DNAstar軟件包的使用課件

1、第一部分 理論講解（第一次課 及第二次課第一節(jié)）第二部分 上機實習（第二次課 第二、三節(jié)）第一部分 理論講解What is bioinformatics?What is bioinformatics? 生物信息學（Bioinformatics）是一門新興的交叉學科，是一個涉獵內(nèi)容十分廣泛的學科領(lǐng)域。沒有生物學、物理學、數(shù)學、計算機學等學科就不可能有生物信息學。生物信息學是研究相關(guān)生物信息的獲取、加工、儲存、分配、分析和注釋的科學。Bioinformatics is:driven by the generation of data, moderated by hardware and analy

2、sis methodsComputing powerData generation platformsAnalysis methods生物信息的開發(fā)和應(yīng)用以核酸蛋白質(zhì)等生物大分子為主要研究對象以信息、數(shù)理、計算機科學為主要研究手段以計算機網(wǎng)絡(luò)為主要研究環(huán)境以計算機軟件為主要研究工具對序列數(shù)據(jù)進行存儲、管理、注釋、加工對各種數(shù)據(jù)庫進行查詢、搜索、比較、分析構(gòu)建各種類型的專用數(shù)據(jù)庫信息系統(tǒng)研究開發(fā)面向生物學家的新一代計算機軟件Examples of BioinformaticsDatabase interfacesGenbank/EMBL/DDBJ, Medline, SwissProt, PDB

3、, Sequence alignmentBLAST, FASTAMultiple sequence alignmentClustal, MultAlin, DiAlignGene findingGenscan, GenomeScan, GeneMark, GRAILProtein Domain analysis and identificationpfam, BLOCKS, ProDom, Pattern Identification/CharacterizationGibbs Sampler, AlignACE, MEMEProtein Folding predictionPredictPr

4、otein, SwissModelerFive websites that all biologists should knowNCBI (The National Center for Biotechnology Information;/EBI (The European Bioinformatics Institute)http:/www.ebi.ac.uk/The Canadian Bioinformatics Resourcehttp:/www.cbr.nrc.ca/SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource)http:/expas

5、y.cbr.nrc.ca/sprot/PDB (The Protein Databank)/PDB/Half day on the web,half month in the lab.saves you- Alan BleasbyDNA結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)與“人類基因組計劃”的完成使“基因組時代” 成為現(xiàn)實“The genomic era is now a reality”! F. Collins 元素周期表的發(fā)現(xiàn)奠定了二十世紀物理、化學研究和發(fā)展的基礎(chǔ)元素周期表“基因組序列圖”將奠定二十一世紀生命科學研究和生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展的基礎(chǔ)！ “基因組”生命科學的“元素周期表”人體解剖圖奠定了現(xiàn)代醫(yī)學發(fā)展的基礎(chǔ)生命的

6、奧秘蘊藏于 “四字天書”之中GCTTCTTCCTCATTTTCTCTTGCCGCCACCATGCCGCCACCA TCATTTTCTCTTGCCGCCACCATGCTTCTTCCTCATTTTCTCT CCACCATGCCGCCACCACGCCACCATGCTTCTTCCTCATCTC GCTTTCTTGCCGCCACCATGCCGCCACCGCTTCTTCCtTCTCT 基因（決定某種性狀的DNA片斷）基因轉(zhuǎn)移技術(shù)現(xiàn)代生物技術(shù)“找”基因 “玩”基因“用”基因（健康、農(nóng)業(yè)、工業(yè)、 環(huán)境、安全） “知”基因產(chǎn)品發(fā)現(xiàn)基因的一般過程 從序列中發(fā)現(xiàn)基因可以理解為基因區(qū)域預測和基因功能預測2個層次第一步

7、：獲取DNA目標序列 如果你已有目標序列，可直接進入第2步； 可通過PubMed查找你感興趣的資料；通過 GenBank或EMBL等數(shù)據(jù)庫查找目標序列第二步：查找ORF并將目標序列翻譯成蛋白質(zhì)序列 利用相應(yīng)工具，如ORF Finder、Gene feature(Baylor College of Medicine)、GenLang(University of Pennsylvania)等，查找ORF并將DNA序列翻譯成蛋白質(zhì)序列第三步：在數(shù)據(jù)庫中進行序列搜索 可以利用BLAST進行ORF核苷酸序列和ORF翻譯的蛋白質(zhì)序列搜索第四步：進行目標序列與搜索得到的相似序列的整體對比(global al

