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文檔簡介

1、1.研究相互作用蛋白質(zhì)組學(xué)的意義?蛋白質(zhì)很少單獨發(fā)揮其功能,通常都是多種蛋白質(zhì)形成復(fù)合物起生物學(xué)作用,全球范圍內(nèi)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的研究,也就是所謂的相互作用組學(xué)已經(jīng)成為非常重要的現(xiàn)代分子生物學(xué)。蛋白質(zhì)是所有細(xì)胞的重要組成部分,大多數(shù)細(xì)胞行使功能時蛋白質(zhì)之間的相互作用是必不可少的。如基因轉(zhuǎn)錄,細(xì)胞周期調(diào)控,信號轉(zhuǎn)導(dǎo)或監(jiān)控過程中等的基本過程都依賴于正確的功能蛋白質(zhì)復(fù)合物?!昂蠡蚪M”時代的重要里程碑之一是功能注釋的基因組數(shù)據(jù)的積累。蛋白質(zhì)形成時的干擾或?qū)M織內(nèi)蛋白質(zhì)復(fù)合物的干擾,往往會導(dǎo)致細(xì)胞功能障礙,最終導(dǎo)致疾病。而且,在不同的組織和細(xì)胞中,蛋白質(zhì)復(fù)合物的組成并非一成不變,為適應(yīng)細(xì)胞生長的

2、微環(huán)境變化,蛋白質(zhì)復(fù)合物的各組成成分還存在著時間和空間的表達(dá)差異性。因此,在組織或細(xì)胞中眾多蛋白質(zhì)協(xié)同發(fā)揮生理作用的過程中,蛋白質(zhì)復(fù)合物的組成分析尤其重要,這也進一步要求我們充分揭示一個細(xì)胞或組織中完整的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)蛋白質(zhì)相互作用組。 2.相互作用蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法有哪些? 答:生物化學(xué)方法:免疫共沉淀法;親和層析法。 遺傳學(xué)方法:yeast two-hybrid;Protein-fragment complementation assay(PCA);Membrane yeast two-hybrid(MYTH);Resonance-energy transfer (RET)

3、systems包括FRET、BRET、 BRET-FRET(SRET)、TR-FRET和FRAP;luminescence-based mammalian interactome mapping(LUMIER);The mammalian protein-protein interaction trap(MAPPIT) and its variants(Array MAPPIT、MASPIT和Reverse MAPPIT);Phage display;Protein microarrays 。酵母雙雜交蛋白質(zhì)的片段互補分析(PCA);膜酵母雙雜交(MYTH);共振的能量轉(zhuǎn)移(RET)系統(tǒng)包括F

4、RET,BRET,BRET,熒光共振能量轉(zhuǎn)移(SRET),TR-FRET和FRAP;基于發(fā)光的哺乳動物相互作用組的映射(LUMIER);哺乳動物的蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用的陷阱(MAPPIT)及其變種(的陣列MAPPIT,MASPIT和反向MAPPIT);噬菌體顯示屏;蛋白質(zhì)微陣列。3.與傳統(tǒng)蛋白質(zhì)相互作用研究方法相比,相互作用蛋白質(zhì)組學(xué)的優(yōu)勢在哪里?答:相互作用蛋白組學(xué)技術(shù)可以在生理條件下獲得與靶蛋白相互作用的蛋白質(zhì),候選蛋白質(zhì)與靶蛋白的結(jié)合機會均等;靈敏度高;鑒定出在空間上非直接物理相互作用的蛋白質(zhì),避免假陽性出現(xiàn);檢測多亞基蛋白質(zhì)之間的相互作用;能適用于大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用的研究等。傳

5、統(tǒng)方法由于其粗糙性和經(jīng)濟承受能力HTP互動目前可用的數(shù)據(jù)仍然是基于經(jīng)典的Y2H。雖然它最近已表明,Y2H網(wǎng)絡(luò)提供高品質(zhì)的二進制交互信息,但該方法具有的固有的局限性,如收縮相互作用的核和使用酵母作為宿主系統(tǒng)。而現(xiàn)在的方法是以酵母系統(tǒng)為基礎(chǔ),應(yīng)用哺乳動物系統(tǒng),因此提供了一些優(yōu)勢,并且,他們往往是技術(shù)上的挑戰(zhàn),而不是擴展到HTP格式。如的PCA,RET為基礎(chǔ)的方法或MAPPIT操作方法在哺乳動物細(xì)胞中,它可以補充耦合質(zhì)譜方法(AP-MS)。這是經(jīng)常選用的方法,因此HTP PPIs類藥物的研究被廣泛使用的親和純化。雖然AP-MS需要相對嚴(yán)格的生化隔離的蛋白質(zhì)復(fù)合物,但它可以適用于寬范圍的細(xì)胞類型。隨著

6、相互作用蛋白質(zhì)組學(xué)的成熟可以有更多新穎的發(fā)現(xiàn),也可以使我們更好的了解細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)之間的相互作用。1.基因芯片在醫(yī)學(xué)中有何應(yīng)用?(1)發(fā)現(xiàn)新基因(2)基因表達(dá)分析(3)DNA序列測定與序列間比較(4)突變體和多態(tài)性的檢測(5)疾病的診斷。(6)藥物研究的重要技術(shù)平臺,大量應(yīng)用與耐藥性檢測、藥物靶點尋找、高通量的藥物篩選、藥物作用機制和毒理研究等。2.基因芯片的使用應(yīng)注意哪些問題?根據(jù)研究課題的需要來選取相關(guān)基因芯片?;蛐酒臄?shù)量:每實驗組應(yīng)最少有56塊基因芯片才具有統(tǒng)計學(xué)意義。利用基因芯片時必須了解在什么時間取材和取什么組織進行檢測的問題。在什么時間取材需要研究者根據(jù)相關(guān)文獻和實驗?zāi)康亩āH?/p>

7、材時應(yīng)注意不要將無關(guān)組織帶入實驗材料中,以免影響取材的準(zhǔn)確性。組織的取材量由組織類型和基因芯片的一次成功率決定。不能單憑基因芯片檢測結(jié)果而對不同表達(dá)的基因之間的關(guān)系做出結(jié)論。隨著蛋白芯片技術(shù)的發(fā)展,將基因芯片技術(shù)與蛋白芯片技術(shù)結(jié)合使用,可提高實驗結(jié)果的可靠性和準(zhǔn)確性??刹捎门c基因芯片公司合作的方式進行,在合作中,應(yīng)就實驗的設(shè)計等問題與基因芯片公司協(xié)商。避免由于實驗設(shè)計等原因?qū)е聦嶒灥氖?。同時,應(yīng)與基因芯片公司簽訂有關(guān)合同,明確雙方的義務(wù)和責(zé)任。3. 基因芯片有哪些優(yōu)點和缺點?優(yōu)點:檢測效果:準(zhǔn)確、可靠、靈敏。檢測方法由由熒光掃描儀檢測,計算機自動分析,方便、快捷。成本低。與傳統(tǒng)診斷區(qū)別:直接

