《基于文獻(xiàn)挖掘的乳腺癌免疫調(diào)控基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建探究》9600字【論文】

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基于文獻(xiàn)挖掘的乳腺癌免疫調(diào)控基因數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建研究摘要本課題從PubMed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)網(wǎng)站中搜尋有關(guān)乳腺癌免疫基因的文獻(xiàn)，把搜尋到文獻(xiàn)中乳腺癌相關(guān)的基因信息進(jìn)行采集、挖掘。例如，IL-12基因是一種對(duì)乳腺癌有免疫作用的基因，把有關(guān)IL-12基因的文獻(xiàn)中的信息數(shù)據(jù)，免疫基因的名稱，免疫調(diào)控類型，文獻(xiàn)網(wǎng)址等信息數(shù)據(jù)收集，整理。然后用WPS中的Excel軟件把收集好的基因信息數(shù)據(jù)，整理成表格的樣子。表格中有乳腺癌有關(guān)的免疫基因名稱，免疫調(diào)控類型，免疫基因文獻(xiàn)網(wǎng)站等信息。之后，根據(jù)WPS中Excel中表格的信息數(shù)據(jù)，用MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)把Excel表格中數(shù)據(jù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫(kù)命名為gene表。最后，設(shè)計(jì)動(dòng)態(tài)網(wǎng)頁(yè)來顯示數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)信息。在動(dòng)態(tài)網(wǎng)頁(yè)的設(shè)計(jì)上有一些功能，分別是首頁(yè)、檢索、統(tǒng)計(jì)、上傳、下載。首先，首頁(yè)功能是把數(shù)據(jù)庫(kù)中乳腺癌信息和網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)介紹出來供用戶查閱。第二，檢索功能是通過網(wǎng)頁(yè)中的檢索框中輸入想要查詢的乳腺癌免疫基因的關(guān)鍵字，就可以查看基因相關(guān)的文獻(xiàn)信息，并通過點(diǎn)擊相關(guān)的文獻(xiàn)網(wǎng)址鏈接查看文獻(xiàn)。第三，統(tǒng)計(jì)功能是統(tǒng)計(jì)基因類型數(shù)量，并顯示給用戶查看。最后，上傳和下載功能是可以把收集的乳腺癌基因的相關(guān)文獻(xiàn)文件進(jìn)行上傳，然后檢索后查看的乳腺癌基因信息中，可以根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)中乳腺癌免疫基因文獻(xiàn)所對(duì)應(yīng)的網(wǎng)址，把乳腺癌基因文獻(xiàn)下載出來，進(jìn)行保存。綜上所述，本課題對(duì)乳腺癌免疫調(diào)控基因數(shù)據(jù)進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘，構(gòu)建相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)。這對(duì)乳腺癌研究有重要意義。關(guān)鍵詞：乳腺癌；免疫基因；數(shù)據(jù)庫(kù)目錄TOC\o"1-3"\h\u25347摘要 II76341引言 1278241.1乳腺癌治療的研究進(jìn)展 1130611.2免疫療法在乳腺癌中的作用及意義 2326141.3乳腺癌中的免疫基因的識(shí)別 3213981.4乳腺癌相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)研究與進(jìn)展 494071.5乳腺癌的免疫調(diào)控基因相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)作用及意義 569242數(shù)據(jù)和方法 6168912.1數(shù)據(jù)來源 666782.2數(shù)據(jù)收集與整理 6111982.3數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的工具 7263212.4數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)開發(fā)工具 7275553數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)的構(gòu)建及展示 9267433.1數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì) 919973.1.1數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)結(jié)構(gòu) 93273.1.2數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì) 