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文檔簡介
PAGEPAGE37Nanodrop2000/2000C分光光度計V1.0用戶手冊基因有限公司儀器應用技術支持親愛的用戶,您好!非常感謝您選購我公司代理的儀器。我們將竭誠為您提供優(yōu)質的售后服務及免費的專業(yè)應用培訓。為了更好地進行儀器的應用培訓,我們根據(jù)您所選購的儀器特點,將需要您配合準備的工作敬告如下:應用培訓內容:儀器操作培訓和軟件應用培訓。儀器操作培訓包括:儀器的操作、維護和儀器使用注意事項。軟件應用培訓包括:用戶本次所購買的同儀器配套的所有軟件的軟件應用培訓。培訓時間:儀器正式安裝調試后,由安裝工程師現(xiàn)場培訓儀器操作。應用培訓中所需準備的試劑、耗材和儀器均需由用戶提供,并在系統(tǒng)培訓開始前準備好。用戶簽收售后服務工作報告后,基因公司正式的系統(tǒng)培訓內容即完成。您以后在使用的過程中有任何疑問都可以向我們咨詢,我們非常樂意為您們解決應用上遇到的問題。在儀器的使用過程中,無論遇到您認為多么微小或繁瑣的問題,請您及時和我們聯(lián)系,一個及時的通知能節(jié)約您的時間,也能幫助我們更好的了解儀器和軟件。聯(lián)系我們時請您提供:儀器型號、軟件名稱,版本、錯誤代碼、實驗目的、操作系統(tǒng)(98/2k/xp/NT)、維修歷史等相關資料。本守則提的信息僅供參考,本守則包含的所有信息應該是正確和完整的。如果對本守則中的描述有疑問,請參考廠家的英文操作說明。如果由于您的不正當使用而對儀器造成損壞或者導致儀器的性能損傷,本公司將不會對此負責。
儀器介紹儀器描述ThermoScientificNanoDrop2000/2000C分光光度計可以檢測0.5-2ul的樣本,而且檢測是非常高的準確性和重復性。ND2000C分光光度計不僅提供了NanoDrop樣品保留專利技術的便利性,也可以使用傳統(tǒng)的比色皿來進行樣本檢測。樣本保留系統(tǒng)應用了表面張力來把樣本保留在兩根檢測光纖中間,這使得儀器可以檢測較高濃度的樣本而不用稀釋。應用這個技術,全波長(190-840nm)NanoDrop2000/2000C分光光度計檢測樣本的最高濃度是標準比色皿的200倍。儀器規(guī)格NanoDrop2000/2000C—基座模式儀器類型:分光光度計最小樣品量:0.5ul波長:1mm(可以自動調整到0.05mm)光源:氙閃爍燈檢測器類型:2048—象素線型硅CCD陣列波長范圍:190-840nm波長準確性:±1nm光譜分辨率:≤1.8nm(FWHM@Hg253.7nm)吸收光精確性:0.002吸光值(1mm光程)吸收光準確性:±2%(257nm波長下,0.76個吸光值)吸光值范圍:0.02—300(等同于10mm光程時)檢測極限:2ng/uldsDNA最大檢測濃度:15,000ng/ul(dsDNA)檢測時間:<5秒儀器占地面積;14cm×20cm重量:2kg樣本基座材料:303不銹鋼以及石英光纖工作電壓;12V工作功率:12-18W(最大30W)軟件兼容性;WindowsXP和Vista(32bit)NanoDrop2000C—比色皿模式光束高度:8.5mm加熱:37±0.5℃攪拌:150-850RPM光程:10,5,2,1mm檢測極限:0.4ng/uldsDNA最大檢測濃度:750ng/uldsDNA檢測時間:<3秒重量:2.1kg樣品保留基座檢測用移液器加1-2ul樣品到檢測基座上,對于高濃度的核酸和蛋白A280檢測,最少可以使用0.5ul的樣本。在基座上包埋一根光纖(接受光纖),把待檢測樣本加到檢測基座上,第二根光纖(光源光纖)放下來與液體樣本接觸,在兩根光纖末端形成液柱。由一個脈沖氙燈作為光源并且使用一個線性CCD陣列來檢測通過液體的光信號。儀器由一個裝由Nanodrop軟件的電腦控制,所有試驗數(shù)據(jù)都以workbook(*.twbk)文件形式保存在電腦中?;鶛z測需要的樣本量雖然基座檢測時樣本的量不是特別關鍵,但是必須保證兩根光纖之間形成完整的液柱,這樣才能保證兩根光纖之間形成樣本液橋。決定液滴表面張力的主要因素是溶液中水分子的氫鍵結合力。通常情況下,溶液中所有的溶質(包括:蛋白,DNA,RNA,鹽離子,去垢劑分子)都會降低表面張力,因為這些分子能夠和水分子的氫鍵產生作用。雖然一般情況下1ul的樣本就足可以檢測了,但對于那些表面張力比較小的樣本最好使用2ul樣本來檢測?,F(xiàn)場試驗的經驗表明下列樣本的用量足夠得到準確重復性高的檢測結果:核酸水溶液:1ul純蛋白:2ulBradford,BCA,Lowry或者蛋白Pierce660nm試驗:2ul微生物細胞懸浮液:2ul最好使用精確的移液器(0-2ul)和tip頭來取樣來保證取樣的準確。低精確度的移液器(0-10ul或者更大的)很難準確的加1ul樣本到檢測基座上。如果用戶對樣本的特征或者移液器精確性不太確認,最好使用2ul樣本來做檢測?;臼褂锰饦悠繁?,把樣品加到檢測基座上。放下樣品臂,使用電腦上的軟件開始吸光值檢測。在上下兩個光纖之間會自動拉出一個樣品柱,然后進行檢測。當檢測完成后,抬起樣品臂,并用干凈的無塵紙把上下基座上的樣品擦干凈。這樣擦拭樣品就可以避免樣品在基座上的殘留。比色皿檢測Nanodrop2000C可以檢測最高48mm的10mm光程的比色皿。當使用微量,半微量或者超微量的比色皿時,我們建議使用周邊不透明的比色皿,不透明的比色皿保證了光穿過樣本后全部到達檢測器。而透明的比色皿會讓那些沒有透過樣本的光也到達檢測器,這樣會導致檢測特別是低濃度樣品的檢測不準確。當檢測的波長為紫外區(qū)域時(<340nm),要使用石英白色皿,這樣才能透過紫外光。雖然有一些制造商提供紫外透過的一次性塑料比色皿,但是即使質量最好的塑料比色皿也不能讓低于220nm以下波長的紫外光透過,而大部分玻璃和塑料比色皿是完全紫外非透過性的。一般單光束的分光光度計都會推薦相配的比色皿,而許多比色皿生產廠家都有嚴格的質控來保證比色皿的性能而不用在換比色皿時需要校準,這些比色皿都可以用在Nanodrop2000C上。比色皿檢測樣品量在樣品檢測時必須保證比色皿中的樣品量足夠,能夠讓光線完整穿過樣品。2mm的光速從比色皿底部以上8.5mm的位置穿過,請參考比色皿生產廠家的建議來確定需要的樣品體積。比色皿檢測基本操作把樣品加到比色皿中,要保證加入的樣品量足夠,要蓋過光束。抬器樣品臂,把比色皿查入到儀器中,插入比色皿時要注意儀器上面的光路的指向的方向。在做比色皿檢測時樣品臂必須放下來。使用電腦上的軟件對儀器進行初始話。當檢測完成后,移出比色皿,倒出樣品,清洗干凈比色皿??瞻讓φ蘸臀展庥嬎惝擭anodrop2000/2000C分光光度計做好空白對照后,儀器會自動記錄空白參照液的光譜結果并保存起來作為波長的光強度參比值。當進行樣品檢測時,透過樣品的光強度將被記錄下來。樣品的透過光強度和空白對照的透過光強度按下列公式來計算樣品吸光值:這樣,可以通過樣本和空白對照的透過光強度來計算特定波長下的吸光值。通過Beer-Lamber定律來確定樣品濃度和吸光值之間的關系:
A=吸光值(A)ε=波長依賴的摩爾消光系數(shù)(單位L/mol*cm)b=光程(單位cm)c=樣品濃度(單位mol/L)參比溶液,或者空白溶液,通常是那些融解靶向分子的溶劑,這個溶劑要和樣品溶液具有相同的pH值和離子強度?;鶛z測空白循環(huán)我們建議把空白對照當成樣品來檢測,這樣可以確認儀器性能完好并且基座上沒有樣品殘留,按下列操作來運行空白循環(huán):軟件中打開將進行的操作模式,把空白對照加到基座上,并把樣品臂放下。點擊Blank來進行空白對照檢測并保存參比圖譜。重新加空白對照到基座上,把它當成樣品一樣來檢測,點擊Measure來進行檢測,結果應該是差不多為一水平線,吸光值變化應不超過0.04A(10mm光程)擦去上下基座上的液體,重生進行上面的操作,直到檢測光譜圖的變化不超過0.04A(10mm光程)。雖然不需要在每個樣品之間進行空白校準,但我們建議在檢測多個樣品時,最好每30min進行一次空白校準。30min后,最后一次做空白檢測的時間將顯示在軟件下面的狀態(tài)欄上。熒光染料在進行MicroArray和Protein&Labels檢測時,軟件使用Beer-Lambert定律來進行熒光染料計算。用戶可以使用Dye/Chrom來編寫新的新的染料。下表是軟件中保存的染料的參數(shù):
