抗生素抗性基因芯片檢測全面介紹

抗生素抗性基因芯片檢測全面介紹1、什么是抗生素抗性基因芯片檢測？針對383個(gè)抗生素抗性基因設(shè)計(jì)的對應(yīng)qPCR引物包裝至薄層金屬合金納米孔芯片得到高通量qPCR芯片，基于SmartChipReal-TimePCRSystem可對多個(gè)樣本進(jìn)行高效性、高通量、高精確性和高靈敏度的目標(biāo)基因檢測和定量計(jì)算。同時(shí)搭建高通量自動(dòng)微量加樣和基因定量分析平臺，可一次性高速完成5184個(gè)反應(yīng)和數(shù)據(jù)分析，規(guī)避了以往傳統(tǒng)qPCR方法的基因檢測單一化、費(fèi)用成本高和效率低等等缺點(diǎn)。2、 抗生素抗性基因芯片檢測的優(yōu)勢?檢測通量高，383個(gè)抗生素抗性基因同時(shí)檢測；?樣本用量低，構(gòu)建納升級別反應(yīng)體系；?絕對定量，根據(jù)16SrRNA的絕對定量信息換算所有基因的絕對定量信息；?特異性高，對文獻(xiàn)及數(shù)據(jù)庫收錄的引物反復(fù)實(shí)驗(yàn)獲取高特異性引物。3、 應(yīng)用方向?抗生素抗性基因分布特征；?抗生素抗性基因傳播機(jī)制研究。4、 實(shí)驗(yàn)流程樣本準(zhǔn)備一核酸提取一qPCR芯片反應(yīng)-??數(shù)據(jù)處理5、分析流程6、 樣本要求土壤、淤泥、沉積物：＞3g糞便：＞1g水樣濾膜：＞1張拭子樣本：＞2個(gè)DNA:濃度＞20ng/^L；總量＞2ng7、 技術(shù)參數(shù)生物學(xué)重復(fù)：微生物樣本重復(fù)數(shù)＞3個(gè)；檢測系統(tǒng)：SmartChipReal-TimePCRSystem項(xiàng)目周期：25個(gè)工作日8、 結(jié)果展示基因檢測統(tǒng)計(jì)根據(jù)各基因在各樣本中的Ct值統(tǒng)計(jì)出基因檢測情況，其中在表格中標(biāo)注“0”代表該基因在對應(yīng)樣本中未檢出，在表格中標(biāo)注“1”代表該基因在對應(yīng)樣本中檢出。而只有在三個(gè)技術(shù)重復(fù)中均被檢出的基因，才會將該基因判定為陽性。各基因檢測統(tǒng)計(jì)（包括技術(shù)重復(fù)）ClassGene_nameSampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3…Integraseinti111111??.Betalactamasebeta_ccra000000??.MLSBmphB111111??.

trimethoprimdfrA27111111,…MLSBermE111111,…VancomycinvanHB111111,…MLSBlnuA000000,…,…,…,…,…,…,…,…,…,…基因定量總表根據(jù)SmartChipReal-TimePCRSystem和Canco軟件給出的各基因在各樣本中的Ct值，根據(jù)相對定量=10八（31。）/（10/3）公式，計(jì)算得出各基因在各樣本中的相對定量信息。而只有在三個(gè)技術(shù)重復(fù)中均被檢出的基因，才會將該基因判定為陽性，并計(jì)算其平均值作為該基因在對應(yīng)樣本中相對定量。其中在表格中標(biāo)注“0”代表該基因在對應(yīng)樣本中未檢出，而表格中的數(shù)值代表該基因在對應(yīng)樣本中的定量，數(shù)值越大意味著該基因在對應(yīng)樣本中的定量越高。各基因定量總表（包括技術(shù)重復(fù)）ClassGene_namesampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3???Integraseint10.0013599350.0008279380.0013865320.0008470340.0013630190.007891163???Betalactamasebeta_ccra000000???MLSBmphB0.0069753180.007899780.0066517050.0069814880.0094818480.216404357???trimethoprimdfrA270.0007906020.0005181370.0007233240.0003417840.0004499990.000293547???MLSBermE0.0019432470.0010501810.0018735440.0009692060.0020215940.003131504???VancomycinvanHB0.1030934330.0987215580.0864635380.0689767930.0647703140.039630358???MLSBlnuA000000??????????????????????????????基因絕對定量根據(jù)16SrRNA基因的絕對定量換算得到各基因在各樣本中的絕對定量信息，公式如下：16S相對定量16絕對定量=基因相對定量基因絕對定量表格中數(shù)值代表在對應(yīng)樣本中每微升的基因拷貝數(shù)量，而只有在三個(gè)技術(shù)重復(fù)中均被檢出的基因，才會將該基因判定為陽性，并計(jì)算其平均值作為該基因在對應(yīng)樣本中絕對定量。其中在表格中標(biāo)注“0”代表該基因在對應(yīng)樣本中未檢出，表格中的數(shù)值代表該基因在對應(yīng)樣本中的絕對定量，數(shù)值越大意味著該基因在對應(yīng)樣本中的絕對定量越高?；蚪^對定量結(jié)果（包括技術(shù)重復(fù)）ClassGene_namesampleA1-1A1-2A1-3B1-1B1-2B1-3???Integraseint138350.1536525417.7073739793.4778221599.3747934620.68979199646.4173???Betalactamasebeta_ccra000000???MLSBmphB196703.9624242523.2478190903.9422178027.9457240838.94535475030.227???trimethoprimdfrA2722294.9810915906.8203220759.404768715.49745611429.986487426.728047???MLSBermE54799.5646532240.5450753770.7255624714.7476551348.494779227.05653???VancomycinvanHB2907234