基因檢測報告深度綜合解讀 腫瘤臨床NGS檢測報告解讀與精準(zhǔn)診療

1、Department of Pathology腫瘤臨床NGS檢測報告解讀與精準(zhǔn)診療Department of Pathology聲 明 本報告內(nèi)容僅代表個人學(xué)術(shù)觀點(diǎn)，供學(xué)術(shù)交流使用。不存在任何利益沖突，案例分析僅供學(xué)術(shù)討論參考，不涉及用藥處方。Department of Pathology提綱 腫瘤NGS檢測報告臨床解讀的必要性！ 如何進(jìn)行NGS檢測報告的臨床解讀？ 展望Department of Pathology提綱 腫瘤NGS檢測報告臨床解讀的必要性！ 如何進(jìn)行NGS檢測報告的臨床解讀？ 展望Department of Pathology病例一: 肺腺癌病史簡要病史 男性患者，86歲，2

2、018年5月咯血，發(fā)現(xiàn)右上肺病灶1.1cm，抗炎2周出院，自服中藥。 2019年3月，痰脫落細(xì)胞學(xué)提示低分化癌。 2019年5月，血漿基因檢測一直陰性，患者家屬自己看文獻(xiàn)后要求以痰液做基因檢測，樣本送兩家公司，檢測結(jié)果基本一致，成功檢出驅(qū)動基因。Department of Pathology病例一: NGS檢測報告與用藥推薦01TMB：8.6；MSS， 癌細(xì)胞PD-L陰性Department of Pathology病例一: NGS檢測報告與用藥推薦02TMB：8.7；MSS， 癌細(xì)胞PD-L陰性Department of Pathology病例一: NGS檢測報告與用藥推薦02Departm

3、ent of Pathology方案一：服中藥治療。方案二：先用安羅替尼，緩解后PD-1抗體。方案三：培美曲塞單藥化療。方案四：化療+ PD1抗體。病例一: 肺腺癌診療經(jīng)過診療經(jīng)過 2018年5月起到國內(nèi)12家三甲醫(yī)院就醫(yī)或咨詢。同時聯(lián)系了3家日本質(zhì)子重離子治療機(jī)構(gòu)。也聯(lián)系了Mayo、MSKCC、MD Anderson醫(yī)生，準(zhǔn)備前往就醫(yī)，但因肺部炎癥未成行。亦在社交媒體平臺全球咨詢。 獲得如下治療方案Department of Pathology問題 本例患者基因檢測報告結(jié)果與用藥推薦是否合理？ 四個治療方案是否做到精準(zhǔn)？ 是否還有其他可行方案？ 您的建議？病例一: NGS檢測后帶來的問題De

4、partment of Pathology我國惡性腫瘤早診率低，復(fù)發(fā)率高 目前我國腫瘤診斷與美國等發(fā)達(dá)國家相比存在差距：早診率低、針對性不足。大多數(shù)腫瘤在診斷時已經(jīng)是晚期，五年生存率不足30%。 晚期腫瘤最大的危害是轉(zhuǎn)移與耐藥。1.CA Cancer J Clin. 2017 Jan;67(1):7-30；2. CA Cancer J Clin. 2016 Mar;66(2):115-32.圖片來自網(wǎng)絡(luò)Department of Pathology基因組科學(xué)發(fā)展是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的基礎(chǔ)1953197519851990200120032005201120152016DNA 雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)表PCR技術(shù)發(fā)明一

5、代測序人類基因組計劃人類基因組計劃草圖人類基因組計劃完成癌癥基因組計劃，二代測序基因組醫(yī)學(xué)概念提出精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計劃全民健康計劃2018泛癌基因組計劃Department of Pathology腫瘤是“基因組”疾病N Engl J Med. 2012;366(23):2207-14; Science. 2013 ;339(6127):1546-58; PNAS. 2008 ;105(11):4283-8; Cell. 2011;144(5):646-74分子水平認(rèn)識疾病腫瘤十大特征1953年DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)表人類基逆轉(zhuǎn)錄因組計酶發(fā)現(xiàn)劃完成癌基因單克隆抑癌基抗體發(fā)因發(fā)現(xiàn)明PCR技術(shù)限制性內(nèi)切酶發(fā)明

