Opticon2操作手冊

1、 DNA Engine OpticonTM 2 簡明操作手冊 1. 儀器的操作 Opticon 2主機的開關以及計算機的開關 找到位于Opticon 2主機背面左側(cè)電源線上方的儀器開關（見背面圖）。將開關按到1以打開儀器。Opticon 2單元開機后，熱循環(huán)儀需要數(shù)分鐘來熱機。將開關按到0即可關閉儀器。 在啟動Opticon Monitor 2TM軟件之前，確認Opticon 2主機已連接到計算機上并打開。Opticon 2主機正面的藍色程序指示燈（見正面圖）只有在程序運行時才亮。 按下計算機主機正面的電源開關打開計算機。從Start（開始）菜單條中選擇Shutdown（關閉）來關閉計算機。按

2、下顯示器前面的電源開關可將其打開，再次按下即可關閉。 開啟和關閉熱循環(huán)儀 向內(nèi)握住藍色手柄（1），然后松手讓倉門彈起（2），再用熱循環(huán)儀前部的手柄拉出熱循環(huán)儀，就可看到96孔的熱循環(huán)儀樣品模塊（3）。將熱循環(huán)儀推回儀器中，并向下按藍色手柄，即可關閉熱循環(huán)儀。 注意：不要在藍色程序指示燈亮時打開熱循環(huán)儀。藍色程序指示燈亮時打開熱循環(huán)儀可能會干擾軟件對程序的控制，特別是在進行讀板時。 將樣品容器放入熱循環(huán)儀模塊中 為了保證均一的樣品升溫和降溫，樣品管必須與樣品模塊完全接觸。在上樣前確保樣品模塊的潔凈的，并用力將0.2ml管或96孔板壓入模塊的孔中。 2. Opticon MonitorTM軟件介紹

3、 啟動Opticon Monitor 2TM軟件 雙擊Windows桌面上Opticon Monitor 2TM圖標即可啟動Opticon Monitor 2TM軟件。另外您也通過可以雙擊已有的Opticon Monitor 2TM的主文件(.mast)、樣品板文件(.plate)、程序文件(.prot)以及數(shù)據(jù)文件(.tad2)以啟動Opticon Monitor 2TM軟件。 Opticon Monitor 2TM窗口包括以下幾個部分： 1) 工具欄：工具條包含主菜單和運行狀態(tài)欄兩個部分。主菜單部分見下圖。 在程序開始運行時，運行狀態(tài)欄就會出現(xiàn)，顯示運行剩余的時間、步驟、循環(huán)數(shù)及溫度等相關

4、信息。 2) 下拉菜單：您可以通過下拉菜單打開、保存、查看和創(chuàng)建文件，也可以將數(shù)據(jù)導出到Excel文件； 3) 設計/分析顯示窗口：本窗口顯示設置、狀態(tài)及分析窗口。 退出Opticon Monitor 2TM軟件 您可以通過在File菜單中選擇Exit命令或窗口右上角的關閉按鈕來退出Opticon Monitor 2TM軟件。如果程序正在運行，在退出前必須先停止程序。 Opticon Monitor 2TM文件擴展名 在保存文件時，Opticon Monitor 2TM軟件會自動在文件后面加上以下其中一個擴展名： .mast主文件：通過選擇特定樣品板文件及程序選擇文件來控制儀器的運行。.pla

5、te樣品板文件：定義樣品孔的類型，如標準品，待測樣品及空白對照。.prot程序文件：制定程序運行步驟的順序及參數(shù)，包括保溫的溫度與時間；讀板；溫度梯度；循環(huán)步驟以及解鏈曲線等。.tad2數(shù)據(jù)文件：包括程序運行過程中收集的熒光及溫度數(shù)據(jù)，分析參數(shù)以及其他選項。 查看日志 從Tools下拉菜單下選擇Message log，可以查看Opticon Monitor 2TM軟件已完成的操作日志，包括所有的錯誤信息；從Tools下拉菜單下選擇Error log，可以觀看錯誤信息列表。 3. 使用Opticon MonitorTM軟件 創(chuàng)建主文件 啟動Opticon Monitor 2TM軟件后，Optic

