實上，pubmed可保留檢索歷史一小時，即便你關機后1小時內再打開計算機并連接到pubmed上，歷史記錄仍然存在。歷史記錄同時也提供一種檢索手段。假設我們第一次輸入的檢索式是a，第二次輸入的是b，那么我們可以簡單地采用1 and 2這樣的寫法來表示a+b這兩個關按鈕詞的邏輯與運算關系。這種方式適用于復雜的有多個組成部分的檢索。此外，歷史記錄頁中也提供了clear history按鈕，用以人工清除歷史記錄。九、clipboa

6、rd按鈕的功能？利用結果頁面上的add to clipboard按鈕可以隨時將需要的文獻添加到剪貼板，而點擊clipboard按鈕則提供瀏覽剪貼板內容的鏈接。剪貼板（clipboard）是pubmed提供的一項服務，通過此按鈕可在多次檢索后，只選擇符合用戶需要的少數文獻，并將它們合并在一起進行打印或是定購，從而減少反復填寫表格的麻煩，和節(jié)省打印紙張。剪貼板中最多可以存放500條資料，數據和history一樣只能保存一小時。十、details按鈕的功能？點擊details按鈕，pubmed將顯示檢索的具體細節(jié)。 pubmed檢索完全攻略(1)第一章 進入pubmed魔法學校-pubmed 概述

7、有位退休的老教授不止一次的向我感嘆：你們現(xiàn)在真是幸福，我們那時候要查一篇相關的文獻，要到圖書館一本一本目錄去檢索。尤其是做一些別人不太做的課題時，要搜集幾篇有用的文獻，竟要花上3，4個月時間，而你們現(xiàn)在。趁他打頓的時候，我告訴他，快的話，可能只要3秒鐘。從他兩個厚厚的酒瓶底后面露出一絲羨慕的眼神。我可以想見他當時在一大堆期刊中埋頭查閱的情形，但對于現(xiàn)在的醫(yī)學工作者來說，我已經無法想像，如果我們失去pubmed，世界將會怎樣。盡管在因特網上，類似于pubmed的醫(yī)學文獻檢索系統(tǒng)并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，pubmed都首屈一指。還有非常重要的一點，正如它的名字

8、（pubmedpublic+medicine）所暗示的, pubmed是免費向公眾開放的。無論何時何地，你只要在瀏覽器地址欄中輸入：/pubmed/ 就可以立刻進入pubmed的界面并開始享受pubmed所給你帶來的無窮便利。 俗話說，喝水不忘掘井人。pubmed是美國國家醫(yī)學圖書館(nlm)所屬的國家生物技術信息中心(ncbi)開發(fā)的因特網生物醫(yī)學信息檢索系統(tǒng)，位于美國國立衛(wèi)生研究院（nih）的平臺上。有不少西方人有在飯前祈禱感恩的習慣，不知道我們是否也有必要每次使用pubmed前都感謝ncbi呢？pubmed覆蓋了全世界70多個國家430

9、0多種主要生物醫(yī)學期刊的摘要和部分全文。其覆蓋的時間段也非常長，早的可以追溯到20世紀60年代，通常而言，這已經足夠早了，很少有人會需要查閱在此之前的文獻。當然，研究生物醫(yī)學史的工作者可能是個例外。而最新的文獻幾乎就在此時此刻。與pubmed掛鉤的出版商會自動向pubmed提供最新的文獻摘要，而往往在這個時候文獻還沒有正式出版。所以盡管生物醫(yī)學的文章從被期刊接受到出版往往要好幾個月的時間，但借助于pubmed，我們仍舊可以隨時掌握最新的動向，從而大大有利于自己的臨床和研究工作。還有些出版商通過pubmed提供文獻的全文，有時甚至是免費的，這樣，我們就可以在pubmed上真正享受坐擁書城的感覺了

10、（關于如何獲取全文將在以后的章節(jié)中詳述）。 進入pubmed的主界面后， 首先映入我們眼簾的就是頁面上方的檢索框和功能鍵（如下圖）。 這是pubmed的核心部分。大部分工作，我們只要利用這一框五鍵（檢索框，limit鍵, preview/index鍵, history鍵，clipboard鍵和details鍵）即可完成。 在主界面的左側框（如左圖），有： journal browser 期刊瀏覽 mesh browser可以用它來分層流覽mesh表 single citation matcher輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻或整個期刊的內容。 batch citution matcher用

