分子遺傳學(xué)課件-遺傳多態(tài)性

1、精選精選ppt2021-12-7 2分子遺傳學(xué)分子遺傳學(xué)精選精選ppt分子遺傳學(xué)分子遺傳學(xué)教師：教師：劉若余聯(lián)系電話13984812913精選精選ppt 基因組多態(tài)性基因組多態(tài)性n基因組多態(tài)性：在不同群體或個(gè)體之間，基基因組多態(tài)性：在不同群體或個(gè)體之間，基因組的某些位點(diǎn)上堿基的差異。這種差異也因組的某些位點(diǎn)上堿基的差異。這種差異也稱之為分子遺傳標(biāo)記。稱之為分子遺傳標(biāo)記。n遺傳標(biāo)記遺傳標(biāo)記是指可以明確反映遺傳多態(tài)性的生是指可以明確反映遺傳多態(tài)性的生物特征物特征n 在經(jīng)典遺傳學(xué)中在經(jīng)典遺傳學(xué)中,遺傳多態(tài)性遺傳多態(tài)性是指等位基是指等位基因的變異因的變異.n 在現(xiàn)代遺傳學(xué)中

2、在現(xiàn)代遺傳學(xué)中,遺傳多態(tài)性遺傳多態(tài)性是指基因組是指基因組中任何座位上的相對(duì)差異中任何座位上的相對(duì)差異.精選精選ppt DNA分子標(biāo)記分子標(biāo)記是是DNA水平上遺傳多態(tài)性水平上遺傳多態(tài)性的直接反映的直接反映.DNA水平的遺傳多態(tài)性表現(xiàn)為水平的遺傳多態(tài)性表現(xiàn)為核苷酸序列的任何差異核苷酸序列的任何差異,哪怕是單個(gè)核苷酸的哪怕是單個(gè)核苷酸的變異變異.因此因此,DNA標(biāo)記在數(shù)量上幾乎是無限的標(biāo)記在數(shù)量上幾乎是無限的.精選精選pptnDNADNA遺傳標(biāo)記特點(diǎn)遺傳標(biāo)記特點(diǎn)：n1.1.直接反映基因特征，非推測(cè)。直接反映基因特征，非推測(cè)。 2.2.基因座位數(shù)量多，無論表達(dá)與否?；蜃粩?shù)量多，無論表達(dá)與否。 3.

3、3.多態(tài)性程度高，等位基因多，鑒別能力強(qiáng)多態(tài)性程度高，等位基因多，鑒別能力強(qiáng)。 4.4.適合于陳舊的樣品，檢測(cè)能力強(qiáng)。適合于陳舊的樣品，檢測(cè)能力強(qiáng)。 5.5.靈敏度高，有利于微量樣品的檢測(cè)。靈敏度高，有利于微量樣品的檢測(cè)。 6.6.易于檢測(cè)手段的自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化，重復(fù)性易于檢測(cè)手段的自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化，重復(fù)性好。逐漸取代了蛋白質(zhì)水平的檢測(cè)方法。好。逐漸取代了蛋白質(zhì)水平的檢測(cè)方法。 精選精選pptDNA多態(tài)性的分類 1 1）長(zhǎng)度多態(tài)性）長(zhǎng)度多態(tài)性：等位基因片段長(zhǎng)度的個(gè)體差：等位基因片段長(zhǎng)度的個(gè)體差 別。由一特定序列，首尾相連串聯(lián)別。由一特定序列，首尾相連串聯(lián) 重復(fù)次數(shù)不同產(chǎn)生的個(gè)體差別。重復(fù)次數(shù)不同產(chǎn)

4、生的個(gè)體差別。 可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)（可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)（variable number of variable number of tandem repeat,VNTR tandem repeat,VNTR） 短串聯(lián)重復(fù)短串聯(lián)重復(fù)(short tandem repeat,STR)(short tandem repeat,STR) A A：產(chǎn)生原因：產(chǎn)生原因：DNADNA滑動(dòng)與同源染色體滑動(dòng)與同源染色體 不等交換。不等交換。精選精選ppt2 2）序列多態(tài)性：DNADNA片段堿基排列順序的個(gè)體差別。片段堿基排列順序的個(gè)體差別。 單核苷酸多態(tài)性單核苷酸多態(tài)性 （single ucleotidepolym

