設置對接的柔性殘基課件

設置對接的柔性殘基1、舟遙遙以輕飏，風飄飄而吹衣。2、秋菊有佳色，裛露掇其英。3、日月擲人去，有志不獲騁。4、未言心相醉，不再接杯酒。5、黃發(fā)垂髫，并怡然自樂。設置對接的柔性殘基設置對接的柔性殘基1、舟遙遙以輕飏，風飄飄而吹衣。2、秋菊有佳色，裛露掇其英。3、日月擲人去，有志不獲騁。4、未言心相醉，不再接杯酒。5、黃發(fā)垂髫，并怡然自樂。蛋白質(zhì)與酶分子的設計與改造配體和受體的分子對接實驗第5小組配體和受體的分子對接實驗就是通過計算機及相應的軟件來模擬受體與配體的分子對接過程,以及結果的分析。閱讀課是初中語文課堂教學的基本課型，在語文教學中占據(jù)著主導地位，它在整個初中語文教學中至關重要。但我們也要清醒地看到，新課程語文閱讀教學中，仍然存在著一些不可忽視的問題。諸如，知識灌輸?shù)慕虒W觀念仍根深蒂固，閱讀教學成了教師的"一言堂"；語文課堂由"滿堂灌"走向"滿堂問"；把語文看做純工具性的學科，重各種閱讀技能的操練，輕情感熏陶和審美享受，失去了人文關懷，等等。如何讓閱讀教學跟上教育發(fā)展的步伐？我認為至少要注意幾個方面。1.創(chuàng)設情境導入，激活學生興趣興趣是最好的老師，學生一旦對閱讀產(chǎn)生了興趣，就會處于高度的自覺狀態(tài)，以驚人的毅力去學習。因此，在教學過程中課前激趣是很重要的，教師需要在學生學習每一篇文本前都要設計一些精美的導語調(diào)動學生的情感體驗激發(fā)求知欲望，這一環(huán)節(jié)是閱讀教學的優(yōu)秀傳統(tǒng)，教師不能放棄。教師在閱讀教學過程中還需注意采用多種手段讓學生始終保持激昂的情緒。如不斷錘煉自己的語言，力求語言親切精練幽默，并適當輔之形體語言，就要多鼓勵、多肯定學生，讓學生感受學習的快樂；靈活運用變式教學，教學方法和教學輔助手段（如多媒體）要靈活多變等。總之，教師要能調(diào)控課堂節(jié)奏和情緒，力求讓學生在亢奮狀態(tài)下完成閱讀任務。2.渲染氣氛，關注學生情感體驗教師首先要喚起學生生活體驗，即在學生閱讀文本時充分調(diào)動他們的生活積累和經(jīng)驗。如學習《春》時讓學生回味春天，用語言和畫面描繪春天，等等。其次是重反復朗讀，在讀中形成對文本內(nèi)容的大致了解，特別是精彩語段要讀得抑揚頓挫、讀出感情、讀出韻味。再次是尊重學生閱讀的獨特感受。正所謂一千個讀者有一千個哈姆雷特，學生在閱讀文本時受各種因素的影響會產(chǎn)生不同的認識，這時，即使學生的認識有偏頗之處，教師也只能引導，不能輕易否認，不能用標準答案評價。只有這樣，學生的閱讀激情才不會削弱，學生的閱讀素養(yǎng)才會不斷提高。3.強化有效的閱讀訓練，查漏補缺，提高學生閱讀能力閱讀教學是教師指導下學生在課堂上進行的一種實踐活動，閱讀能力的培養(yǎng)必須在這種實踐活動中才能真正完成，因而閱讀能力必須注重有效的訓練，即訓練時必須講究"適度"、"梯度"、"力度"。訓練猶如登高，坡度太陡，使人無法攀登，當然不行，但如果坡度過緩，就會讓人無法領略克服困難的愉快而喪失攀登的興趣。因此，訓練時，應根據(jù)學生的實際水平而定，"跳一跳摘桃子"。講究"梯度"，就是要引導學生拾級而上，一步步登堂入室，因文而異，因人而異，從低年級到高年級，逐步加大訓練難度，以便最終達到學"一篇"而讀"一類"之目的，講究"力度"，就是"除非不練，練就要練得學生一輩子忘不了"，訓練起點不要高，但要求要嚴，訓練要實，講求實效。在七八年級的閱讀教學階段，我們要緊扣課本編制試題或?qū)ёx提綱，進行按部就班的閱讀能力訓練。教師講析時，要舉一反三地講透講深，著重分析三者在閱讀過程中的具體運用。實踐證明，初中階段如能對學生進行這三個層次的基本訓練，其閱讀能力就能夠得到真正的培養(yǎng)，閱讀水平也能夠得到較大提高。