Alpha多樣性箱線圖

1、Alpha多樣性箱線圖劉永鑫，文濤，錢旭波2020/6/17微生物組數(shù)據(jù)分析與可視化實(shí)戰(zhàn)專著 HYPERLINK /s/zaHjZLZCRcRgOXDgGT-mXg 眾籌編寫微生物組數(shù)據(jù)分析與可視化實(shí)戰(zhàn)成為宏基因組學(xué)百科全書的創(chuàng)始人(目錄) HYPERLINK /s/jduceryuQJgxUMnH2-bHPQ 編者序：初衷、計(jì)劃、要求、優(yōu)勢(shì)、目標(biāo)和展望本文為樣章，211代表目錄中的第二章，第一節(jié)的第一部分，部分引用格式文字為格式說明。每節(jié)的基本邏輯：背景知識(shí) 實(shí)例解讀 實(shí)戰(zhàn)代碼，三步走背景知識(shí)：基本概念講解，掃清閱讀障礙，成為專業(yè)人士；本文主題是Alpha多樣性箱線圖，重點(diǎn)講解alpha多樣

2、性概述和常用指數(shù)、箱線圖的概念和基本元素，同時(shí)注意盡量圖文并茂，本文中大部分圖為作者手繪，引用他人文章原圖，要規(guī)范引用并獲得作者授權(quán)。實(shí)例解讀：通過近3年發(fā)表的高質(zhì)量文章中 2 5 個(gè)矢量圖、圖注、以及相關(guān)的結(jié)果、討論、方法的中英文描述，方便同行讀懂相關(guān)文章，同時(shí)在撰寫中、英文章中提供可參考的模板；同時(shí)要總結(jié)每個(gè)圖的優(yōu)缺點(diǎn)和注意事項(xiàng)，讓同行獲得更高層級(jí)的理解和經(jīng)驗(yàn)，在自己的研究中可以做的更好；本節(jié)選取了兩篇近一年內(nèi)發(fā)表的高水平文章中的3組矢量圖為例，提取文中相關(guān)英文描述段落，并配中文翻譯，最后附上作者的總結(jié)和點(diǎn)評(píng)的改進(jìn)建議。實(shí)戰(zhàn)代碼：本質(zhì)上是分析的教程，參考 HYPERLINK /s/GIaa

3、Jc5zY5_s0tgFb36BVQ Nature Protocols分析類文章的思路，必須有軟件環(huán)境要求(系統(tǒng)和軟件版本)和安裝方法、可重復(fù)分析的代碼(推薦Rmarkdown可一鍵運(yùn)行，盡量打包成函數(shù)，避免代碼冗余)、提供測(cè)試數(shù)據(jù)；最好還有軟件安裝和操作的視頻(推薦但不必須)，參考JoVE雜志的視頻格式 HYPERLINK /s/Jc0zoOFm4reTWVJBBOBTQg JoVE微生物組專刊征稿，寫方法拍視頻教程發(fā)SCI，視頻錄制推薦使用 HYPERLINK /s/UJX7UNe8A5PxneWQUNO5ww 截圖、錄屏全能王FastStoneCapture。特征表的分析、可視化和解讀A

4、lpha多樣性分析Alpha多樣性與箱線圖本節(jié)作者：劉永鑫，文濤，錢旭波版本1.0.2，更新日期：2020年6月17日Alpha多樣性概念和常用指數(shù)物種多樣性主要從三個(gè)層面進(jìn)行衡量，分別是多樣性、多樣性和多樣性。每個(gè)衡量尺度所呈現(xiàn)的多樣性角度不同。Alpha多樣性也被稱為生境內(nèi)多樣性（within-habitat diversity），是指一個(gè)特定區(qū)域或生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)的多樣性。以醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?yàn)槔?，多樣性是指一個(gè)樣本中物種的多少、豐度和均勻度（圖1）。我們用動(dòng)物園來打個(gè)形象的比喻，多樣性是指這個(gè)動(dòng)物園中動(dòng)物的種類數(shù)、每種動(dòng)物的只數(shù)和每種動(dòng)物數(shù)量的平衡關(guān)系。多樣性又稱生境間多樣性（between-habi