6、20世紀(jì)生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)新成就腫瘤是“基因組” 12條常見腫瘤相關(guān)疾病 信號通路異常激活 腫瘤是“基因組”疾病 腫瘤是基因組突變長期積累的結(jié)果:需要20-30年 大多數(shù)突變不影響細(xì)胞的生物學(xué)行為（Passengers),少數(shù)突變使細(xì)胞過度增殖或抑制細(xì)胞凋亡（Driver)。 腫瘤基因組的進(jìn)化、演變導(dǎo)致基因組變異差異性很大。 腫瘤基因組演化、變異過程受到體內(nèi)外環(huán)境因素的影響。Department of Pathology腫瘤基因組處于動態(tài)進(jìn)化過程PLOS Genetics | DOI:10.1371/journal.pgen.1005778 FeBruary 18, 2016晚期腫瘤細(xì)胞克隆復(fù)雜進(jìn)

7、化 1.腫瘤基因組進(jìn)化極為復(fù)雜，存在明顯時空差異性 2.腫瘤治療過程促進(jìn)產(chǎn)生新的變異-賦予腫瘤生命體更為頑強(qiáng)的生命力，產(chǎn)生治療抵抗。15Department of Pathology不同器官腫瘤基因組驅(qū)動變異存在巨大差異2020/10/23Nat Rev Cancer. 2017 ;17(4):239-253Department of Pathology主訴、臨床癥狀體征、生理生化變化、影像學(xué)改變、病理形態(tài)變化分子生物學(xué)改變：基因組學(xué)、表觀組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、免疫組學(xué)、內(nèi)分泌組腫瘤的分子改變遠(yuǎn)遠(yuǎn)早于形態(tài)與功能變化圖片來自網(wǎng)絡(luò)Department of Pathology局限性

8、腫瘤患者影像學(xué)實(shí)驗室檢驗傳統(tǒng)腫瘤診療病理（金標(biāo)準(zhǔn)）臨床診斷其他檢查局限性診斷延遲性主觀性較強(qiáng)標(biāo)準(zhǔn)化欠缺預(yù)測性較差動態(tài)性不足傳統(tǒng)腫瘤診斷模式存在明顯局限性Department of Pathology化療的作用與副作用化療作用化療副作用圖片來自網(wǎng)絡(luò)Department of Pathology美國的不精準(zhǔn)用藥情況許多藥物只對少數(shù)病人（藍(lán)色）起作用但許多患者（紅色）同樣在服用中國不當(dāng)用藥形勢嚴(yán)峻至少每年超過250萬人因用藥不當(dāng)住院。至少年20萬人死于用藥不當(dāng)。大眾健康需求呼喚精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)腫瘤進(jìn)化、高度復(fù)雜治療困境、成本高昂專業(yè)精準(zhǔn)、患者期待控制癌癥降低成本促進(jìn)健康圖片來自網(wǎng)絡(luò) Department o

9、f PathologyDepartment of Pathology精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的內(nèi)涵與目標(biāo)以個體健康為中心的全程化健康保障的醫(yī)療模式?；蚪M大數(shù)據(jù)為核心：整合基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀組、代謝組、表型組、暴露組、及生活習(xí)慣等數(shù)據(jù)，為患者量身定制的最佳診療方案。目標(biāo)：治療效果最大化和副作用最小化、降低醫(yī)療成本、促進(jìn)與保障健康。Department of Pathology 面對不同腫瘤如此復(fù)雜的基因變異譜，如何開展個體化精準(zhǔn)診療？ 臨床腫瘤NGS檢測中，我們應(yīng)該關(guān)注哪些核心問題？ 在臨床實(shí)踐中，如何實(shí)現(xiàn)腫瘤用藥NGS檢測的臨床價值與患者獲益？問題精準(zhǔn)免疫Department of Pathol