99173.2數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)整體流程介紹 1043233.2.1數(shù)據(jù)收集 10192023.2.2底層Excel表格 11231673.2.2數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建 1117143.3數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)功能介紹 12300903.3.1home（首頁(yè)） 1211153.3.2search（檢索） 12258003.3.3statistical（統(tǒng)計(jì)） 13203.3.4download（下載） 1338153.4數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)功能展示 1315607討論 1827930結(jié)論 194073參考文獻(xiàn) 201引言1.1乳腺癌治療的研究進(jìn)展乳腺癌是女性中常見的惡性腫瘤之一，其發(fā)病率逐年上升。根據(jù)今年1月份世界衛(wèi)生組織國(guó)際癌癥研究機(jī)構(gòu)（IARC）發(fā)布了2020年全球最新癌癥數(shù)據(jù)。據(jù)統(tǒng)計(jì)，乳腺癌新增人數(shù)達(dá)226萬，肺癌為220萬，乳腺癌正式取代肺癌，成為全球第一大癌癥[1]。近年來，隨著對(duì)乳腺癌研究的不斷深入，乳腺癌的治療方法不斷更新，乳腺癌治療取得了很大的成就。對(duì)于乳腺癌的治療，手術(shù)治療一直是乳腺癌治療的主要手段。在早期乳腺癌的治療方法是保守手術(shù)治療（主要是乳房腫瘤切除術(shù)），然后在進(jìn)行乳房照射[2]。因此，早期容易對(duì)乳腺癌女性患者的乳房造成損傷。之后，阿拉巴馬對(duì)乳腺癌根治術(shù)和改良根治術(shù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)研究得出兩種手術(shù)患者的生存率沒有明顯的差別，但是改良根治術(shù)的手術(shù)范圍較小，在形體效果和上肢功能方面，乳腺癌改良根治術(shù)均優(yōu)于根治術(shù)，這為保留乳房的手術(shù)提供了理論依據(jù)[3]。國(guó)內(nèi)研究顯示，保乳手術(shù)治療與傳統(tǒng)的改良根治術(shù)比較，具有手術(shù)操作時(shí)間短、術(shù)中出血量少、住院治療時(shí)間短、術(shù)后并發(fā)癥發(fā)生概率低，并且美容效果良好，術(shù)后患者心理負(fù)擔(dān)小等優(yōu)點(diǎn)[4]。保乳手術(shù)后的放射治療可減少局部復(fù)發(fā)，并將癌癥特異性存活率提高到與乳房切除術(shù)相當(dāng)?shù)拇婊盥蔥5]。隨著乳腺癌輔助治療的不斷發(fā)展，保乳手術(shù)的適應(yīng)證有所擴(kuò)大，對(duì)一些原先具有保乳手術(shù)禁忌的乳腺癌患者也正在嘗試此手術(shù)。對(duì)于乳腺癌治療的研究，還有放射治療、內(nèi)分泌治療等。放療是乳腺癌治療的重要組成部分，能夠明顯提高保乳手術(shù)治療者的局部腫瘤有效的控制率，并為提高患者遠(yuǎn)期生存率提供有力保障[6]。國(guó)內(nèi)研究顯示，術(shù)中放射治療在乳腺癌保留乳房手術(shù)中的應(yīng)用得到滿意的療效，具有較高的臨床安全性，并且同時(shí)美容效果良好[7]。內(nèi)分泌治療是利用SERM、芳香化酶抑制劑和促性腺激素釋放激素激動(dòng)劑，可防止雌激素的產(chǎn)生或阻斷雌激素，從而防止刺激對(duì)雌激素敏感的腫瘤。據(jù)相關(guān)研究表明，對(duì)于絕經(jīng)后激素敏感的早期乳腺癌患者，術(shù)后早期應(yīng)用阿那曲唑（第三代芳香化酶抑制劑）的療效和耐受性明顯優(yōu)于他莫昔芬（抗雌激素類藥物），聯(lián)用曲妥珠單抗（轉(zhuǎn)移乳腺癌藥物）可明顯提高無瘤生存率和總生存數(shù)[8]。最后，乳腺癌其他的治療有目前國(guó)內(nèi)外研究關(guān)注的乳腺癌靶向治療。乳腺癌靶向治療是指治療藥物進(jìn)入體內(nèi)后，可特異性地選擇致癌位點(diǎn)相結(jié)合并發(fā)生作用，從而無法誘導(dǎo)細(xì)胞進(jìn)入無限增殖的狀態(tài)，從而起到治療作用[9]。隨著分子靶向治療的發(fā)展，乳腺癌將來有可能不以手術(shù)治療為主要治療手段。1.2免疫療法在乳腺癌中的作用及意義免疫療法是利用藥物刺激人體自身免疫系統(tǒng)提高識(shí)別和破壞癌細(xì)胞的能力。免疫療法是一種有吸引力且有前途的方法，可以利用免疫系統(tǒng)識(shí)別和破壞腫瘤的能力，從而預(yù)防復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移性病變。免疫系統(tǒng)在乳腺癌的發(fā)生、進(jìn)展和控制中發(fā)揮著積極作用[10]。免疫系統(tǒng)的一個(gè)重要功能是能夠保持自身免受正常細(xì)胞的攻擊。乳腺癌免疫療法主要是加強(qiáng)機(jī)體對(duì)癌的特異性抗原的反應(yīng)，以達(dá)到控制癌的發(fā)生和發(fā)展，甚至于達(dá)到消滅的目的。免疫療法有免疫檢查點(diǎn)抑制劑，化療和放療聯(lián)合免疫療法等方法。