5、tat diversity），是指生境群落之間物種組成的相異性或物種沿環(huán)境梯度更替的速率。同樣以醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?yàn)槔?，它主要指樣本間物種組成的相異性（圖1）。多樣性相當(dāng)于2個(gè)動(dòng)物園中動(dòng)物種類的差異情況。多樣性是指一個(gè)區(qū)域內(nèi)總的多樣性，由于其在微生物組研究中極少使用，此處不作介紹。圖1. 多樣性和多樣性示意圖(Qian et al., 2020)。多樣性主要體現(xiàn)樣本內(nèi)物種多少、豐度和/或均勻度，而多樣性指樣本間多樣性異同。多樣性的計(jì)算主要與3個(gè)因素有關(guān)：一是物種數(shù)目（richness），二是豐度（abundance），三是均勻度（evenness）。物種數(shù)目是指一個(gè)樣本中物種存在的個(gè)數(shù)，與每個(gè)物種量的多

6、寡無關(guān)。豐度是指每個(gè)物種的多寡，比如一個(gè)糞便樣本中物種A出現(xiàn)10次，物種B出現(xiàn)1000次；如果將每個(gè)樣本所有物種求百分比，這樣每個(gè)樣本的物種豐度合計(jì)數(shù)為1，這種豐度叫相對(duì)豐度。均勻度主要考量物種之間的相對(duì)比例。多樣性常用的衡量指標(biāo)有：觀測(cè)的特征數(shù)（Observed OTU/ASV）：是指每個(gè)樣本中能夠觀察到的OTUs或ASVs的數(shù)量，與每個(gè)OTU或ASV的多寡無關(guān)。如果把動(dòng)物園比喻成一個(gè)樣本，則“Observed OTUs”是指這個(gè)動(dòng)物園中動(dòng)物的種類數(shù)，與每種動(dòng)物具體有幾只無關(guān)。Chao1指數(shù)：是物種數(shù)目的衡量標(biāo)準(zhǔn)之一，它考慮3個(gè)因素，一是物種數(shù)目，二是只有1條序列的物種數(shù)目，三是2條序列的物

7、種數(shù)目，計(jì)算公式是：Chao1 = Sobs + n1(n1-1)/2(n2+1)，其中Chao1為估計(jì)的OTU數(shù)，Sobs為觀測(cè)到的OTU數(shù)，n1為只有1條序列的OTU數(shù)目，n2為只有2條序列的OTU數(shù)目。Chao1指數(shù)越大，表明某群落物種數(shù)目較多。注意，從公式可以看出，Chao1指數(shù)受1條和2條序列的物種影響較大?；谪S度的覆蓋估計(jì)值(Abundance-based Coverage Estimator, ACE)：是用來估計(jì)群落中含有OTU 數(shù)目的指數(shù)，是生態(tài)學(xué)中估計(jì)物種總數(shù)的常用指數(shù)之一。默認(rèn)將序列量10以下的OTU定義為稀有并單獨(dú)計(jì)算，從而估計(jì)群落中實(shí)際存在的物種數(shù)。ACE指數(shù)越大，

8、表明群落中物種數(shù)目越大。計(jì)算公式詳見 HYPERLINK /docs/latest/generated/skbio.diversity.alpha.html /docs/latest/generated/skbio.diversity.alpha.html香農(nóng)指數(shù)（Shannon-Wiener index）：香農(nóng)指數(shù)綜合考慮了群落的物種數(shù)目和均勻度這兩個(gè)因素。Shannon指數(shù)值越高，表明群落的多樣性越高。注意，該指標(biāo)對(duì)于豐度低的物種有較大的權(quán)重，即計(jì)算時(shí)受豐度低的物種影響較大，在解釋香農(nóng)指數(shù)時(shí)需要注意這點(diǎn)。辛普森指數(shù)（Simpson index）：用來估算樣品中微生物的多樣性指數(shù)之一。Sim

9、pson 指數(shù)值越大，說明群落多樣性越低。辛普森指數(shù)在計(jì)算時(shí)將豐度高的物種設(shè)置了較大權(quán)重，所以高豐度物種較多時(shí)該指數(shù)值較大，這與香農(nóng)指數(shù)有明顯區(qū)別。Pielou的均勻度指數(shù)（Pielous Evenness Index）：這是最常用的均勻度指數(shù)，它其實(shí)就是香農(nóng)指數(shù)與Observed OTU/ASV對(duì)數(shù)的比值。很顯然，這個(gè)指標(biāo)受Observed OTU/ASV影響很大，這是這個(gè)指標(biāo)的主要缺點(diǎn)之一。由于香農(nóng)指數(shù)和辛普森指數(shù)本身就包含了均勻度信息，實(shí)際研究工作中這2個(gè)指標(biāo)很常用。認(rèn)識(shí)箱線圖箱形圖（Box-plot）又稱為盒須圖、盒式圖或箱線圖，是一種用作顯示一組數(shù)據(jù)分散情況資料的統(tǒng)計(jì)圖。因形狀如箱子