2.軟件電腦配置MicrosoftWindowsXP或者Vista(32bit)操作系統(tǒng)1.5GHz或者更高速的處理器CDROM光驅1GB或者更高的內存(Vista系統(tǒng)需要2GB)40MB硬盤空間具有USB端口(儀器通過USB與電腦連接)軟件安裝系統(tǒng)軟件必須在儀器連接到電腦上之前安裝好,安裝軟件時必須使用管理員用戶進入電腦。按下列步驟來正確的安裝軟件:關閉所有程序,并把USB線拔出。把軟件光盤插入到驅動器中,軟件的安裝menu會自動顯示,如果安裝不能自動開始,點擊Start并選擇Run。在Run對話框,輸入x:\Set-up,這里的“x”代表電腦的光驅,點擊OK.按照屏幕提示來進行操作來安裝軟件,然后連接USB線。如果出現(xiàn)“發(fā)現(xiàn)新硬件提示”,WindowsXPSP2操作系統(tǒng)將詢問是否需要通過Internet來尋找合適的軟件,選擇—No,notthistime,然后自動進行軟件安裝。這時NanoDrop2000/2000c分光光度計就可以使用了。如果軟件不能打開,參考“DiagnosticsandTroubleshooting”來尋找解決辦法??梢栽贜anoDrop公司的網站上及時下載軟件更新。Thermo軟件安裝資質Thermo軟件的安裝資質程序執(zhí)行NanoDrop2000/2000c軟件的安裝資質。安裝資質檢驗安裝的是否是正確的軟件,并可用來檢驗這些文件在安裝時是否被修改,刪除或者覆蓋。運行Thermo軟件安裝資質程序:選擇桌面Start打開Startmenu。選擇Allprograms>Thermo>ThermoSoftwareIQ。按照操作提示來認證您系統(tǒng)軟件的安裝。使用Help菜單進入ThermoIQUserGuidePDF.線連接在使用儀器進行樣品檢測前,需要使用USB連接線把儀器和電腦相連,把12V的電源線接到儀器背面的插口上,并連接電源。當儀器不使用時,電源不用拔下,當儀器處于“待命”狀態(tài)時,其功率為5W,這時閃爍氙燈處于關閉狀態(tài)。在儀器背面的電源線插口上面有一個LED燈指示儀器正連接上12V電源。注冊您的儀器請及時注冊您的儀器,我們會在網上升級軟件并且免費增加新的特性。我們會及時更新我們的用戶名單,這樣我們可以及時通知您這些軟件的更新。所有提供的信息都市完全可信的,請在網上注冊您的儀器。軟件特征NanoDrop2000/2000c軟件被分為左右兩塊,狀態(tài)欄和工作按鍵在左側,而右側顯示主菜單和數(shù)據(jù)窗口。在NanoDrop2000的用戶守則中有一個“附件”中包括一頁軟件特征總則。軟件左側部分任務欄任務欄選項包括以下幾個選項:Home-顯示特定用戶群所能夠操作的應用的主菜單,默認的用戶群為Classic。MyDate-管理數(shù)據(jù)的存檔和恢復。樣品數(shù)據(jù)保存在用戶指定的文件夾中,請參考“數(shù)據(jù)和帳戶管理”來查看詳細內容。Options-包括4個控制鍵,請參考“數(shù)據(jù)和帳戶管理”來查看詳細內容。任務工具欄選項可以打開特定的應用,包括:Measure(指定應用)-顯示最近選擇的應用。Reports-包括下列三個功能鍵:Report-顯示累積的樣品數(shù)據(jù)結果表格,并顯示選擇樣品的吸光圖譜。Configuration-選擇一個報告欄顯示,并選擇報告欄顯示的順序。Print-選擇需要打印的相關信息,設定打印頁面格式和報告中打印圖標的格式。OligoCalc(僅應用于核酸和MicroArray)-計算特定核酸分子的分子量,激發(fā)效率,濃度因子和熔點。請參考“核酸”和“MicroArray”中的“OligoCalc”來獲取詳細信息。Dye/Chrom.Editor(僅應用于MiroArray和Protein&Labels)-讓用戶進入并編寫新的染料參數(shù),參考MiroArray和Protein&Labels中的Dye/Chrom.Editor來獲取詳細信息。EditorOptions(方法編輯欄內)-微編輯方法設定可用的選擇。功能鍵當應用被打開時,下列的四個功能鍵被顯示在左側欄的頂部:Measure-開始進行樣品檢測,這個功能鍵在剛進入一個應用時是灰色的,當做好空白對照后才能使用。PrintScreen-在默認打印機上打印樣品的數(shù)據(jù)和相應的光譜圖。Blank-使用溶解樣品的緩沖液來做空白對照。在進行樣品檢測前必須先做空白對照。Re-Blank-使用溶解樣品的緩沖液來再做個空白對照。Re-Blank功能會對最近的一個樣品濃度重新計算,并在屏幕上顯示修正后的光譜圖。當選擇MethodEditor或者KineticEditor時,會顯示下列四個功能鍵:New-開始建立一個新的客戶定制型方法。Save-在當前選擇的組中保存編寫的方法。Measure-打開新編寫好的方法。Delete-刪除一個方法。左側欄的其他特征選擇主工具欄選擇File-主工具欄下拉菜單中包括下列選項:NewWorkbook-打開一個新的工作本,而當前使用的工作本將被保存并自動關閉。CloseWorkbookandgoHome-關閉當前的工作本并回到主頁面,當工作本被關閉時所有的數(shù)據(jù)都會自動保存。CloseAllWorkbookandgoHome-關閉所有工作本(所有運用和方法)并回到主頁面。PrintReport-在默認打印機上打印當前報告。Usecurrentsettingasdefault-當一個新的應用工作本被打開時,把當前的應用參數(shù)如:樣品類型,單位,基線校準波長和比色皿類型設定為默認。設定好后,當前報告格式也會被設定為默認。這個功能在每個應用和方法中設定特定用戶選擇時非常有用。E-mailcurrentworkbook-把當前的工作本粘貼到一個新的Email中。當要把這些數(shù)據(jù)發(fā)到NanoDrop殘破技術支持那里時,請使用MyDate任務欄來定位合適的自動保存文件。使用軟件打開文件并發(fā)送給技術支持。注意:雖然在打開自動保存的文件時所有報告內容不能顯示,但是所有內容可以被技術支持恢復。Help-在任何界面下都有可以運用[Ctrl]-m,[Ctrl]-h或者F1鍵來進入幫助文件。在幫助菜單下的上訴選項都市針對當前的軟件版本和儀器型號的。左欄儀器設定AddtoReport-顯示哪些樣品數(shù)據(jù)被添加到當前的報告中。雖然所有數(shù)據(jù)被備份到自動保存工作本中并可以以后恢復。在日常使用中最好把AddtoReport選擇上,這樣使數(shù)據(jù)恢復更容易。在樣品檢測前選擇添加到報告中來把結果保存到報告和工作本中。Overlayspectra-顯示獨個光譜圖,一個交叉指針被顯示并和最近檢測的樣品相關聯(lián)。當覆蓋光譜被選擇,點擊一個光譜來關聯(lián)交叉指針。覆蓋的樣品編號顯示在左側突變的頂部,最后一個檢測的樣品顯示在圖的最上面并被標記為紅色。在不同的圖譜上點擊可以把這個圖譜顯示為紅色。在進行新樣品檢測時,去選擇OverlaySpectra將清空所有光譜。Smallsamplevolume-(僅僅適用于核酸和蛋白A280運用)-當樣品在10mm光程的吸光值在3.0或者以上時,可以只使用0.5ul樣品進行檢測。UseCuvette(僅僅適用于NanoDrop2000c)-激活比色皿檢測,客戶使用比色皿檢測時可進行的選擇包括:Pathlengh-包括10,5,2,和1mmStirSpeed-速度設定范圍是1-10,默認設定為關閉。