引物查詢方法

1、引物查詢方法一共有兩種查詢引物的方法， 包括 primerbank 和 primer3，當(dāng)我們查到引物時(shí)，我們需要用pubmed來(lái)驗(yàn)證。詳細(xì)說(shuō)明見(jiàn)下文。1.primerbank 用引物銀行查詢引物時(shí)，我們只需要輸入引物的名稱，種屬網(wǎng)址： /primerbank/1.將 search by 修改為keyword 2.將 species 修改為您所 需 要 的 種 屬 ， 如mouse 3.輸入您所需查的基因的名字，如atg5 4.點(diǎn)擊 submit 您將得到所需查的基因的引物的結(jié)果點(diǎn)擊這里，您將看到引物在編碼序列中的位置2.primer 3 使用

2、這個(gè)工具之前您需要在pubmed 中查到您的目的基因的序列，然后黏貼到primer3 中，軟件便會(huì)自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。pumed 的使用方法如下：網(wǎng)址： /pubmed/點(diǎn)擊這里綠色的部分，您可以看到這個(gè)引物的qpcr 的結(jié)果修改為 nucleotide 輸入您的目的基因，如atg7 最后單擊 search 點(diǎn)擊這里選種屬篩選符合您需求的，我們是自噬相關(guān)的atg7，因此選這個(gè)點(diǎn)擊 fasta 選項(xiàng)primer3 網(wǎng)址：http:/bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/這就是您所要的序列，復(fù)制打開(kāi) primer3 的網(wǎng)址選中 pic

3、k left 和 pick right 修改為 none 黏貼如在 pubmed 中查到的基因序列修改為您所需產(chǎn)物的大小范圍點(diǎn)擊這個(gè)選項(xiàng)這就是結(jié)果的頁(yè)面這個(gè)是軟件默認(rèn)的最好的引物， 下面還有其他引物完成引物的設(shè)計(jì)后，我們可以用pubmedblast 來(lái)驗(yàn)證引物blast 網(wǎng)址： /blast.cgi輸入網(wǎng)址會(huì)顯示以下頁(yè)面，按照以下步驟便可驗(yàn)證下拉頁(yè)面，您將看到軟件對(duì)您的基因鎖設(shè)計(jì)的全部引物.輸入網(wǎng)址后選擇網(wǎng)頁(yè)下面的這個(gè)地方， primer blast 輸入查得的上下游引物的序列修改您所期望得到的擴(kuò)增產(chǎn)物的大小，如 qpcr 一般在 200 以內(nèi)修改種屬最后點(diǎn)擊頁(yè)面最下的此選項(xiàng)點(diǎn)擊這個(gè)紫色的，這是引物的一個(gè)編號(hào)，您會(huì)看到詳細(xì)的介紹這個(gè)頁(yè)面有引物的位置等信息點(diǎn)擊這里您會(huì)看到一些文獻(xiàn)是使用過(guò)