基因組學(xué)ppt課件

1、 第第13章章 基因組學(xué)基因組學(xué) 基因組學(xué)基因組學(xué) 1 1 基因組學(xué)概述基因組學(xué)概述 2 2 基因組圖譜的構(gòu)建基因組圖譜的構(gòu)建3 3 基因組測(cè)序基因組測(cè)序4 4 功能基因組學(xué)功能基因組學(xué)本章教學(xué)時(shí)數(shù)：本章教學(xué)時(shí)數(shù)：4 4學(xué)時(shí)。學(xué)時(shí)。本章重點(diǎn)：基因組方案的根本流程。本章重點(diǎn)：基因組方案的根本流程。本章難點(diǎn)：分子標(biāo)志和基因圖譜；本章難點(diǎn)：分子標(biāo)志和基因圖譜； 研討基因功能的方法研討基因功能的方法 1 1 基因組學(xué)概述基因組學(xué)概述 基因組基因組genomegenome，又稱染色體組，又稱染色體組 一個(gè)物種單倍體的染色體數(shù)目，物種全一個(gè)物種單倍體的染色體數(shù)目，物種全部遺傳信息的總和部遺傳信息的總和 物

2、種遺傳信息的物種遺傳信息的“總詞典總詞典 控制發(fā)育的控制發(fā)育的“總程序總程序 生物進(jìn)化歷史的生物進(jìn)化歷史的“總檔案總檔案基因組學(xué)基因組學(xué)genomicsgenomics19861986年提出，至今年提出，至今2020年，曾經(jīng)開展成為年，曾經(jīng)開展成為遺傳學(xué)中最重要的分支學(xué)科。遺傳學(xué)中最重要的分支學(xué)科。對(duì)物種的一切基因進(jìn)展定位、作圖、測(cè)對(duì)物種的一切基因進(jìn)展定位、作圖、測(cè)序和功能分析序和功能分析基因組學(xué)研討的最終目的基因組學(xué)研討的最終目的u 獲得生物體全部基因組序列獲得生物體全部基因組序列u 鑒定一切基因的功能鑒定一切基因的功能u 明確基因之間的相互作用關(guān)系明確基因之間的相互作用關(guān)系u 闡明基因組的

3、進(jìn)化規(guī)律闡明基因組的進(jìn)化規(guī)律經(jīng)典遺傳學(xué)經(jīng)典遺傳學(xué) 在在2020世紀(jì)初，遺傳學(xué)剛剛誕生的時(shí)候，遺傳世紀(jì)初，遺傳學(xué)剛剛誕生的時(shí)候，遺傳學(xué)家的任務(wù)主要是鑒別感興趣的基因，確定這學(xué)家的任務(wù)主要是鑒別感興趣的基因，確定這些基因在染色體上的位置。些基因在染色體上的位置。 第一個(gè)環(huán)節(jié)：尋覓自發(fā)突變體，或者利用物第一個(gè)環(huán)節(jié)：尋覓自發(fā)突變體，或者利用物理、化學(xué)要素誘發(fā)突變。理、化學(xué)要素誘發(fā)突變。 第二個(gè)環(huán)節(jié)：經(jīng)過連鎖分析確定新基因與知第二個(gè)環(huán)節(jié)：經(jīng)過連鎖分析確定新基因與知基因的相互關(guān)系，繪制遺傳連鎖圖?；虻南嗷リP(guān)系，繪制遺傳連鎖圖。幾個(gè)代表物種的基因組大小幾個(gè)代表物種的基因組大小物種物種基因組大小/bp基因組

4、大小/bpT4噬菌體T4噬菌體2.0102.0105 5大腸桿菌(大腸桿菌(Escherichia coli) )4.2104.2106 6酵母(酵母(Sccharomyces cerevisiae) )1.5101.5107 7擬南芥(擬南芥(Arabidopsis thaliana) )1.0101.0108 8秀麗小桿線蟲(秀麗小桿線蟲(Caenorhbditis elagans) )1.0101.0108 8果蠅(果蠅(Drosophila melanogaster) )1.65101.65108 8水稻(水稻(Oryza sativa) )3.89103.89108 8小白鼠(小白鼠