8、ignment) 雖然第三步已進行局部(序列)對比(local alignment)分析，但整體對比有助于進一步加深目標序列的認識 第五步：查找基因家族 進行多序列對比(multiple sequence alignment)和獲得列線區(qū)段的可視信息?？煞謩e在AMAS(Oxford University)和BOXSHADE(ISREC,Switzerland)等服務(wù)器上進行第六步：查找目標序列中的特定模序 分別在Procite、BLOCK、Motif數(shù)據(jù)庫進行profile、模塊(block)、模序(motif)檢索； 對蛋白質(zhì)序列進行統(tǒng)計分析和有關(guān)預測第七步：預測目標序列結(jié)構(gòu) 可以利用Pre

9、dictProtein(EMBL)、NNPREDICT(University of California)等預測目標序列的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)第八步：獲取相關(guān)蛋白質(zhì)的功能信息 為了了解目標序列的功能，收集與目標序列和結(jié)構(gòu)相似蛋白質(zhì)的功能信息非常必要?？衫肞ubMed進行搜索第九步：把目標序列輸入“提醒”服務(wù)器 如果有與目標序列相似的新序列數(shù)據(jù)輸入數(shù)據(jù)庫，提醒(alert)服務(wù)會向你發(fā)出通知?？蛇x用Sequence Alerting(EMBL)、Swiss-Shop(Switzerland)等服務(wù)器核苷酸序列分析基因編碼區(qū)組分分析GC含量/Codon bias引物設(shè)計限制性核酸內(nèi)切酶位點預測基因編碼

10、區(qū)結(jié)構(gòu)分析基因結(jié)構(gòu)分析選擇性剪切分析/SNP分析基因調(diào)控區(qū)域分析蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)一級序列蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測蛋白質(zhì)序列信號位點分析蛋白質(zhì)超二級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)模擬序列比對序列比對注釋多序列比對系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析DNAstar ProductsLasergene - Sequence Analysis (1982) GenVision - Publication Quality Graphics (2000)ArrayStar - Microarray Gene Expression Analysis (2005)Overv

11、iew DNASTAR products are used by researchers in more than 65 countries and in every state in the United States. Their products are used by scientists in every major pharmaceutical company, the top biotech companies and most major research academic institutes. Founded 1982DNASTAR was founded by Profe

12、ssor of Genetics Frederick Blattner and his Computer Scientist colleague John Schroeder 26 years ago. DNASTARs mission then was the same as it is today: to provide life scientists with the computing tools they need for sequence analysis. In the early years, the product was written for the CPM operat

13、ing system. When the IBM personal computer appeared, a DOS version of our software soon followed. With the advent of Compact Discs, DNASTAR was the first to offer the GenBank database on CD; hence the name Lasergene. FunctionLasergene is a comprehensive suite of easy-to-use sequence analysis softwar

14、e for Windows and Macintosh. Lasergenes analysis tools include alignments, contig assembly, gene discovery, primer design, restriction mapping, protein structure predictionTechnical Requirements Lasergene 7.2 for Windows Windows Vista, XP SP2 or 2000 Intel compatible Pentium class processor 128 MB R

15、AM* 90 MB of available hard-disk space CD-ROM drive (unless downloaded) Internet access (required to authorize) DNASTAR軟件包版本5.03版本(適合win98/Me)EditSeq、GeneQuest、MapDraw、MegAlign、PrimerSelect、Protean、SeqMan5.08版本(適合各個系統(tǒng))EditSeq、GeneQuest、MapDraw、MegAlign、PrimerSelect、Protean、SeqMan6.*版本(適合WinXP/Win200

16、0)(含6.00/6.13版本)EditSeq、GeneQuest、SeqBuilder、MegAlign、PrimerSelect、Protean、SeqMan7.*版本(適合WinXP及以上版本)(含7.0/7.1/7.2版本)EditSeq、GeneQuest、SeqBuilder、MegAlign、PrimerSelect、Protean、SeqMan pro8.0版本(適合Windows Vista and XP )EditSeq、GeneQuest、SeqBuilder、MegAlign、PrimerSelect、Protean、SeqMan proEditSeqEdit and