5、orphism,SNPssingle ucleotidepolymorphism,SNPs） 原因：堿基的置換、插入、缺失。原因：堿基的置換、插入、缺失。 特點(diǎn)：多位于非編碼區(qū)，選擇壓力。特點(diǎn)：多位于非編碼區(qū)，選擇壓力。 數(shù)量多，數(shù)量多，1/1000 bp1/1000 bp，300300萬萬 二態(tài)性，二態(tài)性，2 2個(gè)等位基因，多態(tài)性個(gè)等位基因，多態(tài)性 程度較低。程度較低。 孤立事件，人類遺傳學(xué)意義大。孤立事件，人類遺傳學(xué)意義大。精選精選pptDNA標(biāo)記的分類標(biāo)記的分類依據(jù)多態(tài)性的檢測(cè)手段依據(jù)多態(tài)性的檢測(cè)手段,DNA標(biāo)記可分為四大類標(biāo)記可分為四大類:(1)基于基于DNA-DNA雜交雜交的的DNA

6、標(biāo)記標(biāo)記. 該標(biāo)記技術(shù)是利用限制性內(nèi)切酶及凝膠電該標(biāo)記技術(shù)是利用限制性內(nèi)切酶及凝膠電泳分離不同生物體的泳分離不同生物體的DNA分子分子,然后用經(jīng)標(biāo)記然后用經(jīng)標(biāo)記的的DNA探針探針,通過放射自顯影或非同位素顯色通過放射自顯影或非同位素顯色技術(shù)來揭示技術(shù)來揭示DNA的多態(tài)性的多態(tài)性.其中最具代表性的其中最具代表性的是發(fā)現(xiàn)最早和應(yīng)用廣泛的是發(fā)現(xiàn)最早和應(yīng)用廣泛的RFLP標(biāo)記標(biāo)記.精選精選pptn(2)基于基于PCR的的DNA標(biāo)記標(biāo)記. 根據(jù)根據(jù)PCR所用的引物特點(diǎn)所用的引物特點(diǎn),這類這類DNA標(biāo)記可標(biāo)記可分為隨機(jī)引物分為隨機(jī)引物PCR標(biāo)記和特異引物標(biāo)記和特異引物PCR標(biāo)記標(biāo)記.隨機(jī)引物隨機(jī)引物PCR標(biāo)

7、記包括標(biāo)記包括RAPD標(biāo)記和標(biāo)記和ISSR等等,隨機(jī)引物隨機(jī)引物PCR所擴(kuò)增的所擴(kuò)增的DNA區(qū)段事先未知區(qū)段事先未知,具具有隨意性和任意性有隨意性和任意性,因此隨機(jī)引物因此隨機(jī)引物PCR標(biāo)記技標(biāo)記技術(shù)可用于對(duì)任何未知基因組的研究術(shù)可用于對(duì)任何未知基因組的研究.特異引物特異引物PCR標(biāo)記包括標(biāo)記包括SSR標(biāo)記和標(biāo)記和STS標(biāo)記等標(biāo)記等,特異引特異引物物PCR所擴(kuò)增的所擴(kuò)增的DNA區(qū)段事先是已知的明確區(qū)段事先是已知的明確的的,具有特異性具有特異性.因此特異引物因此特異引物PCR標(biāo)記技術(shù)依標(biāo)記技術(shù)依賴于對(duì)各個(gè)物種基因組信息的了解賴于對(duì)各個(gè)物種基因組信息的了解.精選精選ppt(3)基于基于PCR和限制

