土壤DNA的提取方法比較研究

1、    土壤dna的提取方法比較研究    劉燕+劉娟娟+吳晴晴摘 要：pcr擴(kuò)增檢測(cè)土壤樣品中目標(biāo)微生物的重要前提之一是獲得高質(zhì)量的微生物基因組總dna。但由于土壤樣品種類繁多、組成也相對(duì)復(fù)雜，且微生物細(xì)胞常緊緊吸附在土壤的顆粒表面，因此從土壤樣品中獲取無偏好、高質(zhì)量的微生物總dna具有較大難度。在保證獲得高質(zhì)量土壤微生物總dna的前提下，有效地將試劑盒與核酸提取儀相結(jié)合，以相對(duì)較低的成本獲得較高質(zhì)量的土壤微生物總dna。關(guān)鍵詞：土壤微生物 dna 提?。簊15 ：a ：1672-3791（2016）12（a）-0095-02現(xiàn)階段提取土壤樣品中總dn

2、a的方法，在微生物生態(tài)學(xué)不斷壯大與發(fā)展的過程中逐漸發(fā)展了起來。據(jù)報(bào)道，現(xiàn)階段從土壤樣品中獲得高質(zhì)量dna的方法主要有間接提取法和直接提取法。一般直接提取的效率相對(duì)較高，而間接提取的純度較高。提取土壤樣品中總dna沒有通用的唯一的標(biāo)準(zhǔn)方法，實(shí)際工作中需根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹⑼寥罉悠返奶攸c(diǎn)、實(shí)驗(yàn)室的條件而定。1 材料與方法1.1 主要試劑盒主要試劑盒：fastdna spin kit for soil試劑盒，genmed土壤dna分離試劑盒。1.2 主要儀器主要儀器：s1000tm thermal cycler，微量臺(tái)式離心機(jī)iec micro cl17，dyy-2c型電泳儀，凝膠成像系統(tǒng)，fastp

3、reptm fp120核酸提取儀，mini-beadbeater-16tm核酸提取儀，nanodrop nd-1000 spectrophotometer。1.3 土壤dna提取方法方法1：使用fastdna spin kit for soil試劑盒、用fastpreptm fp120核酸提取儀提取dna。方法2：使用fastdna spin kit for soil試劑盒、用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法3：用genmed土壤dna分離試劑盒提取dna。方法4：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna

4、。方法5：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法6：用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀、genmed土壤dna分離試劑盒提取dna。方法7：用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒相結(jié)合來提取dna。方法8：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法9：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法10：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-be

5、adbeater-16tm核酸提取儀提取dna。方法11：用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取dna。以上所有詳細(xì)操作步驟見相應(yīng)說明書。1.4 土壤dna電泳檢測(cè)取提取的dna模板3l與1l 6×loading buffer混合，加入1%（w/v）瓊脂糖凝膠加樣孔內(nèi)，置于電泳槽中進(jìn)行電泳檢測(cè)。2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析不同方法提取土壤核酸的效率如下。用方法111提取土壤dna，所得核酸濃度依次為9.6 ng/l、153.5 ng/l、87.3 ng/l、56.8 ng/l、88.0 ng/l、 52.2 ng/l、46.5 ng/l、69

6、.8 ng/l、67.6 ng/l、48.0 ng/l、51.0 ng/l，提取核酸得率分別為1.92g/g、30.7g/g、 17.46g/g、11.36g/g、17.6g/g、10.44g/g、9.36g/g、13.96g/g、13.52g/g、9.6g/g、10.2g/g土壤。利用方法111的提取方法對(duì)同一土壤樣品中的總dna進(jìn)行提取。電泳檢測(cè)結(jié)果見圖1：方法111分別對(duì)應(yīng)圖中相應(yīng)泳道111，可以看出泳道2、3、5、8的條帶相對(duì)較明亮，dna含量也相對(duì)較高。結(jié)果表明利用mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒有效結(jié)合提取土壤總dna的效率較高。

7、此外，與方法1、2相比，genmed土壤dna分離試劑盒的價(jià)格低于fastdna spin kit for soil試劑盒約10倍。3 結(jié)語(yǔ)將mini-beadbeater-16tm核酸提取儀與genmed土壤dna分離試劑盒相結(jié)合提取土壤總dna，在降低提取成本的同時(shí)保證dna質(zhì)量不下降。不同提取方法對(duì)同一土壤樣品中的dna提取效率不同3，實(shí)際工作中需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、不同土壤樣品以及不同?shí)驗(yàn)室條件等選擇相對(duì)合適的提取方法1-2。利用genmed土壤dna分離試劑盒與mini-beadbeater-16tm核酸提取儀提取土壤dna提取效率較高，成本相對(duì)較低。參考文獻(xiàn)1 徐曉宇，閔航，劉和，等.土壤中微生物總dna提取方法的比較j.農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào)，2005，13（3）：377-381.2 patrick robe，renaud nalin，car mela capellano，et al. vogel，pascal simonetj.european journal of soil biology， 2003（39）：183-190.3 xia y.isolation and chara