4.課內(nèi)閱讀與課外閱讀相結合，培養(yǎng)學生的閱讀能力教學的主陣地在課堂，但僅憑幾節(jié)語文課，就想全面提高語文能力，這是很難的，也是不可能的。有人曾說："語文學習與生活的外延相等。"因此，要全面提高語文素養(yǎng)，就必須促進課內(nèi)外的有效銜接，既要帶領學生直接走進生活體驗、感悟、印證，又要教育學生一個大語文的概念，讓學生理解生活、品味生活、感悟生活，還要廣泛涉獵、大量閱讀課外書籍。沒有大量的閱讀就不會有閱讀能力提高的可能。魯迅說："大可看看各樣的書，即使和專業(yè)毫不相干的，也要泛覽。"對這一點我們有著廣泛的共識。新頒布的課程標準就充分體現(xiàn)這一點，并作了規(guī)定：初中學生的課外閱讀總量不得少于260萬字，每學年閱讀兩三部名著。在"名著推薦與閱讀"中列出了多部古今中外名著。5.教師在課堂上應起何種作用學生是課堂的主人、課堂的主體，已形成共識。那么教師在課堂教學中是什么角色，應該發(fā)揮什么作用呢？現(xiàn)在似乎很時興教師做學生的尾巴，做課堂的主持人，起串聯(lián)過渡的作用。這種做法足否符合課改的精神？很多教師對學生不管是否獨到、是否有道理的見解，都是一味叫好或廉價的贊頌。這對過去教師一言堂，大搞話語霸權的做法是一種反動，但似乎義走到了問題的另一面。有人說，這樣的做法是為了尊重學生理解和思考的權利，是為了鼓勵學生敢于發(fā)表自己不同于別人的獨特見解，是為了培養(yǎng)學生的創(chuàng)造性思維能力。如果是幼兒園，這樣做還說得過去，先讓學生敢說敢想，不要給他們的思維套上一個個框子，本意是好的，但作為一個中學生，如果還只是滿足于敢想敢說，而不追求說的質(zhì)量和思維的質(zhì)量，這就難以滿足中學教學的要求了。如此下去，培養(yǎng)出來的將是一批敢說話，卻不會說話，敢發(fā)表自己的意見，卻只是說一堆廢話或者胡攪蠻纏的"人才"。不錯，答案是豐富多彩的，但并非所有的答案都對，所有答案都可以，也并非所有答案的質(zhì)量都一樣好。一個中學語文教師，如果不盡力培養(yǎng)學生思維的質(zhì)量，發(fā)揮教師的作用，盡教師的責任，那實在是一種罪過。培養(yǎng)出唯唯諾諾的學生是罪過，培養(yǎng)出信口開河、滿嘴胡說的學生叉何嘗不是罪過呢。廉價的歌頌對于有一定認知水平的學生，尤其是有點思想的學生，即使不認為是在調(diào)侃，而是在惡意嘲諷，也是沒有一點益處的。在語文課堂上，許多教師面對教學過程中出現(xiàn)的問題，不能或不敢及時做出應有的反應，對學生的各種意見，無法做出恰當?shù)脑u價，更不用說什么點拔、引導了。這一方面是教學機智問題，一方面也是自身功力的問題。而后者是更重要的問題。對話，已成為大家都接受的一個閱讀教學理念，但作為一種閱讀策略和閱讀教學的理念的對話，不應理解為師生之間的一種問答，而應該是雙方閱讀體驗、閱讀聯(lián)想、閱讀評價的交流，是情感的互動和思想的碰撞。對話總是在具有相同、相似或相近的見識前提下進行的。真要和作者對話，和文本對話不是簡單的事情。連對方的思想都沒有弄明白，怎么對話？教師除了參考書上的幾句話，自己對文本沒有一點見解，能和誰對話？用對話的理念指導閱讀教學，這要求教師必須有自己的個性閱讀，要有自己的個性理解，要有白已的見識。激活學生的思維，引導學生進入學習主體的狀態(tài)，是教師的作用和責任之一。但有些教師，雖然有迫切地調(diào)動學生的愿望，但卻缺少行之有效的具體辦法。課堂上盡管對學生百般鼓勵，大獻殷勤，學生卻不領情，不想主動，不愿成為主體。這里固然有學生閱讀習慣、學習習慣方面的問題，但從教師的角度反思，還是由于缺少有效的操作辦法，根本的原因還是自身功力不夠。