非洲豬瘟弱毒株的田間多樣性

非洲豬瘟弱毒株多樣性的發(fā)現(xiàn)及其影響Emergenceandimplicationoflowvirulent

AfricanswinefevervirusesinChina2023-03新時期，非洲豬瘟預(yù)防與凈化實踐中，2021年10月以來發(fā)現(xiàn)的疫情新特性

1/2Emergingscientific

questions

arisen

fromrecent

ASFV

elimination

practice?

觀察：2021年10月新發(fā)生疫情母豬場往往陽性樣品Ct值、東北平原多數(shù)區(qū)域，非常類似，癥狀輕微，?

使用原以廣泛成功所需時間明顯變長；一部分又轉(zhuǎn)陽，甚至?

陽性場處置轉(zhuǎn)陰之多次反復(fù)；2021年10月份以來ASF疫情的流行病學(xué)新特征Epidemiological

characteristics

of

recent

outbreaks?

這次的流?江蘇?安徽?

10月以后感染場線明顯增加行，的確有些不一樣?山東?東北?河北?山西?

11月中旬大量增加?

返場人員檢出帶毒明顯增加入2021年10月以來發(fā)現(xiàn)的病毒新特性

2/2?

發(fā)現(xiàn)的新問題：?

1.沒觀察到多少異的豬的樣本檢測，陽性？有輕微臨床癥狀4；?

2.再檢、確診還是?

3.Ct值25左右，很除后多天仍未見死測發(fā)現(xiàn)的低Ct值豬，剔?

4.首次檢出1周后?

哪里出了錯？什么?

是不是豬舍員工責(zé)任心不夠？?

新員工太多了發(fā)現(xiàn)陽性豬的經(jīng)驗不夠？?

是不是檢測盒的鑒別引物不對/出了問題？新時期，非洲豬瘟預(yù)防與凈化實踐中，需要提出的科學(xué)問題Emerging

scientific

questions

arisen

from

recent

ASFV

elimination

practice?

科學(xué)問題：?

什么原因?qū)е聝艋?

是否因為原來的病?

是否“全面檢測+精?

是否采樣方法/樣品?

是否存在“間歇性?

是否已經(jīng)出現(xiàn)了新異常豬難以發(fā)現(xiàn)？交叉污染？原陽性豬？陽性？效果減弱？?

怎么辦？非洲豬瘟病毒凈化的`官方途徑``Officialprocedures`toeliminateASFV?

非洲豬瘟病毒凈化的``OfficialprocedureeliminateASFVompartmentalization?

區(qū)域管控凈化

Zoning群體水平上，非洲豬瘟的預(yù)防和凈化在中國的成功實踐Herd

level

successes

in

ASFV

elimination

inChina?

非洲豬瘟在中國的系列創(chuàng)新，避免了術(shù)的廣泛應(yīng)用，養(yǎng)有養(yǎng)豬企業(yè)主導(dǎo)的一檢測_精準(zhǔn)清除`技而且全行業(yè)得到升級和發(fā)展。Successfultestingandprecisihensivesamplingandssiononherdlevel.?

中國預(yù)防和群體凈重要創(chuàng)新和實踐的靠`舶來`，發(fā)展到多種養(yǎng)豬技術(shù)體系的技術(shù)，從原來主要依體系、生產(chǎn)模式、檢測方法、采樣方法、甚

經(jīng)

方

大

主創(chuàng)新。Science-basedinnovationsledthe

successes1.會不會是感染造成的？Was

it

becauseofl什么是ASF的標(biāo)準(zhǔn)\典型的癥狀？只能依靠陰性豬的嚴(yán)格攻毒的試驗觀察來確定?

非洲豬瘟感染相關(guān)觀察記錄新認(rèn)識但是，當(dāng)前非洲豬瘟感染后的某次感染疫情臨床癥狀在實際生產(chǎn)條件下，會有差異！?

急性大量致死型的?

發(fā)燒，萎靡(嗜睡)?

多數(shù)死亡：?

亞急性部分致死型?

以上的癥狀輕微，?

少數(shù)康復(fù)?

輕型或無癥狀型?