8、性酶切技術(shù)結(jié)合的和限制性酶切技術(shù)結(jié)合的DNA標(biāo)標(biāo)記記.這類這類DNA標(biāo)記可分為二種類型標(biāo)記可分為二種類型,一種是通一種是通過對(duì)限制性酶切片段的選擇性擴(kuò)增來顯示限過對(duì)限制性酶切片段的選擇性擴(kuò)增來顯示限制性片段長(zhǎng)度的多態(tài)性制性片段長(zhǎng)度的多態(tài)性,如如AFLP標(biāo)記標(biāo)記.另一種另一種是通過對(duì)是通過對(duì)PCR擴(kuò)增的片段的限制性酶擴(kuò)增的片段的限制性酶 切來切來揭示被擴(kuò)增的區(qū)段的多態(tài)性揭示被擴(kuò)增的區(qū)段的多態(tài)性,如如CASP標(biāo)記標(biāo)記.精選精選pptn4)基于單核苷酸多態(tài)性的基于單核苷酸多態(tài)性的DNA標(biāo)記標(biāo)記,如如SNP標(biāo)記標(biāo)記.單核苷酸多態(tài)性（SNP）標(biāo)記被稱為第三代分子標(biāo)記 。它也是以以PCR技術(shù)為基礎(chǔ)的分子標(biāo)

9、記技術(shù)。精選精選ppt基于遺傳標(biāo)記的發(fā)展歷程基于遺傳標(biāo)記的發(fā)展歷程n第一代標(biāo)記 經(jīng)典的遺傳標(biāo)記（蛋白質(zhì)和免疫學(xué)的標(biāo)記） 70年代中后期，限制酶片段長(zhǎng)度多態(tài)性（RFLP）n第二代標(biāo)記 85年，“小衛(wèi)星序列（minisatellite） 89年，“微衛(wèi)星序列（microsatellite）n第三代標(biāo)記 單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記（single nucleotide polymorphism ，SNP）精選精選pptn經(jīng)典的遺傳標(biāo)記（蛋白質(zhì)和免疫學(xué)的標(biāo)記）ABO血型位點(diǎn)標(biāo)記HLA位點(diǎn)標(biāo)記（人類白細(xì)胞抗原）人類白細(xì)胞抗原）n存在問題：已知多態(tài)的蛋白質(zhì)很少等位基因的數(shù)目有限無法獲得足夠的信息量檢測(cè)技術(shù)的繁瑣等限

10、制了人類基因組的遺傳分析工作促使人們直接在DNA上尋找遺傳標(biāo)記遺傳標(biāo)記中的第一代標(biāo)記遺傳標(biāo)記中的第一代標(biāo)記精選精選ppt蛋白質(zhì)和免疫學(xué)的標(biāo)記精選精選ppt同工酶的多態(tài)性同工酶的多態(tài)性EsDEsD分型示意圖分型示意圖精選精選ppt遺傳標(biāo)記中的第一代標(biāo)記遺傳標(biāo)記中的第一代標(biāo)記nRFLP( restriction fragment length polymorphism) 標(biāo)記技術(shù)標(biāo)記技術(shù) RFLP即限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性即限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性.是指用某一種限制性內(nèi)切酶來切割來自不同個(gè)體的DNA分子上，內(nèi)切酶的識(shí)別序列有差異，即是由限制性酶切位點(diǎn)上堿基的插入、缺失、重排或點(diǎn)突變所引起的。這種差異反映在

11、酶切片段的長(zhǎng)度和數(shù)目上。 限制性內(nèi)切酶是一種能識(shí)別限制性內(nèi)切酶是一種能識(shí)別DNA上特定堿上特定堿基組成的序列基組成的序列,并在這些序列位點(diǎn)上切斷并在這些序列位點(diǎn)上切斷DNA分子的酶分子的酶.精選精選ppt限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性的DNA基礎(chǔ)（1） 識(shí)別部位的點(diǎn)突變：堿基的替換、修識(shí)別部位的點(diǎn)突變：堿基的替換、修 飾（甲基化）或插入與缺失。飾（甲基化）或插入與缺失。（2） 識(shí)別部位間的片段插入與缺失。識(shí)別部位間的片段插入與缺失。（3） 識(shí)別部位間的重復(fù)序列數(shù)目的變化。識(shí)別部位間的重復(fù)序列數(shù)目的變化。精選精選ppt DNA限制性內(nèi)切酶 restriction endonuclease 能夠識(shí)別特定的能