10、ogy二代測序（NGS）是實(shí)施腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的重要平臺精準(zhǔn)預(yù)測靶向監(jiān)測精準(zhǔn)診斷精準(zhǔn)康復(fù)精準(zhǔn)靶向NGS應(yīng)用 基于液體活檢 早期篩查 預(yù)后預(yù)測 基于液體活檢 進(jìn)展監(jiān)測 耐藥 復(fù)發(fā) 基于分子診斷 個體化放療精準(zhǔn)精準(zhǔn) 放療化療 基于分子診斷 個體化化療 基于分子診斷 免疫治療（MSI/dMMR/TMB評估) 新抗原發(fā)現(xiàn)（個體化瘤苗） 分子標(biāo)記物發(fā)現(xiàn) 營養(yǎng)基因組學(xué) 腸道菌群 免疫功能評估 新藥靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)Department of Pathology國際指南與應(yīng)用Department of PathologyJCO Precis Oncol. 201875%美國腫瘤學(xué)家使用NGS指導(dǎo)臨床實(shí)踐 75.6% of

11、 oncologists reported using NGStests to guide treatment decisions.Of theseoncologists. 34.0% used them often to guide treatmentdecisions for patients with advancedrefractory disease. 29.1% to determine eligibility for clinicaltrials, and 17.5% to decide on off-label useof Food and DrugAdministration

12、approveddrugs. NGS test results informed treatmentrecommendations often for 26.8%,sometimes for52.4%, and never or rarely for20.8% of oncologists.Department of Pathology2015衛(wèi)計委國內(nèi)共識與規(guī)范20182017201820182018Department of Pathology當(dāng)前腫瘤用藥基因檢測現(xiàn)狀2019年第11期 出版日期：2019-03-25Department of Pathology腫瘤用藥基因檢測發(fā)展趨勢如何

13、做好NGS 檢測并使患者獲益？Department of Pathology咨詢與標(biāo)本采集樣本QC標(biāo)本接收收樣QC組織血液體液NGS全流程質(zhì)量管理體系病理QCDNA/RNA提取核酸QC文庫構(gòu)建建庫QC雜交、俘獲高通量測序上機(jī)QC數(shù)據(jù)生信分析數(shù)據(jù)注釋下機(jī)QCQC結(jié)果回顧臨床解讀與報告簽發(fā)檢測前 檢測前 專業(yè)咨詢 樣本質(zhì)控 產(chǎn)品選擇檢測中 檢測中 硬件系統(tǒng) 軟件系統(tǒng) 質(zhì)控體系檢測后 檢測后 生信解讀 臨床解讀 反饋修正Department of Pathology如何做好檢測前的咨詢與樣本質(zhì)控？Department of Pathology檢測前：專業(yè)咨詢 專業(yè)咨詢服務(wù) 有資質(zhì)的專業(yè)人員 內(nèi)容：

14、了解臨床病史（包括家族史）、腫瘤類型、病理診斷、分級分期、診治信息。 檢測目的：用藥指導(dǎo)、耐藥復(fù)發(fā)或其它 檢測產(chǎn)品特點(diǎn)與作用、性價比、產(chǎn)品選擇。 知情同意。Department of Pathology乳腺癌浸潤性導(dǎo)管癌（I級）病例一：病理診斷乳腺導(dǎo)管內(nèi)癌（中等級）IHC：ER/PR/HER2（-）Department of Pathology病例二：基因檢測咨詢 某公司基因檢測推薦 患者困惑：三陰性乳腺癌，馬上需要基因檢測？Department of Pathology（15%30%）Cancer Biol Ther. 2010 Nov 15; 10(10): 955960.病例二：咨詢分析

15、乳腺癌分類（70%85%）70-80%Department of Pathology2020/10/2335Arch Pathol Lab Med. 2016;140(8):806-14乳腺癌分子分型LuminalHER2Basal-LikeNormal-LikePerou,Nature. 2000 ;406(6797):747-52.病例二：咨詢分析Department of PathologyBL1BL2IMMLMSLClin Cancer Res. 2013;19(23):6380-8病例二：咨詢分析LARJ Clin Invest. 2011 ;121(7):2750-67TNBC分子