5、(Mus musculus) )3.0103.0109 9人類(人類(Homo sapiens) )3.3103.3109 9玉米玉米(Zea mays) )5.4105.4109 9普通小麥(普通小麥(Triticum aestivum) )1.6101.6101010釣魚釣魚竭澤而漁竭澤而漁CREDIT: JOE SUTLIFF Science, Vol 291: 1221.Fishing in a More Effective Way!基因組學(xué)的研討內(nèi)容基因組學(xué)的研討內(nèi)容q 構(gòu)造基因組學(xué)構(gòu)造基因組學(xué)q 功能基因組學(xué)功能基因組學(xué)q 蛋白質(zhì)組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)構(gòu)造基因組學(xué)構(gòu)造基因組學(xué)structu

6、ral genomics 基因定位基因定位 基因組作圖基因組作圖 測(cè)定核苷酸序列測(cè)定核苷酸序列功能基因組學(xué)功能基因組學(xué)functional genomicsfunctional genomics 又稱后基因組學(xué)又稱后基因組學(xué)postgenomics)postgenomics) 基因的識(shí)別、鑒定、克隆基因的識(shí)別、鑒定、克隆 基因構(gòu)造、功能及其相互關(guān)系基因構(gòu)造、功能及其相互關(guān)系 基因表達(dá)調(diào)控的研討基因表達(dá)調(diào)控的研討蛋白質(zhì)組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)proteomicsproteomics 鑒定蛋白質(zhì)的產(chǎn)生過程、構(gòu)造、功能和鑒定蛋白質(zhì)的產(chǎn)生過程、構(gòu)造、功能和相互作用方式相互作用方式人類基因組方案人類基因組方案19

7、901990，美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研討所和能源部投資，美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研討所和能源部投資3030億，啟動(dòng)了人類基因組方案，估計(jì)億，啟動(dòng)了人類基因組方案，估計(jì)1515年時(shí)間完成人類基因組全部序列的測(cè)定年時(shí)間完成人類基因組全部序列的測(cè)定20192019，完成標(biāo)志密度為，完成標(biāo)志密度為0.6cM0.6cM的人類基因組的人類基因組遺傳圖譜，遺傳圖譜，100kb100kb的物理圖譜的物理圖譜20002000，完成草圖，完成草圖20192019年年2 2月，公布人類基因組圖譜的修訂版月，公布人類基因組圖譜的修訂版20192019，完成測(cè)序任務(wù)，完成測(cè)序任務(wù)2 基因組圖譜的構(gòu)建基因組圖譜的構(gòu)建基因組方案的主要義務(wù)是獲得

8、全基因組序列基因組方案的主要義務(wù)是獲得全基因組序列但是，如今的測(cè)序方法每次只能測(cè)但是，如今的測(cè)序方法每次只能測(cè)8008001000bp1000bp大量的測(cè)序片段要拼接大量的測(cè)序片段要拼接要知道序列在要知道序列在ChrChr上的位置才干正確拼接上的位置才干正確拼接基因組方案的第一個(gè)環(huán)節(jié)：基因組方案的第一個(gè)環(huán)節(jié)： 構(gòu)建基因組圖譜構(gòu)建基因組圖譜基因組圖譜基因組圖譜 遺傳圖譜遺傳圖譜genetic map 物理圖譜物理圖譜physical map遺傳圖譜遺傳圖譜genetic map 采用遺傳分析的方法將基因或其它采用遺傳分析的方法將基因或其它DNADNA序列標(biāo)定在染色體上構(gòu)建連鎖圖。序列標(biāo)定在染色體

