TBIA 14-2023 藥學(xué)數(shù)據(jù)集 藥學(xué)相關(guān)的組學(xué)

ICS01.040.19CCSC10 T/BIA團(tuán) 體 標(biāo) 準(zhǔn)T/BIA14-2023藥學(xué)數(shù)集 藥學(xué)關(guān)的組學(xué)Pharmaceuticaldataset-Omics2023-04-17發(fā)布 2023-04-18實(shí)施北京信息化協(xié)會(huì) 發(fā)布T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023IIIIII目 次前言 III引言 IV1范圍 52規(guī)性用件 53術(shù)和義 54數(shù)元本性明 6據(jù)基屬性 6識(shí)編規(guī)則 6據(jù)名稱 64.46據(jù)型明 6示式明 7表格中符義描規(guī)則 7表格中符度描規(guī)則 74.784.8束條說(shuō)明 85概述 86數(shù)元 86.1目86.2究息 96.3試信息 10驗(yàn)統(tǒng)息 11試系信——實(shí)驗(yàn)物 11試系信——其他 13驗(yàn)案息 14學(xué)關(guān)基組錄組驗(yàn)16學(xué)關(guān)基組錄組序應(yīng)息 17學(xué)關(guān)基組錄組序得息 19學(xué)關(guān)蛋質(zhì)試驗(yàn)息 20藥相的譜分析息 21藥相的白數(shù)據(jù)息 22附錄資性）數(shù)元值代表 25參考獻(xiàn) 36T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023IIIIIIIVIV前 言GB/T1.1—20201本文件為首次發(fā)布。引 言T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023PAGEPAGE5PAGEPAGE6藥學(xué)數(shù)據(jù)集藥學(xué)相關(guān)的組學(xué)范圍本文件適用于臨床前藥物研究、技術(shù)優(yōu)化、研發(fā)關(guān)鍵技術(shù)工具、數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建、數(shù)據(jù)共享等。（GB/T31074科技平臺(tái)數(shù)據(jù)元設(shè)計(jì)與管理GB2312GB3102.1-93GB/T14666分析化學(xué)術(shù)語(yǔ)8T/CHIA20人類基因測(cè)序原始數(shù)據(jù)匯交元數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)T/SZAS40蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)集下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。3.1基因組學(xué)genomics1986ThomasH.Roderick3.2轉(zhuǎn)錄組學(xué)transcriptomics轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞、組織或生物體中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)RNARNA3.3蛋白質(zhì)組學(xué)proteomics1994MarcWilkins數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符、數(shù)據(jù)元名稱、英文名稱、說(shuō)明、數(shù)據(jù)類型、表示格式、計(jì)量單位、值域、約束條件。數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符編碼應(yīng)遵循以下規(guī)則：271圖1 據(jù)標(biāo)符結(jié)構(gòu)圖1中：2PD22012013001數(shù)據(jù)元的名稱是標(biāo)識(shí)數(shù)據(jù)元的主要手段，簡(jiǎn)稱“名稱”。說(shuō)明關(guān)于數(shù)據(jù)元的含義和基本特征的說(shuō)明，并使之區(qū)別于其他數(shù)據(jù)元。數(shù)據(jù)元的數(shù)據(jù)類型說(shuō)明見(jiàn)表1。表1數(shù)據(jù)類型說(shuō)明數(shù)據(jù)類型描述字符型（string）S~zAZ、（B2S1：）S2：）3（布爾型（boolean）L又稱邏輯型，采用0（False）或1（True）形式表示的邏輯值的類型數(shù)值型（number）N通過(guò)“0”到“9”數(shù)字形式表示的值的類型日期型（date）D采用GB/T7408中規(guī)定的YYYYMMDD格式表示的值的類型日期時(shí)間型（datetime）DT采用GB/T7408YYYYMMDDThhmmss（字符T作為時(shí)間的標(biāo)志符，說(shuō)明時(shí)間表示的開(kāi)始）時(shí)間型（time）T采用GB/T7408中規(guī)定的hhmmss格式表示的值的類型二進(jìn)制（binary）BY數(shù)據(jù)元的表示格式中字符含義描述規(guī)則見(jiàn)表2。表2表示格式中字符含義描述規(guī)則字符含義A字母字符N數(shù)字字符AN字母或（和）數(shù)字字符D8采用YYYYMMDD的格式表示，其中，“YYYY”表示年份，“MM”表示月份，“DD”表示日期T6采用hhmmss的格式表示，其中“hh”表示小時(shí)，“mm”表示分鐘，“ss”表示秒DT15YYYYMMDDThhmmssT數(shù)據(jù)元的表示格式中字符長(zhǎng)度描述規(guī)則見(jiàn)表3。表3表示格式中字符長(zhǎng)度描述規(guī)則類別表示方法固定長(zhǎng)度在數(shù)據(jù)類型表示符后直接給出字符長(zhǎng)度的數(shù)目，如N4類別表示方法可變長(zhǎng)度可變長(zhǎng)度不超過(guò)定義的最大字符數(shù)，在數(shù)據(jù)類型表示符后加“..”后給出數(shù)據(jù)元最大字符數(shù)目，如AN..10可變長(zhǎng)度在定義的最小和最大字符數(shù)之間，在數(shù)據(jù)類型表示符后給出最小字符長(zhǎng)度數(shù)后加“..”后再給出最大字符數(shù)，如AN4..20有若干字符行表示的長(zhǎng)度按固定長(zhǎng)度或可變長(zhǎng)度的規(guī)定給出每行的字符長(zhǎng)度數(shù)后加“X”后，再給出最大行數(shù)，如AN..40X3，有國(guó)家規(guī)定行文模板的記做AN..X有小數(shù)位按固定長(zhǎng)度或可變長(zhǎng)度的規(guī)定給出字符長(zhǎng)度數(shù)后，在“,”后給出小數(shù)位數(shù)，字符長(zhǎng)度數(shù)包含整數(shù)位數(shù)、小數(shù)點(diǎn)位數(shù)和小數(shù)位數(shù)，如N6,2值域約束數(shù)據(jù)元的約束/條件說(shuō)明見(jiàn)表4。表4約束/條件說(shuō)明約束/條件說(shuō)明必選M該數(shù)據(jù)元必須出現(xiàn)條件選C該數(shù)據(jù)元在需要出現(xiàn)的條件下應(yīng)當(dāng)出現(xiàn)可選O該數(shù)據(jù)元根據(jù)需要選擇，可以出現(xiàn)，也可以不出現(xiàn)概述數(shù)據(jù)元項(xiàng)目信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表5。T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023PAGEPAGE111010表5項(xiàng)目信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式值域約束條件備注PD04.01.001項(xiàng)目發(fā)布日期releasedate項(xiàng)目產(chǎn)生數(shù)據(jù)集的發(fā)布日期,為立即發(fā)布日期或指定日期DD8-MPD04.01.002項(xiàng)目標(biāo)題title項(xiàng)目的標(biāo)題S1AN..100-MPD04.01.003涉及領(lǐng)域relevance項(xiàng)目涉及的研究領(lǐng)域S1AN..50-MPD04.01.004項(xiàng)目描述description項(xiàng)目的描述信息S1AN..1000-MPD04.01.005資助信息grant項(xiàng)目的基金資助信息S1AN..50-MPD04.01.006資助機(jī)構(gòu)agency項(xiàng)目的資助機(jī)構(gòu)S3AN..50表A.1數(shù)據(jù)MA.1擇多個(gè)PD04.01.007資助項(xiàng)目類別program項(xiàng)目資助類別S1AN..50-OPD04.01.008項(xiàng)目資助號(hào)grantID項(xiàng)目資助號(hào)S1AN..50-M研究信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表6。