技術(shù)報(bào)告網(wǎng)狀Meta分析中對(duì)R軟件nlme程序包的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用

1、計(jì)劃類(lèi)別 項(xiàng)目編號(hào) 項(xiàng)目技術(shù)報(bào)告課題名稱(chēng) 項(xiàng)目主持人 承擔(dān)單位 題目：網(wǎng)狀Meta分析中對(duì)R軟件nlme程序包的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用nlme程序包是以廣義最小二乘法和線性混合效應(yīng)模型的基礎(chǔ)上研發(fā)的，能夠?qū)軟件進(jìn)行廣義線性和非線性混合的Meta分析。Nlme程序包能夠?qū)W(wǎng)狀Meta進(jìn)行分析，在此過(guò)程中要轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)，這樣才能夠使其為對(duì)數(shù)值進(jìn)行之后運(yùn)算。本文主要介紹了R軟件nlme程序包的網(wǎng)狀Meta分析過(guò)程，并且詳細(xì)介紹了數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化的過(guò)程步驟。關(guān)鍵詞：網(wǎng)狀Meta；R軟件；nlme程序包；開(kāi)發(fā)和應(yīng)用1 引言（Introduction）目前，網(wǎng)狀Meta分析在不斷的發(fā)展，基于此，越來(lái)越多的軟件被陸續(xù)研究及開(kāi)發(fā)出

2、來(lái)，運(yùn)算模型也逐漸進(jìn)入到人們的視野中，受到人們的密切關(guān)注，其中包括廣義線性模型。廣義線性模型的主要特點(diǎn)就是不強(qiáng)制性的改變數(shù)據(jù)的自然度量，并且GLM模型中的Y分布能夠以各種形式指數(shù)分布（要想詳細(xì)了解網(wǎng)狀Meta分析及廣義線性模型的讀者建議閱讀參考文獻(xiàn)5）。nlme程序是基于S語(yǔ)言通過(guò)S-PLUS軟件實(shí)現(xiàn)混合效應(yīng)模型分析的一款軟件。所以，它不僅能夠進(jìn)行線性模型，還能夠進(jìn)行非線性混合效應(yīng)模型分析，nlme程序還能夠?qū)崿F(xiàn)Meta分析。本文就以R軟件nlme程序包在網(wǎng)狀Meta分析中的應(yīng)用文中的實(shí)例進(jìn)行分析。2 軟件和程序包的安裝和加載（The installation and loading of t

3、he software and package）要想研究網(wǎng)狀Meta分析對(duì)R軟件nlme程序包的開(kāi)發(fā)和應(yīng)用，首先就要安裝R軟件，其安裝根據(jù)電腦提示步驟完成即可，本文使用的是R-3.0.1。完成上述步驟以后，安裝nlme程序包，安裝程序包的命令為：install.package（“nlme”），在程序包安裝過(guò)程中，會(huì)有一個(gè)對(duì)話框，選中對(duì)話框中的CRAN安裝，然后安裝成功，利用library命令完成加載步驟。那么，軟件和程序包就算是安裝和加載成功了1。3 加載數(shù)據(jù)及預(yù)處理（Data loading and preprocessing）（1）加載數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)R軟件nlme程序包中網(wǎng)狀Meta分析的實(shí)現(xiàn)和

4、應(yīng)用主要是將因變量y變?yōu)樾ё兞?，把自變量x變?yōu)楦深A(yù)措施，之后根據(jù)干預(yù)措施進(jìn)行比較以此計(jì)算線性關(guān)系。本文中將y設(shè)置成log，將x設(shè)置成十三種藥物，并且將這些藥物之間進(jìn)行了相應(yīng)的對(duì)比和標(biāo)記2。本文中具有3臂實(shí)驗(yàn)，那么就要將數(shù)據(jù)中的3臂實(shí)驗(yàn)分為2臂依次排列（詳見(jiàn)表1），加載數(shù)據(jù)的程序?yàn)椋篖inedata-Read.table（“D：UsersAdministratorDsektoplinedata.txt”，header=TRUE）（2）轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)線性模擬以前，要計(jì)算log和方差，那么就需要使用到metafor程序包3。轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)的步驟為：其一，通過(guò)library（“metafor”）命令實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)包的加