12、夠識(shí)別特定的DNA序列，與序列，與DNA分子結(jié)合后在分子結(jié)合后在特定部位將特定部位將DNA雙鏈切斷的核酸水解酶。雙鏈切斷的核酸水解酶。（1）生物學(xué)功能：水解核酸的磷酸二酯鍵。）生物學(xué)功能：水解核酸的磷酸二酯鍵。（2）命名：根據(jù)微生物的種（第一個(gè)字母大）命名：根據(jù)微生物的種（第一個(gè)字母大 寫）、屬（前二個(gè)字母小寫）、變種第一個(gè)寫）、屬（前二個(gè)字母小寫）、變種第一個(gè) 字母大寫）、發(fā)現(xiàn)分離的順序（羅馬數(shù)字）。字母大寫）、發(fā)現(xiàn)分離的順序（羅馬數(shù)字）。（3）分類：）分類： A：型：遠(yuǎn)離識(shí)別部位隨即切割，非特異。型：遠(yuǎn)離識(shí)別部位隨即切割，非特異。 B：型：在識(shí)別部位內(nèi)部切割，特異。型：在識(shí)別部位內(nèi)部切割，

13、特異。 C：型：在識(shí)別部位后定點(diǎn)切割，特異。型：在識(shí)別部位后定點(diǎn)切割，特異。 單位：?jiǎn)挝唬?U：在標(biāo)準(zhǔn)條件下，：在標(biāo)準(zhǔn)條件下，1h完全水解完全水解1g噬菌噬菌體的酶量。體的酶量。 精選精選ppt型型DNA限制性內(nèi)切酶限制性內(nèi)切酶： A：識(shí)別核酸序列數(shù)目：識(shí)別核酸序列數(shù)目4-6個(gè)。個(gè)。 B：識(shí)別序列為回紋序列。：識(shí)別序列為回紋序列。 C：切割后產(chǎn)生的末端分為粘行末端與平：切割后產(chǎn)生的末端分為粘行末端與平 末端。末端。 例：例：Pst 5-CTGCAG-3 3-GACGTC-5 Hae 5-GGCC-3 3-CCGG-5精選精選ppt精選精選ppt分型法：分型法： RFLP標(biāo)記是發(fā)展最早的DNA標(biāo)

14、記技術(shù)。RFLP技術(shù)主要包括以下基本步驟：DNA提取用限制性內(nèi)切酶酶切DNA 、 用凝膠電泳分開DNA片段把DNA片段轉(zhuǎn)移到濾膜上利用放射性標(biāo)記的探針雜交顯示特定的DNA片段（Southern雜交）和結(jié)果分析。 精選精選ppt精選精選ppt精選精選pptn特點(diǎn)A 無表型效應(yīng)，RFLP標(biāo)記的檢測(cè)不受環(huán)境條件和發(fā)育階段的影響。B RFLP標(biāo)記在等位基因之間是共顯性的，因此在配制雜交組合時(shí)不受雜交方式的影響。C 在非等位的RFLP標(biāo)記之間不存在上位效應(yīng)，因而互不干擾D RFLP標(biāo)記起源于基因組DNA的自身變異，在數(shù)量上幾乎不受限制E DNA需要量大，檢測(cè)技術(shù)繁雜，難以用于大規(guī)模的育種實(shí)踐中。在植物分

15、子標(biāo)記輔助育種中需要將RFLP轉(zhuǎn)換成以PCR為基礎(chǔ)的標(biāo)記。精選精選pptPCR-RFLP精選精選pptPCR-RFLP AnalysisTT: 55+68+135+241+302bp TT: 55+68+135+241+302bp CT: 55+68+135+241+302+543bpCT: 55+68+135+241+302+543bpCC: 55+68+135+543bpCC: 55+68+135+543bp AA: 152+187+462bp AA: 152+187+462bp CA: 83+104+152+187+462bp CA: 83+104+152+187+462bp CC: 8

