腫瘤研究的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)資源

腫瘤研究的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)資源第1頁(yè)/共95頁(yè)一篇論文的題目ZhuF,ZykovaTA,KangBS,WangZ,EbelingMC,AbeY,MaWY,BodeAM,DongZ.BidirectionalsignalstransducedbyTOPK-ERKinteractionincreasetumorigenesisofHCT116colorectalcancercells.Gastroenterology.2007;133(1):219-31.第2頁(yè)/共95頁(yè)主要內(nèi)容NCBI的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)資源腫瘤學(xué)和血液學(xué)的細(xì)胞遺傳學(xué)ExPASy的數(shù)據(jù)庫(kù)資源和工具第3頁(yè)/共95頁(yè)NCBI的相關(guān)資源NationalCenterforBiotechnologyInformation第4頁(yè)/共95頁(yè)第5頁(yè)/共95頁(yè)第6頁(yè)/共95頁(yè)Genesanddisease單基因遺傳病的站點(diǎn)介紹多個(gè)系統(tǒng)的遺傳病，可下載PDF文件。圖示遺傳病相關(guān)基因在染色體的定位與相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)相互鏈接第7頁(yè)/共95頁(yè)Genesanddisease頁(yè)面第8頁(yè)/共95頁(yè)染色體的圖譜第9頁(yè)/共95頁(yè)SKY—SpectralKaryotyping多色標(biāo)記的探針與染色體雜交M-FISH—MultiplexFluorescenceInSituHybridizationCGH—ComparativeGenomicHybridization腫瘤和對(duì)照細(xì)胞的基因組DNA標(biāo)記不同顏色熒光探針等量混合后分別與腫瘤和對(duì)照細(xì)胞的染色體雜交。第10頁(yè)/共95頁(yè)SKY的原理第11頁(yè)/共95頁(yè)第12頁(yè)/共95頁(yè)CGH的原理第13頁(yè)/共95頁(yè)CGH比較工具輸入染色體片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].第14頁(yè)/共95頁(yè)比較工具第15頁(yè)/共95頁(yè)比較結(jié)果第16頁(yè)/共95頁(yè)CGH圖示第17頁(yè)/共95頁(yè)大規(guī)模分析基因表達(dá)的方法對(duì)某一組mRNA中基因表達(dá)定量檢測(cè)

一群mRNA中的每一個(gè)mRNA的同一位置取9-10bp的一段序列，（從統(tǒng)計(jì)學(xué)上說(shuō)這樣的序列可以代表95%的人類基因），每一種9-10bp的序列的拷貝數(shù)則代表基因表達(dá)的拷貝數(shù)，也就可以說(shuō)明基因表達(dá)活性的高低。第18頁(yè)/共95頁(yè)方法RNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA，同時(shí)用生物素標(biāo)記cDNA末端隨后用一種限制性內(nèi)切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分離酶切位點(diǎn)3‘端的序列另一種酶再切割cDNA片段，去除帶生物素的3’端用PCR擴(kuò)增每一個(gè)標(biāo)簽片段，將30-50個(gè)不同的標(biāo)簽片段連成一個(gè)單一的DNA分子最后克隆并測(cè)序這些分子酶切位點(diǎn)3'端的序列出現(xiàn)的拷貝數(shù)就代表了基因表達(dá)活性的高低第19頁(yè)/共95頁(yè)

流程圖選擇細(xì)胞磁珠分離RNA并合成cDNA錨定內(nèi)切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列為標(biāo)簽，再用BsmF1酶切后釋放標(biāo)簽將標(biāo)簽相互連接并連入質(zhì)粒載體測(cè)序并計(jì)算標(biāo)簽的拷貝數(shù)計(jì)算機(jī)分析第20頁(yè)/共95頁(yè)查詢方式...bytag...bysequence...bylibrary...bygenename第21頁(yè)/共95頁(yè)輸入序列先查詢序列中的Tag根據(jù)Tag來(lái)查詢?cè)赟AGE文庫(kù)中出現(xiàn)的頻率第22頁(yè)/共95頁(yè)輸入GenBank號(hào)或序列進(jìn)行查詢第23頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第24頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第25頁(yè)/共95頁(yè)CancerGenomeAnatomyProject

