微生物鑒定原理課件

STEP01STEP02STEP03STEP04微生物鑒定原理微生物定義、分類16srDNA鑒定細(xì)菌原理ITS鑒定真菌原理目錄CONTENTSSTEPSTEPSTEPSTEP微生物鑒定微生物定義、16s101微生物鑒定原理01微生物鑒定原理2微生物鑒定原理通過DNA測序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行物種鑒定（菌種鑒定）是比傳統(tǒng)生化鑒定更先進(jìn)的鑒定方法。DNA測序不依賴菌種本身特點(diǎn)，對所有菌種均可使用。比傳統(tǒng)生化鑒定更加快速，準(zhǔn)確。微生物鑒定原理通過DNA測序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行物種鑒定（菌種鑒定）302微生物定義、分類02微生物定義、分類4定義微生物是個體難以用肉眼觀察的一切微小生物的統(tǒng)稱。分類微生物定義、分類微生物包括：細(xì)菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、顯微藻類等在內(nèi)的一大類生物群體，它個體微小，與人類關(guān)系密切。微生物劃分為以下8大類：細(xì)菌、病毒、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體。有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。還有微生物是一類由核酸和蛋白質(zhì)等少數(shù)幾種成分組成的“非細(xì)胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細(xì)胞。定義微生物是個體難以用肉眼觀察的一切微小生物的統(tǒng)稱。分類微生50316srDNA鑒定細(xì)菌原理0316srDNA鑒定細(xì)菌原理6100%33％100%66％100%100％16srDNA簡介鑒定原理鑒定步驟16srDNA鑒定細(xì)菌原理100%33％100%66％100%100％16srDNA70102定義：

16srDNA（16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基16SrDNA就是編碼該亞基的基因。）鑒定是指用利用細(xì)菌16srDNA序列測序的方法對細(xì)菌進(jìn)行種屬鑒定。

16srDNA是細(xì)菌染色體上編碼16srRNA相對應(yīng)的DNA序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。16SrRNA與16SrDNA的區(qū)別16S中的"S"是一個沉降系數(shù)，亦即反映生物大分子在離心場中向下沉降速度的一個指標(biāo)，值越高，說明分子越大。rDNA和rRNA中的小寫字母"r"是ribosome(核糖體)的縮寫。rDNA指的是基因組中編碼核糖體RNA（rRNA）分子的對應(yīng)的DNA序列，也就是編碼16SrRNA的基因。rRNA指的是rDNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，它是構(gòu)成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的rRNA分子組裝而成，16SrRNA是其中一個組件.一般所分析的對象都是16srDNA，因?yàn)镈NA提取容易，也比較穩(wěn)定。。16srDNA簡介0102定義：16srDNA（16SrRNA為核糖8原因什么原因使得各學(xué)者和分類學(xué)家使用16srDNA鑒定細(xì)菌？16srDNA保守性定義是什么？有什么作用？高變區(qū)什么叫高變區(qū)？怎么樣通過高變區(qū)鑒定種屬關(guān)系，種間關(guān)系？鑒定原理鑒定原理保守性原因什么原因使得各學(xué)者和分類學(xué)家使用16srDNA鑒定細(xì)菌9鑒定原理原因16srDNA由于其種類少，含量大(約占細(xì)菌RNA含量的80%)，分子大小適中，存在于所有的生物中，在結(jié)構(gòu)與功能上具有高度的保守性。同時還含有中度保守和高度變化的序列區(qū)域，具有高變性?？勺儏^(qū)序列因細(xì)菌不同而異，恒定區(qū)序列基本保守，所以可利用恒定區(qū)序列設(shè)計引物，將16SrDNA片段擴(kuò)增出來，利用可變區(qū)序列的差異來對不同菌屬、菌種的細(xì)菌進(jìn)行分類鑒定。鑒定原理原因16srDNA由于其種類少，含量大(約占細(xì)菌10鑒定原理保守性定義：基因的保守型指的是某一段序列在進(jìn)化演變的過程中，在不同的物種都都一直保留。作用：科學(xué)家認(rèn)為這些跨物種的相似性證明了某個特殊的基因完成了一些許多生命形式所必須的基本功能，因此在進(jìn)化過程中保留了這些序列。保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，16SrDNA分子的序列特征為不同分類級別的近緣種系統(tǒng)分類奠定了分子生物學(xué)基礎(chǔ)。鑒定原理保守性定義：基因的保守型指的是某一段序列在進(jìn)化演變的11鑒定原理高變區(qū)

