生物信息學(xué)復(fù)習(xí)資料

生物信息學(xué)復(fù)習(xí)資料一、名詞解釋(31個(gè))1.生物信息學(xué):廣義：應(yīng)用信息科學(xué)的方法和技術(shù)，研究生物體系和生物過(guò)程中信息的存貯、信息的內(nèi)涵和信息的傳遞，研究和分析生物體細(xì)胞、組織、器官的生理、病理、藥理過(guò)程中的各種生物信息，或者也可以說(shuō)成是生命科學(xué)中的信息科學(xué)。狹義：應(yīng)用信息科學(xué)的理論、方法和技術(shù)，管理、分析和利用生物分子數(shù)據(jù)。2.二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)：對(duì)原始生物分子數(shù)據(jù)進(jìn)行整理、分類的結(jié)果，是在一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和理論分析的基礎(chǔ)上針對(duì)特定的應(yīng)用目標(biāo)而建立的。3.多序列比對(duì)：研究的是多個(gè)序列的共性。序列的多重比對(duì)可用來(lái)搜索基因組序列的功能區(qū)域，也可用于研究一組蛋白質(zhì)之間的進(jìn)化關(guān)系。4.系統(tǒng)發(fā)育分析：是研究物種進(jìn)化和系統(tǒng)分類的一種方法，其常用一種類似樹狀分支的圖形來(lái)概括各種（類）生物之間的親緣關(guān)系，這種樹狀分支的圖形稱為系統(tǒng)發(fā)育樹。5.直系同源：如果由于進(jìn)化壓力來(lái)維持特定模體的話，模體中的組成蛋白應(yīng)該是進(jìn)化保守的并且在其他物種中具有直系同源性。指的是不同物種之間的同源性，例如蛋白質(zhì)的同源性，DNA序列的同源性。（來(lái)自百度）6.旁系（并系）同源：是那些在一定物種中的來(lái)源于基因復(fù)制的蛋白，可能會(huì)進(jìn)化出新的與原來(lái)有關(guān)的功能。用來(lái)描述在同一物種內(nèi)由于基因復(fù)制而分離的同源基因。（來(lái)自百度）7.FASTA序列格式：將一個(gè)DNA或者蛋白質(zhì)序列表示為一個(gè)帶有一些標(biāo)記的核苷酸或氨基酸字符串。8.開放閱讀框（ORF）：是結(jié)構(gòu)基因的正常核苷酸序列，從起始密碼子到終止密碼子的閱讀框可編碼完整的多肽鏈，其間不存在使翻譯中斷的終止密碼子。（來(lái)自百度）9.結(jié)構(gòu)域：大分子蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)?？煞指畛梢粋€(gè)或數(shù)個(gè)球狀或纖維狀的區(qū)域，折疊得較為緊密，各行其功能，稱為結(jié)構(gòu)域。10.空位罰分：序列比對(duì)分析時(shí)為了反映核酸或氨基酸的插入或缺失等而插入空位并進(jìn)行罰分，以控制空位插入的合理性。（來(lái)自百度）11.表達(dá)序列標(biāo)簽：通過(guò)從cDNA文庫(kù)中隨機(jī)挑選的克隆進(jìn)行測(cè)序所獲得的部分cDNA的3’或5’端序列。（來(lái)自文獻(xiàn)）12.GeneOntology協(xié)會(huì)：13.HMM隱馬爾可夫模型：將核苷酸序列看成一個(gè)隨機(jī)序列，DNA序列的編碼部分與非編碼部分在核苷酸的選用頻率上對(duì)應(yīng)著不同的Markov模型。14.一級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)：數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)直接來(lái)源于實(shí)驗(yàn)獲得的原始數(shù)據(jù)，只經(jīng)過(guò)簡(jiǎn)單的歸類整理和注釋15.序列一致性：指同源DNA順序的同一堿基位置的相同的堿基成員,或者蛋白質(zhì)的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成員,可用百分比表示。16.序列相似性：指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。17.Blastn：是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。（來(lái)自百度）18.Blastp：是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。（來(lái)自百度）19.Blastx：是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。（來(lái)自百度）20.Tblastn：是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。（來(lái)自百度）21.Tblastx：是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。（來(lái)自百度）22.KEGG：京都基因與基因組百科全書，是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息的數(shù)據(jù)庫(kù)，它整合了基因組學(xué)、生物化學(xué)以及系統(tǒng)功能組學(xué)的信息，有助于研究者把基因及表達(dá)信息作為一個(gè)整體網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行研究。23.ChIP-Seq：就是通過(guò)高通量測(cè)序?qū)hIP所得到的序列進(jìn)行測(cè)序，從而進(jìn)行蛋白和DNA相互作用相關(guān)研究。24.分子生物網(wǎng)絡(luò)：25.蛋白質(zhì)相互作用（PPI）：是指蛋白質(zhì)分子之間的相關(guān)性，并從生物化學(xué)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和遺傳網(wǎng)絡(luò)的角度研究這種相關(guān)性。26.