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文檔簡(jiǎn)介
1、ChemDraw是一個(gè)化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖軟件,它是美國(guó)CambridgeSoft公司開(kāi)發(fā)的化學(xué)軟件ChemOffice系列產(chǎn)品中一個(gè)重要成員(還有Chem3D和ChemFinder等)。目前最新版本是chemoffice2010。ChemDraw可以繪制和編輯化學(xué)結(jié)構(gòu)圖,識(shí)別和顯示立體結(jié)構(gòu),將結(jié)構(gòu)名稱進(jìn)行轉(zhuǎn)換,包含NMR數(shù)據(jù)庫(kù),能與Excel集成的功能。我們這里只講繪制和編輯化學(xué)結(jié)構(gòu)功能。繪制化學(xué)圖形的軟件還有Chemwin和Chemsketch軟件。4.1 ChemDraw8.0軟件界面結(jié)構(gòu)和默認(rèn)設(shè)置的變化包括文件窗口(菜單欄,工具欄,滾動(dòng)欄,編輯區(qū)等)和圖形工具板兩大結(jié)構(gòu)。圖4-1 Chemdr
2、aw8.0 界面結(jié)構(gòu)及各種子工具板4.1.1 圖形工具板圖形工具板含有所有能夠在文件窗口繪制結(jié)構(gòu)圖形的工具,選擇了這些工具的圖標(biāo)后,光標(biāo)將隨之改變成相應(yīng)的工具形狀,并在光標(biāo)的右下方會(huì)出現(xiàn)該工具的名稱。選擇工具板時(shí),一次只能選一個(gè)。在圖標(biāo)右下角有小黑三角的工具圖標(biāo)里,含有進(jìn)一步的子工具圖標(biāo)板。用鼠標(biāo)按下含三角的圖標(biāo)(不松開(kāi)),子工具板將顯示出來(lái)。各工具的圖標(biāo)及作用如下:選擇工具:包括蓬罩工具和套索工具。蓬罩工具是以方形框罩住目標(biāo),套索具有隨意性。套住目標(biāo)后,可以進(jìn)行編輯。結(jié)構(gòu)透視工具:選擇該工具可以實(shí)現(xiàn)旋轉(zhuǎn)分子結(jié)構(gòu)。只能繞X軸或Y軸旋轉(zhuǎn),旋轉(zhuǎn)時(shí)有角度顯示。基團(tuán)分割工具:通過(guò)畫(huà)線的方法將鍵斷開(kāi),并
3、在斷開(kāi)的兩部分顯示勢(shì)能。如圖4-2所示圖4-2 基團(tuán)分割鍵工具:包括實(shí)鍵,多鍵,虛鍵,切割鍵,切割楔鍵,黑體鍵,黑體楔鍵,空心楔鍵,波浪鍵。其中多鍵里邊又有子工具圖板(見(jiàn)圖4-1)。用工具鍵可以繪制各種化學(xué)鍵。環(huán)工具:包括從環(huán)丙烷環(huán)到環(huán)辛烷環(huán),以及環(huán)己烷凳環(huán),環(huán)戊二烯,和苯環(huán)??焖倮L制常用的環(huán)結(jié)構(gòu)。橡皮工具:擦去無(wú)用的線條,結(jié)構(gòu)等文本工具:建立原子標(biāo)記和說(shuō)明筆工具:繪制隨意類(lèi)型的圖,例如常規(guī)鍵和軌道等。箭頭:繪制各類(lèi)箭頭。含有箭頭工具箱見(jiàn)圖4-1軌道工具:繪制軌道。含有軌道工具箱見(jiàn)圖4-1基元工具:繪制反應(yīng)過(guò)程中常見(jiàn)符號(hào),含有基元工具箱見(jiàn)圖4-1括號(hào)工具:繪制各種括號(hào),有括號(hào)工具箱見(jiàn)圖4-1符
4、號(hào)工具:繪制特殊化學(xué)符號(hào),含有符號(hào)工具箱見(jiàn)圖4-1交替基團(tuán):在ChemDraw Pro中,此工具用來(lái)建立交替基團(tuán)(R,G等),它們代表一組物質(zhì)。PLC(薄板層析)圖版:能容易的將薄板層析圖版繪制出來(lái)。模板工具:繪制模板庫(kù)中存儲(chǔ)的圖形,含有模板圖形目類(lèi)共17項(xiàng),每一項(xiàng)有很多模板圖,見(jiàn)圖4-3。無(wú)環(huán)鏈工具:快速繪制任意長(zhǎng)度鏈。表工具:插入表格。圖4-3 模板工具及其子模板圖4.1.2 默認(rèn)設(shè)置的改變?cè)贔ile菜單的下拉菜單的Document settings(文件設(shè)置)命令來(lái)設(shè)置一些默認(rèn)設(shè)置,見(jiàn)圖4-4。圖4-4 文件設(shè)置界面1: Layout(版面設(shè)計(jì))(略) 2: Footer(頁(yè)腳)(略)3
