靜息態(tài)處理全過程

Resting-statefMRI:

DataProcessing嚴超贛Ph.D.Candidateycg.yan@

北京師范大學認知神經(jīng)科學與學習國家重點試驗室?SKLCNL1靜息態(tài)處理全過程第1頁Outline預處理ALFF,ReHo,FC計算統(tǒng)計結果展現(xiàn)文件管理2靜息態(tài)處理全過程第2頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.083靜息態(tài)處理全過程第3頁數(shù)據(jù)整理被試信息整理4靜息態(tài)處理全過程第4頁數(shù)據(jù)整理被試信息整理5靜息態(tài)處理全過程第5頁數(shù)據(jù)整理被試信息整理原始數(shù)據(jù)整理靜息功效數(shù)據(jù)結構數(shù)據(jù)DTI數(shù)據(jù)6靜息態(tài)處理全過程第6頁數(shù)據(jù)整理被試信息整理原始數(shù)據(jù)整理靜息功效數(shù)據(jù)結構數(shù)據(jù)DTI數(shù)據(jù)7靜息態(tài)處理全過程第7頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.088靜息態(tài)處理全過程第8頁DICOM->NIFTIMRIcroN’sdcm2niiguiSPM5’sDICOMImport9靜息態(tài)處理全過程第9頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0810靜息態(tài)處理全過程第10頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0811靜息態(tài)處理全過程第11頁SliceTimingWhy?12靜息態(tài)處理全過程第12頁SliceTimingWhy?Huetteletal.,13靜息態(tài)處理全過程第13頁SliceTiming1:2:33,2:2:323322-(2/33)3314靜息態(tài)處理全過程第14頁SliceTiming15靜息態(tài)處理全過程第15頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0816靜息態(tài)處理全過程第16頁RealignWhy?17靜息態(tài)處理全過程第17頁Realign18靜息態(tài)處理全過程第18頁Realign檢驗頭動?b=load(‘rp_name.txt’);c=max(abs(b));c(4:6)=c(4:6)*180/pi;19靜息態(tài)處理全過程第19頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0820靜息態(tài)處理全過程第20頁NormalizeWhy?Huetteletal.,21靜息態(tài)處理全過程第21頁mean_name.imgr*.imgEPI.nii-90-126-72;909010833322靜息態(tài)處理全過程第22頁Normalize23靜息態(tài)處理全過程第23頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0824靜息態(tài)處理全過程第24頁SmoothWhy?降低被試間空間結構差異；有利統(tǒng)計檢驗有效性;25靜息態(tài)處理全過程第25頁w*.img平滑核Smooth26靜息態(tài)處理全過程第26頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0827靜息態(tài)處理全過程第27頁去線性漂移28靜息態(tài)處理全過程第28頁預處理數(shù)據(jù)整理DICOM->NIFTI去前10個時間點SliceTimingRealignNormalizeSmooth去線性漂移Filter:0.01-0.0829靜息態(tài)處理全過程第29頁濾波Why?關心低頻活動30靜息態(tài)處理全過程第30頁濾波31靜息態(tài)處理全過程第31頁Outline預處理ALFF,ReHo,FC計算統(tǒng)計結果展現(xiàn)文件管理32靜息態(tài)處理全過程第32頁ALFFZangetal.,33靜息態(tài)處理全過程第33頁ALFF34靜息態(tài)處理全過程第34頁ReHo注意：預處理時不做平滑，計算完ReHo后再進行平滑。Zangetal.,35靜息態(tài)處理全過程第35頁ReHo36靜息態(tài)處理全過程第36頁功效連接提取協(xié)變量

頭動參數(shù):rp_name.txt全腦信號、腦脊液、白質(zhì)信號37靜息態(tài)處理全過程第37頁提取協(xié)變量38靜息態(tài)處理全過程第38頁提取協(xié)變量39靜息態(tài)處理全過程第39頁提取協(xié)變量40靜息態(tài)處理全過程第40頁提取協(xié)變量41靜息態(tài)處理全過程第41頁提取協(xié)變量42靜息態(tài)處理全過程第42頁提取協(xié)變量43靜息態(tài)處理全過程第43頁提取協(xié)變量44靜息態(tài)處理全過程第44頁功效連接提取協(xié)變量

