生物信息學(xué)功能基因組學(xué)(1)

1、整理ppt 1 1 生物信息學(xué)生物信息學(xué) 第七章第七章 基因組分析基因組分析 整理ppt 2 2 人類基因組計(jì)劃 整理ppt 3 3 基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組 基因組基因組 轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄組蛋白質(zhì)組蛋白質(zhì)組化學(xué)生物學(xué)化學(xué)生物學(xué) 4 4 整理ppt 本章內(nèi)容提要 1. 基因組的結(jié)構(gòu)與內(nèi)容 2. 基因組注釋 3. 比較基因組學(xué) 4. 基因/蛋白質(zhì)的功能預(yù)測(cè) 5 5 整理ppt 1. 基因組的結(jié)構(gòu)與內(nèi)容 (1) 基因的結(jié)構(gòu) (2) mRNA：可變剪切 (3) 蛋白質(zhì)：翻譯后修飾 (4) 相互作用網(wǎng)絡(luò)：基因、蛋白質(zhì)、小分子之間的 相互作用 (5) 非編碼區(qū) a. 功能元件: 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)；啟動(dòng)子 b.

2、 Non-coding RNA: MicroRNA c. 轉(zhuǎn)座子 d. 重復(fù)片段 e. 偽基因 (Pseudogene) 6 6 整理ppt (1) 基因的結(jié)構(gòu) 整理ppt 7 7 基因組大小基因組大小 介導(dǎo)其他RNA分子的化 學(xué)修飾，例如甲基化 2222 MICRORNA/MIRNA 1. 長(zhǎng)度21-23bp 2. 調(diào)控基因的表達(dá) 3. pre-miRNA: 70bp 2323 TRANSPOSON 轉(zhuǎn)座子：在基因組中能夠移動(dòng)位置的DNA序列 2424 整理ppt 2. 基因組注釋 (1) 基因組序列的拼裝 (2) 基因預(yù)測(cè) (3) 可變剪切的預(yù)測(cè) (4) 非編碼的功能元件的預(yù)測(cè) 2525

3、整理ppt (1) 基因組測(cè)序：鳥槍法 2626 整理ppt 基因組的拼裝 2727 整理ppt 重復(fù)序列帶來干擾 2828 整理ppt (2) 基因預(yù)測(cè) 直接的，序列高度匹配 同一或近緣物種中，與EST，cDNA, 蛋白質(zhì)等序列完 美或近似完美的匹配 間接的，基于統(tǒng)計(jì)學(xué)的 序列比對(duì) (Homology) 從頭預(yù)測(cè)(ab initio) a.以上兩種方法的結(jié)合 2929 整理ppt 真核生物的基因結(jié)構(gòu) 5 3 3 5 1-100 Mbp 5 3 3 5 1-1000 kbp exons (cds Enright AJ et al., Nature, 1999, 402:86-90 Genome

4、 A Genome B 5151 CONSERVATION OF GENE ORDER/ BIDIRECTIONAL PAIRS Gene order pairs Bidirectional transcribed gene pairs Dandekar T et al., TIBS, 1998, 23:324-328; Overbeek R et al., PNAS, 1999, 96:2896-2901; Korbel JO et al., NBT, 2004, 22:911-917 5252 整理ppt PHYLOGENETIC PROFILES Pellegrini M et al.,

5、 PNAS, 1999, 96:4285-4288; Huynen MA et al., PNAS, 1998, 95:5849-5856 整理ppt 5353 CORRELATED SEQUENCE SIGNATURES A. B. This model is computationally faster and more convenient PID modelPIDC model 5454 整理ppt PID模型：最大似然性法 5555 整理ppt P(IMN = 1): 訓(xùn)練 5656 整理ppt CONSERVED CO- EXPRESSION Not PPI, but functional linkage Stuart JM et al., Science, 2003, 3