網(wǎng)絡(luò)生物醫(yī)學(xué)資源PPT課件

1、網(wǎng)絡(luò)生物醫(yī)學(xué)資源網(wǎng)絡(luò)生物醫(yī)學(xué)資源 課程內(nèi)容v1.DNA和RNA數(shù)據(jù)庫資源v2.蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫資源 v3.Gene Ontology網(wǎng)絡(luò)資源 DNA和RNA數(shù)據(jù)庫資源v近年來，隨著生物實(shí)驗(yàn)方法和檢測(cè)手段的發(fā)展，產(chǎn)生了大量的生物學(xué)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)v這些數(shù)據(jù)進(jìn)行分類整理，產(chǎn)生了生物學(xué)數(shù)據(jù)庫v生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫：核酸序列數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)、核酸的二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，基因組數(shù)據(jù)庫等。DNA和RNA數(shù)據(jù)庫發(fā)展過程v上世紀(jì)80年代第一個(gè)核酸數(shù)據(jù)庫建立起來v核酸數(shù)據(jù)庫發(fā)展迅速，目前已經(jīng) 三大核酸數(shù)據(jù)庫：GenBank, EMBL, DDBJ 非編碼RNA數(shù)據(jù)庫：ncRNA 表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫：dbE

2、ST 序列標(biāo)簽位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫：dbSTSv基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫： 人類基因組數(shù)據(jù)庫：HGD 基因組序列數(shù)據(jù)庫：GSDB 人類孟德爾遺傳在線：OMIM 人類單核苷酸多態(tài)數(shù)據(jù)庫：dbSNP 腫瘤基因數(shù)據(jù)庫：TGDB 疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫：GADGenBank數(shù)據(jù)庫vGenBank數(shù)據(jù)庫，由美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館的國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)構(gòu)建、維護(hù)和管理。vGenBank數(shù)據(jù)庫包含了已經(jīng)公開的30萬個(gè)不同物種生物的核酸序列。vGenBank數(shù)據(jù)庫每天與歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的核酸序列數(shù)據(jù)庫(EMBL)和日本的DNA數(shù)據(jù)庫(DDBJ)進(jìn)行數(shù)據(jù)交換。GenBank按照分類群分類v細(xì)菌(BCT)v病毒(VRLA) v

3、靈長(zhǎng)類(PRI) v嚙齒類(ROD)GenBank測(cè)序策略分類v表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)v基因組勘測(cè)序列(GSS) v環(huán)境樣品序列(ENV)v高通量基因組(HTG)v高通量cDNA序列v全基因組鳥槍測(cè)序序列(WGS) v轉(zhuǎn)錄組鳥槍組合序列如何利用GenBankvGenBank 網(wǎng)站網(wǎng)址：/genbank/vGoogleEntrez系統(tǒng)v使用Entrez檢索系統(tǒng)可以訪問GenBank中的序列記錄。vEntrez可以檢索35個(gè)數(shù)據(jù)庫。vEntrez系統(tǒng)包括GenBank和其它資源的DNA和蛋白質(zhì)序列信息；還包括基因組圖譜、種群、進(jìn)化和環(huán)境序列數(shù)據(jù)集

4、等等，還包括PubMed和PubMed Central的文獻(xiàn)連接vNCBI：/BLAST vBLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性比較的分析工具。vBLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說明。v三大核酸數(shù)據(jù)庫：GenBank, EMBL, DDBJvEntrez系統(tǒng)vEntrez可以檢索35個(gè)數(shù)據(jù)庫v可以檢索DNA和蛋白質(zhì)序列信息v檢索文獻(xiàn)信息vGenbank，F(xiàn)asta，GraphicsvBLA

5、ST進(jìn)化樹 v根據(jù)各類生物間的親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上，簡(jiǎn)明地表示生物的進(jìn)化歷程和親緣關(guān)系。v在進(jìn)化樹上每個(gè)結(jié)點(diǎn)代表一個(gè)物種，如果每一條邊都被賦予一個(gè)適當(dāng)?shù)臋?quán)值，那么兩個(gè)葉子結(jié)點(diǎn)之間的最短距離就可以表示相應(yīng)的兩個(gè)物種之間的差異程度 。EST vEST(Expressed Sequence Tag) 表達(dá)序列標(biāo)簽.vEST是從一個(gè)隨機(jī)選擇的cDNA 克隆進(jìn)行5端和3端單一次測(cè)序獲得的短的cDNA 部分序列，代表一個(gè)完整基因的一小部分，在數(shù)據(jù)庫中其長(zhǎng)度一般從20 到7000bp 不等，平均長(zhǎng)度為360 120bp PLOSvPlos是公共科學(xué)圖書館(Public Lib

6、rary of Science)的縮寫，是一些包括諾貝爾獎(jiǎng)獲得者在內(nèi)的著名科學(xué)家在2003年創(chuàng)辦的。v定位：a nonprofit open-access scientific publishing project aimed at creating a library of open access journals and other scientific literature under an open content license. vPLOS的一大特點(diǎn)是其旗下所有包括PLOS One在的7種期刊都是采用開放獲取(open access, OA)方式出版, PLOS和另一知名出版公司B