16、亞型Department of Pathology基因擴(kuò)增/突變基因突變頻率BRCA1/2 5%基因擴(kuò)增頻率Nature 2012; 490: 61-70Nature 2012; 486: 395-399病例二：咨詢分析TNBC可能的驅(qū)動基因分泌癌腺樣囊性癌腺泡細(xì)胞癌3級浸潤性導(dǎo)管癌梭形細(xì)胞化生癌實(shí)性乳頭狀癌粘液表皮樣癌低級別腺鱗化生癌髓樣癌軟骨樣化生癌多形性癌腺肌上皮癌纖維瘤樣化生癌頂漿分泌癌鱗狀細(xì)胞化生癌鱗狀細(xì)胞化生癌梭形細(xì)胞化生癌腺樣囊性癌分泌癌典型髓樣癌非典型髓樣癌頂漿分泌癌NPJ Breast Cancer. 2016；16;2:16036Am J Pathol. 2017 ;187

17、(10):2139-2151Nat Rev Clin Oncol. 2016 13(11):674-690Department of Pathology病例二：咨詢分析低級別和高級別TNBC基因組變異差異巨大浸潤性導(dǎo)管癌浸潤性小葉癌Department of Pathology小結(jié)與建議 絕大多數(shù)TNBC伴有TP53和PIK3CA高頻突變，一些高級別TNBC伴基因擴(kuò)增：如MYC PIK3CA 、KRAS、BRAF、MET、FGFR1/2、JAK、CCND1、PD-L1/2等。 低級別TNBC中，三種類型的癌可能伴有BRCA1基因突變（胚系或體細(xì)胞突變）:包括微腺性腺?。∕GA）、不典型性微腺性

18、腺?。ˋMGA）、腺泡性癌（ACC）。 一些低級別TNBC可伴有基因融合：MYB-NF1B 基于以上信息及目前BRCA1檢測共識，本例患者BRCA1檢測目前不是必須，21基因檢測則無需推薦，但如常規(guī)治療后出現(xiàn)復(fù)發(fā)，需要再做基因檢測咨詢。病例二：咨詢分析Department of Pathology檢測前：樣本質(zhì)控樣本采集與質(zhì)控內(nèi)容： 樣本收集質(zhì)控 樣本選擇（組織、血液、體液）Department of Pathology檢測前：樣本選擇與檢測產(chǎn)品組織樣本 VS 血液樣本Department of Pathology外科病理標(biāo)本處理與病理診斷過程SurGery and samplinGSampl

19、esEmbeddinGCuttinGH&E staininGPatholoGical EvaluationReportsDehydratinGClearinGInterpretationFrozen sectionH&E StaininGWorkfloWFixationDepartment of Pathology大體組織HE染色病理質(zhì)控核酸提取與質(zhì)控常規(guī)PCR一代測序結(jié)果分析與報告定量PCR結(jié)果分析報告簽發(fā)NGS生物信息學(xué)分析分子病理檢測工作流程IHCFISHDepartment of Pathology目前分子病理檢測樣本處理存在的問題 標(biāo)本離體后處理欠規(guī)范，尤其是中小醫(yī)院 病理標(biāo)本取材規(guī)

20、范亟待規(guī)范與提高。 分子病理檢測的病理白片無嚴(yán)格質(zhì)控。Department of Pathology樣本質(zhì)控從源頭抓起 建立樣本收集的SOP。 按臨床病理診斷規(guī)范要求：離體樣本需要及時合理固定：固定液為10%中性福爾馬林，離體30min-60min內(nèi)固定，固定液體積至少5-10倍標(biāo)本體積。固定時間12-48小時，大標(biāo)本需切開固定，新鮮樣本需及時液氮速凍。 規(guī)范化病理取材，保證足夠典型病變，避免出血及壞死組織。 溫和脫水，包埋溫度適中。 病理蠟塊需要嚴(yán)格病理診斷質(zhì)控，分子診斷需獨(dú)立切片（刀片、貼片容器、試劑等）病例三：病變異質(zhì)性與樣本質(zhì)控 女，76歲，右乳腫塊。 肉眼：乳腺組織一塊，體積4cm

21、X 2cm X1.5cm, 切面見一腫物，大小為 1.5cm X1cm X 1cm，灰白。 術(shù)中冰凍報告： 符合（右）乳腺浸潤癌 常規(guī)病理報告：（右）乳腺浸潤性小葉癌Department of PathologyDepartment of PathologyH&EDepartment of PathologyERPRHER2(+)Ki-67(5-10%)IHCDepartment of Pathology不同病變并存 （H&E ）3. ADH/LCIS2. UDH1. TDLU4. LCIS4. LCIS4. LCIS4. LCIS5. ILC5. ILC5. ILC5. ILCDepartm