16、3+104+152+462bp CC: 83+104+152+462bp 精選精選ppt微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)真核生物基因組中廣泛存在著串聯(lián)重復(fù)序列。根據(jù)重復(fù)單位大真核生物基因組中廣泛存在著串聯(lián)重復(fù)序列。根據(jù)重復(fù)單位大小的不同，將重復(fù)序列分為三小的不同，將重復(fù)序列分為三 類：衛(wèi)星序列、小衛(wèi)星序列類：衛(wèi)星序列、小衛(wèi)星序列和微衛(wèi)星序列。和微衛(wèi)星序列。衛(wèi)星衛(wèi)星DNA: 序列重復(fù)單位的長(zhǎng)度最常見的是序列重復(fù)單位的長(zhǎng)度最常見的是100300bp,有時(shí)可有時(shí)可達(dá)幾千達(dá)幾千bp,這些基元的拷貝數(shù)是這些基元的拷貝數(shù)是1000100000,形成很長(zhǎng)的成形成很長(zhǎng)的成串的重復(fù)結(jié)構(gòu)串的重復(fù)結(jié)構(gòu).通常存在于異染色

17、質(zhì)，主要分布在著絲粒區(qū)通常存在于異染色質(zhì)，主要分布在著絲粒區(qū)域。域。小衛(wèi)星小衛(wèi)星DNA:是一些重復(fù)單位在是一些重復(fù)單位在1060bp,總長(zhǎng)度由幾百到幾千總長(zhǎng)度由幾百到幾千個(gè)個(gè)bp串聯(lián)重復(fù)序列串聯(lián)重復(fù)序列,它主要存在于近端粒處它主要存在于近端粒處,在不同的個(gè)體間在不同的個(gè)體間存在著串聯(lián)數(shù)目的差異存在著串聯(lián)數(shù)目的差異,表現(xiàn)出高度的個(gè)體特異性表現(xiàn)出高度的個(gè)體特異性,且以孟德且以孟德爾方式穩(wěn)定地遺傳和分離爾方式穩(wěn)定地遺傳和分離,通常又被稱為通常又被稱為DNA指紋指紋.該類可通該類可通過過RFLP的方法加以鑒別的方法加以鑒別.精選精選ppt簡(jiǎn)單序列重復(fù)標(biāo)記，簡(jiǎn)單序列重復(fù)標(biāo)記，SSRn又稱微衛(wèi)星又稱微衛(wèi)星

18、DNA(Micro-satellite DNA)DNA(Micro-satellite DNA)標(biāo)記；標(biāo)記；n屬高度重復(fù)序列，重復(fù)單元屬高度重復(fù)序列，重復(fù)單元26bp，如，如(CA)n、(AT)、(GGC)n等重復(fù)，重復(fù)區(qū)大多幾十等重復(fù)，重復(fù)區(qū)大多幾十幾百幾百bp，分散在基因組中，大多不存在于編碼序列內(nèi)，具有分散在基因組中，大多不存在于編碼序列內(nèi)，具有較高的多態(tài)性。較高的多態(tài)性。呈現(xiàn)孟德爾式遺傳。目前微衛(wèi)星呈現(xiàn)孟德爾式遺傳。目前微衛(wèi)星DNADNA已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了萬余個(gè)位點(diǎn)。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了萬余個(gè)位點(diǎn)。TTCAGCTAGCTTTCAGCTAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC

19、AGCAGAGCTTGCAGCTTGCAAGTCGATCGAAAGTCGATCGAGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCTCGAACGTCGAACG精選精選ppt精選精選ppt一個(gè)家系的微衛(wèi)星PCR檢測(cè)結(jié)果精選精選pptSSR標(biāo)記的主要特點(diǎn)標(biāo)記的主要特點(diǎn)（1）數(shù)量豐富，廣泛分布于整個(gè)基因組；）數(shù)量豐富，廣泛分布于整個(gè)基因組；（2）具有較多的等位性變異；）具有較多的等位性變異；（3）共顯性標(biāo)記，可鑒別出雜合子和純合子）共顯性標(biāo)記，可鑒別出雜合子和純合子；（4）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠；）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠；（5）由于創(chuàng)建新的標(biāo)記時(shí)需知道重復(fù)序列兩）由于創(chuàng)建新的