7、ioMed Central(BMC)被認(rèn)為是開創(chuàng)OA出版方式的領(lǐng)先者。vPLOS ONEvPLOS BiologyvPLOS MedicinevPLOS Computational BiologyvPLOS GeneticsvPLOS PathogensvPLOS Neglected Tropical Diseases vPLoS ONE是PLOS系列期刊中，2006年創(chuàng)刊，最大發(fā)文量v2011 論文發(fā)表量上萬v影響因子 4.1 (2011年)vPLOS Computational Biologyv影響因子 4.9 (2011年) 如何獲得此類收費(fèi)文章v學(xué)術(shù)互助網(wǎng)站進(jìn)行文獻(xiàn)求助v所在科研單位購

8、買了此文章v直接給通訊作者寫信Elsevierv荷蘭Elsevier出版集團(tuán)是全球最大的科技與醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)出版發(fā)行商之一。ScienceDirect系統(tǒng)是Elsevier公司的核心產(chǎn)品，自1999年開始向讀者提供電子出版物全文的在線服務(wù)，包括Elsevier出版集團(tuán)所屬的2500多種同行評(píng)議期刊和6000多種系列叢書、手冊(cè)及參考書等，內(nèi)容涵蓋四大類、24個(gè)學(xué)科、數(shù)百個(gè)專業(yè)領(lǐng)域出版品包括學(xué)術(shù)期刊v柳葉刀v細(xì)胞柳葉刀v柳葉刀: (The Lancet)為世界上最悠久及最受重視的同行評(píng)審性質(zhì)之醫(yī)學(xué)期刊，由愛思唯爾(Elsevier)出版公司發(fā)行.v其在醫(yī)學(xué)界的影響甚至超過了Nature和Science。

9、v近20年來，中國(guó)人在該雜志上發(fā)表的學(xué)術(shù)文章僅17篇v2011 影響因子：33.6Cellv Cell為一份同行評(píng)審科學(xué)期刊，主要發(fā)表生命科學(xué)領(lǐng)域中的最新研究發(fā)現(xiàn)。v細(xì)胞刊登過許多重大的生命科學(xué)研究進(jìn)展，與自然和科學(xué)并列，是全世界最權(quán)威的學(xué)術(shù)雜志之一。其2010年的影響因子為32.401，高于科學(xué)的影響因子(31.364)，接近自然的影響因子(36.101)文獻(xiàn)求助v比較常用的文獻(xiàn)求助網(wǎng)站：小木蟲小木蟲v小木蟲創(chuàng)建于2001年，是學(xué)術(shù)信息交流性質(zhì)的綜合科研服務(wù)個(gè)人網(wǎng)站，管理團(tuán)隊(duì)致力把它打造成國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)科研第一站，為中國(guó)學(xué)術(shù)科研免費(fèi)提供動(dòng) v會(huì)員主要來自國(guó)內(nèi)各大院校、科研院所的博碩士研究生、企業(yè)研

10、發(fā)人員 v小木蟲帳號(hào)屬于邀請(qǐng)注冊(cè)，必須有已經(jīng)注冊(cè)小木蟲的人進(jìn)行邀請(qǐng)才能注冊(cè)v求助文獻(xiàn)需要金幣，一般每篇文獻(xiàn)需5個(gè)金幣，一天只能求助3篇文獻(xiàn)丁香園v丁香園是中國(guó)最大的面向醫(yī)生、醫(yī)療機(jī)構(gòu)、醫(yī)藥從業(yè)者以及生命科學(xué)領(lǐng)域人士的專業(yè)性社會(huì)化網(wǎng)絡(luò)，提供醫(yī)學(xué)、醫(yī)療、藥學(xué)、生命科學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域的交流平臺(tái)、專業(yè)知識(shí)、最新科研進(jìn)展以及技術(shù)服務(wù) Springerv施普林格出版社于 1842 年在德國(guó)柏林創(chuàng)立，于 20 世紀(jì) 60 年代建立了其國(guó)際性科技出版公司的地位。目前，施普林格是全球第一大科技圖書出版公司和第二大科技期刊出版公司，每年出版 5 ,000 余種科技圖書和約1 ,700 余種科技期刊vSpringerL