表6研究信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式值域約束條件備注PD04.02.001研究發(fā)布日期releasedate研究產(chǎn)生數(shù)據(jù)集的發(fā)布日期DD8-MPD01.01.001研究標(biāo)題title研究的題目S1AN..100-MPD01.01.002研究描述description研究?jī)?nèi)容的簡(jiǎn)要描述信息S1AN..1000-MPD01.01.003研究領(lǐng)域researchfield研究中所涉及的研究領(lǐng)域，如糖尿病等S1AN..50-M數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式值域約束條件備注PD04.02.005組學(xué)數(shù)據(jù)類型datatype所屬組學(xué)的數(shù)據(jù)種類S3AN..50表A.2組學(xué)數(shù)據(jù)類型數(shù)據(jù)代碼表M可選擇的數(shù)據(jù)類型如表A.2所示，可選擇多個(gè)。如果數(shù)據(jù)類型不在此列表中，可以選擇“other”并自行填寫(xiě)PD04.02.006數(shù)據(jù)訪問(wèn)政策dataaccesspolicy數(shù)據(jù)訪問(wèn)政策S2AN..20MPD04.02.007數(shù)據(jù)共享限制datasharinglimitation約束數(shù)據(jù)的使用范圍S2AN..20研究3.商業(yè)使用M受試物信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表7。表7受試物信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束PD01.02.001受試物名稱testarticle通過(guò)非臨床研究進(jìn)行評(píng)價(jià)的物質(zhì)名稱S1AN..20--MPD01.02.002批號(hào)lotnumber提供受試物所屬批號(hào)S1AN..20--OPD01.02.003來(lái)源source具體說(shuō)明受試物來(lái)源S1AN..50--MPD01.02.004受試物純度purity某物質(zhì)中所含某種組分的質(zhì)量或者體積分?jǐn)?shù)NN..6,2%＞0MPD01.02.005受試物含量content化學(xué)物質(zhì)中，主成分在該物質(zhì)中所占的分?jǐn)?shù)NN..6,2%＞0OPD01.02.006有效期expirationdate在規(guī)定的貯藏條件下，受試物質(zhì)量能夠符合規(guī)定要求的期限D(zhuǎn)D8--M數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束PD01.02.007質(zhì)量檢驗(yàn)報(bào)告qualityinspectionreport重要依據(jù)BYAN..X--OPD01.02.008保存條件storageconditions具體說(shuō)明受試物的保存條件S1AN..50--MPD01.02.009配制方法preparationmethod詳細(xì)描述受試物溶液的配制方法S1AN..100--MPD01.02.010溶媒solvent能溶解氣體、固體、液體而成為均勻混合物的一種液體。習(xí)慣上把氣體和固體叫溶質(zhì)，液體叫溶劑。需要說(shuō)明批號(hào)、規(guī)格和生產(chǎn)廠家S1AN..100--MPD01.02.011藥用輔料pharmaceuticexcipients需要說(shuō)明批號(hào)、規(guī)格和生產(chǎn)廠家S1AN..100--O試驗(yàn)系統(tǒng)信息——實(shí)驗(yàn)動(dòng)物數(shù)據(jù)元見(jiàn)表8。T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-202311PAGE211PAGE3表8試驗(yàn)系統(tǒng)信息——實(shí)驗(yàn)動(dòng)物數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD01.03.001品種breed“種”以下的非自然分類單位。主要通過(guò)人工選擇或定向培育，把動(dòng)物的某些生物學(xué)特性進(jìn)行改良，并能穩(wěn)定遺傳的一類動(dòng)物。最常用的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物品種為：小鼠、大鼠、地鼠、豚鼠、兔、犬、小型豬、貓、斑馬魚(yú)和非人靈長(zhǎng)類中獼猴等S1AN..10--MPD01.03.002品系strain實(shí)驗(yàn)動(dòng)物品系來(lái)源應(yīng)明確，即“株”。為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物專有分類名詞，根據(jù)不同試驗(yàn)?zāi)康牟捎靡欢ǖ慕慌浞绞椒敝城易嫦让鞔_的動(dòng)物群，具有獨(dú)特的生物學(xué)特性并能穩(wěn)定遺傳的群體，如近交系、突變系等，可用于不同試驗(yàn)?zāi)康牡膭?dòng)物群體S1AN..50--MPD01.03.003等級(jí)grade實(shí)驗(yàn)動(dòng)物按微生物學(xué)等級(jí)分為普通級(jí)動(dòng)物、清潔級(jí)動(dòng)物、無(wú)特定病原體級(jí)動(dòng)物、無(wú)菌級(jí)動(dòng)物S2AN..50-MPD01.03.004來(lái)源source實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來(lái)源途徑。動(dòng)物來(lái)源單位符合實(shí)驗(yàn)動(dòng)物管理部門(mén)核發(fā)的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物生產(chǎn)許可證、動(dòng)物合格證、動(dòng)物檢疫證明等資質(zhì)條件S1AN..50--M數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD01.03.005性別gender對(duì)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物性別的描述，通過(guò)觀察外生殖器的形狀和位置判斷S2AN..10-雌性、雄性MPD01.03.006動(dòng)物數(shù)number動(dòng)物實(shí)驗(yàn)中實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的具體使用數(shù)量NN..4只,尾＞0MPD01.03.007年齡age對(duì)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)中實(shí)驗(yàn)動(dòng)物年齡的描述，一般常用周齡，日齡和月齡等NN..3day,week,month,year＞0PD01.03.008體重bodyweight實(shí)驗(yàn)動(dòng)物體重的測(cè)量值NN..7,2kg,g＞0PD01.03.009動(dòng)物實(shí)驗(yàn)倫理審查表thetabofanimalexperimentalethicalinspection動(dòng)物實(shí)驗(yàn)前必須進(jìn)行倫理審批（即動(dòng)物實(shí)驗(yàn)倫理審查表），審批通過(guò)的實(shí)驗(yàn)才能夠進(jìn)行。審查的內(nèi)容主要包括研究者資質(zhì)、動(dòng)物的選擇、試驗(yàn)?zāi)康?、方法和條件、動(dòng)物的處死等方面BYAN..X--MPD01.03.010動(dòng)物質(zhì)量合格證animalqualitycertificate實(shí)驗(yàn)動(dòng)物來(lái)源是否合格的重要文件，一般由具有實(shí)驗(yàn)動(dòng)物生產(chǎn)許可的公司或研究單位開(kāi)具，外地購(gòu)買的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物一般還需要提供檢疫合格證明BYAN..X--MPD01.03.011動(dòng)物實(shí)驗(yàn)設(shè)施使用證明thecertificationofusingtheexperimentfacilityforlaboratoryanimal在動(dòng)物實(shí)驗(yàn)結(jié)束后，到實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心開(kāi)具的可以證明此動(dòng)物實(shí)驗(yàn)在某設(shè)施進(jìn)行的證明性文件BYAN..X--O試驗(yàn)系統(tǒng)信息——其他數(shù)據(jù)元見(jiàn)表9。