Heatto37℃-把比色皿槽加入到37±5℃。選擇上后,當前的溫度將被顯示在軟件屏幕的底部。加熱需要大約1-10min才能達到37℃。把樣品加熱到37℃需要的時間依賴于樣品溫度,在默認情況下,加熱模塊是關閉的。注意:如果更改一個不同的應用,加入模塊將被關閉。然而如果使用相同的運用但使用基座檢測,加熱模塊將繼續(xù)運行。右側欄右側欄包括下列主菜單:Groupdrop-downbox-選擇首選菜單顯示和相應的應用,默認的選擇是ClassicNanoDrop。Predefinedapplicationbuttons-額外的主菜單選擇。User-Definedlist-在用戶定義方法或者動力學前是空的,當客戶定義了方法或者動力學,定量方法左邊有一個量標簽,而動力學方法左邊有一個時鐘標簽。當一個應用被打開時,右邊欄顯示樣品的光譜圖以及相關運用的數(shù)據(jù)。在用戶守則文件圖標上部有基座檢測或者比色皿檢測的標簽。圖像顯示圖像面板顯示最新檢測的樣品光譜圖。當選擇了附件圖片的功能,就可以顯示多個樣品的數(shù)據(jù)結果。樣品名稱號顯示在左側欄的頂部。最近檢測的樣品顯示在結果欄的最上面,其光譜圖顯示為紅色。注意:點擊較早檢測的樣品名可以打開結果并讓其圖譜顯示為紅色。雖然樣品光譜圖顯示的數(shù)量沒有限度,軟件在全屏狀態(tài)下只能在左邊最多顯示28個樣品的名稱。當達到顯示最大數(shù)量時,樣品列表就會出現(xiàn)一個下拉框。光譜圖上的區(qū)域可以被放大,點擊鼠標左鍵,在想放大的區(qū)域拉一個框,然后再點擊一下框。要把放大的區(qū)域縮小回去,鼠標右擊顯示多選擇菜單:Autoscaleallsample-為高濃度樣品設定較高的Y-軸上限,為低濃度樣品設定較低的上限,來保證樣品吸收光圖譜完整顯示。FullDisplayallsamples-為所有樣品重新設定X和Y軸值來顯示全部光譜圖。SetScale-手動設定Y軸最大和最小值。Samplelabels(僅適用于UV-Vis)-為最近的樣品選擇一個特定的吸收光波長,顯示在光譜圖中。Samplelegend-確定是否要顯示樣品的名稱數(shù)據(jù)和帳戶管理我的數(shù)據(jù)樣品檢測的結果被記錄在工作薄中并保存在客戶指定的文件夾。通過左側欄我的數(shù)據(jù)任務欄來保存工作薄。使用查詢框來找到保存的感興趣的工作薄。當我的數(shù)據(jù)任務欄被選擇時在左邊欄有兩個有效的工具。選擇New打開一個新的工作薄在右側突出其應用。選擇Open打開選擇的工作薄并開始相關的應用。額外的檢測結果可以添加到打開的工作薄中。在新建和打開按鍵下有五個快速鏈接可以進入存檔的工作薄,然后顯示在右側欄中。雙擊一個工作薄打開文件,并可讓其他的檢測結果附加到工作薄中。注意:如果要把一個樣品的檢測結果加到一個工作薄中,在進行樣品檢測前必須把“添加到報告”鍵選上。Report報告是用戶定制型的顯示樣品結果的表格。一旦打開一個應用或者用戶方法,就可以看到報告任務欄,可以通過點擊任務欄來打開報告。當選擇了報告任務欄后,在右欄中顯示下列三個設定:Report-在一個打開的工作薄中顯示保存的樣品數(shù)據(jù)。在頁面底部的報告欄中可以顯示選擇的樣品光譜圖。如果沒有選擇樣品,則報告欄顯示表格中第一個樣品的光譜圖??梢酝ㄟ^選擇報告表格中的的多個樣品數(shù)據(jù)來顯示多個光譜圖。Configuration-選擇報告欄顯示的內容和順序。只有那些選擇的欄目的信息才會出現(xiàn)在導出的報告文件中。參考下列的導出報告內容獲取更多信息。Print-為報告添加標題和副標題。檢測的方法信息和光譜圖可以隨報告表格一起打印。注意:可以通過點擊應用或者檢測方法顯示圖下面的波浪圖標簽來顯示一個僅僅查看的報告文件。當選擇了報告任務欄,在左側欄的頂部可以顯示三個圖標:Preview-在打印報告前預覽報告。應用選擇工具欄或者打印圖標來顯示選擇的頁眉和頁腳信息。參考“DateandAccountManagement”中的“Options”來獲取詳細信息。Print-開始打印一個報告。把報告導出為.xml,.tsv,或者.tebk格式文件,特定的選項包括:Report,ExcelXMLSpreadsheet(*.xml)-把報告保存為可以使用Excel表格打開的文件。這個保存格式只能把報告保存為表格。在保存報告前必須配置報告顯示內容。Report,TabSeparatedValues(*.xml)-把報告保存為可以用記事本或者Excel文件打開的格式。這個保存格式只能把報告保存為表格。在保存報告前必須配置報告顯示內容。Spectrum,ExcelXMLSpreadsheet(*.xml)-保存選擇樣品的每個波長下的吸光值,可以在Excel表格中打開結果。如果選擇了多個樣品,則可以在Excel的多個工作表中保存每個波長下相應的吸光值。Spectrum,TabSeparatedValue(*.tsv)-保存選擇樣品的每個波長下的吸光值,可以在Excel表格或者記事本中打開結果。多個樣品的結果可以分別保存在一個工作欄中。Spectra,NewWorkbook(*.twbk)-把選擇的樣品數(shù)據(jù)保存為一個新的工作薄,可以在NanoDrop2000/2000c軟件中再打開。NDLegacy(*.tsv)-保存相應波長下的每個吸光值,并在報告中保存調整好的特定區(qū)域。這個功能可以在一個工作薄中保存多個樣品數(shù)據(jù)并可以使用記事本或者Excel打開。在導出前必須配置報告顯示內容。注意:Spectra,NewWorkbook(*.twbk)和NDLegacy(*.tsv)在動力學檢測時不能使用。如果電腦不能識別.xml文件為Excel,可以通過Excel打開這些文件。向以前的工作薄中添加數(shù)據(jù)如果在一個工作薄打開時關閉軟件,會出現(xiàn)一個信息為你是否想把數(shù)據(jù)添加到工作薄中,這樣下次打開這個應用時就可以顯示這些信息。通過我的數(shù)據(jù)工具欄來打開工作薄,這樣可以在軟件關閉前把數(shù)據(jù)添加到關閉的工作薄中。在做蛋白定量實驗時,建議在添加新結果到工作薄之前,按照操作說明建立一個標準曲線。重新處理在某些應用模式下,在左側欄的頂部有重新處理工具。這個工具可以基于不同的基線校準波長,濃度單位或者樣品類型對樣品重新進行濃度計算。這個功能不能用于重命名的樣品。重新處理欄可以在報告內容配置欄上選取。注意:重新處理的樣品數(shù)據(jù)將作為一個新的數(shù)據(jù)出現(xiàn)在當前報告中,重新處理數(shù)據(jù)不會備份倒自動保存的工作薄中。重命名一個樣品任何時間都可以在報告中修改樣品的名稱。注意:樣品名稱的修改不會反應到自動保存的文件中。自動保存文件除動力學檢測結果,其他所有結果都自動存檔為Autosavefile(*.twbk),存檔位置依賴于電腦的操作系統(tǒng)。Vista:C:\Users\Public\PublicDocuments\Thermo\Autosave\(SoftwareApplication)XP:C:\DocumentsandSettings\AllUsers\SharedDocuments\Thermo\NanoDrop2000\Autosave\(SoftwareApplication)自動保存文件包括了24小時內檢測的所有樣品數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)按應用和方法自動分類。自動保存文件并不是用戶可以修改的工作薄。由于數(shù)據(jù)可以附加到用戶定制型的工作薄中,用戶定制的工作薄通常和自動保存文件不匹配。如果需要恢復用戶定制的工作薄中沒有保存的數(shù)據(jù),使用NanoDrop2000/2000c軟件打開相關的自動保存文件,選擇感興趣的樣品,導出結果為Spectra,NewWorkbook(*.twbk),使用我的數(shù)據(jù)任務欄來查看新的工作薄。