學生是課堂的主人，課堂的主體，但絕不可能因此退居"二線"，絕不能在課堂教學中失去屬于自己的主體位置。閱讀教學中師生對話，教師對學生應起到一種"撥開云霧見青天"的效果，面對學生的各種疑問，教師要大膽的做出評價。只有這樣，學生才能真正的成為課堂的主人，課堂的主體。綜上所述，課堂上閱讀課的教學是提高學生閱讀理解能力的重要陣地。當然，教無定法，不同的閱讀材料應采用不同的方法，多方位地訓練學生的閱讀理解能力，僅僅靠閱讀課的教學那是遠遠不夠的，還要配合大量的閱讀練習。教師必須從根本上把握培養(yǎng)學生閱讀能力的關鍵，發(fā)揮自身的引導作用，才能切實提高學生的閱讀能力，進而實現(xiàn)素質(zhì)教育的目標，進一步提高語文閱讀能力，確保獲得更好的學習效果?？傊喿x教學是語文教學的難點，對于閱讀教學的方法，仁者見仁，智者見智。但不管采用什么樣的教學方法，最終目的只有一個，那就是提高課堂教學效率。一切方法都應該緊緊圍繞教學目標進行，讓學生有收獲，切不可為方法而方法，更不能只求形式的花哨而忽視教學效果。在傳統(tǒng)的教學模式中，學生類似于知識收納箱，處于被動接受知識的學習狀態(tài)，對于為什么會想到這樣去做，又為什么要這樣做，全然不知，學生的學習興趣低下，更談不上情感的融入與升華，新課程提出了三維教學目標，要達到情感目標，就必須注重情感教學.所謂的情感教學是指在教學過程中讓學生感受到情感，學生通過情感的促動愿意自主學習的一種教學方法.它是一種以學生為主體，以情感的方式促進學生自主學習的教學方式.一、在初中化學教學中引用情感教學的必要性我們在教學過程通常重視傳授學生知識，忽視了學生學習過程中的情感，造成了化學教學中存在的以下幾種問題：1.學生學習興趣的障礙由于學生自身的差異性，有些學生對過于抽象的知識不感興趣，他們喜歡語文、美術、音樂等感性類的知識，覺得能從這些知識中可以尋找到靈感與藝術美；然而在化學課程中，他們看到的是冷冰冰的化學符號、化學計算、邏輯推論等.天性的原因使他們不愿意學習化學知識.在傳統(tǒng)的教學方法中，老師不管學生是否喜歡化學課堂，只管一味的要求學生必須完成學習任務，必須在化學分數(shù)上達標，這造成學生對化學沒有興趣，只是被動地學習.2.學生學習心理的障礙有些學生在剛剛接觸化學時，對那些元素符號、化學式怎么記都記不住，于是他們就認為自己記憶能力差、領悟能力慢、學習效率低.他們花費了大量的精力學習卻得不到好結果，這使他們備受挫折，慢慢他們就開始否定自己，變得學習態(tài)度消極.他們認為自己反正怎樣學習都不會有好成績，不如不再浪費時間和精力.3.學生學習方法的障礙初中學生有著自身心理年齡上的特點，他們的思維模式依然以感性為主，理性的思維方式?jīng)]有成熟.這使他們在學習化學課程時，依然用感性的學習方式對待化學知識.他們常常像背英語單詞一樣去記憶化學式和化學方程式，這使他們的記憶非常沒有效率，更不能將學過的知識活學活用.學生的學習方式直接影響了他們學習化學的效率.二、在初中化學教學中引用情感教學的方法由于以上的學習障礙，使我們的教學效率不高，為了提高學生學習化學的效率，我們必須意識到引導學生自主學習的重要性.情感是一種極強的力量，學生如果能被情感力量推動，他們會突破以上的學習障礙，自主的學習化學知識.我們可以應用以下幾種方法把情感教學和化學教學結合起來：1.以情動人，激發(fā)興趣如果學生感受不到學習化學知識的樂趣，他們就不會愿意自主的吸收化學知識，也不愿意自主的思考與化學有關的問題.愛因斯坦說過：“如果把學生的熱情激發(fā)出來，那么學校所規(guī)定的功課就會被當做一種禮物來領受”.這就要求我們教師在教學過程中要激發(fā)學生濃厚的聽課興趣和學習熱情，使學生向往變化無窮的化學王國，覺得化學課有趣有味有用，從而越來越喜歡學習化學.