病毒分類與命名

1、病毒分類與命名第四章 病毒分類和命名病毒是一類比較原始的、有生命特征的、能夠自我復(fù)制和嚴(yán)格細(xì)胞內(nèi)寄生的非細(xì)胞生物病毒的定義隨著分子病毒學(xué)的發(fā)展而不斷延伸類病毒、衛(wèi)星病毒、朊病毒的發(fā)現(xiàn)豐富了病毒學(xué)的內(nèi)容病毒分類學(xué)是隨著病毒學(xué)尤其是分子病毒學(xué)的發(fā)展而建立起來的，并逐漸走向成熟。生物資源種類類 群已知種估計(jì)種已知種占的比例%病 毒5 450400 0001.3細(xì) 菌6 660100 0006.7真 菌72 0001 500 0005藻 類40 000400 00010被子植物270000320 00084原生動物40 000200 00020線 蟲15 000500 0003昆 蟲9500008 0

2、00 00012魚 類19 00024 00080鳥 類9 1989 500 100哺乳動物4 1704 300100僅從1994年的不完全統(tǒng)計(jì)，已有新發(fā)現(xiàn)約40種病毒對人類健康構(gòu)成新的威脅；AIDS、瘋牛病、肝炎、感冒、SARS；本章要點(diǎn)了解病毒分類的現(xiàn)狀病毒分類與其它微生物分類的區(qū)別病毒分類的主要依據(jù)第四章 病毒分類和命名一、病毒分類與命名的沿革二、關(guān)于病毒密碼程式三、病毒分類進(jìn)展及最新分類系統(tǒng)一、病毒分類與命名的沿革1. 1961以前 各自研究領(lǐng)域的科學(xué)家提出或建立一些分類系統(tǒng)，進(jìn)展緩慢，缺乏國際間的協(xié)作；2. 19621966 借助國際微生物學(xué)術(shù)會議(1966, 莫斯科)， 建立國際病

3、毒命名委員會(ICNV，International Committee for Nomenclature of Virus)3. 19661970 Wildy 任ICNV主席期間，組織國際間的協(xié) 作，發(fā)表ICNV的第一次報(bào)告4. 1971 今 病毒分類與命名的工作得到鞏固和發(fā)展一、病毒分類與命名的沿革1961以前植物病毒分類法(1) Johnson Hoggan 提出的分類標(biāo)準(zhǔn)(1935):病毒傳播方式及昆蟲介體自然的寄主植物范圍及鑒別寄主在活體外的存活期致死溫度癥狀特點(diǎn)一、病毒分類與命名的沿革1961以前植物病毒分類法(2) Hansen (1956):強(qiáng)調(diào)拉丁雙名法的屬名應(yīng)反映出寄主類別、

4、傳播方式及病毒顆粒形態(tài)，分4目：蚜傳病毒目(Aphivirales)葉蟬傳病毒目(Cicavirales)無介傳病毒目(Invirales)介傳傳病毒目(Xenovirales)一、病毒分類與命名的沿革1961以前動物病毒分類法根據(jù)組織胚胎學(xué)與病毒的組織親和性，將脊椎動物病毒分為8個(gè)類群臨床及流行病學(xué)分類法（根據(jù)病毒傳染途徑、侵染部位及所致的癥狀分10群）昆蟲病毒分類法(根據(jù)病害類型、包含體有無及形狀分45屬）(1)外胚層病毒群(2)外胚層及內(nèi)胚層病毒群(3)中胚層及內(nèi)胚層病毒群(4)外胚層向神經(jīng)性病毒群(5)內(nèi)胚層向神經(jīng)性病毒群(6)中胚層病毒群(7)血流感染病毒群(8)致腫瘤病毒群(1)呼

5、吸道病毒群(2)腸道病毒群(3)肝炎病毒群(4)皮膚及黏膜病毒群(5)蟲媒病毒群(6)神經(jīng)系統(tǒng)病毒群(7)眼病毒群(8)唾液腺病毒群(9)慢病毒群(10)腫瘤病毒群(1)波氏病毒屬：多角形包涵體(2)史氏病毒屬：折光性和多態(tài)性的包涵體(3)勃氏病毒屬：細(xì)胞質(zhì)內(nèi)有顆粒狀包涵體(4)瓦氏病毒屬：昆蟲痘病毒(5)摩氏病毒屬：無包涵體一、病毒分類與命名的沿革2. 19621966成立國際病毒命名委員會(ICNV），制定4項(xiàng)基本方針：必須明確列出病毒的組（或?qū)伲┨岢鲞@些組的代表成員（種）提出各組（或?qū)伲┑拿Q探討利用密碼進(jìn)行分類的方法存在問題：（1） 存在明顯的不調(diào)和態(tài)度（2） 脊椎動物病毒分類與其他病