11、一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻。 clinical queries這一部分為臨床醫(yī)生設置，通過過濾的方式將搜索的文獻固定在4個范圍：治療、診斷、病原學與預后。 old pubmed (使用舊式的pubmed查詢方式)3) related resources order documents可以使用戶在當地得到文獻的全文， 但這是要收費的，至于如何免費獲得文獻全文，我將在后面的有關章節(jié)中詳述。 grateful med是對另一個nlm基于網絡的查詢系統(tǒng)的鏈接。grateful med也提供medline的接入，并且還有一些其他的數據庫如aidsline、histline等等。 con

12、sumer health提供與medlineplus的鏈接，medlineplus是與消費者健康信息相關的國家醫(yī)學圖書館的網絡節(jié)點。 clinical alerts此部分的目的是加快nih資助的臨床研究成果的發(fā)布。利用左側框的這些服務，我們不僅能夠進行功能更加強大的檢索，而且還能得到不少非常有用的服務。這些都將在后續(xù)章節(jié)中介紹?？傮w而言，pubmed的界面相當簡潔清晰，幾乎是傻瓜式的。然而傻瓜式的界面并不意味著傻瓜式的操作。我看到很多人用了幾年的pubmed，還是只知道在檢索框里輸入一個關鍵字，然后按一下go按鈕這樣一種單一原始的檢索方式。雖然有一半左右的情況，這樣的操作就足以得到令人滿意的信

13、息，但對于另一半情況，就沒有那么幸運了，要么你真正所需的信息湮沒在大量紛繁蕪雜的無用信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。 令人費解的是，很多醫(yī)務工作者寧可在每次檢索時都花上成倍的時間，卻不愿花上幾個小時的時間去認真研究一下pubmed。君欲善其事，必先利其器， pubmed就好像一把功能強大的槍，你決不能僅僅滿足于知道扣動扳機就可以發(fā)射子彈，更重要的是，你要知道如何利用準星瞄準，如何把這把槍的功能發(fā)揮到及至。在以后的章節(jié)中，我們將逐步深入地了解pubmed，相信通過這些章節(jié)的學習，我們可以真正熟練掌握pubmed，從而使自己的工作事半功倍。 第二章 pubmed簡單檢索技巧 一在這一

14、章里，我們將對如何應用pubmed這一得力助手檢索文獻，作以簡單介紹。1當你打開瀏覽器，在地址欄內鍵入/pubmed/ 或是http:/www.pubm/后，就進入了pubmed檢索系統(tǒng)主頁,可以見到如下的頁面。2在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內容的檢索框。 在檢索框中輸入查詢詞，然后單擊go按鈕或按回車鍵，pubmed將會自動開始檢索，并將檢索到的相關條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內容的數據庫范圍，除ncbi的數據庫以外，可供選擇的還有：protein, structure

15、, popset等等。說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實不然。每個人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅供讀者參考：明確你索要檢索的關鍵概念及詞語，即關鍵字；考慮到關鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞；通過限定dates, study group等，精煉你的檢索范圍；多向有經驗的人求教，因為不同的專業(yè)背景以及個人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。3通過布爾（boolean）運算來提高你的效率最常用的三種布爾運算即是and,or,和not。and提供的運算方式即不管所輸入的兩個關鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某

16、一處，就將其列出。而or則是將出現(xiàn)至少一個關鍵詞的文章列出，這種運算在想將相似主題的文章羅列在一起時，十分有效。not運算可以在你的檢索范圍內將某些不需要的部分除去。但是在使用的時候要特別注意，會有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當你的檢索詞為lead poisoning not children時，除了會刪除掉那些僅討論兒童的文章，同時也會刪去那些同時討論兒童及其他年齡組的文章。4pubmed檢索類型通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為：詞語（主題）檢索 這時我們在pubmed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點擊go， pubmed即使用其詞匯自動轉換功

17、能進行檢索，并將檢索結果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入vitamin c common cold后回車或點擊go， pubmed開始檢索并將檢索結果顯示出來。著者檢索 當我們所要查詢的是著作者時， 在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為：著者姓 空格 名字首字母縮寫，例如smith ja，然后回車或點擊go，系統(tǒng)會自動到著者字段去檢索，并顯示檢索結果?？麢z索 在檢索框中鍵入刊名全稱或medline形式的簡稱、issn號，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回車或點擊go,系統(tǒng)將在刊名字段檢