8、以病理基因(致病基因、疾病相關(guān)基因和外源性病原生物基因等)為分析對象。可以一次性對樣品大量序列進行檢測和分析。缺點:技術(shù)成本昂貴、復(fù)雜、檢測靈敏度較低、重復(fù)性差、分析泛圍較狹窄等。 中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)結(jié)核特別是結(jié)核性腦膜炎(TBM)是結(jié)核分枝桿菌(M.Tb)感染最為嚴(yán)重的形式,盡管近期在抗結(jié)核治療方面取得了一定進展,但是在感染的患者中一半以上會出現(xiàn)死亡或嚴(yán)重的中樞缺陷。CNS結(jié)核的決定性診斷取決于腦脊液(CSF)中M.Tb的檢測?,F(xiàn)在CNS結(jié)核的診斷依然是個難題,因為在TBM急性階段廣泛應(yīng)用的細(xì)菌學(xué)檢測方法的“金標(biāo)準(zhǔn)”(如直接涂片和細(xì)菌培養(yǎng))在檢測CSF標(biāo)本中的M.Tb時敏感性并不高。與傳

9、統(tǒng)的“金標(biāo)準(zhǔn)”不同, 最近多種分子學(xué)方法包括核酸擴增(NAA)分析技術(shù),特別是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)分析法,已經(jīng)作為一個診斷CNS結(jié)核的新興方法浮現(xiàn)。因其有快速、敏感和特異的特點。此外,巢式PCR分析技術(shù)的革新值得關(guān)注,因為他能改進CNS結(jié)核的診斷。本文中,對最近的NAA方法,主要是PCR技術(shù)作一概述。1、 簡介在美國,由M.Tb引發(fā)的CNS疾病特別是結(jié)核性腦膜炎(TBM)并不常見,占所有結(jié)核病例的1%左右。中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)結(jié)核是結(jié)核分枝桿菌(M.Tb)感染最為嚴(yán)重的形式,盡管近期在抗結(jié)核治療(ATT)方面取得了一定進展,但是在感染的患者中一半以上會出現(xiàn)死亡或嚴(yán)重的中樞缺陷。此外,由于

10、廣泛傳播的AIDS引起越來越多的免疫功能不全的的群體、逐漸增加的老齡化人群、免疫抑制劑的廣泛應(yīng)用等原因,使得TBM成為一個嚴(yán)重的臨床和社會問題。因為CNS結(jié)核相對稀少且引起的中樞癥狀無特異性,所以其診斷有很大難度。對于TBM來說,針對結(jié)核進行準(zhǔn)確快速診斷和早期治療尤為重要,否則會導(dǎo)致預(yù)后不良和長期的神經(jīng)方面的后遺癥。然而,M.Tb傳統(tǒng)的基于細(xì)菌學(xué)的金標(biāo)準(zhǔn)檢測法包括直接涂片進行抗酸染色(AFB)和細(xì)菌培養(yǎng)不能對其進行早期診斷,因為敏感性較低且培養(yǎng)時間過長(4-8周)。 最近,用各種分子學(xué)方法,包括NAA分析技術(shù),特別是PCR分析方法用于檢測CSF中M.Tb DNA已經(jīng)作為一個診斷CNS結(jié)核的新興

11、方法浮現(xiàn)。因其有快速、敏感和特異的特點。許多學(xué)者認(rèn)為雖然不同的實驗室和每種類型的檢測方法之間的PCR敏感性有著顯著差異(6583%),但是不能用PCR法檢測CSF中的M.Tb DNA。而且,有報道將巢式PCR法作為檢測CSF中 M.Tb DNA的強效方法。與傳統(tǒng)的單級PCR相比,這種新方法可顯著增強DNA擴增的敏感性和特異性。然而,由于其步驟繁瑣耗時且有較高的交叉污染的風(fēng)險,所以用巢式PCR檢測CSF以診斷TBM還有待于改進。目前,常規(guī)診斷實驗室檢測用實時PCR法。除了進行常規(guī)的定性分析,實時PCR以其高度復(fù)制性使精確定量分析成為可能。 本文作者聚焦與NAA分析技術(shù)特別是PCR法的最新進展,并

12、對期刊中和臨床上關(guān)于CNS結(jié)核診斷的演進作一概述。2、 結(jié)核的全球流行病學(xué)負(fù)擔(dān)2007年,據(jù)世界衛(wèi)生組織(WHO)統(tǒng)計每年會有9.27百萬活性結(jié)核新增病例,這導(dǎo)致每年約1.6百萬人死亡。結(jié)核依然是一個世界性負(fù)擔(dān),在不發(fā)達(dá)國家和發(fā)展中國家有大量新增病例。實際上,在結(jié)核發(fā)病率上印度、中國、印度尼西亞、尼日利亞和南非依次位列第一到第五位。在80%的新增病例中,像貧困、過度擁擠、營養(yǎng)不良和免疫系統(tǒng)功能不良等社會和人口統(tǒng)計學(xué)因素在其世界范圍內(nèi)流行起重要作用,而余下的20%結(jié)核患者與撒哈拉以南非洲中的HIV有關(guān)。在2007年新增的9.27百萬病例中,約有1.37百萬(14.8%)HIV陽性。CNS感染是結(jié)

13、核最為嚴(yán)重的感染形式之一。在美國針對肺外結(jié)核進行的大范圍流行病學(xué)研究中CNS相關(guān)的病例占總肺外結(jié)核的5-10%,與2010年CDC新進估計的5.5%(CVS結(jié)核占總結(jié)核病例的1.2%)相近。在CNS結(jié)核最大的前瞻性流行病學(xué)研究中,從加拿大收集的1970-2001年間82764個結(jié)核病例中,CNS結(jié)核的發(fā)病率接近1.0%。然而,盡管在像美國這樣的發(fā)達(dá)國家中結(jié)核病例的總數(shù)量在減少,但是,有報道表明肺外結(jié)核所占比例在漸進式增加。造成這一現(xiàn)象的原因在于近年來免疫功能不全患者的增加和HIV/AIDS流行率的盛行。此外,盡管結(jié)核的基于人口的總死亡率較低且正在減少,但是已有研究顯示伴有肺外結(jié)核(包括CNS結(jié)

14、核、TBM和傳播性疾病)患者的死亡率會顯著增加現(xiàn)已確認(rèn)幾個引發(fā)CNS結(jié)核的風(fēng)險因素。年齡(兒童>成人)和合并HIV感染的患者均屬患CNS的高風(fēng)險因素。其他危險因素包括營養(yǎng)不良、近期小兒麻疹、酗酒、腫瘤成人免疫抑制劑的應(yīng)用和社區(qū)流行的疾病。發(fā)達(dá)國家中有研究表明在CNS患者中,外國出生的個體(即出生于發(fā)達(dá)國家以外國家的人)呈現(xiàn)出更高的患病率。3、 CNS結(jié)核的現(xiàn)行診斷方法現(xiàn)在,CNS結(jié)核診斷依然是一復(fù)雜問題,因為像直接涂片抗酸染色和M.Tb培養(yǎng)等廣為應(yīng)用的傳統(tǒng)的細(xì)菌學(xué)檢測方法不能快速檢測出CSF標(biāo)本中的M.Tb,因其在TBM急性階段敏感性較差??紤]到CNS結(jié)核的預(yù)后和長期神經(jīng)后遺癥,其急性階