6、毒分類差別顯著（3） 需同時(shí)應(yīng)用專門知識并采取共同途徑（4） 制定病毒學(xué)工作者愿意采用的病毒名稱一、病毒分類與命名的沿革19661970Wildy 任ICNV主席,第一次報(bào)告病毒的分類與命名，描述并劃定43個(gè)屬（或相當(dāng)于屬的組、群）及其他成員； 病毒學(xué)論文集第5卷采用了密碼進(jìn)行分類（每個(gè)密碼包括4對符號）；通過了“國際病毒命名法則”，共18項(xiàng)。一、病毒分類與命名的沿革4. 1970國際病毒命名委員會(ICNV)改為國際病毒分類委員會(ICTV, 1973) ；第三屆國際病毒學(xué)代表大會， ICTV報(bào)告特點(diǎn)：從實(shí)際工作出發(fā)，首先按宿主分五大類；病毒的化學(xué)組成、形態(tài)結(jié)構(gòu)、生理生化仍是重要依據(jù)；增加了

7、科、屬、種、群名詞的詞源；設(shè)立七個(gè)小組委員會。ICTV 八次報(bào)告(2005年7月），不斷修改。寄生于一種以上寄主只寄生于脊椎動物只寄生于無脊椎動物只寄生于細(xì)菌只寄生于植物病毒分類的國際組織機(jī)構(gòu)1 病毒命名分會委員會（SCNV) 1951 Subcommittee on Virus Nomenclature巴西 里約熱內(nèi)盧： 第五屆國際微生物學(xué)會議SCNV推薦病毒分類的8條標(biāo)準(zhǔn)：1、形態(tài)和復(fù)制方法2、化學(xué)成分和物理性質(zhì)3、免疫學(xué)性質(zhì)4、對物理、化學(xué)因子的敏感性5、自然傳播方式6、與寄主、組織或細(xì)胞的關(guān)系7、包括內(nèi)含體形成的病理學(xué)8、癥狀學(xué)（1951年第五屆國際微生物學(xué)會）把早期分類學(xué)上的生物學(xué)特

8、性，特別是癥狀學(xué)特性降到相對次要的地位病毒分類的國際組織機(jī)構(gòu)國際病毒分類委員會 病毒命名籌備委員會(PCNV) 1963Preparatory Committee for Nomenclature of Virus 國際病毒命名委員會(ICNV) 1966International Committee for Nomenclature of Virus國際病毒分類委員會(ICTV) 1973年International Committee on Taxonomy of VirusPCNV推薦病毒分類的8條標(biāo)準(zhǔn)：1、核酸的類型、結(jié)構(gòu)和分子量；2、病毒粒子的形狀和大??；3、病毒粒子的結(jié)構(gòu)；4、病毒

9、粒子對乙醚、氯仿等脂溶劑的敏感性；5、血清學(xué)性質(zhì)和抗原關(guān)系；6、病毒在細(xì)胞培養(yǎng)上的繁殖特性；7、對除脂溶劑以外的理化因子的敏感性；8、流行病學(xué)特征。（1963年國際微生物學(xué)命名委員會病毒分會）ICNV的宗旨：1、建立一個(gè)國際公認(rèn)的病毒分類系統(tǒng)2、為各分類組群確定一個(gè)國際公認(rèn)的 名稱3、通過舉行會議、出版報(bào)告、交流病毒學(xué)家關(guān)于病毒分類和命名的最新結(jié)果 二、關(guān)于病毒密碼程式cryptogram核酸類型 核酸分子量 病毒粒子外形 寄主種類 ： ： ： 核酸鏈類型 核酸含量 核衣殼外形 傳播方式/傳播介體 R/1 : 2/5 : E/E : S/ORNA/SS: 200萬Da/5% : 截頭桿狀/截頭

10、桿狀: 種子植物/確切介體不詳R/1 : 2.3/5+ 0.6-1.3/5 : E/E : S/Ne (TRV)1966年，國際病毒命名委員會ICNV建立“編碼子委員會”1977年終止三、病毒分類進(jìn)展及最新分類系統(tǒng)1、病毒的命名與分類仍然很亂，不夠統(tǒng)一命名：地名(馬爾堡，布尼亞)、人名(Rous, Epstein&Barr)癥狀或病理特征(花葉，登革熱，脊髓灰質(zhì)炎等)病毒粒子形態(tài)(彈狀、絲狀等)宿拼字、字母、數(shù)字(Bromo, T4, X174)分類：動物病毒分類等級科、屬、種植物病毒組、亞組、種三、病毒分類進(jìn)展及最新分類系統(tǒng)95年以前植物病毒不設(shè)目95年采用科、屬、種分類系統(tǒng)1991年ICT

11、V第5次報(bào)告設(shè)1個(gè)目： 單分子負(fù)鏈RNA病毒目 Mononegavirales1999年第7次分類報(bào)告：認(rèn)可的病毒約4000種，設(shè)3個(gè)目將所有已知的病毒，根據(jù)核酸的類型分為八大類群:DNA病毒ssDNA病毒DNA病毒dsDNA病毒DNA與RNA逆轉(zhuǎn)錄病毒RNA病毒dsRNA病毒RNA病毒負(fù)鏈、ssRNA病毒RNA病毒正鏈、ssRNA病毒裸露RNA病毒類病毒另增設(shè)亞病毒因子(subviral agent) 2、病毒最新分類系統(tǒng)：1999年第7次分類報(bào)告：3個(gè)目、64科、233屬有尾噬菌體目caudovirales 3科 dsDNA單分子負(fù)鏈RNA目mononegavirales 4科 -ssRN