18、索，并顯示檢索結果。日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點擊go，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為yyyy/mm/dd；如：1999/09/08 也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞and jsubseta,如：neoplasm and jsubseta。可供檢索的期刊子庫有3種：abridged index medicus(有120種重要核心期刊)、dental和nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。檢索帶文摘的記錄 檢索的格

19、式為：檢索詞and has abstract, 如：liver cancer and has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其medline記錄中沒有文摘。布爾邏輯檢索 pubmed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運算符（and，or或not）。具體使用時要注意的問題，詳見上第3點所述。5如何處理檢索結果當你點擊go或回車后，pubmed將會自動運行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項目，并且在查詢框內保留原檢索詞。此時要注意的是符合檢索要求的項目是以summary（簡要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。在di

20、splay鍵后還可以選擇別的顯示格式，點擊display鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結果。如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點擊該記錄左邊的查詢框，使標記后，再點擊display鍵；如果只需顯示一條記錄，則可直接點擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會自動顯示該記錄的文摘格式。還有一點，系統(tǒng)所設定的默認值為每頁顯示20條選項，這點可以在show后的下拉菜單處選擇。如果選中所感興趣的內容，即可進行保存，打印等等操作。pubmed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結果時，打開summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點擊save鍵；要保存特定記錄時，點擊記錄左邊的選擇框予以標記后，再點

21、擊save鍵。使用瀏覽器的打印功能，即可把感興趣的內容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請先點擊text鍵，然后再打印。下一章我們將用幾個實例來使大家熟悉以上檢索技巧。第三章 pubmed簡單檢索實例 在上一章里，我們已經對如何用pubmed來查詢我們感興趣問題的文獻。在這一章，我們可以通過幾個簡單的實例來具體熟悉pubmed的用法。 例一 1明確所要檢索的內容。如果我們要查詢的問題是維生素c對于普通感冒的防治作用。首先我們應分析這一問題中的關鍵詞語，主要由維生素c，和普通感冒構成。即vitamin c和common cold。 2分析所要檢索的兩個相關詞語的關

22、系。根據我們的日常生活經驗，可以將兩個關鍵詞之間的關系定義為and,于是我們可以在檢索框內鍵入vitamin c and common cold.，然后點擊go，進行檢索。下面的畫面即為經過上面檢索過程后所得到的相關文章。 3以上初步檢索后所顯示的結果都以默認的summer格式顯示出來，在經過對summer的閱讀后，我們可以進一步篩選文獻的內容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻左側的方框。如果我們想要同時看到這幾篇的abstract，在display鍵后的下拉菜單選擇abstract，然后點擊display。即可看到所要結果。例二1 如果這一次我們想要查找的是與一個作者相關的

23、文章，如這位作者的名字是hemila h，則我們所要檢索的內容就很明確了，是這位作者的名字hemila h。2 在檢索框內輸入hemila h，點擊go鍵，屏幕上即會顯示出與這位作者相關的文獻。3 在所列出的 39項文獻內，我們如果想在一屏內看到所有的選項，可以在show后面的下拉菜單內選擇想要顯示的數量，如50篇。4 在pubmed所檢索到的文獻里，我們對第 1篇很感興趣，點擊該篇文章左側的方框，然后拉下display鍵后的多選框，選擇文獻的顯示類型，（如abstract-摘要，brief-提綱 ，citation-引言等），一般情況下，以選擇abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示

24、內容后，點擊display鈕，即可閱讀相關內容了。 5 在確定對檢索到的內容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊clipboard,保存于剪貼板。點擊文件菜單內的打印即可將該文打印出來。 上述是運用pubmed進行簡單檢索的兩個實例。如果經過上述的檢索過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進行較為復雜的高級檢索。在以后的幾章中，我們會詳細介紹。 pubmed檢索完全攻略(2)第四章 pubmed高級檢索技巧在以上兩章我們已經掌握了如何運用初級檢索法達到檢索文獻的目的。不過在我們所要檢索的問題相對較為復雜的時候，僅僅靠初級檢索就遠遠達不到需求了。為了使