表9試驗(yàn)系統(tǒng)信息——其他數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域PD01.03.012組織tissue樣本的來(lái)源組織/器官信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的組織/器官的名稱和來(lái)源S1AN..50--PD01.03.013類器官organoids樣本的來(lái)源類器官信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的類器官的名稱和來(lái)源S1AN..50--PD04.04.001胚胎embryo樣本的來(lái)源胚胎信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的胚胎的名稱和來(lái)源S1AN..50--PD01.03.014細(xì)胞cell樣本的來(lái)源細(xì)胞信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的細(xì)胞的名稱及來(lái)源S1AN..50--PD01.03.015細(xì)菌strain樣本的來(lái)源細(xì)菌信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的細(xì)菌的名稱及來(lái)源S1AN..50--PD01.03.016病毒virus樣本的來(lái)源病毒信息，具體寫(xiě)明試驗(yàn)中使用的病毒的名稱及來(lái)源S1AN..50--PD04.04.002體液bodyfluid樣品的來(lái)源體液信息，包括血液、尿液、唾液、腦脊液等，具體說(shuō)明試驗(yàn)中使用的體液的來(lái)源S1AN..50--PD04.04.003外泌體exosome樣品的來(lái)源外泌體信息，包括培養(yǎng)細(xì)胞分泌的，以及存在于體液中的，具體說(shuō)明試驗(yàn)中使用的外泌體的來(lái)源S1AN..50--試驗(yàn)方案信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表10。表10試驗(yàn)方案信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域PD01.04.001給藥劑量dosage試驗(yàn)中使用的受試物的具體劑量NN..7,3單位重量以㎏、g、㎎、μg等四級(jí)重量計(jì)量單位表示；容量以L、mL、μL三級(jí)計(jì)量單位表示；放射性藥物評(píng)價(jià)過(guò)程中的活度劑量表述，諸如：Ci、mCi、μCi、Bq、mBq0-999PD01.04.002（concentration試驗(yàn)中使用的受試物的具體藥物濃度（濃度）指物質(zhì)B作為溶質(zhì)時(shí)，物質(zhì)B的濃度為溶質(zhì)的物質(zhì)的量nB與溶液的體積v之比NN..7,3mol/L,mmol/L,μmol/L,nmol/L0-999PD01.04.003藥物濃度（質(zhì)量濃度）massconcentration（BNN..7,3g/L,mg/L,μg/L,ng/L,g/mL,mg/mL,μg/mL,ng/mL0-999PD01.04.004放射性藥物活度濃度activityconcentration試驗(yàn)中使用的放射性藥物的具體活度濃度指單位體積溶液中所含的放射性活度NN..7,3Ci/L,mCi/mL,μCi/μL,Bq/mL,mBq/mL0-999PD01.04.005放射性藥物比活度specificactivity試驗(yàn)中使用的放射性藥物的具體比活度指單位質(zhì)量物質(zhì)的放射性活度NN..7,3Bq/g,mCi/g0-999數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域PD01.04.006給藥途徑administrationroute具體描述受試物進(jìn)入試驗(yàn)系統(tǒng)的方法S1AN..20--PD01.04.007給藥次數(shù)administrationtimes試驗(yàn)期間內(nèi)用藥的次數(shù)NN..3-＞0PD01.04.008觀察時(shí)間observationtime試驗(yàn)期間，具體的觀察時(shí)間NN..3min,h,day,week,month＞0PD01.04.009給藥頻率administrationfrequency一段時(shí)間內(nèi)用藥的頻率NN..2/day,/week,/month＞0PD01.04.010給藥期/給藥期限administrationduration給藥時(shí)間的長(zhǎng)短，也稱給藥期限NN..3min,h,day,week,month,year＞0PD01.04.011作用時(shí)間durationofn受試物作用于受試系統(tǒng)后的具體時(shí)間NN..3min,h,day,week,month,year＞0PD01.04.012動(dòng)物處理時(shí)間sacrificetimeofanimal說(shuō)明試驗(yàn)中處理實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的具體時(shí)間NN..3min,h,day,week,month，year＞0PD01.04.013樣本標(biāo)題sampletitle樣本的標(biāo)題，要求簡(jiǎn)短S1AN..100--PD01.04.014采樣時(shí)間collectiontime說(shuō)明采集試驗(yàn)樣本的具體時(shí)間DD8--PD01.04.015采樣次數(shù)collectiontimes說(shuō)明采集試驗(yàn)樣本的具體次數(shù)NN..2-＞0PD01.04.016檢測(cè)時(shí)間examinetime說(shuō)明檢測(cè)/觀察試驗(yàn)指標(biāo)的具體時(shí)間DD8--PD04.05.001樣本范圍samplescope用于研究的生物樣品的范圍和純度S3AN..50-表A.3樣本范圍代碼表藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表11。表11藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量值域約束條件PD04.06.001測(cè)序平臺(tái)platform試驗(yàn)選用的測(cè)序平臺(tái)S1AN..100--MPD04.06.002文庫(kù)構(gòu)建/試驗(yàn)設(shè)計(jì)libraryconstruction/experimentaldesign試驗(yàn)的文庫(kù)構(gòu)建方法或試驗(yàn)設(shè)計(jì)方法S3AN..20-表A.4試驗(yàn)測(cè)序設(shè)計(jì)代碼表MPD04.06.003文庫(kù)名稱nameoflibrary文庫(kù)的名稱S1AN..100--MPD04.06.004建庫(kù)策略strategy試驗(yàn)的建庫(kù)策略S3AN..50-表A.5試驗(yàn)建庫(kù)策略代碼表MPD04.06.005樣本來(lái)源source文庫(kù)的試驗(yàn)材料來(lái)源類型S3AN..50-表A.6試驗(yàn)樣本來(lái)源代碼表MPD04.06.006基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)方式選擇selection選擇和/或富集被測(cè)序材料的方式S3AN..50-表A.7基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)方式選擇代碼表MPD04.06.007文庫(kù)布局layout雙端測(cè)序，單端測(cè)序,還是鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序S2AN..20-雙端測(cè)序、單端測(cè)序、鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序MPD04.06.008正向測(cè)序讀長(zhǎng)readlengthformate1正向測(cè)序讀長(zhǎng)NN..4bp＞0MPD04.06.009反向測(cè)序讀長(zhǎng)readlengthformate2反向測(cè)序讀長(zhǎng)NN..4bp＞0CPD04.06.010插入片段長(zhǎng)度insertsize雙端測(cè)序的插入片段長(zhǎng)度，可取值為插入片段長(zhǎng)NN..4bp＞0O藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組測(cè)序反應(yīng)信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表12。