如果自動保存的工作薄已經打開,在新的檢測之前必須關閉工作薄。選項在選擇任務欄下有絲個工具欄:Application-添加新的用戶組和相關的應用方法設定。要添加一個新的組,輸入組名并點擊Add??梢园岩粋€或者多個應用拉到空白鍵中來定制組的顯示內容。有兩個方法可以顯示客戶定制方法而不是標準方法:把客戶定制的方法拉到一個特定的菜單按鍵中。把方法列表包括到一個主菜單選項中。當前的方法不會顯示在選項屏幕中,而回顯示在對應組的主頁中,由于文本框的大小限制,方法列表只能顯示最上面的9個菜單按鍵。使用Deletegroup按鍵可以刪除整個組,使用頁面底部的ClearAppButtons來重新設定應用鍵。ReportMasterPage-編寫打印報告的頁眉和頁腳的布局。使用這個功能,可以選擇頁眉是否包括單位名稱,Logo,日期或者時間。頁腳選項包括額外文本和頁碼。這些選項可以用來打印所有應用和用戶定制方法的報告。頁面設定按鍵可以顯示頁面大小和打印邊框的窗口。Preferences-確認這些設定是對特定的用戶可用還是對所有用戶可用。選擇SupportDymoLabelprinter來應用獨立的程序來打印報告。在這個標簽下,可以選擇快捷鍵,請參考下表的快捷鍵。在動力學方法中,Re-Blank功能鍵被Stop功能鍵所替代。Account-管理那些用戶或者用戶群有權限更改或者調整報告,定義默認設定和修改標準曲線。另外,覆蓋文件或者改變文件保存路徑也是由Account鍵控制。帳戶頁的左側顯示一系列控制類別的路徑。每個控制類別包括特定用戶或者用戶組的軟件特征夠可以進入??梢赃M入的類別包括:Allowaccessto:Options-讓用戶或者組能夠進入:應用,報告管理頁面,參數(shù)選擇和帳戶。Reports-能夠讓客戶或者組能夠在報告屏幕下可以進入配置標簽和再生鍵。Editor-讓用戶或組能夠刪除用戶編寫的方法,保存動力學方法。UseCurrentSettingsasdefault-把當前的應用參數(shù)設定衛(wèi)為默認值。Overwritefiles-在已存的工作薄名下保存一個新的工作薄。AllowaccesstoGroups:用戶可以進入,添加,刪除,修改組。要進入上面描述的特定的路徑:在左側突出顯示感興趣的特征,對每個小類的路徑都必須分別授權。使用Listnamesfrom和Organization的下拉菜單來選擇特定的用戶和組。點擊Add把用戶或者組移動到中間框中。只有那些在中間框中的名稱才能進入左邊欄的突出的軟件特征。在默認情況下,對于每個應用用戶組都要添加到允許的路徑中。下拉框和列表框:Listnamefrom-顯示可以從中選擇的區(qū)域列表。Organization-顯示選擇區(qū)域中的組織列表。(如果本地區(qū)域被選擇了,就不選擇這個列表了)Allowaccessto-授權給用戶或者組可以使用前面描述的軟件參數(shù)。要添加一個用戶或組到用戶或組列表中,在頁面底部的Selectorenteraname區(qū)域輸入一個有效的用戶名或組名,再點擊Add鍵。名稱必須包括區(qū)域名,如果一個名稱是有效的,就可以出現(xiàn)再授權列表中。如果如果命名無效,將會出現(xiàn)一個警告信息提示您。UserandGroups-一個選擇的區(qū)域中的有效的用戶列表。
3.應用總論使用NanoDrop2000/2000c分光光度計可以方便的使用微量樣品進行紫外-可見分光檢測。NanoDrop2000/2000c可以應用于如下檢測:不用稀釋可以檢測濃度小于15000ng/ul(dsDNA)的核酸濃度和純度普通的紫外-可見分光光度檢測純蛋白濃度檢測(A280)Microarray和Protein&Labels應用中的熒光染料基團檢測擴展的光譜檢測,定量應該標記蛋白,金屬蛋白BCA蛋白定量分析Bradford蛋白定量分析Lowry法蛋白定量分析Pierce660nm蛋白定量分析微生物細胞培養(yǎng)檢測動力學檢測用戶自己編輯檢測方法快速啟動雙擊軟件圖標,并在右欄中選擇感興趣的軟件應用。在進行檢測簽選擇Addtoreport來把樣品數(shù)據(jù)保存到一個工作薄中。使用合適的緩沖液來建立一個空白對照?;J剑喝?-2ul空白液加到底部基座上,放下檢測臂并點擊Bank。比色皿模式(僅僅2000c):選擇UseCuvette,按儀器上指示箭頭插入比色皿。檢測光束(2mm)位置在比色皿底部以上8.5mm,參考比色皿生產廠家的建議來確定需要液體體積。注意:使用比色皿檢測時,也需要把檢測臂放下。在使用基座檢測時,建議把比色皿拿出以保證基座臂能放到合適的位置。使用干凈無塵紙把基座上的空白液擦干凈,在合適的位置輸入樣品名稱,取1ul樣品進行檢測。注意:每次檢測的樣品都必須是剛加入的。檢測后:使用干凈的無塵紙擦掉上下基座上的樣品,即可用于下一個樣品檢測。當使用比色皿檢測時,拿出比色皿,在做下一個樣品前清洗干凈并涼干。雖然沒有必要在做每個樣品之前都做空白對照,但建議在做一種樣品檢測30min后做一次空白對照。30min后,最后一次做的空白對照的時間會顯示在底部狀態(tài)欄上。在NanoDrop2000的用戶指南的附件上有一個快速使用指南,其中有空白對照和樣品檢測的操作說明。建議把這個指南打印出來貼在儀器附近作為參考。注意:上面說的染料的檢測范圍只針對基座檢測。核酸總論使用NanoDrop2000/2000c可以很方便的檢測核酸的濃度和質量。要檢測核酸在主頁面上選擇NucleicAcid功能。核酸濃度計算使用Beer-Lambert定律來進行核酸濃度計算:C=核酸濃度,單位ng/mlA=AU的吸光值ε=消光系數(shù),單位ng-cm/mlb=光程,單位cm通常情況下核酸的消光系數(shù)為:雙鏈DNA:50ng-cm/ul單鏈DNA:33ng-cm/ulRNA:40ng-cm/ul當選擇基座模式,NanoDrop2000/2000c分光光度計使用1.0mm到0.05mm的短光程來進行檢測,這樣保證不用稀釋就可以檢測高濃度樣品。注意:報告中的吸光值可以象軟件屏中顯示的模式存檔。不論基座檢測還是比色皿檢測,核酸檢測的吸光值被一致化為1cm光程下的讀數(shù)值。NanoDrop2000/2000c分光光度計可以準確檢測≤15000ng/ul的雙鏈DNA而不用稀釋。對每個樣品,軟件會自動選擇最佳的檢測光程進行檢測。參考“MeasurementRanges”來獲得詳細信息。當檢測樣品的吸光值≥3.0時(1cm光程下),可以使用較少量的樣品進行檢測。獨特的屏幕顯示右側欄顯示核酸檢測特定的配置,左側的任務欄在“SoftwareOverview”中有詳細描述光譜圖中顯示的數(shù)據(jù)都是一致化為10mm光程下的讀數(shù)。光譜顯示的右欄包括以下內容:SampleID-輸入樣品名稱,在進行樣品檢測時應輸入樣品的名稱。Type-一個下列菜單來選擇檢測的核酸類型,選擇DNA-50做dsDNA檢測,RNA-40做RNA檢測,ssDNA-33做單鏈DNA檢測。其他選擇包括,DNA寡核苷酸核RNA寡核苷酸,需要輸入相應的吸光系數(shù)??梢暂斎氲奈庀禂?shù)范圍時15-150。Conc-通過260nm處的吸光值和消光系數(shù)計算得到的濃度值,濃度單位可以在后面的下拉框中選擇。參考“NucleicAcidCalculations”中的詳細信息。A260-顯示10mm光程下的260nm處的吸光值。A280-顯示10mm光程下的280nm處的吸光值。260/280-260nm和280nm處的吸光值的比值,這個值用來判定DNA和RNA的純度。純DNA的比值在1.8左右,純RNA的比值在2.0左右。如果這個比值偏小,表明有蛋白,苯酚或者其他污染物存在,這些物質在280nm處有明顯的光吸收。260/230-260nm和230nm處的吸光值的比值,這是一個次要的核酸濃度指示值。純核酸的這個比值比260/280比值大,一般在1.8-2.2之間,如果比值偏低,表示核酸中有污染物。