rMATs可變剪切專有名詞

1、SE事件AS IDGene IDGene nameAS typeNovel ASChrStrandIncLevelDiff(CTRL/PRPF8_1, PSI)P Value JunctionCountOnly FDR JunctionCountOnly ExonStart(0base)ExonEndUpstreamESUpstreamEEDownstreamESDownstreamEEIJC CTRLSJC CTRLIJC PRPF8_1SJC PRPF8_1IncFormLenSkipFormLe nAS事件編號(hào)AS事件所在基因ID基因名稱可變剪切類(lèi)型是否為新發(fā)現(xiàn)可變剪切事件AS事件所在染

2、色體編號(hào)事件位于正鏈還是負(fù)鏈該事件在兩組中發(fā)生的差值該事件在比較組中差異顯著性的 P 值多重檢驗(yàn)xx后的Pvalue值發(fā)生SE事件的起始位置（被跳躍exon起始前一堿基位置）發(fā)生 SE事件的 終止位置（被跳躍exon終止位置）發(fā)生SE事件上游exon起始位置發(fā)生SE事件上游exon終止位置發(fā)生SE事件下游exon起始位置發(fā)生SE事件下游exon終止位置AS事件在SAMPLE_1中的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔，表達(dá)量的 計(jì)算使用in elusion cou ntsAS事件在SAMPLE_仲的表達(dá)量，表達(dá)量的計(jì)算使用 skipping countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，生物學(xué)

3、重復(fù)之間用逗號(hào)分隔， 表達(dá)量的計(jì)算使用inclusion countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，表達(dá)量的 計(jì)算使用 skipping countslnclusion isoform對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度Skipping isoform 對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度IncLevel1(PSI 1)IncLevel2(PSI 2)Average In cLevel1(averagel nclusio n level for SAMPLE_生物學(xué)重復(fù)之間用逗 號(hào)分隔In elusion level for SAMPLE_2fe物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 PSI 1)Average IncLevel2(

4、averagePSI 2)Increase InclusionCTRL(A PSD)Increase ExclusionCTRL(A PSD)Increase InclusionPRPF8_1(A PSD)Increase ExclusionPRPF8_1(A PSD)RI 事件AS IDGene IDGene nameAS typeNovel ASChrStrandriExonStart （0base）Average Inclusion level 1for SAMPLE_1Average Inclusion level 2 for SAMPLE_1該事件在SAMPLE_仲發(fā)生In elus

5、ion事件的概率大于SAMPLE_2亥事件在 SAMPLE_仲發(fā)生Exclusio n事件的概率大于SAMPLE_2（即，In elusion事件的概 率小于 SAMPLE_2）該事件在SAMPLE_仲發(fā)生In elusion事件的概率大于SAMPLE_2亥事件在 SAMPLE_仲發(fā)生Exclusio n事件的概率大于SAMPLE_2（即，In elusion事件的概 率小于 SAMPLE_2）AS事件編號(hào)AS事件所在基因ID基因名稱可變剪切類(lèi)型是否為新發(fā)現(xiàn)可變剪切事件AS事件所在染色體編號(hào)事件位于正鏈還是負(fù)鏈RI 事件的起始位置（被滯留 exon 起始前一堿基位置）該事件在 SAMPLE_1

6、 中發(fā)生該事件在SAMPLE_仲發(fā)生riExonEndIJC CTRLSJC CTRLIJC PRPF8_1SJC PRPF8_1IncFormLenSkipFormLenIncLevel1(PSI 1)IncLevel2(PSI 2)Average IncLevel1(averagePSI 1)Average IncLevel2(averagePSI 2)Increase InclusionCTRL(A PSD)In crease Exclusi onCTRL(A PSD)Increase InclusionPRPF8_1(A PSD)Increase ExclusionPRPF8_1(A

7、PSD)A'5SS/A'3SS事件RI事件的起始位置(被滯留exon終止位置)AS事件在SAMPLE_1中的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔，表達(dá)量的 計(jì)算使用inclusion countsAS事件在SAMPLE_仲的表達(dá)量，表達(dá)量的計(jì)算使用 skipping countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔， 表達(dá)量的計(jì)算使用inclusion countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，表達(dá)量的 計(jì)算使用 skipping countsInclusion isoform對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度Skipping isoform 對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)

8、度In clusi on level for SAMPLE_1生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 In clusio n level for SAMPLE_2生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 Average In clusi on level 1for SAMPLE_1Average Inclusion level 2 for SAMPLE_1該事件在SAMPLE_仲發(fā)生Inclusion事件的概率大于SAMPLE_2亥事件在 SAMPLE_仲發(fā)生Exclusion事件的概率大于SAMPLE_2(即，該事件在 SAMPLE_仲發(fā)生Inclusion事件的概率小于SAMPLE_2該事件在SAMPLE_仲發(fā)生Inc

