西北農林科技大學農學院

西北農林科技大學農學院教案2015——2016學年第1學期教研室遺傳學課程名稱生物信息學授課對象種科系2013級本科生授課教師童維職稱職務講師教材名稱《生物信息學》2015年6月2日《生物信息學》課程教案章節(jié)名稱:第四章蛋白質序列分析第二節(jié)蛋白質一維、二維序列分析課堂講授(1),實踐課(1)教學時數(shù)1教學目標：1. 掌握蛋白質一維序列分析的方法2. 掌握蛋白質二維序列分析的方法授課內容要點:請同學簡要回顧上節(jié)課講述的蛋白質常規(guī)分析方法：Sequencealignment:BLAST,FASTA,Clustalw…PredictingAntigenicPeptides:antigenic…PredictpI/MW:ComputepI/Mw,Isotopident…Proteinsolubilityprediction:PROSO,…Transmembraneproteinprediction:TMHMMSignalpeptideprediction:SignalPEnzymaticsites:restrictSequenceextract,translate,etc:extractseq,seqret……導入：向同學們提問：給你一個未知蛋白質，你會如何開展分析？蛋白質一維序列分析；蛋白質二維序列分析；蛋白質三維序列分析；蛋白質一維序列分析：兩兩序列比對:BLAST;Fasta;多重序列比對:Clustw…蛋白質二維序列分析：向同學們提問，并展開討論：為何要進行蛋白質二維序列（或蛋白質保守結構域分析，proteinmotif）分析？當前蛋白質二維序列分析的方法：Interpro,COG等，進行演示。向同學們提問，Interpro數(shù)據(jù)庫中proteinmotif本身是如何形成？布置學生課后作業(yè)（下節(jié)課解答）：搜索小麥抗條銹病的相關蛋白質，用所學到的方法進行蛋白質序列分析。教學重點：1. 掌握蛋白質一維序列分析方法；2. 掌握蛋白質二維序列分析；教學難點：1.理解蛋白質保守結構域的概念；2. 如何進行蛋白質保守結構域（二維結構）的預測教學方法：講授，多媒體+板書課堂討論題、思考題、作業(yè)：1.同學們得到一個未知蛋白質后，如何開展分析？2.為何要進行蛋白質二維序列（或蛋白質保守結構域分析，proteinmotif）分析？3.Interpro數(shù)據(jù)庫中proteinmotif數(shù)據(jù)本身是如何形成？參考資料（含參考書、文獻等）：《基礎生物信息學及應用》，蔣彥等，清華大學出版社《生物信息學—基因和蛋白質分析的使用指南》，李衍達，清華大學出版社《生物信息學》，趙國屏，科學出版社《生物信息學手冊》，郝柏林，上?？茖W技術出版社備注:1.通過向同學們提問“得到一個未知蛋白質后，你會如何開展分析？”，讓學生思索、展開討論，引入本節(jié)授課內容。2.重點讓學生掌握蛋白質一維、二維序列分析方法；3.讓同學思索：可應用COG，