細(xì)菌16S核糖體RNA（rRNA）基因含有9個“高變區(qū)”（V1-V9），其在不同細(xì)菌中表現(xiàn)出相當(dāng)大的序列多樣性。沒有一個區(qū)域可以區(qū)分所有細(xì)菌;因此，需要進(jìn)行系統(tǒng)研究，比較每個區(qū)域?qū)μ囟ㄔ\斷目標(biāo)的相對優(yōu)勢。鑒定原理高變區(qū)細(xì)菌16S核糖體RNA（rRN12各區(qū)域序列差異性鑒定原理V1V2V3V6V4、5、7、8（核苷酸69-99）V1區(qū)域可用于區(qū)分常見的致病性鏈球菌sp。并區(qū)分金黃色葡萄球菌和凝固酶陰性葡萄球菌（CONS）物種。這個短序列是設(shè)計金黃色葡萄球菌特異性探針的理想選擇。

（核苷酸137-242）V2區(qū)域可以將細(xì)菌物種區(qū)分為屬種水平。該區(qū)域還能夠區(qū)分常見的葡萄球菌和鏈球菌病原體以及梭菌，嗜血桿菌和奈瑟氏球菌。V2似乎也是區(qū)分分枝桿菌屬的最佳靶標(biāo)。V2具有100bp的平均長度，這是DNA探針的相對大的靶區(qū)域。（核苷酸433-497）V3在區(qū)分細(xì)菌和屬的水平方面與V2類似。V3比V2短（65個核苷酸對106個核苷酸），并且用對側(cè)翼序列特異的通用引物的V3的PCR擴(kuò)增將導(dǎo)致與V2相比更小的擴(kuò)增子。在一些實(shí)時PCR測定中，較小的擴(kuò)增子大小可能是優(yōu)選的（核苷酸986-1043）盡管V6區(qū)域長度僅為58bp，但它顯示出相當(dāng)大的序列可變性，并能夠區(qū)分大多數(shù)細(xì)菌物種，V6是用于區(qū)分炭疽芽孢桿菌和蠟狀芽孢桿菌的測定的最佳靶區(qū)域。（核苷酸576-682,822-879,1117-1173和1243-1294）這四個高變區(qū)，特別是V5，由于與其他高變區(qū)相比具有更高程度的序列保守性，因此不太適合物種鑒定。這可能導(dǎo)致靈敏度較低的測定，因?yàn)獒槍υ搮^(qū)域設(shè)計的特異性探針可能不會與所有擴(kuò)增的靶標(biāo)結(jié)合。各區(qū)域序列差異性鑒定原理V1V2V3V6V4、5、7、8（核13010203包括細(xì)菌基因組DNA提取、16srDNA特異引物PCR擴(kuò)增、擴(kuò)增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。步驟

采用細(xì)菌16SrDNA通用引物對供試菌株進(jìn)行PCR擴(kuò)增（聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）。由高溫變性、低溫退火（復(fù)性）及適溫延伸等反應(yīng)組成一個周期，循環(huán)進(jìn)行，使目的DNA得以迅速擴(kuò)增,具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、操作簡便、省時等特點(diǎn)。

PCR擴(kuò)增鑒定步驟010203包括細(xì)菌基因組DNA提取、16srDNA特異引物1404ITS鑒定真菌原理04ITS鑒定真菌原理15ITS鑒定真菌原理原理：

內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS由于不需要加入成熟核糖體，因此在進(jìn)化過程中能夠承受更多的變異，屬于中度保守的區(qū)域，其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對一致,種間差異比較明顯。這種特點(diǎn)使ITS適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內(nèi)物種間或種內(nèi)差異較明顯的菌群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。利用它可研究種及種以下的分類階元。

真核rDNA的基因片段含有18S，5.8S和28S片段，形成串聯(lián)重復(fù)簇;5SrDNA分別編碼：NTS-非轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)，ETS-外轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)，ITS-內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)