多數(shù)康復(fù)輕型。關(guān)節(jié)腫脹臨床癥狀評分不同攻毒劑量但是，當(dāng)前非洲豬瘟感染后的某次感染疫情臨床癥狀在實際生產(chǎn)條件下，會有差異！中高致病性毒株ASFV(Pol18_28298_O111)MarekWalczak,2020?

1000HAU組8頭:急性4；亞急4；輕型1；?

500HAU組6頭:急性2；亞急3；輕型1；?

5HAU組8頭:急性4；亞急4；現(xiàn)病毒血癥后的天數(shù)?

不同攻毒劑量下，病毒血癥出現(xiàn)時，即是臨床出現(xiàn)癥狀的節(jié)點；?

攻毒劑量并不影響病毒血癥出現(xiàn)時間和臨床癥狀出現(xiàn)的時間結(jié)論:病毒血癥(血液/咽拭子可檢出DNA)仍是與臨床出現(xiàn)癥狀同時出現(xiàn)！肛內(nèi)溫度不同攻毒劑量但是，當(dāng)前非洲豬瘟感染后的某次感染疫情臨床癥狀在實際生產(chǎn)條件下，會有差異！發(fā)燒的標(biāo)準(zhǔn)線?

不同攻毒劑量下，病毒血癥出現(xiàn)時，即是可檢出感染豬發(fā)燒的節(jié)點；?

攻毒劑量并不影響病毒血癥出現(xiàn)時間和發(fā)燒出現(xiàn)的時間現(xiàn)病毒血癥后的天數(shù)結(jié)論:病毒血癥(血液/咽拭子可檢出DNA)仍是與發(fā)燒同時出現(xiàn)！病毒載量不同攻毒劑量但是，當(dāng)前非洲豬瘟感染后的某次感染疫情臨床癥狀在實際生產(chǎn)條件下，會有差異！胸腔液?

啟示：不同攻毒劑量?

尿液、扁桃腺液、淋巴是可靠的采樣處?

血液中仍然是最高病毒載量的樣本，可以做確診采樣點，而且可以同時檢測抗體！脾

腎

肝

扁

淋

肺

腦

骨桃

巴髓腺潛伏期血液隱性感染期肛拭隱性感染期口拭血癥期病毒血癥但是，當(dāng)前非洲豬瘟感染后的某次感染疫情臨床癥狀在實際生產(chǎn)條件下，會有差異！?

不同類型疫情感染的試驗驗證！?僅僅依靠臨床疫情觀察是不夠的。因為田間其他疫情的干擾?

潛伏期：感染→發(fā)燒?

隱性感染期：感染→血液/肛拭/口拭檢出ASFV的DNA1.ASFV感染的不同病毒量，不影響潛伏期、感染期、毒癥期

！血液仍然是最早發(fā)現(xiàn)病毒的樣品！2.很低劑量病毒即可形成感染并發(fā)病！3.口腔拭子轉(zhuǎn)陽的時間更長！?

病毒血癥期：?

啟示：對我們采樣頻率、剔除方法極有參考意義2.生產(chǎn)條件下量不間斷的交是否會導(dǎo)致大Was

itbecauseofmordbymass

sampling?“全群采樣風(fēng)險很大？首次全檢，能否只檢有癥狀的異常豬？”正常感染死亡100頭豬群，1頭感染經(jīng)典豬瘟口蹄疫?

答案：?

迅速全檢風(fēng)險很小，不會造?

只采樣檢測異常豬

不能完?

7天潛伏期內(nèi)，再次配對檢隱形感染豬；率率?

非洲豬瘟在群內(nèi)傳播很慢后，在群內(nèi)往往僅僅感染接觸傳染性致死性FrankBusch，Klaus

Depner，20213.是否ASF病高通量全序測定新技化？Was

itbecauseof

newNextgeneration

sequencingtechn2021年10月以來發(fā)現(xiàn)的病毒新特性?

發(fā)現(xiàn)了新問題：?

1.沒觀察到多少異常豬微臨床癥狀的豬的樣本檢測，病毒含量很高，C?

2.再檢、確診還是野毒?

3.Ct值25左右，很多低Ct值豬，剔除后多天仍未見死亡；?