9、上構(gòu)建連鎖圖。遺傳標(biāo)志遺傳標(biāo)志q有可以識(shí)別的標(biāo)志，才干確定目的的方位有可以識(shí)別的標(biāo)志，才干確定目的的方位及彼此之間的相對(duì)位置。及彼此之間的相對(duì)位置。q構(gòu)建遺傳圖譜就是尋覓基因組不同位置上構(gòu)建遺傳圖譜就是尋覓基因組不同位置上的特征標(biāo)志。的特征標(biāo)志。q包括：包括：q 形狀標(biāo)志形狀標(biāo)志q 細(xì)胞學(xué)標(biāo)志細(xì)胞學(xué)標(biāo)志q 生化標(biāo)志生化標(biāo)志q DNA DNA分子標(biāo)志分子標(biāo)志多態(tài)性多態(tài)性polymophism一切的標(biāo)志都必需具有多態(tài)性！一切的標(biāo)志都必需具有多態(tài)性！ 花樣：白色、紅色花樣：白色、紅色 株高：高、矮株高：高、矮 血型：血型：A、B、O型型 淀粉：糯、非糯淀粉：糯、非糯一切多態(tài)性都是基因突變的結(jié)果！一切

10、多態(tài)性都是基因突變的結(jié)果！形狀標(biāo)志形狀標(biāo)志形狀性狀：株高、顏色、白化癥等形狀性狀：株高、顏色、白化癥等又稱表型標(biāo)志又稱表型標(biāo)志數(shù)量少數(shù)量少很多突變是致死的很多突變是致死的受環(huán)境、生育期等要素的影響受環(huán)境、生育期等要素的影響q 最早建立的果蠅連鎖圖，就是利用控制最早建立的果蠅連鎖圖，就是利用控制果蠅眼睛的外形、顏色，軀體的顏色、果蠅眼睛的外形、顏色，軀體的顏色、翅膀的外形等形狀性狀作為標(biāo)志，分析翅膀的外形等形狀性狀作為標(biāo)志，分析它們連鎖關(guān)系及遺傳間隔，繪制而成的。它們連鎖關(guān)系及遺傳間隔，繪制而成的。q 控制性狀的其實(shí)是基因，所以形狀標(biāo)志控制性狀的其實(shí)是基因，所以形狀標(biāo)志本質(zhì)上就是基因標(biāo)志。本質(zhì)上

11、就是基因標(biāo)志。果果蠅蠅連連鎖鎖圖圖細(xì)胞學(xué)標(biāo)志細(xì)胞學(xué)標(biāo)志v明確顯示遺傳多態(tài)性的染色體構(gòu)造特征明確顯示遺傳多態(tài)性的染色體構(gòu)造特征和數(shù)量特征和數(shù)量特征v 染色體的核型染色體的核型v 染色體的帶型染色體的帶型v 染色體的構(gòu)造變異染色體的構(gòu)造變異v 染色體的數(shù)目變異染色體的數(shù)目變異v優(yōu)點(diǎn)：不受環(huán)境影響優(yōu)點(diǎn)：不受環(huán)境影響v缺陷：數(shù)量少、費(fèi)力、費(fèi)時(shí)、對(duì)生物體缺陷：數(shù)量少、費(fèi)力、費(fèi)時(shí)、對(duì)生物體的生長(zhǎng)發(fā)育不利的生長(zhǎng)發(fā)育不利生化標(biāo)志生化標(biāo)志v 又稱蛋白質(zhì)標(biāo)志又稱蛋白質(zhì)標(biāo)志v 就是利用蛋白質(zhì)的多態(tài)性作為遺傳標(biāo)志。就是利用蛋白質(zhì)的多態(tài)性作為遺傳標(biāo)志。v 如：同工酶、貯藏蛋白如：同工酶、貯藏蛋白v 優(yōu)點(diǎn)：數(shù)量較多，受環(huán)