(/)由NationalCancerInstitute（NCI）管理

目的是研究腫瘤細(xì)胞的分子改變第26頁(yè)/共95頁(yè)CGAP主頁(yè)第27頁(yè)/共95頁(yè)Genes第28頁(yè)/共95頁(yè)每個(gè)基因————一個(gè)Geneinfo頁(yè)面UniGene、LocusLink、OMIM、DTPsearch、cDNALibraries、ClusterAssemblies、和SNPs等數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接

細(xì)胞遺傳學(xué)定位和Mitelman斷裂點(diǎn)信息

蛋白相似性人類和小鼠的同源組IMAGE（IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandtheirExpression）協(xié)議來(lái)源的序列鏈接全長(zhǎng)MGC（MammalianGeneCollection）克隆鏈接GeneOntology功能分類

第29頁(yè)/共95頁(yè)Genes工具列表

Genefinder：按照特定標(biāo)準(zhǔn)查找單個(gè)或多個(gè)基因的工具GeneOntologyBrowser：通過分子功能、生物學(xué)過程和細(xì)胞組分對(duì)人和小鼠的基因分類NucleotideBLAST：通過CGAP界面，查找給定核苷酸序列的代表基因ListsofCandidate,Validated,andConfirmedSNPs：包含單核苷酸多態(tài)性的基因信息CGAPSNPIndex：通過基因名稱、符號(hào)和GenBank序列號(hào)查找代表SNPsSNPGeneViewer：將人類SNPs定位于參考序列和MGC序列，預(yù)測(cè)蛋白編碼的變化

第30頁(yè)/共95頁(yè)Geneinfo第31頁(yè)/共95頁(yè)第32頁(yè)/共95頁(yè)Chromosomes

第33頁(yè)/共95頁(yè)MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer

（腫瘤染色體畸變數(shù)據(jù)庫(kù)）RecurrentChromosomeAberrationsSearcher用來(lái)查找重復(fù)出現(xiàn)的染色體畸變SNP500CancerDatabase用于查找SNP的工具可以通過基因名稱、SNP號(hào)、染色體和基因功能查詢第34頁(yè)/共95頁(yè)查找腫瘤重復(fù)出現(xiàn)的染色體畸變第35頁(yè)/共95頁(yè)Tissues

來(lái)源于組織的基因表達(dá)信息

LibraryFinder工具可以幫助查找組織特異性的文庫(kù)。GeneLibrarySummarizer（GLS）：在特定的cDNA文庫(kù)中查找所有基因。cDNAxProfiler：用于在兩個(gè)cDNA文庫(kù)之間比較基因表達(dá)。DifferentialGeneExpressionDisplayer（DGED）：用于在兩個(gè)cDNA文庫(kù)之間比較基因表達(dá)的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。

SAGEmapxProfiler：xProfiler程序比較一個(gè)cDNA在不同cDNA文庫(kù)中的表達(dá)情況。SAGEmapVirtualNorthern：以圖形形式顯示一個(gè)基因在不同cDNA文庫(kù)中出現(xiàn)的頻率，代表其表達(dá)豐度。

第36頁(yè)/共95頁(yè)第37頁(yè)/共95頁(yè)cDNAxProfiler第38頁(yè)/共95頁(yè)SAGE第39頁(yè)/共95頁(yè)SAGEAnatomicViewer第40頁(yè)/共95頁(yè)查詢結(jié)果第41頁(yè)/共95頁(yè)Tissueonly查詢結(jié)果第42頁(yè)/共95頁(yè)SAGE的數(shù)據(jù)第43頁(yè)/共95頁(yè)RNAi第44頁(yè)/共95頁(yè)第45頁(yè)/共95頁(yè)第46頁(yè)/共95頁(yè)第47頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)ATHWAYS第48頁(yè)/共95頁(yè)BioCarta公司信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑圖譜