Baselinecorrection-如果選擇了基線校準,默認的校準波長為340nm。用戶可以根據(jù)試驗需要輸入不同的校準波長。在任何試驗下,基線都是自動設定為選擇波長下的吸光值。所有波長下的讀數(shù)都要減去這個值。注意:如果不選擇基線校準,光譜值將會產生偏移,計算的濃度也會改變。核酸濃度檢測在主菜單中選擇核酸模式,如果顯示波長校準窗口,放下基座臂點擊OK。選擇檢測的樣品類型,默認的設定為DNA-50。選擇濃度單位,默認的為ng/ul。默認的校準波長為340nm,重新選擇一個校準波長或者去選擇Baseline來不選擇校準波長。選擇AddtoReport自動把檢測結果添加到當前報告中去,默認設置是把每個樣品都添加到報告中。要把樣品數(shù)據(jù)保存到工作薄中,在檢測前必須選上Addtoreport。選擇Overlayspectra可以在同一時間顯示多個光譜。使用合適的液體建立空白對照,空白對照液體是溶解目標分子的液體??瞻讓φ找后w的pH值和離子濃度應和檢測樣品一樣?;J剑喝?-2ul空白對照加到基座上,放下檢測臂,點擊Blank鍵。比色皿模式(僅ND2000c):插入比色皿時注意儀器上箭頭指示方向。光束(2mm寬)位置再比色皿底部以上8.5nm的位置,請按照比色皿生產廠家的建議加入液體。注意:對于所有模式檢測,檢測臂都必須放下。在做基座檢測前,要把比色皿拿出來了,這樣可以保證檢測臂放到正確的位置。在指定的位置輸入樣品名稱,按上面檢測空白對照的操作進行樣品檢測。注意:每次檢測的樣品都必須是新加的。檢測后使用干凈的無塵紙擦干凈上下基座,這樣儀器就可以進行下一個樣品檢測了。當使用比色皿時,取出比色皿,徹底清洗比色皿并晾干。OligoCalcOligoCalc用來計算特定核酸序列的分子量,消光系數(shù),濃度因子和溶點。選擇這個任務欄將顯示兩個鍵:OligoCalc-用來輸入感興趣的序列,并選擇合適的樣品類型。MeltingPoint-顯示DNA序列熔點的結算結果。這個功能鍵僅在DNA序列檢測時出現(xiàn)。要使用OligoCalc:使用如下方法來輸入一個堿基序列:使用堿基序列顯示框下的按鍵。鍵盤(僅僅能使用A,C,G,T,和U來輸入堿基)復制和粘貼一個序列到顯示框(僅僅能使用A,C,G,T,和U來輸入堿基)清除堿基序列框中的序列,點擊序列框右側的Clear鍵,單個可以手動來刪除。選擇磷酸化程度,可以選擇:DNA單磷酸化,RNA單磷酸化和三磷酸化。如果需要可以選擇雙鏈,互補的雙鏈序列能夠包括在計算中。在下拉框中,選擇檢測的核酸類型,默認的為DNA。如果要添加序列選擇Modification并輸入相關的分子量。OligoCalc分析結果區(qū)域包括:分子量-顯示堿基序列計算得到的分子量。消光系數(shù)-顯示260nm波長依賴的消光系數(shù),單位是ng-cm/ml。濃度因子-基于消光系數(shù)的常數(shù),用來計算堿基序列的濃度。堿基數(shù)-顯示輸入多少個堿基。%GC-顯示序列中的G/C含量。要計算DNA序列的熔點:按上面說明輸入序列,如果序列已經輸入到OligoCalcTab中,序列框中將自動計算序列的熔點。按下列說明在框中輸入合適的數(shù)值:OligoMolarity-輸入樣品序列的摩爾濃度,默認的值為10um,但是可以根據(jù)不同的樣品更改。CationMolarity-輸入樣品的陽離子濃度,默認的值為50um,但是可以根據(jù)不同的樣品更改。%Formamide-輸入樣品中的氨基濃度,默認值為0,但是可以根據(jù)不同的樣品更改。熔點分析結果區(qū)域包括:SaltAdjusted-計算序列的熔點,不考慮鹽對相鄰堿基的相互作用影響。NearestNeighbor-計算序列的熔點,考慮鹽對相鄰堿基的相互作用影響。微陣列總論通過這個功能可以篩選有效的熒光標記雜交探針用于芯片試驗,這樣避免潛在的不好的探針,可以提高試驗效率。NanoDrop2000/2000c可以檢測熒光染料的吸收光強度,最低可以檢測0.2pmol/ul的熒光染料。軟件可以自動應用相應的波長檢測樣品的吸光值。檢測濃度范圍NanoDrop2000/2000c可以準確檢測熒光染料標記的核酸濃度達:100pmol/ul的Cy3以及750ng/ul的DNA。染料/發(fā)色團編輯用戶可以在NanoDrop2000/2000c軟件中選擇預設好的染料,也可以使用染料/發(fā)色團編輯功能來添加新的染料。要添加一個新的染料,選擇Show欄(第一列),這將激活手動輸入的區(qū)域,參照染料制造廠家的說明來填寫合適的校準參數(shù)。當合適的染料被選擇了,260nm的校準將被自動應用到核酸濃度計算中。當所有參數(shù)填寫好后,保存這些信息。要刪除一個用戶自定義的染料,點擊左側(+)鍵旁邊的灰色框選擇要刪除的染料,然后點擊鍵盤上的Delete鍵或者使用鼠標右鍵來刪除。預編輯好的那些熒光染料,在編制欄是被鎖定的,不能被刪除。默認的設定是染料1是Cy3,染料2是Cy5。獨特的屏幕顯示右側欄顯示MicroArray應用獨特的功能鍵,左側任務欄上的功能鍵參考“SoftwareOverview”的描述。光譜顯示了當前樣本在1nm光程下的數(shù)據(jù),光程信息顯示在Y軸。右側的光譜顯示欄包括下列部分:SampleID-輸入樣品名稱的區(qū)域。應在樣品檢測前輸入樣品名稱。Type-用戶可以在下拉菜單中選擇檢測的核酸類型。選項包括:DNA-50用于檢測DNA,RNA-40用于檢測RNA,ssDNA-33用于檢測單鏈DNA,其他選項還有OligoDNA和OligoRNA,可以根據(jù)不同的序列使用合適的消光系數(shù)。Custom選項可以輸入消光系數(shù)的范圍是15-150。Conc-使用特定的消光系數(shù)和260nm波長下的吸光值來計算濃度。濃度單位可以在下拉框中選擇。使用Beer定律來計算核酸濃度,可以參考“NucleicAcidCalculations”。A260-顯示校準到10mm光程下的260nm波長下的吸光值。注意:顯示的A260值并不同于樣品在260nm下的吸光值(以750nm波長為參比波長)。A260值在計算核酸濃度時考慮到染料對吸光值的影響,采用染料校準因子對檢測結果進行了校準,吸光值校準采用選擇的校準波長和750nm基線。從而顯示的A260值和用來計算的核酸濃度的吸光值不一樣。260/280-260和280nm吸光值的比值。這個比值用來判定DNA和RNA的純度。對于DNA來說比值為1.8時認為是純的DNA,對于RNA來說比值為2.0時認為是純的RNA。如果比值偏低,表明核酸中存在蛋白,酚或其他在280nm處有吸光的雜質。Dye1(2):選擇染料,默認的選擇是:染料1(Cy3),染料2(Cy5)。Abs-每個染料在1mm光程下的吸光值。pmol/ul-基于每個熒光染料的消光系數(shù)計算出來的濃度,可以在下拉框中選擇濃度單位。Analysiscorrection-在計算濃度前,減去參比波長下的吸光值。這僅僅影響報告的核酸濃度,默認的參比波長為340nm。注意:對所有可見光檢測,軟件的校準波長為750nm,并自動以400nm和750nm吸光值為基線進行染料濃度計算。進行微陣列檢測在主菜單中選擇MicroArray功能,如果顯示了波長確認窗口,確保檢測臂放下,并點擊OK。選擇檢測樣品的類型,默認的設定為ssDNA-33。在下列框中選擇濃度單位,默認的單位是ng/ul.使用染料1或者染料2后面的下拉框來選擇染料,默認的染料設定:染料1(Cy3),染料2(Cy5),如果僅標記了一個染料,在染料2類型上選擇None。默認以340nm的吸光值為核酸校準值。通過取消選擇Analysiscorrection框來選擇或者不選擇參比波長校準。在文件下拉條中選擇Usecurrentsettingsasdefault,這是一個便捷的方法來限定每個心工作薄的設定時間。選擇Addtoreport來自動把當前檢測的結果添加到報告中去。