生物信息學(xué)NCBI的使用PPT學(xué)習(xí)教案

1、會(huì)計(jì)學(xué)1生物信息學(xué)生物信息學(xué)NCBI的使用的使用B Blastlast簡(jiǎn)介簡(jiǎn)介第1頁(yè)/共24頁(yè) BLAST簡(jiǎn)介簡(jiǎn)介第2頁(yè)/共24頁(yè)第3頁(yè)/共24頁(yè)第4頁(yè)/共24頁(yè)NCBI-BLAST的介的介紹紹第5頁(yè)/共24頁(yè)第6頁(yè)/共24頁(yè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)序列比對(duì)核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列-蛋蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列比對(duì)白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列比對(duì)蛋白質(zhì)序列蛋白質(zhì)序列-核酸數(shù)據(jù)庫(kù)翻譯后核酸數(shù)據(jù)庫(kù)翻譯后的蛋白質(zhì)序列比對(duì)的蛋白質(zhì)序列比對(duì)核酸翻譯成蛋白質(zhì)序列核酸翻譯成蛋白質(zhì)序列-核酸數(shù)據(jù)核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸譯成的蛋白質(zhì)序列比對(duì)庫(kù)中的核酸譯成的蛋白質(zhì)序列比對(duì)常用的常用的Blast工具工具在此進(jìn)入蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)在

2、此進(jìn)入蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索庫(kù)搜索P03958序列序列第7頁(yè)/共24頁(yè)第8頁(yè)/共24頁(yè)按照工作要求按照工作要求,直接選擇直接選擇 Blast方法方法第9頁(yè)/共24頁(yè)第10頁(yè)/共24頁(yè)選擇搜索數(shù)據(jù)庫(kù)，這里我們選nr(非冗余的蛋白序列庫(kù))。選擇BLAST程序如果接受其他參數(shù)默認(rèn)設(shè)置，點(diǎn)擊開(kāi)始搜索設(shè)置搜索的范圍，選擇特定物種，或者Entrez關(guān)鍵詞第11頁(yè)/共24頁(yè)與核酸相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)與核酸相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)與蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)與蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)第12頁(yè)/共24頁(yè)最多顯示最多顯示100條序列條序列E值上限10如果聯(lián)配的統(tǒng)計(jì)顯著性值(E 值)小于該值(10)，則該聯(lián)配將被檢出，換句話說(shuō)，比較低的閥值將使搜索的匹配要求更嚴(yán)格，結(jié)果報(bào)告中隨機(jī)產(chǎn)生的匹配序列減少。Word長(zhǎng)度打分矩陣，取默認(rèn)打分矩陣，取默認(rèn)對(duì)打分矩陣的調(diào)整詳細(xì)參數(shù)設(shè)置空位罰分過(guò)濾簡(jiǎn)單重復(fù)序列第13頁(yè)/共24頁(yè)第14頁(yè)/共24頁(yè)圖形示意結(jié)圖形示意結(jié)果果檢索結(jié)果檢索結(jié)果第15頁(yè)/共24頁(yè)目標(biāo)序列描述部分帶有g(shù)enbank的鏈接，點(diǎn)擊可以進(jìn)入相應(yīng)的genbank序列第16頁(yè)/共24頁(yè)進(jìn)入相應(yīng)的genbank序列物種來(lái)源第17頁(yè)/共24頁(yè)第18頁(yè)/共24頁(yè)Graphics結(jié)果第19頁(yè)/共24頁(yè)第20頁(yè)/共24頁(yè)第21頁(yè)/共24頁(yè)E值為0，不可能隨機(jī)匹