25、得我們的檢索更為準確，高效，我們可以充分利用pubmed所提供的高級檢索功能。在你進入pubmed首頁之后，在檢索框的下方，有pubmed所提供的五個重要的功能按鈕，即limits按鈕, preview/index按鈕, history按鈕, clipboard按鈕,及details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個按鈕的主要功能。 1. limits 按鈕當你單擊limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）在這里可以進行以下設定：將搜索范圍設定在一個特定的域。將搜索范圍設定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學范

26、圍。也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。設定只搜索包含摘要的文獻。設定搜索entrez數據庫或publication數據庫。設定搜索范圍為pubmed數據庫的某一子數據庫（如abridged index medicus 或aids相關的條目）。例如 在all fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個特定的域，缺省設置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如only items with abstracts指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘）2preview/index按鈕在按下preview/index按鈕之后

27、，我們可以進行的設定有：在顯示條目之前顯示所查到的文獻數。隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。從index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。在你修改查詢時查看方案。preview(預覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻數。使用時，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊preview，pubmed返回的信息是條目的數量。index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾運算符來建立一個查詢方案。3history按鈕history（歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查

28、詢方案與查詢結果，只有當你運行了一次查詢之后，history中才有內容。history屏幕將會顯示：你的查詢方案、查詢時間、查詢到的文獻數量。preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用history可以看到最近100次的查詢結果。一旦查詢數量超過100，pubmed會將最早的查詢除去，加進最新的一次查詢。如果兩次查詢內容相同，pubmed會將頭一次的去除。4clipboard按鈕剪貼板可以幫助你保存或查看在一個或多個查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內容了。將條目左邊的復選框選中，單擊add to clipboard就可以將其加入剪切板中。當點擊 clear h

29、istory可以將history中的所有內容清除。剪切板中最大的儲存數是500條。而放在剪切板中的內容如果在一小時內沒有任何操作，將會自動消失。5details 按鈕details是用于幫助你查看pubmed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被pubmed自動地轉換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用details鍵可以對檢索策略進行編輯，然后再一次檢索。在pubmed query框內顯示的是pubmed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域：result區(qū)顯示檢索結果的記錄總數，點擊這個數字，可回到檢索結果顯示屏；translation區(qū)顯示檢索詞轉換的詳細情況；

30、database區(qū)顯示檢索的數據庫；user query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。要對檢索策略進行編輯可直接點擊pubmed query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點擊search鍵。除了以上五個主要功能鍵以外，利用pubmed提供的其他一些功能，如mesh 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我們將會以詳盡的筆墨來系統(tǒng)的剖析這些功能用法。第五章 pubmed高級檢索技巧實例 在我們對如何運用pubmed進行較為復雜的檢索有了初步的了解后，我們來看幾個應用性的實例。 例一 現(xiàn)在讓我們來查找一下有關于鋅對于兒童成長的作用的文獻。 步驟一，我們先來對

31、這一話題進行初步的檢索。我們確定了它的關鍵字應為zinc infant growth，把它輸入查詢框，按go鍵進行檢索。共有492篇相關文獻。顯然如果我們對這些文獻一一打開逐項閱讀，將是一項非常繁復的工作。這時我們就需要用高級檢索的方法來減少工作量。 步驟二，如果我們所要檢索的文獻要求是反映比較新的動態(tài)進展，那么我們可以點擊功能鍵limits按鈕.在其中的publication date的輸入框內輸入from2000 01 01 to2002 01 01.（entrez date指錄入系統(tǒng)的日期；publication date指出版日期）步驟三，如果我們進一步要求文章是用英文發(fā)表，且pubm

32、ed可以顯示出abstract的，我們可以依照上面的方法類推，在languages下拉菜單內選擇english,選中only items with abstracts前的方框。然后點擊go鍵，開始檢索。共有61篇，在當前頁內顯示出最新的20篇。（fig1）其實，如果我們一開始就很明確所要檢索的limits限制，以上三步其實可以合成一步完成。在此僅僅是為了方便說明問題，我們將其分開描述。 例二 還是查找有關于鋅對于兒童成長的作用的文獻。如果當我們進行了很多檢索（包括上述的例一檢索）之后，我們發(fā)現(xiàn)在以前的檢索步驟中還有想要翻看的檢索的歷史，首先我們可以點擊preview/index按鈕。這時屏幕上