15、段的快速準(zhǔn)確診斷和早起開始ATT治療顯得尤為重要?;谖⑸锛夹g(shù)進行的傳統(tǒng)的“金標(biāo)準(zhǔn)”在診斷TBM時敏感性較差且不能及時得到結(jié)果,而臨床要求診斷方法要更為敏感、快速、精確。現(xiàn)已有應(yīng)用于結(jié)核病呼吸道標(biāo)本的檢測技術(shù),從這些技術(shù)中抽出幾個基于分子的方法對CNS結(jié)核進行診斷,這種做法是否合適仍處于評估階段。這些技術(shù)包括商品化的NAA法和其他PCR類方法。此外,像磁共振成像(MRI)等神經(jīng)放射成像技術(shù)的應(yīng)用顯著提升TBM和結(jié)核診斷的準(zhǔn)確性。最近,有大量應(yīng)用神經(jīng)放射成像技術(shù)評估CNS結(jié)核的報道。公認(rèn)的TBM神經(jīng)放射方法用于基礎(chǔ)腦膜強化、腦積水和幕上腦實質(zhì)和腦干梗塞的診斷。而且,通常認(rèn)為腦內(nèi)結(jié)核瘤強度有高有

16、低。伴有不規(guī)則壁的圓形或分葉狀腫物,并且調(diào)節(jié)對比度后呈均質(zhì)或環(huán)狀增強。然而,當(dāng)只用神經(jīng)放射成像技術(shù)時,無法區(qū)分結(jié)核瘤和其他想像真菌顆粒這樣的腦內(nèi)集聚性損傷。因此,我們認(rèn)為是基于分子學(xué)的技術(shù)和神經(jīng)放射成像結(jié)合的方法是有發(fā)展前景的方法,在診斷TBM和結(jié)核性腫瘤中非常好,而不是伴或不伴有經(jīng)典的細(xì)菌生物學(xué)技術(shù)的神經(jīng)放射成像技術(shù)。肺結(jié)核的研究和治療4、 PCR技術(shù)的最新進展診斷M.Tb的NAA法是通過對來自痰液或CSF等臨床標(biāo)本進行M.Tb的DNA或RNA提取和擴增,以檢測是否含有結(jié)合桿菌。PCR技術(shù)是典型的DNA擴增方法。鑒于PCR分析技術(shù)的最新成就和進展,在這部分,我們對其原理做一概括。4.1PCR

17、的基本原理圖1簡要闡釋了PCR的基本原理。從根本上說,PCR分析技術(shù)依賴與熱循環(huán),包括重復(fù)加熱和冷卻以使DNA變性及其酶的復(fù)制。短的DNA片段稱為引物,他有與含DNA酶的靶區(qū)互補的序列,是使特異性DNA序列擴增的重要組成部分。熱循環(huán)的第一步是在高溫(94-98 20-30秒)下進行雙鏈DNA的物理分離。這被稱為DNA變性階段。在較低溫度(5065C 20-40秒)下,將與靶DNA互補的引物退火到每一個單鏈DNA模版上,該步為退火階段。PCR的特異性主要來源于與模版序列完全匹配的引物序列和取決于于引物長度的退火溫度。DNA多聚酶連接到引物-模版雜交鏈上開始DNA復(fù)制。DNA聚合酶從5到3方向組裝

18、合成一條新的與DNA模版互補的鏈,該步叫延伸。一般來說,幾乎所有的PCR均需要耐熱的DNA聚合酶,如最初從嗜熱水生菌中分離出的Tap聚合酶。結(jié)果,它實現(xiàn)了連續(xù)重復(fù)熱循環(huán)程序,即交替的加熱和冷卻步驟。進行熱循環(huán)時,合成的DNA片段自身作為模版進行復(fù)制,成為一個連續(xù)的鏈?zhǔn)椒磻?yīng),使得DNA模版成倍的擴增。用瓊脂糖凝膠電泳的方法根據(jù)擴增的DNA片段長度(分子量)的不同將其分離。然后用含EB(溴化乙定)的溶液處理,EB是在瓊脂糖凝膠電泳中使DNA條帶可見的最常用的染料。因為在UV燈下EB熒光嵌入DNA主要的槽中,經(jīng)EB處理后,可見明顯的擴增的靶DNA片段的條帶,進而進行檢測。4.2、巢式PCR法原理圖1

19、b為巢式PCR法的基本原理。巢式PCR法是改進的PCR法,旨在顯著增強擴增效率、減少因非目標(biāo)引物結(jié)合位點擴增引起的非特異性PCR產(chǎn)物。盡管普通PCR特異性取決于與靶DNA序列結(jié)合的引物的互補性,但引物常與其他相似的DNA區(qū)域結(jié)合,產(chǎn)生像引物二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)和替代性目標(biāo)序列這樣的不相關(guān)的PCR產(chǎn)物。巢式PCR使用兩對引物,應(yīng)用于PCR的兩個連續(xù)性步驟中。特別是,第二對引物在首步PCR產(chǎn)物中進行再次擴增;這就是“巢式”這一概念的來源。第一對PCR引物擴增片段和普通PCR相似。然而,第二對引物結(jié)合在第一次PCR產(chǎn)物內(nèi)部進行第二步PCR產(chǎn)物擴增,第二次PCR擴增片段短于第一次擴增。巢式PCR的優(yōu)點在于

20、如果第一步擴增了不相關(guān)或非特異性片段,第二次能在錯誤片段上進行引物配對并擴增的概率極低。因此,巢式PCR是一項非常好的技術(shù),他可通過兩步擴增獲得足量的靶DNA,并且他可通過降低非特異性產(chǎn)物的擴增顯著改進靶序列的特異性。4.3、實時定量PCR法原理實時定量PCR法是一種變異的PCR技術(shù),旨在擴增并且同時定量靶DNA分子;他可進行檢測和定量。盡管實時定量PCR法的基本步驟衍生于普通的PCR法,但是其重要特點在于可在反應(yīng)過程中實時檢測擴增的DNA片段。與傳統(tǒng)的普通PCR(在反應(yīng)的終末階段檢測PCR產(chǎn)物)相比,這是一新的革命性的方法.實時檢測PCR的兩種常用方法如下:(1)用像SYBR Green這樣

21、的非特異性熒光染料嵌入任意雙連DNA中(2)用像TapMan探針一樣的序列特異的寡聚核苷酸探針標(biāo)記熒光報告染料,只有該探針與互補的靶序列雜交后才能被檢測到。前者(SYBR Green)結(jié)合包括非特異性PCR產(chǎn)物(如引物二聚體)在內(nèi)的所有雙鏈DNA PCR產(chǎn)物。這是其潛在的缺陷,因為他會影響預(yù)期目標(biāo)DNA的精確定量。相比之下,像TapMan探針這樣的熒光報告探針只檢測包含互補探針序列的DNA片段;因此,即使出現(xiàn)非特異性的擴增片段,應(yīng)用這類報告探針依然可以顯著增強特異性并且能精確定量。圖1C所示為基于熒光探針技術(shù)(TaqMan PCR)的實時定量PCR的基本原理。用熒光報告染料(如FAM或VIC)