6、on Monitor 2TM軟件窗口將顯示一個新的主文件（見下圖）。主文件包括兩部分： 1) 樣品板文件：定義樣品孔的內(nèi)容及標簽，選擇不同樣品板的類型及不同染料相應的校準文件，設定定量標準的濃度。 2) 程序文件：制定程序運行步驟的順序及參數(shù)，包括保溫的溫度與時間；熒光收集；溫度梯度；循環(huán)步驟以及解鏈曲線等。 主文件中的樣品板文件及程序文件部分都有New（新建）、Edit（編輯）、Open（打開）及Save（保存）按鈕，可用于創(chuàng)建新的文件或打開已有的文件。另外您也可以使用Quick Load 菜單打開已有的文件。 編輯樣品板文件 1) 選擇單色實驗或雙色實驗：選中樣品板編輯窗口左下方的Sing

7、leplex Experiment復選框表示此次實驗為單色實驗，即實驗中所有的反應都使用相同染料；去選Singleplex Experiment復選框則表示此次實驗為雙色實驗，即實驗中的反應不只使用一種染料。 2) 選擇樣品板類型及染料：根據(jù)您使用的樣品板類型及染料在下拉菜單中選擇相應的樣品板及染料。雙色實驗需要分別為Dye 1和Dye 2選擇相應的染料，單色實驗則只需為Dye 1選擇相應的染料。如果在下拉菜單中沒有所用的樣品板類型或染料，則可通過從Tools菜單中選擇Dye Calibration來完成校準。 3) 樣品孔內(nèi)容：點擊樣品板左上角的*號可選定樣品板上所有孔；點擊某一列上方的數(shù)字

8、可以選定改列中所有的樣品孔，按住Ctrl鍵可選定多列；點擊某一行上方的字母可以選定該行中所有的樣品孔，按住Ctrl鍵可選定多行；點擊某一個孔可以選定這個孔，按住鼠標左鍵并拖動鼠標，按住Ctrl鍵選定多孔；點擊空白處或其他孔即可取消選擇。點擊下列任何一個按鈕，就可為選定的樣品孔指定相應的內(nèi)容：空（白色）此孔為空，Opticon將不檢測該孔的熒光，未定制的孔均默認為空孔；空白（藍色）此孔為空白（如只有緩沖液），空白孔中測得的熒光強度將作為背景熒光在定量計算時被扣除；定量標準（綠色）此孔為已知的定量標準。定量標準孔中測得的熒光強度將用來繪制標準曲線；樣品（紅色）此孔為實驗樣品（包括未知樣品或控制樣品

9、）。 4) 樣品孔標簽：為了區(qū)別樣品，您可以為每個孔或組指定相應的標簽進行描述。選定樣品孔后，在Well Label（Dye 1）及Well Label（Dye 2）欄中輸入相應的標簽即可。 5) 定量標準：在您選定哪些孔作為定量標準后，點擊Specify Quant Standards按鈕，就會彈出用于輸入定量標準的窗口（如下圖）。在Dye #1和Dye #2欄中輸入定量標準的值。然后從下拉菜單中選擇定量標準的單位（如ng / pg / moles / molecules / ge / copies），也可點擊Manage 按鈕自定義定量標準的單位。 6) 退出樣品板設置：當您完成對樣品板文

10、件的設置后，點擊樣品板文件窗口左上角的OK按鈕返回主文件窗口；點擊Cancel按鈕則放棄對樣品板的修改返回主文件窗口。 7) 保存樣品板文件：點擊主文件窗口樣品板文件部分的Save按鈕，并在彈出的保存窗口的File name一欄中輸入相應的名稱，然后按Save按鈕保存為.plate文件（見下圖）。 編輯程序文件 程序文件用于編輯程序運行步驟的順序及參數(shù)，包括保溫的溫度與時間；讀取熒光強度；溫度梯度；循環(huán)步驟以及解鏈曲線等。編輯后的程序文件可以在程序文件窗口中進行查看。點擊主文件中Protocol Setup部分的New按鈕可以生成一個新的程序文件，并對其進行編輯。 舉例如下： 94保溫30秒；