頭動參數(shù):rp_name.txt全腦信號、腦脊液、白質(zhì)信號協(xié)變量組合：RPCov=load('rp_name.txt');BCWCov=load('ROI_FCMap_name.txt');Cov=[RPCov,BCWCov];save('Cov.txt','Cov','-ASCII','-DOUBLE','-TABS');45靜息態(tài)處理全過程第45頁功效連接Voxel-wiseROI-wiser=0.3646靜息態(tài)處理全過程第46頁Voxel-wise47靜息態(tài)處理全過程第47頁Voxel-wise48靜息態(tài)處理全過程第48頁Voxel-wise49靜息態(tài)處理全過程第49頁Voxel-wise50靜息態(tài)處理全過程第50頁Voxel-wise51靜息態(tài)處理全過程第51頁Voxel-wise52靜息態(tài)處理全過程第52頁Voxel-wise1by1Cov.txt53靜息態(tài)處理全過程第53頁ROI-wise54靜息態(tài)處理全過程第54頁ROI-wise55靜息態(tài)處理全過程第55頁ROI-wise1by1Cov.txt56靜息態(tài)處理全過程第56頁Outline預處理ALFF,ReHo,FC計算統(tǒng)計結果展現(xiàn)文件管理57靜息態(tài)處理全過程第57頁統(tǒng)計單樣本T檢驗雙樣本T檢驗58靜息態(tài)處理全過程第58頁單樣本T檢驗統(tǒng)計準備

ALFF:mALFFReHo:smReHoFC:zFC59靜息態(tài)處理全過程第59頁單樣本T檢驗mALFF-1,smReHo-1m圖像1by1i1-160靜息態(tài)處理全過程第60頁單樣本T檢驗m*-1圖像;zFC圖像存放SPM.mat目錄61靜息態(tài)處理全過程第61頁單樣本T檢驗上一步生成spm.mat62靜息態(tài)處理全過程第62頁單樣本T檢驗上一步生成spm.mat163靜息態(tài)處理全過程第63頁單樣本T檢驗HeightthresholdT=2.687659{p<0.05(FDR)}Extentthresholdk=10voxelsspmT_0001.imgPD_1T.img準備制作雙樣本T檢驗MASK64靜息態(tài)處理全過程第64頁雙樣本T檢驗統(tǒng)計準備

ALFF：mALFFReHo:smReHoFC:zFCMask65靜息態(tài)處理全過程第65頁雙樣本T檢驗MaskMask=PD_1T.img+CON_1T.img>0PD_1T.imgCON_1T.imgMask_2T.imgi1+i2>066靜息態(tài)處理全過程第66頁雙樣本T檢驗兩組m*圖像;zFC圖像存放SPM.mat目錄Mask_2T.img67靜息態(tài)處理全過程第67頁雙樣本T檢驗上一步生成spm.mat68靜息態(tài)處理全過程第68頁雙樣本T檢驗上一步生成spm.mat1-169靜息態(tài)處理全過程第69頁雙樣本T檢驗HeightthresholdT=Inf{p<0.05(FDR)}Extentthresholdk=0voxelsspmT_0001.img70靜息態(tài)處理全過程第70頁Outline預處理ALFF,ReHo,FC計算統(tǒng)計結果展現(xiàn)文件管理71靜息態(tài)處理全過程第71頁結果展現(xiàn)SPM5xjviewrest_sliceviewerMRIcroN72靜息態(tài)處理全過程第72頁結果展現(xiàn)—SPM573靜息態(tài)處理全過程第73頁結果展現(xiàn)—SPM574靜息態(tài)處理全過程第74頁結果展現(xiàn)—xjview75靜息態(tài)處理全過程第75頁結果展現(xiàn)—xjview76靜息態(tài)處理全過程第76頁結果展現(xiàn)—rest_sliceviewer77靜息態(tài)處理全過程第77頁結果展現(xiàn)—MRIcroN78靜息態(tài)處理全過程第78頁結果展現(xiàn)—MRIcroN79靜息態(tài)處理全過程第79頁Outline預處理ALFF,ReHo,FC計算統(tǒng)計結果展現(xiàn)文件管理80靜息態(tài)處理全過程第80頁文件管理81靜息態(tài)處理全過程第81頁文件管理82靜息態(tài)處理