KEGG代謝途徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑圖譜

PathwaySearcher第49頁(yè)/共95頁(yè)第50頁(yè)/共95頁(yè)第51頁(yè)/共95頁(yè)CGAP基因表達(dá)分析工具的匯總

Tools第52頁(yè)/共95頁(yè)第53頁(yè)/共95頁(yè)腫瘤學(xué)和血液學(xué)的細(xì)胞遺傳學(xué)

biogen.fr/services/chromcancer/第54頁(yè)/共95頁(yè)收集了各種在腫瘤中具有染色體異常的基因，包括其基因名稱、產(chǎn)物、在腫瘤中的異常情況，以及與各種數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接收集了白血病、實(shí)體瘤、癌前病變的細(xì)胞遺傳學(xué)數(shù)據(jù)以染色體來(lái)分類描述各種腫瘤中的染色體異常包括了許多高水平的綜述(DeepInsight)和病例報(bào)告第55頁(yè)/共95頁(yè)22號(hào)染色體第56頁(yè)/共95頁(yè)t(9;22)(q34;q11)第57頁(yè)/共95頁(yè)第58頁(yè)/共95頁(yè)第59頁(yè)/共95頁(yè)t(2;8)(p12;q24)t(8;22)(q24;q11)IGKChr2IGLChr22t(8;14)(q24;q32)MYCChr8IGHChr14BurkittLymphoma第60頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)romoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesDeregulatedgeneConsequencesofBalancedChromosomeRearrangementsIGH,IGK,IGL

MYC

Deregulatedtranscription第61頁(yè)/共95頁(yè)ETV6/NTRK346FusionGenesinBenignandMalignantSoftTissueTumors

19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI1

20002001200220032004200520062007HMGA2/LHFPSS18/SSX4TAF15/NR4A3COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278FUS/ATF1HAS2/PLAG1TCF12/NR4A3TPM3/ALKTPM4/ALKASPSCR1/TFE3CLTC/ALKLPP/C12ORF9CARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3L2FUS/ERGRANBP2/ALKSS18L1/SSX1ACTB/GLITGF/NR4A3PAX3/NCOA1FUS/CREB3L1CIC/DUX4COL6A3/CSF1EWSR1/CREB1HMGA2/EBFSEC31A/ALKEWSR1/SP3第62頁(yè)/共95頁(yè)19921993199419951997199820002001200320042006EwingtumorAlveolarRMS,Clearcellsarcomaofsofttissue,MyxoidliposarcomaDesmoplasticsmallroundcelltumor,SynovialsarcomaExtraskeletalmyxoidchondrosarcoma,LipomaDermatofibrosarcomaprotuberansInfantilefibrosarcomaAFH,Lipoblastoma,InflammatorymyofibroblastictumorAlveolarsoftpartsarcomaLowgradefibromyxoidsarcoma,SofttissuechondromaPericytomaTenosynovialgiantcelltumorSoftTissueTumorswithSpecificGeneFusions第63頁(yè)/共95頁(yè)FrequenciesoffusiongenesinAMLt(8;21)(q22;q22) RUNX1/RUNX1T1 4.3%t(15:17)(q22;q21) PML/RARA 4.1%der(11)(q23) MLLrearrangement 2.4% inv(16)(p13q22) CBFB/MYH11 2.3%t(9;22)(q34;q11) BCR/ABL1 0.7%inv(3)(q21q26) RPN1/EVI1 0.6%t(6;9)(p22;q34) DEK/NUP214 0.3%t(1;22)(p13;q13) RBM15/MKL1 0.2%t(8;16)(p11;p13) MYST3/CREBBP 0.1%t(7;11)(p15;p15) NUP98/HOXAgenes