5、: Drawing(繪制):Chain Angle(鍵角):定義無(wú)環(huán)鏈的鍵角??稍?179o間變化。Bond Spacing(鍵間距):變換雙鍵和三鍵的線之間的距離。此距離是鍵長(zhǎng)的某個(gè)百分比。Fixed Length(固定長(zhǎng)度):當(dāng)設(shè)置了(Object)目標(biāo)中的Fixed Length命令(命令旁邊有對(duì)號(hào)時(shí)),該命令就限制了所繪制的鍵長(zhǎng)。Bold Width(黑體寬度):當(dāng)繪制黑體鍵和楔鍵時(shí),可以改變所用線條的寬度。Line Width(線寬):變化繪制中所有鍵,線和箭頭的寬度。Margin Width(邊緣寬度):變化除鍵與原子接觸部分外的所有原子周?chē)目臻g量。另一功能是確定圍繞交叉鍵前面鍵
6、的白色空間的寬度。Line Width(線寬):變化繪制中所有鍵,線和箭頭的寬度。Margin Width(邊緣寬度):變化除鍵與原子接觸部分外的所有原子周?chē)目臻g量。另一功能是確定圍繞交叉鍵前面鍵的白色空間的寬度。Hash Spacing(切割線間距):變化切割楔鍵,切割鍵,虛鍵或虛曲線的線段之間的間距。上面各參數(shù)改變后的效果見(jiàn)圖4-5。圖4-5各參數(shù)改變效果圖4: Caption(說(shuō)明文本設(shè)置):可以設(shè)置字體,字形,字號(hào),對(duì)齊方式,上下角標(biāo)等。5: Atom Lables(原子標(biāo)記設(shè)置):基本同文本;原子標(biāo)記和文本的格式設(shè)置也可以通過(guò)文本工具迅速實(shí)現(xiàn)。6: colors(顏色):可以添加,
7、移動(dòng),或變化默認(rèn)的前景和背景顏色,同時(shí)可以設(shè)置其他顏色。也可以同顏色工具迅速設(shè)置。4.1.3 一些基本操作1: 繪制任意結(jié)構(gòu)通用方法是:選擇需要的工具,在文件窗口適當(dāng)位置單擊即可。這時(shí)繪出的結(jié)構(gòu)圖形形狀為系統(tǒng)默認(rèn)的形狀。要繪制不同方向的圖形,如不同方向的鍵等,應(yīng)在點(diǎn)擊后不放鼠標(biāo),向需要的方向拖動(dòng)鼠標(biāo)即可?;蛐D(zhuǎn)鼠標(biāo),圖形也跟著轉(zhuǎn)動(dòng),直到合適的位置為止。2: 選擇圖形1): 用選擇工具蓬罩工具和套索工具:蓬罩工具是以方形框罩住目標(biāo),方法為將光標(biāo)放在需要選擇的結(jié)構(gòu)的左上方,按住鼠標(biāo)左鍵向右下方拖拉直到需要選擇的結(jié)構(gòu)被框在選擇區(qū)域內(nèi),放開(kāi)鼠標(biāo)左鍵即可,這樣被套在矩形框內(nèi)的所以結(jié)構(gòu)都被選中,如圖4-5
8、中左圖環(huán)辛烷和環(huán)戊烷部分結(jié)構(gòu)也被選中,被選中的結(jié)構(gòu)變成虛線并不斷閃爍。套索具有隨意性,用鼠標(biāo)左鍵畫(huà)曲線將需要選擇的結(jié)構(gòu)圈進(jìn)放開(kāi)左鍵即可,如圖4-6右圖,該方法可以準(zhǔn)確選擇結(jié)構(gòu)。 圖4-6 選擇工具選擇方式2): 添加或取消選擇:在部分已選擇的結(jié)構(gòu)中,按住Shift鍵并在需要添加或取消的位置單擊,則該點(diǎn)被選中或被取消,未定位部分雖在選擇框內(nèi),但仍沒(méi)有被選擇,見(jiàn)圖4-7。圖4-7 取消選擇后效果3: 移動(dòng),復(fù)制圖形1): 一般移動(dòng)或復(fù)制:移動(dòng):選擇圖形,用鼠標(biāo)左鍵按住被選結(jié)構(gòu),移動(dòng)到需要位置放開(kāi)即可。復(fù)制:選擇圖形,按住Ctrl鍵被選結(jié)構(gòu),移動(dòng)到需要位置放開(kāi)即可。2): 移動(dòng)或復(fù)制在水平或豎直方向
9、水平或垂直方向移動(dòng):選擇圖形,按住Shift鍵被選結(jié)構(gòu),移動(dòng)到需要位置放開(kāi)即可。水平或垂直方向復(fù)制:選擇圖形,按住Shift鍵Ctrl鍵被選結(jié)構(gòu),移動(dòng)到需要位置放開(kāi)即可。4: 刪除圖形選擇橡皮工具,在要?jiǎng)h除的圖形上點(diǎn)擊即可,這種方式一次只能刪除一個(gè)單個(gè)的圖形,但是可以實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的對(duì)細(xì)節(jié)進(jìn)行刪除。或是先用選擇工具選擇要?jiǎng)h除的圖形,再按Delete鍵或Edit菜單中的Clear命令即可,這樣可以迅速刪除多個(gè)圖形。5: 旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)(XY平面旋轉(zhuǎn))1): 一般旋轉(zhuǎn)用選擇工具選擇要旋轉(zhuǎn)的結(jié)構(gòu),將光標(biāo)移動(dòng)到右上角黑點(diǎn)區(qū)域,會(huì)出現(xiàn)旋轉(zhuǎn)柄(一雙向曲箭頭),沿順時(shí)針或逆時(shí)針?lè)较蚶D(zhuǎn)柄即可,旋轉(zhuǎn)的過(guò)程中會(huì)出現(xiàn)旋轉(zhuǎn)的
