華大結(jié)題報(bào)告3蛋白32itraq模板

項(xiàng)目主要結(jié) 白質(zhì)鑒 白質(zhì)定 工作流 驗(yàn)流 SDS電 TRAQ標(biāo) SCX分 基于TrpleTOF5600的LC-ESI-MSMS分 其 白質(zhì)定 TRAQ試劑結(jié) TRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)原 實(shí)驗(yàn)檢測(cè)信 標(biāo)準(zhǔn)生物信息分 ascot搜 白質(zhì)鑒 白質(zhì)定 復(fù)性分 O注 OG注 athway代謝通路注 差異蛋白的Pathway富集分 文件.....................................................................................................................................................5.1地 文件解 結(jié) 表1-1鑒定結(jié)果GroupTotalUniqueUniqueGroupTotalUniqueUnique表注定基本信息統(tǒng)計(jì)圖。第一行為類(lèi)別，第二行為數(shù)量。TotaSpectra為二級(jí)譜圖總數(shù)，Spectra為匹配到的譜圖數(shù)量，UnqueSpectra為匹配到特有肽段的譜圖數(shù)量，Peptde為鑒定到的肽段的數(shù)量，UnquePeptde為鑒定到特有肽段序列的數(shù)量，Proten為鑒定到的蛋白質(zhì)數(shù)量。ID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/fassaffsa_overa_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/fsdafdsad_deta_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/sdfgasfa_1.faID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/fsafsa_deta_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/sadfsaf_overa_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/sdfsadf_2.fa ue值小于0.05時(shí)，視為差異蛋白表1-2差異蛋白UP-Down-All-saghu_CK_113-VS-UP-Down-All-ahsud_116-VS-jsad表注：差異蛋白信息統(tǒng)計(jì)表。每一行為一組比較組圖1-1差異蛋白數(shù)量統(tǒng)計(jì)橫坐標(biāo)為比較組名稱(chēng)，縱坐標(biāo)為差異蛋白數(shù)量。紅色柱表示上調(diào)的蛋白數(shù)量，綠色柱表示下調(diào)的ID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/esgasdfsd_114-VS-sadfsafsd_115_up_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/gdfgsg_114-VS-dsfgsdg_115.pngID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/werwqe_114-VS-werfas_115_down_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/fasdfsad_114-VS-fsadfsda_115_up_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/sadfsadf_114-VS-fsadfdsah_115_down_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/sfafdsdf_114-VS-fsadfsaf_115.png同重同位素相對(duì)與絕對(duì)定量（sobarcagsorreatveandabsouequantaton，RA）技術(shù)是可以在一次實(shí)驗(yàn)中進(jìn)越來(lái)越廣泛的應(yīng)用于定量蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域。