17、import sequences and annotations Translate, back-translate and reverse complement sequences Locate ORFs and create annotations Cut/paste sequence with inclusive annotations EditSeq included with all systemsGeneQuest Discover and annotate genes Predict coding regions and splice sites Locate repeats,

18、patterns, or areas matching known sequence data Simulate agarose gel electrophoresisMapDrawLocate restriction sites Create six types of linear and circular maps View all six reading frames with sites and featuresMegAlign Align DNA and protein sequences Perform pairwise, multiple and dotplot alignmen

19、ts Create phylogenetic trees Generate subalignments Customize alignment displaysPrimerSelect Design primers or compare your own primers against a sequence template Analyze primers for hairpins and dimers View the consequences of primer mutationsProtean Predict protein structures View PAGE simulation

20、s Analyze physico-chemical properties Display results graphicallySeqManAssemble sequences Trim poor data and remove vector Manage and order contigs Locate potential SNPs Visualize traces and compare two consensus callsDNASTAR Lasergene software（7.*版本）consists of an integrated suite of seven modules

21、that can be purchased in any combination. The modules of Lasergene are: SeqBuilder - visualization and sequence editing SeqMan Pro - sequence assembly and SNP discovery MegAlign - sequence alignment PrimerSelect - oligo primer design Protean - protein structure analysis & prediction GeneQuest - gene

22、 finding EditSeq - utility for importing unusual file typesDNASTAR軟件包（5.*版本）EditSeq GeneQuest MapDraw PrimerSelect MegAlign Protean SeqMan一、EditSeq EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改DNA 或蛋白質(zhì)序列工具。每個EditSeq 文件都可以分為三個可編輯的部分，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評論，底部是序列的注釋。Sequence EntryEditSeq能讀取大部分的序列格式包括FASTA，GenBank，ABI、GCG 和A

23、SCII 格式?？梢允褂貌藛蚊罨蛲献Х绞捷斎胄蛄形募?。另外，序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復制、粘貼得到。Editing and Analysis 序列被打開后，EditSeq 能使用標準或者指定的遺傳密碼進行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進行閱讀校對。另外，EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA 和GCG格式輸出序列。1.打開已有序列在Windows里打開“contig3.seq”。從文件菜單（FILE MENU），選擇Open。打開文件夾單擊選定序列“contig3.seq”。 當EditSeq窗口打開時，序列長度顯示在右上角。Open序列長度2.序列的堿基組成分

24、析File下拉菜單的import選項導入，open選項打開。Edit下拉菜單的select all選項選中全部堿基goodies下拉菜單的dna statistics選中出結(jié)果dna statisticsselect allG+C3.尋找開放讀框 在這一部分中，我們將確定序列中的ORF開放閱讀框（open reading frame, ORF）。從SEARCH MENU 找到ORF，點擊打開會出現(xiàn)下邊的對話框。單擊Find Next 尋找第一個ORF 的位置。繼續(xù)點擊Find Next 直到你把ORF的位置選定在某一位置，ORF的坐標會出現(xiàn)在EditSeq 窗口的頂端附近。Orf菜單ORF附：

25、開放閱讀框的鑒定開放閱讀框（open reading frame, ORF）的鑒定是基因組注釋中一項非常重要且必不可少的工作。 完成這一工作可以有多種現(xiàn)成軟件可供借助，例如NCBI網(wǎng)站中的ORF finder就是其中之一(/gorf/gorf.html)。 ORF的鑒定是根據(jù)起始密碼和終止密碼來進行的。在輸入分析序列之后，有幾個分析參數(shù)需要選擇： 一是根據(jù)序列的物種來源選擇遺傳密碼，數(shù)據(jù)庫中共有22套不同物種的遺傳密碼可供選擇。比如標準碼選“1”，細菌碼選“11”。二是限定最短ORF的長度。默認值是100，這時給出的結(jié)果中都是大于100個核苷酸的ORFs。這就是說作為基因的ORF很少是小于10