12、A 套病毒目nidovirales 2科 +ssRNA未確定目 55科未確定目、科（獨(dú)立屬） 29屬 亞病毒感染因子：subvirus 衛(wèi)星病毒 satellites 類病毒 viroids 2科 朊病毒 prions不是所有病毒都必須隸屬某個(gè)目，在沒有適當(dāng)目的情況下，科可以是最高的病毒分類等級2002年，在巴黎召開ICTV會議，產(chǎn)生6個(gè)新科，8個(gè)新屬 另有3個(gè)屬名發(fā)生變化2、病毒最新分類系統(tǒng)：2005年第8次分類報(bào)告(1259頁)： 5450個(gè)病毒 3個(gè)目； 73科、11亞科； 289屬 1950種最大特點(diǎn)：進(jìn)一步明確了“種”作為病毒分類系統(tǒng)中的最小分類階元，在每一個(gè)確定種下面列出了至少1個(gè)

13、、至多幾十個(gè)不同的分離物以及它們在 GenBank 上的登錄號，增加了許多反映病毒基因序列同源性關(guān)系的系統(tǒng)樹圖，并將原子分辨率的粒子三維結(jié)構(gòu)插入到相應(yīng)的科/屬中，使讀者對病毒粒子空間結(jié)構(gòu)有更詳細(xì)的了解。三、病毒分類進(jìn)展及最新分類系統(tǒng)1、病毒“種species”的定義：A virus species is defined as “a polythetic class of viruses that constitutes a replicating lineage and occupies a particular ecological niche” 構(gòu)成一個(gè)復(fù)制譜系系統(tǒng)進(jìn)化特性(共同祖先） 占

14、據(jù)特定的小生境特定的生物學(xué)特性、地理 分布、寄主范圍、致病機(jī)理等 具有多個(gè)分類特征多原則分類“Species”:一個(gè)基本分類單元，一大群表型特征高度相似，親緣關(guān)系極其接近，與同屬內(nèi)其它物種有明顯差異的菌株的總稱。植物病毒曾使用：1、俗名法 寄主俗名+癥狀特點(diǎn)+“病毒”煙草花葉病毒Tobacco mosaic virus2、目錄法寄主俗名+“病毒”+在寄主上發(fā)現(xiàn)的順序TMV Tobacco virus 1 TEV Tobacco virus 7 (etch 蝕紋）3、拉丁雙名法寄主屬名+病毒 TMV Nicotiana virus 3、病毒的命名不統(tǒng)一4、病毒命名的一般規(guī)則：病毒命名不是采用Li

15、nnaeus創(chuàng)立的雙名法地名、人名(如Rous、EB)癥狀或病理特征(如花葉、登革熱、脊髓灰質(zhì)炎)病毒粒子形態(tài)(如彈狀、絲狀、紡錘狀)宿拼字、字母、數(shù)字(如T4)為了使病毒命名能夠統(tǒng)一，ICTV在原有的病毒分類和命名規(guī)則的基礎(chǔ)上，于1996年8月在耶路撒冷召開的第十屆國際病毒大會上，公布了病毒分類和命名38條規(guī)則。1998年在ICTV常務(wù)委員會的提議下，又批準(zhǔn)了41條新的分類和命名規(guī)則。（一般規(guī)則、種的規(guī)則、屬的規(guī)則、科的規(guī)則書寫規(guī)則）4、病毒命名的一般規(guī)則：1、分類和命名應(yīng)是國際性的并普遍適用于所有病毒；2、國際病毒分類系統(tǒng)采用目(order)、科(family)、亞科(sub family

16、)、 屬(genus)、種(species)分類階元；3、ICTV不負(fù)責(zé)病毒種以下的分類和命名，病毒種以下的血清型、基因型、毒力株、變異株和分離株的名稱由公認(rèn)的國際專家小組確定；4、人工產(chǎn)生的病毒和實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的雜種病毒在病毒分類上不予考慮，它們的分類由公認(rèn)的國際專家小組負(fù)責(zé)；5、分類階元只有在病毒代表種的特性得到充分了解和在公開出版物上進(jìn)行過描述，以致于明確了它們的分類地位，并使其分類階元與其他類似的分類階元相區(qū)別時(shí)，才能確定；6、當(dāng)病毒種有明確的科、而分屬末確定時(shí)，這一病毒種在分類學(xué)上稱為該科的未確定種(unassigned species)。病毒命名的一般規(guī)則：名稱的改變、新名稱以及分類單元的設(shè)立 應(yīng)正式提交給ICTV常務(wù)委員會，在作出決定之前， ICTV分會委員會和研究小組應(yīng)進(jìn)行充分的協(xié)商新名稱的選用應(yīng)考慮國家和地區(qū)敏感性問題病毒的命名詞尾： 屬名：-virus 科名 -viridae 亞科名-virinae 目：-virales 類病毒： -viroid Tobamoviru