11、ink所有資源劃分為12個(gè)學(xué)科：建筑學(xué)、設(shè)計(jì)和藝術(shù)；行為科學(xué)；生物醫(yī)學(xué)和生命科學(xué)；商業(yè)和經(jīng)濟(jì)；化學(xué)和材料科學(xué)；計(jì)算機(jī)科學(xué)；地球和環(huán)境科學(xué)；工程學(xué)；人文、社科和法律；數(shù)學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)；醫(yī)學(xué)；物理和天文學(xué)自然v自然是一份在英國(guó)發(fā)表的周刊，其出版商為自然出版集團(tuán)。v自然是世界上最早的科學(xué)期刊之一，也是全世界最權(quán)威及最有名望的學(xué)術(shù)雜志，首版于1869年11月4日，發(fā)表來自很多科學(xué)領(lǐng)域的一手研究論文的期刊v在許多科學(xué)研究領(lǐng)域中，每年最重要、最前沿的研究結(jié)果是在自然中以短文章的形式發(fā)表的 自然研究刊物 vNature BiotechnologyvNature Cell BiologyvNature Chemi

12、cal BiologyvNature GeneticsvNature Geoscience (于2008年1月出版)vNature ImmunologyvNature MaterialsvNature MedicinevNature MethodsvNature Nanotechnology (2006年10月出版)vNature NeurosciencevNature Photonics (于2007年1月出版 )vNature PhysicsvNature ChemistryvNature Structural and Molecular Biology自然評(píng)論期刊 vNature Rev

13、iews CancervNature Reviews Drug DiscoveryvNature Reviews GeneticsvNature Reviews ImmunologyvNature Reviews MicrobiologyvNature Reviews Molecular Cell BiologyvNature Reviews Neurosciencev學(xué)術(shù)互助網(wǎng)站進(jìn)行文獻(xiàn)求助v所在科研單位購買了此文章v直接給通訊作者寫信v小木蟲v學(xué)術(shù)信息交流性質(zhì)的綜合科研服務(wù)個(gè)人網(wǎng)站v丁香園v醫(yī)生、醫(yī)療機(jī)構(gòu)、醫(yī)藥從業(yè)者以及生命科學(xué)領(lǐng)域vPLOSvPublic Library of Scien

14、cevnonprofit open-accessvPLOS ONEvPLOS BiologyvPLOS MedicinevPLOS Computational BiologyvPLOS GeneticsvPLOS PathogensvPLOS Neglected Tropical DiseasesvElsevierv荷蘭Elsevier出版集團(tuán)是全球最大的科技與醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)出版發(fā)行商之一vScienceDirect系統(tǒng)是Elsevier公司的核心產(chǎn)品v2500多種同行評(píng)議期刊和6000多種系列叢書、手冊(cè)及參考書v內(nèi)容涵蓋四大類、24個(gè)學(xué)科、數(shù)百個(gè)專業(yè)領(lǐng)域v柳葉刀v為世界上最悠久及最受重視的同行評(píng)審

15、性質(zhì)之醫(yī)學(xué)期刊v2011 影響因子：33.6v細(xì)胞v主要發(fā)表生命科學(xué)領(lǐng)域中的最新研究發(fā)現(xiàn)v2011年的影響因子為32.403vSpringerv德國(guó)施普林格出版社v全球第一大科技圖書出版公司和第二大科技期刊出版公司v每年出版 5 ,000 余種科技圖書和約1 ,700 余種科技期刊v自然v自然是世界上最早的科學(xué)期刊之一，也是全世界最權(quán)威及最有名望的學(xué)術(shù)雜志，首版于1869v在許多科學(xué)研究領(lǐng)域中，每年最重要、最前沿的研究結(jié)果是在自然中以短文章的形式發(fā)表的vNature BiotechnologyvNature Cell BiologyvNature Chemical BiologyvNature

16、 GeneticsvNature Geoscience (于2008年1月出版)vNature ImmunologyvNature MaterialsvNature MedicinevNature MethodsvNature Nanotechnology (2006年10月出版)vNature NeurosciencevNature Photonics (于2007年1月出版 )vNature PhysicsvNature ChemistryvNature Structural and Molecular BiologyvNature Reviews CancervNature Review

17、s Drug DiscoveryvNature Reviews GeneticsvNature Reviews ImmunologyvNature Reviews MicrobiologyvNature Reviews Molecular Cell BiologyvNature Reviews NeuroscienceBMCv生物醫(yī)學(xué)中心(BioMed Central，BMC)是最重要的開放存取期刊出版商之一，致力于以開放存取(OpenAccess)的方式提供經(jīng)過同行評(píng)審的研究成果.v以出版網(wǎng)絡(luò)版期刊為主，目前出版241種生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的期刊，少量期刊同時(shí)出版印刷版 學(xué)科范圍 vBMC出版的

18、期刊多在刊名上冠以BMC字樣，它們的學(xué)科范圍涵蓋了生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的所有主要領(lǐng)域，包括：麻醉學(xué)、生物化學(xué)、生物信息學(xué)、生物技術(shù)、癌癥、細(xì)胞生物學(xué)等57個(gè)分支學(xué)科.vBMC還與Faculty of 1000合作，根據(jù)學(xué)科專家推薦，出版的生物學(xué)領(lǐng)域的重要文獻(xiàn) Faculty of 1000vFaculty of 1000是為生物學(xué)及醫(yī)學(xué)研究人員提供評(píng)估服務(wù)的二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫，是由英國(guó)Faculty of 1000 Ltd出版的一種新型在線研究輔助工具，包括生物學(xué)(Biology)和醫(yī)學(xué)(Medicine)兩大系列醫(yī)學(xué)F1000v由 2400多位世界頂級(jí)的臨床專家、學(xué)者收集和評(píng)價(jià)，提供目前世界上最重要的醫(yī)