11、 復性溫度為溫度梯度，從55到65； 讀取熒光強度； 72保溫60秒； 重復步驟，共25個循環(huán)，然后進入第步； 通過融解曲線來檢測反應產(chǎn)物的純度，具體步驟為：從55升溫至90，每升溫1，測定熒光強度10秒； 結(jié)束程序。 1) 輸入新程序：當您向程序中輸入某一步驟后，有關該步驟的描述就會出現(xiàn)在上部的程序顯示窗口中，同時下部也會出現(xiàn)相應的程序示意圖來說明此步驟的溫度和時間。使用水平或垂直縮放滑塊和滾動條可更清楚地查看程序示意圖。當您編輯某一新的程序前，可以看到顯示窗口上方有高亮的END（結(jié)束）。在Opticon Monitor 2TM軟件中，新的步驟將會會添加在高亮的步驟之前。 2) 溫度步驟：溫

12、度步驟用于確定保溫的溫度和時間長短。點擊Temperature（溫度）按鈕進入保溫步驟的設定（見下圖）。在Set Temperature to（設定溫度為）一欄中輸入一個0-105之間的溫度，如例子中的第一步是94。在Maintain For（保溫時間）一欄中輸入保溫時間，最長可到18小時。點擊時:分:秒并輸入相應的時間，如例子中第步的00:00:30。如果不再作任何修改，點擊Insert（插入），將此溫度步驟加到程序中，之后該步驟會立即在上部的程序顯示窗口及下部的程序示意圖中出現(xiàn)。 3) 梯度步驟：溫度梯度功能可以使您方便地對變性溫度或復性溫度進行優(yōu)化。點擊Gradient（梯度）按鈕即可在

13、程序中插入梯度步驟（見下圖）。最左邊一列（Column 1）是溫度梯度的低溫，其設定值應在30-104之間，這時在Set temperature to一欄中輸入L=55；最右邊一列（Column 12）是溫度梯度的高溫，其設定值應在31-105之間。這時在Set temperature to一欄中輸入R=65。最左邊一列與最右邊一列的最小溫差為1，最大為24。在您輸入溫度梯度的范圍后，還需在Maintain for（保溫時間）一欄中輸入保溫時間?？梢酝ㄟ^點擊時:分:秒并輸入相應的時間，如例子中的第步的保溫時間為00:00:30。如果不再作任何修改，點擊Insert（插入），將該步驟添加到程序中

14、，此時梯度步驟將在程序顯示窗口中顯示為第2步。 4) 梯度計算器：要了解梯度溫度中每一列的溫度，可點擊Tool（工具）菜單，并選擇Gradient Calculator（梯度計算器），然后分別輸入梯度溫度的低溫和高溫，就可以知道每一列的具體溫度（見下圖）。 5) 讀板步驟：點擊Plate Read（讀板）按鈕即可插入一個讀板步驟，提示Opticon 2系統(tǒng)對樣品、定量標準及空白進行熒光測定。如例子中的讀板步驟為第步，在程序示意圖中，讀板步驟則用一個眼型的圖標來表示。 6) 循環(huán)步驟：循環(huán)步驟的目的是為了省去逐步輸入重復步驟的這一過程。當程序運行到循環(huán)步驟時，程序自動返回到指定的步驟，并運行該步

15、驟到循環(huán)步驟之間所有步驟。當循環(huán)進行了指定的次數(shù)之后，程序自動運行到循環(huán)步驟的下一步。如例子中的第步是返回至第步的循環(huán)步驟。再重復步驟24次循環(huán)，總共是25次循環(huán)，然后進行第步。點擊Goto（循環(huán)）按鈕，輸入返回至哪一步。如例子中的Goto欄中輸入的是1，而How Many More Times?一欄中輸入的是24。點擊Insert（插入）按鈕，將循環(huán)步驟加入程序中去（見下圖）。 7) 融解曲線分析：融解曲線可用來鑒別特異性片段或評估樣品的均一性。融解曲線圖受到多種因素的影響，如片段的濃度與數(shù)量、每個片段的長度及G+C含量，還有其他因素如緩沖液的條件等都會影響核酸的融解溫度。點擊Melting