26、0個核苷酸的，但在實際中可能會有例外，特別是編碼一些小肽的基因。輸入序列選擇編碼ORFs分析結(jié)果的報告表Frame from to lenth -3 25457 28627 3171 -1 38575 40692 2118 +1 13465 15174 1710 +2 5270 6394 1125 -2 32736 34277 1542 +3 19032 19592 561 在分析結(jié)果的報告中，將會給出6框（six frame）分析結(jié)果。 由此可見，從報告結(jié)果中，可以知道各ORF的起、止點和它們位于哪一條鏈上以及是第幾框分析的結(jié)果。值得注意的是，不同軟件中如果使用不同檢索參數(shù)，如使用的起始密碼

27、子（ATG, GTG, TTG）或終止密碼子（TGA, TAA, TAG）不同，輸出的結(jié)果將有一定差異。基因開放閱讀框/基因結(jié)構(gòu)分析識別工具Getorfhttp:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.htmlWeb/LinuxPlotorfhttp:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf.htmlWeb/LinuxORF Finder /gorf/gorf.html WebBestORF/all.htmWebGENSCAN/GENSCAN.htmlWeb/LinuxGeneMarkhttp:

28、/www.ebi.ac.uk/genemark/ /GeneMark/WebGene Finder/tools/genefinder/（Dr. Michael Zhang ）WebFGENESH/all.htmWeb/LinuxGlimmerM/tdb/glimmerm/glmr_form.html LinuxFgeneSB/ FgeneSV/all.htmWebGeneration /generation/WebGeneBuilder r.it/webgene/genebuilder.html WebFGENESH+ /+/all.htm Web/LinuxGenomeScan /genom

29、escan.html WebGeneWise http:/www.sanger.ac.uk/Software/Wise2/ WebGRAIL/grailexp/Web/Linux/WindowsBCM Gene Finder/seq-search/gene-search.htmlWeb基因開放閱讀框/基因結(jié)構(gòu)分析工具對基因組序列的讀碼框區(qū)域進行預測NNSplice/seq_tools/splice.htmlWeb Splice Viewr.it/webgene/wwwspliceview.htmlWeb NetGene2http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetGene

30、2/WebSPL/SPLM/RNASPL/FSPLICE/all.htmWebGeneSplicer/tdb/GeneSplicer/gene_spl.htmlWeb/LinuxMZEFSpliceProximalCheckhttp:/www.ebi.ac.uk/thanaraj/MZEF-SPC.htmlhttp:/corba.ebi.ac.uk/cgi-bin/sp/wrapper.cgiWebSplicePredictor/cgi-bin/sp.cgiWeb分析mRNA/cDNA的外顯子組成GeneSeqer/cgi-bin/gs.cgi Web/LinuxSpidey/spideyWe

31、bPROT_MAP/berry.phtml?topic=prot_map&group=programs&subgroup=xmapWeb Sim4http:/gamay.univ-perp.fr/analyse_seq/sim4/Web/LinuxBLAT/kent/src/unzipped/blat/LinuxBLAST/BLAST/ExecutablesWeb/Windows/LinuxFASTA/pub/fasta/win32_fasta/fasta34t21b5d.zipWeb/Windows/Linux核苷酸序列綜合分析軟件GeneBuilderr.it/webgene/genebu

32、ilder.htmlDNA Toolhttp:/www.crc.dk/dnatools/downloads/setup/dt6_setup.exeSEQtoolshttp:/www.seqtools.dk/DNAssist/dnassist20.zipGeneTool / DNAman/pc/framepc.htmlDNA Strider/downloads/dnastrider1_1_sit.bin pDRAW32/GCG/products/gcg/基因探索者/DNASTAR/Vector NTI Sequence assembly Sequence manipulation Homolog

33、y comparison Multiple alignmentGene structure analysis Primer/Oligo analysis Restriction analysis Codons analysis4.DNA序列翻譯 對ORF 進行翻譯，當然任何序列中的讀框內(nèi)部分（三聯(lián)）都可以用下面的方法進行翻譯。選定ORF，從GOODIES MENU 菜單中選擇翻譯（Translate）。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個新的未命名窗口中（如下圖）。它是使用標準的遺傳密碼翻譯的。Translate分子量等電點5. 密碼子使用偏嗜性分析20種氨基酸各有其特定的密碼子，許多氨基酸具有多個密碼

