蛋白質(zhì)修飾位點預(yù)測詳解

ThismodelpaperwasrevisedbyLINDAonDecember15,2012.ThismodelpaperwasrevisedbyLINDAonDecember15,2012.蛋白質(zhì)修飾位點預(yù)測詳解蛋白質(zhì)修飾位點分析目錄TOC\o"1-4"\h\z\u實驗?zāi)康?2實驗平臺 3實驗過程 4一、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸化位點修飾 41、“人類connexin43”蛋白質(zhì)序列下載 42、uniprot數(shù)據(jù)庫查看蛋白磷酸化位點 P53、在線軟件預(yù)測指定蛋白磷酸化位點 6（1）DISPHOS預(yù)測未知蛋白磷酸化位點 6（2）PhosphoSitePlus預(yù)測指定蛋白磷酸化位點 114、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸修飾結(jié)論 14二、“人類血紅蛋白”糖基化位點修飾 151、N型糖基化位點預(yù)測 152、O型糖基化位點預(yù)測 18（1）哺乳動物O型糖基化位點預(yù)測 18（2）真核生物O型糖基化位點預(yù)測 203、uniprot數(shù)據(jù)庫查看蛋白質(zhì)糖基化修飾位點 224、“人類血紅蛋白”糖基化位點修飾結(jié)論 22實驗結(jié)論 23（特別提示:ctrl+單擊目錄下的標題鏈接，可以跟蹤標題；ctrl+單擊標題后的圖標可以返回目錄）實驗?zāi)康恼页觥叭祟恈onnexin43”找出“人類血紅蛋白”上面的糖基化位點，注釋結(jié)果實驗平臺uniprot數(shù)據(jù)庫:HYPERLINK(查看蛋白的修飾情況)預(yù)測未知蛋白磷酸化位點DISPHOS:HYPERLINKPhosphoSitePlus:HYPERLINK預(yù)測未知蛋白的糖基化修飾位點 N型糖基化位點預(yù)測：HYPERLINKO型糖基化位點預(yù)測：HYPERLINK實驗過程一、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸化位點修飾1、“人類connexin43”蛋白質(zhì)序列下載蛋白序列：HYPERLINK2、uniprot數(shù)據(jù)庫查看蛋白磷酸化位點網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK3、在線軟件預(yù)測指定蛋白磷酸化位點（1）DISPHOS預(yù)測未知蛋白磷酸化位點網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測結(jié)果DISPHOS由蛋白序列預(yù)測蛋白磷酸修飾位點，總共有37個絲氨酸修飾位點，13個蘇氨酸修飾位點，16個酪氨酸修飾位點。但是根據(jù)打分，只有8個絲氨酸修飾位點可能存在。（2）PhosphoSitePlus預(yù)測指定蛋白磷酸化位點網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測結(jié)果篩選參考文獻來源多于5篇的磷酸化修飾位點，丙氨酸磷酸化修飾位點數(shù)目為1、絲氨酸為17、蘇氨酸數(shù)目為1、酪氨酸數(shù)目為7。4、“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸修飾結(jié)論在線數(shù)據(jù)庫查詢和在線軟件預(yù)測結(jié)果基本一致，“人類connexin43”蛋白質(zhì)磷酸位點數(shù)量相對一般蛋白質(zhì)較多，且絲氨酸磷酸修飾位點最多?！叭祟恈onnexin43”蛋白質(zhì)極有可能是一種活性較高的蛋白質(zhì)，與機體的生物活性顯著相關(guān)。通過各種文獻閱讀和網(wǎng)絡(luò)篩選發(fā)現(xiàn)connexin43蛋白質(zhì)是一種哺乳動物連接蛋白，是主要的細胞縫隙連接蛋白，其表達的異常與多種疾病的發(fā)生有關(guān)。二、“人類血紅蛋白”糖基化位點修飾Ncbi下載人類血紅蛋白的蛋白序列保存為：HYPERLINK1、N型糖基化位點預(yù)測網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測結(jié)果2、O型糖基化位點預(yù)測（1）哺乳動物O型糖基化位點預(yù)測網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測結(jié)果（2）真核生物O型糖基化位點預(yù)測網(wǎng)站鏈接：HYPERLINK開始預(yù)測結(jié)果3、uniprot數(shù)據(jù)庫查看蛋白質(zhì)糖基化修飾位點4、“人類血紅蛋白”糖基化位點修飾結(jié)論在線數(shù)據(jù)庫查詢和在線軟件預(yù)測結(jié)果基本一致，人類血紅蛋白基本沒有O型糖基化修飾位點,但是存在N型糖基化修飾位點。血紅蛋白是高