藥物基因組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫

藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫1、Drugbank2、dgidb3、pharmGKB4、cancercommon5、ChEMBL6、mycancergenome7、TTD8、guidetopharmcology9、clearityfoundation10、CIViC11、DoCMDrugbank藥物和藥物靶標(biāo)資源庫。DrugBank是一個(gè)獨(dú)特的生物信息學(xué)/化學(xué)信息學(xué)資源，它結(jié)合了詳細(xì)的藥物（例如化學(xué)制品）數(shù)據(jù)和綜合的藥物靶點(diǎn)（即:蛋白質(zhì)）信息。該數(shù)據(jù)庫包含了超過4100個(gè)藥物條目，包括超過800個(gè)FDA認(rèn)可的小分子和生物技術(shù)藥物，以及超過3200個(gè)試驗(yàn)性藥物。此外,超過1.4萬條蛋白質(zhì)或藥物靶序列被鏈接到這些藥物條目。每個(gè)DrugCard條目包含超過80個(gè)數(shù)據(jù)域，其中一半信息致力于藥物/化學(xué)制品數(shù)據(jù)，另一半致力于藥物靶點(diǎn)和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)。許多數(shù)據(jù)域超鏈接到其他數(shù)據(jù)庫(KEGGPubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank)和各種結(jié)構(gòu)查看小應(yīng)用程序。該數(shù)據(jù)庫是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化學(xué)結(jié)構(gòu)和關(guān)系查詢搜索。DrugBank的潛在應(yīng)用包括模擬藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、藥物設(shè)計(jì)、藥物對(duì)接或篩選、藥物代謝預(yù)測、藥物相互作用預(yù)測和普通藥學(xué)教育。DrugBank可以在使用。廣泛應(yīng)用于計(jì)算機(jī)輔助的藥物靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)、藥物設(shè)計(jì)、藥物分子對(duì)接或篩選、藥物活性和作用預(yù)測等。在查詢中，每一種藥物對(duì)應(yīng)1個(gè)DrugCard，即我們所得到的檢索結(jié)果。每一個(gè)DrugCard都包含的數(shù)據(jù)信息分為藥物、靶標(biāo)和酶三部分。藥物信息包括了該藥物的CAS號(hào)、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D結(jié)構(gòu)、logP、logS、pKa、熔點(diǎn)、吸收性、Caco-2細(xì)胞穿透性、藥物類別和臨床使用、性質(zhì)描述、劑型及給藥途徑、半衰期、體內(nèi)的生物轉(zhuǎn)化、毒性、作用于哪些生物體、食物對(duì)服用的影響、及其它藥物的相互作用、作用機(jī)理、代謝途徑、藥理學(xué)特征、及蛋白質(zhì)的結(jié)合情況、溶解度、物質(zhì)形態(tài)、同義詞、關(guān)于合成的相關(guān)文獻(xiàn)等，還及ChEBI、GenBank、PubChem等外部數(shù)據(jù)庫有鏈接。靶標(biāo)的信息包括ID、名稱、靶標(biāo)基因的名稱、蛋白質(zhì)序列、殘基數(shù)目、分子量、等電點(diǎn)、功能和活性、參及的代謝途徑和反應(yīng)、體內(nèi)分布、靶標(biāo)信號(hào)、跨膜區(qū)域、靶標(biāo)基因序列及其在GenBank、HGNC等外部數(shù)據(jù)庫中的ID和鏈接、參考文獻(xiàn)，以及在GenBank和Swiss-Prot中的鏈接。酶的信息包括名稱、蛋白質(zhì)序列、基因名稱、在Swiss-Prot等數(shù)據(jù)庫中的鏈接。在DrugBank的主界面上，在Browse菜單下可以瀏覽數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容，其中PharmaBrowse為用戶提供了分類瀏覽的功能。這為藥劑師、醫(yī)生以及尋找潛在藥物的研究人員提供了方便。在Search下拉菜單下，就是DrugBank的4類檢索方式。ChemQuery允許用戶通過繪制結(jié)構(gòu)圖或書寫SMILES、分子式進(jìn)行結(jié)構(gòu)搜索。