圖2-1實(shí)驗(yàn)流程該圖顯示了TRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)的基本流程。第一步，從樣品中提取蛋白。第二步，對(duì)提取后的蛋四步，SDS（十二烷基磺酸鈉）AE。第五步，取等量蛋白psn酶解。第六步，用RA試劑標(biāo)記肽段。第七步，將標(biāo)記后的肽段進(jìn)行等量混合。第八步，對(duì)混合后的肽段使用強(qiáng)陽(yáng)離子交換色譜（SongCatonExhangeChoemaograph，SC）進(jìn)行預(yù)分離。第九步，進(jìn)行液相串聯(lián)質(zhì)譜(qudchromaographyoupedwhandemmassspeome，LC-SS分析。加入500μ蛋白裂解液溶解，然后分別添加終濃度為1mM的PMSF，2mM的EDTA,5分鐘后，添加終濃度上清液在56攝氏度條件下加入終濃度10mMDTT處理1再加入終濃度55mMIAM暗室靜置45分鐘，進(jìn)行半胱氨酸的烷基加入適量冷，在-20攝氏度靜置2h沉淀在200μ0.5MTEAB中超聲溶解151.準(zhǔn)備BSA標(biāo)準(zhǔn)品的標(biāo)準(zhǔn)曲線，9管的標(biāo)準(zhǔn)品量（0.2μgμBSA）依次為0,2,4,6,8,10,12,14,16,18μ添加純水，使最終體積為20μ。管1是不含蛋白的參照，其他管分別含有0.4、0.8、1.2、1.6、2、2.4、2.8、3.2、3.6μg蛋白。向每管添加180μprotenassayreagent，混合，室溫培養(yǎng)10SDS電配置12%的SDS聚丙烯酰胺凝膠。每個(gè)樣品分別與2×oadngbuffer混合，95攝氏度加熱5mn。每個(gè)樣品上樣為30μg，Marker上樣量10μg。120V恒壓電泳120mn。電泳結(jié)束后，考染液染色2h，再用脫色液脫色3~5次，每次30mn按蛋白：酶=20:1的比例加入Trypsn，37攝氏度酶解4h按上述比例再補(bǔ)加 iTRAQ標(biāo)用0.5MTEAB復(fù)溶肽段，按照手冊(cè)進(jìn)行TRAQ每一組肽段被不同的TRAQ標(biāo)記，室溫培養(yǎng)2小時(shí)SCX分采用島津LC-20AB液相系統(tǒng)、分離柱為46×250mm型號(hào)的UreeSCX柱對(duì)樣品進(jìn)行液相分離。將標(biāo)記后抽干的混合肽段用4mLbuerA（25mMNaH2P4n pH2.7）復(fù)溶。進(jìn)柱后以1mLmn的速率進(jìn)行梯度洗脫：先用buer洗脫10mn，接著逐漸混入5-35%buerB（25MNaH2P4，1MKCn25%ACNpH2.7)洗脫11mn，最后逐漸混入35-80%buerB洗脫1mn。整個(gè)洗脫過(guò)程在214nm吸光度下進(jìn)行監(jiān)測(cè)，經(jīng)過(guò)篩選得到12個(gè)組分。每個(gè)組分分別用raaX基于TripleTOF5600的LC-ESI-MSMS分與質(zhì)譜儀相結(jié)合的液相系統(tǒng)為nanoACQuty(Waters)，包括SymmetryC18柱(規(guī)格5μm,180umx20mm)和BEH130C18柱(規(guī)格1.7μm,100umx100mm)兩部分。SymmetryC18柱用于肽段吸附和除鹽，BEH130C18柱用于分離。所用的流動(dòng)相A液（水：乙腈：甲酸=98：2：0.1）和B液（水：乙腈：甲酸=2：98：0.1）中都加入一定比例的校正液FsherScentfc）。每次上樣量為2.25μg(9μ)，用A液以2μL/mn的流速洗脫15mn，進(jìn)行肽段吸附和除鹽。接下來(lái)用含5%B液的流動(dòng)相以300n/mn流速洗脫1mn，開(kāi)始建立洗脫梯度：40mn內(nèi)B液梯度線型從5%升至35%，再5mn從35%升至80%，然后80%持續(xù)洗脫5mn，最后2mn恢復(fù)柱料。使用的機(jī)器為T(mén)rpeTOF5600(ABSCIEXConcordON)，離子源為NanosprayIIIsource(ABSCIEXConcordON)，放射器為石英材料拉制的噴針(NewObjectves,Woburn,MA)。時(shí)，機(jī)器的參數(shù)設(shè)置如下：離子源噴霧電壓2.5kv，氮?dú)鈮毫?0ps（14.5ps1bar噴霧氣壓15ps，噴霧接口處溫度150攝氏度；掃描模式為反射模式，分辨率≥30,000；積累250ms的從2+到5的離子挑選其中強(qiáng)度每秒積累超過(guò)分的前個(gè)進(jìn)行掃描，3.3s為一個(gè)循環(huán)；第二個(gè)四極桿（2）的傳輸窗口設(shè)置為100Da為100%；脈沖射頻電的頻率為11kHz；檢測(cè)器的檢測(cè)頻率為40Hz；每次掃描的粒子信號(hào)以四個(gè)通道分別記錄共四次后合并轉(zhuǎn)化成數(shù)據(jù)；對(duì)于RA類(lèi)項(xiàng)目，離子碎裂的能量設(shè)置為35±5eV；母離子動(dòng)態(tài)排除設(shè)置為：在一半的出峰時(shí)間內(nèi)（約18s），相同母離子的碎裂不超過(guò)2次。其TRAQ實(shí)驗(yàn)操作protoco s/Down TRAQ試劑介紹