高通量測(cè)序：一次性對(duì)幾百萬(wàn)到十億條DNA分子進(jìn)行并行測(cè)序，又稱為下一代測(cè)序技術(shù)，其使得可對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行深入、細(xì)致、全貌的分析，所以又被稱為深度測(cè)序。27.比較蛋白質(zhì)組學(xué)：即對(duì)模式生物或重要生命過(guò)程的蛋白質(zhì)組學(xué)特征進(jìn)行比較。28.NCBInr：29.GT-AG結(jié)構(gòu)：30.Entrez檢索系統(tǒng)：面向生物學(xué)家的數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)，其特點(diǎn)之一是使用十分方便。它把序列、結(jié)構(gòu)、文獻(xiàn)、基因組、系統(tǒng)分類等不同類型的數(shù)據(jù)庫(kù)有機(jī)地結(jié)合在一起，通過(guò)超文本鏈接，用戶可以從一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)直接轉(zhuǎn)入另一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。31.系統(tǒng)生物學(xué)：是從系統(tǒng)水平來(lái)理解生物學(xué)系統(tǒng)，利用一系列的原理與方法學(xué)來(lái)研究分子行為與系統(tǒng)特性與功能的關(guān)系，通過(guò)計(jì)算生物學(xué)來(lái)定量闡明和預(yù)測(cè)生物的功能、表型和行為。二、選擇題（30個(gè)）1.下面哪種數(shù)據(jù)庫(kù)源于mRNA信息（A）：A.dbEST、B.PDB、C.OMIM、D.HTGS2.如果我們?cè)噲D做蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位分析，應(yīng)使用（）。A.NDB數(shù)據(jù)庫(kù)、B.PDB數(shù)據(jù)庫(kù)、C.GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)、D.SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)3.PIR是（）。A.核酸數(shù)據(jù)庫(kù)、B.mRNA數(shù)據(jù)庫(kù)、C.啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)、D.蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)4.以下哪一項(xiàng)不屬于啟動(dòng)子研究范圍？（）A.CpG島預(yù)測(cè)、B.轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)預(yù)測(cè)、C.糖基化修飾、D.甲基化檢測(cè)5.HTGS的含義是（C）。A.表達(dá)序列標(biāo)簽、B.序列標(biāo)簽位點(diǎn)、C.高通量基因組序列、D.人工合成序列6.STS的含義是（）。A.表達(dá)序列標(biāo)簽、B.序列標(biāo)簽位點(diǎn)、C.高通量基因組序列、D.人工合成序列7.HGP是（C）。A.在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)、B.國(guó)家核酸數(shù)據(jù)庫(kù)、C.人類基因組計(jì)劃、D.水稻基因組計(jì)劃8、下列中屬于一級(jí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的是：（）A.EMBL、B.DDBJ、C.PDB、D.SWISS-PROT9．BLAST教案所程序中，哪個(gè)方法是不存在的？（）A.BLASTP、B.BLASTN、C.BLASTX、D.BLASTQ10．人類基因組的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)不包括：（）A.基因進(jìn)化、B.基因數(shù)目、C.基因重復(fù)序列、D.基因組復(fù)制11、下列哪個(gè)選項(xiàng)不是微陣列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的內(nèi)容？（）A.貝葉斯網(wǎng)絡(luò)法、B.對(duì)照組的選擇、C.重復(fù)樣本的使用、D.隨機(jī)化原則12、構(gòu)建序列進(jìn)化樹的一般步驟不包括.（）A.建立DNA文庫(kù)、B.建立數(shù)據(jù)模型、C.建立取代模型、D.建立進(jìn)化樹13、在Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)中，生物學(xué)工作者向其提交數(shù)據(jù)有兩種方式，其中用于提交少量數(shù)據(jù)的是基于Web方式的（）。A.BankIt、B.Sequin、C.Version、D.Matrix14、序列數(shù)據(jù)庫(kù)包括核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)和蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)。下列哪個(gè)不屬于蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)？（）A.PIR、B.Uniprot、C.SWISS-PROT、D.OMIM15、序列數(shù)據(jù)庫(kù)包括核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)和蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)。下列哪個(gè)不屬于核酸列數(shù)據(jù)庫(kù)？（）A.Genbank、B.GenPept、C.EMBL、D.DDBJ16、（）是NCBI提供的集成檢索工具，通過(guò)一次檢索可查詢NCBI多個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)中的相關(guān)信息。