20、標(biāo)記時(shí)需知道重復(fù)序列兩端的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費(fèi)端的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費(fèi)用也較高。用也較高。精選精選ppt微衛(wèi)星微衛(wèi)星DNA多態(tài)形成的機(jī)制多態(tài)形成的機(jī)制 微衛(wèi)星位點(diǎn)由其核心序列微衛(wèi)星位點(diǎn)由其核心序列(core sequence)和兩和兩側(cè)的側(cè)翼序列側(cè)的側(cè)翼序列(flanking sequence)共同構(gòu)成共同構(gòu)成,側(cè)翼序側(cè)翼序列具有位點(diǎn)特異性列具有位點(diǎn)特異性,而微衛(wèi)星本身的重復(fù)數(shù)變異則提而微衛(wèi)星本身的重復(fù)數(shù)變異則提供了微衛(wèi)星位點(diǎn)產(chǎn)生多態(tài)性的基礎(chǔ)供了微衛(wèi)星位點(diǎn)產(chǎn)生多態(tài)性的基礎(chǔ).重復(fù)數(shù)越大重復(fù)數(shù)越大,其變其變異性也越大異性也越大,等位基因數(shù)也越多等位基因數(shù)也越多. 引起微

21、衛(wèi)星位點(diǎn)發(fā)生突變的原因主要為引起微衛(wèi)星位點(diǎn)發(fā)生突變的原因主要為“滑鏈錯(cuò)滑鏈錯(cuò)配配”（slipped-strand mispairing)。在。在DNA 復(fù)制合復(fù)制合成的過程中，新生鏈和模板鏈之間在微衛(wèi)星重復(fù)區(qū)成的過程中，新生鏈和模板鏈之間在微衛(wèi)星重復(fù)區(qū)域可能發(fā)生錯(cuò)配，使得一個(gè)或者幾個(gè)重復(fù)單位形成域可能發(fā)生錯(cuò)配，使得一個(gè)或者幾個(gè)重復(fù)單位形成環(huán)狀，未能參與配對(duì)。如果未配對(duì)的重復(fù)單位位于環(huán)狀，未能參與配對(duì)。如果未配對(duì)的重復(fù)單位位于新生鏈，則最終得到的新生鏈未配對(duì)重復(fù)單位數(shù)目新生鏈，則最終得到的新生鏈未配對(duì)重復(fù)單位數(shù)目比模板鏈多。反之，如果未配對(duì)的重復(fù)單位位于模比模板鏈多。反之，如果未配對(duì)的重復(fù)單位位

22、于模板鏈，則最終得到的新生鏈未配對(duì)重復(fù)單位數(shù)目比板鏈，則最終得到的新生鏈未配對(duì)重復(fù)單位數(shù)目比模板鏈少模板鏈少.精選精選ppt微衛(wèi)星的檢測(cè)微衛(wèi)星的檢測(cè)n 1基因組基因組DNA制備制備n2微衛(wèi)星微衛(wèi)星DNA的擴(kuò)增：反應(yīng)總體積為的擴(kuò)增：反應(yīng)總體積為25L3SSR標(biāo)記電泳檢測(cè)：分標(biāo)記電泳檢測(cè)：分3個(gè)主要環(huán)節(jié)。個(gè)主要環(huán)節(jié)。1）電泳：）電泳： 采用采用6%聚丙烯酰胺凝膠電泳聚丙烯酰胺凝膠電泳,設(shè)恒定功率設(shè)恒定功率,預(yù)預(yù)電泳約電泳約30min后后,加擴(kuò)增樣品加擴(kuò)增樣品DNA46L,電泳電泳4060min(視分子量大小及差異帶的可辨度調(diào)整視分子量大小及差異帶的可辨度調(diào)整電泳時(shí)間電泳時(shí)間)。 2）染色：）染色：