12、境影響小優(yōu)點(diǎn)：數(shù)量較多，受環(huán)境影響小v 缺陷：受發(fā)育時(shí)間的影響、有組織特異缺陷：受發(fā)育時(shí)間的影響、有組織特異性、只反映基因編碼區(qū)的信息性、只反映基因編碼區(qū)的信息DNADNA分子標(biāo)志分子標(biāo)志簡(jiǎn)稱分子標(biāo)志簡(jiǎn)稱分子標(biāo)志以以DNADNA序列的多態(tài)性作為遺傳標(biāo)志序列的多態(tài)性作為遺傳標(biāo)志優(yōu)點(diǎn)：優(yōu)點(diǎn)： 不受時(shí)間和環(huán)境的限制不受時(shí)間和環(huán)境的限制 遍及整個(gè)基因組，數(shù)量無限遍及整個(gè)基因組，數(shù)量無限 不影響性狀表達(dá)不影響性狀表達(dá) 自然存在的變異豐富，多態(tài)性好自然存在的變異豐富，多態(tài)性好 共顯性，能鑒別純合體和雜合體共顯性，能鑒別純合體和雜合體限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性restriction fragm

13、ent length polymorphismrestriction fragment length polymorphism，RFLPRFLPv DNA DNA序列能或不能被某一酶酶切，相當(dāng)于一對(duì)序列能或不能被某一酶酶切，相當(dāng)于一對(duì)等位基因的差別。等位基因的差別。 v 如有兩個(gè)如有兩個(gè)DNADNA分子一對(duì)染色體，一個(gè)具有分子一對(duì)染色體，一個(gè)具有某一種酶的酶切位點(diǎn)，而另一個(gè)沒有這個(gè)位點(diǎn)，某一種酶的酶切位點(diǎn)，而另一個(gè)沒有這個(gè)位點(diǎn)，酶切后構(gòu)成的酶切后構(gòu)成的DNADNA片段長(zhǎng)度就有差別，即多態(tài)片段長(zhǎng)度就有差別，即多態(tài)性。性。v 可將可將RFLPRFLP作為標(biāo)志，定位在基因組中某一位作為標(biāo)志，定位在基

14、因組中某一位置上。置上。v人類基因組中有人類基因組中有105105個(gè)個(gè)RFLPRFLP位點(diǎn)，每一位點(diǎn)只位點(diǎn)，每一位點(diǎn)只需兩個(gè)等位基因。需兩個(gè)等位基因。RFLPRFLP分析分析RFLP標(biāo)志位共顯性標(biāo)志標(biāo)志位共顯性標(biāo)志微衛(wèi)星微衛(wèi)星microsatellite標(biāo)志標(biāo)志v微 衛(wèi) 星 又 稱 為 簡(jiǎn) 單 反 復(fù) 序 列 微 衛(wèi) 星 又 稱 為 簡(jiǎn) 單 反 復(fù) 序 列 s i m p l e s i m p l e sequence repeatsequence repeat，SSRSSR。v這種反復(fù)序列的反復(fù)單位很短，經(jīng)常只需這種反復(fù)序列的反復(fù)單位很短，經(jīng)常只需2 2個(gè)、個(gè)、3 3個(gè)或個(gè)或4 4個(gè)核苷酸

15、個(gè)核苷酸v如一條染色體如一條染色體TCTGAGAGAGACGCTCTGAGAGAGACGCv 另一染色體另一染色體TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGCTCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC，就構(gòu)，就構(gòu)成了多態(tài)性。成了多態(tài)性。遺傳圖譜的構(gòu)建方法遺傳圖譜的構(gòu)建方法 v 實(shí)際根底實(shí)際根底: 連鎖與交換連鎖與交換v 根本方法根本方法: 兩點(diǎn)檢驗(yàn)法和三點(diǎn)檢驗(yàn)法兩點(diǎn)檢驗(yàn)法和三點(diǎn)檢驗(yàn)法植物遺傳圖譜的構(gòu)建植物遺傳圖譜的構(gòu)建v 選擇研討資料親本選擇研討資料親本v 構(gòu)建分別群體構(gòu)建分別群體v 遺傳標(biāo)志檢測(cè)遺傳標(biāo)志檢測(cè)v 標(biāo)志間的連鎖分析標(biāo)志間的連鎖分析選擇親本選擇親本 要求親緣關(guān)系遠(yuǎn)，遺傳差別大 但