在檢索過程中還可以對(duì)搜索藥物類型、分子量范圍、搜索結(jié)果相似度、結(jié)果數(shù)量最大值等進(jìn)行設(shè)置。TextQuery則為文本檢索功能。文本檢索支持邏輯運(yùn)算符連接及在特定領(lǐng)域內(nèi)搜索。例如，在“dextromethorphan”中檢索混合物，可以鍵入“mixtures:dextromethorphan”，即用分號(hào)在后面輸入領(lǐng)域，同時(shí)可以加入邏輯運(yùn)算符，例如，在“dextromethorphan”和“doxylamine”2個(gè)領(lǐng)域進(jìn)行檢索， 可 以 鍵 入“mixtures:dextromethorphanANDmixtures:doxylamine” 。SeqSearch為用戶提供了通過序列檢索蛋白質(zhì)的功能。DataExtractor是1個(gè)組合檢索工具。用戶可以對(duì)DrugCard所包含的信息進(jìn)行選擇性的組合檢索（1） Browse按鈕：DrugBrowse、CategoryBrowse、GenoBrowse、ReactionBrowse、PathwayBrowse、ClassBrowse、TargetBrowse；

（2） Search按鈕：ChemQueryStruetureSearch、InteraxInteractionSearch、SequenceSearch、AdvancedSearch、MSSearch、MS/MSSearch、GC/MSSearch、IDNMRSearch、2DNMRSearch；（3） 其他Tool按鈕：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、SerumMetabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。DrugBrowse：小分子藥物、生物技術(shù)藥物、顯示藥物在DrugBank中的ID、藥物名稱、分子量、化學(xué)式、化學(xué)結(jié)構(gòu)、藥物類型、治療癥狀。Drugs:顯示ID、藥物名稱、治療疾病DrugsandTargets：顯示ID、藥物名稱、作用位點(diǎn)（靶標(biāo)）、靶標(biāo)類型總結(jié)：可以查找藥物名稱、分子量、化學(xué)式、分子結(jié)構(gòu)、藥物所屬類型、靶標(biāo)、靶標(biāo)類型、治療疾病、代謝途徑等，還可鏈接到相關(guān)網(wǎng)站。（較實(shí)用）DrugBrowse:藥名、分子量、化學(xué)式、化學(xué)結(jié)構(gòu)、藥物分類、藥效DmK(BA?K伽心9 -HLir3EELi>3Ji一llc±i_Irv?akGut>3■al」MMiEwTiUEtphtheNiJChai .汽1344TQ-TE-5!1344TQ-TE-5!a&3L4H■■DispbHiriqdnjqx1■251BD8nlulaiGenoBrowse:藥物名稱，相互作用的基因/酶，SNP位點(diǎn)、等位基因名稱、堿基變化、副作用B蘇轟B蘇轟ft貳 E*wras-Sfltrrh-r&jwnk?(ft.MwMt■?■Htfp-ComMlUciOIU|tG^enqBrwMSNP-ADRSNPMedatedAjJwtmDosRaEtnsDec渤旳刑詬rwreBclkmEi-Sotirl陰nxn*Aw>4irft*9imeannttja-sDMO妙 Oere￡河51fT^BSUiMPratnxn*Aw>4irft*9imeannttja-sDMO妙 Oere￡河51fT^BSUiMPratPOEliM0PYlhlVJyCaliag^r^IDrug#hlIiHallway3*wlIidtu.Ali-MU-hT'dvcijeyuA*MImih砰[亡訐t值r-iADHPTOUBfllEV制衛(wèi)TKHKChohBJfcrTDlCll-EElA>1l,2l-aHr?a<￥-PREullJ--l-ENE-S2A-QidwE(3nErAZCR：l-CHCiLJe5T-?-ENt-3a]-CKILAtlVWV HIJ1C&PP1!^5lW：pmp5tt?ityTaaPOTMCS'HLA-Gale*ePawneep*IhfcFSNPEpvi忙亦rBhpiwierFlhMF陣?yán)?旳11w1w*ijJ&MW'rhjj^en0^BaiM jnitgenffoteriPSi^GTOiHR4*pahenuGmS^fTKKHICP5UnFnd:a&UZHTKVmgiirrivmllngR?r*r*nM|町OPiflPftiAi'^eh 百毀xiBiw林ng陽HoerrKieM狛的IHalr&r呂uwcdwco?釘iran3s?ampawls wraaiB^admwsiEred Il^rap^Sthiahgaha”鼻*占晦*wHvartlvriiGenoBrowseSNP-FX呂npmki伯ledPhajwe吩訶曰teas酬円DR S15MFM-XD解叭e^H1-H-ofOflIKS射33115NM-.basis.