常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用

1、常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用方法Xie Lei BJFU1 Paup MP流程: Mac準(zhǔn)備nex文件(interleave和noninterleave均可) 存入新建文件夾拖入paup或用paup打開 execute log file cstatus tstatus hsearch define outgroup roottrees savetrees describetrees contree(save to file) save pictbootstrap(save tree file) print bootstrap treesave pict. stop log.PC版操作，可將附錄批處理文

2、件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，execute即可。2 Paup ML 流程：Mac準(zhǔn)備nex文件(interleave和noninterleave均可) 存入新建文件夾拖入paup或用paup打開execute從modeltest軟件中打開paupblock運(yùn)算檢測模型生成score file打開modeltest中的bin讀取score數(shù)據(jù)生成結(jié)果文檔存檔并打開此文檔AIC將begin paup的運(yùn)算模塊貼至原nex數(shù)據(jù)文件后面重新將其拖入paup運(yùn)行選擇ML運(yùn)算模式hsearch打印樹圖save pict. bootstrap.PC版操作，可將附錄5批處理文件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，exe

3、cute即可。3 Garli運(yùn)算ML流程：準(zhǔn)備nex文件(interleave) 存入新建文件夾拖入paup或用paup打開execute輸出noninterleave文檔（若直接是noninterleave上述過程省略，又如果是PC機(jī)paup，無菜單操作，可在paup命令行中輸入附錄1*的命令回車即可生成noninterleave數(shù)據(jù)）。使用noninterleave文檔（數(shù)據(jù)中類群名稱不得有單引號，空格，所有方括號中內(nèi)容刪除）新建文件夾存入按照流程2進(jìn)行modeltest在蘋果機(jī)上打開Garli導(dǎo)入數(shù)據(jù)把model定好run(切記此處不要激bootstrap選項(xiàng))將上次運(yùn)算數(shù)據(jù)拷貝至一新建

4、文件夾導(dǎo)入蘋果版Garli激活bootstrap選項(xiàng)定好modelrun所有結(jié)果用paup軟件打開save pict打開bootstrap樹做50% majority rule contreesave pict.注：Garli蘋果和PC版都有，但是操作不同。數(shù)據(jù)格式：和算PAUP一樣的nexus格式，但是這個格式有很多注意事項(xiàng)，一些常見的小錯誤會造成軟件無法運(yùn)行。參見下列常見問題：1 一定要noninterleave的數(shù)據(jù)，否則軟件無法運(yùn)算2 雖然在mrbayes和paup中不成問題但是在garli中有影響，里面內(nèi)容在算之前全部刪除為好。3 taxon名稱中可以有下劃線但是不得有空格，逗號句點(diǎn)

5、等，否則無法運(yùn)行。Mac版GUI的菜單界面，只要有上述正確的nexus格式的數(shù)據(jù)文件即可運(yùn)算。PC版Nex format plus a command file每次使用時拷貝一個軟件的文件夾，將此文件夾重新命名（盡量清楚易查詢）。將正確的數(shù)據(jù)文件拷貝到此文件夾下（與garli運(yùn)行程序在同一目錄下）。編輯命令文檔（名稱是garli），進(jìn)行參數(shù)設(shè)置。完成后雙擊garli運(yùn)行程序圖標(biāo)即可運(yùn)算。4 Bayes 流程N(yùn)oninterleave 文件貼運(yùn)算程序到文件后面（見附錄）將其拷貝至MrBayes文件夾下打開運(yùn)行程序execute 文件名.擴(kuò)展名運(yùn)算結(jié)束后用paup運(yùn)行源文件從.t文件中取樹burn

6、in做50% majority rule contreesave pict.5 r8s流程按照流程2進(jìn)行modeltest按照流程2進(jìn)行ML運(yùn)算運(yùn)算結(jié)束print tree檢查這棵帶枝長的樹是否有分支長度為0的分支如果有在restore和delete taxa中將這些類群去除存儲帶枝長的樹到file(nex格式) 將樹的taxa名稱更換為實(shí)際類群名稱將樹文件貼至運(yùn)算模版（見附錄）首先進(jìn)行第一步cross validate得到smooth值替換smooth值再算一遍即可。注：r8s:該軟件與BEAST不同，是對已存在的樹進(jìn)行操作，校訂分子鐘。算法為PL法。先選擇模型算出一個ML樹（要帶枝長），注