ITS鑒定真菌原理原理：真核rDNA的基因片段含有116PPT模板下載：/moban/行業(yè)PPT模板：/hangye/節(jié)日PPT模板：/jieri/PPT素材下載：/sucai/PPT背景圖片：/beijing/PPT圖表下載：/tubiao/優(yōu)秀PPT下載：/xiazai/PPT教程：/powerpoint/Word教程：/word/Excel教程：/excel/資料下載：/ziliao/PPT課件下載：/kejian/范文下載：/fanwen/試卷下載：/shiti/教案下載：/jiaoan/PPT論壇：

感謝聆聽，批評指導(dǎo)謝謝匯報人：王偉PPT模板下載：/moban/17STEP01STEP02STEP03STEP04微生物鑒定原理微生物定義、分類16srDNA鑒定細(xì)菌原理ITS鑒定真菌原理目錄CONTENTSSTEPSTEPSTEPSTEP微生物鑒定微生物定義、16s1801微生物鑒定原理01微生物鑒定原理19微生物鑒定原理通過DNA測序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行物種鑒定（菌種鑒定）是比傳統(tǒng)生化鑒定更先進(jìn)的鑒定方法。DNA測序不依賴菌種本身特點(diǎn)，對所有菌種均可使用。比傳統(tǒng)生化鑒定更加快速，準(zhǔn)確。微生物鑒定原理通過DNA測序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行物種鑒定（菌種鑒定）2002微生物定義、分類02微生物定義、分類21定義微生物是個體難以用肉眼觀察的一切微小生物的統(tǒng)稱。分類微生物定義、分類微生物包括：細(xì)菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、顯微藻類等在內(nèi)的一大類生物群體，它個體微小，與人類關(guān)系密切。微生物劃分為以下8大類：細(xì)菌、病毒、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體、螺旋體。有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。還有微生物是一類由核酸和蛋白質(zhì)等少數(shù)幾種成分組成的“非細(xì)胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細(xì)胞。定義微生物是個體難以用肉眼觀察的一切微小生物的統(tǒng)稱。分類微生220316srDNA鑒定細(xì)菌原理0316srDNA鑒定細(xì)菌原理23100%33％100%66％100%100％16srDNA簡介鑒定原理鑒定步驟16srDNA鑒定細(xì)菌原理100%33％100%66％100%100％16srDNA240102定義：

16srDNA（16SrRNA為核糖體的RNA的一個亞基16SrDNA就是編碼該亞基的基因。）鑒定是指用利用細(xì)菌16srDNA序列測序的方法對細(xì)菌進(jìn)行種屬鑒定。

16srDNA是細(xì)菌染色體上編碼16srRNA相對應(yīng)的DNA序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。16SrRNA與16SrDNA的區(qū)別16S中的"S"是一個沉降系數(shù)，亦即反映生物大分子在離心場中向下沉降速度的一個指標(biāo)，值越高，說明分子越大。rDNA和rRNA中的小寫字母"r"是ribosome(核糖體)的縮寫。rDNA指的是基因組中編碼核糖體RNA（rRNA）分子的對應(yīng)的DNA序列，也就是編碼16SrRNA的基因。rRNA指的是rDNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，它是構(gòu)成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的rRNA分子組裝而成，16SrRNA是其中一個組件.一般所分析的對象都是16srDNA，因?yàn)镈NA提取容易，也比較穩(wěn)定。。16srDNA簡介0102定義：16srDNA（16SrRNA為核糖25原因什么原因使得各學(xué)者和分類學(xué)家使用16srDNA鑒定細(xì)菌？16srDNA保守性定義是什么？有什么作用？高變區(qū)什么叫高變區(qū)？怎么樣通過高變區(qū)鑒定種屬關(guān)系，種間關(guān)系？鑒定原理鑒定原理保守性原因什么原因使得各學(xué)者和分類學(xué)家使用16srDNA鑒定細(xì)菌26鑒定原理原因16srDNA由于其種類少，含量大(約占細(xì)菌RNA含量的80%)，分子大小適中，存在于所有的生物中，在結(jié)構(gòu)與功能上具有高度的保守性。同時還含有中度保守和高度變化的序列區(qū)域，具有高變性。可變區(qū)序列因細(xì)菌不同而異，恒定區(qū)序列基本保守，所以可利用恒定區(qū)序列設(shè)計引物，將16SrDNA片段擴(kuò)增出來，利用可變區(qū)序列的差異來對不同菌屬、菌種的細(xì)菌進(jìn)行分類鑒定。鑒定原理原因16srDNA由于其種類少，含量大(約占細(xì)菌27鑒定原理保守性定義：基因的保守型指的是某一段序列在進(jìn)化演變的過程中，在不同的物種都都一直保留。作用：科學(xué)家認(rèn)為這些跨物種的相似性證明了某個特殊的基因完成了一些許多生命形式所必須的基本功能，因此在進(jìn)化過程中保留了這些序列。保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，16SrDNA分子的序列特征為不同分類級別的近緣種系統(tǒng)分類奠定了分子生物學(xué)基礎(chǔ)。鑒定原理保守性定義：基因的保守型指的是某一段序列在進(jìn)化演變的28鑒定原理高變區(qū)