<0.1%第64頁(yè)/共95頁(yè)DeepInsight第65頁(yè)/共95頁(yè)ExPASy(ExpertProteinAnalysisSystem)

/綜合的蛋白質(zhì)分析工具網(wǎng)站大量、使用的蛋白質(zhì)分析工具鏈接第66頁(yè)/共95頁(yè)第67頁(yè)/共95頁(yè)Databases本地服務(wù)器維護(hù)的數(shù)據(jù)庫(kù)與其他大型數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接ToolsandsoftwarepackagesProteomicsandsequenceanalysistools綜合了大量的蛋白質(zhì)分析軟件Melanie4——二維電泳的分析軟件（商業(yè)）RocheAppliedScience'sBiochemicalPathways精美的代謝途徑和細(xì)胞分子處理過程第68頁(yè)/共95頁(yè)EducationandservicesExPASy的FTP服務(wù)和日內(nèi)瓦大學(xué)提供的蛋白組學(xué)方法培訓(xùn)DocumentationLinkstolistsofmolecularbiologyresourcesLinkstosomemajormolecularbiologyservers第69頁(yè)/共95頁(yè)SWISS-2DPAGE查詢SWISS-2DPAGE的數(shù)據(jù)第70頁(yè)/共95頁(yè)Humanlymphocyte第71頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)ROSITEDatabaseofproteinfamiliesanddomainsEnzymeEnzymenomenclatureCD40LbaseCD40liganddefectsCD40配體缺陷與X連鎖的IgM增多第72頁(yè)/共95頁(yè)ExPASyProteomicstoolsProteinidentificationandcharacterization多種蛋白質(zhì)分析軟件，主要計(jì)算蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)、分子量、氨基酸組成、序列標(biāo)簽、可能的蛋白酶切割位點(diǎn)、可能的糖基化位點(diǎn)、可能的翻譯后修飾等信息。大部分通過輸入氨基酸序列可實(shí)現(xiàn)。第73頁(yè)/共95頁(yè)DNA->Protein從DNA序列翻譯成蛋白序列從蛋白質(zhì)序列翻譯成核酸序列蛋白序列與基因組序列比較內(nèi)含子和讀框的錯(cuò)誤Similaritysearches序列相似性比較工具主要有BLAST和FASTA第74頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)atternandprofilesearches查找蛋白序列中基序、結(jié)構(gòu)域等的工具主要查找Prosite和Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)多種查找工具Post-translationalmodificationprediction翻譯后修飾的預(yù)測(cè)工具預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)糖基化、線粒體錨定位點(diǎn)、信號(hào)肽切割位點(diǎn)、磷酸化位點(diǎn)等第75頁(yè)/共95頁(yè)Dif14蛋白的prosite分析（ScanProsite）第76頁(yè)/共95頁(yè)Topologyprediction蛋白質(zhì)定位預(yù)測(cè)工具包括了預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的定位（細(xì)胞膜、漿、核等）跨膜區(qū)預(yù)測(cè)第77頁(yè)/共95頁(yè)Dif14蛋白的跨膜區(qū)預(yù)測(cè)（SOSUI）第78頁(yè)/共95頁(yè)跨膜螺旋的組成第79頁(yè)/共95頁(yè)預(yù)測(cè)的跨膜結(jié)構(gòu)第80頁(yè)/共95頁(yè)Dif14蛋白的跨膜區(qū)預(yù)測(cè)（TMpred）第81頁(yè)/共95頁(yè)P(yáng)rimarystructureanalysis預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的物理化學(xué)參數(shù)：如氨基酸組成、等電點(diǎn)、分子量等Paircoil：預(yù)測(cè)螺旋區(qū)結(jié)構(gòu)PESTfind：蛋白質(zhì)的半衰期預(yù)測(cè)，富于Proline(P),glutamicacid(E),serine(S)andthreonine(T)的蛋白容易降解（PESTfind）HLA_Bin