默認的設定是把所有的報告添加到報告中。為了把一個檢測結果保存到工作薄中,必須在檢測前把Addtoreport選擇上。選擇Overlayspectra來同時顯示多個光譜圖。使用合適的buffer來檢測空白對照:基座模式:取1-2ul空白溶液加到基座上,放下檢測臂并點擊Blank。比色皿模式(僅2000c):按照比色皿生產廠家的建議加入適量的空白溶液,按照儀器上標記的光路放心,插入比色皿。注意:用任何模式檢測時檢測臂都必須放下,在用基座檢測時,建議把比色皿從儀器上取出,以保證檢測臂放到合適的位置。輸入樣品名稱,按做空白一樣加入樣品點擊Measure開始檢測。注意:每次檢測的樣品必須是新鮮加入的!檢測以后:用干凈的無塵紙擦拭干凈上下基座,這樣儀器就可以進行下一個樣品的檢測了。當使用比色皿模式時,取出比色皿,徹底清洗干凈然后再進行下一個樣品檢測。OligoCalcOligoCalc軟件功能可以用來計算特定核酸序列的分子量,消光系數(shù),濃度因子和熔點。選擇這個任務欄:OligoCalc-用來輸入感興趣的序列并選擇合適的樣品類型。MeltingPoint-顯示了DNA鏈計算的熔點,這個功能只有在DNA序列上有效。要使用OligoCalc:使用下列的方法來輸入堿基序列:堿基序列顯示框下面的按鍵。鍵盤(僅使用A,C,G,T和U來輸入序列)復制和粘貼序列。要清楚堿基序列,點擊顯示框右邊的Clear鍵。單個堿基可以使用手動來刪除。選擇磷酸化程度,可以選擇:單磷酸化(DNA),單,雙或者三磷酸化(RNA).可以選擇雙鏈,在計算時可以自動包含其互補的鏈序列。在下列菜單中,選擇分析的核酸類型,默認的為DNA。對于額外的堿基序列,選擇Modification并輸入分子量。OligoCalc試驗結果區(qū)域包括:分子量-顯示計算的堿基序列的分子量。消光系數(shù)-顯示260nm處的消光系數(shù),單位ng-cm/ul。濃度因子-恒數(shù),基于消光系數(shù)來計算檢測序列的濃度。堿基數(shù)-顯示輸入了多少個堿基。%GC-顯示序列的GC含量。要計算DNA序列的熔點:按上面描述的方法輸入序列。注意:如果一個堿基序列已經輸入到OligoCalc中,熔點框的堿基序列框將自動輸入那個序列。在每個框中輸入合適的的數(shù)據(jù):OligoMolarity-輸入樣品的摩爾濃度,默認的值為10uM,可以針對樣品更改為更合適的數(shù)據(jù)。CationMolarity-輸入樣品的陽離子濃度,默認的值為50mM,可以針對樣品更改為更合適的數(shù)據(jù)。%Formamide-輸入樣品中的甲酰氨濃度,默認的值為0,可以針對樣品更改為更合適的數(shù)據(jù)。熔點分析結果包括:Salt-Adjusted-計算序列的熔點而不考慮相鄰堿基序列的干擾。Nearest-Neighbor-顯示序列的熔點同時考慮相鄰堿基序列的干擾。UV-VIS總論UV-VIS功能使NanoDrop2000/2000c可以想普通的紫外-可見分光光度計一樣行使功能。可以顯示從190到840nm的樣品的吸光值。最多可以同時指定檢測40個波長下的吸光值并把數(shù)據(jù)顯示在報告中。檢測濃度范圍在使用自動光程模式下,NanoDrop2000/2000c能夠檢測相當于10mm光程下300A的吸光值。獨特的屏幕特征右側欄顯示UV-VIS獨有的特征,左側任務欄的說明參見“SoftwareOverview”。光譜圖顯示了當前樣品校準到1mm光程下的吸光值,光程信息顯示在Y軸上。光譜圖的右側,包括下列內容:SampleID-輸入樣品名稱區(qū)域,在檢測樣品前應輸入樣品名稱。AutoPathlendth-在檢測高濃度樣品時自動調整合適的光程。如果選擇了這個功能,在220nm到840nm間任何波長下的吸光值為1.25左右時,檢測使用短的光程。對于波長在190nm到219nm范圍內,1mm光程下的吸光值為1.0左右時改為短光程檢測。短光程對于高濃度樣品檢測是非常有用的。雖然這個功能對其他應用是自動進行的,在UV-VIS功能下,用戶可以選擇自動光程功能或者限定基座檢測光程為1mm。在其他情況下,吸光值數(shù)據(jù)將顯示為1mm光程下的數(shù)據(jù)?;€校準-自動設定基線,樣品檢測的數(shù)據(jù)以基線的數(shù)據(jù)為參考。默認的波長為750nm,如果不使用基線校準,光譜可能會發(fā)生基線偏移。添加波長-在版面上添加指示波長和指示吸光值。當一個樣品被檢測,把鼠標十字號指示移動到感興趣的波長并點擊添加波長,或者可以在選擇區(qū)域輸入波長即可。ClearWavelengh-清除波長界面上的一個輸入。ClearAll-清除波長界面上的所有輸入。在其他應用中,在圖譜顯示狂中右擊鼠標可以產生一個多選擇的菜單框。在UV-VIS中,可以選擇開啟/關閉一個額外的樣品標簽。樣品標簽選擇可以顯示或者隱藏每個選擇波長下的吸光值。右擊一個標簽可以編輯,改變顏色和字體,旋轉和刪除。進行UV-VIS檢測在主菜單中選擇UV-VIS功能,如果出現(xiàn)波長確認窗口,確保檢測臂放下,并點擊OK。默認用750nm對重鎘酸鹽進行標準化。可以選擇其他參考波長或者通過去選擇Baselinecorrection來不選擇光譜校準。在nm-Addwavelength(s)框重可以最多向屏幕中添加40個波長。選擇第一排,輸入波長并點擊Enter。下一行就可以變亮,這樣就可以添加額外的波長。另外,還可以通過在感興趣波長的位置上點擊鼠標右鍵并選擇AddWavelength來添加。還可以選擇刪除一個或者多個波長。在下拉選擇中選擇Usecurrentsettingasdefault,這樣可以方便每個工作薄的設定時間。選擇Addtoreport來把所有檢測結果包括到當前的報告中。默認的設定是把所有樣品都添加到報告中,要把樣品數(shù)據(jù)保存到工作薄中,必須要在檢測前把Addtoreport檢測框選上。選擇Overlayspectra在同時選擇多個光譜圖。使用合適的緩沖液建立一個空白對照?;J剑喝?-2ul空白溶液加到基座上,放下檢測臂并點擊Blank。比色皿模式(僅2000c):按照比色皿生產廠家的建議加入適量的空白溶液,按照儀器上標記的光路放心,插入比色皿。注意:用任何模式檢測時檢測臂都必須放下,在用基座檢測時,建議把比色皿從儀器上取出,以保證檢測臂放到合適的位置。輸入樣品名稱,按做空白一樣加入樣品點擊Measure開始檢測。注意:每次檢測的樣品必須是新鮮加入的!檢測完成以后:用干凈的無塵紙擦拭干凈上下基座,這樣儀器就可以進行下一個樣品的檢測了。當使用比色皿模式時,取出比色皿,徹底清洗干凈然后再進行下一個樣品檢測。ProteinA280總論蛋白和核酸不一樣,具有很強的多樣性。ProteinA280功能應用于檢測那些含有Trp,Tyr殘基或者含有Cys-Cys二硫鍵的純蛋白,這些蛋白在280nm出有明顯吸光值。這個方法不需要構建標準曲線而是檢測吸光值后軟件直接計算蛋白濃度。而象BCA,Pierce660nm,Bradford和Lowry這些檢測顏色的方法通常用來檢測那些消光系數(shù)不確定的樣品或者細胞裂解液。如果你經常使用顏色檢測法來定量蛋白,建議使用軟件中預編輯好的程序。ProteinA280顯示紫外吸收光譜,檢測280nm處的吸光值后計算濃度(mg/ml)。和核酸檢測一樣,ProteinA280記錄顯示的是10mm光程下的數(shù)據(jù)。檢測濃度范圍NanoDrop2000/2000c在基座模式下可以最多檢測400mg/ml的BSA而不用稀釋。軟件可以自動使用選擇光程來檢測每個樣品的吸光值。在樣品的10mm吸光值>3.0(>4.5mg/mlBSA)時可以選擇Smallsamplevolume。檢測需要的樣品量雖然檢測的樣品量不是很關鍵,但在使用基座檢測時要確保形成液柱,這樣在上下基座之間形成樣品橋。決定液體表面張力的主要因素時溶液中水分子之間的氫鍵。通常情況下,水中的物質,如:蛋白,鹽離子,去污劑等都會通過破壞水分子之間的氫鍵來減小表面張力。