用Polyphen2和SIFT進(jìn)行突變預(yù)測(cè)

用Polyphen2和SIFT進(jìn)行突變 SNP功能預(yù)測(cè) 三個(gè)網(wǎng)址 Polyphen2 http genetics bwh harvard edu pph2 SIFT http sift jcvi org 以上兩個(gè)在線應(yīng)用的軟件 主要對(duì)SNP以及點(diǎn)突變進(jìn)行功能預(yù)測(cè) 但預(yù)測(cè)限于錯(cuò)義突變 其他無(wú)義突變 突變?yōu)榻K止密碼 堿基缺失 插入所造成的框移突變 以及起始密碼子的突變均不可以預(yù)測(cè) Uniportdatabase 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 兩個(gè)網(wǎng)站均為在線提交數(shù)據(jù) 提交的數(shù)據(jù)文件格式可有以下兩種 第一種為蛋白質(zhì)的氨基酸序列 按照FASTA格式編寫(xiě)第二種為蛋白質(zhì)在Uniportdatabase中的ID 獲取蛋白質(zhì)序列或ID 可以在NCBI中查找 也可以直接在Uniportdatabase中查找 此處填寫(xiě)蛋白質(zhì)名稱(chēng) 查詢(xún)結(jié)果 仔細(xì)核對(duì)以上數(shù)據(jù) ID就是所在polyphen2中需要號(hào)碼 以humanDAX 1為例 ID為P51843 ID 蛋白質(zhì)名稱(chēng) 種屬 點(diǎn)擊所需要的蛋白質(zhì)ID鏈接 在出現(xiàn)的頁(yè)面中可以詳細(xì)查看DAX 1的信息 再次核對(duì)是否正確 注意右上角的幾列標(biāo)簽 如圖 點(diǎn)擊 獲取FASTA格式數(shù)據(jù) 此數(shù)據(jù)可能會(huì)被下載 下載后可以用記事本程序打開(kāi) 或者有時(shí)會(huì)在瀏覽器中直接打開(kāi) 可以將其中數(shù)據(jù)全部復(fù)制備用 下方即是打開(kāi)的FASTA數(shù)據(jù) 最上面是蛋白質(zhì)的信息 含ID 名稱(chēng) 種屬 下方是氨基酸序列 sp P51843 NR0B1 HUMANNuclearreceptorsubfamily0groupBmember1OS HomosapiensGN NR0B1PE 1SV 2MAGENHQWQGSILYNMLMSAKQTRAAPEAPETRLVDQCWGCSCGDEPGVGREGLLGGRNVALLYRCCFCGKDHPRQGSILYSMLTSAKQTYAAPKAPEATLGPCWGCSCGSDPGVGRAGLPGGRPVALLYRCCFCGEDHPRQGSILYSLLTSSKQTHVAPAAPEARPGGAWWDRSYFAQRPGGKEALPGGRATALLYRCCFCGEDHPQQGSTLYCVPTSTNQAQAAPEERPRAPWWDTSSGALRPVALKSPQVVCEAASAGLLKTLRFVKYLPCFQVLPLDQQLVLVRNCWASLLMLELAQDRLQFETVEVSEPSMLQKILTTRRRETGGNEPLPVPTLQHHLAPPAEARKVPSASQVQAIKCFLSKCWSLNISTKEYAYLKGTVLFNPDVPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHTRMTHQGPHDRFIELNSTLFLLRFINANVIAELFFRPIIGTVSMDDMMLEMLCTKI 成都家教 成都家教網(wǎng) Polyphen2應(yīng)用 進(jìn)入網(wǎng)站 http genetics bwh harvard edu pph2 在這里以我們以前發(fā)現(xiàn)的DAX 1L262P這個(gè)突變舉例 在紅框出填入已經(jīng)查到的ID 下方FASTA數(shù)據(jù)可以不用輸 綠框中輸入突變氨基酸位置 在AA1中選擇L AA2中選擇突變后的P 最后點(diǎn)Submit 運(yùn)行畫(huà)面 每隔5 10秒點(diǎn)refresh刷新頁(yè)面 直至Results中出現(xiàn)View 然后點(diǎn)擊View 結(jié)果 一般突變預(yù)測(cè)看第二條圖HumVar的結(jié)果 分?jǐn)?shù)越接近1 0 損害可能越大 越接近0 損害可能性越小 結(jié)果分為benign possiblydamaging以及probablydamaging注 possibly為有可能 probably為很可能 成都家教 成都家教網(wǎng) 練習(xí) 小常所發(fā)現(xiàn)的SF 1基因一處SNP G146A 請(qǐng)用Polyphen2進(jìn)行預(yù)測(cè) 蛋白質(zhì)功能是否受到影響 最后結(jié)果 SIFT 進(jìn)入網(wǎng)站 http sift jcvi org 在singleproteintools中找到SIFTsequence 點(diǎn)擊打開(kāi)進(jìn)入數(shù)據(jù)提交新頁(yè)面 填入自己email