19、學(xué)論文信息及發(fā)展趨勢(shì)。v它包括18個(gè)領(lǐng)域：麻醉和鎮(zhèn)痛、心血管疾病、重癥監(jiān)護(hù) 和急診醫(yī)學(xué)、皮膚病學(xué)、糖尿病和內(nèi)分泌病學(xué)、循證醫(yī)學(xué)、胃腸病和肝病學(xué)、血液病學(xué)、感染性疾病、腎病學(xué)、神經(jīng)疾病、腫瘤學(xué)、心理學(xué)、公共衛(wèi)生和流行病學(xué)、 呼吸系統(tǒng)疾病、風(fēng)濕和臨床免疫、泌尿病學(xué)、女性健康。v該網(wǎng)站文獻(xiàn)與PubMed及PubMed Central進(jìn)行了鏈接生物學(xué)F1000v由2000多位專家學(xué)者的評(píng)價(jià)，提供目前世界上最重要的生物學(xué)論文信息及研究趨勢(shì)。v涵蓋學(xué)科領(lǐng)域：生物學(xué)、生物化學(xué)、生物信息學(xué)、生物技術(shù)、癌癥生物學(xué)、 心血管生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、化學(xué)生物學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、生態(tài)學(xué)、進(jìn)化生物學(xué)、胃腸生物學(xué)、基因組學(xué)和遺傳

20、學(xué)、免疫學(xué)、代謝及內(nèi)分泌學(xué)、微生物學(xué)、分子生物 學(xué)、分子醫(yī)學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、藥理學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)、生理學(xué)、植物生物學(xué)、腎生物學(xué)、呼吸生物學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)主要特點(diǎn)v主要對(duì)PubMed收錄的重要論文的進(jìn)行客觀評(píng)估，評(píng)估依據(jù)是以學(xué)術(shù)成就而非該期刊是否被SCI收錄；v參加評(píng)議的成員分別由美國(guó)和歐洲等國(guó)際知名機(jī)構(gòu)的著名專家組成。根據(jù)論文對(duì)當(dāng)前世界生物和醫(yī)學(xué)研究的貢獻(xiàn)程度和科學(xué)價(jià)值，通過客觀反映學(xué)術(shù)水平的指標(biāo)(F1000因子)給予評(píng)分，每日將最近一個(gè)月內(nèi)的極少數(shù)優(yōu)秀論文推薦給讀者，并提供Pubmed鏈接vF1000三個(gè)等級(jí)分別為9分(杰出)、6分(必讀)和3分(推薦)。v研究人員發(fā)表的論文被Faculty of 1

21、000收錄并獲得推薦是對(duì)該論文和研究人員的很高認(rèn)可。檢索方法 BMC journalvBMC Bioinformatics 2.75vBMC Biology 5.75vBMC Systems Biology 3.15vBMC Genomics 4.07vBMC Cancer 3.01BMC BioinformaticsScope vBMC Bioinformatics is an open access, peer-reviewed journal that considers articles on all aspects of the development, testing and no

22、vel application of computational and statistical methods for the modeling and analysis of all kinds of biological data, as well as other areas of computational biology.BMC BiologyScopevBMC Biology is the flagship biology journal of the BMC series, publishing peer-reviewed research and methodology ar

23、ticles of special importance and broad interest in any area of biology, as well as reviews, opinion pieces, comment and Q&As on topics of special or topical interest BMC Systems BiologyScopevBMC Systems Biology is an open access, peer-reviewed journal that considers articles on experimental and

24、theoretical aspects of the function of biological systems at the molecular, cellular or organismal level, in particular those addressing the engineering of biological systems, network modeling, quantitative analyses and the integration of different levels of information.BMC GenomicsScopevBMC Genomic

25、s is an open access, peer-reviewed journal that considers articles on all aspects of genome-scale analysis, functional genomics, and proteomicsBMC CancerScopevBMC Cancer is an open access, peer-reviewed journal that considers articles on all aspects of cancer research, including the pathophysiology(

26、病理生理學(xué)), prevention, diagnosis and treatment of cancers. The journal welcomes submissions concerning molecular and cellular biology, genetics, epidemiology, and clinical trials(臨床實(shí)驗(yàn))牛津電子期刊(Oxford Journals)v牛津大學(xué)出版社(Oxford University Press，簡(jiǎn)稱OUP)，是世界上歷史最悠久和規(guī)模最大的大學(xué)出版社，每年出版書籍和期刊超過4000種。該出版社出版學(xué)術(shù)期刊已有百年歷史.v