[^tuningS呻INFRtIDW巾Irt時(shí)OfeftgtItlHKitiC^MITOTeF4WK￥ijerasymbolCYPKSSFTCfFI1T12C?fl&iaaTgioc?CTFZCri￡用跑陽RwraruaoeiKmu*.imrao^i幽w他剛用1肉卩在IIBH■MidDR[?3JEEKldi-3Gene啊州ITG&3iriPiuPtiSiEfiC?n^iB0ijolAvJiHbuT>CP^iMiiGimarwrw^&unigihaaiii-inrambontp皿理曲AraanibDBC^iCEd<血rndlgrcHhraclirmcplirGenaemhiwEGFRUnFrotPODGMCJHdIAvjd±)le命叭cm0J85i9RanflLBE1O|Nd￡加3i曲e455D<uibedMthrrhznrHacIvAorinrtheEGFRtynHinrtkns±npalienlswin?-E(naii(eiikingsencer啊cl口necte^ngtyriwha??汨rtftrlDfIhs^ip'f.PathwayBrowse：可查看代謝通路PathwaysFttaibjiEdip斗prxK□HurgjkJi ■時(shí)iitnh^&^jliruiIJ^ibdfMi■￡>*酬町創(chuàng)刃「■ItmLsaUClassificationBrowse:藥物分類』如piwsd口bJWncw加I匚llct□ 口WtiHwi口EammarfaiDspkavin?也saltabars"I?JO?1T144ninlaKM5 ]j& 口彌〉L35I3-Ofiig!KiAQAdrth亡i*wSubCLM*&s4nc4dnjgR3H?5?R*1卑眄KlRi■^wcMupfliriwsEwrSiuMmaCleirLeomanOqflBMOWOUTMBOqSaflC?HHCanxBffiKfliHBanoDemaw冊(cè)初noMK&.P即ik?b.BndiVmogMMCaunmaDnrvn■■n?！*■Or^aik.OimpniTflirVviMi^r**Aimn■rOr^aricAims「■mr^JLrnriHCaitnuykAc^Q5anaDei'^awES產(chǎn)■rtutvui^Aruta?r^4AninDA:knP^pike%arobtfuiogues占rranniL-wlr ?iwiJIrvairvi■■■?TargetBrowse:查靶標(biāo)及靶標(biāo)分類和詳細(xì)細(xì)節(jié)（藥物分類、藥理學(xué)等）TargelBrcww— ―NiAm*iAicHi一4ktiL.rh^afgaAonaiJ^tiiiwwi--Dpef1m?fijdDispi^rijiB-gra1-Wcf ?IcMiDDrugiNtrM|5areidriBiMnHLepnjdriHHr(iDDrugiNtrM|5areidriBiMnHLepnjdriHHr(4CeCeKj^neiiUame L?|irudin■耳円hiHmhprUame L?|irudin■耳円hiHmhprTyp*Ginaupfl-P4l#r1p|ignrrc?iniirdcimr*<KiBM0ZiPOWOEi}iSotechLflpnjdrihMar4i：Bi忖r^jr^rtminW5M0: MbsIftLlkmm^uchq*yisdsucins訓(xùn)Ihs end0ih?m<#?uk? ihq曲刃n“ol-nsMWmgnmponlh?hTrahdpavQDn^.1isprpojEedvia BaverceaseameproduKODnorKpirud-!ifiKfiudarii￡^>3強(qiáng)Haji3i爼1Zl^rAMiilehtmre-JiiIWTIWll^rAB*iAChEMBL生物活性藥物類小分子數(shù)據(jù)庫?？偨Y(jié)：輸入分子結(jié)構(gòu)或已知靶標(biāo)描述或靶標(biāo)蛋白，每條記錄都包括分子的分類、名稱、ChEMBIID、功能、毒性、亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)、序列、參考文獻(xiàn)等。（偏向于化學(xué)）