16、又不能相差太大以導(dǎo)致引起子代不育。 對(duì)備選資料進(jìn)展多態(tài)(差別)性檢測(cè)，綜合測(cè)定結(jié)果，選擇有一定量多態(tài)性的一對(duì)或幾對(duì)資料作為遺傳作圖親本。構(gòu)建作圖群體構(gòu)建作圖群體 遺傳標(biāo)志的染色體定位遺傳標(biāo)志的染色體定位v 利用遺傳學(xué)方法或其它方法將少數(shù)標(biāo)志利用遺傳學(xué)方法或其它方法將少數(shù)標(biāo)志錨定在染色體上，作為確定連鎖群的參錨定在染色體上，作為確定連鎖群的參照系。照系。v 常用的方法：常用的方法：v 單體分析單體分析v 三體分析三體分析v 代換系分析代換系分析v 附加系分析附加系分析標(biāo)志間的連鎖分析標(biāo)志間的連鎖分析v利用在兩個(gè)親本間有多態(tài)性的標(biāo)志分析利用在兩個(gè)親本間有多態(tài)性的標(biāo)志分析分別群體中一切個(gè)體的基因型分

17、別群體中一切個(gè)體的基因型v根據(jù)連鎖交換的情況，確定標(biāo)志之間的根據(jù)連鎖交換的情況，確定標(biāo)志之間的連鎖關(guān)系和遺傳間隔連鎖關(guān)系和遺傳間隔v有計(jì)算機(jī)軟件可以運(yùn)用有計(jì)算機(jī)軟件可以運(yùn)用水稻遺傳圖水稻遺傳圖v 1994 1994年，水稻第一張高密度遺傳圖譜年，水稻第一張高密度遺傳圖譜v 927 927個(gè)位點(diǎn)，個(gè)位點(diǎn)， 3 3個(gè)標(biāo)志個(gè)標(biāo)志v 2019 2019年，年，11571157個(gè)位點(diǎn)，個(gè)位點(diǎn)，22752275個(gè)標(biāo)志個(gè)標(biāo)志v 2000 2000年，年，32673267個(gè)標(biāo)志個(gè)標(biāo)志v 高密度的遺傳圖譜為基因組測(cè)序和遺傳高密度的遺傳圖譜為基因組測(cè)序和遺傳研討奠定了堅(jiān)實(shí)的根底。研討奠定了堅(jiān)實(shí)的根底。人類遺傳圖譜

18、的構(gòu)建人類遺傳圖譜的構(gòu)建v 不能夠根據(jù)需求選擇親本，設(shè)計(jì)雜交組合，構(gòu)建不能夠根據(jù)需求選擇親本，設(shè)計(jì)雜交組合，構(gòu)建分別群體！分別群體！v 只能檢測(cè)現(xiàn)存家庭延續(xù)幾代成員的基因型只能檢測(cè)現(xiàn)存家庭延續(xù)幾代成員的基因型v 家系分析法家系分析法v 資料有限、必需借助于統(tǒng)計(jì)學(xué)方法資料有限、必需借助于統(tǒng)計(jì)學(xué)方法現(xiàn)有的人類遺傳圖譜現(xiàn)有的人類遺傳圖譜v 1 12222號(hào)染色體號(hào)染色體v 8 8個(gè)家系個(gè)家系134134個(gè)成員個(gè)成員v X X染色體，染色體，1212個(gè)家系個(gè)家系170170個(gè)成員個(gè)成員v 5364 5364個(gè)個(gè)SSRSSR標(biāo)志標(biāo)志v 2335 2335個(gè)位點(diǎn)個(gè)位點(diǎn)v 標(biāo)志間的平均間隔標(biāo)志間的平均間隔5