7、意如果要用這個樹算r8s要保證該樹各個分支清晰，有較高的分辨率，沒有0枝長分枝和polytomy。在這個樹的tre的nexus文件上面編輯各種命令，然后輸入r8s進(jìn)行運(yùn)算。一定要固定root，ingroup最好有一個以上的constraints.運(yùn)算兩次，第一次為cross-validation得出smooth value，第二次再設(shè)置這個值算出最終結(jié)果。6 BEAST流程N(yùn)oninterleave 文檔 BEAUTI打開 定義節(jié)點(diǎn)基本設(shè)置化石點(diǎn)標(biāo)定生成xml文檔BEAST打開運(yùn)算運(yùn)算完成Tacer打開log文件TreeAnnotator打開樹文件生成out文件Figtree打開out文件。7

8、 DIVA在數(shù)據(jù)文件中確定樹形，標(biāo)注分布區(qū)，然后運(yùn)算1 open DIVA2 proc filename.txt;3 optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;8 Haplotype network簡明流程：1、NETWORK 4.5用DNASP軟件打開fas或者nex文件 另存為Roehl File Format文件（rdf格式） 用NETWORK打開 進(jìn)行編輯（更改名稱、連續(xù)的gap合并、添加刪除序列等）后保存 選擇Median Joining進(jìn)行calculate network 在新出現(xiàn)的窗口

9、中導(dǎo)入rdf文件（也可以在這一步直接導(dǎo)入noninterleave的nex文件而省去以上步驟，但是不能重新編輯） 設(shè)置參數(shù)后進(jìn)行計(jì)算，生成out格式的輸出文件 選擇draw network，在新窗口中導(dǎo)入out文件 按照提示就可以生成network圖，保存fdi文件或可另存為bmp或者pdf文件。2、TCS 1.21準(zhǔn)備noninterleave的nex或者phy文件 導(dǎo)入TCS 設(shè)置Parsimony Limit或Fix connection Limit，并定義gap后點(diǎn)擊run 運(yùn)行完成后就會自動生成network圖，編輯后保存GML文件或可另存為postscript 或者PICT文件。9

10、推薦使用：Mega 5. 全能系統(tǒng)發(fā)育分析軟件，從序列校對到系統(tǒng)發(fā)育分析、分子鐘、性狀演化、居群分析全能做。Mesquite 2.7 也很全能，但是主要還是做性狀演化分析。McClade是其收費(fèi)版。TNT是原來的Hennig86，做系統(tǒng)發(fā)育分析。PAST十分強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)軟件，居群分析，分類學(xué)的morphometric分析很好。S-DIVA川大開發(fā)的帶統(tǒng)計(jì)功能的地理分析軟件。建議訪問：附錄1.最大簡約法分析批處理文件1.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch

11、start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200 chuckscore=1;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treef

12、ile=contree.tre;log stop;end;2.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=y

13、es;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end; 2的策略較好，是hsearch中首選，而如果此程序運(yùn)算時間太長則用上面一個程序。本實(shí)用方法只提供hsearch，而branch and bound和exhaustive方法省略。附錄1*export format=nexus interleaved=no file=temp.txt （此為生成noninterleave文件命令）附錄 2. IL

14、D分析;endblock;charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;begin paup;set criterion=parsimony;log file=iscap.hom;hompart part=dna nreps=100/addseq=random;hsearch swap=tbr;endblock;附錄 3. Bayes分析1. 單一模型begin mrbayes;lset nst=6 rates=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrl

15、ens=yes filename=P_combined;mcmc;sumt filename=P_combined.t burnin=2000;end;Begin mrbayes;2. 多模型begin mrbayes;charset its=1-622;charset trnlf=623-1696;charset matk=1697-3221;charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-5506;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426;partition

16、 Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd, psbm, gpd, LFY;end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variable;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6; lset applyto=(8) nst=2 rates=gamma;unlin

17、k shape=(all) pinvar=(all);end;begin mrbayes; mcmcp ngen=100000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=solms8mys; mcmc; sumt filename=solms8.t burnin=3000;end;3. 帶支長contree的運(yùn)算batchbegin mrbayes;log start filename=cp.log;mcmc filename=cp ngen=2000000 samplefreq=100;sump burni

18、n=5000 filename=cp printtofile=yes outputname=cp.sump;sumt burnin=5000 filename=cp contype=allcompat;log stop;end;附錄4. bootstrap分析begin paup;log file=bootstrap.log;set maxtrees=100 increase=auto;set criterion=parsimony;set root=outgroup;outgroup 56 57;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 treefile=bootstrap.tre keepall=yes cutoffpct=50/start=stepwise addse