27、牛津電子期刊(Oxford Journals)現(xiàn)有220多種同行評(píng)審的期刊，覆蓋廣泛的學(xué)術(shù)領(lǐng)域，包含六大學(xué)科庫醫(yī)學(xué)、生命科學(xué)、數(shù)學(xué)和物理學(xué)、社會(huì)科學(xué)、法律、人文科學(xué)，其中有諸多全球被引率最高的學(xué)術(shù)期刊和文章 Oxford JournalsvBioinformatics 5.468vBriefings in Bioinformatics 5.202vNucleic Acids Research 8.026BioinformaticsvBioinformatics is a peer-reviewed scientific journal publishing original research

28、and software in computational biology. It is the official journal of the International Society for Computational Biology, together with PLoS Computational Biology.vBioinformatics was established in 1998 and has been published since by Oxford University Press.Instructions to Authors vInstructions to

29、AuthorsvSCOPEvTYPES OF MANUSCRIPTvPAGE CHARGESvGENERAL POLICIESvOPEN ACCESS OPTION FOR AUTHORSvMANUSCRIPT PREPARATIONSCOPEvGenome analysisvSequence analysisvPhylogeneticsvStructural bioinformaticsvGene expressionvGenetic and population analysisvSystems biologyvData and text miningvDatabases and onto

30、logiesTYPES OF MANUSCRIPTvOriginal Papers vDiscovery NotesvApplication Notes vReviewsvLetters to the Editor vConference PapersPAGE CHARGESvOriginal papers: 100/$190 per excess page (over 7 published pages)vDiscovery notes: 100/$190 per excess page (over 4 published pages)vApplication notes: 100/$190

31、 per excess page (over 2 published pages)OPEN ACCESS OPTION FOR AUTHORSvOriginal Papers optional Oxford Open charges:Regular charge - 1700/ $3000 / 2550List B Developing country charge* - 850 / $1500 / 1275List A Developing country charge* - 0 /$0 / 0vApplication Notes optional Oxford Open charges:R

32、egular charge - 850 / $1500 / 1275List B Developing country charge* - 425 / $750 / 635List A Developing country charge* - 0 / $0 / 0雜志收費(fèi)問題v國(guó)外雜志單向收費(fèi) 向作者收費(fèi)，不向讀者收費(fèi)；向讀者收費(fèi)，不向作者收費(fèi)； 比如Elsevier，Springer,出版免費(fèi)，下載文章收費(fèi) Nucleic Acids Research 出版收費(fèi)，下載免費(fèi) 國(guó)內(nèi)雜志雙向收費(fèi) 出版收費(fèi)，下載文章收費(fèi)vBMCv生物醫(yī)學(xué)中心(BioMed Central，BMC)是最重要的開放存取

33、期刊出版商之一v目前出版241種生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的期刊vFaculty of 1000vFaculty of 1000是為生物學(xué)及醫(yī)學(xué)研究人員提供評(píng)估服務(wù)的二次文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫,包括生物學(xué)(Biology)和醫(yī)學(xué)(Medicine)兩大系列vF1000三個(gè)等級(jí)分別為9分(杰出)、6分(必讀)和3分(推薦)vBMC Bioinformatics 2.75vcomputational and statistical methodsvcomputational biologyvanalysis of all kinds of biological datavBMC Biology 5.75vflagshi

34、p biology journal of the BMC seriesvin any area of biologyvreviews, opinion pieces, commentvBMC Systems Biology 3.15vexperimental and theoretical aspects of the function of biological systemsvengineering of biological systems, network modeling, quantitative analysesvBMC Genomics 4.07vall aspects of

35、genome-scale analysis, functional genomics, and proteomicsvBMC Cancer 3.01vpathophysiology(病理生理學(xué)), prevention, diagnosis and treatment of cancersvmolecular and cellular biology, genetics, epidemiology, and clinical trials(臨床實(shí)驗(yàn))vOxford Journalsv世界上歷史最悠久和規(guī)模最大的大學(xué)出版社，每年出版書籍和期刊超過4000種v220多種同行評(píng)審的期刊v醫(yī)學(xué)、生命科

36、學(xué)、數(shù)學(xué)和物理學(xué)、社會(huì)科學(xué)、法律、人文科學(xué)vBioinformatics 5.468vBriefings in Bioinformatics 5.202vNucleic Acids Research 8.026voriginal research and software in computational biologyvInternational Society for Computational Biology, together with PLoS Computational BiologyvGenome analysisvSequence analysisvPhylogeneticsv

37、Structural bioinformaticsvGene expressionvGenetic and population analysisvSystems biologyvData and text miningvDatabases and ontologiesCONFLICT OF INTEREST FORMAdvanced searchBriefings in BioinformaticsvBriefings in Bioinformatics is an international forum for researchers and educators in the life s

38、ciences. The journal will also be of interest to mathematicians, statisticians and computer scientists who apply their work to biological problems. The journal publishes reviews for the users of databases and analytical tools of contemporary genetics, molecular and systems biology and is unique in p