22、在5端標(biāo)記序列特異性寡聚核苷酸探針,在3端標(biāo)記共軛的淬滅染料(如TAMRA)。熒光報告染料和淬滅染料非常接近,阻止熒光的發(fā)散。當(dāng)反應(yīng)被啟動時,在PCR退火階段,探針和引物均與靶DNA序列退火。當(dāng)PCR反應(yīng)繼續(xù)時,Taq聚合酶的5-3核酸外切酶活性使探針分解,進而使報告集團和淬滅集團分離,導(dǎo)致報告染料的非淬滅集團放射熒光,該熒光可在激光激發(fā)后得到檢測。因為熒光報告染料與淬滅染料的分離方式與PCR循環(huán)過程有關(guān),所以熒光強度呈指數(shù)形式增加。這種增加被用來測定Ct值,以計算每一次反應(yīng)的擴增率。最終可以精確測量主量DNA 最新的中樞神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)核的PCR診斷5、 檢測M.Tb的商品化NAA法如今,美國食品

23、藥品管理局(FDA)已通過了兩中可行的商品化NAA法,用于M.Tb的直接檢測。如下:羅氏Amplicor結(jié)核分枝桿菌測試(Roche Diagnostic Systems, Inc., Indianapolis, IN, USA)和基因探針擴增結(jié)核分枝桿菌直接(MTD)檢測(Gene-Probe, Inc., San Diego, CA, USA)兩種檢測均用M.Tb(GenBank accession no. NC 000962.2 (14718461473382)的16S核糖體RNA(rRNA)作為擴增的靶序列。16S核糖體RNA(rRNA)代表著微生物的穩(wěn)定屬性,被廣泛應(yīng)用于確定分枝桿菌

24、種類。羅氏Amplicor檢測應(yīng)用的是普通PCR法。在這種檢測試劑盒中用引物對和M.Tb特異性的16S核糖體RNA(rRNA)進行擴增和檢測。此外,羅氏Cobas TaqMan MTB檢測是Amplicor檢測的改進方法,它采用的是實時(TaqMan)PCR技術(shù)。同時,基因探針擴增結(jié)核分枝桿菌直接(MTD)檢測是等溫的RNA擴增方法。在這種檢測試劑盒中,在恒溫(43C)條件下通過反轉(zhuǎn)錄酶和RNA聚合酶耦合,使M.Tb的16S核糖體RNA(rRNA)直接擴增,用特異性oligo-RNA探針雜交方法進行檢測。現(xiàn)在,F(xiàn)DA規(guī)定Amplicor法只能用于痰涂片陽性的呼吸道標(biāo)本的檢測。同時,不管AFB的

25、痰涂片結(jié)果如何,均可應(yīng)用MTD法檢測呼吸道標(biāo)本。有幾項研究報道,在AFB痰涂片陽性標(biāo)本中,兩種檢測方法均可獲得滿意的結(jié)果(敏感性和特異性均高于95%),但是,應(yīng)用于AFB痰涂片陰性標(biāo)本時,敏感性降低(60 -85%)。FDA規(guī)定,兩種方法均不能應(yīng)用于CSF的檢測。6、 PCR技術(shù)的臨床應(yīng)用:CNS結(jié)核的診斷表1總結(jié)了用PCR技術(shù)診斷CNS結(jié)核的效果。應(yīng)用NAA技術(shù)的難點在于CSF標(biāo)本中M.Tb的快速診斷,CSF標(biāo)本多數(shù)來自主要出現(xiàn)在TBM中的少數(shù)桿菌,還有CSF中擴增抑制因子的出現(xiàn)。在臨床實際實踐中,診斷CNS結(jié)核時,PCR的敏感性和特異性是最為重要的。為改進PCR法的敏感性和特異性,在CSF

26、標(biāo)本里從少數(shù)M.Tb桿菌中有效提取純化DNA和設(shè)置特意有效的模版引物以擴增M.Tb DNA是最為重要的因素。因此,許多研究人員在這些問題上進行著緊鑼密鼓地工作。在20世紀(jì)90年代,Shankar、Kaneko、Lin等人報道許多從CSF標(biāo)本提取和純化M.Tb DNA的改進方法。據(jù)這些研究表明,用包含蛋白激酶K和十二烷基磺酸鈉(SDS)的細(xì)胞溶解液作為表面活性劑處理CSF標(biāo)本,然后從處理后的CSF標(biāo)本中用氛-氯抽提法和乙醇沉淀法提取和純化M.Tb DNA。為更有效的從CSF樣本中提取出少量的M.Tb DNA,作者用了高分子量載體Ethachinmate(Nippon Gene,Tokyo, Ja

27、pan)和之前報道的氛氯抽提法和乙醇共沉底法一起作為提取核酸的共沉底劑。然而,在最近的研究中發(fā)現(xiàn),在臨床實驗中,不適合用傳統(tǒng)的氛氯抽提法和乙醇沉底法,因為這些方法步驟繁瑣且非常耗時。通常情況下,商用柱提取試劑盒(如QIAmp血包和QIAmp DNA Mini Kit,(Qiagen Inc., Valencia, CA, USA), Cobas Amplicor呼吸道標(biāo)本制備試劑盒(Roche Diagnostic Systems, Inc., Indianapolis, IN, USA))已經(jīng)在之前的研究中被廣泛用來從各種樣本中提取DNA。然而,在現(xiàn)行的研究中,商用柱提取試劑盒不能從CSF標(biāo)

28、本中提取出M.Tb DNA;因此,這些廣為應(yīng)用的試劑盒不適宜用來提取CSF標(biāo)本中小量的M.Tb DNA。 當(dāng)前,用NAA法評估了四種主要的M.Tb DNA特異性序列(即IS6110區(qū)插入序列(Rv3475:GenBank accession no. NC 000962.2 (38910513892091), 65-kDa熱休克蛋白抗原(Rv0251c: NC 000962.2(302173302652), 16S rRNA基因和MPT64 (NC000962.2 (22233432224029)。在這四種序列區(qū)域中,IS6110區(qū)插入序列是一個專門在M.Tb復(fù)合物基因組中發(fā)現(xiàn)的重復(fù)性元件,在許

29、多研究中,他已廣泛用于有優(yōu)越擴增效率的靶序列(表 1)。在這些之前的研究中,針對IS6110插入序列的PCR檢測用于TBM診斷是顯示比較好的效果(總的敏感性為7098%,特異性為80100%)(表1)。此外,靠近IS6110插入序列,16S rRNA基因常用于NAA檢測,并且他是兩個商用M.Tb檢測方法(即Roche Amplicor檢測和基因探針MTD檢測)的靶序列。如前所述,這兩種方法檢測呼吸道標(biāo)本已經(jīng)得到FDA認(rèn)證。現(xiàn)在尚無得到認(rèn)證的用于CSF檢測的商用NAA方法,但是有研究評價了他們在TBM病例中的效果(表1)。最近一項關(guān)于商用NAA法診斷TBM的薈萃分析顯示總體的敏感性為56%,特異