19、99kb599kb物理圖譜的構(gòu)建物理圖譜的構(gòu)建v 用分子生物學(xué)方法直接檢測(cè)用分子生物學(xué)方法直接檢測(cè)DNADNA標(biāo)志在標(biāo)志在染色體上的實(shí)踐位置繪制成的圖譜稱為染色體上的實(shí)踐位置繪制成的圖譜稱為物理圖譜。物理圖譜。v 有遺傳圖譜為什么還要構(gòu)建物理圖譜？有遺傳圖譜為什么還要構(gòu)建物理圖譜？ 遺傳圖譜的缺陷遺傳圖譜的缺陷v 分別率有限分別率有限v 人類只能研討少數(shù)減數(shù)分裂事件，不能人類只能研討少數(shù)減數(shù)分裂事件，不能獲得大量子代個(gè)體獲得大量子代個(gè)體v 測(cè)序要求每個(gè)標(biāo)志的間隔小于測(cè)序要求每個(gè)標(biāo)志的間隔小于100kb100kbv 實(shí)踐是實(shí)踐是599kb599kb遺傳圖譜的缺陷遺傳圖譜的缺陷 準(zhǔn)確性不夠準(zhǔn)確性不

20、夠 經(jīng)典遺傳學(xué)以為，交換是隨機(jī)發(fā)生的經(jīng)典遺傳學(xué)以為，交換是隨機(jī)發(fā)生的 基因組中有些區(qū)域是重組熱點(diǎn)基因組中有些區(qū)域是重組熱點(diǎn) 倒位、反復(fù)等染色體構(gòu)造變異會(huì)限制交倒位、反復(fù)等染色體構(gòu)造變異會(huì)限制交換重組換重組酵酵母母遺遺傳傳圖圖與與物物理理圖圖比比較較A A 遺傳圖遺傳圖B B 物理圖物理圖物理作圖的方法物理作圖的方法1 1、限制酶作圖、限制酶作圖2 2、依托克隆的基因組作圖、依托克隆的基因組作圖3 3、熒光原位雜交、熒光原位雜交4 4、序列標(biāo)簽位點(diǎn)作圖、序列標(biāo)簽位點(diǎn)作圖限制酶作圖限制酶作圖restriction mappingrestriction mapping限制酶作圖限制酶作圖restri

21、ction mappingrestriction mapping熒光原位雜交熒光原位雜交fluorescent in situ hybridization，F(xiàn)ISH熒光原位雜交熒光原位雜交fluorescent in situ hybridization，F(xiàn)ISH熒光原位雜交熒光原位雜交fluorescent in situ hybridization，F(xiàn)ISH熒光原位雜交熒光原位雜交fluorescent in situ hybridization，F(xiàn)ISH人類基因組物理圖人類基因組物理圖v 1987 1987年，年，RFLPRFLP圖譜，圖譜，403403個(gè)標(biāo)志，個(gè)標(biāo)志，10Mb10Mbv

22、 1994 1994年，年，58005800個(gè)標(biāo)志，個(gè)標(biāo)志，0.7Mb0.7Mbv 2019 2019年，年，1700017000多個(gè)標(biāo)志，多個(gè)標(biāo)志，100kb100kbv 完全順應(yīng)全基因組測(cè)序的要求完全順應(yīng)全基因組測(cè)序的要求遺傳圖與物理圖的整合遺傳圖與物理圖的整合v有些標(biāo)志既是遺傳標(biāo)志，又是物理標(biāo)志有些標(biāo)志既是遺傳標(biāo)志，又是物理標(biāo)志v RFLP RFLP標(biāo)志標(biāo)志 SSR SSR標(biāo)志標(biāo)志 某些基因序列某些基因序列v借助這些標(biāo)志可以將遺傳圖和物理圖整借助這些標(biāo)志可以將遺傳圖和物理圖整合起來合起來基因組測(cè)序戰(zhàn)略基因組測(cè)序戰(zhàn)略v有了高密度的基因組圖譜，就可以開場(chǎng)全有了高密度的基因組圖譜，就可以開場(chǎng)全