比如我在講《金屬材料》一課時，就先從中國古代冶鐵技術的歷史講起，讓學生了解到我國冶鐵技術的變化：在商、周時代，人們開始冶煉青銅器，那時青銅囂冶煉的技術不高，青銅武器過軟不適合走上戰(zhàn)場，吳越兩國最早發(fā)明了煉鋼技術，也最早由青銅時代步入鐵器時代，越國的勾踐為了打敗夫差，就花費大量的精力尋找越國鑄劍高手.隨著冶鐵技術的發(fā)展，春秋、戰(zhàn)國時代，人們已經(jīng)廣泛的使用冶鐵鑄劍技術，仗劍江湖行就是春秋、戰(zhàn)國時代游俠的特征，我國的鑄劍技術后來傳到日本，中國的鑄劍技術成為日本煉刀技術的雛形，然而在中國唐宋朝時期，鑄劍的技術突然失傳，中國唐代以后再無名劍，而日本的煉刀技術則也同時失傳.至今，人們還不斷研究化學知識，希望能了解古人的煉刀煅劍技術.學生聽著故事對神秘的冶鐵化學配方產(chǎn)生了強烈的好奇心，同時受到愛國情感的影響也對學習這部分知識產(chǎn)生了很大的興趣.2.循循善誘，鼓勵探索如果在化學教學中，教師將自己的知識強行灌輸給學生，學生就會對學習知識產(chǎn)生排斥感，學生只有愿意自主地探索知識，他們才會感受到學習知識的樂趣.學生在探索知識的過程中，有時會盲然失去方向、有時會失去學習的自信，我們要及時給予學生鼓勵并引導學生掌握科學的探索方法，學生掌握了正確的思維方法，突破了畏難情緒，自然就會愿意自主的學習化學知識.比如我在講《燃燒和滅火》一課時，學生做實驗，過程如下：實驗準備――燒杯、鑷子、坩堝鉗、酒精燈、三腳架、薄銅片、蠟燭、酒精、棉花、乒乓球、濾紙、蒸溜水實驗的目的――探索燃燒的條件學生面對大量的實驗器具不知道該如何進行探索，他們希望教師告訴自己每一個步驟.可是如果學生不愿意積極探索，他們將不能有效地學習到化學知識.所以我沒有講解每一步的步驟，而是引導學生大膽的探索，比如將現(xiàn)有的材料一一嘗試去燃燒、觀察燃燒的現(xiàn)象、分析能燃燒的原因.在實驗過程中指導學生操作，關注實驗安全，引導學生作好實驗記錄，在實驗記錄中分析化學現(xiàn)象.學生了解了做實驗的流程和分析比較的方法，就會大膽地探索、自主地思考化學現(xiàn)象產(chǎn)生的原因，最后得出實驗結論.3.善用表揚，給予學生成就感初中的學生心理年齡的特點為他們還沒有真正獨立，此時他們的情感依賴性很強，如果他們在學習時，能給予他們更多關注、更多反饋、給予他們成就感，他們就會愿意自主的學習更多的知識，反之他們會消極的對待學習.我們不能認為學生得到高分數(shù)才能被肯定，沒有高分數(shù)就被否定，學生需要的是對他們努力的肯定、對他們獨一無二個體價值的肯定.比如我在講完《金屬的化學性質(zhì)》一課后，有個學生仔細觀察過去歸納知識的方法，設計出一套自己理解金屬化學性質(zhì)的表格：表1實驗步驟現(xiàn)象結論證明金屬有導電性用導線將金屬片與電池、小燈泡連接燈泡發(fā)光金屬有良好的導電性證明金屬有導熱性將銅片、鋁片、有塑料膜或膠膜的硬紙片同時半浸入盛熱水的燒杯中金屬片的另一端發(fā)熱，紙片不發(fā)熱金屬有良好的導熱性證明金屬有延展性用錘子敲擊鋅粒鋅粒變成薄片金屬有良好的延展性面對學生的這份學習成果，我不僅夸獎了這名學生表格做得好，肯定了他為系統(tǒng)化自己的知識做出的努力；同時還贊揚了這名學生極佳的歸納能力，引導他繼續(xù)發(fā)揮這方面的才能.學生覺得自己的個體價值被重視，在以后的學習中更加積極地主動探索和歸納總結，學習勁頭十足.4.交流討論，營造和諧的學習氣氛學生在學習時，如果感受到周圍的人與自己共同探索知識，自己就能和他們集思廣義、取長補短，從而積極地參與到學習的過程中，反之如果他們覺得自己是被孤立的、被排斥的，他們也就失去了學習的動力.