表12藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組測(cè)序反應(yīng)信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件備注PD04.07.001測(cè)序反應(yīng)標(biāo)題title測(cè)序反應(yīng)的標(biāo)題S1AN..100--MPD04.07.002數(shù)據(jù)類型datatype測(cè)序反應(yīng)產(chǎn)生的文件類型S3AN..50-表A.8OPD04.07.003文件名filename要上傳的序列文件的名S1AN..100--O同一個(gè)數(shù)據(jù)集中，必須是唯一的，不可包含空格、連字符、括號(hào)、句點(diǎn)，或正反斜P(pán)D04.07.004MD5校驗(yàn)碼MD5MD5校驗(yàn)碼，長(zhǎng)度為32位，用于校驗(yàn)文件的一致性S1AN..100--MPD04.07.005參考序列名或編號(hào)assemblynameoraccession參考序列為公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的公開(kāi)序列時(shí)，參考序列的名稱或編號(hào)S1AN..100--O如果上傳序列為BAM格式，需要提供序列比對(duì)時(shí)的參考序列信息PD04.07.006參考序列鏈接assemblyURL參考序列為公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的公開(kāi)序列時(shí)，參考序列對(duì)應(yīng)的訪問(wèn)網(wǎng)址S1AN..100--O如果上傳序列為BAM格式，需要提供序列比對(duì)時(shí)的參考序列信息PD04.07.007參考序列文件名referencefilename參考序列為公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的公開(kāi)序列時(shí)，需上傳參考序列，本項(xiàng)指參考序列的文件名S1AN..100--O如果上傳序列為BAM格式，需要提供序列比對(duì)時(shí)的參考序列信息數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件備注PD04.07.008參考序列MD5校驗(yàn)碼MD5forreferencefile參考序列為公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的公開(kāi)序列時(shí)，需上傳參考序列，本項(xiàng)指參考序列的MD5校驗(yàn)碼，長(zhǎng)度32位S1AN..100--O如果上傳序列為BAM格式，需要提供序列比對(duì)時(shí)的參考序列信息藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表13。表13藥學(xué)相關(guān)的基因組/轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)表示格式計(jì)量值域約束備注PD04.08.001基因IDgeneIDEntrezgeneID、EnsemblID等ANAN..50--MPD04.08.002基因名genesymbol官方基因名ANAN..50--OPD04.08.003類型typemRNA、smallRNA、lncRNA、circRNA等ANAN..25--OPD04.08.004reads數(shù)readcount比對(duì)到某基因的reads數(shù)NN..6-＞0MPD04.08.005TPMtranscriptsperkilobaseofexonmodelpermillionmappedreads每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的transcriptsNN..9.4-≥0MRPM一項(xiàng)）T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-20232020221數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件備注PD04.08.006FPKMfragmentsperkilobaseofexonmodelpermillionmappedfragments每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的fragmentsNN..9.4-≥0MRPKM,RPM一項(xiàng)）PD04.08.007RPKMreadsperkilobasepermillionmappedreads每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的readsNN..9.4-≥0MRPKM,RPM一項(xiàng)）PD04.08.008RPMreadsofexonmodelpermillionmappedreads每百萬(wàn)映射讀取的readsNN..9.4-≥0M標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)TPM（TPM,FPKM,RPKM,RPM選填其中一項(xiàng)）藥學(xué)相關(guān)的蛋白質(zhì)組試驗(yàn)信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表14。表14藥學(xué)相關(guān)的蛋白質(zhì)組試驗(yàn)信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)表示格式計(jì)量值域約束PD04.09.001定量方法quantitativemethod蛋白質(zhì)定量的方法S3AN..50-表A.9定量方法的名稱代碼MPD04.09.002酶解方法enzymolysismethod酶解的方法S1AN..100--MPD04.09.003蛋白質(zhì)翻譯后修飾post-translationalmodification蛋白質(zhì)翻譯后修飾的方式S1AN..100--M數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD04.09.004蛋白質(zhì)組試驗(yàn)方法experimentmethod試驗(yàn)的方式選擇S3AN..50-表A.10MPD04.09.005MS儀器MSinstrument質(zhì)譜儀器的名稱S1AN..100--MPD04.09.006試驗(yàn)過(guò)程描述descriptionofexperimentprocess詳細(xì)的試驗(yàn)過(guò)程描述信息S1AN..1000--MPD04.09.007其他信息otherinformation補(bǔ)充描述不含在試驗(yàn)過(guò)程信息中的其他信息，包括但不限于酶解、分級(jí)、富集（針對(duì)翻譯后修飾項(xiàng)目）、質(zhì)譜、數(shù)據(jù)分享等過(guò)程S1AN..1000--OPD04.09.008試驗(yàn)總結(jié)experimentsummary對(duì)試驗(yàn)檢測(cè)結(jié)果的總結(jié)，包括但不限于鑒定到的譜圖數(shù)，肽段數(shù)，蛋白質(zhì)數(shù)以及定量到的蛋白質(zhì)等信息S1AN..1000--M藥學(xué)相關(guān)的質(zhì)譜檢測(cè)分析信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表15。表15藥學(xué)相關(guān)的質(zhì)譜檢測(cè)分析信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)表示格式計(jì)量值域約束PD04.10.001數(shù)據(jù)庫(kù)搜索軟件名稱nameofsoftwareforthedatabasesearching蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索軟件的名稱S1AN..100--MPD04.10.002數(shù)據(jù)庫(kù)搜索軟件版本versionofsoftwareforthedatabasesearching蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索軟件的版本S1AN..100--MT/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-202322PAGE222PAGE3數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD04.10.003搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)類型typeofdatabaseforsearching蛋白質(zhì)組學(xué)搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