6.用GOLD對(duì)接

1、用GOLD進(jìn)行對(duì)接1. 使用Wizard進(jìn)行對(duì)接：進(jìn)入后直接選擇wizard2. 按照給出的流程一步一步做就行了:首先選擇用來對(duì)接的蛋白:Er?tein然后選擇下一步對(duì)蛋白進(jìn)行準(zhǔn)備:驚 GOLD “tupWizard step 2： Protein setupAt iki s poLzlI t'O'jl tvavo £tic cJLoxlc« Io scLlt 聲丿壬 protein stfaetura l£ rsqjurcd c. g-. aid.TdL總七石 waters.-.Global Zlpti emt 訓(xùn)冶？Ti zardl siepc

2、 'I Select a gxcle;ii 址.Prs«tup3 lefiTie th Uniine 贏*I "oEkfia* A（i«Zk5;lifndi3 Jhwst 0 ii Incis7 JA. dL aj ti *n.s3 ?iUElBTo llw firc<Hri（4）i w Ih#* ijfillnri* awriltiir nn Itw* prutlii Iribi* luz1 A cd liydrnuns2” Ccmficurc active watcrj and edete urinscDJMrv 刊ctad3 Dc lelr I

3、iqand選擇 Global Option 旁邊的 3MXF舟 GOLD Setupffizard step 2： Protein EEtup離t thl«. >®int ju ha專電 ihi chiriM tc- #4ir yir prteiTL gricbir* If reiunrl 電 w 克dd hy血怕舉nx d業(yè)1 色atrs.Gl«b al Jpti <dt "MUFPrcjtr diLh 次Extract/Delete WatersDelete LigandsHeibls S decha risSoft Pod呂 j

4、5;ti占 ImMotdls4 Con ftn intsCcxbdlcutirtrsd-iDr IVotilultT£ddl KTdrcatERtsi 1陰 Set; JQ1 FrDti Besidwes點(diǎn)AddHydrogens進(jìn)行加氫處理JkM a*b tkl-a I f-at點(diǎn)Protonation &Tautomers下面的Extrace/Delet Waters可以選定對(duì)接時(shí)想保留的水分子（可以從主窗口中點(diǎn)選）I I-'.':HIOHlST腫H帕MQM伸H I-,L HpjHjea_ HCWZW MMMSH3H2CCTHIHZDS-«-!

5、r J ' I ： <1|1 > I 1S 'r r” I- IduA； than 廿.陽耳 In 韻snl lU'4 IhA Eg.t waba Rir ZuckJ中 tudui.乍a lv Mfer.Z 知 jhr 皿3士 tonn ulm p-ain d-a LafatH -ParMHWitwi' HW Th litfn 住OM勾選后選擇Ex trac t 'A'aters For Docihi血耳以取出對(duì)接時(shí)想保留的水，保存 然后點(diǎn)Delete Remaimng a.tirs刪掉剩余的水分子。然后再進(jìn)行下一步，可以刪除和保留P

6、DB 里的 liganddlh ftl DpTjnhgProtDr at on 直飛utome號(hào)ExtidC/Dclete Wdte rsDelate LigandsFIf寸bl#*曹:日當(dāng)由禪ii£Soft P'otentifllsiVltiAlfib ConsTrjihtsInterdiction lctitLiZlEstir tee ir-d. IllJiId-UBZn7MoA_5目JE» Ltk<Yoo jirotin ii理k h”色 w 紂 桓芝 Ilguf4s 。曰池葉血電 th電 linliiix. Ut老 lltl nu* 1.rbt

7、3;?r« ycuptfrn tIslraclii衛(wèi)電xilpalvd=« titr c-tx. Ke vsei ten define the 11ndiiiE sit* wl «rc written t* file for Ictcr 匚enp TfEiciL vi tfc a口上i呷 iraisalLts.與上一步水分子一個(gè)道理，可以取出ligand （可用來檢查對(duì)接的重現(xiàn)性）下一步 Define the binding Site常 GOLD ctup選中l(wèi)igand后定義結(jié)合位點(diǎn)，此時(shí)該ligand周圍的殘基變成灰色下一步對(duì)接采用的模板，直接跳過Wizard