雖然對于大部分樣品來說,1ul的量就足夠用于檢測了,我們建議在做蛋白檢測時由于表面張力下降做好使用2ul的樣品來檢測以保證形成液柱。在使用比色皿檢測時,要確保液面的高度高于光線通過比色皿的高度,參考比色皿生產廠家的說明來確定需要的液體量?;偕鷰в斜砻婊钚詣┑娜芤夯蛘咴噭茐臋z測基座上液柱的形成。在這種情況下,使用Nanodrop基座再生復合物來快速再說基座表面。關于PR-1的其他信息請參考網頁。獨特的屏幕顯示右側顯示欄是蛋白A280檢測的欄目,左側部門這里沒有說明,請參考“軟件總論”。光譜圖顯示的數(shù)據(jù)是樣品標準化到10mm光程下的結果。在光譜圖右側包括下列內容:SampleID-輸入樣品名稱的位置,應在檢測前輸入樣品名稱。Type-六個預設樣品可供選擇來進行蛋白分析和濃度計算??梢栽赥ype旁邊的下拉框中進行這些選擇。默認的是1Abs=1mg/ml。1mg/ml蛋白在280nm處的吸光值為1A。小牛血清白蛋白參照,蛋白濃度計算的質量消光系數(shù)是:10mg/ml的蛋白在280nm處的質量消光系數(shù)為6.7。IgG參考,蛋白濃度計算的質量消光系數(shù)是:10mg/ml的蛋白在280nm處的質量消光系數(shù)為13.7。溶菌酶參考,蛋白濃度計算的質量消光系數(shù)是:10mg/ml的蛋白在280nm處的質量消光系數(shù)為26.4。用戶可以自己輸入摩爾消光系數(shù)和分子量(KD),作為檢測蛋白的參考用戶可以自己輸入質量消光系數(shù),作為10mg/ml蛋白的參考。Ext.Coeff,E1%L/gm-cm-當選擇OtherProtein(E1%)會出現(xiàn)這個項目,在檢測前應輸入合適的消光系數(shù)。Conc-根據(jù)蛋白在280nm處的吸光值和選擇的消光系數(shù)計算出來的濃度值。濃度單位可以從旁邊的下拉框中選擇。默認的單位是mg/ml。A280(10mm光程)-蛋白在280nm處的吸光值。顯示的數(shù)據(jù)被標準化到10mm光程。260/280-260nm和280nm處吸光值的比值。Baselinecorrection-如果選擇了這個功能,默認的重鎘酸鹽校準波長為340nm,用戶可以自己手動隨便輸入重鎘酸鹽的校準波長。每次檢測時,都會自動把選擇波長處的吸光值作為檢測的基線。所有波長下的吸光值都會減去這個基線值。如果不選擇基線校準這個功能,光譜的基線會發(fā)生偏移,計算的蛋白濃度值會比真實值偏高。進行蛋白A280檢測從主菜單中選擇ProteinA280,如果波長確認窗口打開,確保檢測臂放下并點擊OK。從樣品下拉框中選擇檢測樣品的類型,默認的設定為1Abs=1mg/ml。選擇濃度單位,默認的單位是mg/ml。默認的重鎘酸鹽校準波長為340nm,可以選擇其他的校準波長,或者去選擇Baselinecorrection來不做光譜校準。選擇文件下拉選擇中的Usecurrentsettingsasdefault來節(jié)約每個新的工作薄的設定時間。選擇Addtoreport來自動把所有檢測結果添加到當前報告中。默認的設定是把所有樣本添加到報告。在進行樣品檢測前必須把Addtoreport框選上才能把樣品結果數(shù)據(jù)保存到工作薄中。選擇Overlayspectra來同時顯示多個光譜圖。使用合適的緩沖液做空白對照?;J剑喝?-2ul空白溶液加到基座上,放下檢測臂并點擊Blank。比色皿模式(僅2000c):按照比色皿生產廠家的建議加入適量的空白溶液,按照儀器上標記的光路放心,插入比色皿。注意:用任何模式檢測時檢測臂都必須放下,在用基座檢測時,建議把比色皿從儀器上取出,以保證檢測臂放到合適的位置。輸入樣品名稱,按做空白一樣加入樣品點擊Measure開始檢測。注意:每次檢測的樣品必須是新鮮加入的!檢測完成以后:用干凈的無塵紙擦拭干凈上下基座,這樣儀器就可以進行下一個樣品的檢測了。當使用比色皿模式時,取出比色皿,徹底清洗干凈然后再進行下一個樣品檢測。Protein&Labels總論Protein&Labels可以用來檢測蛋白的濃度(A280nm)和熒光染料的濃度(蛋白芯片標記物)。它還可通過吸光值的比值來檢測金屬蛋白(如血色素)的純度。檢測濃度范圍Nanodrop2000/2000c能夠準確檢測100pmol/ul的熒光染料和20mg/ml的蛋白(BSA)而不用稀釋。檢測需要的樣品量雖然檢測的樣品量不是很關鍵,但在使用基座檢測時要確保形成液柱,這樣在上下基座之間形成樣品橋。決定液體表面張力的主要因素時溶液中水分子之間的氫鍵。通常情況下,水中的物質,如:蛋白,鹽離子,去污劑等都會通過破壞水分子之間的氫鍵來減小表面張力。雖然對于大部分樣品來說,1ul的量就足夠用于檢測了,我們建議在做蛋白檢測時由于表面張力下降做好使用2ul的樣品來檢測以保證形成液柱。在使用比色皿檢測時,要確保液面的高度高于光線通過比色皿的高度,參考比色皿生產廠家的說明來確定需要的液體量。基座再生帶有表面活性劑的溶液或者試劑會破壞檢測基座上液柱的形成。在這種情況下,使用Nanodrop基座再生復合物來快速再說基座表面。關于PR-1的其他信息請參考網頁。染料/熒光基團編輯NanoDrop2000/2000c軟件既可以讓用戶選擇設定好的染料也可以使用DyeChromophoreEditor來編寫輸入新的染料。要輸入一個新的染料,選擇顯示欄框(最后一列),這就可以激活輸入信息的區(qū)域了,參考染料生產廠家的說明來輸入合適的校準因子。280nm的校準參數(shù)將會自動應用到蛋白濃度計算。當輸入好后,這些信息就被保存了。要刪除一個用戶定義的染料,選擇這個染料,直接點擊鍵盤上的刪除鍵來刪除,或者右擊鼠標選擇刪除。預先編寫好的染料在編輯器中被鎖定的,是不能編輯和刪除的。默認的設定是Dye1為Cy3,Dye2為Cy5。獨特的屏幕特征右側的顯示是Protein&Labels特有的。左側的任務欄在“SoftwareOverview”中有詳細描述。光譜圖顯示當前樣品校準到10mm光程下的吸光值。光譜顯示右側包括下拉參數(shù)“SampleID-輸入樣品名稱的位置,應在檢測前輸入樣品名稱。Type-六個預設樣品可供選擇來進行蛋白分析和濃度計算??梢栽赥ype旁邊的下拉框中進行這些選擇。默認的是1Abs=1mg/ml。Ext.Coeff,E1%L/gm-cm-當選擇OtherProtein(E1%)會出現(xiàn)這個項目,在檢測前應輸入合適的消光系數(shù)。ε/1000andM.W.(KDa)-當Otherprotein(E&MW)被選擇時可以顯示,在檢測前應輸入合適的參數(shù)。Conc-根據(jù)蛋白在280nm處的吸光值和選擇的消光系數(shù)計算出來的濃度值。濃度單位可以從旁邊的下拉框中選擇。默認的單位是mg/ml。Dye1(2):選擇染料,默認的選擇是:染料1(Cy3),染料2(Cy5)。Abs-每個染料在1mm光程下的吸光值。uM-基于每個熒光染料的消光系數(shù)計算出來的濃度,可以在下拉框中選擇濃度單位。A280(10mm光程)-蛋白在280nm處的吸光值。顯示的數(shù)據(jù)被標準化到10mm光程。注意:顯示的A280值并不同于樣品在280nm下的吸光值(以750nm波長為參比波長)。A280值在計算蛋白濃度時考慮到染料對吸光值的影響,采用染料校準因子對檢測結果進行了校準,吸光值校準采用選擇的校準波長和750nm基線。從而顯示的A280值和用來計算的蛋白濃度的吸光值不一樣。Analysiscorrection-在進行濃度計算之前,分析波長下的吸光值要減去校準波長下的吸光值。這僅僅影響報告中的蛋白濃度。SlopingDyeCorrection-選擇這項時,染料檢測波長下的吸光值要減去400nm到750nm校準波長下的吸光值。這僅僅影響報告的染料的吸收峰和濃度。進行Protein&Labels檢測從主菜單中選擇Protein&Labels,如果波長確認窗口打開,確保檢測臂放下并點擊OK。