18第十章分類(lèi)鑒定

1、 據(jù)保守估計(jì)，地球上據(jù)保守估計(jì)，地球上真菌約真菌約150150萬(wàn)種，細(xì)菌萬(wàn)種，細(xì)菌4 4萬(wàn)種，病毒萬(wàn)種，病毒130130萬(wàn)種萬(wàn)種但認(rèn)識(shí)的微生物僅是估計(jì)數(shù)量的但認(rèn)識(shí)的微生物僅是估計(jì)數(shù)量的5 510%10%，即，即1515萬(wàn)萬(wàn)2020萬(wàn)種萬(wàn)種要認(rèn)識(shí)、研究和利用類(lèi)群龐大的微生物資源，要認(rèn)識(shí)、研究和利用類(lèi)群龐大的微生物資源，必須對(duì)它們進(jìn)行分類(lèi)。必須對(duì)它們進(jìn)行分類(lèi)。n定義：按微生物的親緣關(guān)系把它們安排定義：按微生物的親緣關(guān)系把它們安排成條理清楚的各種分類(lèi)單元或分類(lèi)群的成條理清楚的各種分類(lèi)單元或分類(lèi)群的科學(xué)?？茖W(xué)。n任務(wù)：分類(lèi)、鑒定、命名任務(wù)：分類(lèi)、鑒定、命名命名命名(nomenclature)：鑒定鑒定

2、(identification或或determination)：分類(lèi)分類(lèi)(classification)：種是生物分類(lèi)中種是生物分類(lèi)中基本的分類(lèi)單元基本的分類(lèi)單元和分類(lèi)等級(jí)。和分類(lèi)等級(jí)。 微生物的種：微生物的種：指具有高度特征相似性的指具有高度特征相似性的菌株群菌株群，這個(gè)菌，這個(gè)菌株群與其他類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。株群與其他類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。二、二、 種（種（speciesspecies）種的具體代表：種的具體代表： 稱(chēng)為稱(chēng)為“模式種模式種”（type species）例如：抗原特征的差異，分為不同的例如：抗原特征的差異，分為不同的血清型血清型； 對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同，分為不同的

3、對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同，分為不同的噬菌體型噬菌體型美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的美國(guó)賓夕法尼亞大學(xué)的細(xì)菌學(xué)教授細(xì)菌學(xué)教授伯杰伯杰(d.bergey) 主主編。編。1957年第七版后年第七版后，吸收了，吸收了國(guó)際上細(xì)菌分類(lèi)學(xué)家國(guó)際上細(xì)菌分類(lèi)學(xué)家參加編參加編寫(xiě)，它的近代版本反映了出版年代細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的最新寫(xiě)，它的近代版本反映了出版年代細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的最新成果，因而逐漸確立了在成果，因而逐漸確立了在國(guó)際上對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類(lèi)國(guó)際上對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類(lèi)的權(quán)威地位的權(quán)威地位。第一版（第一版（1923年）年） 第八版（第八版（1974年）年） 第九版（第九版（1994年年） 19841989年年改為改為伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)伯

4、杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)，簡(jiǎn)稱(chēng)，簡(jiǎn)稱(chēng)系統(tǒng)手冊(cè)系統(tǒng)手冊(cè) (bergeys manual of systematic bacteriology) （第一版，分四卷）（第一版，分四卷）第二版，分五卷第二版，分五卷（根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育資料根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育資料，對(duì)分類(lèi)單元進(jìn)行了相當(dāng)大的調(diào)整，將細(xì)菌，對(duì)分類(lèi)單元進(jìn)行了相當(dāng)大的調(diào)整，將細(xì)菌分成兩個(gè)域共分成兩個(gè)域共25門(mén)門(mén)39綱）綱）第一卷：古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌以及最早分支的細(xì)菌第一卷：古生菌、藍(lán)細(xì)菌、光合細(xì)菌以及最早分支的細(xì)菌第二卷：變形桿菌（包括形態(tài)及生理學(xué)特征多樣的革氏陰性菌）第二卷：變形桿菌（包括形態(tài)及生理學(xué)特征多樣的革氏陰性菌）第三卷：低第三卷：低g+c含量的革