33、將會顯示出我們檢索過的內容。(fig2)使用history可以看到最近100次的查詢結果，而preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄。其次，輸入我們想要看的以前那次檢索過的檢索字，如zinc infant growth，點擊preview按鍵，屏幕上則會顯示出以前檢索過zinc infant growth的記錄。如果我們要進一步修改查詢方案，可以在檢索框內加入另外的單詞，如iron等,點擊preview。依此方法我們可以繼續(xù)加入另外的詞語，點擊preview直到你希望得到的內容。使用這種功能可以幫助你看到以前的搜索方案與查詢結果的數量。以上的兩個簡單實例，說明了如何應用pubmed所提供

34、的強大功能按鈕來提高我們的檢索效率。其實在實際應用中還有很多技巧有待于我們去探索，希望筆者的介紹能起到拋磚引玉的作用，幫助你在pubmed的海洋里自在地暢游。第六章 談mesh browser（醫(yī)學主題詞瀏覽器）何為mesh？ mesh其實是medical subject headings的縮略詞，即醫(yī)學主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學術語來描述生物醫(yī)學概念。nih的工作人員按mesh詞表規(guī)定，瀏覽生物醫(yī)學期刊全文后標引出每篇文獻中的mesh主題詞，其中論述文獻中心的主題詞稱主要主題詞（major topic headings），論述主題某一方面的內容的詞稱為副主題詞。 那么為什么要使用醫(yī)學主題詞呢？

35、 我們先來看個比喻，如果有人問你感冒了嗎？你會不會回答沒有啦，我只是有點著涼發(fā)燒而已呢？當然不會，因為你知道感冒就是著涼發(fā)燒。但一個檢索系統(tǒng)，如果你不告訴它的話，它就有可能不知道這一點。在期刊中，對于同一個概念往往可能有不同的描述形式，如tumor和neoplasm都是指腫瘤。當一個查詢者希望查閱腫瘤和diet(飲食)相關的文獻時，他可能會輸入tumor，也可能輸入neoplasm作為關鍵字，但其實這兩者之間是沒有區(qū)別的。一個愚蠢的檢索系統(tǒng)可能就認識不到這點，而像pubmed這樣的智能化檢索系統(tǒng)就能夠準確的意識到這點，從而不會造成檢索結果的遺漏。 如何使用 如果你希望使用醫(yī)學主題詞進行檢索，可

36、以從pubmed首頁上點擊pubmed services下方的mesh browser即可進入以下界面。 舉例說明，如果你想要檢索neoplasms和bone的相關文獻，首先在mesh browser的檢索框內輸入檢索詞neoplasms，然后點擊browse按鈕，系統(tǒng)顯示其定義及在樹狀等級結構中的位置，如下圖。如果需要的話，你可以選擇detailed display,如同所示： 在這里，檢索系統(tǒng)將顯示詳細的內容，可選擇特定的副主題詞，也可進行主要主題詞或單個主題詞檢索，其選項如下：（1）add the search to the following subheadings：點擊副主題詞前的方

37、框，表示選中該副主題詞，可連續(xù)選擇多個詞，它們之間的邏輯關系為or。（2）restrict search to major topic headings only：若將檢出結果限定在主要主題詞（major topic heading）則可提高查準率。（3）do not explode this term：系統(tǒng)要檢索某一主題詞時，會自動擴展檢索（explode），即將該主題詞的下位詞一并檢出。如果只需檢索單個主題詞，可點擊此按鈕。完成上述選項后，點擊add按鈕，稍后在下一屏current query的方框中將顯示所選的主題詞。然后，我們再在mesh瀏覽器內輸入bone, 按檢索按鈕，系統(tǒng)會告訴你

38、bone不是一個主題詞，但它會自動將其轉換成主題詞bone and bones, 同樣，其下方也會顯示出其定義及在樹狀等級結構中的位置。你一樣可以選擇detailed display以便進行更為精細的選擇，選擇完成后，點擊add按鈕，則進入下面的界面。這時，你只需點擊pubmed search按鈕即開始檢索，查詢出用這兩個主題詞為關鍵字以及所選擇的相應邏輯關系的文獻檢索結果。 總而言之，主題詞檢索法雖然稍嫌繁瑣，但其檢索結果的準確性高，遺漏率低，是最佳的檢索方法，一旦熟練掌握，將使得我們的檢索工作事半功倍。pubmed檢索完全攻略(3)第七章 如何獲取全文 當很多人開始了解pubmed，并且逐