30、性為98%。基于這些研究結(jié)果,人們認(rèn)為商用NAA法可能在診斷TBM中起一定作用,但因其敏感性較低,所以不是確診TBM的理想方法。因為不能用這兩種商用NAA法診斷TBM的主要原因在于其敏感性較差,所以可以認(rèn)為,他們可以用于檢測包含大量M.Tb桿菌的呼吸道標(biāo)本,但不能用于檢測CSF樣本中的少量M.Tb DNA。近來有研究表明,改進的基因探針MTD檢測可提升CSF中M.Tb DNA的檢測效果。然而,這些改進技術(shù)的應(yīng)用僅限于單個的實驗室,尚未得到廣泛應(yīng)用。同時,MPT64是編碼MPT64蛋白的基因序列,這在M.Tb復(fù)合物中有特異性,且僅存在于M.Tb基因組中的一個位點上,因此,認(rèn)為MPT64是PCR法

31、中最具特異性的序列,已經(jīng)在許多研究中用作PCR的靶序列。Lee等人比較了IS6110, 65 kDa抗原和MPT64三個序列,認(rèn)為MPT64是PCR M.Tb DNA擴增中最具特異性和敏感性的序列。 除了商用NAA法,應(yīng)用PCR法擴增M.Tb DNA已經(jīng)得到了許多臨床上的關(guān)注(表1)。正如上面所描述的一樣,為了改進診斷CNS結(jié)核的PCR法,科研人員已經(jīng)嘗試了各種想法。最近,發(fā)明了革命性的巢式PCR技術(shù)以診斷CNS結(jié)核,與傳統(tǒng)的PCR相比,他能顯著增加敏感性和特異性。Liu等人報道,針對MPT64序列的巢式PCR被用于CSF標(biāo)本的檢測,這些標(biāo)本來自臨床懷疑感染TBM的21個患者,巢式PCR使得2

32、4小時內(nèi)TBM診斷的敏感性為90%,特異性為100%。此外,他們報道說,巢式PCR的敏感性比普通的PCR高1000倍。作者從臨床收集了9個高度懷疑TBM患者的CSF標(biāo)本用巢式PCR法檢測了MPT64序列。在我們的研究中,巢式PCR的敏感性和特異性均為100%,但是普通PCR和M.Tb培養(yǎng)的敏感性僅為22.2%。而且,我們檢測了巢式PCR的最低檢測敏感性。巢式PCR的檢測水平在1-10復(fù)制份數(shù)/2L純化的M.Tb DNA,與傳統(tǒng)的PCR相比,其敏感性從1000倍提升到10000倍??紤]到PCR分析結(jié)果和ATT反應(yīng)之間的關(guān)系,Lin等人用普通PCR、Scarpellini等人用巢式PCR分別檢測了

33、這種關(guān)系。值得一提的是,Scarpellini等人進行了歷時性研究,他們從接受臨床治療的7名患者中收集了一些CSF標(biāo)本,用巢式PCR測定了IS6110序列。在他們的研究中,巢式PCR結(jié)果顯示4個TBM患者在ATT過程中的臨床狀況轉(zhuǎn)陰。與此相反,沒有ATT反應(yīng)的3位患者整個臨床過程中的巢式PCR結(jié)果依然為陽性,最終死亡。因此,Scarpellini等人認(rèn)為巢式PCR可用于評估TBM的臨床治療過程。與此相似的是,在我們的研究中,從7個高度疑似TBM的患者收集ATT治療中的27份CSF標(biāo)本,用巢式PCR法進行檢測,其中有11份(40.7%)顯示陽性。而且,我們的巢式PCR結(jié)果顯示,在ATT中6位患者

34、的臨床狀況得到改善,結(jié)果轉(zhuǎn)陰。與此相反,從7位接受臨床治療的患者中收集27份連續(xù)標(biāo)本,用傳統(tǒng)的PCR和M.Tb培養(yǎng)法檢測,結(jié)果顯示為陰性。巢式PCR有著優(yōu)異的敏感度和特異性,是一種實用的方法。有些疑難病例用普通的PCR法很難檢測到M.Tb,而用巢式PCR卻可以診斷,鑒于此,作者預(yù)測,如果該項技術(shù)得到合理的廣泛臨床應(yīng)用,他將是精確快速診斷CNS結(jié)核最有效的工具。 盡管我們都期望在臨床上能廣泛應(yīng)用巢式PCR法,但令人遺憾的是,現(xiàn)在還很少用于TBM的診斷。存在的主要爭議在于,該法步驟繁多,而且很費時,不適合在臨床上作為常規(guī)檢測手段。此外,因該法顯著增加了敏感性且需要額外的擴增步驟,所以,一般來說會很

35、容易發(fā)生交叉污染。當(dāng)然,巢式PCR不適合對許多樣本進行臨床常規(guī)的甄別檢查。然而,即便可用其他簡單方法檢查診斷TBM,但是陰性結(jié)果并不能排除感染M.Tb的可能性,因此,用適宜的臨床檢測手段診斷TBM依然是一大難題。在急性臨床階段,CNS結(jié)核需要的不是甄別性檢測而是一個確定性的檢查。因此,如果將巢式PCR用于從TBM高度疑似患者中收集的明確適當(dāng)?shù)呐R床標(biāo)本中,他應(yīng)該是一項非常有用的技術(shù)。最后,用巢式PCR診斷CNS結(jié)核的另一難點在于他需要配備一個合適的實驗室以應(yīng)用這一精確的技術(shù);就現(xiàn)實情況而言,在TBM高度流行區(qū),常常沒有這種條件。這是CNS結(jié)核診斷中一個至關(guān)重要的問題,需要得到盡快解決。7、 用于

36、CNS結(jié)核診斷的PCR技術(shù)的新進展最近,為快速診斷CNS結(jié)核,作者開發(fā)了一種新型內(nèi)控寬量程定量巢式實時PCR法(WR-QNRT-PCR),用于M.Tb DNA的檢測。該技術(shù)既有巢式PCR的強敏感性,又有實時定量(TaqMan)PCR的精確性。(圖2a)在WR-QNRT-PCR中,需準(zhǔn)備“野生” (W)和“新突變” (NM)兩種原質(zhì)粒,用來定量檢測M.Tb DNA。在W-質(zhì)粒中將一個239個堿基對的MPT64基因片段插入到pCR 2.1載體中,作為標(biāo)準(zhǔn)模版(圖2b)。NM-質(zhì)粒在W-質(zhì)粒基礎(chǔ)上進一步突變,在iWR-QNRT-PCR中作為一個新的內(nèi)控“校準(zhǔn)器” (圖2b)。在NM-質(zhì)粒中,五個區(qū)中

37、包含兩對(內(nèi)部和外部)正向和方向引物對,和一個TaqMan探針退貨位點,用人工隨機核酸置換這些位點(圖2b)。將人工隨機核酸序列設(shè)置成與野生M.Tb MPT64序列核酸組成一致的序列。制備四對特異性引物和兩種特異性TaqMan探針,以備用于WR-QNRT-PCR中。表2和圖2b顯示了這些引物和探針的序列和位置。對野生M.Tb或W-質(zhì)粒的MRT64序列來說,兩對正向和反向引物(WF1 和 WR1兩個外部引物用于第一步,TqMn-WF2 和 TqMn-WR2兩個內(nèi)部引物用于第二步)和TaqMan探針(TqMn-W-VIC)是特異的。相比而言,對NM-質(zhì)粒中用作新內(nèi)控“校準(zhǔn)器”的人工隨機核酸來說,兩