/products/standards-and-reagents/traq-圖2-2iTRAQ試劑結(jié)構(gòu)TRAQ試劑由報(bào)告離子（ReportGroup），平衡基團(tuán)（BaanceGroup），反應(yīng)基團(tuán)（PeptdeReactveGroup）三部分構(gòu)成，反應(yīng)基團(tuán)可以與肽段N-端或賴(lài)氨酸側(cè)鏈發(fā)生反應(yīng)，從而可以標(biāo)記任何肽段。圖2-3iTRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué)原理該圖顯示了TRAQ定量技術(shù)的基本原理及主要步驟，TRAQ定量方法可以在一次串聯(lián)譜實(shí)驗(yàn)中同時(shí)比較8個(gè)樣品中的蛋白的相對(duì)含量，主要步驟如圖中所示，分別為蛋白提取、酶解、標(biāo)記、混合、SC預(yù)分離、液相串聯(lián)質(zhì)譜分析。在一級(jí)質(zhì)譜時(shí)，平衡基團(tuán)可以確保無(wú)論用哪種報(bào)告離子標(biāo)記肽段，都顯示為相同的質(zhì)荷比值。在二級(jí)質(zhì)時(shí)，平衡基團(tuán)發(fā)生中性丟失，而報(bào)告離子的強(qiáng)度則可以反映肽段的相對(duì)豐度值。圖中最下方為一張MM譜圖，橫坐標(biāo)為子離子質(zhì)荷比值，縱坐標(biāo)為離子強(qiáng)度。8個(gè)彩色峰表示R試劑的8種報(bào)告離子，其高度分別代表了肽段的相對(duì)含量，用于后續(xù)定量。其余黑色峰為肽段碎裂后的子離子峰，用于后續(xù)鑒定。利用R技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)組定量的優(yōu)勢(shì)主要體現(xiàn)在：(1)大的提高蛋白鑒定的可信度和覆蓋度。(2)由于可以對(duì)一個(gè)蛋白的多個(gè)肽段進(jìn)行定量，因此可以提高定量的可信度。(3)對(duì)于發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記物，是一種高通量的研究方法。(4)定量精度較高。(5)可以在一次實(shí)驗(yàn)中，進(jìn)行多達(dá)8個(gè)樣品的比較。利用基于同一個(gè)參考樣品的辦法，可以進(jìn)行多于8個(gè)樣品的定量比較。圖2-4信息分析流程該圖顯示R得到峰列表。其次建立參考數(shù)據(jù)庫(kù)，進(jìn)行肽段及蛋白質(zhì)的鑒定。最后比較各蛋白在各樣品之間的相對(duì)含量的關(guān)系，從而獲得一些感的重要蛋白。也可以將轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和蛋白組數(shù)據(jù)結(jié)合起來(lái)，進(jìn)行蛋白組與轉(zhuǎn)錄組的關(guān)聯(lián)分析。表3-1樣品蛋白質(zhì)信SampleCcraTotalP在生物信息分析中，質(zhì)譜原始文件需要轉(zhuǎn)換成mgf格式(sampe.mgf)后才能被使用（可視化譜圖文件見(jiàn)pc.tar.gz，如果有TITLE=Spectrum1scans:115.55481258.814116.11040136.94980173.90498180.86188190.94720其中“BENN”和“ENDN”是每一張譜的開(kāi)始和結(jié)束位置，“L”為該譜圖的編號(hào)信息，“PPA”為母離子質(zhì)荷比和強(qiáng)度值，“CHAR”為母離子所帶電荷數(shù)，“RNSECND”為保留時(shí)間，“SCAN”為掃描編號(hào)，其余各行為肽段經(jīng)碎裂后的子離子質(zhì)荷比值和強(qiáng)度信息。目前使用到的數(shù)據(jù)庫(kù)主要可以分為兩類(lèi)，一類(lèi)是由NCBI負(fù)責(zé)的，另外一類(lèi)是由EBI負(fù)責(zé)的。