8、 step 4： Options 1 Innd a configiirrition templateiitter c1l«os± tc 14.4. DZk* «£ tin cpctfi.呂疋縣七i on. tt«plete: :m tKe li=i tisl £he ' Lo4.il T亡TYpl占tor press fctectt>ordijuie vlth llib dftuLl 鳥已:JYIFfl card sttjis1 Select 4. >r D'lei m.2 Frotli 3«t&

9、#187;3 Define th? indine si is 屮.C«otfi .uff <ti v>5 la6 Choose -a f l tiess funeti <l IjA s亡a vh pptionzS>Av«.ilalila> T «apJ. «.i.A£： Tchorriscorc.k inajc chernsc.0 re_prf 5 3_cid gn ld_p*i 口pFw diest-Eraie _VS go ld_se rire_prcte£：£ eJl/S ga Ids c

10、ore.pi 5C_csdLg <d T EihiplaijE然后就可以選用來對(duì)接的分子了:隔 GOLD SfetupWizard step 5: Select ligandsChoose 4L4 >f iidtrc： la gulz to be dl* ckad. ifitci U14 jtr itiiri ty zli zkxrig lh« JL«ldGlobil Dptiai-s3NEFYi &u->l sleeps: :. SElsdt «. pr + t ei n.2. fr-stfiiFi c-ttup3 Hefin* tie

11、 indlne sitr Cen£i«.ia tn5；t 1 i oAds6 Choose a fi "uks functi i. Gk 3E-±1 clL Q P t L 703.帆 JLtuskLig<a4 FlIo GA Egnfarst Aga血 Last LigudEh刊£11« 護(hù) dWBtL ti4ULCeL V1X3I：?jiǎn)螕鬭dd添加想要用來對(duì)接的分子然后下一步選用對(duì)接的評(píng)分函數(shù)，這里選擇默認(rèn)的GoldScore賢 GOJO Setup回寸Wizard step 5： Chouse a fitness funct

12、ionGOLD 克左匸嘔t s«v«jr ii Eb4r4A.t丘血蘭11丄出nz - tha original 由丸L証亡ex is th« d<£xLt 114.54 eko4s.4 ili4 呻y*u sJk t*ust £«r th: 5 44efLhgGlobal Opti cKns 3HIF匚t.首p左：1. Select a mt olein2. Pr*t*m 匸Hup3. De£lue 11 le Lilddil唱=i l七4 Ctfnfien t«ir> at«5： Sclc

13、ict liwdzft Chnat n fiFnn7. GA se-C£"ch. cpti0. Finish然后選擇遺傳算法的速度毎® LD Setupn I回Wizard step 7; Genet ic Algorilhn search opt ionsTh.* Li ne t-aken to per £crir ai 3 -t K-sl-uic e I e tv a eh sp-± el anJ. iccur-acy tLe zlcwei: tl.e 通 0心丄丘匸辰 L1le nar c .ccur olLe i tft ill be.

14、QflltJ Upti ntVj Tod n1 Salaci * pr*ttin2, Troien setup3. Ila 1 m« th.4 >：1血社：1百=Lti乜.Cui-fj fuilenjjL lie：6 ! S 414 el直氏G Cht uiie % f J lHelih runLti I7, SA x«ikropi.弧石6, Ti&isla Slew Jicsi. .CC.fQT -s.it.NediuF臺(tái)E tl iticm <te毎® LD Setupn I回毎® LD Setupn I回也可以點(diǎn)More進(jìn)行進(jìn)一

15、步的調(diào)整毎® LD Setupn I回毎® LD Setupn I回然后就Finish 了毎® LD Setupn I回Wizard wtep 8： Pinish basic GOLD conflEuration1 O1!亡苴L «L tbk&irUk 占電Jtl咤 Ti< >rOil l出 Ul4 nBFQ亡wuti 0TA電丄#J>ti«TiS.Yie arde,J. S-aUet耋護(hù)咸酹n2. TfvljEiii AEL-ip3. Jofic ikb bixicinc *3lie <.Confw5 Selecl li: Eands6. CtiM'e： 3. Ci tnexs Zonztic "'.-JA. ±I*EU'扎 Op電 1實(shí)顯號(hào)ll f 1 fill ill皿 SOU)點(diǎn)RunGOLD后，選擇儲(chǔ)存的路徑等等，就可以運(yùn)行了。3. 但是，其實(shí)可以做一些調(diào)