38、對正向和反向引物(MF1 和MR1兩外部引物及TqMn-MF2 和TqMn-MR2兩內(nèi)部引物對)和TaqMan探針(TqMn-M-FAM)是特異的。這些引物和探針的核酸組成均設(shè)置成一樣的,但是序列不同,是隨機分布的(表2)。因此,我們可以認(rèn)為,這些引物和探針跟野生MPT64或NM-質(zhì)粒的退火效率是相同的。 WR-QNRT-PCR法包含兩步連續(xù)的PCR擴增,第一步為傳統(tǒng)的普通PCR,第二步為實時(TaqMan) PCR(圖2a)。在該法中,整個程序包括在相同的分析條件下同時提取、擴增和檢測M.Tb DNA及作為新內(nèi)控的NM質(zhì)粒,這需要用針對各自模版有著相同退火效率的四對引物和兩個探針。因此,在C

39、SF標(biāo)本中,根據(jù)擴增率和新內(nèi)控校準(zhǔn)器(NM質(zhì)粒)的關(guān)系,可計算M.Tb DNA的起始拷貝量,計算公式如下:X:W = C:M X= W × C/M.(X,每毫升CSF樣本中M.Tb DNA的起始拷貝量;C,新內(nèi)控的起始拷貝量(=“校準(zhǔn)器” 103NM質(zhì)??截悾?;W和M,分別為提取和擴增后,M.Tb DNA和NM-質(zhì)粒的拷貝數(shù)。)人們普遍認(rèn)為,在M.Tb中,MPT64基因一次拷貝代表一個細(xì)菌。因此,我們可認(rèn)為用WR-QNRT-PCR法計算的拷貝數(shù)與CSF樣本中M.Tb的細(xì)菌數(shù)有關(guān)。 WR-QNRT-PCR法需要兩個定量檢測M.Tb DNA和新內(nèi)控物NM-質(zhì)粒的特異性標(biāo)準(zhǔn)曲線。在實時(T

40、aqMan) PCR中,標(biāo)準(zhǔn)曲線的精確度是影響定量檢測的首要因素。圖2c和2d展示了兩個特異性標(biāo)準(zhǔn)曲線。在樣本回歸分析中,兩標(biāo)準(zhǔn)曲線均顯示Ct值(y軸)和每一標(biāo)準(zhǔn)模版的起始拷貝數(shù)的對數(shù)(x軸)有顯著的線性相關(guān)(R2> 0.99)。兩因素ANOVA法顯示,在重復(fù)區(qū)組實驗中兩個標(biāo)準(zhǔn)曲線均無顯著性差異(n = 10; F = 1.007, P = 0.65和 F = 1.015, P = 0.53),根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線的斜率可計算出實時PCR的PCR效率(Eff)。公式如下:PCR效率=10(1/斜率) 1.兩個標(biāo)準(zhǔn)曲線的斜率分別為(3.33 和3.28),通過該公式可得PCR效率(Eff)分別為9

41、9.7 和101.8%。這些結(jié)果表明,WR-QNRT-PCR法中,M.Tb DNA和新內(nèi)控物的擴增和檢測效率幾乎一樣。 當(dāng)將NM-質(zhì)粒103拷貝數(shù)的值設(shè)置為新內(nèi)控的最優(yōu)拷貝數(shù)時,NM-質(zhì)粒擴增曲線顯示作為模擬M.Tb DNA的W-質(zhì)粒的所有起始拷貝數(shù)(1-105)有著顯著的統(tǒng)一模式(圖2e)。此外,用單因素ANOVA法(圖2f),NM-質(zhì)粒103拷貝的Ct值顯示所有W-質(zhì)粒的起始拷貝數(shù)間的均方有統(tǒng)計學(xué)意義(F = 1.086, P =0.774)。這些結(jié)果表明在整個PCR擴增過程中,M.Tb DNA和新內(nèi)控之間沒有干擾。因此,我們可以認(rèn)為在WR-QNRT-PSR法中,NM-質(zhì)??勺鳛閮?nèi)控“校準(zhǔn)

42、因子)。NM-質(zhì)粒的發(fā)展,使得WR-QNRT-PCR法有穩(wěn)固的統(tǒng)計學(xué)意義,使在寬檢測范圍(1-105)進行M.Tb DNA檢測成為可能。 作者檢測了WR-QNRT-PCR法在CNS結(jié)核的精確快速診斷及其臨床過程評估中的效果。作者收集了1998-2005年間24位TBM疑似患者和29位非TBM患者的標(biāo)本。從24位患者中收集了67份CSF樣本,在這些樣本中,有43份是從10位(3號和8-16號病例)隨訪超過2周的患者中得到的連續(xù)性標(biāo)本。表3總結(jié)了24位疑似TBM患者入院時(在ATT之前)的臨床特征.所有的24位患者達(dá)到了(A)臨床標(biāo)準(zhǔn)并(B)符合TBM特征(如表3所述),有8個確診病例(1-8號病

43、例)(M.Tb的CSF培養(yǎng)陽性)和16個高度疑似病例(9-24號病例)(符合所有臨床標(biāo)準(zhǔn),有3個佐證診斷的陽性結(jié)果,但是未分離出病菌)。在臨床應(yīng)用中,對這24位臨床TBM疑似患者來說,WR-QNRT-PCR法顯示了足夠高的敏感性(95.8%)和特異性(100%)。表3列出了測得的每毫升CSF中M.Tb DNA的拷貝數(shù)。在傳統(tǒng)的logistic回歸中,每毫升CSF中M.Tb DNA的拷貝數(shù)>8000,是導(dǎo)致TBM預(yù)后不良(=死亡)的獨立危險因素(OR = 16.142, 95%CI = 1.191218.79, P =0.0365)。在歷時研究中,在10位TBM疑似患者的臨床治療過程中,M

44、.Tb DNA的拷貝數(shù)有顯著改變。這10位患者包括2個確診病例(3號和8號病例)和8個高度疑似病例(9-16號病例),在從3號和8號患者臨床治療過程所收集的43份CSF標(biāo)本中,只有3份M.Tb培養(yǎng)結(jié)果為陽性。相比之下,用WR-QNRT-PCR法進行M.Tb DNA的定量檢測顯示有25份CSF標(biāo)本陽性。此外,有8位患者(8-14號和16號病例)ATT有效且其臨床分期和常規(guī)CSF結(jié)果在臨床療程中均得到改善,M.Tb DNA的拷貝數(shù)逐漸減少到低于WR-QNRTPCR法的檢測限(圖2g)。然而,在3號和15號病例中,ATT無效并死于TBM惡化,在整個臨床過程中,拷貝數(shù)持續(xù)增高(圖2g)。重復(fù)測量ANO