39、漸得心應手的時候，都會面臨一個棘手的問題，即如何獲取全文？的確，pubmed真正向公眾（public）免費開放的只是摘要部分，而絕大部分文章都沒有全文提供。當然，最省事最直截了當的做法是在pubmed上花錢購買，但一篇文章動輒十幾甚至幾十美金，使很多醫(yī)學工作者只好望而卻步。其實，只要我們掌握一些技巧，還是有可能獲得一些文章的全文的。筆者查閱文獻數年，為獲取全文也做了不懈努力，積累了一些經驗供大家參考。一、pubmedpubmed上約有5的文獻是可以免費看到全文的，通常這些文獻的左上角會有一個free full text的小標記。你只要點擊這個圖標，系統(tǒng)就自動鏈接入該文獻的全文。但有兩點值得注意

40、的是，第一，很多時候，這個圖標在pubmed處于顯示簡要（summary)狀態(tài)下并不出現(xiàn)，而只有在選擇顯示摘要（abstract)時才出現(xiàn)。因此，如果你不只是泛泛瀏覽，而希望看到全文的話，我強烈建議你在display下拉菜單中選擇摘要（abstract)狀態(tài)。第二，有些時候，小圖標上僅標著full text，而并沒有free字樣，但仍然可以鏈接入全文，你不妨試一試。二、免費提供全文的期刊天下沒有免費的午餐，這句老話也不一定正確。有些期刊就提供全文免費檢索。比如著名的美國science(科學）雜志，以前國內很多高校、研究所的資料室都流傳著science雜志的影印本，印刷質量低劣，而且有盜版之嫌。

41、后來science的老板充分理解到中國的國情，干脆順手做個人情，就與中國有關方面達成協(xié)議，使在中國大陸的讀者都可以在網上免費看到science的全文。方法如下： （1）先登錄science網址: 。注意，不是,否則你得不到全文。 （2）點擊中間那個search按鈕，就進入查詢頁了。你可以選擇簡單檢索還是復雜檢索。 （3）輸入您要找的關鍵詞（不一定是mesh標準主題詞），再點擊search就可以了。 （4）找出文章后，點擊標題后的full text，就可以瀏覽原文了。除了science， 其他一些期刊如美國科學

42、院院報（pnas)，genetics等都可以在網上獲取全文，甚至能夠下載文獻的pdf格式，這樣就和真正在期刊上的排版形式一模一樣了。一般而言，那些相應期刊的網址是以org為域名的，往往提供免費的全文。例如上面提到的兩家期刊的網址就分別是： ； 。這里，我特別推薦一個提供免費全文的網站 high wire press。該網站號稱擁有地球上最大最全的免費的科學文獻全文數據庫。輸入網址/即可登錄該網站，首頁即列出幾個生物醫(yī)學相關欄目，包括：1、生命科學（包含：生物化學，細胞和分子生物學 / 微生物學

43、與病毒學 / 免疫與免疫學 / 神經科學與神經生物學 / 生理學 / 植物學 / 其他生命科學 /）2、醫(yī)學（包含：心血管醫(yī)學 / 臨床醫(yī)學 / 精神病學與心理學 / 醫(yī)學研究 /）3、自然科學以及其他科學欄目。你可以在這些欄目中選擇自己需要的期刊。然后，你需要重點看一下該期刊后面的的說明信息，尤其是提供免費全文的方式，如 free issues是在多長時間內可以享受免費索取原文，從5年到一個月不等。而 free trial 是在限定時間內，可以免費提供原文。至于free site 則是可以完全免費獲取全文的站點。當然，你也可以在檢索框內輸入關鍵字，然后點擊首頁右上方的 search all

44、journals ，你就可以在所有的224種期刊里查找文獻了。不過由于所檢索到的結果僅僅局限于這200多種期刊，因此你一定要記住絕對不能用此網站來代替pubmed，來 了解所研究課題的最新進展。我個人的建議是，先在pubmed上檢索，而僅以high wire press作為獲取全文的一個途徑而已。三、利用一些高校圖書館網站國內一些高等院校，尤其是一些名牌高校的圖書館經常和國外一些大的出版商簽訂協(xié)議，支付不菲的費用，從而可以檢索并看到所有由這些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到這些高校的圖書館的電子檢索廳去檢索，或者鏈接到大學圖書館的網站（如復旦大學圖書館的網址是),然后通過該網站的鏈接進入相