16、 Curve 按鈕即可進行融解曲線分析（見下圖）。輸入Starting Temperature（開始溫度）以及Ending Temperature（結(jié)束溫度），然后再Increment一欄中輸入一個溫度（0.1-10.0）以確定每升溫多少度讀取一次熒光，最后在Hold Time一欄輸入一個時間（1秒-1小時）以確定時間，在這段時間內(nèi)，溫度需保持恒定。一般推薦每升溫0.2讀取熒光一次，時間為1秒。點擊Insert 按鈕將融解曲線分析步驟添加到程序中。 8) 編輯某一步驟：用鼠標選中程序顯示窗口中您希望進行編輯的程序步驟，然后點擊Edit Step（編輯步驟）按鈕即可對其進行編輯。修改其參數(shù)后，點

17、擊Replace（替換）按鈕可將編輯后的步驟添加至程序中，也可點擊Cancel（取消）按鈕來取消這次編輯。 9) 刪除某一步驟：用鼠標選中程序顯示窗口中您希望刪除的程序步驟，然后點擊Delete（刪除）按鈕即可將之刪除。 10) 在已有步驟中添加一個步驟：用鼠標選中程序顯示窗口中您希望添加步驟的后一個步驟，所有添加的步驟都會在此步驟之前。然后點擊相應的按鈕進行編輯即可。當您輸完所有的程序文件參數(shù)后，點擊程序文件窗口左上角的OK按鈕以保存程序文件，并返回到主文件窗口。主文件的Protocol Setup部分會顯示程序的示意圖、讀板次數(shù)、解鏈曲線以及大約的運行時間。也可以點擊Cancel（取消）按

18、鈕不保存程序文件回到主文件窗口。 11) 保存程序文件：在主文件窗口的Protocol Setup部分中點擊Save按鈕，然后在保存窗口的File name一欄中輸入相應的文件名，并點擊Save按鈕即可保存。 保存主文件 點擊主文件的Save按鈕或從File菜單中選擇Save來保存主文件。在彈出的保存窗口中輸入合適的文件名，主文件將會保存為.mast文件。您也可以選擇不保存而直接運行程序。 將已有的樣品板或程序文件添加至主文件中 要將已有的樣品板或程序文件添加至一個新的或已有的主文件中，可以在主文件窗口中點擊相應文件的Open按鈕，選擇想要添加的文件后再次點擊Open按鈕，所選擇的樣品板或程序

19、文件就會被添加至主文件中，此時點擊主文件中的Save按鈕可以將其保存為一個新的主文件。注意：如果一個樣品板文件、程序文件或主文件被編輯后以相同文件名保存，則編輯后的文件會替換原始文件。 調(diào)用主文件 如果一個程序剛運行完畢，如果您想再運行該程序，點擊Repeat This Run按鈕即可。如果您想運行新的程序，點擊Prepare New Run按鈕，并點擊主文件的Open按鈕，選定所需文件即可。 使用Quick Load菜單 Quick Load菜單可以用于快速讀取已有的樣品板文件、程序文件或主文件。用鼠標點擊樣品板文件、程序文件或主文件上的Quick Load菜單，相應的文件列表就會出現(xiàn)在其下

20、拉菜單中（見下圖），這時通過下拉菜單中的滾動條選擇所需的文件即可。 用戶管理 Opticon Monitor 2TM軟件所具有的用戶管理功能，可以讓用戶選擇將主文件、樣品板文件、程序文件以及數(shù)據(jù)文件放置在共享文件夾或個人文件夾以方便查看和管理。通過點擊主文件窗口的 按鈕，您便可以在下面的窗口中增加或刪除用戶。 4. 運行初始化和運行狀態(tài) 運行程序 在開始運行之前，首先檢查程序設置是否正確。單擊工具欄上的Run圖標即可開始運行程序。這時就會彈出一個窗口要求命名文件以保存數(shù)據(jù)，點擊Save直接保存為默認以當前時間命名的文件。（其中包括年月日時分秒）或在輸入用戶自定義的文件名后，單擊Save保存。這

