用SHELXTL程序進(jìn)行晶體結(jié)構(gòu)分析的方法-2

1、TEMP 25TEMP 25EADP EADP CL1CL1 CL1CL1EXYZ EXYZ CL1CL1 CL1CL1WGHT 0.000000WGHT 0.000000FVAR 0.09096 FVAR 0.09096 0.50.5CR1 5 0.113174 0.216284 0.628141 11.00 0.03132 0.04649 =CR1 5 0.113174 0.216284 0.628141 11.00 0.03132 0.04649 = 0.03455 0.00095 0.00183 0.00118 0.03455 0.00095 0.00183 0.00118CL1CL1

2、 3 3 0.118366 0.241830 0.483154 0.118366 0.241830 0.483154 21.0021.00 0.02696 0.03867 = 0.02696 0.03867 = 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346CL1CL1 4 4 0.118366 0.241830 0.483154 0.118366 0.241830 0.483154 -21.00-21.00 0.02696 0.03867 = 0.02696 0.03867 = 0.03287 -0.0008

3、4 0.00065 0.00346 0.03287 -0.00084 0.00065 0.00346A A 不同原子在同一位置的固定不同原子在同一位置的固定 強制性精修（固定）強制性精修（固定）B B 剛性基團的固定剛性基團的固定 C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.00 0.056310C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.00 0.056310AFIX 66AFIX 66C6 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.00 0.037930C6 1 0.670845 0.385330 0.475554

4、11.00 0.037930C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.00 0.038030C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.00 0.038030C8 1 0.132871 0.107389 0.616281 11.00 0.070930C8 1 0.132871 0.107389 0.616281 11.00 0.070930C9 1 0.187310 0.112700 0.566092 11.00 0.052710C9 1 0.187310 0.112700 0.566092 11.00 0.052710C10 1 0.30

5、1438 0.113657 0.561510 11.00 0.036590C10 1 0.301438 0.113657 0.561510 11.00 0.036590C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.00 0.035930C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.00 0.035930AFIX 0AFIX 0C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.00 0.043900C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.00 0.043900苯環(huán)的固定苯環(huán)的固定( (第一種

6、方法第一種方法) )苯環(huán)的固定苯環(huán)的固定( (第二種方法第二種方法) )DFIX 1.39 0.02 C1 C2 C2 C3 C3 C4 C4 C5 C5 C6 C6 C2 （六條邊）（六條邊）DFIX 2.78 0.02 C1 C4 C2 C5 C3 C6 （三條對角線）（三條對角線）茂環(huán)的固定茂環(huán)的固定C5 1 0.783982 0.389310 0.472723 11.000000 0.056310AFIX 59C6 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.000000 0.037930C7 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.0000

7、00 0.038030C8 1 0.670845 0.385330 0.475554 11.000000 0.037930C9 1 0.623140 0.384059 0.522099 11.000000 0.038030C10 1 0.301438 0.113657 0.561510 11.000000 0.036590AFIX 0C11 1 0.350699 0.112192 0.515138 11.000000 0.035930C12 1 0.284100 0.110708 0.472513 11.000000 0.043900DFIX 1.37 0.02 C1 C2 C2 C3 C3

8、C4 C4 C5 C5 C1 （六條邊）（六條邊）DFIX 2.20 0.02 C1 C3 C1 C4 C2 C5 C2 C4 C3 C5 （五條對角線）（五條對角線）( (第一種方法第一種方法) )( (第二種方法第二種方法) )C C 限制性精修限制性精修 FMAP 2FMAP 2PLAN 20PLAN 20dfix dfix 1.501.50 0.0 0.01 1 C1 C2 C3 C4C1 C2 C3 C4TEMP 25TEMP 25a 鍵長的限制鍵長的限制b 同類鍵鍵長相近的限制同類鍵鍵長相近的限制FMAP 2FMAP 2PLAN 20PLAN 20SADI 0.02 o1 h1 o

9、1 h2 o2 h3 o2 h4 o3 h5 o3 h6SADI 0.02 o1 h1 o1 h2 o2 h3 o2 h4 o3 h5 o3 h6SADI 0.02 h1 h2 h3 h4 h5 h6 h7 h8SADI 0.02 h1 h2 h3 h4 h5 h6 h7 h8TEMP 25TEMP 25常見化學(xué)鍵的鍵長常見化學(xué)鍵的鍵長表表a 限制指定原子具有相近的位移參數(shù)限制指定原子具有相近的位移參數(shù)PLAN 20LIST 4DELU 0.02 0.01 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 WGHT 0.083400 0.000000 c 共平面限制共平面限制PLAN 2

10、0LIST 4FLAT 0.1 c11 c12 c13 c14 c15 WGHT 0.083400 0.000000 PLAN 20LIST 4SIMU 0.04 0.08 1.7 c2 c3 c4 c5 c6 c7 c8 c9 c10 WGHT 0.083400 0.000000 b 限制在一定范圍內(nèi)的原子具有相近的位移參數(shù)限制在一定范圍內(nèi)的原子具有相近的位移參數(shù)D D 對溫度因子的限定對溫度因子的限定E 阻尼控制阻尼控制 當(dāng)結(jié)構(gòu)難以進(jìn)行最小二乘精修，特別是當(dāng)結(jié)當(dāng)結(jié)構(gòu)難以進(jìn)行最小二乘精修，特別是當(dāng)結(jié)構(gòu)模型明顯偏離最優(yōu)化結(jié)構(gòu)時，易發(fā)生精修參數(shù)構(gòu)模型明顯偏離最優(yōu)化結(jié)構(gòu)時，易發(fā)生精修參數(shù)的大幅度移