45、VA顯示,在臨床治療過程中,ATT有效(8、14、16號病例)和無效(3和8號病例)患者的M.Tb DNA拷貝數(shù)改變趨勢有著顯著差異( P = 0.0041) (圖2g)。在11和12號病例中,入院時顱部MRI顯示多個顱內(nèi)局灶性腫物,認(rèn)為是典型的結(jié)核瘤(表4和圖2h)。在進行ATT過程中,WR-QNRT-PCR法顯示陰轉(zhuǎn)后,這兩個結(jié)核瘤病例再次顯示無任何腦膜炎癥狀的瞬態(tài)陽性。一般來說,結(jié)核瘤患者常伴有TBM,當(dāng)然在無TBM的情況下結(jié)核瘤也會發(fā)生。隨訪MRI顯示,這兩例結(jié)核瘤分別在ATT5個月和3個月后消失(表4)。有意思的是,隨著結(jié)核瘤的消失,WR-QNRT-PCR結(jié)果顯示為完全陰性。作者推斷

46、在ATT期間,用WR-QNRT-PCR法對這兩個病例進行M.Tb DNA的瞬態(tài)檢測與結(jié)核瘤有關(guān)。在結(jié)核瘤中存在少量M.Tb。ATT可使結(jié)核瘤破裂,隨著它的破裂會有少量M.Tb DNA滲入CSF中,高度敏感的WR-QNRT-PCR法可能會檢測到這些DNA.這些結(jié)果表明,在急性臨床病例中,可用基于分子的技術(shù)和神經(jīng)放射成像技術(shù)相結(jié)合的方法作為診斷TBM和結(jié)核瘤的強效方法。眾所周知,目前尚無有關(guān)這兩個病例的報道;因此,我們可認(rèn)為他們在臨床上十分重要。而且,在簡單回歸分析中顯示M.Tb DNA拷貝數(shù)和TBM臨床分期顯著相關(guān)(R2 = 0.597,P < 0.0001)(圖2i)。這些歷時研究結(jié)果表

47、明WR-QNRT-PCR在評估TBM臨床過程和ATT反應(yīng)的定量分析時非常有用。眾所周知,以前的研究中,沒有對CNS結(jié)核整個臨床過程的CSF樣本中M.Tb的細(xì)菌數(shù)和DNA量的報道。將WRQNRT-PCR用于急性臨床階段定量檢測CSF中M.Tb DNA,因為把NM-質(zhì)粒作為新內(nèi)控,所以該法有著顯著的精確度和可信度。因此,我們可認(rèn)為,在CNS結(jié)核的快速精確診斷中,這是一種先進高效的方法。 然而,這種新技術(shù)尚未廣泛用于臨床常規(guī)檢查。可能是WR-QNRT-PCR法需要兩步連續(xù)擴增,步驟繁雜。因此,作者正在研發(fā)新的簡易實惠的定量和高敏感技術(shù),使之可以和一步的標(biāo)準(zhǔn)實時PCR發(fā)展而來的WR-QNRT-PCR法

48、相媲美。這種正在研發(fā)的方法結(jié)合了全基因組擴增(WGA) 和實時(TaqMan)PCR技術(shù)。全基因組擴增為少量優(yōu)質(zhì)DNA擴增成為可能并且其中的幾項技術(shù)可用于商品化試劑盒,價格合理。特別值得一提的是,這些應(yīng)用WGA法的試劑盒采用的是多重置換擴增(MDA)技術(shù),該技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用于許多研究中,實現(xiàn)了基因組的均衡擴增。MDA技術(shù)是一種優(yōu)越的方法,該法用Phi29 DNA噬菌體多聚酶和隨機六聚體引物實現(xiàn)了基因組DNA的持續(xù)擴增。在該項研究中,作者用的是基于MDA技術(shù)的GenomiPhi V2 試劑盒(GE Healthcare Life Sciences, Uppsala,Sweden)。因為直接用Geno

49、miPhi V2 試劑盒即可提取和純化CSF中的少量M.Tb DNA,使其作為模版,WR-QNRT-PCR法中的第一步即可省略?,F(xiàn)行WGA法的改進可顯著簡化WR-QNRT-PCR法。因此,盡管該技術(shù)仍有待于研究,但是我們都期待這種經(jīng)濟的臨床檢測方法可廣泛進行臨床實際應(yīng)用。 如上所述,包括TBM在內(nèi)的CNS結(jié)核是M.Tb感染的最嚴(yán)重形式,會引起死亡和嚴(yán)重的后遺癥。此外,由于AIDS流行引起免疫功能不全個體及高齡人群不斷增加,再加上皮質(zhì)激素等免疫抑制劑的廣泛應(yīng)用,使得CNS結(jié)核依然是一個嚴(yán)重的臨床和社會問題。特別是在亞洲和非洲這樣的不發(fā)達(dá)國家和發(fā)展中國家,有著許多日益加劇的社會問題,如貧困、人口過

50、多。營養(yǎng)不良等等,這使得包括TBM在內(nèi)的M.Tb感染流行,成為一個嚴(yán)重的社會和人口統(tǒng)計學(xué)難題。作者認(rèn)為我們有必要發(fā)展新技術(shù)并且使這些技術(shù)能夠在這些地方應(yīng)用。我們所研究的新技術(shù)的廣泛應(yīng)用將導(dǎo)致TBM早期確診病例增加進而改善TBM的療效;因此,他們?yōu)檫@些國家做出了巨大的醫(yī)學(xué)和社會貢獻。我們努力開發(fā)新的,更為快速、精確、敏感、簡易、實惠且能定量的診斷CNS結(jié)核的技術(shù),我們希望這種努力有助于改善全球的醫(yī)療護理,特別是在不發(fā)達(dá)國家和發(fā)展中國家。8、 結(jié)論近期,在快速精確診斷CNS結(jié)核方面,除了基于細(xì)菌學(xué)的傳統(tǒng)的“金標(biāo)準(zhǔn)”,我們嘗試了各種方法。本文對近期NAA法(主要是PCR技術(shù))的進展做一綜述。特別是巢

51、式PCR法的發(fā)明,為CNS結(jié)核的診斷做出了重要貢獻。WR-QNRT-PCR法有內(nèi)控物并結(jié)合了高度敏感的巢式PCR和精確實時定量PCR,被認(rèn)為可快速診斷TBM,盡管如此,該法尚未用于臨床常規(guī)檢查。這種新技術(shù)有高敏感性且能精確定量,不僅能用于CNS結(jié)核的診斷,還能預(yù)測預(yù)后,評估TBM ATT過程中的療效。因此,我們希望該法能廣泛用于CNS結(jié)核急性臨床階段的診斷。甲狀腺癌的分子診斷的最新進展 最常見的內(nèi)分泌腫瘤甲狀腺癌的發(fā)病率在過去十年中日益增加。濾泡起源的甲狀腺癌的組織學(xué)分型有甲狀腺乳頭狀癌(PTC),甲狀腺濾泡狀癌(FTC),和甲狀腺未分化癌(ATC).良性甲狀腺腫瘤(BTA)是常見的內(nèi)分泌腫瘤