5、載和metafor程序包的安裝。其二，計(jì)算效應(yīng)量或者因變量log，本例子為二分類(lèi)數(shù)據(jù)，所以metafor程序包使用的是escalc命令。其三，將變量的名稱(chēng)進(jìn)行轉(zhuǎn)換，其代碼為：Names（metadata）8：9-c（“yi”，”vi”）8：9表示的是8和9行分別對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)集。（3）標(biāo)示藥物之后，要對(duì)metadata數(shù)據(jù)中的藥物進(jìn)行相應(yīng)的配對(duì)表示，運(yùn)用到lme（）函數(shù)中4，標(biāo)示藥物使用的命令程序?yàn)椋篗ark-paste（as.character（metadata l1），as.character（metadata l2）（4）匯總數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)處理以前，要對(duì)之后進(jìn)行預(yù)處理的數(shù)據(jù)進(jìn)行總結(jié)和搜集5，其主要

6、命令為：Totaldata-cbind（metadata，matrixdata，mark）說(shuō)明：kind表示序號(hào)；t1、r1表示干預(yù)組治療方案、例子總和；t2、r2表示對(duì)照組治療方案、例子總和；A-E表示十三種藥物中的五種都是原始數(shù)據(jù)；yi表示通過(guò)計(jì)算得出的研究組效應(yīng)量對(duì)數(shù)；vi表示通過(guò)計(jì)算得出的研究組方差；make表示藥物配對(duì)的標(biāo)記結(jié)果；本例子中的lme（）函數(shù)的最終數(shù)據(jù)集就是變量yi和mark。4 實(shí)現(xiàn)網(wǎng)狀Mata分析（Implementing the network meta-analysis）在選取網(wǎng)狀meta分析功能軟件以前，要通過(guò)mtc.mode（）命令設(shè)置model，命令為：mo

7、delsummary（network）Decription1MTC dataset：ExampleStudie per treatmentA B C D E25 4 5 8 4Number of narmstudise 2 arm 3 arm52 125 繪制圖形（Drawing graphics）最后一步就是通過(guò)R軟件的繪圖功能，繪制與數(shù)據(jù)結(jié)果相關(guān)的圖形8。下文中的圖形就是使用R軟件的形式保存的圖形。（1）網(wǎng)狀關(guān)系圖nlme程序包中并沒(méi)有繪制網(wǎng)狀關(guān)系圖的功能，那么就要通過(guò)R軟件進(jìn)行。（2）相關(guān)圖形nlme程序包繪制的圖形和命令有四種：其一，收斂診斷。其命令為gelman.plot（resul

8、ts）；具有十三個(gè)gelman plot，通過(guò)此命令顯示“par（mfrow=c（3，5） nlme.plot（results，auto.layout=f）”其二，軌跡和密集。其命令為plot（results）；其三，森林。其命令為forest（results）；其四，網(wǎng)狀關(guān)系。其命令為plot（network）9。6 結(jié)論（Conclusion）網(wǎng)狀Meta分析在GLM中的運(yùn)用正在不斷的創(chuàng)新和突破，但是在比較方面還是存在一系列的問(wèn)題，尤其是在圖形繪制方面，另外，其中還要添加一系列的一致性的參數(shù)。在進(jìn)行分析的時(shí)候，要先轉(zhuǎn)化數(shù)據(jù)。nlme程序包為Meta分析打開(kāi)了全新的方式和思路，目前其還有許多

9、需要完善的部分，比如一致性、異質(zhì)性的檢測(cè)等，其最大的缺點(diǎn)就是沒(méi)有檢測(cè)功能。社會(huì)在不斷的發(fā)展，nlme程序包也會(huì)不斷的完善，并且被廣泛應(yīng)用到Meta分析中。參考文獻(xiàn)（References）1 Fu R，et al.Effectiveness and Harms of Recombinant Human Bone Morphogenetic Protein-2 in Spine Fusion：a Systematic Review and Meta-AnalysisJ.Annals of Internal Medicine，2013，158（12）：890-902.2 Ten Broek R P，

10、et al.Different Surgical Techniques to Reduce Post-Operative Adhesion Formation：a Systematic Review and Meta-AnalysisJ.Human Reproduction Update，2013，19（1）：12-25.3 Ghooshkhanei H，et al.Risk Stratification and Prognosis Determination Using（18）F-FDG PET Imaging in Endometrial Cancer Patients：a Systematic Review and Meta-AnalysisJ.Gynecologic Oncology，2014，132（3）：669-676.4 張超，等.應(yīng)用R語(yǔ)言netmeta程序包實(shí)現(xiàn)網(wǎng)狀Meta分析J.中國(guó)循證醫(yī)學(xué)雜志，2014（5）：625-630.5 張超，玉明，曾憲濤.R軟件nlme程序包在網(wǎng)狀Meta分析中的應(yīng)用J.中國(guó)循證醫(yī)學(xué)雜志，2014（3）：355-360.6 YI Yuexiong.網(wǎng)狀Meta分析圖形結(jié)果解讀J.中國(guó)循證醫(yī)學(xué)雜志，2015（1）：103-109.7