39、roviding practical help and guidance to the non-specialist in computerized methodology.Nucleic Acids ResearchvNucleic Acids Research is a peer-reviewed scientific journal published by Oxford University Press. It covers research on nucleic acids, such as DNA and RNA, and related work. Its content is

40、available under an open access license.vThe journal publishes two yearly special issues, one dedicated to biological databases, published in January since 1993 and the other on biological web servers, published in July since 2003Standard papers scopevSynthetic Biology and ChemistryvComputational Bio

41、logyvGene RegulationvChromatin and EpigeneticsvGenome IntegrityvRepair and ReplicationvGenomicsvNucleic Acid EnzymesvRNAvStructural BiologyvMolecular BiologyNucleic Acids Research MethodsCold Spring Harbor Laboratoryv冷泉港實(shí)驗(yàn)室 (The Cold Spring Harbor Laboratory，縮寫CSHL)，是一個(gè)非盈利的私人科學(xué)研究與教育中心，位于美國(guó)紐約州長(zhǎng)島上的冷泉港

42、.v冷泉港(Cold Spring Harbor)是美國(guó)紐約州薩?？丝h的一處村鎮(zhèn)，位于長(zhǎng)島北岸。為冷泉港實(shí)驗(yàn)室與冷泉港捕鯨博物館(Cold Spring Harbor Whaling Museum)的所在地。2000年的人口有4975人v1889年，布魯克林藝術(shù)與科學(xué)學(xué)會(huì)創(chuàng)建了冷泉港生物實(shí)驗(yàn)室，其主要任務(wù)是培訓(xùn)大學(xué)生物教師冷泉港實(shí)驗(yàn)室的研究領(lǐng)域v癌癥v神經(jīng)生物學(xué)v植物遺傳學(xué)v基因組學(xué)v生物資訊學(xué)v主要成就為分子生物學(xué)領(lǐng)域諾貝爾獎(jiǎng)v冷泉港實(shí)驗(yàn)室一共誕生了7位諾貝爾獎(jiǎng)得主v除科學(xué)研究外，冷泉港實(shí)驗(yàn)室還參與了一些教育計(jì)劃Cold Spring Harbor Laboratory PressvCold

43、 Spring Harbor Laboratory Press was founded in 1933 to aid in Cold Spring Harbor Laboratorys purpose of furthering the advance and spread of scientific knowledge.vCSHL Press publishes monographs(專著), technical manuals, handbooks, review volumes, conference proceedings(會(huì)議錄), scholarly journals and vi

44、deotapes.Important Topicsvmolecular biology (分子生物學(xué))vGenetics(遺傳學(xué))vDevelopment(發(fā)育學(xué))vVirology(病毒學(xué))vNeurobiology(神經(jīng)生物學(xué))vImmunology(免疫學(xué))vcancer biology(癌癥生物學(xué))Scientific journals published by CSHL PressvCSH Protocols 9.402 vGenes & Development 13.623 vGenome Research 13.608 vLearning & Memory 4.2

45、19vPerspectives in Biology 9.402vPerspectives in Medicine 1.342 vRNA 5.095Genome ResearchvLaunched in 1995, Genome Research is an international, continuously published, peer-reviewed journal that focuses on research that provides novel insights into the genome biology of all organisms, including adv

46、ances in genomic medicine. Topicsvgenome structurevfunctionvcomparative genomicsvmolecular evolutionvgenome-scale quantitative vpopulation geneticsvproteomicsvepigenomicsv(表觀基因組)vsystems biologyvcomputational biologyvhigh-throughput methodologiesClustalW-Multiple Sequence AlignmentvClustalW2: EMBLvh

47、ttp:/www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/vClustalW2 is a general purpose multiple sequence alignment program for DNA or proteinsvNucleic Acids ResearchvIt covers research on nucleic acids, such as DNA and RNA, and related workvan open access licensevbiological databasesvbiological web serversvCold Spr

48、ing Harbor Laboratoryv是一個(gè)非盈利的私人科學(xué)研究與教育中心，位于美國(guó)紐約州長(zhǎng)島上的冷泉港v癌癥v神經(jīng)生物學(xué)v植物遺傳學(xué)v基因組學(xué)v生物資訊學(xué)v主要成就為分子生物學(xué)領(lǐng)域vCold Spring Harbor Laboratory PressvCSHL Press publishes monographs(專著), technical manuals, handbooks, review volumes, conference proceedings(會(huì)議錄), scholarly journals and videotapesvmolecular biology (分子生物

49、學(xué))vGenetics(遺傳學(xué))vDevelopment(發(fā)育學(xué))vVirology(病毒學(xué))vNeurobiology(神經(jīng)生物學(xué))vImmunology(免疫學(xué))vcancer biology(癌癥生物學(xué))vCSH Protocols 9.402 vGenes & Development 13.623 vGenome Research 13.608 vLearning & Memory 4.219vPerspectives in Biology 9.402vPerspectives in Medicine 1.342 vRNA 5.095vGenome Researchvg