52、。另一方面,甲狀腺髓樣癌并非濾泡細(xì)胞起源,而是起源與濾泡旁細(xì)胞或C細(xì)胞,因此,在此不做贅述。 大量研究表明,高治愈率的分化良好的甲狀腺癌(WDTC),濾泡細(xì)胞起源的甲狀腺腫瘤,到常常致命的甲狀腺未分化腫瘤是逐級進展的。低分化的甲狀腺癌及WDTC的侵襲性變體(如高細(xì)胞和柱細(xì)胞)常為這一生物連續(xù)性進展模型中的中間體。 臨床、流行病學(xué)及病理學(xué)均有證據(jù)支持該逐步進展和去分化這一概念。例如,伴隨著有絲分裂,壞死,及核的多形性的出現(xiàn),在侵襲性甲狀腺腫瘤中可見乳頭狀及濾泡狀增長的逐步消失,與此同時穩(wěn)健增長逐步加強。這些腫瘤中大部分含有分化的甲狀腺腫瘤的殘余灶。 在臨床醫(yī)治甲狀腺癌時,常常會難于診斷。原因之一

53、在于評估甲狀腺結(jié)節(jié)時廣為應(yīng)用的細(xì)針吸取標(biāo)本(FNAB)為模棱兩可的細(xì)胞學(xué)。如在美國,每年在甲狀腺結(jié)節(jié)的300000個病例中,大部分為BTA.而且,20-30% 的FNAB顯示為模棱兩可的細(xì)胞學(xué)表現(xiàn),這一報告模式在過去的20年來一直沒變。盡管相當(dāng)多的患者為良性結(jié)節(jié),但他們?yōu)槭菇Y(jié)節(jié)完全回復(fù)常態(tài),全都選擇手術(shù)治療。 在甲狀腺癌患者進行合適的外科治療和藥物治療中,謹(jǐn)慎的風(fēng)險分層是其中關(guān)鍵的一步。這種風(fēng)險評估通?;谂R床病理學(xué)因素,這種評估可信度低且大部分時候不能在甲狀腺手術(shù)前得到結(jié)果。 大部分甲狀腺癌患者的愈后都非常好。一般的治療包括全甲狀腺切除,在疾病進一步發(fā)展階段,用放射碘(I-131)療法進行殘

54、余物消融或治療。只有腫瘤表形與正常甲狀腺一樣,存在通過TSH受體和碘鹽共輸體(NIS)的表達(dá)對生長因子TSH有反應(yīng)時,這些治療方法才能見效。用頸部超聲等解剖成像、全身放射碘掃描和帶有抗甲狀腺球蛋白抗體的特異性甲狀腺球蛋白血清學(xué)測定等方法對患者進行監(jiān)測。 在另一方面,伴有再發(fā)性或代謝性疾病的甲狀腺癌患者其死亡率高達(dá)50%。甲狀腺癌的去分化包括TSH受體表達(dá)的丟失,NIS,和甲狀腺球蛋白的丟失。在腫瘤不能進行NIS表達(dá)過程中,臨床醫(yī)生也不能用放射碘進行監(jiān)測和治療。然而,處于該狀態(tài)的腫瘤在18F-脫氧葡萄糖正電子發(fā)射斷層掃描(FDG-PET)中可見。就臨床而言,對于FDG-PET陽性的非碘敏感腫瘤的

55、治療方法有觀察、附加手術(shù)、外部離子束照射,還有像美國FDA認(rèn)證的doxorubicin化療藥物,及臨床實驗。 近來引進的靶向治療藥物有多個靶點,包括受體酪氨酸激酶,非受體酪氨酸激酶,和絲氨酸蘇氨酸激酶,這些藥物為甲狀腺癌沉珂患者帶來了福音。 分子醫(yī)學(xué)的現(xiàn)行目標(biāo)是能夠描繪每位患者的腫瘤,以決定用何種方法來達(dá)到最佳療效。在基因和/或表觀遺傳調(diào)節(jié)等腫瘤生物學(xué)領(lǐng)域其概念的闡述和技術(shù)方面有著顯著進步,但在甲狀腺致癌基因中卻缺乏統(tǒng)一的理論。本綜述旨在提供一個框架,以了解相關(guān)研究該如何發(fā)展才能針對不同腫瘤基于相應(yīng)治療。2、染色體重排 在甲狀腺乳頭狀癌中最早能識別的基因改變?yōu)樵┗騌ET(轉(zhuǎn)錄時重排)的染色

56、體改變。此RET原癌基因是位于10號染色體長臂近端的21號外顯子,他可編碼酪氨酸激酶受體。他涉及神經(jīng)嵴起源細(xì)胞的生長,生存,分化和移動的調(diào)節(jié)。正常情況下,他不在卵泡細(xì)胞中表達(dá)。易發(fā)生異位基因部位有獨特的空間接近性,這可以在甲狀腺有絲分裂中期、favors RET基因重排時優(yōu)先發(fā)生,這就是甲狀腺腫瘤中RET重排具有特異性的原因。 盡管有10多個重排得以描述,但是在PTC中發(fā)現(xiàn)的重排大部分是RET/PTC1, RET/PTC2, 和RET/PTC3。這些重排中管家(或普遍表達(dá))基因的上游(5端)元件能驅(qū)使RET酪氨酸激酶區(qū)域表達(dá)。融合基因提供的異源引物有助于RET/PTC嵌合蛋白的表達(dá),導(dǎo)致乳頭狀

57、癌細(xì)胞中RET受體酪氨酸激酶中組分及依賴性配體的激活。 臨床上,在放射相關(guān)RTC中常可發(fā)現(xiàn)RET/PTC變體。1986年切爾諾貝利核電廠爆炸后小兒甲狀腺癌增加導(dǎo)致甲狀腺癌兩個組分的形成。第一個為可早期發(fā)現(xiàn)并有侵襲性的PTC穩(wěn)固變體,他含有RET/PTC3重排。而第二個PTC為帶有更為典型的表型和臨床過程,在切爾諾貝利核爆后的生存者中含有RET/PTC1。 轉(zhuǎn)基因小鼠和體外細(xì)胞作用均表明這些融合蛋白能啟動PTC。在甲狀腺未分化癌中RET/PTC重排并不常見,這表明這些腫瘤可用常規(guī)療法處理。而且,用RET/PTC法識別來自FNA的甲狀腺結(jié)節(jié)診斷PTC已經(jīng)開始啟用。 有證據(jù)表明RET/PTC重排代表

58、導(dǎo)致PTC進展的早期基因改變。約有20%不定期發(fā)生的PTCS中可見RET/PTC重排。而且在甲狀腺皮質(zhì)和其他良性損傷中也可見RET/PTC重排。然而,既然這種重排見于大部分腫瘤細(xì)胞,我們就有理由認(rèn)為他具有PTCS特異性。 有幾項研究表明與PTC有關(guān)的RET/PTC重排缺乏進展到PDTC 或 ATC的證據(jù)。近期Santoro等人的研究表明顯示RET/PTC重排的PDTCs少于10%。因此他們得出結(jié)論:相對而言,帶有RET/PTC重排的PTC發(fā)展為PDTC 或ATC的可能性較小。 近來已經(jīng)發(fā)現(xiàn)有顯著抑制RET酶活性的復(fù)合物。特別是在用甲磺酸伊馬替尼(可激活A(yù)BL激酶的抑制因子)治療慢性髓性白血病方面取得了顯著成效,這一成功顯著促進了治療性蛋白激酶抑制因子的研究。有對抗RET活性的多種藥物正處于試驗階段,最值得關(guān)注的有ZD6474-Vandetanib 和Bay 43-9006-Sorafenib,但是這些藥物也作用于其他酪氨酸激酶受體。

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