4.首次檢出1周后，灰?

提出科學(xué)問題：?

是不是豬舍員工責(zé)任心?

發(fā)現(xiàn)陽性豬的經(jīng)驗不夠?

是不是檢測盒的鑒別引?

最后：

難道是感染的病毒不一樣了嗎？?

引入高通量三代測序技術(shù)！ASFV全基因組的主要結(jié)構(gòu)：要建立常識?

注意ASFV的基因組特征，是我們理區(qū)的差異，全基因組長度約170~19/插入；P54蛋白由B183L段決定；保守段，兩端為多變區(qū)MGF。有多變蛋白由B646L保守段決定，很少缺失?

MGF區(qū)的突變、缺失是病毒毒力致紅細(xì)胞吸附感染細(xì)胞有關(guān)氨基酸；CD2v與宿主CD2v相似，與?The

ASFV

genome

comprises

aconsmultigenefamilies

(MGFs).Thepresenkb

.NumerousMGFs

areinstrumentaattenuated

phenotypes

thatfacilitate

i-variable

endsthatcodeforfiveme

sizeofASFV

ranging

from170

to

193nof

particularMGFs

hasresulted

inMGF360,110,505的缺失，早已證明可降低毒力?

箭頭長短：基因大??；?

箭頭方向：讀取方向；?

有顏色：已知功能的基因?

黑色：與基因組的復(fù)制/修復(fù)/轉(zhuǎn)錄?

灰色：結(jié)構(gòu)蛋白?

粉色：病毒侵入細(xì)胞?

藍(lán)綠/藍(lán)/綠/棕/淡紫：多變基因區(qū)?

黃色：預(yù)計有其他功能的基因?

白色：功能未知?

紅字：敲除基因可降低毒力2022-10首次檢出野毒田間自然變異株，有些毒株的毒力明顯降低同時存在`正常的`真野毒，但?

目前發(fā)現(xiàn)，難以處理的大段缺失+多處基因突變?

其中1段缺失長度達(dá)2574；4?

多個MGF505

2R

3R;MGF305?

23處單核苷酸突變?

啟示：?

1.自然缺失毒力大為減?

`例常的異常豬`檢?

2.僅僅剔除異常豬絕對野毒田間自然變異株，最近大量檢出，有些毒株的毒力明顯降低?

目前發(fā)現(xiàn)，難以處理的場線，發(fā)現(xiàn)明顯的MGF段的大段缺失+多處基因突變?B樣品在3`端存在很長的缺失，同時有SNP突變；?J、Z樣品明顯為基因I、II混合感染，而且存在更大量SNP突變?

啟示：?

1.自然缺失毒力大為減弱，感染豬臨床不異常；?

`例常的異常豬`檢測，難以及時發(fā)現(xiàn)豬群已經(jīng)感染；?

2.僅僅剔除異常豬絕對不能快速及時凈化。7基因缺失株+田間4基因缺失?

7基因缺失疫苗+?

MGF360-12L/13L/14L?

MGF505-1R/2R/3R；CD2v?

田間3基因缺失?

MGF110-4L/5L/7L?

而且存在mCherry熒光標(biāo)感染6周后，出現(xiàn)普遍拒料，發(fā)燒，關(guān)節(jié)腫首次檢出野毒田間缺失MGF110-1L,2L,3L株?

該毒株基因組，無人為改?

使用多重檢測盒，判斷為且同時抗體陽性。?

Ct值：血液39.77;腹股溝淋巴?

臨床無明顯癥狀，無死亡病毒全基因組：進(jìn)展大。有了全景式認(rèn)識?

張桂紅研究室/國家A，毒株都有發(fā)現(xiàn)?

傳統(tǒng)野毒、人為缺失?

大體傳統(tǒng)野毒占？?

M發(fā)現(xiàn)多種基因組證?

在（使用現(xiàn)有多基因的毒株后，2021年4蛋白）排除人為缺失的全基因組測序179株?

其中，173株II型?

(其中63株自然缺失?

(其中21株缺失E?

6株I型?