癌癥免疫治療研究中最有希望和最有吸引力的方法是阻斷抑制免疫檢查點(diǎn)[11]。檢驗(yàn)點(diǎn)抑制劑方法，免疫系統(tǒng)通過檢查點(diǎn)（免疫細(xì)胞上的蛋白質(zhì)）來激發(fā)免疫反應(yīng)的產(chǎn)生。乳腺癌細(xì)胞能使用這些檢查點(diǎn)來逃避免疫系統(tǒng)的攻擊。之后，檢驗(yàn)點(diǎn)的抑制劑藥物有有助于重建免疫系統(tǒng)對(duì)乳腺癌細(xì)胞的免疫應(yīng)答[12]。PD-L1抑制劑是一種阻斷免疫細(xì)胞上的蛋白質(zhì)的藥物，它通過阻斷這種蛋白質(zhì)有助于增加對(duì)乳腺癌細(xì)胞的免疫反應(yīng)的作用[13]。通過增加免疫反應(yīng)，從而擴(kuò)大免疫的癌癥治療中受益的患者群體，對(duì)乳腺癌的免疫治療有重要意義。對(duì)于目前免疫療法，通過化療與免疫療法相結(jié)合能對(duì)三陰乳腺癌患者有非常好的治療效果。首先，化學(xué)療法可用于細(xì)胞減滅術(shù)并實(shí)現(xiàn)微小殘留疾病狀態(tài)，從而改變疾病負(fù)擔(dān)的平衡，有利于T細(xì)胞反應(yīng)[14]。其次，化療可以促進(jìn)腫瘤抗原呈遞和腫瘤特異性T細(xì)胞的啟動(dòng)。最后，化療可以直接或通過改變宿主免疫抑制來刺激免疫效應(yīng)物。現(xiàn)在的許多試驗(yàn)研究中，在PD-1抑制劑中加入化療，通過減輕TME中的免疫抑制信號(hào)來增加免疫力[15]。這會(huì)是乳腺癌未來治療的發(fā)展趨勢(shì)，也能作為治療乳腺癌最好的方法。除了化療，放療也可以與免疫療法相結(jié)合增強(qiáng)腫瘤免疫力。它通過釋放腫瘤抗原，并促進(jìn)它們被樹突細(xì)胞加工和交叉呈遞，從而促進(jìn)T細(xì)胞啟動(dòng)。此外，放療上調(diào)趨化因子和血管粘附分子以支持T細(xì)胞向腫瘤的運(yùn)輸，并通過上調(diào)癌細(xì)胞本身的MHC分子、應(yīng)激誘導(dǎo)配體和死亡受體的表達(dá)來進(jìn)一步增強(qiáng)腫瘤免疫原性[16]。最后，局部放療可以與免疫療法協(xié)同作用，并通過增加TAA的釋放、增加APC、改善DC功能以及增強(qiáng)T細(xì)胞啟動(dòng)來增強(qiáng)局部和遠(yuǎn)處抗腫瘤作用[17]?，F(xiàn)在乳腺癌免疫療法治療的試驗(yàn)研究越來越多，相信對(duì)乳腺癌的治療會(huì)越來越好。1.3乳腺癌中的免疫基因的識(shí)別乳腺癌具有高度的異質(zhì)性，所以具有很多種亞型?，F(xiàn)在乳腺癌主要分為四種類型，LuminalA型（ER）、LuminalB型、HER2陽性（HER2）和三陰性。對(duì)其進(jìn)行識(shí)別，鑒定的研究也有很多，現(xiàn)在常用于研究的就是三陰性乳腺癌（TNBC），因?yàn)檠芯勘砻?，三陰性乳腺癌具有很?qiáng)的異質(zhì)性，TNBC比其他乳腺癌(BC)亞型更具免疫原性[18]。分析腫瘤異質(zhì)性的重要工具就是基因組分析。在20世紀(jì)70年代。核型分析就被用于檢查基因組異常，由于來自乳腺癌的基因樣本是來自于異質(zhì)細(xì)胞的不同DNA的混合物，因此很難確定細(xì)胞的基因組異質(zhì)性程度。所以基因組分析和基因異常檢查方法的開發(fā)在那些得到很大的進(jìn)展[19]。其中的技術(shù)進(jìn)步有二代基因測(cè)序（NGS）和基因表達(dá)譜等。這些技術(shù)都能捕獲到乳腺癌細(xì)胞的基因組多樣性二代基因測(cè)序(NGS）是一種新型測(cè)序技術(shù)，通過癌癥基因組的詳細(xì)特征和有關(guān)乳腺癌的表觀基因組信息，獲取了癌癥基因組序列，從而發(fā)現(xiàn)與乳腺癌相關(guān)的基因和個(gè)體腫瘤的異質(zhì)性[20]。還有有效的全基因組擴(kuò)增（WGA），因此NGS可用于檢測(cè)單個(gè)腫瘤細(xì)胞的基因組改變[21]。最后通過對(duì)乳腺癌基因組序列上的分析，在對(duì)三陰性乳腺癌患者治療具有一定的指導(dǎo)意義，促進(jìn)了乳腺癌治療的發(fā)展?；虮磉_(dá)譜是檢測(cè)乳腺癌患者基因異質(zhì)性的重要方法。其中的基因微陣列和21基因表達(dá)是臨床檢測(cè)患者RNA表達(dá)異質(zhì)性中常用的技術(shù)[22]。基因微陣列是附在固體表面上已知序列的基因探針的集合。該技術(shù)可以測(cè)量大量的基因表達(dá)水平，并識(shí)別不用癌癥患者之間的差異表達(dá)基因，實(shí)現(xiàn)基因信息的快速檢測(cè)。近幾年來，微陣列常常被用于篩選與乳腺癌相關(guān)的非編碼RNA，并識(shí)別新的腫瘤亞型標(biāo)志物[23]。21基因表達(dá)測(cè)定是基于逆轉(zhuǎn)錄酶聚合酶鏈反應(yīng)，能夠定性檢測(cè)基因表達(dá)。乳腺癌的21基因表達(dá)，其中包括16個(gè)與癌癥相關(guān)基因和5個(gè)內(nèi)參基因，主要包括增值相關(guān)基因（Ki-67）,激素受體表達(dá)（ER,PR），通路激活和細(xì)胞侵襲相關(guān)基因[24]。通過這21個(gè)前瞻性選擇基因，來檢測(cè)ER陽性乳腺癌患者遠(yuǎn)期復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)。