5、氏陽(yáng)性菌含量的革氏陽(yáng)性菌第四卷：高第四卷：高g+c含量的革氏陽(yáng)性菌含量的革氏陽(yáng)性菌第五卷：浮霉?fàn)罹?、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和衣原體等第五卷：浮霉?fàn)罹?、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和衣原體等伯杰氏手冊(cè)伯杰氏手冊(cè)是目前進(jìn)行是目前進(jìn)行細(xì)菌分類(lèi)、鑒定的最細(xì)菌分類(lèi)、鑒定的最重要依據(jù)重要依據(jù)，其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)，其特點(diǎn)是描述非常詳細(xì)，包括對(duì)細(xì)菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的菌各個(gè)屬種的特征及進(jìn)行鑒定所需做的實(shí)驗(yàn)的具體方法。具體方法。a）每個(gè)生物種都有特定的每個(gè)生物種都有特定的gc%范圍，因此后者可以范圍，因此后者可以 作為分類(lèi)鑒定的指標(biāo)作為分類(lèi)鑒定的指標(biāo)。細(xì)菌的。細(xì)菌的gc%范圍為范圍為25

6、-75%， 變化范圍最大。變化范圍最大。b）gc%測(cè)定測(cè)定主要用于對(duì)表型特征難區(qū)分的細(xì)菌作主要用于對(duì)表型特征難區(qū)分的細(xì)菌作 出鑒定出鑒定，從分子，從分子 水平上判斷物種的親緣關(guān)系。水平上判斷物種的親緣關(guān)系。c） gc%的比較，主要用于分類(lèi)鑒定中的的比較，主要用于分類(lèi)鑒定中的否定否定. 親緣關(guān)系近的生物，它們應(yīng)該具有相似的親緣關(guān)系近的生物，它們應(yīng)該具有相似的g+c含含 量，量，但具有相似但具有相似g+c含量的生物，并不一定表明它含量的生物，并不一定表明它 們之間具有近的親緣關(guān)系。們之間具有近的親緣關(guān)系。gc%使用注意事項(xiàng)：使用注意事項(xiàng)：分析不同微生物分析不同微生物16srrna或或18srrna

7、寡核苷酸序列寡核苷酸序列的同源性程度，以確定不同生物間的親緣關(guān)系和進(jìn)化的同源性程度，以確定不同生物間的親緣關(guān)系和進(jìn)化譜系。譜系。 蛋白質(zhì)的氨基酸序列直接反映蛋白質(zhì)的氨基酸序列直接反映mrna 的序列，的序列，并與編碼它們合成的基因結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。并與編碼它們合成的基因結(jié)構(gòu)密切相關(guān)。 因此，比較不同微生物的蛋白質(zhì)可以間接揭示微因此，比較不同微生物的蛋白質(zhì)可以間接揭示微生物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。生物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。 比較蛋白質(zhì)的方法有多種。其中，最直接的方法比較蛋白質(zhì)的方法有多種。其中，最直接的方法是測(cè)定具有相同功能的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。是測(cè)定具有相同功能的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。四、微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)四、微型、簡(jiǎn)便、快速或自動(dòng)化鑒定技術(shù)1、 api 細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)菌種菌種基本培養(yǎng)基基本培養(yǎng)基（液體）（液體） 菌懸液菌懸液檢測(cè)、編碼、查表、鑒定檢測(cè)、編碼、查表、鑒定適用于適用于apiapi鑒定細(xì)鑒定細(xì)菌有菌有700700多種多種analytica products inc的簡(jiǎn)稱(chēng)。法國(guó)生物- 梅里埃公司生產(chǎn)的細(xì)菌數(shù)值分類(lèi)分析鑒定系統(tǒng)。約有1 000 種生化反應(yīng),可鑒定的細(xì)菌大于550 種。目前中國(guó)各級(jí)疾病預(yù)防控制機(jī)構(gòu)在細(xì)菌學(xué)檢驗(yàn)中比較多地應(yīng)用了此項(xiàng)技術(shù) 不同培養(yǎng)基分裝不同小槽中，同不同培養(yǎng)基分裝不同小槽中，同步接種，培養(yǎng)后檢測(cè)、查表、鑒定。步接種，培養(yǎng)