21、樣，數(shù)據(jù)文件就會保存為以.tad2為擴展名的文件。單擊工具欄上的Stop可在任何時間終止程序運行。單擊Skip則可跳到程序文件的下一步。 監(jiān)控運行狀態(tài) 1) 工具欄上的程序信息 程序運行時，工具欄的底部顯示了程序運行的狀態(tài)，包括：程序信息Protocol Info，剩余時間Time Remaining，程序計數(shù)器Program Counter（顯示當前程序運行到哪一步以及當前循環(huán)數(shù)）及溫度Temperature（顯示當前樣品、樣品槽和熱蓋的溫度）。 2) 狀態(tài)窗口 您可以通過狀態(tài)窗口查看程序的運行狀態(tài)（熱循環(huán)儀狀態(tài)窗口），或是實時熒光數(shù)據(jù)的變化（熒光檢測狀態(tài)窗口），熱循環(huán)儀狀態(tài)窗口會在程序開始

22、時自動出現(xiàn)。若想在運行結(jié)束后進入狀態(tài)窗口，單擊工具欄上的Status圖標，通過位于狀態(tài)窗口左下角的切換鍵可以在熱循環(huán)儀狀態(tài)（Thermal Cycler Status）和熒光檢測狀態(tài)（Optical Read Status）窗口之間切換。 熱循環(huán)儀狀態(tài)窗口 程序的運行狀態(tài)在熱循環(huán)儀窗口的上半部分以圖表的形式顯示。通過選擇相應的復選框可以顯示樣品、樣品槽或/和熱蓋的溫度隨運行時間變化的曲線。利用X軸及Y軸的滾動條，可以更為清晰地觀察圖形。所運行的程序列表位于窗口底部并且當前正在運行的步驟以高亮顯示。如果程序結(jié)束時則程序中END將指示為高亮度。 熒光檢測狀態(tài)窗口 單擊Optical Read St

23、atus就可以查看實時熒光數(shù)據(jù)的收集情況。 用鼠標單擊樣品板窗口上所需查看的樣品孔，這時所選樣品孔的狀態(tài)會顯示在窗口下方的圖表中，其中Y軸是熒光量，X軸是循環(huán)數(shù)。選擇Color 1以顯示第一種染料的實驗結(jié)果，選擇Color 2以顯示第二種染料的實驗結(jié)果，Color 1和Color 2同時選擇則顯示兩種染料的實驗結(jié)果。選中的孔邊緣顏色會有所變化，其顏色與Graphed Sample列表中相對應孔的顏色以及圖表中熒光密度曲線的顏色是一一對應的。再次單擊選中的樣品孔可取消選擇，如果需要取消一組樣品孔的選擇，按住ctrl鍵，單擊所需取消選擇的樣品孔。如果在程序中不止一次讀板，通過參數(shù)復選框便可以顯示某

24、一步的熒光信號強度曲線。 5. 數(shù)據(jù)分析 定量 通過對擴增產(chǎn)物的連續(xù)、實時熒光檢測我們就可以對樣品中的初始模板進行精確定量。在指數(shù)擴增期，反應中的初始模板量與熒光信號得以檢出時所需的循環(huán)數(shù)兩者之間密切相關。初始模板量越大，熒光信號得以檢出時所需的循環(huán)數(shù)越少。 這種關系常被用于計算樣品中的初始模板量。首先我們必須對循環(huán)域值或是C(T)線的位置進行定義。一般而言，在扣除基線的數(shù)據(jù)圖上，C(T)線的位置位于熒光信號超過背景噪音并開始增加的點上。對某一樣品的循環(huán)域值就定義為樣品的熒光線與C(T)線交叉時的循環(huán)數(shù)。通過已知濃度的標準樣品，就可以得到以Log Quantity為y軸，C(T) Cycle為