在國(guó)外研究證明，使用21基因表達(dá)檢測(cè)可避免不必要的化療，大大的節(jié)省治療費(fèi)用[25]?；虮磉_(dá)譜研究深化了對(duì)于乳腺癌異質(zhì)性的認(rèn)識(shí)，對(duì)ER陽性患者預(yù)后表現(xiàn)出良好的預(yù)測(cè)能力?？傊虮磉_(dá)譜研究很有發(fā)展前景，對(duì)檢測(cè)乳腺癌有重要的作用。在國(guó)內(nèi)外研究中，通過免疫基因組分析將TNBC分為三個(gè)不同的亞型：免疫高、免疫中和免疫低。根據(jù)29個(gè)免疫特征的免疫基因組學(xué)分析對(duì)TNBC進(jìn)行了分類識(shí)別。通過分析了29個(gè)免疫相關(guān)基因集，它們代表了不同的免疫細(xì)胞類型、功能和途徑。我們使用單樣本基因集富集分析(ssGSEA)評(píng)分來量化癌癥樣本中免疫細(xì)胞、功能或通路的活性或富集水平。根據(jù)這個(gè)評(píng)分的分?jǐn)?shù)高低來區(qū)分識(shí)別三陰性乳腺癌亞型。識(shí)別與免疫特征相關(guān)的TNBC亞型可能有助于優(yōu)化選擇對(duì)免疫療法有反應(yīng)的TNBC患者[26]。1.4乳腺癌相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)研究與進(jìn)展因?yàn)槿橄侔┚哂懈叨鹊漠愘|(zhì)性，有很多亞型分類，所以為了統(tǒng)計(jì)乳腺癌的基因表達(dá)特征等數(shù)據(jù)，國(guó)際上有一些數(shù)據(jù)庫(kù)是來儲(chǔ)存分析這些數(shù)據(jù)的。癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)由美國(guó)美國(guó)國(guó)家癌癥和腫瘤研究所（NCI）和國(guó)家人類基因組研究所（NHGRI）于2006年聯(lián)合啟動(dòng)，該數(shù)據(jù)庫(kù)主要對(duì)樣本進(jìn)行外顯子組和基因組測(cè)序分析，所提供的數(shù)據(jù)包括：基因組拷貝數(shù)變化、表觀遺傳、基因表達(dá)譜、miRNA等。因此可以從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載了BC相關(guān)SNP的數(shù)據(jù)，并使用了生物信息學(xué)分析方法，包括突變數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)和相關(guān)性分析，挖掘與BC診斷和預(yù)后相關(guān)的突變基因[27]。國(guó)際癌癥基因組聯(lián)盟（ICGC）數(shù)據(jù)庫(kù)是為了協(xié)調(diào)研究項(xiàng)目而設(shè)立的，為了解決多種癌癥中存在的基因組變化。它可以獲取包括膽道癌、膀胱癌、乳腺癌等多達(dá)50種腫瘤及其亞型的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀遺傳的全部信息[28]。這些數(shù)據(jù)可促進(jìn)癌癥的機(jī)理和治療研究。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和TCGA的關(guān)系，就是ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)包括了TCGA的數(shù)據(jù)。另外呢，ICGC也納入了其他別的地區(qū)所做的隊(duì)列的測(cè)序數(shù)據(jù)[29]。所以如果使用ICGC進(jìn)行檢索的話，我們可以得到更多的數(shù)據(jù)。最后，除了以上數(shù)據(jù)庫(kù)以外，對(duì)于乳腺癌數(shù)據(jù)挖掘還有METABRIC數(shù)據(jù)庫(kù)。METABRIC(乳腺癌國(guó)際聯(lián)盟的分子分類學(xué))是一項(xiàng)加拿大與英國(guó)合作項(xiàng)目,旨在根據(jù)有助于確定最佳治療過程的分子特征將乳腺腫瘤分類為更多的亞類[30]。METABRIC是一項(xiàng)大型的分子分析研究，包括基因表達(dá)、拷貝數(shù)、基因突變和臨床數(shù)據(jù)[31]。根據(jù)METABRIC數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)乳腺癌的分類，這對(duì)乳腺癌的治療研究有著重要的幫助。1.5乳腺癌的免疫調(diào)控基因相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)作用及意義對(duì)于乳腺癌的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)，有了TCGA、GEO、ICGC、CPTAC、METABRIC數(shù)據(jù)庫(kù)等，這些數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)著除了乳腺癌以外，還有其他膽道癌、膀胱癌、血癌等腫瘤的基因型，轉(zhuǎn)錄組和遺傳信息。這些數(shù)據(jù)庫(kù)的作用是除了存儲(chǔ)，記錄的作用，最重要是有助于對(duì)腫瘤的研究，為許多的腫瘤預(yù)防、治療臨床研究有了促進(jìn)作用。