SIFT運(yùn)算時(shí)間在20min左右 你可以等 也可以讓他把郵件發(fā)送過(guò)來(lái) 蛋白質(zhì)FASTA數(shù)據(jù) 將下載好的蛋白質(zhì)Fasta數(shù)據(jù)上傳即可 或者將用記事本或?yàn)g覽器打開(kāi)的Fasta數(shù)據(jù)copy至此數(shù)據(jù)框中 蛋白質(zhì)序列可以截選 但必須有第一行的蛋白質(zhì)信息數(shù)據(jù) 此處填蛋白質(zhì)突變或SNP位點(diǎn)信息 如S578N L262P G146A等 成都家教 成都家教網(wǎng) SIFT預(yù)測(cè)ARS578N功能變化 在Uniport中搜索AndrogenReceptor 下載FASTA數(shù)據(jù) 如下圖為瀏覽器打開(kāi)后的結(jié)果 sp P10275 ANDR HUMANAndrogenreceptorOS HomosapiensGN ARPE 1SV 2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 此為第一行蛋白質(zhì)信息 如果采用copy至數(shù)據(jù)輸入框 而不是采用文件上傳方法 紅框中數(shù)據(jù)必須黏貼進(jìn)輸入框 而后面的蛋白質(zhì)序列只需黏貼需要部分 注意 一般來(lái)說(shuō)用文件上傳方法比較簡(jiǎn)單 但SIFT對(duì)氨基酸序列有要求 大于500的氨基酸序列不能分析 故像AR這種有919個(gè)AA的就不能采用直接上傳模式 而要將氨基酸序列裁剪過(guò)后按Fasta格式黏貼至數(shù)據(jù)框中 成都家教 成都家教網(wǎng) sp P10275 ANDR HUMANAndrogenreceptorOS HomosapiensGN ARPE 1SV 2MEVQLGLGRVYPRPPSKTYRGAFQNLFQSVREVIQNPGPRHPEAASAAPPGASLLLLQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQETSPRQQQQQQGEDGSPQAHRRGPTGYLVLDEEQQPSQPQSALECHPERGCVPEPGAAVAASKGLPQQLPAPPDEDDSAAPSTLSLLGPTFPGLSSCSADLKDILSEASTMQLLQQQQQEAVSEGSSSGRAREASGAPTSSKDNYLGGTSTISDNAKELCKAVSVSMGLGVEALEHLSPGEQLRGDCMYAPLLGVPPAVRPTPCAPLAECKGSLLDDSAGKSTEDTAEYSPFKGGYTKGLEGESLGCSGSAAAGSSGTLELPSTLSLYKSGALDEAAAYQSRDYYNFPLALAGPPPPPPPPHPHARIKLENPLDYGSAWAAAAAQCRYGDLASLHGAGAAGPGSGSPSAAASSSWHTLFTAEEGQLYGPCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSPTCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEGEASSTTSPTEETTQKLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 我們需要先編輯FASTA數(shù)據(jù) 在記事本中打開(kāi) 首先找到第578位的S 紅色標(biāo)出 因?yàn)镾IFT最佳預(yù)測(cè)大小為300 400左右的氨基酸序列 那么我們將之前的400個(gè)氨基酸刪除 藍(lán)色部分 那么我們的突變位點(diǎn)就從S578N變?yōu)镾178N 最后將末尾的139個(gè)氨基酸也一并刪除 咖啡色 保留中間389個(gè)氨基酸 加上第一行的蛋白質(zhì)信息 這就是我們需要提交的數(shù)據(jù) 成都家教 成都家教網(wǎng) 將剛才編輯好的數(shù)據(jù)填入這個(gè)框中 之前介紹過(guò)這個(gè)數(shù)據(jù)輸入框 此框中填入突變信息S178N 頁(yè)面中其他選項(xiàng)保持默認(rèn)就可以 一般不需要更改 最后提交就可以 成都家教 成都家教網(wǎng) OK 現(xiàn)在大家可以泡杯咖啡或茶 聊聊天 過(guò)個(gè)5 10分鐘就可以出結(jié)果 一般不超過(guò)20分鐘 如果出錯(cuò) 會(huì)有錯(cuò)誤信息提示給你 如果你填好了郵箱 也可以不必等 過(guò)一會(huì)收郵件就可以 結(jié)果會(huì)有一堆英文 看了頭痛 直接找到ScaledProbabilitiesforEntireProtein和Predictionsofsubstitutionsentered兩處鏈接 分別點(diǎn)擊進(jìn)去 ScaledProbabilitiesforEntireProtein給出了所提交氨基酸每個(gè)位點(diǎn)發(fā)生突變后的計(jì)算分?jǐn)?shù) 只要分?jǐn)?shù)小于0 05就認(rèn)為可能影響到蛋白質(zhì)功能而Predictionsofsub