23、基因組測(cè)序了基因組測(cè)序了v測(cè)序的技術(shù)飛速開展，如今可以全自動(dòng)化測(cè)序的技術(shù)飛速開展，如今可以全自動(dòng)化v測(cè)序的戰(zhàn)略有兩個(gè)：測(cè)序的戰(zhàn)略有兩個(gè)：v 鳥槍法鳥槍法v 克盛大疊群法克盛大疊群法鳥槍法鳥槍法shotgun sequencingshotgun sequencing鳥槍法的優(yōu)缺陷鳥槍法的優(yōu)缺陷v優(yōu)點(diǎn)：優(yōu)點(diǎn)：v 不需求高密度的圖譜不需求高密度的圖譜v 速度快、簡(jiǎn)單、本錢低速度快、簡(jiǎn)單、本錢低v缺陷：缺陷：v 拼接組裝困難，尤其在反復(fù)序列多的區(qū)域拼接組裝困難，尤其在反復(fù)序列多的區(qū)域v主要用于反復(fù)序列少、相對(duì)簡(jiǎn)單的原核生物基主要用于反復(fù)序列少、相對(duì)簡(jiǎn)單的原核生物基因組因組克盛大疊群法克盛大疊群法clo

24、ne contigv 將基因組將基因組DNADNA切割長(zhǎng)度為切割長(zhǎng)度為0.1Mb0.1Mb1Mb1Mb的的大片段，克隆到大片段，克隆到Y(jié)ACYAC或或BACBAC載體上載體上v 然后再進(jìn)展亞克隆，分別測(cè)定單個(gè)亞克然后再進(jìn)展亞克隆，分別測(cè)定單個(gè)亞克隆的序列隆的序列v 再裝配、銜接成延續(xù)的再裝配、銜接成延續(xù)的DNADNA分子。分子。v 這是一種自上而下這是一種自上而下up to downup to down的測(cè)的測(cè)序戰(zhàn)略序戰(zhàn)略 v clone-by-clone method clone-by-clone method兩兩種種基基因因組組測(cè)測(cè)序序戰(zhàn)戰(zhàn)略略The E.coli genomeA port

25、ion of the E.coli chromosome showing genes and operons. A dot indicates the promoter for each gene or operon. Arrows and color indicate the direction of transcribtion: dark blue genes are transcribed left to right, light blue are transcribed right to left.Overlapping gene are shown in green.功能基因組學(xué)功能

26、基因組學(xué)v 完成基因組測(cè)序，僅僅是基因組方案的完成基因組測(cè)序，僅僅是基因組方案的第一步，更重要的任務(wù)在于弄清楚：第一步，更重要的任務(wù)在于弄清楚：v 基因組序列中所包含的全部遺傳信基因組序列中所包含的全部遺傳信息是什么；息是什么；v 基因組作為一個(gè)整體如何行使功能?；蚪M作為一個(gè)整體如何行使功能。v就是對(duì)基因組序列進(jìn)展詮釋的過程，也就是對(duì)基因組序列進(jìn)展詮釋的過程，也就是功能基因組學(xué)的研討內(nèi)容。就是功能基因組學(xué)的研討內(nèi)容。 根據(jù)序列分析搜索基因根據(jù)序列分析搜索基因 v 查找開放閱讀框查找開放閱讀框open reading frame, ORFopen reading frame, ORFv 開放閱讀框都有一個(gè)起始密碼子，開放閱讀框都有一個(gè)起始