10、而得名。在宏基因組領(lǐng)域，常用于展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布。下面兩張圖參考自斯坦福醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)課程第一單元第三節(jié)，PPT32-33頁(yè)，中文翻譯參考百度百科。直接上圖。第一種情況：最大或最小值沒有超過1.5倍箱體范圍；圖2. 以Alpha多樣性最常用的香農(nóng)指數(shù)(Shannon index)為例第二種情況：最大或最小值超過1.5倍箱體范圍，外位延長(zhǎng)線外，即異常值(outliers)：圖3. 以Alpha多樣性豐富度指數(shù)(Richness index)為例實(shí)例解讀例1. 兩地點(diǎn)組間香農(nóng)指數(shù)比較此文章是中科院遺傳發(fā)育所白洋團(tuán)隊(duì)于2019年發(fā)表于國(guó)際技術(shù)類頂級(jí)期刊Naute Biotechnol

11、ogy(簡(jiǎn)稱NBT，IF2018 = 31.864)的文章，介紹了水稻群體層面微生物組的研究并揭示了宿主調(diào)控根系微生物參與氮利用的現(xiàn)象。詳細(xì)內(nèi)容參見作者的文章解讀：- HYPERLINK /s/s7Q1_MeodqJ0hjwDumeiXQ NBT封面：水稻NRT1.1B基因調(diào)控根系微生物組參與氮利用。在這里，我們選擇了文章中圖1e為例進(jìn)行講解，并包含alpha多樣性的描述性語句，方便大家更好的使用alpha多樣性結(jié)果。然而我們也必須注意，alpha作為一個(gè)經(jīng)典和古老的指標(biāo)，在如今的微生物組學(xué)發(fā)展中已經(jīng)不是核心指標(biāo)了，所以劉永鑫負(fù)責(zé)分析的這篇文章在討論中并未對(duì)alpha多樣性進(jìn)行討論，但是卻對(duì)于

12、下游微生物數(shù)據(jù)的分析方向有著重要的指導(dǎo)意義。我們的學(xué)習(xí)思路是每個(gè)圖提供圖、圖注和結(jié)果的描述，帶領(lǐng)大家庖丁解牛式的學(xué)習(xí)每一種圖的展示樣式、圖注內(nèi)容和結(jié)果描述的中、英文表達(dá)方式，并批注一些注意事項(xiàng)、相關(guān)經(jīng)驗(yàn)和套路的總結(jié)。使讀者不僅看懂圖，會(huì)寫圖注、寫結(jié)果。最后提供參考代碼繪制個(gè)性化的圖表，讓你獨(dú)立完成科學(xué)論文中的每一部分，并能更好地傳遞科學(xué)發(fā)現(xiàn)。圖4. 箱線圖展示秈粳稻和土壤的香農(nóng)多樣性指數(shù)(Zhang et al., 2019)。箱體上中下線分別為75、50(中位數(shù))和25分位數(shù)，軸須線最長(zhǎng)不超過1.5x箱體范圍。字母用于區(qū)分組間是否存在顯著區(qū)別，不同字母表示組間存在顯示差異(P 0.05，AN

13、OVA, Tukey-HSD test)。圖中的樣本量如下：地塊1：秈稻 (n = 201), 粳稻 (n = 80), 土壤 (n = 12); 地塊2, 秈稻 (n = 201), 粳稻 (n = 81), 土壤 (n = 12)。Shannon index of the microbiota of roots from indica, japonica and the corresponding bulk soils in two fields. The horizontal bars within boxes represent medians. The tops and bottom

14、s of boxes represent the 75th and 25th percentiles, respectively. The upper and lower whiskers extend to data no more than 1.5 the interquartile range from the upper edge and lower edge of the box, respectively. The numbers of replicated samples in this figure are as follows: in field I, indica (n =

