癌癥研究新工具PTMScan

1、癌癥研究新工具PTMScan PTMScan技術(shù)應(yīng)用案例：CST的科學(xué)家使用PTMScan技術(shù)和一個(gè)酪氨酸磷酸化基序抗體（#9411），對酪氨酸激酶信號通路進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)了非小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系和組織樣本中的disease drivers。這項(xiàng)研究在非小細(xì)胞肺癌樣本中發(fā)現(xiàn)了ALK（間變性淋巴瘤激酶）-EML4和ROS1（c-ros 致癌基因1）融合蛋白，為診斷對ALK抑制劑crizotinib【1】有反應(yīng)的病人奠定了基礎(chǔ)。在此基礎(chǔ)上，CST開發(fā)了創(chuàng)新的高敏ALK、ROS1單克隆抗體【2,3】。 PTMScan技術(shù)平臺(tái)介紹：PTMScan是一項(xiàng)創(chuàng)新的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，結(jié)合高度特異性基序抗體、免疫沉淀和

2、質(zhì)譜分析，提供服務(wù)和試劑盒以支持信號調(diào)控新機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，如靶點(diǎn)驗(yàn)證、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等。該技術(shù)可以鑒定和量化樣本中大范圍的翻譯后修飾，包括乙酰化、甲基化、泛素化，磷酸化酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸磷酸化。 根據(jù)所使用的抗體是否對肽段序列具有靶向性，PTMScan分為 PTMScanDiscovery 和 PTMScanDirect 兩大類：其中 Discovery 是在蛋白質(zhì)組整體水平上對某一種翻譯后修飾進(jìn)行特異性親和，所檢測到的修飾肽段和樣品本身有很大關(guān)系，即相對含量越高的修飾肽段越容易被檢測到；而在 Direct 實(shí)驗(yàn)中使用的抗體針對的是目標(biāo)蛋白上特定位點(diǎn)的修飾，即不僅對特定的翻譯后修飾有親和力，另

3、外修飾位點(diǎn)左右的氨基酸序列同樣決定著這種親和作用。1. PTMScan發(fā)現(xiàn)服務(wù)(Discovery)此項(xiàng)服務(wù)可以鑒定并定量已知或未知蛋白的翻譯后修飾，包括磷酸化、泛素化、甲基化和乙?；揎棥＠?CST 專有抗體進(jìn)行親和免疫純化，再結(jié)合串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)，可以分析細(xì)胞系和組織樣本中數(shù)以千計(jì)的翻譯后修飾。此項(xiàng)服務(wù)可對不同的生物模式系統(tǒng)和疾病狀態(tài)蛋白質(zhì)組的翻譯后修飾進(jìn)行研究。針對不同蛋白的翻譯后修飾，PTMScanDiscovery 提供4種不同的服務(wù)項(xiàng)目：1. PhosphoScan(磷酸化)；2. AcetylScan(賴氨酸乙?；?；3. UbiScan(賴氨酸泛素化); 4. MethylSca

4、n(賴氨酸、精氨酸甲基化。其中，由于磷酸化修飾的復(fù)雜性，PhosphoScan根據(jù)各種磷酸激酶識別底物的序列特異性，提供16種不同的單克隆基序抗體(Motif antibody)和9種試劑盒供選擇。PTMScan Motif 抗體及試劑盒一覽KinomeView and Serine/Threonine PhosphoScanProducts DescriptionAntlbodyKitConsenus SiteLCMS Data and Output ResultsPhospho-Akt Substrate96145561RXX(S*/T*)Mouse Liver XLS RAWPhosph

5、o-Akt Substrate100015563RXRXX(S*/T*)Mouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser/Thr) AMPK Substrate57595564(L/M)XRXX(S*/T*), RXX(S*/T*)Mouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser) ATM/ATR Substrate960712267S*QMouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser/Thr) ATM/ATR Substrate669612267(S*/T*)QG, (S*/T*)QMouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser)

6、CDKs Substrate9477(K/H)S*PPhospho-(Ser/Thr) CK II Substrate873812170(S*/T*)DXEPhospho-MAPK/CDK Substrates23254652PXS*P, S*PX(K/R)Mouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser/Thr) PDK1 Docking Motif9634(F/K)XX(F/Y)(S*/T*)(F/Y)Mouse Liver XLS RAWPhospho-(Ser) PKC Substrate6967(K/R)(K/R)X(S*/T*)Mouse Liver XLS RAWP

7、hospho-(Thr) PLK Binding Motif52435566ST*PMouse Liver XLS RAWPhospho-Thr-Pro Motif3003T*P, T*PPMouse Liver XLS RAWPhospho-Thr-Pro-Glu Motif3004T*PE, T*PMouse Liver XLS RAWPhospho-Thr-X-Arg Motif2351T*X(K/R)Mouse Liver XLS RAW2.PTMScan針對性服務(wù)(Direct)CST PTMScan Direct PTMScanDirect PTMScan:PTMScan ;PTMScan PI3K/Akt ;PTMScan Apoptosis/AutophagyPTMScan /DNA PTMScan /PTMScan PTMScan服務(wù)操作流程參考文獻(xiàn)：1.Rikova, K. et al. (2007) Cell 131, 11901203.2.Mino