數(shù)據(jù)庫(kù)建立的方法主SwssProt/UnProt分類(lèi)庫(kù)，包括動(dòng)物全庫(kù)、植物全庫(kù)、微生物全庫(kù)、細(xì)在選擇數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，遵循如下原則，若為已經(jīng)生物，直接選用該物種數(shù)據(jù)庫(kù)，若為非生物，則選擇與被測(cè)樣品最為本次使用數(shù)據(jù)庫(kù)：*****(51929地址：MascotMascot是一個(gè)蛋白質(zhì)鑒定軟件，曾被Frost/Suvan研究機(jī)構(gòu)生物質(zhì)譜軟件的黃金標(biāo)準(zhǔn)。該項(xiàng)目中使用的軟件版本表4-1鑒定相關(guān)參數(shù)選TypeofMS/MSIonTrypsFragmentMassToMassVaMonosotopVarabemodfcatGn->pyro-Gu(N-termQ),Oxdaton(M),TRAQ8pexPeptdeMassToInstrumentDefauMaxMssedC1FxedmodfcatCarbamdomethy(C),TRAQ8pex(N-term),TRAQ8pexxxxxxxxxxx(51927質(zhì)譜儀器采用TrpeTOF5600，該儀器的優(yōu)勢(shì)在于具有很高的分辨能力和很高的質(zhì)量精確度?？梢詮V泛適用于小分子和大目前公認(rèn)認(rèn)為，肽段母離子質(zhì)量的精確測(cè)定可以顯著減小假陽(yáng)性鑒定結(jié)果的出現(xiàn)概率。TrpeTOF5600質(zhì)譜儀的一級(jí)質(zhì)譜圖4-1譜圖匹配ID_RA_epoda1ageassdta.pngID_RA_epoda2ageass_dta.png表4-2鑒定結(jié)果GroupTotalUniqueUniqueGroupTotalUniqueUniqueTotaSpectra為二級(jí)譜圖總數(shù)，Spectra為匹配到的譜圖數(shù)量，UnqueSpectra為匹配到特有肽段的譜圖數(shù)量，Peptde為鑒定到的肽段的數(shù)量，UnquePeptde為鑒定到特有肽段序列的數(shù)量，Proten為鑒定到的蛋白質(zhì)數(shù)量.ID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/fassaffsa_overa_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/fsdafdsad_deta_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Identfcaton/sdfgasfa_1.faID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/fsafsa_deta_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/sadfsaf_overa_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Identfcaton/sdfsadf_2.fa圖4-2標(biāo)為鑒定類(lèi)別，縱坐標(biāo)為數(shù)量。TotaSpectra為二級(jí)譜圖總數(shù)，Spectra為匹配到的譜圖數(shù)量，UnqueSpectra為匹配到特有肽段的譜圖數(shù)量，Peptde為鑒定到的肽段的數(shù)量，UnquePeptde為鑒定到特有肽段序列的數(shù)量，Proten為鑒定到的蛋白質(zhì)數(shù)量ID_RA_epoda1agebac.pngID_RA_rpod2geb圖4-3蛋白質(zhì)的質(zhì)量分布圖橫坐標(biāo)為鑒定到的蛋白質(zhì)分子質(zhì)量（單位：千道爾頓，kDa），縱坐標(biāo)為鑒定到的蛋白質(zhì)ID_TRAQ_report/dat1/Image/protenMassStat.pngID_TRAQ_report/dat2/Image/protenMassStat.png圖4-4肽段長(zhǎng)度分布該圖表示不同長(zhǎng)度肽段占所有肽段的百分比。橫坐標(biāo)為肽段氨基酸殘基數(shù)，縱坐標(biāo)為該長(zhǎng)度肽段占所ID_TRAQ_report/dat1/Image/peptdeLengthStat.pngID_TRAQ_report/dat2/Image/pept圖4-5肽段序列覆蓋度分布該圖顯示不同覆蓋度的蛋白比例，不同顏色代表不同的序列覆蓋度范圍，餅狀圖百分比顯示了ID_RA_pod1gecovpnID__poda2mageovepng表4-3實(shí)驗(yàn)標(biāo)記 shds ue值小于0.05時(shí)，視為差異蛋白表4-4差異蛋白UP-Down-All-saghu_CK_113-VS-UP-Down-All-ahsud_116-VS-jsad圖4-6差異蛋白數(shù)量統(tǒng)計(jì)橫坐標(biāo)為比較組名稱(chēng)，縱坐標(biāo)為差異蛋白數(shù)量。