15、 201), japonica (n = 80), soil (n = 12); in field II, indica (n = 201), japonica (n = 81), soil (n = 12).圖注描述注意事項(xiàng)：圖表標(biāo)題寫法有兩類，第一個(gè)類寫做了什么(如本例)，另一類是寫發(fā)現(xiàn)的結(jié)果(如A比B多)，以第一類使用較多，第二類更突出發(fā)現(xiàn)的規(guī)律但有時(shí)雜志不允許；箱線圖要對(duì)箱體的上、中、下水平線，兩端延長(zhǎng)線的位置和意義進(jìn)行描述。雖然是固定套路，但Nature系列雜志要求必須描述清楚；樣本數(shù)量要在圖注結(jié)果詳細(xì)描述，每個(gè)實(shí)驗(yàn)組的樣本量(n = xxx)，其中n要斜體，等號(hào)兩邊要有空格；如果

16、n 30，必須在箱線圖中添加抖動(dòng)圖(jitter)展示每個(gè)樣本點(diǎn)的分布位置。本文由于整體結(jié)果過多，只使用了香農(nóng)指數(shù)。如果文章結(jié)果不是特別多，可以使用多種指數(shù)同時(shí)展示，使結(jié)果充實(shí)，同時(shí)突出結(jié)果的重復(fù)性、穩(wěn)定性更好，詳見下面的例子。結(jié)果：兩塊地中粳稻根系微生物多樣性顯著高于粳稻(圖1e)，表明粳稻根系可以招募更多微生物種類。The root microbiota of indica had higher diversity than those of japonica in both fields (Fig. 1e), indicating that indica roots recruited

17、more bacterial species than japonica rice.結(jié)果描述注意事項(xiàng)：一般提到顯著(significant)就必須要描述準(zhǔn)確的P值和統(tǒng)計(jì)方法，如(P = 0.03 或 P 0.05，ANOVA和Tukey HSD test等方法)，但有時(shí)篇幅有限和感覺重復(fù)，只在方法部分定義，結(jié)果和圖注中會(huì)省略，注意P 要斜體， “ (b) The estimate of richness index analysis between two groups at the level of Phylum (b) and genus (c).結(jié)果: 與健康組相比，便秘自閉癥組的物種豐

18、富度和多樣性顯著降低。The richness of species(breakaway estimates) at the phylum level wassignificantly lower in the ASD group than that inthe TD group (Figure 1(b). However, there wereno significant differences in richness between theASD group and TD group at the genus level(Figure 1(c).總結(jié)通常Alpha多樣性在ASV和OTU層面

19、分析，測(cè)序結(jié)果的聚類和去噪也可以比較好的反映多樣性的情況；物種注釋常用7級(jí)分類法：界、門、綱、目、科、屬和種；擴(kuò)增子測(cè)序讀長(zhǎng)短，通常只在屬水平較準(zhǔn)確，所以將OTU/ASV歸類為屬水平再分析多樣性也是不錯(cuò)的選擇。同時(shí)門水平，因?yàn)閿?shù)量有限，人類可讀性更好，在分析中也比較常用。本文在門、屬水平展示多樣性，是比較典型的應(yīng)用，同時(shí)對(duì)OTU/ASV層面進(jìn)一步的證明和補(bǔ)充。繪圖實(shí)戰(zhàn)測(cè)試數(shù)據(jù)和代碼準(zhǔn)備數(shù)據(jù)和代碼下載為了保證數(shù)據(jù)和代碼的可用性和安全性，我們將結(jié)果同步保存于Github、個(gè)人服務(wù)器和百度云三處（狡兔三窟，這對(duì)數(shù)據(jù)分析人員極其重要）。通常以下三種方式通過任選其一，可獲得原始數(shù)據(jù)和代碼，但三種都會(huì)可極

20、大提高數(shù)據(jù)獲取的成功率：方法1. 項(xiàng)目Github地址： HYPERLINK /YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot /YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ，可以點(diǎn)擊Clone or download Download ZIP下載整個(gè)項(xiàng)目，鏈接為 HYPERLINK /YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/archive/master.zip /YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/archive/master.zip ，但不推薦全部下載，因?yàn)轫?xiàng)目每天更新，而且很多文件你可能用不到，隨時(shí)項(xiàng)目發(fā)展體積會(huì)非常