34、子，這種現(xiàn)象稱為簡并密碼。 對于存在于不同物種體內(nèi)的同一個蛋白質(zhì)，盡管它們氨基酸序列相同，但在基因水平上，核苷酸序列可能不一樣。 對密碼子使用的偏嗜性是物種的特征。對基因組中某些基因的密碼子偏嗜性進行統(tǒng)計分析，有可能揭示微生物基因組中通過水平轉(zhuǎn)移而獲得的基因。 導入基因（ORFs）序列Edit下拉菜單的select all選項選中全部堿基goodies下拉菜單的Translate DNA選中出結(jié)果6.序列的反向互補及反向轉(zhuǎn)換 下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。選定序列。從GOODIES MENU 菜單，選反向互補序列（Reverse Complement），或者把序列顛倒過來（Rev

35、erse Sequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補或翻轉(zhuǎn)過來了。原序列反向互補序列反向轉(zhuǎn)換序列7.序列的保存與輸出首先創(chuàng)建一個用于保存的序列。從文件菜單，選New中的New DNA，或者New Protein。將序列寫入出現(xiàn)的窗口。如果你輸入非法字符，計算機會發(fā)出警告。然后，我們將序列保存為EditSeq文件：從文件菜單，選Save。選定保存位置。給序列命名。單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：從文件菜單，選Export。選定保存位置。為sequence(s)選格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。以FASTA格式保存序列：從文件菜單，選Export（1個

36、序列），或者Export All As One（多個序列）。當使用Export All As One的時候，如果DNA和蛋白質(zhì)文件同時存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。選定保存位置。選FASTA格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。二、GeneQuest GeneQuest可以發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并幫助操作生物學所關(guān)心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點連接，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點、重復序列、限制性內(nèi)切酶酶切位點等。通過應(yīng)用 “methods” 到序列，序列的 feature 可以以圖形的形式展示出

37、來。你可以在序列上注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature 。Sequence Entry GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號或名稱，你可以直接打開序列。GeneQuest的DNA分析方法 打開 GeneQuest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)。在這一部分中，我們將學習如何把其它方法用于我們序列的分析。Title給文件取名。Ruler在文件

38、中加入標尺。Sequence顯示文件中的序列。Patterns-Matrix方法的運算參數(shù)。Patterns-Signal轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫。Patterns-Type-In Patterns使用鍵盤輸入運算所需的Pattern參數(shù)。Repeats-Inverted Repeats尋找反向重復序列。Repeats-Dyad Repeats尋找Dyad重復和palindromes。Repeats-Direct Repeats尋找正向重復序列。Gene Finding - DNA Finder在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義鏈和反義鏈的尋找結(jié)果。Gene Finding -

39、 Protein Finder在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為全部6個讀框。Enzymes-Restriction Map用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。Coding Prediction - Borodovsky用Borodovskys Markov方法來識別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。Coding Prediction - Starts Stops ORFs根據(jù)指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框的起始和中止點分別展示。Coding PredictionLocal Compositi

40、onal Complexity根據(jù)Shannon信息學原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。Base Contents-Base Distribution序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。Bent DNA - Bending IndexDNA折疊預測。1.用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從More Methods中選擇方法，加入方法簾（method curtain），待方法運行完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assay surface）即可（見下頁）。我們使用Bent DNA -Bending Index方法進行分析。從ANALYSIS

41、 MENU選擇Show Available Methods可以打開方法簾，也可以通過拖動分析界面左上角的小環(huán)打開方法簾。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。拖動小環(huán)下拉菜單你將注意到方法簾沒有Bent DNA - Bending Index method。在方法簾的頂端，點擊More Methods打開一個下拉菜單，其中有可以用于分析的所有方法，點擊Bent DNA - Bending Index method，該方法就進入了方法簾。若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用，點擊其右邊的三角形。如果圖標前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因為我們還沒有應(yīng)用Bent DNA - Bendi

