blast驗證引物

1、blast驗證引物驗證引物 一、概述一、概述 BLAST是是Basic Local Alignment Search Tool的英文縮寫，意即堿基局部對準(zhǔn)檢索工具，是一種序的英文縮寫，意即堿基局部對準(zhǔn)檢索工具，是一種序列類似性檢索工具。它采用統(tǒng)計學(xué)記分系統(tǒng)，能將真列類似性檢索工具。它采用統(tǒng)計學(xué)記分系統(tǒng)，能將真正配對的序列同隨機產(chǎn)生的干擾序列區(qū)別開來；同時正配對的序列同隨機產(chǎn)生的干擾序列區(qū)別開來；同時采用啟發(fā)式算法系統(tǒng)，采用啟發(fā)式算法系統(tǒng)，即采用的是局部對準(zhǔn)算法即采用的是局部對準(zhǔn)算法(Local Alignment Algorithm)，而不是全序列對準(zhǔn)算，而不是全序列對準(zhǔn)算法法(Global

2、Alignment Algorithm)。1.進(jìn)入網(wǎng)頁：進(jìn)入網(wǎng)頁：/blast/Blast.cgi常見生物基因組的常見生物基因組的blast蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫核酸序列數(shù)據(jù)庫查詢；核酸序列數(shù)據(jù)庫查詢；先將待查詢的核酸序列按六種可讀框架翻譯成蛋白質(zhì)序列，然后將翻譯結(jié)果先將待查詢的核酸序列按六種可讀框架翻譯成蛋白質(zhì)序列，然后將翻譯結(jié)果對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢；對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢；先將核酸序列數(shù)據(jù)庫中的核酸序列按六種可讀框架翻譯成蛋白質(zhì)序列，先將核酸序列數(shù)據(jù)庫中的核酸序列按六種可讀框架翻譯成蛋白質(zhì)序列，然后將待查詢的蛋白質(zhì)序列

3、及其互補序列對其翻譯結(jié)果進(jìn)行查詢；然后將待查詢的蛋白質(zhì)序列及其互補序列對其翻譯結(jié)果進(jìn)行查詢；先將待查詢的核酸序列和核酸序列數(shù)據(jù)庫中的核酸序列按六種可讀框架翻先將待查詢的核酸序列和核酸序列數(shù)據(jù)庫中的核酸序列按六種可讀框架翻譯成蛋白質(zhì)序列，然后再將兩種翻譯結(jié)果從蛋白質(zhì)水平進(jìn)行查詢。譯成蛋白質(zhì)序列，然后再將兩種翻譯結(jié)果從蛋白質(zhì)水平進(jìn)行查詢。特殊特殊blastBlast的頁面的頁面引物序引物序列輸入列輸入窗口窗口ATGTTGGGGAAATGCTTGACC數(shù)據(jù)庫的選擇數(shù)據(jù)庫的選擇在此，我們選擇在此，我們選擇第三個數(shù)據(jù)庫第三個數(shù)據(jù)庫程序的選擇程序的選擇顯示結(jié)顯示結(jié)果在新果在新的窗口的窗口點擊此按鈕，點擊此

4、按鈕，進(jìn)入結(jié)果頁面進(jìn)入結(jié)果頁面輸入方法可先輸入上游引物，進(jìn)行輸入方法可先輸入上游引物，進(jìn)行blast程序，同樣程序，同樣方法在進(jìn)行下游引物的方法在進(jìn)行下游引物的blast程序。在結(jié)果分析特異程序。在結(jié)果分析特異性時要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下性時要看能與上游引物的匹配的系列，還要看與下游引物匹配的系列游引物匹配的系列之后看兩者的交叉。之后看兩者的交叉。 等待若干秒之后，出現(xiàn)等待若干秒之后，出現(xiàn)results of BLAST的網(wǎng)頁。的網(wǎng)頁。該網(wǎng)頁用三種形式來顯示該網(wǎng)頁用三種形式來顯示blast的結(jié)果。的結(jié)果。 （1）圖形格式）圖形格式 通過點擊相應(yīng)的通過點擊相應(yīng)的bar可以得到匹配

5、情況的可以得到匹配情況的詳細(xì)信息。詳細(xì)信息。 （2）結(jié)果信息概要：）結(jié)果信息概要： 從左到右分別為：從左到右分別為：A、數(shù)據(jù)庫系列的身份證：點擊之后可以獲得該序列的信息、數(shù)據(jù)庫系列的身份證：點擊之后可以獲得該序列的信息B、系列的簡單描述、系列的簡單描述 C、高比值片段對（、高比值片段對（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的計算公式匹配的堿基的高低由大到小排列。得分的計算公式匹配的堿基20.1。舉例：如果有。舉例：如果有20個堿個堿基匹配，則其得分為基匹配，則其得分為40.1。 D、E值：代表被比對的兩

6、個序列不相關(guān)的可能性。值：代表被比對的兩個序列不相關(guān)的可能性。E值最低的最有意義，也就值最低的最有意義，也就是說序列的相似性最大。設(shè)定的是說序列的相似性最大。設(shè)定的E值是我們限定的上限，值是我們限定的上限，E值太高的就不顯示了值太高的就不顯示了E、最后一欄有的有、最后一欄有的有UEG的字樣，其中：的字樣，其中： U代表：代表：Unigene數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 E代表：代表：GEO profiles數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫 G代表：代表：Gene數(shù)數(shù)據(jù)庫據(jù)庫ABCDE（3）結(jié)果詳細(xì)信息）結(jié)果詳細(xì)信息 序列的信息序列的信息上游引物與該序列的正鏈上游引物與該序列的正鏈【Plus/Plus】的的匹配情況：匹配情況：共有

7、共有21個堿基匹配，得分個堿基匹配，得分42.1分分【2120.142.1】，E值為值為0.014上游引物與序列的上游引物與序列的121位點匹配位點匹配結(jié)果判斷：結(jié)果判斷：驗證文獻(xiàn)報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示驗證文獻(xiàn)報道的引物是否正確：如果你可以在所顯示的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說明你的引物正確性的結(jié)果中找出你的目的基因，一般說明你的引物正確性沒問題。如果你沒問題。如果你blast后沒有發(fā)現(xiàn)你的目的基因，或者分后沒有發(fā)現(xiàn)你的目的基因，或者分值很低，該引物就可能不適合用值很低，該引物就可能不適合用檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起檢測該對引物是否可與其它序列匹配，引起PCR的非的非特異性擴增。如果找到了你的目的基因名稱，而且找到特異性擴增。如果找到了你的目的基因名稱，而且找到了一大批同物種的不同基因，（上下游引物分別搜索到了一大批同物種的不同基因，（上下