50、enome structurevfunctionvcomparative genomicsvmolecular evolutionvgenome-scale quantitative vpopulation geneticsvClustalW-Multiple Sequence Alignmentvalignment program for DNA or proteins常用miRNA基因組數(shù)據(jù)庫vmiRBase: miRNA 序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測(cè)基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫，是存儲(chǔ)miRNA 信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一vmiRGen2.0: miRNA基因組及調(diào)控?cái)?shù)據(jù)vmiRNAMap: m

51、iRNA基因組圖譜和miRNA的靶基因vPMRD:植物miRNA數(shù)據(jù)庫miRGen2.0miRNAMap蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫v隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，人們獲得了越來越多的關(guān)于蛋白質(zhì)序列，結(jié)構(gòu)和功能的信息?；谶@些信息構(gòu)建了蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫等數(shù)據(jù)庫。v常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫有PIR, Swiss-Prot, MIPPIR(Protein Information Resource) vPIR蛋白信息數(shù)據(jù)庫，由美國(guó)國(guó)家生物醫(yī)學(xué)研究基金會(huì)(National Biomedical Research Foundation)維護(hù)v包括四個(gè)子庫：PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。v其中收

52、錄的詞條分成不同的家族組，并且可對(duì)每組間進(jìn)行序列比較。該數(shù)據(jù)庫每周更新，每年發(fā)行四版。 UniProt vUniProt是Universal Protein的英文縮寫，是信息最豐富、資源最廣的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。v它由整合SWISS-PROT、TrEMBL和PIR-PSD三大數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)而成。v它的數(shù)據(jù)主要來自于基因組測(cè)序項(xiàng)目完成后，后續(xù)獲得的蛋白質(zhì)序列。它包含了大量來自文獻(xiàn)的蛋白質(zhì)的生物功能的信息。 vUniProtKB全稱UniProt Knowledgebase，它是經(jīng)過專家校驗(yàn)的數(shù)據(jù)庫，主要由兩部分組成：vUniProtKB/Swiss-Prot 包含檢查過的、手工注釋的條目vUniProt

53、KB/TrEMBL 包含未校驗(yàn)的、自動(dòng)注釋的條目vUniProtKB/Swiss-Prot 高質(zhì)量、手工注釋的、非冗余的數(shù)據(jù)集；主要來自文獻(xiàn)中的研究成果和E-value校驗(yàn)過計(jì)算分析結(jié)果。有質(zhì)量保證的數(shù)據(jù)才被加入該數(shù)據(jù)庫。vUniProtKB/TrEMBL v該數(shù)據(jù)集包含高質(zhì)量的計(jì)算分析結(jié)果，一般都在自動(dòng)注釋中富集，主要應(yīng)對(duì)基因組項(xiàng)目獲得的大量數(shù)據(jù)流以人工校驗(yàn)在時(shí)間上和人力上的不足。v它能注釋所有可用的蛋白序列。在三大核酸數(shù)據(jù)庫(EMBL-Bank/GenBank/DDBJ)中注釋的編碼序列都被自動(dòng)翻譯并加入該數(shù)據(jù)庫中。它也有來自PDB數(shù)據(jù)庫的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因

54、預(yù)測(cè)的序列。Interpro vInterpro數(shù)據(jù)庫主要以功能域信息為中心，包括功能域特征以及所在蛋白的序列信息和其它功能注釋信息。v其中，蛋白功能域信息整合了11個(gè)數(shù)據(jù)庫，并分別采用不同的方法來識(shí)別功能域。 vInterpro整合了每個(gè)蛋白應(yīng)用不同方法所識(shí)別的功能域信息，并將每個(gè)相同的功能域用同一InterPro記錄(IPR)表示。v每個(gè)IPR記錄代表一個(gè)特定的功能域，除了給出功能信息以外，還包括其它數(shù)據(jù)庫的鏈接，如GO數(shù)據(jù)庫、UniProtKB數(shù)據(jù)庫以及GenePep數(shù)據(jù)庫。 vInterProScan為其搜索工具，給定任何蛋白序列，就可以從InterPro數(shù)據(jù)庫搜索該蛋白的蛋白功能域信

55、息 PROSITEvPROSITE 數(shù)據(jù)庫收集了生物學(xué)有顯著意義的蛋白質(zhì)位點(diǎn)和序列模式，并能根據(jù)這些位點(diǎn)和模式快速和可靠地鑒別一個(gè)未知功能的蛋白質(zhì)序列應(yīng)該屬于哪一個(gè)蛋白質(zhì)家族。 v有的情況下，某個(gè)蛋白質(zhì)與已知功能蛋白質(zhì)的整體序列相似性很低，但由于功能的需要保留了與功能密切相關(guān)的序列模式v這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能 motif，因此是序列分析的有效工具。 vPROSITE 中涉及的序列模式：酶的催化位點(diǎn)、配體結(jié)合位點(diǎn)、金屬離子結(jié)合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域等； PROSITE 比對(duì)構(gòu)建的 profile，能更敏感地發(fā)現(xiàn)序列與 profile 的