)類型S1AN..100--MPD04.10.004搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)版本versionofdatabaseforsearching蛋白質(zhì)組學(xué)搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)版本S1AN..100--MPD04.10.005誘餌數(shù)據(jù)庫(kù)類型typeofdecoydatabase誘餌數(shù)據(jù)庫(kù)的類型S1AN..100--MPD04.10.006肽段鑒定軟件名稱nameofsoftwareforpeptideidentification信息分析過(guò)程中肽段鑒定軟件名稱S3AN..50-表A.11MPD04.10.007肽段鑒定軟件版本versionofsoftwareforpeptideidentification信息分析過(guò)程中肽段鑒定軟件版本號(hào)S1AN..100--MPD04.10.008肽段鑒定軟件參數(shù)parameterofsoftwareforpeptideidentification信息分析過(guò)程中肽段鑒定軟件參數(shù)信息（固定修飾，可變修飾，一級(jí)二級(jí)質(zhì)譜質(zhì)量誤差，蛋白多肽鑒定閾值等）S1AN..100--MPD04.10.009蛋白質(zhì)定量軟件名稱nameofsoftwareforproteinquantitation信息分析過(guò)程中蛋白質(zhì)定量軟件名稱S3AN..50-表A.12MPD04.10.010蛋白質(zhì)定量軟件版本versionofsoftwareforproteinquantitation信息分析過(guò)程中蛋白質(zhì)定量軟件版本號(hào)S1AN..100--MPD04.10.011蛋白質(zhì)定量軟件參數(shù)parameterofsoftwareforproteinquantitation信息分析過(guò)程中蛋白質(zhì)定量軟件參數(shù)信息S1AN..100--M藥學(xué)相關(guān)的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)信息數(shù)據(jù)元見(jiàn)表16。表16藥學(xué)相關(guān)的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)信息數(shù)據(jù)元數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD04.11.001原始數(shù)據(jù)rawdata原始數(shù)據(jù)S3raw-詳見(jiàn)標(biāo)準(zhǔn)T/SZAS40—2021MwiffmzmlmzxmlmgfPD04.11.002鑒定結(jié)果文件fileofidentificationresult鑒定結(jié)果文件S3mzIdentml-詳見(jiàn)標(biāo)準(zhǔn)T/SZAS40—2021McsvtxtdatpdresultmsfgroupPD04.11.003定量結(jié)果文件fileofquantitativeanalysisresult定量結(jié)果文件S3mzTab-詳見(jiàn)標(biāo)準(zhǔn)T/SZAS40—2021MmzQuantMLPD04.11.004蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)文件fileofproteindatabasebank蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)文件S3fasta-詳見(jiàn)標(biāo)準(zhǔn)T/SZAS40—2021MpeffPD04.11.005蛋白IDproteinIDSwiss-ProtID、UniprotID等S1AN..50--MPD04.11.006蛋白名稱proteinname官方蛋白名稱S1AN..50--OPD04.11.007蛋白功能function蛋白功能的簡(jiǎn)單描述S1AN..100--O數(shù)據(jù)元標(biāo)識(shí)符數(shù)據(jù)元名稱英文名稱說(shuō)明數(shù)據(jù)類型表示格式計(jì)量單位值域約束條件PD04.11.008覆蓋率coverage鑒定到的氨基酸數(shù)目占蛋白質(zhì)總氨基酸數(shù)目的比例NN..5,2%＞0OPD04.11.009肽段數(shù)numberofpeptides鑒定到的肽段數(shù)NN..3-＞0OPD04.11.010特有肽段的個(gè)數(shù)numberofuniquepeptides專屬于某一蛋白質(zhì)的唯一肽段數(shù)NN..3-＞0OPD04.11.011強(qiáng)度intensitygroupsuniquerazorpeptides的信號(hào)強(qiáng)度加起來(lái)，作為一個(gè)原始強(qiáng)度值NN..12,3-＞0MPD04.11.012蛋白質(zhì)分子量molecularweight蛋白質(zhì)的理論分子量NN..7,2kDa＞0OPD04.11.013功能描述description其他描述，如GO功能注釋、KEGG功能注釋、定位注釋等S1或者BYAN..X--OT/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-202322PAGE522PAGE6附 錄 A（）A.1項(xiàng)目資助機(jī)構(gòu)代碼表項(xiàng)目資助機(jī)構(gòu)代碼表見(jiàn)表A.1。表A.1項(xiàng)目資助機(jī)構(gòu)代碼表代碼值含義說(shuō)明01MinistryofScienceandTechnologyofthePeople'sRepublicofChina(MOST)中華人民共和國(guó)科學(xué)技術(shù)部02NationalNaturalScienceFoundationofChina(NSFC)國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)03ChineseAcademyofSciences(CAS)中國(guó)科學(xué)院04other其他機(jī)構(gòu)05nofundingsupport無(wú)資金支持A.2組學(xué)數(shù)據(jù)類型代碼表組學(xué)數(shù)據(jù)類型代碼表見(jiàn)表A.2。表A.2組學(xué)數(shù)據(jù)類型代碼表代碼值含義說(shuō)明01wholegenomesequencing全基因組測(cè)序02genomesequencingandassembly基因組測(cè)序和組裝03rawsequencereads組學(xué)原始序列測(cè)序04variation基因變異相關(guān)測(cè)序05cloneends克隆末端測(cè)序06wholeexomesequencing外顯子測(cè)序07phenotype/Genotype表型與基因型相關(guān)的測(cè)序08epigenomicsDNA甲基化，組蛋白修飾，染色質(zhì)數(shù)據(jù)集09transcriptomeorgeneexpression轉(zhuǎn)錄組或基因表達(dá)相關(guān)測(cè)序10map無(wú)測(cè)序數(shù)據(jù)的圖位數(shù)據(jù)，圖位克隆測(cè)序，輻射雜種細(xì)胞圖11randomsurvey從收集到的樣品的隨機(jī)取樣的測(cè)序，即不打算對(duì)材料進(jìn)行全面取樣12metagenome宏基因組測(cè)序13targetedlocus,Loci特定位點(diǎn)的測(cè)序，如16SrRNA測(cè)序14targetedlocicultured來(lái)自培養(yǎng)樣本的靶向位點(diǎn)測(cè)序15targetedlocienvironmental來(lái)自環(huán)境樣本（未培養(yǎng)）的靶向位點(diǎn)測(cè)序16proteome蛋白質(zhì)組17other其他數(shù)據(jù)類型，需要用戶做文字描述A.3樣本范圍代碼表樣本范圍代碼表見(jiàn)表A.3。表A.3樣本范圍代碼表代碼值含義說(shuō)明01monoisolate同一物種且同一基因型樣本集，主要用于模式動(dòng)物/植物或細(xì)胞系等02multisolate同一物種的多基因型的個(gè)體樣本集03multi-species多物種樣本集04environment環(huán)境樣本集，多用于宏基因組研究05synthetic在實(shí)驗(yàn)室里制造/合成的樣本集06singlecell單細(xì)胞測(cè)序樣本集07other其他樣本集或無(wú)法歸入以上類別的特殊樣本集A.4試驗(yàn)測(cè)序設(shè)計(jì)代碼表試驗(yàn)測(cè)序設(shè)計(jì)代碼表見(jiàn)表A.4。