23、 SSR PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳之后用銀染法來檢擴(kuò)增產(chǎn)物電泳之后用銀染法來檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物,不僅可避免使用同位素不僅可避免使用同位素,而且分辨率很高而且分辨率很高,甚至能檢測(cè)出甚至能檢測(cè)出1ng以下的以下的DNA。3）統(tǒng)計(jì)分析：根據(jù)不同的研究目的）統(tǒng)計(jì)分析：根據(jù)不同的研究目的,應(yīng)用相關(guān)軟件進(jìn)行應(yīng)用相關(guān)軟件進(jìn)行分析。分析。精選精選ppt基因型判定基因型判定n由于在變性膠中由于在變性膠中PCR產(chǎn)物是單鏈，并且不產(chǎn)物是單鏈，并且不受其堿基組成影響，因此，如果微衛(wèi)星受其堿基組成影響，因此，如果微衛(wèi)星PCR產(chǎn)物兩條互補(bǔ)鏈分子質(zhì)量相近，在變性膠中產(chǎn)物兩條互補(bǔ)鏈分子質(zhì)量相近，在變性膠中純合子為單帶，雜合子

24、為雙帶；如果微衛(wèi)星純合子為單帶，雜合子為雙帶；如果微衛(wèi)星PCR產(chǎn)物兩條互補(bǔ)鏈分子質(zhì)量相差較大，在產(chǎn)物兩條互補(bǔ)鏈分子質(zhì)量相差較大，在變性膠中純合子為雙帶，雜合子為四條帶。變性膠中純合子為雙帶，雜合子為四條帶。精選精選ppt精選精選ppt單核苷酸多態(tài)性單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism SNP)A. 定義定義n單核苷酸多態(tài)性單核苷酸多態(tài)性(SNP)主要是指在主要是指在基因組水平上由基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性序列多態(tài)性。 不同個(gè)體間，基因組DNA某部位的 單核苷酸的變異。1996年，Lander報(bào)道了用單核

25、苷酸多態(tài)性標(biāo)記（single nucleotid polymorphism SNP）制備第三代遺傳連鎖圖的遺傳標(biāo)記。精選精選pptnB. SNP在人類基因組中出現(xiàn)的頻率SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每在人類基因組中廣泛存在，平均每5001000個(gè)堿基對(duì)中個(gè)堿基對(duì)中就有就有1個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)1700萬個(gè)甚至更多。萬個(gè)甚至更多。 There is one SNP in every 1000 bases leads to an estimate that any two individuals differ by up to three million SNPs. 在基因組在

26、基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來說，位于編碼區(qū)內(nèi)的碼序列上。總的來說，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP(coding sNP,cSNP)比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)，其變異率僅及周圍比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)，其變異率僅及周圍序列的序列的1/5。但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因。但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此此cSNP的研究更受關(guān)注。的研究更受關(guān)注。精選精選pptnC. SNP檢測(cè)方法目前已有多種方法可用于目前已有多種方法可用于SNP檢

27、測(cè)：檢測(cè)：直接測(cè)序直接測(cè)序.單鏈構(gòu)像多態(tài)性單鏈構(gòu)像多態(tài)性single strand conformationpolymorphism,SSCP).寡聚核苷酸特異的連接寡聚核苷酸特異的連接； DNA芯片以及芯片以及TaqMan系統(tǒng)等。系統(tǒng)等。但不管哪一種方法，首先必須進(jìn)行靶序列的擴(kuò)但不管哪一種方法，首先必須進(jìn)行靶序列的擴(kuò)增，然后才能進(jìn)行其它檢測(cè)。增，然后才能進(jìn)行其它檢測(cè)。精選精選pptnD. SNP用作遺傳標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)n(1) SNP在人群中是二等位基因性的，在任何人群中其等位在人群中是二等位基因性的，在任何人群中其等位基因頻率都可估計(jì)出來?；蝾l率都可估計(jì)出來。n(2)它在基因組中的分布較微衛(wèi)星