雖然有了很多數(shù)據(jù)庫(kù)都記錄著腫瘤等信息，但是對(duì)于腫瘤數(shù)據(jù)相關(guān)基因的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)不多。面對(duì)乳腺癌特異性很強(qiáng)的癌癥，乳腺癌的基因、亞型等的數(shù)據(jù)很多的情況，對(duì)于預(yù)防、免疫、治療等臨床研究也會(huì)特別多。在研究乳腺癌中會(huì)需要很多的文獻(xiàn)資料查詢，但是因?yàn)槿橄侔┑奶禺愋院軓?qiáng)，所以需要查詢的文獻(xiàn)資料也會(huì)特別多，要查詢的相關(guān)的基因信息也會(huì)很復(fù)雜。基于以上的原因，我為此設(shè)計(jì)一個(gè)乳腺癌基因的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)。這數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)根據(jù)整理乳腺癌的基因類型等信息，并把對(duì)應(yīng)的相關(guān)文獻(xiàn)存儲(chǔ)，展示出來并提供查看。對(duì)乳腺癌的研究人員提供了便捷，有助于乳腺癌的研究。

2數(shù)據(jù)和方法2.1數(shù)據(jù)來源乳腺癌基因等數(shù)據(jù)主要源自于PubMed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)網(wǎng)站。PubMed是一個(gè)提供生物醫(yī)學(xué)方面的論文搜尋以及摘要，并且免費(fèi)搜尋的數(shù)據(jù)庫(kù)。它的數(shù)據(jù)庫(kù)來源為MEDLINE。MEDLINE收錄了1966年以來的包含醫(yī)學(xué)、護(hù)理、獸醫(yī)、健康保健系統(tǒng)及前臨床科學(xué)的文獻(xiàn)1600萬余條書目數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)來源于70多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的4800多種生物醫(yī)學(xué)期刊，近年數(shù)據(jù)涉及30多個(gè)語種，回溯至1966年的數(shù)據(jù)涉及40多個(gè)語種，90%左右為英文文獻(xiàn)，70%~80%的文獻(xiàn)有著者撰寫的英文摘要。PubMed界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接，其內(nèi)容包括：DNA與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)，3D蛋白構(gòu)象，人類孟德爾遺傳在線，也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接等。PubMed是目前世界上內(nèi)容最廣泛的免費(fèi)檢索文獻(xiàn)網(wǎng)站。這其中的文獻(xiàn)期刊，源自于國(guó)內(nèi)外各大生物醫(yī)學(xué)出版商，具有很強(qiáng)的專業(yè)性。它的特點(diǎn)是提供免費(fèi)的文獻(xiàn)，提供與原文出版的網(wǎng)址鏈接，提供的檢索詞進(jìn)行自動(dòng)匹配，且操作簡(jiǎn)便，快捷。因此乳腺癌等基因數(shù)據(jù)從其中獲取，查找在合適不過。2.2數(shù)據(jù)收集與整理通過PubMed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)網(wǎng)站，查詢?nèi)橄侔┗蛳嚓P(guān)的文獻(xiàn)，獲取挖掘乳腺癌基因，基因類型，相關(guān)文獻(xiàn)信息。然后，手工提取收集到的基因信息數(shù)據(jù)，進(jìn)行記錄整理。記錄的方式是采用Excel表格的形式進(jìn)行記錄存儲(chǔ)。Excel表格中構(gòu)建了兩個(gè)表，分別是gene表，literature表。gene表用于儲(chǔ)存基因的信息，表格設(shè)置了基因ID(geneid)，基因名稱（genename），基因類型（immunegenetype），RNA類型（typeofRNA）列名?；騃D是記錄每個(gè)收集到的基因的序號(hào)，為每個(gè)基因記錄序號(hào)是為了后續(xù)檢索功能設(shè)計(jì)而設(shè)置的，基因名稱負(fù)責(zé)記錄收集到的乳腺癌基因名稱，基因類型負(fù)責(zé)記錄收到的基因類型，RNA類型是因?yàn)橛行㏑NA是對(duì)乳腺癌的免疫，預(yù)防，治療有作用，比如lncRNA。對(duì)研究乳腺癌是有幫助的，所以也記錄在基因名稱中，因此設(shè)置RNA類型字段來記錄其RNA的類型。literature表用于儲(chǔ)存文獻(xiàn)的信息，表格設(shè)置文獻(xiàn)標(biāo)題（Literaturetitle），作者（author），期刊（journal），發(fā)布日期（Publicationdate），文獻(xiàn)網(wǎng)址（Literatureurl），基因ID（geneid）列名。文獻(xiàn)標(biāo)題，作者，出版商，發(fā)表日期是儲(chǔ)存收集到基因相關(guān)文獻(xiàn)的信息。