表A.4試驗(yàn)測(cè)序設(shè)計(jì)代碼表代碼測(cè)序平臺(tái)儀器型號(hào)說(shuō)明P1.1LS454454GS利用LS454測(cè)序平臺(tái)的454GS儀器測(cè)序P1.2LS454454GS20利用LS454測(cè)序平臺(tái)的454GS20儀器測(cè)序P1.3LS454454GSFLX利用LS454測(cè)序平臺(tái)的454GSFLX儀器測(cè)序P1.4LS454454GSFLXTitaniumLS454454GSFLXTitanium測(cè)序P1.5LS454454GSFLX+利用LS454測(cè)序平臺(tái)的454GSFLX+儀器測(cè)序P1.6LS454454GSJunior利用LS454測(cè)序平臺(tái)的454GSJunior儀器測(cè)序P2.1CAPILLARYAB310GeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB310GeneticAnalyzer儀器測(cè)序P2.2CAPILLARYAB3130GeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB3130GeneticAnalyzer儀器測(cè)序P2.3CAPILLARYAB3130xLGeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB3130xLGeneticAnalyzer儀器測(cè)序P2.4CAPILLARYAB3500GeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB3500GeneticAnalyzer儀器測(cè)序P2.5CAPILLARYAB3500xLGeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB3500xLGeneticAnalyzer儀器測(cè)序P2.6CAPILLARYAB3730GeneticAnalyzerCAPILLARYAB3730GeneticAnalyzerP2.7CAPILLARYAB3730xLGeneticAnalyzer利用CAPILLARY測(cè)序平臺(tái)的AB3730xLGeneticAnalyzer儀器測(cè)序P3.1ABISolidAB5500GeneticAnalyzer利用ABISolid測(cè)序平臺(tái)的AB5500GeneticAnalyzer儀器測(cè)序P3.2ABISolidAB5500xlGeneticAnalyzer利用ABISolid測(cè)序平臺(tái)的AB5500xLGeneticAnalyzer儀器測(cè)序P3.3ABISolidAB 5500x-WlGeneticAnalyzerABISolidAB5500x-WlGeneticAnalyzer儀器測(cè)序P3.4ABISolidABSOLiD3PlusSystem利用ABISolid測(cè)序平臺(tái)的ABSOLiD3PlusSystem儀器測(cè)序代碼測(cè)序平臺(tái)儀器型號(hào)說(shuō)明P3.5ABISolidABSOLiD4SystemABISolidABSOLiD4System器測(cè)序P3.6ABISolidABSOLiD4hqSystemABISolidABSOLiD4hqSystem儀器測(cè)序P3.7ABISolidABSOLiDPISystem利用ABISolid測(cè)序平臺(tái)的ABSOLiDPISystem儀器測(cè)序P3.8ABISolidABSOLiDSystem1.0ABISolidABSOLiDSystem1.0儀器測(cè)序P3.9ABISolidABSOLiDSystem2.0ABISolidABSOLiDSystem2.0儀器測(cè)序P3.10ABISolidABSOLiDSystem3.0ABISolidABSOLiDSystem3.0儀器測(cè)序P4.1BGISeqBGISEQ-100利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的BGISEQ-100儀器測(cè)序P4.2BGISeqBGISEQ-1000利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的BGISEQ-1000儀器測(cè)序P4.3BGISeqBGISEQ-500利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的BGISEQ-500儀器測(cè)序P4.4BGISeqDNBSEQ-G400利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的DNBSEQ-G400儀器測(cè)序P4.5BGISeqDNBSEQ-T7利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的DNBSEQ-T7儀器測(cè)序P4.6BGISeqDNBSEQ-G50利用BGISeq測(cè)序平臺(tái)的DNBSEQ-G50儀器測(cè)序P5.1CapitalBioCompanyBioelectronSeq4000利用CapitalBioCompany測(cè)序平臺(tái)的BioelectronSeq4000儀器測(cè)序P6.1BionanoGenomicsBioNanoIRYSBionanoGenomicsBioNanoIRYS儀器測(cè)序P6.2BionanoGenomicsBioNanoSAPHYR利用BionanoGenomics測(cè)序平臺(tái)的BioNanoSAPHYR儀器測(cè)序P7.1CompleteGenomicsCompleteGenomics利用CompleteGenomics測(cè)序平臺(tái)的CompleteGenomics儀器測(cè)序P8.1DAANGENEDA8600利用DAANGENE測(cè)序平臺(tái)的DA8600儀器測(cè)序P9.1HelicosBioSciencesCorporationHelicosHeliScopeHelicosBioSciencesCorporationHelicosHeliScopP10.1HYKGeneticHYK-PSTAR-IIAHYKGeneticHYK-PSTAR-IIA測(cè)序P11.1IlluminaIlluminaGenomeAnalyzer利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaGenomeAnalyzer儀器測(cè)序P11.2IlluminaIlluminaGenomeAnalyzerII利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaGenomeAnalyzerII儀器測(cè)序P11.3IlluminaIlluminaGenomeAnalyzerIIx利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaGenomeAnalyzerIIx儀器測(cè)序P11.4IlluminaIlluminaHiScanSQIlluminaIlluminaHiScanSQ器測(cè)序P11.5IlluminaIlluminaHiSeq1000IlluminaIlluminaHiSeqP11.6IlluminaIlluminaHiSeq1500利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaHiSeq1500儀器測(cè)序P11.7IlluminaIlluminaHiSeq2000利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaHiSeq2000儀器測(cè)序P11.8IlluminaIlluminaHiSeq2500利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaHiSeq2500儀器測(cè)序代碼測(cè)序平臺(tái)儀器型號(hào)說(shuō)明P11.9IlluminaIlluminaHiSeq3000利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaHiSeq3000儀器測(cè)序P11.10IlluminaIlluminaHiSeq4000利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaHiSeq4000儀器測(cè)序P11.11IlluminaIlluminaHiSeqXTenIlluminaIlluminaHiSeqXTen儀器測(cè)序P11.12IlluminaIlluminaMiSeqIlluminaIlluminaMiSeq序P11.13IlluminaIlluminaMiniSeqIlluminaIlluminaMiniSeq測(cè)序P11.14IlluminaIlluminaNextseq500IlluminaIlluminaNextseq500儀器測(cè)序P11.15IlluminaIlluminaNextseq550IlluminaIlluminaNextseq550儀器測(cè)序P11.16IlluminaIlluminaiSeq100IlluminaIlluminaiSeq100P11.17IlluminaIlluminaNovaSeq5000利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaNovaSeq5000儀器測(cè)序P11.18IlluminaIlluminaNovaSeq6000利用Illumina測(cè)序平臺(tái)的IlluminaNovaSeq6000儀器測(cè)序P12.1IonTorrentIonTorrentPGMIonTorrentIonTorrentPGM器測(cè)序P12.2IonTorrentIonTorrentProton利用IonTorrent測(cè)序平臺(tái)的IonTorrentroton儀器測(cè)序P12.3IonTorrentIonTorrentS5XL利用IonTorrent測(cè)序平臺(tái)的IonTorrentS5XL儀器測(cè)序P12.4IonTorrentIonTorrentS5IonTorrentIonTorrentS5測(cè)序P13.1OxfordNanoporeMinIONOxfordNanoporeMinION序P13.2OxfordNanoporeGridIONOxfordNanoporeGridION序P13.3OxfordNanoporePromethIONOxfordNanoporePromethIONP14.1BerryGenomicsNextSeqCN500利用BerryGenomics測(cè)序平臺(tái)的NextSeqCN500儀器測(cè)序P15.1PacBioSMRTPacBioRSPacBioSMRTPacBioRSP15.2PacBioSMRTPacBioRSIIPacBioSMRTPacBioRSIIP15.3PacBioSMRTPacBioSequelPacBioSMRTPacBioSequelP15.4PacBioSMRTPacBioSequelII利用PacBioSMRT測(cè)序平臺(tái)的PacBioSequelII儀器測(cè)序A.5試驗(yàn)建庫(kù)策略代碼表試驗(yàn)建庫(kù)策略代碼表見(jiàn)表A.5。表A.5試驗(yàn)建庫(kù)策略代碼表代碼值含義說(shuō)明01WGS非PCR擴(kuò)增全基因組的隨機(jī)測(cè)序技術(shù)02WGA全基因組隨機(jī)測(cè)序技術(shù)03WES外顯子隨機(jī)測(cè)序技術(shù)04WXS外顯子特定區(qū)域基因組隨機(jī)測(cè)序技術(shù)05RNA-Seq全轉(zhuǎn)錄組的隨機(jī)測(cè)序技術(shù)06miRNA-Seq小RNA的隨機(jī)測(cè)序技術(shù)07WCS全染色體隨機(jī)測(cè)序技術(shù)08CLONE基于基因組克隆的測(cè)序技術(shù)09POOLCLONE混合克隆鳥(niǎo)槍法測(cè)序技術(shù)10AMPLICONOverlappingPCR或RT-PCR產(chǎn)物的測(cè)序技術(shù)11CLONEEND克隆末端（5'/3'或兩者）測(cè)序技術(shù)12FINISHING終止法測(cè)序技術(shù)13ChIP-Seq染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序技術(shù)14MNase-SeqMNase消化后直接測(cè)序技術(shù).15DNase-Hypersensitivity超敏感位點(diǎn)測(cè)序技術(shù)16Bisulfite-Seq亞硫酸氫鈉測(cè)序技術(shù)17Tn-Seq轉(zhuǎn)座子插入位點(diǎn)測(cè)序技術(shù)18ESTcDNA模板的單次測(cè)序技術(shù)19FL-cDNAcDNA模板的全長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)20CTS級(jí)聯(lián)標(biāo)簽測(cè)序技術(shù)21MRE-Seq甲基化敏感限制性內(nèi)切酶測(cè)序技術(shù)22MeDIP-Seq甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序技術(shù)23MBD-Seq甲基化組分測(cè)序的直接測(cè)序技術(shù)24synthetic-long-read長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)25ATAC-seq染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序技術(shù)26ChIA-PETChIA-PET配對(duì)末端標(biāo)簽測(cè)序技術(shù)27FAIRE-seq借助有機(jī)溶劑甲醛對(duì)染色體中裸露的DNA進(jìn)行固定，之后通過(guò)酚氯仿抽提獲取裸露DNA的測(cè)序技術(shù)28Hi-C染色體構(gòu)象捕獲測(cè)序技術(shù)，其中生物素標(biāo)記的核苷酸結(jié)合在連接結(jié)點(diǎn)，使得能夠選擇性純化嵌合DNA連接結(jié)點(diǎn)，然后進(jìn)行深度測(cè)序29ncRNA-seq非編碼RNA測(cè)序技術(shù)30RAD-seq限制性位點(diǎn)相關(guān)DNA序列測(cè)序技術(shù)31RIP-seqRNA免疫沉淀物的直接測(cè)序技術(shù)（包括CLIP-Seq、HITS-CLIP和PAR-CLIP）32SELEX指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)33ssRNA-seq鏈特異性測(cè)序34targeted-capture靶向捕獲測(cè)序技術(shù)35tetheredchromatinconformationcapture染色質(zhì)構(gòu)象捕獲測(cè)序技術(shù)36linkedreadsequencing利用微流體技術(shù)來(lái)進(jìn)行微滴分離并在高分子量（HMW）DNA上添加標(biāo)簽序列，從而生成一種全新的數(shù)據(jù)類型，能夠提供短讀長(zhǎng)測(cè)序數(shù)據(jù)在基因組中的上下文信息T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-20233030333代碼值含義說(shuō)明37Iso-seq全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，可獲得mRNA的全長(zhǎng)序列38other其他未收錄測(cè)序技術(shù)A.6試驗(yàn)樣本來(lái)源代碼表試驗(yàn)樣本來(lái)源代碼表見(jiàn)表A.6。表A.6試驗(yàn)樣本來(lái)源代碼表代碼值含義說(shuō)明01genomic基因組02transcriptomic轉(zhuǎn)錄組03metagenomic宏基因組混合材料04metatranscriptomic宏基因組的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物05syntheticDNA合成DNA06viralRNA病毒RNA07genomicsinglecell基因組單細(xì)胞08transcriptomicsinglecell轉(zhuǎn)錄組單細(xì)胞09other其他，未指定的或未知的來(lái)源類型A.7基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)方式選擇代碼表基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)方式選擇代碼表見(jiàn)表A.7。表A.7基因組/轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)方式選擇代碼表代碼值含義說(shuō)明01unspecified非特異性篩選02random隨機(jī)03PCR利用特定引物對(duì)材料進(jìn)行篩選04randomPCR利用隨機(jī)產(chǎn)生的引物對(duì)材料進(jìn)行篩選05RT-PCR用逆轉(zhuǎn)錄PCR方法篩選06HMPR（hypo-methylatedpartialrestrictiondigest）07MF甲基篩選（methylfiltrated）08CF-SCot-filtered單拷貝/低拷貝基因組DNA方式篩選（Cot-filteredsingle/low-copygenomicDNA）09CF-MCot-filteredDNA（Cot-filteredmoderatelyrepetitivegenomicDNA）10CF-HCot-filtered高重復(fù)性基因組DNA方式篩選（Cot-filteredhighlyrepetitivegenomicDNA）11CF-TCot-filteredDNA（Cot-filteredtheoreticalsingle-copygenomicDNA）12MDA多重置換擴(kuò)增（multipledisplacementamplification,MDA）