miRNA目標位點預測工具介紹ppt課件

1、miRNA目的位點預測工具引見徐 輝.用于預測miRNA目的位點的工具TargetScanmiRandaPicTarMicrocosmmicroT-ANNmiRDBMirgen.一、TargetScan引見 2種運轉方式： 本地運轉 1、程序用Perl言語編寫 2、程序和相關數據下載地址： /cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50 網頁接口 /.TargetScan本地運轉版本引見1、需求2個輸入文件1) 包含了miRNA seed sequences的tab-delimited文件

2、該文件包含了3列數據：Name of the miRNA family The 7 nucleotide long seed region sequenceSpecies ID of this miRNA family例子：let-7/98GAGGUAG10090let-7/98GAGGUAG10116let-7/98GAGGUAG9031let-7/98GAGGUAG9606let-7/98GAGGUAG9615.2) 包含了所需基因3 UTRs多重比對結果的tab-delimited文件該文件包含了3列數據：Gene symbol or transcript IDSpecies/taxon

3、omy ID Sequence 例子：CDC2L610090CCCACUCCCU-CU-.CDC2L69615CCG-CCACGG-.LPHN110090GGGGC-CUCAUGGACCCGA.ZNF1979606A-AGACACCACGAGAAACAG2、運轉命令行targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt.3、輸出文件包含以下13列數據：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_

4、start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNA in this species、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type實例如下：.TargetScan網頁接口界面.TargetScan網頁接口運轉結果.在UCSC上顯示TargetScan運轉結果.二、miRanda Target Detection引見 2種運轉方式： 本地運轉 1、運轉在linux環(huán)境下 2、程序和相關數據下載地址： /microrna/getDownloads.

5、do網頁接口 /microrna/getGeneForm.do.miRanda Target Detection本地運轉版本引見1、需求2個輸入文件包含了miRNA序列的fasta文件包含了目的基因3UTR序列的fasta文件2、運轉miRandamiranda file1 file2 options 常用參數：-sc score -en energy -go X -ge Y -out fileout -quiet -trim T.miRanda Target Detection本地運轉結果實例.miRanda Target Detection網頁接口界面miRNA s

6、earchTarget mRNA search.miRanda Target Detection查詢結果界面.miRanda Target Detection結果概略界面.三、PicTar引見 pictar.mdc-berlin.de/.PicTar 用戶界面一.PicTar 搜索結果界面一.PicTar 搜索結果界面二.PicTar 用戶界面二.PicTar 搜索結果界面三.PicTar結果在UCSC上的數據展現.從UCSC批量下載PicTar結果.四、Microcosmebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/.Microcosm Search界面.Microcosm Enter界面.Microcosm Download界面.五、microT-ANNdiana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.php.microT-ANN 結果界面.TarBase: miRNA目的基因的可靠數據庫，數據有實驗支持。diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/.六、miRDB/miRDB/.miRD