21、大。 可選單個(gè)文件下載，如本節(jié)的目錄為 211AlphaBoxplot；點(diǎn)擊文件夾中具體的文件，非文本文件會(huì)出現(xiàn)Download按扭下載；文本文件直接可預(yù)覽、編輯和復(fù)制保存，也可在 Raw按扭點(diǎn)右鍵另存文件。注：Github也可能經(jīng)常不可用，可以換個(gè)時(shí)間嘗試，有些地區(qū)、或有些時(shí)期根本可能無法訪問Github，請(qǐng)嘗試另外兩種方法。方法2. 公網(wǎng)下載：個(gè)人備份服務(wù)器， HYPERLINK 10/github/MicrobiomeStatPlot/ 10/github/MicrobiomeStatPlot/ 再添加在github中對(duì)應(yīng)的具體目錄及文件名，可作為備選的下載方式，如本文的markdown

22、筆記下載地址： HYPERLINK 10/github/MicrobiomeStatPlot/211AlphaBoxplot/211.Alpha多樣性箱線圖.md 10/github/MicrobiomeStatPlot/211AlphaBoxplot/211.Alpha多樣性箱線圖.md 。此方式也可能會(huì)因?yàn)榉?wù)器故障或網(wǎng)絡(luò)安全原因無法訪問，請(qǐng)嘗試另外兩種方法。方法3. 百度云下載，大文件壓縮包如R包合集、數(shù)據(jù)庫(kù)等分享，鏈接詳見 HYPERLINK /YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/blob/master/Data/BigDataDownlaodList.md /

23、YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot/blob/master/Data/BigDataDownlaodList.md 頁(yè)面。文件夾文件過多時(shí)，基本無法分享，但可以發(fā)送好友，大家可以加我百度帳號(hào) woodcorpse 為好友，定期在百度云群里分享項(xiàng)目的文件。注：以上三種下載方式，一種不行馬上嘗試另一種，再不行嘗試第三種，如果確定三種方式均無效，請(qǐng)閱讀本文留言區(qū)補(bǔ)充信息尋找備用鏈接(微信推文無法修改，但可以留言補(bǔ)充)。如果是操作沒經(jīng)驗(yàn)，請(qǐng)觀看下面3種方式的操作視頻。視頻教程：Windows下Github、公網(wǎng)和百度云的3種下載方式。視頻鏈接： HYPERLINK /x/pag

24、e/u0978k38dl5.html /x/page/u0978k38dl5.html軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)安裝本教程需要在R語言環(huán)境下運(yùn)行，推薦在RStudio界面中學(xué)習(xí)更高效。以Windows 10環(huán)境，R 3.6.3和 RStudio 1.2.5019 為例進(jìn)行過測(cè)試。理論上Mac、Linux系統(tǒng)，以及R或RStudio的更新版本是兼容的，但并沒有廣泛測(cè)試，有問題歡迎自行解決并在群在與同行分享經(jīng)驗(yàn)。2020年6月7日發(fā)布前測(cè)試，軟件和代碼全為最新，也可輕松安裝，順利使用。R語言： HYPERLINK / / 下載最新版：Downad CRAN - China Tsinghua - Download

25、 R for Windows/Mac base Download，本次為 R 4.0.1+；安裝時(shí)注意語言選擇英文，減少出現(xiàn)亂碼；RStudio，R/Shell語言運(yùn)行界面: HYPERLINK /products/rstudio/download/#download /products/rstudio/download/#download ，下載最新版，如本次為1.3.959+Rtools40，源碼包編譯工具: HYPERLINK /bin/windows/Rtools/ /bin/windows/Rtools/安裝和加載R包：amplicon視頻教程：Alpha多樣性箱線圖代碼運(yùn)行和講解視

26、頻鏈接： HYPERLINK /x/page/b0978gl6by2.html /x/page/b0978gl6by2.html檢查依賴關(guān)系是否安裝，有則跳過，無則自動(dòng)安裝。# 基于github安裝包，需要devtools，檢測(cè)是否存在，不存在則安裝if (!requireNamespace(devtools, quietly = TRUE) install.packages(devtools)# 注：提示安裝源碼包的最新版時(shí)，推薦選否，加速安裝預(yù)編譯的穩(wěn)定版。原碼包編譯時(shí)間長(zhǎng)且容易出錯(cuò)# 第一次運(yùn)行，會(huì)自動(dòng)在C:UsersUserDocumentsRwin-library4.0目錄中安裝75