22、ent of Pathology低級別 LCIS同一類病變病理分級不同 （H&E 染色）高級別LCISDepartment of Pathology病例四：基本信息 男性患者，61歲，2018年10月確診：肺腺癌Department of Pathology病例四：基因檢測結(jié)果（第1次）Department of Pathology病例四：基因檢測結(jié)果（第1次）Department of Pathology存在問題 檢測前缺乏較專業(yè)咨詢。 檢測取樣不正確。 以外周血單個核細(xì)胞檢測PD-1和PD-L1指導(dǎo)免疫檢測點(diǎn)抑制劑應(yīng)用是不正確的操作。Department of Pathology病例四：基

23、因檢測結(jié)果(第2次）石蠟切片咨詢后再檢測Department of Pathology病例四：基因檢測結(jié)果(第2次）血液ctDNA基因檢測結(jié)果Department of Pathology病例四：基因檢測結(jié)果(第2次）取決于腫瘤類型、級別、分期、原發(fā)或復(fù)發(fā)？大Panel vs 小Panel。檢測平臺與技術(shù)實(shí)力。報告質(zhì)量檢測前：檢測產(chǎn)品選擇 NGS檢測獲益的腫瘤：肺癌、乳腺癌、腸癌、黑色素瘤、卵巢癌、造血系統(tǒng)腫瘤 NGS檢測可能獲益的腫瘤：胃癌、肝癌、膽管癌、食管癌、前列腺癌、胰腺癌、頭頸鱗癌、宮頸癌等。 NGS檢測少獲益的腫瘤：軟組織肉瘤如尤文肉瘤、滑膜肉瘤等Department of Pat

24、hologyDepartment of PathologyNature. 2013;500(7463):415-21不同腫瘤基因變異譜差異巨大Department of PathologyNGS結(jié)果臨床解讀腫瘤用藥基因檢測與精準(zhǔn)診療的挑戰(zhàn)NGS 檢測公司患者與醫(yī)生Department of PathologyNGS 結(jié)果整合與臨床解讀NGS檢測與臨床需求之間存在難以跨越的鴻溝Department of PathologyNGS數(shù)據(jù)的臨床解讀NGS數(shù)據(jù)臨床解讀目標(biāo) NGS數(shù)據(jù)解讀盡量反映腫瘤臨床與病理特征。 識別真正的驅(qū)動基因，區(qū)分驅(qū)動基因的主次作用。 明確驅(qū)動基因相關(guān)的信號通路網(wǎng)絡(luò)及藥物作用靶

25、點(diǎn)。Department of PathologyNGS數(shù)據(jù)的臨床解讀 NGS報告質(zhì)量 基本信息是否完整、正確？檢測結(jié)果小結(jié)是否清晰明了。 基因列表是否反應(yīng)腫瘤發(fā)生的特點(diǎn)和實(shí)際需求（如國人幾大特征性腫瘤的驅(qū)動基因？表觀遺傳學(xué)相關(guān)基因選擇是否合理？） 驅(qū)動基因識別是否正確？ 大Panel檢測是否涵蓋新型腫瘤標(biāo)志物（如TMB）及異質(zhì)性（亞克?。?？ 用藥建議是否合理？ 數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)是否更新？ 報告是否具有可讀性？Department of PathologyNGS報告常見問題 基本信息不正確，報告小結(jié)欠簡練明了、內(nèi)容主次不分。 解讀內(nèi)容零亂，條理不清，只關(guān)注單個基因改變，信息綜合欠缺，可讀性差 驅(qū)動基

26、因識別不正確 用藥建議不合理 數(shù)據(jù)庫及文獻(xiàn)更新不及時？Department of Pathology如何做好基因檢測結(jié)果臨床解讀 熟悉與癌的特征及其發(fā)生發(fā)展相關(guān)的常見信號通路（如癌十大特征與十大信號通路）。 熟悉幾大常用的基因組數(shù)據(jù)庫（如COSMIC、ClinVar、TCGA等)。 熟悉最新國際及國內(nèi)相關(guān)臨床指南共識，如NCCN、ESMO指南。 了解分子腫瘤學(xué)基礎(chǔ)與臨床研究新進(jìn)展。 除了醫(yī)學(xué)知識外，具備必要的分子生物學(xué)、分子遺傳學(xué)、基因組學(xué)幾生物信息學(xué)基礎(chǔ)知識。Department of PathologyCell. 2011 Mar 4;144(5):646-74持續(xù)增殖信號 10 hall