clearityfoundation關(guān)于卵巢癌的公益網(wǎng)站。治療卵巢癌復(fù)發(fā)、有關(guān)腫瘤分子信息、臨床試驗(yàn)、卵巢癌診斷和治療分析、新型靶向制劑的臨床開發(fā)、治療結(jié)果。（基本無用）ENST00000078429：c.626A>CVairiantDaLaLocationFL曲創(chuàng)^*ftbOfi.GRCin37Cn W占can:31194U2占WMSJ11&242finnil:-til『3就rip亡￡NSTttMOQfl7S420(ftnsnmbl-T*._17^a*nA!GHAT1(dfiijginteradkwi^onCGHb}dnfonn?lKiTiVariartt：CMilnoJkdmpD2MPMuwiem沖口駅miSiSie^eYarvarltiyp祝SNPcEwja亡rt■內(nèi)p聲t&2G口儲(chǔ)常e 鈾口斥尊 LlnKtmeianmaVan巧泗時(shí)dMHCD.GrlawankKGCnKftyMB.GsrndDWmulaS T.Obengirfac.Nack曰nagBW.GranGBcmvlerN.StREnMM.Bamukarcwag”口呼口.n&guyA.氐鼻IwI.Khamn口.&jEamK.SpektierwrABnenJ BCmlINIoiieInGNA11 Can-grinuvealrnalanomamtn，jm閃ZOWOec2:363<Z3)2igi-9dw:1U1QffiiflEJMoaifflJCS&i.Epub2010NevirPubM&dpwid Geno?亠gr=

5CIViCSearch:查找描述、疾病名稱、疾病DOID、藥物PubChemID、藥物名稱、證據(jù)水平、基因名、PubChemID、突變位點(diǎn)等查找相關(guān)信息?？偨Y(jié)：evidenceID、基因、氨基酸變化、描述、病名、藥物、evidencelevel(A：經(jīng)過驗(yàn)證的；B：臨床；C：臨床前；D：個(gè)體研究；E：推理的)、evidencetype(predictive、diagnostic、prognostic)、evidencedirection(supports、dosenotsupport)、clinicalsignificance(sensitivice/resistanceornon-response/betteroutcome/pooroutcome/positive/negative)、variantorigin(somatic/germline)、trustrating(l/2/3/4/5stars)，可鏈接到代謝途徑及下載。(比較實(shí)用)SearchEvidenceItemsSearch:可按不同類型搜索SearchEvidenceItemsFildcch[herollo^ilnqcondnion輸入要搜索的單詞，如“breastcancer”

SearchEvidenceItem；；***T￡U*lE?QDa?□□□?EaQcsSearchEvidenceItem；；***T￡U*lE?QDa?□□□?EaQcsBBQ點(diǎn)擊一個(gè)基因/疾病LsslktadllKd4aNsgcbyThsGenedoesmmcurrentlyFmyeadestricmlon.iNwi:c^eciqpontkinase2EntriE^-yrnbol:CHEK2Entr<2ID:1ISffl^TrlAIWit：CQS1,CHK2,HuCdSh,LFS2.PPI425,R^53,HCd31Prpulnomni*;Forhhefldfiswclaicd(FHA>AjmalRProteinklnssedornan.PrcnelnkwiajjcrkedomalRSW百山FHAdomainSerriF9irKjniie!,?yro5lne--procFlnIcinarecsialytcdcoiam.-^mnEjPfrthways：CellCycle.G2j*MDNa cnetkpDuc.G2tMChec^jonts.UbqurlinMed[DegrJidationofFfiMplTiorylBBftedCdc2SA,pESIrdepcrideniDNX*DamageF&nponse.-pfltot?ViewFullDeLailNfromMyGene-iifoCHEK2L&55-OF-FUNCTIO#fl卜ANILOSS-OF-FUNCTION!/anafit■SdrmiaryVariisntTalkLfiSlWodrfed2BtM￥3那謝單擊“ViewFullDetialsfromMyGeneinfo”，查基因介紹、蛋白結(jié)構(gòu)域、通路。GeneCHEK2DetailsfromMX^nE-infoGeneSummary:InresponsetoDNAdamageandrepli匚日hemblocks.匚eII匚”匚也progressi口口ishaltedthroughlhe匚ontrol口『nriti匚日I匚凸1匚ycleregulatorsThepruleinencodEdbythisgeneis日cellcycle匚heckpointregulartcirandputmtryetumorsuppressarH.containsmfarkhEad-assotimtEdproteininteractiondomainessentialMractivarioninresponsetoDNAdamageandisrapidlyphosphorylaredinresponsetoreplicationblocksand