25、x軸的標準曲線，未知樣品的模板數(shù)就可以根據(jù)標準曲線計算得到。程序運行結(jié)束后，單擊Quantitation按鈕可以分析定量數(shù)據(jù)；通過File目錄下的Open Data Files查看已有的數(shù)據(jù)文件并對其進行分析。 圖表 通過位于定量窗口底部左側(cè)不同窗口的切換，可以查看熒光量對循環(huán)數(shù)圖或標準曲線圖或者同時查看這兩個圖。 1) 通過樣品板窗口觀察熒光強度 樣品板窗口可用于數(shù)據(jù)圖中樣品孔的選擇以及末點熒光密度的分析。樣品板窗口中的樣品孔的顏色與其熒光強度相關。暗灰或黑色的孔表示該孔熒光強度較弱，白色或淺灰的孔表示熒光強度較強。 如果程序中不止一次讀板，可在Step框中輸入步驟數(shù)或用單擊右邊的箭頭以選擇

26、查看某一步驟的熒光數(shù)據(jù)。Colrs框用于在樣品板窗口和數(shù)據(jù)窗口選擇查看染料1或染料2或者兩種染料的熒光強度。Cycle框則用于選擇查看某次循環(huán)中觀察到的信號強度。 2) 數(shù)據(jù)窗口 您可以通過樣品板窗口選擇查看某一樣品孔的數(shù)據(jù)。選中的樣品孔邊緣顏色會有所變化，顏色與Graphed Samples列表中相應孔的顏色以及Data窗口中相應的熒光強度曲線是一致的。如果Color 1選中，則染料1的熒光強度曲線會出現(xiàn)在Data窗口中；如果Color2選中，則染料2的熒光強度曲線會出現(xiàn)在Data窗口中；如果Both Color選中，則出現(xiàn)在Color框中的染料的熒光強度曲線以實線表示，而另一種染料則以虛線

27、表示。 再次單擊樣品孔可以取消選擇。要取消選擇一組樣品孔，按下Ctrl鍵，單擊要取消選擇的樣品孔。此時樣品孔邊緣顏色將會恢復為被選擇前的狀態(tài)，同時這些孔相應的熒光曲線也會從圖中去除。選擇Auto Scale選項可以根據(jù)熒光值自動調(diào)整Y軸。 利用X和Y軸滾動條可以讓熒光強度曲線沿X、Y軸放大或縮小。把鼠標移到某一個樣品孔對應的曲線上，該曲線將變粗，同時也會顯示相應的C(T)值。用鼠標在樣品板窗口或者是Graphed Samples列表上選擇某一個樣品孔也同樣可以使相應的曲線變粗。 調(diào)整數(shù)據(jù)分析選項。在數(shù)據(jù)窗口中，您可以對以下數(shù)據(jù)分析選項進行調(diào)整： 扣除空白對照 如果選擇該項，則將從樣品孔（紅色）

28、和標準樣品孔（綠色）中測得的熒光值減去空白對照孔（藍色）測得的熒光值。 扣除本底信號 如果選擇該項，本底信號，即絕對熒光值將會從每個樣品孔所測得的熒光值中扣除。這個值是根據(jù)每個樣品孔測得的信號計算而來，因此各孔之間存在差異。以下為定義樣品孔本底信號的不同方法：循環(huán)范圍內(nèi)的最小值（此時的本底信號定義為在Cycle range框內(nèi)所指定的循環(huán)范圍內(nèi)測得的最小熒光值）；循環(huán)范圍內(nèi)的平均值（此時的本底信號定義為在Cycle range框內(nèi)所指定的循環(huán)范圍內(nèi)測得的平均熒光值）；整體最小值（此時的本底信號定義為樣品孔中測得的最小熒光值，該值設為零）。 閾值 該選項用于定義用于計算起始模板量時的C(T)線

29、調(diào)整C(t)線。在Data窗口中C(t)線是一條水平的虛線。您可以用閾值選項來調(diào)整C(t)線的位置，也可以拖動C(t)線到合適的位置。在扣除本底信號得到的數(shù)據(jù)圖中，C(t)與熒光曲線相交于一點，該點信號超過背景噪音且開始上升。如果數(shù)據(jù)窗口還沒有出現(xiàn)C(t)線，那么您可以在閾值選項中選擇手工設置選項，并在C(t)參數(shù)選擇框并輸入小于Y軸顯示最大熒光值，然后單擊并拖動C(t)線到合適的位置。 設置C(t)線時的選項。您可以通過以下兩種方法設置C(t)線。設定C(t)線時最好要同時考慮到數(shù)據(jù)和標準窗口。拖動C(t)線，使所有的定量標準都盡可能位于一條標準曲線上，此時C(t)線即位于其最佳位置。 手工