A.Retrieve、B.SRS、C.Entrez、D.PIR17、Entrez數(shù)據(jù)庫(kù)中的剪貼板的容量是（）。A.500條記錄、B.1000條記錄、C.5000條記錄、D.10000條記錄18、蛋白質(zhì)信號(hào)肽的預(yù)測(cè)工具有（）。A.nnpredict、B.PredictProtein、C.SingalD、D.SingalP19、Bioinformatics的含義是（）。A.生物信息學(xué)、B.基因組學(xué)、C.蛋白質(zhì)組學(xué)、D.表觀遺傳學(xué)20、目前應(yīng)用于基因芯片表達(dá)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析的主要方法是（）。A.卡方檢驗(yàn)、B.相關(guān)分析、C.聚類分析、D.正態(tài)性分布檢驗(yàn)21、NCBI中人類無(wú)冗余基因數(shù)據(jù)庫(kù)是（）。A.UniGene、B.UniPro、C.UniRef、D.URF22、基本局部比對(duì)搜素工具是（）。A.Mega、B.ClustalW、C.BLAST、D.GCG23、根據(jù)研究發(fā)現(xiàn)，人類基因組中真正編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域僅占DNA序列的（）。A.1-2%、B.3-5%、C.5-10%、D.10-20%24、被譽(yù)為“生物信息學(xué)之父”的科學(xué)家是（）。A.Dulbecco、B.Sanger、C.吳瑞、D.林華安25、多序列比對(duì)工具是（）。A.BLAST、B.ClustalW、C.Mega、D.GCG26、生物芯片分析中使用的聚類分析輸出圖形主要以下列哪種方式表現(xiàn)？（）A.以彩色小方塊陣列表示、B.以蜂窩形狀表示、C.以黑白圓點(diǎn)表示、D.以彩色線條表示27、HTGS的含義是（）。A.表達(dá)序列標(biāo)簽、B.序列標(biāo)簽位點(diǎn)、C.高通量基因組序列、D.人工合成序列28、accessionnumber的含義是（）。A.登錄號(hào)、B.算法、C.比對(duì)、D.類推29、（）是歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)EMBLnet的主要檢索工具，也是一個(gè)開放的數(shù)據(jù)查詢系統(tǒng)。A.Query、B.SRS、C.PDB、D.PIR30、數(shù)據(jù)挖掘的四個(gè)步驟不包括下列哪個(gè).（）A.數(shù)據(jù)選擇、B.數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、C.數(shù)據(jù)記錄、D.結(jié)果分析三、是非題（16個(gè)）1、生物學(xué)就是實(shí)驗(yàn)科學(xué)，所有的研究結(jié)論從實(shí)驗(yàn)中來(lái)，于實(shí)驗(yàn)中得到驗(yàn)證。2、比較是科學(xué)研究中最常見的方法，在生物信息學(xué)研究中，比對(duì)是最常用和最經(jīng)典的研究手段。3、兩個(gè)蛋白質(zhì)序列相似性超過(guò)30%就是同源蛋白。4、蛋白質(zhì)序列相似性指一級(jí)序列中氨基酸殘基相同。5、蛋白質(zhì)序列相似性指氨基酸殘基具有相似特性.側(cè)鏈基團(tuán)大小電荷性、疏水性等相同。6、核酸序列相似性指序列中相同堿基所占的比例。7、對(duì)一段未知功能DNA片段進(jìn)行功能預(yù)測(cè)需對(duì)其進(jìn)行3位翻譯。8、對(duì)一段未知功能DNA片段進(jìn)行功能預(yù)測(cè)需對(duì)其進(jìn)行6位翻譯。9、相似性是指一種很直接的數(shù)量關(guān)系，無(wú)需實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。10、相似性是指一種很直接的數(shù)量關(guān)系，也需實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。11、不同種屬間的同源序列稱為直向同源序列。12、不同種屬間的同源序列稱為共生同源序列。13、所謂局部比對(duì)，即分析兩個(gè)序列是否有局部序列的相似。14、所謂整體比對(duì)，即找出兩個(gè)序列全長(zhǎng)的最優(yōu)比對(duì)結(jié)果。15、PSI-BLAST是BLAST程序家族中敏感性最高的子程序。16、PHI-BLAST是BLAST程序家族中敏感性最高的子程序。四、問(wèn)答題（15個(gè)）1、生物信息學(xué)的發(fā)展經(jīng)歷了哪幾個(gè)階段2、序列的相似性與同源性有什么區(qū)別與聯(lián)系？3、BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？4、生物信息學(xué)的主要研究領(lǐng)域。5、初級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)、二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)的概念，說(shuō)出幾個(gè)數(shù)據(jù)并說(shuō)明包含什么數(shù)據(jù)。6、簡(jiǎn)述高通量測(cè)序的應(yīng)用范圍7、簡(jiǎn)述系統(tǒng)發(fā)生分析步驟8、說(shuō)出至少一種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)和一種可視化工具。9、Entrez集成于哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)？主要功能是什么？在應(yīng)用中可以訪問(wèn)哪些子數(shù)據(jù)庫(kù)（請(qǐng)列舉5個(gè)以上）？10、試述SWISS-PROT中的數(shù)據(jù)來(lái)源11、分子生物網(wǎng)絡(luò)可以分成哪幾類？簡(jiǎn)單