28、標(biāo)記廣泛得多。它在基因組中的分布較微衛(wèi)星標(biāo)記廣泛得多。n(3)與串聯(lián)重復(fù)的微衛(wèi)星位點(diǎn)相比，與串聯(lián)重復(fù)的微衛(wèi)星位點(diǎn)相比，SNP是高度穩(wěn)定的，尤是高度穩(wěn)定的，尤其是處于編碼區(qū)的其是處于編碼區(qū)的SNP(cSNP),而前者的高突變率容易引起而前者的高突變率容易引起對(duì)人群的遺傳分析出現(xiàn)困難。對(duì)人群的遺傳分析出現(xiàn)困難。n(4)部分位于基因內(nèi)部的部分位于基因內(nèi)部的SNP可能會(huì)直接影響產(chǎn)物蛋白質(zhì)的可能會(huì)直接影響產(chǎn)物蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)或基因表達(dá)水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳結(jié)構(gòu)或基因表達(dá)水平，因此，它們本身可能就是疾病遺傳機(jī)制的候選改變位點(diǎn)。機(jī)制的候選改變位點(diǎn)。n(5)易于進(jìn)行自動(dòng)化分析，縮短了研究時(shí)間。易于進(jìn)

29、行自動(dòng)化分析，縮短了研究時(shí)間。精選精選ppt單鏈構(gòu)像多態(tài)性單鏈構(gòu)像多態(tài)性single strand conformationpolymorphism,SSCP).n日本日本Orita等研究發(fā)現(xiàn)，單鏈等研究發(fā)現(xiàn)，單鏈DNA片段呈復(fù)雜的空間折疊構(gòu)片段呈復(fù)雜的空間折疊構(gòu)象，這種立體結(jié)構(gòu)主要是由其內(nèi)部堿基配對(duì)等分子內(nèi)相互象，這種立體結(jié)構(gòu)主要是由其內(nèi)部堿基配對(duì)等分子內(nèi)相互作用力來維持的，當(dāng)有一個(gè)堿基發(fā)生改變時(shí)，會(huì)或多或少作用力來維持的，當(dāng)有一個(gè)堿基發(fā)生改變時(shí)，會(huì)或多或少地影響其空間構(gòu)象，使構(gòu)象發(fā)生改變，空間構(gòu)象有差異的地影響其空間構(gòu)象，使構(gòu)象發(fā)生改變，空間構(gòu)象有差異的單鏈單鏈DNA分子在聚丙烯酰分子在聚

30、丙烯酰 胺凝膠中受排阻大小不同胺凝膠中受排阻大小不同.因此，因此，通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳通過非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)，可以非常敏銳地，可以非常敏銳地將構(gòu)象上有差異的分子分離開將構(gòu)象上有差異的分子分離開.作者稱該方法為單鏈構(gòu)象多作者稱該方法為單鏈構(gòu)象多態(tài)性態(tài)性 (Single-Strand Conformation Polymorphism，SSCP)分析分析.在隨后的研究中，作者又將在隨后的研究中，作者又將SSCP用于檢查用于檢查PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的基因突變，從而建立了擴(kuò)增產(chǎn)物的基因突變，從而建立了PCR-SSCP技術(shù)，技術(shù)，進(jìn)一步提高了檢測(cè)突變方法的簡(jiǎn)便性和靈敏性進(jìn)一步提高了檢測(cè)突變方法的簡(jiǎn)便性和靈敏性. 精選精選pptn其基本過程是其基本過程是:PCR擴(kuò)增靶擴(kuò)增靶DNA;將特異將特異的的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物變性，而后快速復(fù)性，使之?dāng)U增產(chǎn)物變性，而后快速復(fù)性，使之成為具有一定空間結(jié)構(gòu)的單鏈成為具有一定空間結(jié)構(gòu)的單鏈DNA分子分子;將適量的單將適量的單 鏈鏈DNA進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳凝膠電泳;最后通過放射性自顯影、銀染最后通過放射性自顯影、銀染或溴化乙錠顯色分析結(jié)