《克隆文庫的分析》

克隆文庫分析leolvcxm99Leo924.student@sina1整理ppt內(nèi)容文庫評價序列的拼接載體去除嵌合子去除BLAST比對RDP歸類系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建序列提交2整理ppt文庫評價文庫評價：主要是指對構(gòu)建的克隆文庫中酶切的克隆子個數(shù)是否能夠代表整個環(huán)境絕大多數(shù)微生物類群，以及如何科學性的進行選擇酶切克隆子數(shù)。3整理ppt酶切克隆子個數(shù)選擇策略單文庫：每次以100個克隆為基數(shù)進行酶切，切完后對庫中只出現(xiàn)一次的條帶進行統(tǒng)計，簡單計算其所占比重，覆蓋率到達80%左右即可。多文庫：每次以50個克隆為基數(shù)進行酶切，分別進行計算覆蓋率，其中任何一個到達60%左右即可。4整理ppt例.單個文庫可以盡量的選擇到曲線變的平滑階段，5整理ppt例.多個文庫比照性的去取，其中任何一個樣品假設(shè)出現(xiàn)有變得緩慢即可停止。6整理ppt稀有度曲線分析采用EstimateS8.0軟件進行稀有度分析。(:///estimateS)軟件使用如下：7整理ppt數(shù)據(jù)錄入文庫名稱OTUs數(shù)：首行為總個數(shù)酶切的克隆個數(shù)：首行寫總個數(shù)，次行從1開始按自然數(shù)排列格式行：此行全部為寫為1格式行：此行全部為寫為-1，表示結(jié)束8整理ppt軟件操作9整理ppt10整理ppt結(jié)果11整理ppt稀有度曲線制作以individuals為橫坐標，Sobs為縱坐標在Excel中作曲線。12整理ppt稀有度曲線13整理ppt序列拼接序列拼接：是指測序反響將一個長度大于1000bp的序列分別于兩端進行測序所得的兩個序列進行拼接在一起。使用軟件contig14整理ppt軟件操作測序返回的結(jié)果ab1格式的文件是指帶有測序峰圖的序列文件，序列拼接首選該文件。15整理ppt16整理ppt17整理ppt18整理ppt載體去除由于測序常常使用的是載體上的序列，因此需要將所測序的結(jié)果進行去載體。載體的去除，使用NCBI數(shù)據(jù)庫中的sequenceanalysis中的vecscreen.:///19整理ppt載體去除20整理ppt21整理ppt22整理ppt嵌合子剔除運用CHECK_CHIMERA(://wdcm.nig.ac.jp/RDP/cgis/chimera)對測序所得的細菌16SrRNA基因序列進行嵌合子序列的檢查和剔除

23整理pptBLAST序列比對登錄NCBI主頁〔:///〕選擇BLAST然后選擇24整理pptBLAST序列比對輸入序列輸入菌株編號25整理ppt比對結(jié)果26整理ppt比對結(jié)果處理比照對得到的結(jié)果進行處理：建立一個word文檔將相似性較高的序列復制粘貼進文檔。如圖這樣做的目的是能夠快速，方便的對標準菌株進行選擇。27整理ppt標準菌株的選擇標準菌株的選擇：根據(jù)自己未來所要寫的文章的內(nèi)容的論據(jù)來進行選擇。由于克隆文庫所得的序列大局部為不可培養(yǎng)類群，因而標準菌株的選擇要選取與你環(huán)境相似，并且在分類上具有較為詳細的分類的菌株。總體標準：盡量選擇具有相似性高的純培養(yǎng)菌。28整理pptRDP歸類克隆文庫所得序列往往是一些不可培養(yǎng)類群，因而很難確定其具體分類地位，因此選擇使用RDPClassifer在線歸類系統(tǒng)?！?//rdp/index.jsp〕29整理pptRDP歸類30整理pptRDP歸類輸入序列31整理pptRDP分類

置信度調(diào)至95%

此處為具體分類，但需要進一步的看歸類的置信度32整理pptRDP分類帶有置信度的分類重新開始點此處33整理ppt系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建：目的是用于對克隆序列進行進一步的精確地歸類。本卷須知：1〕克隆的序列不能有反向序列〔主要是測序時產(chǎn)生的〕2〕標準菌株的選擇〔盡量選擇具有具體種屬信息的序列，或者相似環(huán)境下的序列〕3〕對樹要多計算幾次來評估樹的穩(wěn)定性。34整理ppt系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建如何判斷序列是反向序列：1〕第一種：在BLAST序列比對時對自己的序列與網(wǎng)上的序列進行比較看你們的序列是否是從小到大排列對應的〔也就是說你的序列是8F應該對應的是別人的8F或者小的〕2〕第二種：預先將所有的序列構(gòu)建一次系統(tǒng)發(fā)育樹，如果有出現(xiàn)進化距離特別遠的序列，該序列為反向序列的可能非常大。35整理ppt此處序列為反向序列36整理ppt反向序列修正37整理ppt系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建使用軟件MEGA4.0。具體方法參考?進化樹制作過程?。38整理ppt序列提交序列提交目的是為了獲得Genebank登錄號，一般的文章都需要并且非常重要。序列提交首先要使用軟件sequin進行編輯。其次將編輯好的序列用郵件發(fā)送至Genebank編輯郵箱，一星期左右就會得到序列登錄號。39整理ppt序列編輯首先將確定分類的序列進行編輯，可以將同類〔同門〕菌株放入同一個文件夾。格式：建立一個*.TXT的文檔，里面鍵入的格式如圖。40整理ppt>sw-xj83[organism=unculturedactinobacterium][strain=sw-xj83]unculturedactinobacteriumclonesw-xj8316SribosomalRNAgenesequence.序列另起一行頂格輸入41整理pptSequin序列編輯選擇所提交的數(shù)據(jù)庫開始提交42整理ppt輸入一個名字，名字可以是你未來要發(fā)表文章的名字或者也可以填寫Directsubmission。43整理ppt輸入名字，郵件等，此步很重要！44整理ppt假設(shè)每次只提交一個序列可以選擇這個選項此處為批量提交45整理ppt此處導入序列46整理ppt47整理ppt48整理ppt此處可以忽略此處必須進行修訂，雙擊點擊進行修訂49整理ppt