紅色柱表示上調(diào)的蛋白數(shù)量，綠色柱表示下調(diào)的ID_TRAQ_report/dat1/Image/sgnfcant.pngID_TRAQ_report/dat2/Image/sgnf在相對(duì)定量時(shí)，如果同一個(gè)蛋白質(zhì)的量在兩個(gè)樣品間沒(méi)有顯著的變化，那么其蛋白質(zhì)豐度比接近于1。當(dāng)?shù)鞍椎呢S度比即差異倍數(shù)達(dá)到12倍以上，且經(jīng)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)其pvaue值小于005時(shí)，視該蛋白為不同樣品間的差異蛋白。對(duì)每個(gè)蛋白質(zhì)差異倍數(shù)以2為底取對(duì)數(shù)后作出分布如下圖。表達(dá)量上調(diào)的蛋白居于橫坐標(biāo)0位置的右側(cè)，表達(dá)量下調(diào)的蛋白居于橫坐標(biāo)0位置的左側(cè)。圖4-7蛋白質(zhì)豐度分布該圖顯示可定量的所有蛋白質(zhì)的差異倍數(shù)的分布情況，其中橫坐標(biāo)表示差異倍數(shù)經(jīng)過(guò)以2為底數(shù)的對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)化后的值。大于0的為表達(dá)量上調(diào)，小于0的為表達(dá)量下調(diào)。其中差異倍數(shù)大于12的點(diǎn)用紅色和綠色標(biāo)出（紅色為表達(dá)量上調(diào)，綠色為表達(dá)量下調(diào)）學(xué)的驗(yàn)證。ID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/esgasdfsd_114-VS-sadfsafsd_115_up_annot.xsID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/gdfgsg_114-VS-dsfgsdg_115.pngID_TRAQ_report/dat1/Quanttaton/werwqe_114-VS-werfas_115_down_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/fasdfsad_114-VS-fsadfsda_115_up_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/sadfsadf_114-VS-fsadfdsah_115_down_annot.xsID_TRAQ_report/dat2/Quanttaton/sfafdsdf_114-VS-fsadfsaf_115.png先需要對(duì)其進(jìn)行重復(fù)性分析。圖4-8重復(fù)性分析圖橫坐標(biāo)為兩個(gè)樣品在第一次生物重復(fù)和第二次生物重復(fù)間定量值的比值與1的差值?？v坐標(biāo)為一定范ID_TRAQ_report/Repeatabty/ewqewq_114-VS-eqwewqe_115_cv.pngID_TRAQ_report/Repeatabty/Thumbs.dbGOGeneOntoogy（簡(jiǎn)稱(chēng)GO）是一個(gè)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化的功能分類(lèi)體系，提供了一套動(dòng)態(tài)更新的標(biāo)準(zhǔn)詞匯表（ControedVocabuary）來(lái)全面描述生物體中和產(chǎn)物的屬性。GO總共有三個(gè)本體（Ontoogy），分別描述的分子功能（MoecuarFuncton）、所處的細(xì)胞位置（CeuarComponent）、參與的生物過(guò)程（BoogcaProcess）。詳細(xì)信息見(jiàn)：.我們針對(duì)鑒定出的所有蛋白進(jìn)行GO功能注釋分析，給出的結(jié)果包括兩部分：proten2go和ten2go：針對(duì)每個(gè)蛋白，給出所有相應(yīng)的GO功能的ID列表。go2proten：針對(duì)三個(gè)ontoogy（ceuarcomponent，boogcaprocess，moecuarfuncton）中所涉及的GO條目，圖4-9GO分類(lèi)GO分類(lèi)圖顯示了三個(gè)本體中所涉及到各條目的分布情況，不同顏色標(biāo)記為三個(gè)本體中涉及到的各個(gè)條目。