11、動的大幅度移動( (shift) )，造成最小二乘精修不收斂造成最小二乘精修不收斂 可用阻尼因子加以控制。在可用阻尼因子加以控制。在SHELXL中，可中，可賦予阻尼參數(shù)賦予阻尼參數(shù)DAMP一個一個2002000之間的數(shù)值之間的數(shù)值 d 限制各向異性位移參數(shù)具有類似各向同性位移參數(shù)的性限制各向異性位移參數(shù)具有類似各向同性位移參數(shù)的性質(zhì)質(zhì)PLAN 20LIST 4ISOR 0.01 c3 c4 c13 c14 WGHT 0.083400 0.000000 C 無序結(jié)構(gòu)無序結(jié)構(gòu) 當(dāng)一物質(zhì)大部分結(jié)構(gòu)大部分有序，僅小部分無當(dāng)一物質(zhì)大部分結(jié)構(gòu)大部分有序，僅小部分無序時，可用通常的方法解析。但無序部分可能出

12、現(xiàn)序時，可用通常的方法解析。但無序部分可能出現(xiàn)原子位移參數(shù)太大，其結(jié)構(gòu)在化學(xué)上不合理的情況原子位移參數(shù)太大，其結(jié)構(gòu)在化學(xué)上不合理的情況 無序的種類有多種，常見的有：無序的種類有多種，常見的有： a 位置占有率無序位置占有率無序 即同一位置被兩種或多種原子占據(jù)即同一位置被兩種或多種原子占據(jù)b 位置無序和取向無序位置無序和取向無序 晶體中分子的部分基團，甚至整個分子按統(tǒng)計晶體中分子的部分基團，甚至整個分子按統(tǒng)計方式分布在兩個或多個位置上的現(xiàn)象，叫方式分布在兩個或多個位置上的現(xiàn)象，叫位置無序位置無序。如果部分基團，甚至整個分子位于旋轉(zhuǎn)軸、鏡面、如果部分基團，甚至整個分子位于旋轉(zhuǎn)軸、鏡面、對稱中心上，

13、分布在兩個相互聯(lián)系的方向上的現(xiàn)象，對稱中心上，分布在兩個相互聯(lián)系的方向上的現(xiàn)象，稱為稱為取向無序取向無序，球形基團常發(fā)生這種現(xiàn)象，球形基團常發(fā)生這種現(xiàn)象 對于這一問題，對于這一問題，有的結(jié)構(gòu)，可直接由有的結(jié)構(gòu)，可直接由差值差值Fourier電子密電子密度圖定出不同方向的度圖定出不同方向的排列。例如，排列。例如，ClO4-經(jīng)常是這樣處理的經(jīng)常是這樣處理的（O和和O的占有率都的占有率都改為改為0.5)。 很多結(jié)構(gòu)卻無法這樣處理很多結(jié)構(gòu)卻無法這樣處理。則對于無序程度輕則對于無序程度輕的，可用限定（即用的，可用限定（即用ISORISOR指令）的方法。也可把無指令）的方法。也可把無序原子裂分為兩個原子，

14、方法是：序原子裂分為兩個原子，方法是： ClOOOOOOOO 0.0862 0.0389 0.0343 N1 0.1283 0.0659 0.0400 N2 0.3904 0.1447 0.0431 O1 may be split into 0.6986 0.4252 0.6507 and 0.6922 0.3560 0.6522 0.0879 0.0723 0.0349 O2 WGHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5N1 3 0.338342 0.110671 0.424071 11.00 0.072990 0.046510 = 0.040170 0.

15、003320 0.008270 0.021590part 1O1 4 0.6986 0.4252 0.6507 21.00 0.05part 2O1 4 0.6922 0.3560 0.6522 -21.00 0.05part 0O2 4 0.529357 0.400370 0.615937 11.00 0.053290 0.087650 = 0.054980 -0.001990 0.019860 0.002700.lst.ins先在先在Edit-.lst文件中找到裂分的原子坐標(biāo)然后在文件中找到裂分的原子坐標(biāo)然后在Edit-.ins文件中文件中做如下處理：做如下處理：高氯酸根無序高氯酸根無序W

16、GHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5Cl1 5 PART 1O1 4 x y z 21.000 0.05O2 4 x y z 21.000 0.05O3 4 x y z 21.000 0.05O4 4 x y z 21.000 0.05PART 2O1 4 x y z -21.000 0.05O2 4 x y z -21.000 0.05O3 4 x y z -21.000 0.05O4 4 x y z -21.000 0.05PART 0DFIX 1.44 0.01 cl1 o1 cl1 o2 cl1 o3 cl1 o4 cl1 o1 cl1 o2

17、cl1 o3 cl1 o4DFIX 2.35 0.02 o1 o2 o1 o3 o1 o4 o2 o3 o2 o4 o3 o4 o1 o2 o1 o3 o1 o4 o2 o3 o2 o4 o3 o4EXYZ CL1 CL1EADP CL1 CL1 高氯酸根鍵長的固定高氯酸根鍵長的固定苯環(huán)與吡唑環(huán)無序苯環(huán)與吡唑環(huán)無序WGHT 0.045200 0.000000 FVAR 0.286910 0.5Cl1 5 PART 1C1 4 x y z 21.000 0.05C2 4 x y z 21.000 0.05C3 4 x y z 21.000 0.05C4 4 x y z 21.000 0.05C5 4 x y z 21.000 0.05C6 4 x y z 21.000 0.05PART 2C1 4 x y z -21.000 0.05C2 4 x y z -21.000 0.05C3 4 x y z -21.000 0.05C4 4 x y z -21.000 0.05C5 4 x y z 21.000 0.05C6 4 x y z 21.0