42、ng Index，所以點擊三角形，會發(fā)現(xiàn)圖標前沒有數(shù)字。點擊白顏色的位置去除對圖標的選擇。單擊選定“Bend Region,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標。序列中可能會折疊的區(qū)域就會以小盒子的形式顯示出來。2.以RNA折疊形式查看序列的一部分選定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜單中選擇Fold as RNA命令。Fold as RNA附：tRNA基因檢索 tRNA有特殊的“三葉草”結(jié)構(gòu)特征，通常具有“四環(huán)”（二氫尿嘧啶核苷環(huán)即DHU環(huán)，反密碼子環(huán)，額外環(huán)及TC環(huán)），三柄（DHU柄，反密碼子柄，TC柄），兩臂（可變臂及氨基酸臂），且氨基酸臂的端均為“-C-C-A-OH”結(jié)構(gòu)。 有眾

43、多分析軟件可以完成，在法國Pasteur 實驗室網(wǎng)站（http:/bioweb.pasteur.fr/seqanal/），選擇Fast tRNA analysis method 可以完成這一工作。 利用DNAStar軟件中的GeneQuest還可進行tRNA的二級結(jié)構(gòu)折疊模擬。 輸入序列再附：tRNA基因檢索Lowe LabtRNAscan-SE Search ServerSearch for tRNA genes in genomic sequence網(wǎng)站：（/tRNAscan-SE/）輸入序列運行3.序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大小打開方法簾（method curtain）。從

44、More Methods中選擇Enzymes - Restriction Map 加入方法簾。單擊圖標左邊的藍色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打開酶一覽表時，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。拖入右側(cè)選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點在序列上的位置。從SITES & FEATURES MENU菜單選擇Agarose Gel Simulation。新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。ESS(始點)E(終點)單切點限制性內(nèi)切酶X將環(huán)狀基因組切成1個片段 單切點限制性內(nèi)切酶X將 線性基因

45、組切成2個片段 噬菌體線性基因組的確定限制性內(nèi)切酶 Aat酶切噬菌體基因組的電子與實際圖譜MPaP25100bp43783bpA38626bp5157bpB4.保存分析文件從文件菜單，選保存。選定文件的保存位置，給文件命名。單擊保存。你所應(yīng)用和展示的所有信息都會被保存。三、MapDraw根據(jù)實驗設(shè)計，分析和實驗結(jié)果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點的同時，還可以同時展示序列的feature ，六個讀框及其翻譯結(jié)果。 你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點。另外，你可以用手工選任何酶切位點的結(jié)合。酶切位點過濾器（fi

46、lters）也可以聯(lián)合使用。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點和克隆實驗，產(chǎn)生詳細，充分地結(jié)果概括。1.新酶切圖制作 我們以一段DNA序列Demo Sequences 文件夾下的“tethis21.seq”為例。首先我們尋找能夠切割其序列的酶切位點。從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。打開“Demo Sequences”文件夾。雙擊打開TETHIS21.seq（見下）。2.過濾器類型 過濾器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點的集合。在你自定義過濾器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。你可以用和或來組合過濾器。MapDraw內(nèi)置的過濾器如下：Overhang過濾器是根據(jù)一套你定義的

47、 Overhang準則歸類的酶切位點。這些準則包括3和5端突出，與別的酶切位點互補以及兼并的末端突出。在克隆試驗中，可以使用這個過濾器尋找互補末端。頻率（Frequency）過濾器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點。我們下面將使用這個過濾器型。種類和復雜性過濾器（Class & Complexity）是根據(jù)酶切位點種類歸類的酶切位點。這些種類包括：I型（隨機）或II型（明確），或者I型+II型。這過濾器也可以根據(jù)位點復雜性、價錢和來源進行歸類。手動選擇過濾器（Manual Pick）允許你按需要選定酶切位點。在隨后的一部分中，我們學習使用手動選擇過濾器的方法。3.頻率過濾器應(yīng)用 首先讓我們用頻率過濾器來刪除任何大于兩次切割我們序列的酶。從ENZYME MENU，選New Filter，然后Frequency打開參數(shù)對話框。在Min和Max對應(yīng)的框中輸入數(shù)字1和2，其他的參數(shù)不變。這個設(shè)定將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。在過濾器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。單擊Apply將過濾器用于序列分析然后OK退出參數(shù)對話框。你將注意到在圖上酶切位點的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。4.應(yīng)用手動過濾器 應(yīng)用手動過濾器,還可以挑