ID_R_epoda1oogca_process.pngID_RA_epoda1eu ID_RA_repoda1dsgsgapnID_RA_epoda1ggdsgapoen2GO.xsID_RA_reporda1GgsdgaGsID_RA_epoda1ecuar_functon.pngID_RA_rpod1sdsa_G_de.xsID_RA_reporda1sea2proen.xsID_R_epoda2oogca_process.pngID_RA_epoda2eu ID_RA_repoda2gdsgapnRA_epoda2gsddsgasID_RA_epoda2oecuar_functon.pngID_RA_epoda2sddg_2__de.xsID_RA_epoda2sddsagdsapoen2GO.xsID_RA_reporda2sdsdga2proen.xCOGCOG（CusterofOrthoogousGroupsofprotens蛋白相鄰類(lèi)的聚簇）是對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行直系同源分類(lèi)的數(shù)據(jù)庫(kù)。構(gòu)成每COG的蛋白都是被假定為來(lái)自于一個(gè)祖先蛋白，并且是orthoogs或者是paraogs.Orthoogs是指來(lái)自于不同物種的由垂直家（物種形成）進(jìn)化而來(lái)的蛋白，并且特異地保留與原始蛋白相同的功能。Paraogs是那些在一定物種中的來(lái)源于 的蛋白，可能會(huì)進(jìn)化出新的與原來(lái)有關(guān)的功能。該分析將鑒定到的蛋白質(zhì)和C數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，預(yù)測(cè)這些蛋白質(zhì)可能的功能并其做功能分類(lèi)統(tǒng)計(jì)。圖4-10COG分類(lèi)圖橫坐標(biāo)為COG分類(lèi)條目，縱坐標(biāo)為功能分類(lèi)對(duì)應(yīng)的蛋白數(shù)量。該圖表示樣品中不同功能的蛋白質(zhì)的統(tǒng)ID_RA_rpod1ChngespID_RA_porda1CogpdID_RA_epoda1Csspon2cog.xsID_RA_reporda1Csasadabast.cog.xsID_RA_epordaCsadaogproen.xsID_RA_eporda2Casdasapon2cog.xsID_RA_epordaCdaadogproen.xsID_RA_repoda2Cdewdqaog1pID_RA_eporda2CsdsdsogpdID_RA_epoda2COsadabast.cog.xsPathway代謝通路在生物體內(nèi)，不同蛋白相互協(xié)調(diào)行使其生物學(xué)行為，基于Pahway的分析有助于更進(jìn)一步了解其生物學(xué)功能。E關(guān)Pahwa的主要公共數(shù)據(jù)庫(kù)（Kanehsa，2008），通過(guò)Pahwa分析能確定蛋白質(zhì)參與的最主要生化代謝途徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。ID_RA_epodaPawasadspaID_RA_epoda1ahwasdsasda_1hID_RA_epoda1ahwasdgdadgakID_RA_epodaPawadsggds_kID_R_epoda2Pahwagddg_2hID_RA_epodaPawagsdgp差異蛋白的GO富集分功能顯著性富集分析給出與所有鑒定到的蛋白質(zhì)背景相比，差異蛋白質(zhì)中顯著富集的功能條目，從而給出差異蛋白質(zhì)與哪些生物學(xué)功能顯著相關(guān)。如上蛋白質(zhì)定量部分所述，兩樣品比較時(shí)，當(dāng)?shù)鞍椎呢S度比即差異倍數(shù)達(dá)到12倍以上，且經(jīng)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)其pvaue值小于005時(shí)，視該蛋白為不同樣品間的差異蛋白。該分析首先把所有差異蛋白質(zhì)向Genenoog數(shù)據(jù)庫(kù)（/)的各個(gè)term映射，計(jì)算每個(gè)term的蛋白質(zhì)數(shù)目，然后應(yīng)用超幾何檢驗(yàn)，找出與所有蛋白質(zhì)背景數(shù)目，m為注釋到某個(gè)GO條目的差異蛋白數(shù)目。計(jì)算得到P-vaue值，以P-vaue≤0.05為閾值，滿足此條件的GOterm定義為在