27、marks of cancer逃避生長抑制機(jī)制免疫逃逸永生化促癌炎癥侵襲與轉(zhuǎn)移基因組不穩(wěn)定與突變血管新生死亡抵抗代謝異常Department of PathologyCell. 2011 Mar 4;144(5):646-74 針對癌十大特征的靶向治療Department of Pathology數(shù)據(jù)來源廣，檢索功能強(qiáng)大Nat Rev Cancer. 2018 Nov;18(11):696-705Department of PathologyCLINVAR AND CLINGENNucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D1062-D1067Department

28、 of PathologyTHE CANCER GENOMEATLAS (TCGA)Department of PathologyTHE PAN-CANCERATLAS/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.htmlDepartment of PathologyUCSC CANCER GENOMICS BROWSER綜合數(shù)據(jù)挖掘平臺Department of Pathology癌相關(guān)信號通路Francisco，SV . et al. Cell. 2018 ;173(2):321-337Science. 2013 ;339(6127

29、):1546-58Department of Pathology如何識別癌基因突變譜中的驅(qū)動基因？Department of PathologyDNA染色質(zhì)重塑DNA轉(zhuǎn)錄RNA加工mRNA穩(wěn)定mRNA降解多肽合成蛋白修飾、活性與降解J Pathol 2018; 244: 512524基因表達(dá)調(diào)控異常與腫瘤發(fā)生發(fā)展突變與甲基化打開DNA鏈轉(zhuǎn)錄復(fù)合體剪接復(fù)合體微小RNA復(fù)合體合成復(fù)合體蛋白酶體CancerDriversOncogenemutationsOncogeneamplificationsOncogenefussionOncogenetranslocationsTumorsuppresorg

30、enemutationsTumorsuppresorgenedeletionsOxidativestressDNAmethylationsHistonemethylationsHistoneacetylationRNAsplicingProteindegratations常見驅(qū)動基因類型癌基因活化抑癌基因失活氧化與代謝Department of PathologyRNA剪接異常蛋白修飾與降解異常表觀遺傳驅(qū)動Department of Pathology 生物信息學(xué)（Bioinformatics)手段（檢測公司報告再解讀） 公共數(shù)據(jù)庫查詢與核對（COSMIC、ClinVar、TCGA、OMIM)

31、：突變位點(diǎn)特征、類型與豐度、蛋白結(jié)構(gòu)域、致病性（致病、可能致病、可能良性、良性、意義未明）。 謹(jǐn)慎判斷報告中意義未明變異，重新解讀。 考察突變基因相應(yīng)的信號網(wǎng)絡(luò)與藥物靶點(diǎn)。 突變基因的功能驗證結(jié)果：包括體外細(xì)胞試驗、動物實(shí)驗、PDX模型、類器官（organiods)等功能性實(shí)驗結(jié)果。 臨床試驗數(shù)據(jù)：包括I-III期臨床試驗和個案報道等。 聯(lián)系臨床表現(xiàn)，考察腫瘤病理形態(tài)、分化程度與生物學(xué)行為、腫瘤分級與分期等。識別驅(qū)動基因Department of Pathology病例五、簡要病史 患者，男，70歲。2016年02月05發(fā)現(xiàn)食道癌，行食管癌根治術(shù)+空腸造瘺術(shù)，術(shù)后沒做任何治療。 2017年12

32、月發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移肺，行射頻消融術(shù)， 2018年3月開始口服替吉奧4個周期， 2018年7月因發(fā)現(xiàn)腫瘤進(jìn)展又進(jìn)行紫杉醇+替吉奧1個周期。 2018年8月因發(fā)現(xiàn)腫瘤進(jìn)展又進(jìn)行紫杉醇+替吉奧+奈達(dá)鉑化療。 2019年3月醫(yī)生建議組萊洛替尼臨床實(shí)試驗 。 2019年6月復(fù)查時醫(yī)生告知耐藥，改用安羅替尼 。 2019年8月發(fā)現(xiàn)肝轉(zhuǎn)移，目前沒有用任何藥物Department of Pathology病例五、病理診斷 患者，男，70歲。Department of Pathology病例五、NGS結(jié)果 患者，男，70歲。 TMB為5.76Muts/Mb，微衛(wèi)星穩(wěn)定（MSS），PD-L1表達(dá)水平未知，Departme