但是，傳統(tǒng)的使用檢測盒排除野疫苗毒株、分I\II型的方法，已經(jīng)沒有意義ASF病原學(xué)：檢測與分析進(jìn)展快，參考意義大全基因組序列，與HLJ/18對比，缺失了的基因每1行細(xì)線是1株ASFV全基因組序列，與HLJ/18對比差異與HLJ/18對比，缺失的基因4.毒力基因缺中國，外國研究Researches

in

ASFV

varia參考文獻(xiàn)2015年有確證試驗MGF360/MGF505/毒力減弱并可保護(hù)母毒攻擊?

MGF360,12L，13L，?

MGF505,2R,3R?

但是，多項研究也敲除缺失CV2v并不能ASFV的致病性JVI89(11),20152020中國生命科學(xué)封面文章?

《一可作為安全的致弱活疫苗?

HLJ/15-2R,

MGF505-3R,

MGF360-12L,MGF3?

分別敲2022試驗：多種缺失模式，攻毒后保護(hù)率差?

缺失MGF360-12L非常關(guān)鍵。?

K145R或可用于鑒別野毒抗體。發(fā)明專利：2019v+MGF,自27733~35679失7946堿基)MGF360-12L,13L,14L中國研究報告12021年5月，7個省3660個樣品?

形成紅細(xì)胞吸附作22種變異株中，有附反應(yīng)。R(決定44氨基酸)。插入，沒有紅細(xì)胞吸?

7ChineseprovincesfromJunetoDecemberLiaoningand

Shanxiprovinces.

Theyisolated“HLJ/18”,theearliest

isolate

in

China.ntsinHebei,

Heilongjiang,Hubei,InnerMongolia,Jilin,mutations,deletionsor

replacements

incomparison

to?

Theresearchers

wrote:“11isolateshad4diff4isolateswere

testedforvirulence

in

pigs;2infectionwith106TCID50dosewas

partiallypersistentinfection.”da

non-haemadsorbing

(non-HAD)

phenotype.

Anotherhowed

lower

virulence

but

were

highly

transmissible;sed

non-lethal,sub-acuteorchronicdisease,

and?

如果是人工敲除CD2而且插入報告基因。中國研究報告12021年5月，

7個省3660個樣品?

沒有報告MGF360\505段中國研究報告2：2021年6月`新發(fā)現(xiàn)`?

河南

山東新發(fā)現(xiàn)毒序，鑒別為GeneI?

SD/DY-I/

21?

缺96bp（87541to87636?

HeN/ZZ-P1/21?

缺686bp（7105to7790）?

缺22bp（8123to8144）M?

缺108bp(87456

to87563)多重毒株鑒別檢測盒：能鑒別嗎？?

MZ某鑒別檢測盒的?

探針的目標(biāo)基因

MMGF505-2R和MGF5060-14L，MGF505-1R，?

EP402R?

已經(jīng)無法鑒別`野毒病原學(xué)：判斷天然致弱；多株型混合感染?

這次發(fā)現(xiàn)，自然缺?

證明不是人為篩選?

都也發(fā)現(xiàn)I/II型混?

田間發(fā)現(xiàn)，使用鑒見到野毒→缺失毒剔除的過程中，經(jīng)常?

張桂紅教授送P3實豬只發(fā)病明顯;同居缺失的毒株`攻毒，但最后仍治病致死。5.是否采樣方導(dǎo)致難以發(fā)現(xiàn)Was

itbecauseofinac弱毒場線欄位表面環(huán)境與頸靜脈血清方法對比（常規(guī)qPCR）血清N=74N=101N=9P122941血清PN2P1460N3133血清N0N=372PP77P49N6875血清P262694欄位環(huán)境N143192N257陽性相符敏感性25.52%95.56%P245N0陰性相符特異性2血清PN=188N4環(huán)境P28467432N110114156?

弱毒場線欄位表面環(huán)境檢測特異性高，敏感性低(檢出25%的陽性豬).?

為提高弱毒檢出率，適用于兩次全群采血間篩查?？捎行袛嚓幮誀顟B(tài)。(NHLH養(yǎng)豬研究院，李鵬，高文超，2022)6.是否感染毒，導(dǎo)致陽性豬有Was

it

because

oftrASFV

variants?弱毒株組豬只檢測情況?