在教學過程中我們可以鼓勵學生用分組交流學習的方法，讓學生共同思考、自由討論，營造出積極的、活躍的課堂氣氛.比如在學習《生活中常見的鹽》時，我讓學生做粗鹽提純的實驗，將學生分成6個學習小組，讓每個小組自己設計、交流、討論，最后拿出最佳實驗方案進行評比，同學們躍躍欲試，積極討論，最后設計出粗鹽提純的步驟為：粗鹽溶解食鹽溶液和泥沙沉淀過濾濾渣濾液蒸發(fā)精鹽然而每個實驗步驟中都有難點，比如要去除CaCl2、MgCl2、Na2SO4可以使用多種試劑，那么使用哪種試劑更好？加入試劑有沒有先后順序？學生通過共同探索，積極思考和爭論，最后得出：加入的Na2CO3溶液必須在BaCl2溶液之后，這樣才能除去過量的Ba2+而不會產(chǎn)生新的雜質(zhì)；加入NaOH溶液除Mg2+，但最后必須加入稀鹽酸調(diào)節(jié)溶液的pH值.學生在學習的過程中不僅感受到了交流的樂趣，也使學生思維能力、分析能力得到了進一步提高.初中學生在學習化學時，由于自身的心理障礙，會使他們對學習化學產(chǎn)生消極的情緒.教師使用情感教學的方法就是要調(diào)動學生強烈的情緒，讓他們感受到學習的樂趣、突破學習的障礙、享受學習的成就、交流學習的心得，學生在學習時得到了情感的滿足就會忽略學習的障礙，從而愿意自主地學習.蛋白質(zhì)與酶分子的設計與改造配體和受體的分子對接實驗第5小組配體和受體的分子對接實驗就是通過計算機及相應的軟件來模擬受體與配體的分子對接過程,以及結果的分析?！鼳UTODOCK是用于分子對接的軟件,可以給出可能的構象,進行簇分析,給出對應的結合能等。autodocktools是autodock的前處理圖形化界面,主要是用來完成配體,受體和對接區(qū)域選擇的準備工作。軟件的下載和安裝軟件的下載autodock.scrippsedu/downloads/autodockregistrationhttp.:///downloadAutoDockautodocl.2.3win32auAutoDockTools(ADT)MGLTools-1.5.4必須安裝在c盤ADT(autobus面:1.PMV菜單:主要通過使用菜單命令對分子進行相關操作,以及進行可視化設置2.PMv工具欄:PMⅤ菜單中一些常用命令的快捷按鈕3.ADT菜單:Autogrid和AutoDock的圖形化操作菜單4.分子顯示窗口:3D模型分子的顯示和操作窗口5.儀表板窗口部件:快速查看及設置分子的顯示模型及著色方式5.信息欄:顯示相關操作信息FeE”"匯Dp"CclerCompueGnd30HytrogenBendsFPMV菜單PMV工星柱xialeResiduesGnaDockingRunanalyzeADT菜單分子顯示窗儀表板窗口部件wfer口日8388日8883m信息欄HV蛋白及其扣制劑的結合autodock.scrippsedu/fags-help/tutorial/usingautodock4With-autodocktools上下載受體文件hsg1pdb和配體文件indpdb1準備對接文件2格點參數(shù)設置3格點計算4設置對接參數(shù)5.分子對接計算6.對接結果分析準備對接文件準備大分子File->Readmolecule(讀入大分子Select>SelectFromString(要標定水分子)->AddEdit-DeleteAtomSet->Continue(刪除水分子)Edit→Hydrogen->Ad(添加極性氨原子File->Save->WritePDBQT(保存文件)Edit->Delete->Deleteallmolecule(清空顯示窗口)2.準備配體igand->Input.->Open(讀入配體Ligand→Torsiontree-ChooseTorsions→orsoncount(設置可旋轉(zhuǎn)的鍵Liga