30、設置 C(t)線可以通過輸入熒光強度的閾值（0-10之間）來手工設置，或拖動C(t)線到合適的位置。 循環(huán)范圍內(nèi)的標準偏差 C(t)線可以通過平均值的標準偏差倍數(shù)來自動設定，而循環(huán)范圍及倍數(shù)均可以由用戶來指定。 3) 標準窗口 您可以通過單擊Stabdard選項卡以查看標準窗口。標準曲線是一條以C(t)值為X軸， Log（初始拷貝數(shù)）為Y軸的曲線。如果選中Color 1，那么染料1的標準數(shù)據(jù)會在Standard窗口中顯示；如果選中Color2，那么染料2的標準數(shù)據(jù)會在Standard窗口中顯示；如果選中Both Colors選項，那么在Color框中選擇的染料會以“”標識，其標準曲線為實線，而

31、另一種染料則以“”標識，其標準曲線為虛線。 此時描述這一標準曲線的方程是y=mx+b，m是斜率，b 是y軸的截距。R2值是數(shù)據(jù)的變化與標準曲線之間的擬合度。R2值介于0與1之間，越接近1說明標準曲線的結(jié)果越好。R2=0.999說明標準曲線涵蓋了99.9的數(shù)據(jù)變化。如果在Both Colors選項被選中時，您可以通過改變Color框中的染料以查看另一種染料的方程式和R2值。 您可以通過選擇Show selected wells選項以找到未知樣品位于標準曲線的位置。如果僅有其中一種染料的標準曲線顯示，那么此時的標準樣品就以黑點標識，而待測樣品以灰點標識。如果兩種染料的標準曲線同時顯示，Color框

32、選中的染料對應的待測樣品以灰園點標識，另一種染料對應的待測樣品以灰三角標識。 如果程序沒有自動顯示標準曲線，您需要檢查數(shù)據(jù)圖形窗口中的C(t)線是否設置恰當，定量標準設置窗口中的標準樣品是否已定義。 調(diào)整標準曲線。您可以通過刪除遠離標準曲線的點來調(diào)整標準曲線。把鼠標移到某一點上，該點隨之變大，單擊該點就可以在標準曲線中去除，隨即顏色也會變?yōu)榧t色，表示該點在標準曲線的計算中已被略去。 更改定量標準的值。如果在樣品板設置過程中，您不慎錯輸或漏輸定量標準值，在數(shù)據(jù)分析過程中您還可以進行重新編輯或輸入。需要注意的是僅有樣品孔和空白對照孔可以被重新指定為標準。首先，在工具欄中單擊Master按鈕，然后在

33、Plate Setup選項中選擇Edit選項對定量標準進行編輯。單擊OK返回Master界面，然后選擇工具欄中的Quantitation命令對數(shù)據(jù)進行重新分析。 4) 定量計算 您可以通過單擊Quantity Calculations選項卡以查看定量計算窗口。定量計算表包括以下內(nèi)容：樣品孔的編號，相應的染料，樣品孔的類型，樣品孔的描述，C(t)值及相應的起始模板數(shù)。您也可以通過選定Show selected wells選項以查看您在樣品板窗口中選定的樣品孔的定量結(jié)果，或者選定Show all wells查看所有樣品孔的定量結(jié)果。單擊Copy to Clipboard按鈕可以將定量結(jié)果粘貼到Wo

34、rd或Excel文件中。 5) 輸出和打印數(shù)據(jù) Opticon Monitor軟件可將熒光分析結(jié)果輸出為Excel文件。從Files菜單中選擇Export data，然后采用合適的數(shù)據(jù)格式(well格式 / plate格式)，選擇plate格式數(shù)據(jù)將會按樣品板格式排列，選擇well格式數(shù)據(jù)將按樣品孔的編號順序排列。 軟件錯誤信息的原因及解決 錯誤信息 原因 解決辦法 There is no instrument present. 1、儀器沒有打開。打開儀器，重新啟動Opticon Monitor軟件。 2、儀器沒有連接到計算機。 請儀器連接到計算機上，并重新啟動Opticon Monitor軟