45、應的檢索系統(tǒng)?？上У氖?，從公眾網到教育網之間的傳輸效率太低，很有可能等它等到你心痛，網頁還是猶抱琵琶半遮面。四、free medical journals與high wire press相似，該網站也提供了免費各種可能搜集到的全文期刊的列表。網址是 在這里，除了英文期刊，你還能檢索到一些小語種的期刊全文。方法是在這個網站的左面是導航條，點擊other languages，里面有：法語、德語、加泰羅尼亞語、荷蘭語、希臘語、意大利語、挪威語、土耳其語、西班牙語和葡萄牙語等等。五、向作者索要這種方法究竟效率如何，沒有人統(tǒng)計過，不過在以上方法都沒有用時不妨試一試。你可以根據作者的email地址給作者去

46、封信，先把對方的文章大大的吹捧一番，說它如何如何exciting，如何如何innovative，對自己的研究如何如何重要，然后說自己目前無法access to the full text，最后非?？锨械卣埱笏芊裢ㄟ^email把全文寄來。這里，我有兩條重要的建議。第一，不要簡單的套用所謂的書信模板，應該多談一談你現(xiàn)在的研究內容以及對方的文章對自己的研究的重要性。這樣才有可能引起作者的興趣，不至于因為千篇一律而被對方直接刪除到垃圾箱里。我總結的另一個技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。為什么這樣說呢？我們知道，一篇醫(yī)學文獻往往有好幾個作者。文獻上有一個所謂的通信作者，通常是該實驗室的老板。既

47、然是老板，往往各種應酬套磁自然頗多，每天email信箱里的信雜七雜八一大堆，他的私人秘書只會挑選出一些重要的信件，而那些明顯無關緊要的訊問信件自然就遭受冷落了。而文獻的第一作者，即該實驗的主要承擔者，應酬不會那么多，有email來訊問或索取文獻也樂于答復。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其實這很容易，你只要到pubmed上顯示出文獻摘要，上面亦包括作者的單位，然后從google上找到該單位網址，從網站上通常就不難查找到作者的通信方法。筆者就曾經多次用這種方法獲取過全文，第一作者有一半以上都及時給予了答復，而通信作者大部分都有如石沉大海。六、作者主頁有些作者會在他們的個人主頁或實驗室主

48、頁上放上所發(fā)表論文的全文，你也可以去看看。我就曾經為查找一篇文獻的全文嘗試了各種方法，最后竟然就在其作者的主頁上意外地發(fā)現(xiàn)了。大有踏破鐵鞋無覓處，得來全不費工夫之感覺。當然，盡管在網絡化生存的世界里，你也不要忘記最傳統(tǒng)的辦法，即到圖書館、資料室去查閱期刊文獻，聞聞印刷品的特殊香味，聆聽嘩嘩的翻頁聲，這些都是網絡世界中無法體驗的獨特感受。第八章 期刊瀏覽器、引文匹配器及其他瀏覽器的使用 在pubmed首頁pubmed services下方，點擊journal browser按鈕即進入期刊瀏覽器的界面。在檢索框中你可輸入刊名全稱、medline 的期刊縮寫或國際標準期刊號（issn），然后點擊go

49、按鈕，便可獲得上述信息。此外通過journals with links to full-text web sites，便可鏈接入所有與pubmed建立鏈接的生物醫(yī)學期刊列表。這一期刊列表不斷更新，目前約有兩千六百多種，每一期刊后面列出其相應的medline 標準縮寫形式，這在當你發(fā)表文章列參考文獻時還是很有用的。后面還可鏈接入期刊的全文，只是大多是收費的。 同樣在pubmed首頁pubmed services下方，還有single citation matcher（引文匹配器） 和batch citation matcher。有不少人以為citation matcher（引文匹配器）只是一些輔