而文獻(xiàn)網(wǎng)址就是儲(chǔ)存查閱文獻(xiàn)對(duì)應(yīng)的網(wǎng)址，通過點(diǎn)擊網(wǎng)址鏈接跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的文獻(xiàn)網(wǎng)頁(yè)，可進(jìn)行查閱。最后，基因ID是為了在后續(xù)查詢功能設(shè)計(jì)上，找到相應(yīng)文獻(xiàn)對(duì)應(yīng)的基因，因此通過基因ID把兩個(gè)表進(jìn)行關(guān)聯(lián)。2.3數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的工具本次構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)所使用的數(shù)據(jù)庫(kù)是MySQL。MySQL是一種關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。MySQL是現(xiàn)在最流行的數(shù)據(jù)庫(kù)管理應(yīng)用軟件之一，它是一個(gè)開源的關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)。MySQL是由瑞典MySQLAB公司開發(fā)，目前屬于Oracle公司。MySQL具有開源，速度快，成本低的特點(diǎn)。特別是開源的這方面，開源軟件可以讓任何人獲取到該數(shù)據(jù)庫(kù)的源代碼，讓任何人都可以修改學(xué)習(xí)。非常適合一般中小型網(wǎng)站的開發(fā)，很受中小企業(yè)的青睞。因此運(yùn)用于本網(wǎng)頁(yè)的開發(fā)。2.4數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)開發(fā)工具本數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)的開發(fā)的工具是IntelliJIDEA。IntelliJIDEA是java編程語言開發(fā)的工具，由JetBrains公司研發(fā)。IDEA是被公認(rèn)為是最好的java開發(fā)工具之一，比較突出在智能代碼助手、重構(gòu)、代碼審查、創(chuàng)新的GUI設(shè)計(jì)等方面的功能上。IntelliJIDEA的特點(diǎn)如下：智能代碼，在IntelliJIDEA中toString()、equals()、get/set等方法，只用輸入函數(shù)或者方法等首字符就會(huì)自動(dòng)出現(xiàn)對(duì)應(yīng)的函數(shù)進(jìn)行選取，生成代碼，加快代碼的編寫速度。重構(gòu)是IDEA最早支持的，是IDEA的主要的特點(diǎn)之一。重構(gòu)，也叫代碼重構(gòu)。代碼重構(gòu)是指在對(duì)軟件系統(tǒng)外部行為接口不改變的前提下，改善內(nèi)部結(jié)構(gòu)，進(jìn)行重新編寫代碼的動(dòng)作。重構(gòu)是需要借助工具實(shí)現(xiàn)完成的，重構(gòu)工具能夠在修改代碼的同時(shí)修改所有引用該代碼的地方，這不影響原來的輸出結(jié)果。這可以提高程序的運(yùn)行效率，方便去除已知bug。代碼審查，對(duì)代碼進(jìn)行自動(dòng)分析，出現(xiàn)不符合規(guī)范的，存在風(fēng)險(xiǎn)的代碼，進(jìn)行加亮標(biāo)記顯示。IntelliJ

IDEA可以進(jìn)行創(chuàng)新的GUI設(shè)計(jì)，可以對(duì)窗口，圖標(biāo)，表單，用戶界面進(jìn)行自己想要的設(shè)計(jì)。IntelliJ

IDEA工具雖然有很多優(yōu)點(diǎn)，但還是有些不足的地方。IDEA所需要的內(nèi)存過多，資源占用，消耗比較大。盡管IntelliJ

IDEA有些不足，但是對(duì)于它得到的稱贊，美譽(yù)相比算不上什么，它有很多的實(shí)際功能已經(jīng)走在時(shí)代前列，因此本數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)選擇IntelliJ

IDEA工具開發(fā)再合適不過。

3數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)的構(gòu)建及展示3.1數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)3.1.1數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)主要有home,search,download結(jié)構(gòu)組成。結(jié)構(gòu)圖如下（圖3-1）圖3-1結(jié)構(gòu)圖3.1.2數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)數(shù)據(jù)表格包括：基因信息表（gene_data）、文獻(xiàn)信息表（literature_data）、下載信息表（download_data)。這其中基因信息表（gene_data）的屬性包括基因名稱、基因類型、RNA類型。文獻(xiàn)信息表中（literature_data）包含了基因ID、文獻(xiàn)標(biāo)題、作者、期刊、發(fā)表年份。