實驗用小型豬 遺傳質(zhì)量控制

實驗用小型豬遺傳質(zhì)量控制范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了實驗用小型豬的遺傳分類及命名、繁殖、遺傳質(zhì)量監(jiān)測等內(nèi)容。本標(biāo)準(zhǔn)適用于實驗用小型豬的遺傳質(zhì)量控制。規(guī)范性引用文件下列文件對于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB14923實驗動物哺乳類實驗動物的遺傳質(zhì)量控制NY/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測技術(shù)規(guī)程術(shù)語和定義下列術(shù)語和定義適用于本文件。實驗用小型豬experimentalminiaturepig經(jīng)人工飼養(yǎng)與培育，對其攜帶的病原微生物和寄生蟲施行控制，遺傳背景明確或者來源清楚，12月齡體重小于50kg，用于科學(xué)研究、教學(xué)、生產(chǎn)、檢定以及其它科學(xué)實驗的小型豬。近交系inbredstrain經(jīng)連續(xù)20代及以上的全同胞或親子近交方式培育而成，品系內(nèi)所有個體都可追溯到起源于第20代或以后代數(shù)的一對共同祖先。近交系的近交系數(shù)（inbreedingcoefficient）應(yīng)大于98.4%。封閉群closedcolony以非近親交配方式進(jìn)行繁殖生產(chǎn)的一個動物種群，在不從外部引入新個體的條件下，至少連續(xù)繁殖4代以上的群體。遺傳分類及命名遺傳分類根據(jù)遺傳特點的不同，實驗用小型豬分為近交系和封閉群。命名近交系命名根據(jù)動物的來源、歷史和培育經(jīng)過，以一系列字母和數(shù)字作為品系代碼（straincode）來表示。近交系動物通常以一個或數(shù)個大寫英文字母表示，如A、DBA等。亦可以大寫英文字母加數(shù)字命名，如C57BL、C3H。近交代數(shù)近交系的近交代數(shù)用大寫英文字母F表示。例如當(dāng)一個近交系的近交代數(shù)為30代時，寫成（F30）。其他近交系亞系、重組近交系、同源突變近交系、同源導(dǎo)入近交系的定義和命名按照GB14923執(zhí)行。封閉群命名封閉群命名按照GB14923執(zhí)行。繁殖近交系的繁殖原則保持近交系實驗用小型豬的同基因性及基因純合性。引種應(yīng)選擇來自于近交系的基礎(chǔ)群，遺傳背景明確，來源清楚，有包括品系名稱、近交代數(shù)、遺傳基因特點及主要生物學(xué)特征等的完整檔案。方法當(dāng)近交系實驗用小型豬生產(chǎn)供應(yīng)數(shù)量不是很大時，一般不設(shè)血緣擴大群，僅設(shè)基礎(chǔ)群和生產(chǎn)群?；A(chǔ)群、血緣擴大群和生產(chǎn)群的具體繁殖方式按照GB14923執(zhí)行。封閉群的繁殖原則保持封閉群實驗用小型豬的遺傳異質(zhì)性及基因多態(tài)性，避免近交系數(shù)隨繁殖代數(shù)增加而過快上升。引種引種應(yīng)遵循以下要求：應(yīng)遺傳背景明確，來源清楚，有較完整的檔案（包括種群名稱、來源、遺傳基因特點及主要生物學(xué)特征等）；根據(jù)繁殖方式，在保證每代近交系數(shù)增量不大于1％的前提下，決定最小引種規(guī)模。宜采用循環(huán)交配方式，引種數(shù)量不應(yīng)少于13對無血緣關(guān)系（三代以內(nèi)無共同祖先）的種豬；也可采用隨機交配方式，引種數(shù)量不應(yīng)少于25對無血緣關(guān)系的種豬。方法具體繁殖方法按照GB14923執(zhí)行。遺傳質(zhì)量監(jiān)測監(jiān)測方法采用微衛(wèi)星DNA標(biāo)記檢測方法。具體方法按照NY/T1673執(zhí)行，各微衛(wèi)星DNA標(biāo)記的染色體位置、等位基因數(shù)、等位基因片段范圍、引物序列、熒光標(biāo)記、退火溫度、鎂離子濃度等見表1。