從樣品下拉框中選擇檢測樣品的類型,默認的設定為1Abs=1mg/ml。選擇濃度單位,默認的單位是mg/ml。使用下拉菜單來選擇染料,默認的染料1為Cy3,染料2為Cy5。如果蛋白僅標記一種染料,染料2選擇為None。默認的重鎘酸鹽校準波長為340nm,可以選擇其他的校準波長,或者去選擇Baselinecorrection來不做光譜校準。選擇文件下拉選擇中的Usecurrentsettingsasdefault來節(jié)約每個新的工作薄的設定時間。選擇Addtoreport來自動把所有檢測結果添加到當前報告中。默認的設定是把所有樣本添加到報告。在進行樣品檢測前必須把Addtoreport框選上才能把樣品結果數(shù)據(jù)保存到工作薄中。選擇Overlayspectra來同時顯示多個光譜圖。使用合適的緩沖液做空白對照。基座模式:取1-2ul空白溶液加到基座上,放下檢測臂并點擊Blank。比色皿模式(僅2000c):按照比色皿生產廠家的建議加入適量的空白溶液,按照儀器上標記的光路放心,插入比色皿。注意:用任何模式檢測時檢測臂都必須放下,在用基座檢測時,建議把比色皿從儀器上取出,以保證檢測臂放到合適的位置。輸入樣品名稱,按做空白一樣加入樣品點擊Measure開始檢測。注意:每次檢測的樣品必須是新鮮加入的!檢測完成以后:用干凈的無塵紙擦拭干凈上下基座,這樣儀器就可以進行下一個樣品的檢測了。當使用比色皿模式時,取出比色皿,徹底清洗干凈然后再進行下一個樣品檢測。
ProteinBCA總論BCA是一種通過比色來檢測非純蛋白的濃度的方法,它通常用于稀釋的蛋白濃度檢測以及那些含有在紫外區(qū)域有光吸收的雜質的蛋白的濃度檢測。不象ProteinA280,BCA法需要在蛋白定量前構建一個標準曲線。BCA法是檢測Cu+1離子的方法,在堿性環(huán)境下,Cu+2離子會被蛋白還原為Cu+1離子。兩個聯(lián)喹啉二羧酸BCA分子和一個Cu+1離子形成紫色的螯合物,這樣在有蛋白存在情況下,Cu-BCA形成的螯合物在562nm出有最大光吸收,并以750nm光系數(shù)為標準化。可以從ThermoFisher購買BCA和CuSO4試劑盒。BCA法檢測范圍商業(yè)化的BCA試劑盒有兩種蛋白檢測范圍:常規(guī)檢測使用試劑/蛋白樣品的體積比為20:1,這個試劑盒檢測范圍從0.20mg/ml到8.0mg/ml(BSA)。當使用基座檢測時,推薦使用4ul樣品和80ulBCA試劑。微量檢測使用1:1試劑/樣品,可以檢測蛋白濃度范圍從0.01mg/ml至0.20mg/ml。要準備足夠的樣品來做基座檢測,建議使用10ul樣品和10ulBCA試劑(使用PCR管)。按照試劑盒廠家建議的操作來構建標準曲線和樣品準備。確保在所有檢測過程中使用相同的時間和溫度。注意:如果試驗操作溫度高于60度,最好使用2倍的試驗體積,這樣避免揮發(fā)導致的樣品濃縮。在BCA試劑盒中同樣包括用于構建標準曲線的標準品。由于NanoDrop2000/2000c能夠檢測比常規(guī)比色皿檢測更高的濃度,用戶需要使用比廠家推薦的標準品更高的濃度。檢測需要的樣品量雖然檢測的樣品量不是很關鍵,但在使用基座檢測時要確保形成液柱,這樣在上下基座之間形成樣品橋。決定液體表面張力的主要因素時溶液中水分子之間的氫鍵。通常情況下,水中的物質,如:蛋白,鹽離子,去污劑等都會通過破壞水分子之間的氫鍵來減小表面張力。雖然對于大部分樣品來說,1ul的量就足夠用于檢測了,我們建議在做蛋白檢測時由于表面張力下降做好使用2ul的樣品來檢測以保證形成液柱。在使用比色皿檢測時,要確保液面的高度高于光線通過比色皿的高度,參考比色皿生產廠家的說明來確定需要的液體量?;偕鷰в斜砻婊钚詣┑娜芤夯蛘咴噭茐臋z測基座上液柱的形成。在這種情況下,使用Nanodrop基座再生復合物來快速再說基座表面。關于PR-1的其他信息請參考網頁。獨特的屏幕特征右側的顯示是BCA特有的。左側的任務欄在“SoftwareOverview”中有詳細描述。光譜顯示口顯示當前樣品的數(shù)據(jù),使用基座檢測的結果是標準化到1mm光程下的數(shù)據(jù),而使用比色皿檢測時是選擇的光程下的數(shù)據(jù)。光程的信息顯示在Y軸上。Datatab-顯示當前樣品的數(shù)據(jù)StandardCurvetab-顯示標準曲線,可以顯示R2值和標準曲線。標準曲線類型包括多參數(shù)方程,線形,多級方程等,默認的選擇是線形。Valid/InvalidCurve-顯示是否有最小量的標準品已經被檢測了。當滿足要求時,標準曲線的狀態(tài)將從無效的狀態(tài)(紅色)變成有效曲線(綠色)。注意:這狀態(tài)僅僅表示檢測樣品數(shù)已經滿足標準曲線需要的最少樣品點。標準曲線狀態(tài)不指示標準曲線的擬合情況,要包括一個比較寬的檢測濃度范圍,需要更多的標準品點。Sampleradiobutton-當構建的標準曲線滿足要求時,樣品ID位置將能夠可以選擇,在檢測樣品前應輸入樣品名稱。Standardsradiobutton-選擇上后可以輸入標準名稱和濃度。Concentrationmg/ml-當前樣品的濃度單位。Absorbanceat562nm-Cu-BCA復合物在562nm處吸光值。BCA標準曲線BCA分析時需要標準曲線。標準曲線例子:20:1試劑/樣品體積一個最簡單的標準曲線可以有兩個點組成,包括兩個標準品點或者一個參考點(僅僅有BCA試劑,沒有蛋白)和一個標準品點。最多可包括7個標準品點,檢測各個標準品點沒有順序。標準品點只能在樣品檢測時添加到標準曲線中,當開始檢測第一個樣品,就不能向標準曲線中添加標準品點了。在樣品檢測前可以隨機刪除任何一個標準品點。右擊結果表格可以刪除一個標準品或者刪除標準品結果表格。在重復孔數(shù)據(jù)上點擊右鍵可以刪除特定標準品的重復。在第一個樣品開始檢測后,刪除的標準品不能被添加或者重新檢測。要建立一個新的標準曲線,必須先建立一個新的工作薄。如果把樣品添加到以前的工作薄中,可以使用以前構建好的標準曲線。建議在添加數(shù)據(jù)到工作薄之前要按照試劑生產廠家的說明來構建標準曲線。注意:如果選擇以前保存的工作薄,所有樣品的濃度計算都是基于工作薄中的標準曲線進行的。每個工作薄只能保存一個標準曲線。進行BCA檢測參考試劑生產廠家說明準備樣品。零點參考標準是與其他標準品和樣品同樣的樣品/試劑比例進行操作,只是里面沒有蛋白。按照廠家操作說明準備標準品和樣品。使用的空白對照要與標準品,樣品的pH值和鹽離子濃度一樣。標準品的濃度范圍要覆蓋全面樣品的濃度范圍。操作過程:從主菜單中選擇ProteinBCA,如果出現(xiàn)波長確認窗口,確保檢測臂放下并點擊OK.在右側表格中輸入每個標準品的濃度,軟件可以最多檢測7個標準品。參考和標準品可以檢測多個重復。注意:標準曲線最少需要2個標準品點或者一個0參考點和一個標準品點。推薦檢測多個標準品,標準品的濃度范圍要覆蓋樣品的濃度范圍。選擇Addtoreport把檢測的結果自動保存到當前報告中去。默認的設定是把所有樣品添加到報告中。要把樣品結果保存到工作薄中,必須在檢測樣品前把Addtoreport選上。選擇文件下拉選擇中的Usecurrentsettingsasdefault來節(jié)約每個新的工作薄的設定時間。選擇Overlayspectra來同時顯示多個光譜圖。使用合適的緩沖液做空白對照。通常使用純水做為空白對照。基座模式:取1-2ul純水加到基座上,放下檢測臂并點擊Blank。比色皿模式(僅2000c):按照比色皿生產廠家的建議加入適量的空白溶液,按照儀器上標記的光路放心,插入比色皿。注意:用任何模式檢測時檢測臂都必須放下,在用基座檢測時,建議把比色皿從儀器上取出,以保證檢測臂放到合適的位置。在標準品標簽下,選擇一個標準品,按上面做空白一樣加樣,點擊Measure開始檢測,要在所有標準品檢測完成
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