常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法

1、1生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)課件邢晉祎 生命科學(xué)學(xué)院Copyright2實(shí)驗(yàn)一實(shí)驗(yàn)一 常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)常用網(wǎng)站及文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法實(shí)驗(yàn)類(lèi)型：基礎(chǔ) 學(xué)時(shí)：33實(shí)驗(yàn)課程須知 1.實(shí)驗(yàn)報(bào)告嚴(yán)禁抄襲或者copy，如果想copy，請(qǐng)盡量檢查清楚，不可以出現(xiàn)同姓名或同學(xué)號(hào)，或者5次報(bào)告同樣時(shí)間的愚蠢錯(cuò)誤。 2.盡量自己動(dòng)手，將每次實(shí)驗(yàn)認(rèn)真完成，當(dāng)然如果不做實(shí)驗(yàn)，總是打游戲，聊qq，我也沒(méi)辦法，我只有一雙眼睛，你們有69人。 3.請(qǐng)盡量利用實(shí)驗(yàn)時(shí)間，盡量多學(xué)習(xí)，多鉆研，只要能夠點(diǎn)擊的地方都可以點(diǎn)擊，搞不明白的英語(yǔ)單詞，請(qǐng)使用有道詞典查詢(xún)。4實(shí)驗(yàn)?zāi)康?.通過(guò)對(duì)生物信息學(xué)常用網(wǎng)站的瀏覽，熟悉生物信息學(xué)操作的基本

2、內(nèi)容。2.了解生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)資源，掌握一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)，二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)，高級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)。3.熟悉EntrezPubMed文獻(xiàn)檢索方法。5實(shí)驗(yàn)材料 計(jì)算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。6實(shí)驗(yàn)過(guò)程 一.常用網(wǎng)站 1. NCBI ：理解自然無(wú)聲但精妙的關(guān)于生命細(xì)胞的語(yǔ)言是現(xiàn)代分子生物學(xué)的要求。78實(shí)驗(yàn)過(guò)程 2. EBI：EMBL歐洲生物信息學(xué)研究所EBI分支，生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件資源。91011實(shí)驗(yàn)過(guò)程 3. SCOP： 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)(SCOP)數(shù)據(jù)庫(kù)詳細(xì)描述了已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系。1213here1415實(shí)驗(yàn)過(guò)程 4. PDB： 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)(PDB)是國(guó)際上唯一的生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)檔案庫(kù)，由美國(guó)Brookhaven國(guó)家實(shí)

3、驗(yàn)室建立。1617實(shí)驗(yàn)過(guò)程 5. expasy：瑞士專(zhuān)家蛋白質(zhì)分析系統(tǒng)。由瑞士生物信息學(xué)研究所維護(hù)。提供序列、結(jié)構(gòu)和表達(dá)的鏈接，以及數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件。1819實(shí)驗(yàn)過(guò)程 二.數(shù)據(jù)庫(kù) 1.一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)（一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)（Primary databases）：）： GenbankGenbank數(shù)據(jù)庫(kù)、數(shù)據(jù)庫(kù)、EMBLEMBL核酸庫(kù)和核酸庫(kù)和DDBJDDBJ數(shù)據(jù)庫(kù)；數(shù)據(jù)庫(kù)；SWISS-PROTSWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)、數(shù)據(jù)庫(kù)、trEMBLtrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)、數(shù)據(jù)庫(kù)、PDBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)等等。數(shù)據(jù)庫(kù)等等。以文中粗體縮寫(xiě)為關(guān)鍵詞在google搜索。20實(shí)驗(yàn)過(guò)程 2.2.二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)（二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)（Secondary da

4、tabasesSecondary databases）：）： 人類(lèi)基因組圖譜庫(kù)人類(lèi)基因組圖譜庫(kù)GDBGDB、真核生物基因、真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)TRANSFACTRANSFAC、蛋、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)家族分類(lèi)庫(kù)白質(zhì)結(jié)構(gòu)家族分類(lèi)庫(kù)SCOP SCOP 等等。等等。以文中粗體縮寫(xiě)為關(guān)鍵詞在google搜索。21實(shí)驗(yàn)過(guò)程 3.高級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)：PIR（Protein Information Resource ）以KEGG等。22實(shí)驗(yàn)過(guò)程三三. .數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)1.1.國(guó)際核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) GenBank(NCBI, 美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)： EMBL(歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)庫(kù))： DD