9、lusion事件的概率大于SAMPLE_2亥事件在SAMPLE_仲發(fā)生Exclusion事件的概率大于SAMPLE_2(即，該事件在 SAMPLE_仲發(fā)生Inclusion事件的概率小于SAMPLE_2AS IDGene IDGene nameAS typeNovel ASChrStrandlongExonStart (0base)longExonEndshortESshortEEflankingESflankingEEIJC CTRLSJC CTRLIJC PRPF8_1SJC PRPF8_1IncFormLenSkipFormLenIncLevel1(PSI 1)IncLevel2(PSI

10、 2)Average IncLevel1(averagePSI 1)Average In cLevel2(averageAS事件編號(hào)AS 事件所在基因 ID基因名稱可變剪切類(lèi)型是否為新發(fā)現(xiàn)可變剪切事件AS 事件所在染色體編號(hào)事件位于正鏈還是負(fù)鏈AS 事件起始位置(被剪切的長(zhǎng)外顯子起始前一堿基位置) AS 事件終止位置 (被剪切的長(zhǎng)外顯子終止位置) AS 事件后，短外顯子起始前一堿基位置AS 事件后，短外顯子終止位置AS事件中與剪切端相接的exon起始前一堿基位置AS事件中與剪切端相接 的 exon 終止位置AS事件在SAMPLE_1中的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔，表達(dá)量的 計(jì)算使用in

11、elusion cou ntsAS事件在SAMPLE_仲的表達(dá)量，表達(dá)量的計(jì)算使用 skipping countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔， 表達(dá)量的計(jì)算使用inclusion countsAS事件在SAMPLE_2中的表達(dá)量，表達(dá)量的 計(jì)算使用 skipping countslnclusion isoform對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度Skipping isoform 對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度In clusi on level for SAMPLE_1生 物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 In clusio n level for SAMPLE_2生 物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔

12、Average In clusi on level 1for SAMPLE_1Average Inclusion level 2 for SAMPLE_1PSI 2)Increase InclusionCTRL(A PSD)Increase ExclusionCTRL(A PSD)Increase InclusionPRPF8_1(A PSD)Increase ExclusionPRPF8_1(A PSD)MSE事件AS IDGene IDGene nameAS typeNovel ASChrStrand1stExonStart （0base）1stExonEnd2ndExonStart （0

13、base）2ndExonEndIJC CTR該事件在SAMPLE仲發(fā)生In elusion事件的概率大于SAMPLE_2亥 事件在SAMPLE仲發(fā)生Exclusion事件的概率大于 SAMPLE_2（即，該事件在 SAMPLE仲發(fā)生Inclusion事件的概率小于SAMPLE_2該事件在SAMPLE仲發(fā)生In elusion事件的概率大于SAMPLE_2亥事件在 SAMPLE仲發(fā)生Exclusion事件的概率大于SAMPLE2（即，該事件在 SAMPLE仲發(fā)生Inclusion事件的概率小于SAMPLE2AS事件編號(hào)AS事件所在基因ID基因名稱可變剪切類(lèi)型是否為新發(fā)現(xiàn)可變剪切事件AS事件所在染

14、色體編號(hào)事件位于正鏈還是負(fù)鏈MSE事件的起始位置（被跳躍exon起始前一堿基位置，被跳躍的外顯子為 前一個(gè)）MSE事件的終止位置（被跳躍exon終止位置，被跳躍的外顯子為前一 個(gè)）MSE發(fā)生SE事件的起始位置（被跳躍exon起始前一堿基位置，被跳躍的外顯子為后一個(gè))MSE發(fā)生SE事件的起始位置(被跳躍exon終止位置，被跳 躍的外顯子為后一個(gè))AS事件在SAMPLE_仲的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗 號(hào)分隔，表達(dá)量的計(jì)算使用 inclusion countsSJC CTRLIJC PRPF8_1A事件在SAMPLE_仲的表達(dá)量，表達(dá)量的計(jì)算使用 skipping countsAS事件在SAMPL

15、E沖的表達(dá)量，生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔，表達(dá)量 的計(jì)算使用 inclusion countsSJC PRPF8_1IncFormLenSkipFormLenIncLevel1(PSI 1)IncLevel2(PSI 2)Average IncLevel1(averagePSI 1)Average IncLevel2(averagePSI 2)Increase InclusionCTRL(A PS0)Increase ExclusionCTRL(A PSD)Increase InclusionPRPF8_1(A PSD)Increase ExclusionPRPF8_1(A PSD)AS事件在SAMPLE_沖的表達(dá)量，表達(dá)量的計(jì)算使用 skipp ing countsln clusi on isoform 對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度Skipping isoform 對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)化后的長(zhǎng)度In clusi on level for SAMPLE_1生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 In clusio n level for SAMPLE_2生物學(xué)重復(fù)之間用逗號(hào)分隔 Average In clusi on level 1for SAMPLE_1Average Inclusion level 2 for S