各微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記所在的染色體位置、等位基因片段范圍、熒光標(biāo)記、兩側(cè)引物序列（左側(cè)：F，右側(cè)：R）、退火溫度和鎂離子濃度分子標(biāo)記名稱染色體位置等位基因數(shù)（個）等位基因片段范圍（bp）熒光標(biāo)記引物序列5’→3’Tm（℃）Mg2+（mM）S015517148-164FAWF-TGTTCTCTGTTTCTCCTCTGTTTGR-AAAGTGGAAAGAGTCAATGGCTAT581.5S001029102-124FAWF-TTAACATGGCTGTCTGGACCR-GTCCCTGTCCAACCATAAGA601.5SW349321148-184FAWF-CCTGTTGTAGGCTCCATGAGR-CTAGGAGTCGGCCCTGAAC621.5S000146175-189FAWF-TGGATGGGTCTCATTCTCAGR-TGATTCCTAGCCTGAGAAGC501.5S0005510200-248FAWF-TCCTTCCCTCCTGGTAACTAR-GCACTTCCTGATTCTGGGTA553.0S0087617161-220FAWF-GACAAGCTCCAGGAAGCTTTCCTGR-ATTGCCTTGTGATCCCAAGGGGCA581.5S0101713196-230FAWF-GAATGCAAAGAGTTCAGTGTAGGR-GTCTCCCTCACACTTACCGCAG581.5S022587170-194HEXF-GCTAATGCCAGAGAAATGCAGAR-CAGGTGGAAAGAATGGAATGAA581.5SW17495123-136TAMRAF-GCCAAAATAGCTATTGGACAGCR-TCATGCTATTTTGTTCCAGATG581.5SW16261014117-170FAWF-GCCAATTTCTAGCAAAGTGACCR-TGGAAGATGACATAAGAAAGGG621.5S000911996-133FAWF-AAACATACCAAGAAGCCCAGR-TAATCTTTGCCATCCCTTGT621.5SW605125109-135TAMRAF-AGCCTTCTGTGCAGAAAAGCR-CCCCAGGTTCTCTGCTCTC581.5SW769137104-139HEXF-GGTATGACCAAAAGTCCTGGGR-TCTGCTATGTGGGAAGAATGC553.0SW857146134-160TAMRAF-TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCR-GATCCTCCTCCAAATCCCAT551.5表1（續(xù)）分子標(biāo)記名稱染色體位置等位基因數(shù)（個）等位基因片段范圍（bp）熒光標(biāo)記引物序列5’→3’Tm（℃）Mg2+（mM）S03551514243-277HEXF-TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATGR-TTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA553.0S002616590-111FAWF-AACCTTCCCTTCCCAATCACR-CACAGACTGCTTTTTACTCC581.5S03321724111-168FAWF-TGGTTTCCTCACCAAGACAAGTACR-CCCAAGGAGCTACAGCAAGGCAAG581.5SW1984182195-158FAWF-TTTTTAGTGTCCAAGGAGGTCCR-GGAGCACTAATAGACCACCACC551.5SW2476X688-106TAMRAF-CTGGAGCAGGAGAAAGTAAGTTCR-GGACAGTTACAGACAGAAGAAGG621.5近交系遺傳質(zhì)量監(jiān)測時間間隔對生產(chǎn)群，每2年至少進(jìn)行1次。抽樣對基礎(chǔ)群，凡在子代留有種豬的雙親動物都應(yīng)該進(jìn)行檢測。對生產(chǎn)群，按照表2要求從每個近交系中隨機抽取非同窩成年實驗用小型豬，公母各半。近交系實驗用小型豬生產(chǎn)群遺傳監(jiān)測抽樣要求群體規(guī)模，頭抽樣數(shù)量，頭N≤50450<N≤1006N>100不少于6%結(jié)果判定結(jié)果判定按照表3執(zhí)行。近交系實驗用小型豬遺傳質(zhì)量監(jiān)測結(jié)果判定監(jiān)測結(jié)果判定與標(biāo)準(zhǔn)遺傳概貌完全一致未發(fā)現(xiàn)遺傳變異有一個位點的標(biāo)記基因與標(biāo)準(zhǔn)遺傳概貌不一致遺傳發(fā)生變異判XX論所有樣品檢測位點的等位基因都符合品系的特征，沒有新的等位基因出現(xiàn)為合格實驗用小型豬近交系，否則判為不合格。封閉群遺傳質(zhì)量監(jiān)測時間間隔每1年至少進(jìn)行1次。抽樣選擇6月齡以上的實驗用小型豬用于檢測，隨機抽樣。封閉群實驗用小型豬遺傳質(zhì)量監(jiān)測抽樣要求群體規(guī)模，N頭抽樣數(shù)量N≤100不少于10頭N>100不少于20頭結(jié)果判定群體內(nèi)遺傳變異采用平均雜合度指標(biāo)或群體平衡狀態(tài)方法進(jìn)行評價。判XX論當(dāng)平均