35、件。 3、連接線接到了錯誤的端口。 將連接電纜插到計算機的com2端口上，并重新啟動Opticon Monitor軟件。 4、儀器門沒有關上。關上儀器門，并重新啟動Opticon Monitor軟件。 5、Opticon Monitor軟件在儀器打開之前啟動了。 待儀器啟動之后，再重新啟動Opticon Monitor軟件。 There was an error initializing the port; you wont be able to access the instrument. Opticon Monitor軟件不能初始化連接端口。 重新啟動Opticon Monitor軟件。如

36、果錯誤仍然存在，重新啟動計算機后，再重新啟動Opticon Monitor軟件。如果問題仍不能解決，請與MJ Research公司聯(lián)系。 CW3 isnt installed; you wont be able to access the instrument. 數(shù)據(jù)收集組件沒有正確啟動。 卸載并重新安裝Opticon Monitor軟件。如果問題仍不能解決，請與MJ Research公司聯(lián)系。 Failed to properly set testmode. 儀器太忙，無法與Opticon Monitor軟件聯(lián)系。 重新啟動Opticon Monitor軟件。如果問題仍不能解決，請與MJ R

37、esearch公司聯(lián)系。 Serial Port failed to open properly. 儀器不能通過連接端口進行聯(lián)系。 退出Opticon Monitor軟件，關閉并重新打開Opticon單元，一分鐘后重新啟動Opticon Monitor軟件。如果問題依然存在，關閉并重新啟動計算機，然后重新啟動Opticon Monitor軟件。如果問題還不能解決，請與MJ Research公司聯(lián)系。 The instrument is initializing. Please wait. 當請Opticon Monitor軟件與儀器聯(lián)系時，儀器正在忙。這一般出現(xiàn)在儀器剛啟動時。 等到儀器啟動。

38、如果問題仍然存在，重新啟動Opticon Monitor軟件。 Opticon Monitor seems to have crashed during a protocol run. Do you want to attempt to recover the data? If you say no, it will be deleted. 儀器運行期間，Opticon Monitor軟件中斷。 選擇Yes恢復收集到的數(shù)據(jù)或No來刪除運行得到的數(shù)據(jù)。 Unable to delete director C: program files Opticon monitor Data Recovery

39、 , Please delete it by hand and restart Opticon Monitor. Opticon Monitor軟件檢測到一次軟件中斷，并試圖保存文件數(shù)據(jù)，但需要刪除C:program files Opticon monitor Data Recovery 這個目錄，但卻不能刪除。 手工刪除C: program files Opticon monitor Data Recovery 這個目錄。 The thermocycler is running a protocol. Do you want to stop it? If you say no. Optico

40、n Monitor will not allow you to access the instrument. 最后一次運行期間，Opticon Monitor軟件中斷，只剩下儀器在運行。點擊Yes，停止熱循環(huán)儀。 Run: you cant start a run without an attached instrument. 使用者試圖開始運行，但Opticon Monitor軟件沒有檢測到儀器。 打開儀器，重新啟動Opticon Monitor軟件。 You cant calibrate the software without an instrument present. 使用者試圖校正

41、儀器，但Opticon Monitor軟件沒有檢測到儀器。 打開儀器，重新啟動Opticon Monitor軟件。 The door is open; please shut it and try again. 儀器門開著，使用者試圖開始次運行或程序需要讀板。 關上儀器門并按下藍色手柄。 Please review the current experiment setup and hit run to execute. 使用者在不是處于主文件窗口時點擊了Run 按鈕。 打開并瀏覽一個主文件，然后點擊Run按鈕。 You must stop the current run before you can exit Opticon Monitor. 當一個程序正在運行時，你試圖退出Opticon Monitor軟件。 要么繼續(xù)運行，要么點擊Stop按鈕，然后退出Opticon Monitor軟件。 You are missing a protocol/plate/option file. Please return to the protocol/plate/option screen and