利用隨機(jī)引物和等溫?cái)U(kuò)增可以獲得高保真的DNA大片段13MSLLmethylationspanninglinkinglibrary14cDNAcDNA篩選15ChIP染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（chromatinimmunoprecipitation）16MNase微球菌核酸酶（MNase）消化17DNAse脫氧核糖核酸酶（MNase）消化18hybridselection雜交體選擇（法）代碼值含義說(shuō)明19reducedrepresentation通常由限制性片段大小選擇產(chǎn)生，包含可控?cái)?shù)量的基因座以便于重新取樣20restrictiondigest限制性內(nèi)切酶用于DNA分離215-methylcytidineantibody用抗5-met抗體選擇甲基化DNA片段22MBD2proteinmethyl-CpGbindingdomainMBD2蛋白甲基-CpG結(jié)合域篩選23CAGE帽分析基因表達(dá)篩選（cap-analysisgeneexpression）24RACE末端的快速擴(kuò)增（rapidamplificationofcDNAEnds）25sizefractionationphysicalselectionofsizeappropriatetargets26padlockprobescapturemethod環(huán)化寡核苷酸探針27cDNA_oligo_dToligodT引物逆轉(zhuǎn)錄cDNA28cDNA_randompriming隨機(jī)引物構(gòu)建cDNA文庫(kù)29inverserRNA寡核苷酸雜交消除核糖體RNA30Oligo-dT通過(guò)與Oligo-dT雜交來(lái)富集信使RNA（mRNA）31poly-ApolyA富集篩選32repeatfractionationCot（CF）DNA較低（且基因含量更高）的序列。33other其他，未指定的或未知的篩選方式A.8基因測(cè)序數(shù)據(jù)類型代碼表基因測(cè)序數(shù)據(jù)類型代碼表見(jiàn)表A.8。表A.8基因測(cè)序數(shù)據(jù)類型代碼表代碼數(shù)據(jù)類型文件擴(kuò)展名是否推薦說(shuō) 明1fastq.fastq,.fq提交時(shí)，需上傳.gz或.bz2的壓縮格式所有Yes存儲(chǔ)了核酸序列以及相應(yīng)的質(zhì)量評(píng)價(jià)的文本格式2bam.bam所有Yes短序列比對(duì)生成的二進(jìn)制文件3sff.sffLS454ION_TORRENTBGISEQ-100DA8600否StandardFlowgramFormatFile的縮寫(xiě)，為從454得到的DNA測(cè)序的二進(jìn)制文件4CG_native.tar.gz.tar（tar包須包括以下文件夾：1.ASM,2.LIB，3.MAP）CompleteGenomicsBGISEQ-500BGISEQ-1000否CompleteGenoics5solid_native.tar.gz.tar（tarxxx.csfastaxxx.qual）ABISOLID否SOLID測(cè)序儀下機(jī)的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)文件6PacBio_HDF5.tar.tar.gz（PacBioRS：PacBioRSPacBioRSIIPacBioRS/PacBioRSIIT/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-2023T/BIA14-202333PAGE233PAGE3代碼數(shù)據(jù)類型文件擴(kuò)展名是否推薦說(shuō) 明tar包須包括以下文件：xxx.metadata.xmlxxx.bas.h5；PacBioRSII：tarxxxx.metadata.xmlxxx.bas.h5xxx.1.bax.h5xxx.2.bax.h5xxx.3.bax.h5）平臺(tái)推薦庫(kù)和文件格式7PacBio_sequel_native.tar（tar包須包括以下文件夾：1.xxx.bam，2.xxx.xml，3.xxx.pbi）.tar.gzPacBioSequelPacBioSequelPacBioSequel8abi.abiCAPILLARY否ABI測(cè)序儀下機(jī)的原始數(shù)據(jù)保存文件，包含DNA序列信息的二進(jìn)制文件A.9定量方法名稱代碼表定量方法名稱代碼表見(jiàn)表A.9。表A.9定量方法名稱代碼表代碼定量方法說(shuō)明00iTRAQ全稱isobarictagsforrelativeandabsolutequantitation。采用4種或8種同位素的標(biāo)簽，通過(guò)特異性標(biāo)記多肽的氨基基團(tuán)，接著進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，可同時(shí)比較4種或8種不同樣品中蛋白質(zhì)的相對(duì)含量或絕對(duì)含量?；诙?jí)質(zhì)譜進(jìn)行定量01label_free不需要對(duì)比較樣本做特定標(biāo)記處理，只需要比較特定肽段或蛋白質(zhì)在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號(hào)便可得到樣品間蛋白質(zhì)表達(dá)量的變化，通常用于分析大規(guī)模蛋白質(zhì)鑒定和定量時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)?；谝患?jí)質(zhì)譜進(jìn)行定量02MRM一種基于已知信息或假定信息有針對(duì)性地獲取數(shù)據(jù)，進(jìn)行質(zhì)譜信號(hào)采集的技術(shù)，利用母子離子對(duì)進(jìn)行定量03SILACstableisotopelabelingbyaminoacidsincellculture）肽段進(jìn)行序列測(cè)定從而進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定的方法04SWATH該技術(shù)將整個(gè)質(zhì)譜掃描質(zhì)量范圍分為若干小窗口，依次對(duì)每個(gè)窗口的所有離子進(jìn)行碎裂，使其能夠?qū)呙鑵^(qū)間內(nèi)的所有肽段離子進(jìn)行高速一級(jí)MS掃描再進(jìn)行二級(jí)MS/MS分析05TMT16（16-plex）2-10組更廣泛的檢測(cè)范圍06PRM一種基于已知信息或假定信息有針對(duì)性地獲取數(shù)據(jù)，進(jìn)行質(zhì)譜信號(hào)采集的技術(shù)。對(duì)子離子進(jìn)行全掃描，無(wú)需選擇離子對(duì)，更易于分析方法的建立代碼定量方法說(shuō)明07ICAT全稱isotope-codedaffinitytags。一種同位素標(biāo)記定量方法08other其他定量方式A.10蛋白質(zhì)組試驗(yàn)方式名稱代碼表蛋白質(zhì)組試驗(yàn)方式名稱代碼表見(jiàn)表A.10。表A.10蛋白質(zhì)組試驗(yàn)方式名稱代碼表代碼試驗(yàn)方式名稱00top-downproteomics01shotgunproteomics02gel-basedproteomics03cross-link(CX-MX)04affinitypurificationcoupledwithtandemmassspectrometry(AP-MS/MS)05SRM/MRM(selectedreactionmonitoring/multiplereactionmonitoring)06PRM(parallelreactionmonitoring)07DDA(data-dependentacquisition)08DIA(data-independentacquisition)09MSE(data-independentacquisition)10HDMSE(data-independentacquisition)11PAcIFIC(data-independentacquisition)12MSimaging13otherA.11肽段鑒定軟件名稱代碼表肽段鑒定軟件名稱代碼表見(jiàn)表A.11。表A.11肽段鑒定軟件名稱代碼表代碼肽段鑒定軟件參考鏈接00CPFPhttps://cpfp.sourceforge.io/01IPeak/fghali/mzidlib/blob/master/IPeak%20v1.0.1.zip02Mascothttps:///03MASSHUNTERhttps:///zh-cn/product/software-informatics/mass-spectrometry-software04MS-GF+/MSGFPlus/msgfplus05Myrimatch/msrc-bioinformatics/myrimatch-source/06Omssa/protocols06/omssa.php07PEAKShttps:///peaks-online/08Percolatorhttp://percolator.ms/09pFin