50、助功能，甚至用了數年pubmed也沒有嘗試去了解它。其實使用引文匹配器，絕對能夠大大提高你的工作效率。我舉一個最簡單的例子。在查找文獻的過程中，我們可能每個人都遇到過下面的情形，如記得某篇文獻所發(fā)表的期刊和作者，但不太清楚它具體的標題，或是隱約記得標題中的某個詞和作者等等。這時候，當然你可以嘗試用復雜檢索模式去搜索，但通常不容易準確定位，而如果用citation matcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。你在citation matcher界面中對應的框內輸入你所知道的信息（見下圖），不知道的就空在那兒，然后按search按鈕就可以迅速得到結果，很少會有出入。需要特別說明的是，作者姓名的

51、格式一定要符合標準，否則將會檢索不到結果。此外，如輸入smith j將會同時檢索出smith ja, smith jb, smith jc等等作者的文獻，如果出現(xiàn)這種情況的話，你應該把smith j置于引號中，即smith j，然后再進行檢索就可以避免這種偏差了。 此外，當你要投稿時，一定會需要整理參考文獻，使之格式符合相應期刊的要求，一篇長的論文往往可能有數十篇參考文獻，如果你手工輸入的話，不僅費時費力，而且極易出錯，我勸你趕緊放棄這種吃力不討好的事情吧，在pubmed的引文匹配器，你只需隨意輸入已知的信息，便可以迅速獲得文獻的刊名、出版日期、卷、期、頁次、著者等，而且都是標準格式，只需拷貝

52、粘貼過來就可以了。 clinical queries（臨床問題） 這是專門為臨床醫(yī)生設計的搜索引擎，在clinical queries的主頁上列有臨床醫(yī)生常用的類目，如therapy（治療）、diagnosis（診斷）etiology、（病因）和prognosis（預后）。檢索的方法并沒有什么特殊的，只需在檢索框內輸入檢索詞，然后點擊上述類目即可。 clinical queries提供sensitivity（檢出相關文獻）和specificity（檢出密切相關文獻）兩種檢索方式。需要特別說明的是，clinical queries利用內在的濾器使其檢索結果更加貼近臨床的需要，包括臨床的診療等。但

53、如果你需要查閱的并不僅僅局限于臨床，也包括基礎研究，就不應該使用這個檢索引擎。第九章 精確導航系統(tǒng)-談limits用法 從一個擁有上千萬篇文獻的檢索引擎上去查找某些文獻，就好像是大海撈針。而pubmed 所提供的種種功能、服務，目的正是為了方便我們能夠盡可能快速準確的查找到所需要的文獻。limits就是其中一個非常重要的功能鍵。我們在前面的高級檢索技巧中曾經簡要的介紹 了limits所包含的內容，在這一章，你將會進一步對limits進行全面詳盡的了解。在pubmed首頁上的特征欄上，單擊limits按鈕，進入limits設置界面，如圖所示： 在這里，你可以限制你的文獻檢索結果，包括年齡組、性別

54、、人類或動物學、文獻的語種、文獻類型以及出版日期等等。你還可以進行設定使檢索只在某一特定的數據庫子集內進行，例如艾滋病相關文獻或護理學期刊等等。顯而易見的是，如果能夠熟練的使用limits功能，將會使你迅速找到目的文獻，具備大海撈針的本領。 在詳細介紹limits之前，需要說明一點的是，必須確定在limits按鈕前面的方框內已經打上鉤（見下圖），才表示你所設定limits對檢索結果起作用。否則，你可不要抱怨為什么設置了limits卻什么效果也沒有。 如果需要的話，你可以選擇detailed display,如同所示： field selection在這里，你可以把你的檢索條目限制于某一特定的區(qū)

55、域，如文獻的作者，標題等等。比如你或許會希望查找僅在標題中含有你輸入的關鍵字的文獻，那么你就選擇title區(qū)域。系統(tǒng)缺省將檢索所有的區(qū)域。在field selection 左邊有一個可選框only items with abstracts，如果選中這個選項，你便把檢索結果限定于那些擁有摘要的條目中。在pubmed， 1975年以前出版的文章是沒有摘要的，此外1975年以后的部分文章如science上的不少文獻等也沒有摘要。（但利用 如何獲取全文一章中介紹的技巧，你便可以看到 science的摘要乃至全文）。publication types 眾所周知，正式的學術文獻形式多種多樣，如臨床試驗報告，社論，通信，綜述等。你可以在此進行設置，選擇特定的文章類型，包括：clinical trial editorial letter meta-analysis practice