多基因聯(lián)合建樹圖解教程(引用高老師)

1、9一££<03二七ola£ uwwufjjv U5Ew a 2.«p* 9£衍，a F 戈 E.«p* sd -siaxtduwojvIHN E60X3 UHWU5VIKSEJ刪恥匸»掛.ffl涇ttfcte# VOL1J乏 w- H【觀10血杈)s?eq乏，1朋毎磴叵)dn<d(SSS)XEe三：JUQnbs二更s4tt您友去忌ttg)lt<乏 丄=3眄営護«旺-M)【呱H«ooo o J I .-<!<- iiss 一一 sg X iwnwrxW8S55S55292一 v

2、nr 2oz"205哥<|玄Eorv cz xioqitnl一 stlON工.sl_ SInf y導(dǎo)出過程會提示是否將空位標(biāo)記為問號,建議選擇選擇全否"。介逐一添加不同基因的多 重比對序列后，同樣點擊菜單欄上方的E x por t 導(dǎo)出n exus文件的合并序列文件，這里注意不同基因的前后順序。導(dǎo)出的nexus帶序列長度的標(biāo)識，建議用PAUP等軟件對序列文件進化格式化，建議保存為non-int e rlea v ed的nexu s文件。3同質(zhì)性檢驗必同質(zhì)性檢驗(Testing for homogeneity )兩種方法的參考腳本：(1)不相合長度差異檢驗(Incong

3、ru e nee 1 ength d if f erenc e test # ILD Test)begin s et;CHARSET01P1 = 1-825；CHARSET 02HC = 82 6 -2220；CHARSET 03 V p g 二 2 2 21-2784；charpa r t ition gene s 二 genel:0lP1 # gene2:0 2HC, gene3:0 3VPg ; end;Begi n PAUP;log f i 1 e = i 1 dtest. 1 og;hompa rt par t it i on二genes nreps=1 00/s t art= st

4、epwi s e addseq =random n reps=10 save r e ps = n o randomize = addseq r s ta t u s = no h old=1 swap= t br mul t rees=yes ;1 og stop ;End ;a (2)同質(zhì)性檢驗(Partition homogeneity t est PHT)begi n sets;c harpart i t ion favored = 1 : 1 - 82 5, 2:8 2 6-2220 r 3:22 21 -2784;end ;begin paup;hompart p a rtitio

5、n=favored nreps=1 0 0 sea rch=bandb ;end a這里僅演示ILD Test檢驗r將上述參考文件添加在第2步得到合并的nexu s文件尾如下圖添加腳本完畢，在P AUP中打開添加腳本后的n exu s文件運行如下圖所示逼 PAUPa 4.0bl0File Edit Window Help轉(zhuǎn)發(fā)g Displayallajrsut Z784 tot hi 1 chore ml chore jl353 char oZ6 varic nuntber of caps are tree 沙arting naoi non sequer inumcer of rep star

6、ting sqoc numoer of trees crancn-swoppinq bieepest descen inixiQA *MaxTr« erancnes col lap nuiirees' opti iopological con irees are unrocHeuristic Search StatusAddition sequence: random4 Thdd at each step: 1 Swappingaigorithm: TBR COLLAFSE option n effect: Yes (max) MULTREES option in effec

7、t YetNo N/A 64 42GG123 47 100 1137 1137Steepest descent: KE E Ping hee$ LE $core: 4 laxa joined: tt Rearrangement tried: * T rees remaning to swap: Number of trees saved: Best iree this rep: Best tree overall: Addbon-$equence replicate:>r. = 1BR):h length is zeroE*ecute |H omogeneily repScale 1 b

8、a 4 c ftt length ; 2675 Knej : 74Ln;l Col;l Sei; 0 | 0DoAW；ndow UTF-8 w/o BOM INS當(dāng)異質(zhì)性檢驗完成后，同一目錄下會生成一個日志文件(Mog),即為檢驗結(jié)果，如下圖所 示，P值001遠小于數(shù)據(jù)集可聯(lián)合與不可聯(lián)合的閾值005 ,表明這些數(shù)據(jù)集最好不要聯(lián)合分析。但后來相關(guān)的硏究表明，即使p值小于001 ,數(shù)據(jù)集照樣可以聯(lián)合分析。J G:Rdndy個人丈檔鼓交陳奈需因Fic8lD3t3teqULDTxt12J.log - Notepad+4- (Adrrwnfra交織F)蹇妻«5t(M)語 15(1) i9fi(

9、T) «(O)運行(R)砂P) ®0(W) 7AA4.聯(lián)合多基因建樹4衛(wèi)數(shù)據(jù)不分E(No partition):即合并后的數(shù)據(jù)集視為一體,只計算整體的核甘酸替換模型,操作方法如單基因的系統(tǒng)發(fā)育重建，此 文不再贅述。4.2數(shù)據(jù)分區(qū)(Part it ion):即合并的數(shù)據(jù)集中,針對每個 基因分別對應(yīng)的核甘酸替換模型。目前支持分區(qū)的軟件有RaxML、Mrbayes 和BEAST等。以下為Mrbayes的參考腳本：beg i n mrb a yes;CHARSET 01P1 = 1-8 25;CHARSET 02HC 二 8 26- 2 220;CHARSET 03VPg = 2

10、2 21-27 84;CHARS E T 04C P = 278 5-3585;partit i on gene=4: 01 Pl#0 2 HCf03VP g r 04CP;se t pa r tition=gene;1 se t a pplyto=(l) nst=6 rate s =prop i nv;Iset applyto = (2) nst=6 ra t es=invgamma;Iset a ppiyto = (3 ) nst=6 rat es=ga mma ;Iset applyto= ( 4) ns t =6 ra t e s =prop i nv;Prset appl y to=(a 1 1)