27、個(gè)包# 加載github包安裝工具library(devtools)# 檢測(cè)amplicon包是否安裝，沒有從源碼安裝if (!requireNamespace(amplicon, quietly = TRUE) install_github(microbiota/amplicon)# 提示升級(jí)，選擇3 None不升級(jí)；升級(jí)會(huì)容易出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)# library加載包，suppress不顯示消息和警告信息suppressWarnings(suppressMessages(library(amplicon)本項(xiàng)目更新較快，建議使用中存在問題，運(yùn)行install_github行安裝最新版。alpha_b

28、oxplot函數(shù)在amplicon包中有alpha_boxplot函數(shù)可以一行命令快速繪制箱線圖+統(tǒng)計(jì)標(biāo)記的圖本次繪制使用函數(shù)內(nèi)置數(shù)據(jù)，進(jìn)行快速演示；查找命令使用，可打問題(?)+命令名。# 查看函數(shù)幫助?alpha_boxplot# 使用內(nèi)置數(shù)據(jù)，繪制以Group分組下的豐富度指數(shù)(p = alpha_boxplot(alpha_div, metadata, richness, Group)ggsave(paste0(7.png), p, width=89, height=56, units=mm)圖7. 箱線圖展示Alpha多樣性豐富度(richness)指數(shù)在三組內(nèi)在分布和組間統(tǒng)計(jì)。不同

29、字母代表組間存在顯著差異(Adjust P 0.05，ANOVA，Tukey HSD test)。從圖中可以看到KO(基因敲除，knock-out)組與OE(過表達(dá)，over-expression)和WT(野生型，wild-type)組存在顯著差異(字母不同)，即基因的有無可對(duì)微生物群落的豐富度引起顯著變化。同時(shí)觀察到豐富度在三組間 KO WT % group_by(group) % summarise_(Max=paste(max(,index,),sep=) y=as.data.frame(y) rownames(y)=y$group df$y=yas.character(df$group

30、),$Max + (max-min)*0.05 # 繪圖 plotting p = ggplot(df, aes(x=group, y=dfindex, color=group) + geom_boxplot(alpha=1, outlier.shape = NA, outlier.size=0, size=0.7, width=0.5, fill=transparent) + labs(x=Groups, y=paste(index, index), color=groupID) + theme_classic() + geom_text(data=df, aes(x=group, y=y,

31、 color=group, label=stat) + geom_jitter(position=position_jitter(0.17), size=1, alpha=0.7)+ theme(text=element_text(family=sans, size=7) p柱狀圖加誤差棒大多數(shù)情況下還是推薦箱線圖的，但有時(shí)覺得箱線圖用的太多，審美疲勞。或是數(shù)據(jù)分布過散，規(guī)律不明顯時(shí)，也可以嘗試使用歷史更加悠久的柱狀圖+誤差棒(p = alpha_barplot(alpha_div, index = richness, metadata, groupID = Group)1 Statistic

32、 table is in alpha_boxplot_TukeyHSD.txtggsave(paste0(10.png), p, width=89, height=56, units=mm)圖11. 誤差柱狀圖展示Alpha多樣性。如果你使用本教程的代碼，請(qǐng)引用: HYPERLINK /10.1007/s13238-020-00724-8 Yong-Xin Liu, Yuan Qin, Tong Chen, et. al.A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data. Protein Cell

33、 41, 1-16, doi:10.1007/s13238-020-00724-8 (2020) HYPERLINK /10.1038/s41587-019-0104-4 Jingying Zhang, Yong-Xin Liu, et. al.NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice. Nature Biotechnology 37, 676-684, doi:10.1038/s41587-019-0104-4 (2019).聲明：由于個(gè)人時(shí)間和知識(shí)有

34、限，文中定有很多不足之處，歡迎大家留言批評(píng)指正。作者貢獻(xiàn)：劉永鑫負(fù)責(zé)本文的主體框架和大部分寫作，編寫了alpha_boxplot函數(shù)；文濤參與本文部分創(chuàng)作，繪制了典型箱線圖的兩張模式圖，編寫了alpha_barplot函數(shù)；錢旭波編寫了Alpha多樣性的基本概念和常用指數(shù)，繪制了模式圖，并修改了本文。致謝：感謝西北農(nóng)林科技大學(xué)的席嬌對(duì)本文的校對(duì)，并提出寶貴修改意見。參考文獻(xiàn)Xu-Bo Qian, Tong Chen, Yi-Ping Xu, Lei Chen, Fu-Xiang Sun, Mei-Ping Lu & Yong-Xin Liu. (2020). A guide to human microbiome research: study design, sample collection, and bioinformatics analysis. Chi