56、相似性。 Ensembl數(shù)據(jù)庫vEnsembl是一項(xiàng)生物信息學(xué)研究計(jì)劃，旨在開發(fā)一種能夠?qū)φ婧松锘蚪M進(jìn)行自動(dòng)詮釋并加以維護(hù)的軟件。v該計(jì)劃由英國(guó)Sanger研究所Wellcome基金會(huì)及歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室所屬分部歐洲生物信息學(xué)研究所共同協(xié)作運(yùn)營(yíng)基因注釋的數(shù)據(jù)來源v基因組數(shù)據(jù)vUniProt蛋白質(zhì)序列vNCBI RefSeq蛋白質(zhì)和核酸序列vEMBL cDNA序列Gene Ontology 基因本體聯(lián)合會(huì)(Gene Onotology Consortium)所建立的數(shù)據(jù)庫. 旨在建立一套適用于各種物種的，對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述的，并能隨著研究不斷深入而更新的語義(terms)詞匯

57、標(biāo)準(zhǔn)。v這個(gè)項(xiàng)目最初是由1988年對(duì)三個(gè)模式生物數(shù)據(jù)庫的整合開始: (1)果蠅數(shù)據(jù)庫 (2)酵母基因組數(shù)據(jù)庫 (3)小鼠基因組數(shù)據(jù)庫 目前，GO已包含數(shù)十個(gè)動(dòng)物、植物、微生物的數(shù)據(jù)庫。vGO語義的分類v分子功能(Molecular Function) 描述在個(gè)體分子生物學(xué)上的活性，如催化活性或結(jié)合活性v生物學(xué)過程(Biological Process) 由分子功能有序地組成的，具有多個(gè)步驟的一個(gè)過程v細(xì)胞組件(Cellular Component) 指基因產(chǎn)物位于何種細(xì)胞器或基因產(chǎn)物組中，即基因產(chǎn)物在什么地方起作用humanArabidopsis擬南芥擬南芥Thermotoga maritim

58、a海棲熱袍菌 Escherichia coli大腸桿菌大腸桿菌Buchnerasp. APS(歐洲山楊歐洲山楊)Rickettsia(病原體病原體) prowazekiiUreaplasma urealyticum解脲支原體解脲支原體 Bacillus subtilis枯草桿菌枯草桿菌 Drosophila melanogasterThermoplasma acidophilum嗜酸嗜酸熱原體熱原體 Plasmodium falciparum瘧原蟲Helicobacter pylori (幽門桿菌幽門桿菌)mouseCaenorhabitis elegansratBorrelia包柔氏包柔氏螺

59、旋體菌螺旋體菌Borrelia burgorferi螺旋體菌Aquifex aeolicus超嗜熱菌超嗜熱菌 Neisseria腦膜腦膜炎雙球菌炎雙球菌 Mycobacterium (肺肺結(jié)核結(jié)核) tuberculosis 酵母、線蟲、果蠅、細(xì)菌共約已完成，水稻等正在進(jìn)行。目前總量已達(dá)堿基對(duì)！ 寄生于細(xì)菌內(nèi)的病毒寄生于細(xì)菌內(nèi)的病毒 如：大腸桿菌噬菌體如：大腸桿菌噬菌體(coliphages) 遺傳物質(zhì)：?jiǎn)捂溸z傳物質(zhì)：?jiǎn)捂?雙鏈、環(huán)狀雙鏈、環(huán)狀/線狀、線狀、DNA/RNA 不不具有細(xì)胞形態(tài)結(jié)構(gòu)，僅由核酸和蛋白質(zhì)構(gòu)成；具有細(xì)胞形態(tài)結(jié)構(gòu)，僅由核酸和蛋白質(zhì)構(gòu)成； 如：人艾滋病毒如：人艾滋病毒HIV、

60、SARS冠狀病毒冠狀病毒 體積小，體積小，10300nm； 嚴(yán)格的專性細(xì)胞內(nèi)寄生；嚴(yán)格的專性細(xì)胞內(nèi)寄生； 對(duì)抗生素不敏感。對(duì)抗生素不敏感。電子顯微鏡下的電子顯微鏡下的SARS冠狀病毒冠狀病毒100nmEscherichia coli大腸桿菌大腸桿菌是研究得最為詳盡的一個(gè)模式生物。這種只有1.6微米長(zhǎng)的、可以迅速繁殖的單細(xì)胞原核生物，已經(jīng)成為實(shí)驗(yàn)室和基因工程的重要工具。Escherichia coli O157:H7Escherichia coli K12Saccharomyces cerevisiae釀酒酵母真菌界的單細(xì)胞真核生物，有16個(gè)染色體。它的全基因組已在1996年測(cè)定。秀麗線蟲Caenorhabditis elegans一種透明的、生