33、nt of Pathology病例五、NGS結(jié)果 患者，男，70歲。 TMB為5.76Muts/Mb，微衛(wèi)星穩(wěn)定（MSS），PD-L1表達(dá)水平未知，Department of PathologyAm J Hum Genet 2015; 96:597611.Gastroenterology 2015;149:17001715食管癌基因組變異Department of Pathology食管癌表觀遺傳學(xué)改變Nature 2014;509:9195Department of PathologyNat Rev Cancer. 2017 Jan 27; 17(2): 93115TP53/RB1滅活導(dǎo)致細(xì)

34、胞周期調(diào)控紊亂Department of Pathology病例五、小結(jié) 患者是典型的抑癌基因RB和TP53缺失共同驅(qū)動的食管癌。這一組合基因改變主要影響到細(xì)胞周期運(yùn)轉(zhuǎn)與檢測點(diǎn)異常，尤其是DNA復(fù)制、細(xì)胞分裂過程是最常見的改變 。 報告中變異解讀及藥物推薦不適合臨床選擇： （1）驅(qū)動基因判讀不正確：患者突變或擴(kuò)增的ERBB3（1.2%）、FGFR1擴(kuò)增（2.6）、MYC擴(kuò)增（2.1），不足以強(qiáng)力致病，但在治療后會慢慢得到富集，有可能成為下一次耐藥的種子。 （2）PTEN 突變不在熱點(diǎn)區(qū)，豐度只有0.2%，難以驅(qū)動癌細(xì)胞快速生長。Department of Pathology病例五、小結(jié) RB和

35、TP53共失活，細(xì)胞周期運(yùn)轉(zhuǎn)嚴(yán)重紊亂，容易造成化療耐藥。 RB/TP53 失活后強(qiáng)勁驅(qū)動腫瘤發(fā)展的關(guān)鍵點(diǎn)主要是G2/M檢測點(diǎn)異常，調(diào)控這檢測點(diǎn)的關(guān)鍵激酶可以成為靶點(diǎn)，包括PLK、 AurorA抑制劑。 患者TMB為5.76Muts/Mb，微衛(wèi)星穩(wěn)定（MSS），PD-L1表達(dá)水平未知，按這個信息提示，免疫治療難以獲益。但由于患者存在LRP1B基因高頻突變，而該基因突變被認(rèn)為與高TMB有關(guān)（Front Immunol. 2019 May 21;10:1113）Department of Pathology病例六：侵襲性膀胱癌NGS-WES報告Department of Pathology病例六：侵

36、襲性膀胱癌NGS-WES報告Department of Pathology病例三：侵襲性膀胱癌NGS-WES報告Department of PathologyDepartment of Pathology主要信號通路Nature. 2014;507(7492):315-22Cancers 2017, 9, 28：2-14，ClIn Cancer Res；2016， 22(13)：3132-3137Department of Pathology 患者癌組織呈現(xiàn)了典型侵襲性膀胱癌基因組變異特征：包括ERBB3突變、表觀遺傳學(xué)改變(KDM6A)、DNA損傷修復(fù)機(jī)制紊亂(ERCC2)等。靶向ERBB3和KDM6A是最關(guān)鍵的治療策略。 患者對鉑類化療及免疫治療敏感， KDM6A突變抵消化療的作用，產(chǎn)生耐藥。 檢測公司報告中未識別出真正驅(qū)動基因，驅(qū)動基因用藥推薦不正確。病例六：侵襲性膀胱癌NGS-WES報告-小結(jié)Department of Pathology病例一: NGS檢測報告與用藥推薦TMB：8.6；MSS， 癌細(xì)胞PD-L陰性Department of PathologyClin CAncer Res; 2014；20(15) ：3921-3930KRAS突變驅(qū)動的腫瘤及其關(guān)鍵信號通路Department of Patho