細(xì)菌16S核糖體RNA（rRNA）基因含有9個“高變區(qū)”（V1-V9），其在不同細(xì)菌中表現(xiàn)出相當(dāng)大的序列多樣性。沒有一個區(qū)域可以區(qū)分所有細(xì)菌;因此，需要進(jìn)行系統(tǒng)研究，比較每個區(qū)域?qū)μ囟ㄔ\斷目標(biāo)的相對優(yōu)勢。鑒定原理高變區(qū)細(xì)菌16S核糖體RNA（rRN29各區(qū)域序列差異性鑒定原理V1V2V3V6V4、5、7、8（核苷酸69-99）V1區(qū)域可用于區(qū)分常見的致病性鏈球菌sp。并區(qū)分金黃色葡萄球菌和凝固酶陰性葡萄球菌（CONS）物種。這個短序列是設(shè)計金黃色葡萄球菌特異性探針的理想選擇。

（核苷酸137-242）V2區(qū)域可以將細(xì)菌物種區(qū)分為屬種水平。該區(qū)域還能夠區(qū)分常見的葡萄球菌和鏈球菌病原體以及梭菌，嗜血桿菌和奈瑟氏球菌。V2似乎也是區(qū)分分枝桿菌屬的最佳靶標(biāo)。V2具有100bp的平均長度，這是DNA探針的相對大的靶區(qū)域。（核苷酸433-497）V3在區(qū)分細(xì)菌和屬的水平方面與V2類似。V3比V2短（65個核苷酸對106個核苷酸），并且用對側(cè)翼序列特異的通用引物的V3的PCR擴(kuò)增將導(dǎo)致與V2相比更小的擴(kuò)增子。在一些實(shí)時PCR測定中，較小的擴(kuò)增子大小可能是優(yōu)選的（核苷酸986-1043）盡管V6區(qū)域長度僅為58bp，但它顯示出相當(dāng)大的序列可變性，并能夠區(qū)分大多數(shù)細(xì)菌物種，V6是用于區(qū)分炭疽芽孢桿菌和蠟狀芽孢桿菌的測定的最佳靶區(qū)域。（核苷酸576-682,822-879,1117-1173和1243-1294）這四個高變區(qū)，特別是V5，由于與其他高變區(qū)相比具有更高程度的序列保守性，因此不太適合物種鑒定。這可能導(dǎo)致靈敏度較低的測定，因?yàn)獒槍υ搮^(qū)域設(shè)計的特異性探針可能不會與所有擴(kuò)增的靶標(biāo)結(jié)合。各區(qū)域序列差異性鑒定原理V1V2V3V6V4、5、7、8（核30010203包括細(xì)菌基因組DNA提取、16srDNA特異引物PCR擴(kuò)增、擴(kuò)增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。步驟

采用細(xì)菌16SrDNA通用引物對供試菌株進(jìn)行PCR擴(kuò)增（聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）。由高溫變性、低溫退火（復(fù)性）及適溫延伸等反應(yīng)組成一個周期，循環(huán)進(jìn)行，使目的DNA得以迅速擴(kuò)增,具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、操作簡便、省時等特點(diǎn)。

PCR擴(kuò)增鑒定步驟010203包括細(xì)菌基因組DNA提取、16srDNA特異引物3104ITS鑒定真菌原理04ITS鑒定真菌原理32ITS鑒定真菌原理