弱毒感染豬血清持續(xù)陽但鼻拭子、肛拭子和咽出現(xiàn)間歇性排毒情況，說明豬只是陽性但是咽檢測不到。?

同居豬的血清檢出率較但是鼻拭子、咽拭子與豬也出現(xiàn)同樣的雙峰，因可能是感染豬排毒時豬在攝入病毒。?

綜上，弱毒感染時，血液仍是最可靠鑒別樣品感染豬同居豬每頭感染豬不同樣品檢測情況田曉剛，NHLH養(yǎng)豬研究院，2022相同豬只，不同樣品來源、臨近采樣日期，出現(xiàn)核酸陰v陽性的變化Wei,2023弱毒株感染后,間歇性排毒特性的重要性?

發(fā)現(xiàn)陽性感染后，能僅僅依靠檢測盒。處置方法完全不同，可大?

傳統(tǒng)野毒

與

多毒大節(jié)約檢測與清除?

弱毒的臨床癥狀非都明顯存在間歇性排毒群檢測時陽性豬不一定正?

單一樣品、一次全在散毒。?

啟示：發(fā)現(xiàn)弱毒感同時一個潛伏期內(nèi)?

如果試圖實現(xiàn)今早凈化咽拭子+血液`雙來源，7.

其他國現(xiàn)弱毒株，有基因變異點？What

canwelearnry

researchesinother

ASFpositivecountries?Viralgenomevariation

anddeletion波羅的海區(qū)域

愛沙尼亞弱毒力ASFV的攻毒：多種類型豬?

使用發(fā)現(xiàn)的弱毒株頭家豬，5頭野豬。?

75%的小型豬

和

所存活了。但是所有后，twelve

minipigs(triaB),ofrandfive

wildboar

(ttheminipigs

andallanacutecourse

ofdrsuccumbed

to

infection

within

17

days.波羅的海區(qū)域

愛沙尼亞2類毒力ASFV的攻毒分析接種途徑

發(fā)病形態(tài)

結(jié)束日

毒血癥弱毒ASFV的攻毒：咽拭子、肛拭子病毒持續(xù)時間短，很快檢不出愛沙尼亞?

但是口咽拭子、肛拭子短。間更?

個體差異大：如果試圖咽拭子的Cq值變化肛拭子的Cq值變化波羅的海區(qū)域

愛沙尼亞弱毒力ASFV的攻毒：5`端的MGF區(qū)缺失與3`端反轉(zhuǎn)。NGS?

下一代測序。全序。?

缺失14561堿基，26個基因3種不同毒力(血吸附反應(yīng))ASFV攻毒、共居試驗，2021?

同樣是II型ASFV,毒力差致明顯的臨床癥狀差異?

無血吸附反應(yīng)的Lv17弱論攻毒、共居，潛伏期等毒力毒株，且無死亡?

中等毒力的Es16感染后有豬重新出現(xiàn)明顯的臨A國外來病中心梅島人`觀點`?

“...得益于高通量測這樣，較長的雙股DNA需數(shù)天至數(shù)月的時間…可以發(fā)現(xiàn)，類似于ASFV傳播的變異株，可能只?

“Infact,wholegenomes

ofmany

bamutations

overtimeframes

ofdays

ttransmission

andnucleotide

substitudsDNA

viruses,

such

assmall-pox

ve

been

showntoaccumulate

novelA

viruses.

Averageintervals

between,

aredetermined

tobemonths

for?

這些變異，已經(jīng)在格魯發(fā)現(xiàn)感染豬，更加困難。力毒株，使的被動檢測總結(jié)Summary?

2021年下半年開始,已現(xiàn)多處缺失，致病性已Sincethe

fallof2021,ffeatured

withlowerpath基因組中,毒力基因出發(fā)生了重大變化。genedeletions

emerged,?

不再是`高致死力的野失的弱毒株，高致死力variety

of

virulentvirulent

strains

fa經(jīng)出現(xiàn)多種、多基因自然缺eld

ASFV

variants

withfections

while

highly總結(jié)Summa