下載信息表（download_data）包括文件名，創(chuàng)建時(shí)間，下載鏈接。物理結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì):基因信息表，文獻(xiàn)信息表（如表3-1，表3-2，表3-3）表3-1基因信息表列名數(shù)據(jù)類型允許Null值geneidInt(20)genenamevarchar(200)允許immunegenetypevarchar(200)允許typeofRNAvarchar(200)允許表3-2文獻(xiàn)信息表列名數(shù)據(jù)類型允許Null值Literaturetitlenvarchar(200)authornvarchar(200)允許journalnvarchar(200)允許Publicationdatenvarchar(200)允許Literatureurlnvarchar(200)允許GeneidInt(20)允許表3-3下載信息表列名數(shù)據(jù)類型允許Null值namenvarchar(200)timedatetime允許urlnvarchar(200)允許3.2數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)整體流程介紹3.2.1數(shù)據(jù)收集數(shù)據(jù)庫(kù)收集通過Pubmed文獻(xiàn)收集網(wǎng)址收集（圖3-2）圖3-23.2.2底層Excel表格通過Pubmed網(wǎng)站收集到的數(shù)據(jù)收集整理建成底層Excel表格，并命名為基因信息表（如圖3-3），文獻(xiàn)信息表（如圖3-4）圖3-3圖3-43.2.2數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建把底層Excel表格數(shù)據(jù)導(dǎo)入MySQL構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)，基因數(shù)據(jù)庫(kù)gene_data(如圖3-5)，文獻(xiàn)信息表literature_data（如圖3-6），download_data(如圖3-7)圖3-5圖3-6具體系統(tǒng)的設(shè)計(jì)流程如下（圖3-8）圖3-73.3數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)功能介紹構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)主要有以下功能，home(首頁(yè))、search(檢索)、download(下載)。3.3.1home（首頁(yè)）數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)的第一個(gè)界面home，也就是首頁(yè)。首頁(yè)是會(huì)展示乳腺癌的介紹，數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)的介紹，直觀的讓用戶了解乳腺癌與本網(wǎng)頁(yè)。3.3.2search（檢索）Search（檢索）功能界面是數(shù)據(jù)庫(kù)主要的功能界面，這個(gè)界面提供乳腺癌免疫基因信息查詢，用戶可以快速獲取到乳腺癌基因信息。在界面中設(shè)置兩個(gè)檢索框，提供兩種查詢方式來檢索數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)內(nèi)容?；蛎Q查詢：通過輸入基因名稱進(jìn)行關(guān)鍵詞查詢，點(diǎn)擊跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的界面，可以獲取相應(yīng)基因的各種文獻(xiàn)信息。文獻(xiàn)信息包括文獻(xiàn)的標(biāo)題，作者,期刊，發(fā)表年份，表格中的每行內(nèi)容中除了文獻(xiàn)信息外，還有一個(gè)鏈接的圖標(biāo)。點(diǎn)擊圖標(biāo)，就可以跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的文獻(xiàn)界面進(jìn)行查閱。?；蝾愋筒樵儯和ㄟ^輸入基因的類型進(jìn)行關(guān)鍵詞檢索，檢索出的內(nèi)容功能與基因名稱檢索框一樣，提供了兩個(gè)搜索框是為了讓用戶快速，準(zhǔn)確，直接的查詢。此頁(yè)面附帶導(dǎo)出數(shù)據(jù)功能，用戶可以把顯示乳腺癌基因相關(guān)文獻(xiàn)信息數(shù)據(jù)導(dǎo)出到excel表格進(jìn)行存儲(chǔ)，方便用戶進(jìn)行數(shù)據(jù)整理、查閱、分享。3.3.3statistical（統(tǒng)計(jì)）statistical(統(tǒng)計(jì)）統(tǒng)計(jì)收集的乳腺癌相關(guān)基因的基因類型數(shù)量，通過統(tǒng)計(jì)圖的形式顯示在界面，同時(shí)以表格的形式顯示乳腺癌基因類型數(shù)量的統(tǒng)計(jì)情況。3.3.4download（下載）download(下載）分為上傳和下載。上傳界面設(shè)置上傳文件按鈕，可以上傳本地文件，自動(dòng)生成文件名、創(chuàng)建時(shí)間等文件信息。下載界面是展示乳腺癌基因相關(guān)文件信息。