5、BJ(日本核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù))：23實(shí)驗(yàn)過(guò)程 2. DNA2. DNA序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)BioSino(核酸序列公共數(shù)據(jù)庫(kù)核酸序列公共數(shù)據(jù)庫(kù))：TRANSFAC(真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù))：RepBase(真核生物真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù))：dbSTS(序列標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)序列標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù))：dbEST(表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù))：dbGSS（基因組調(diào)查序列數(shù)據(jù)庫(kù)）（基因組調(diào)查序列數(shù)據(jù)庫(kù)）24實(shí)驗(yàn)過(guò)程 3. 3. 基因組數(shù)據(jù)庫(kù)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)GDB(人類(lèi)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)人類(lèi)基因組數(shù)據(jù)庫(kù))：euGenes(真核生物基因綜合知識(shí)

6、庫(kù)真核生物基因綜合知識(shí)庫(kù))：25實(shí)驗(yàn)過(guò)程 4. 4. 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT(無(wú)冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)無(wú)冗余蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù))：PIR(蛋白質(zhì)信息資源庫(kù)蛋白質(zhì)信息資源庫(kù))：OWL(復(fù)合蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)復(fù)合蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù))：26實(shí)驗(yàn)過(guò)程5. 5. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù))：PROSITE(Motif數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù))：SCOP(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù))：CATH(蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù))：27實(shí)驗(yàn)過(guò)程 6. 6. 疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)OMIM(人

7、類(lèi)孟德?tīng)栠z傳疾病數(shù)據(jù)庫(kù)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳疾病數(shù)據(jù)庫(kù))：GeneCards(人疾病相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫(kù)人疾病相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫(kù))：MTB(家鼠腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)家鼠腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù))：28實(shí)驗(yàn)過(guò)程1. Entrez-pubmed檢索方法。 NCBI PubMed Limit Preview/index history293031323334 2.中文、外文以及數(shù)字資源檢索途徑。 數(shù)字圖書(shū)館 外文生物期刊檢索 中文生物期刊檢索實(shí)驗(yàn)過(guò)程35 數(shù)字圖書(shū)館： 超星數(shù)字圖書(shū)館：1993年北京世紀(jì)超星信息技術(shù)發(fā)展有限公司成立，致力于紙張圖文資料數(shù)字化技術(shù)及相關(guān)應(yīng)用與推廣。2000年1月超星數(shù)字圖書(shū)館在互聯(lián)網(wǎng)上正式開(kāi)通；

8、網(wǎng)址：http:/ PQDD (ProQuest Digital Dissertations) 是美國(guó)UMI公司出版的博碩士論文數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄歐美1000余所大學(xué)的160多萬(wàn)篇學(xué)位論文，是目前世界上最大和最廣泛使用的學(xué)位論文數(shù)據(jù)庫(kù)。PQDD具有以下特點(diǎn)： 1.收錄年代長(zhǎng)，PQDD從1861年開(kāi)始收錄，迄今已有130多年的數(shù)據(jù)積累。 2.更新周期短，PQDD每周更新。 3. PQDD不但能夠看到題錄和文摘，而且可以看到近 二年以來(lái)的絕大多數(shù)學(xué)位論文的前24頁(yè)的全文。 4.如果讀者需要完整的全文，可以通過(guò)文獻(xiàn)傳遞服務(wù)去訂購(gòu)全文。 36外文生物期刊檢索 BA(美國(guó)生物學(xué)文摘) EBSCO host Kluwer Online Journals MEDLINE ScienceDirect Online Elsevier Springer-link37中文生物期刊檢索 cnki(中國(guó)學(xué)術(shù)期刊網(wǎng))-中國(guó)學(xué)術(shù)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)（CJD） VIP(重慶維普)-中文科技期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)(維普數(shù)據(jù)) wanfang(萬(wàn)方數(shù)據(jù))38思考題1.將你所瀏覽的網(wǎng)址匯總寫(xiě)入實(shí)驗(yàn)報(bào)告并將實(shí)驗(yàn)報(bào)告打印，保存好。2.寫(xiě)出pubmed所查詢(xún)的分子名