通過點(diǎn)擊文件記錄操作欄中下載按鈕，可以把相應(yīng)的文件進(jìn)行下載保存。方便用戶進(jìn)行數(shù)據(jù)查閱及分享，并且下載界面設(shè)置了搜索框，用戶可以通過輸入想要查看的文件名進(jìn)行查詢。3.4數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)功能展示home（首頁(yè)）展示乳腺癌最新統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，乳腺癌的相關(guān)信息介紹和本網(wǎng)頁(yè)的內(nèi)容介紹。（圖3-8）圖3-8Search(檢索)是通過輸入基因名稱或者基因類型可以查詢到對(duì)應(yīng)基因的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)（見圖3-9，圖3-10），然后可以點(diǎn)擊右邊文獻(xiàn)相應(yīng)的鏈接，可以跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的文獻(xiàn)的頁(yè)面，提供用戶進(jìn)行查閱（見圖3-11）。圖3-9圖3-10圖3-11在search界面中的右邊附帶導(dǎo)出數(shù)據(jù)功能，可以在查詢中想要當(dāng)前頁(yè)面把文獻(xiàn)的信息提取出來導(dǎo)成excel表格的形式進(jìn)行保存（見圖3-12），導(dǎo)出的表格內(nèi)容（見圖3-13）。圖3-12圖3-13statistical(統(tǒng)計(jì)）乳腺癌基因類型統(tǒng)計(jì)情況（圖3-14，圖3-15）。圖3-14圖3-15Download（下載）點(diǎn)擊上傳文件，選擇上傳文件（圖3-16）。下載文件信息顯示（圖3-17），點(diǎn)擊下載跳轉(zhuǎn)到相應(yīng)的文件頁(yè)面，點(diǎn)擊右邊下載或者保存方式（見圖3-18）。圖3-16圖3-17圖3-18

討論乳腺癌是全球女性癌癥死亡最高的疾病。為了能更加詳細(xì)了解，研究乳腺癌，因此根據(jù)文獻(xiàn)挖掘的乳腺癌免疫基因信息構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)。能夠讓乳腺癌相關(guān)研究者在查詢?nèi)橄侔┟庖呋驎r(shí)能夠快速找到相關(guān)基因內(nèi)容，查詢相關(guān)文獻(xiàn)時(shí)能夠準(zhǔn)確的找到。本項(xiàng)目可以為乳腺癌研究上提供幫助，具有重要意義。在本次構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)過程中，遇到了一些困難。例如，在構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)gene_data表時(shí)，把整理，處理完成的excel表格導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)，發(fā)生異常報(bào)錯(cuò)，無法導(dǎo)入數(shù)據(jù)。把excel表格的文件類型從xlsx改為xls，也還是無法導(dǎo)入數(shù)據(jù)，會(huì)出現(xiàn)提示報(bào)錯(cuò)。最終經(jīng)過多次調(diào)試，發(fā)現(xiàn)excel表格的版本與導(dǎo)入數(shù)據(jù)要求的版本不一致，因此把excel表格版本改為MicrosoftExcel97-2003，即可導(dǎo)入數(shù)據(jù)。雖然本項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)還有很多的不足，在功能上也不是很完善，但是我相信這小小的，微不足道的幫助能為乳腺癌治療的研究盡一份力。結(jié)論乳腺癌是復(fù)雜的疾病，目前乳腺癌的發(fā)病的原因尚未確定，因此國(guó)內(nèi)外對(duì)于乳腺癌的研究一直是熱潮。本項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)創(chuàng)立的目的就是為了幫助乳腺癌的研究，能夠在查找乳腺癌基因信息、文獻(xiàn)等信息時(shí)能方便，快捷。在對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)建立的過程中，從前期數(shù)據(jù)的收集，整理，到中期構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)，編程設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)結(jié)構(gòu)框架，最后設(shè)計(jì)網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)，網(wǎng)頁(yè)功能實(shí)現(xiàn)。這過程中我已經(jīng)拼盡了全部心血。就是為了自己的這個(gè)項(xiàng)目能夠化作一陣風(fēng)，幫助，推動(dòng)研究者們?cè)谔骄咳橄侔┲委煹牡缆飞舷蚯斑M(jìn)一小步，這對(duì)未來乳腺癌研究具有重要意義和重要價(jià)值。

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