10、角度。這種方式可以實(shí)現(xiàn)快速旋轉(zhuǎn),但是旋轉(zhuǎn)角度不好準(zhǔn)確控制。2): 被選結(jié)構(gòu)按指定角度旋轉(zhuǎn)用選擇工具選擇要旋轉(zhuǎn)的結(jié)構(gòu),從Object菜單選擇Rotate下拉菜單,或雙擊旋轉(zhuǎn)柄,出現(xiàn)旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)對(duì)話框,輸入要旋轉(zhuǎn)的角度,單擊Rotate按鈕即可,見(jiàn)圖4-8。圖4-8 旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)對(duì)話框3): 重復(fù)旋轉(zhuǎn)完成一項(xiàng)旋轉(zhuǎn)后,若要對(duì)其他結(jié)構(gòu)進(jìn)行完全相同角度的旋轉(zhuǎn),可以用選擇工具選擇要旋轉(zhuǎn)的結(jié)構(gòu),從Edit菜單中,選擇Repeat Rotate命令即可。 6: 調(diào)整結(jié)構(gòu)尺寸1): 一般調(diào)整(與整體成比例調(diào)整)選擇要調(diào)整尺寸的結(jié)構(gòu)。將光標(biāo)移動(dòng)到右下角黑點(diǎn)區(qū)域,出現(xiàn)尺寸調(diào)節(jié)柄(右下角雙向直箭頭),按住該箭頭伸縮即可,伸縮
11、時(shí)會(huì)顯示尺寸比例變化。2): 拉曲被選結(jié)構(gòu)沿水平或垂直方向拉曲一個(gè)結(jié)構(gòu)的方法:選擇要拉曲的結(jié)構(gòu),同時(shí)按住Shift鍵尺寸調(diào)節(jié)柄(光標(biāo)變成十字雙箭頭),可以沿水平或垂直方向拉長(zhǎng)或縮短結(jié)構(gòu)。3): 按指定大小變化結(jié)構(gòu)大小選擇要調(diào)整尺寸的結(jié)構(gòu)。從Object菜單中選擇Scale子菜單命令,或雙擊尺寸調(diào)節(jié)柄,出現(xiàn)一對(duì)話框,見(jiàn)圖4-9,輸入需要鍵大小或縮小放大比例,按Scale按鈕即可。圖4-9 尺寸調(diào)節(jié)對(duì)話框7: 連接結(jié)構(gòu)將兩個(gè)要連接的結(jié)構(gòu)如圖4-10中的苯和丙烷靠近,要連接的兩個(gè)鍵或原子幾乎重疊,用選擇工具選擇要連接的兩個(gè)結(jié)構(gòu),從Object菜單中,選下拉菜單Join命令即可。圖4-10 結(jié)構(gòu)連接實(shí)
12、例8: 調(diào)整結(jié)構(gòu)布局1): 均勻分布結(jié)構(gòu)Object菜單的Distribute下拉菜單中有兩個(gè)實(shí)用的分布命令,選擇其中一個(gè)可以水平(Horizontally)或垂直(Vertically)等距離地分布物體。方法如下:選擇要分布的結(jié)構(gòu)圖形,從Object菜單的Distribute子菜單中,選擇Vertically或Horizontally。此時(shí)結(jié)構(gòu)圖形之間的距離分布相等。結(jié)構(gòu)圖形中最右和最左邊(或者最上和最下)的位置保持不變,見(jiàn)圖4-11。圖4-11 均勻分布結(jié)構(gòu)2): 對(duì)齊結(jié)構(gòu)Object菜單中的Align下拉菜單中有幾個(gè)可用的對(duì)齊命令,選擇其中一個(gè)可使結(jié)構(gòu)圖形彼此相互對(duì)齊。方法如下:用選擇工
13、具選擇要對(duì)齊的兩個(gè)或更多結(jié)構(gòu)圖形。從Align子菜單中,選擇一個(gè)對(duì)齊命令,例如Left Edges,如圖4-12。圖4-12 結(jié)構(gòu)左對(duì)齊操作實(shí)例要使一行有多個(gè)結(jié)構(gòu)的不同行對(duì)齊,先對(duì)每行進(jìn)行水平對(duì)齊,均勻分布操作,然后分別選中每行所有結(jié)構(gòu),點(diǎn)擊Object菜單中的Group命令將每行結(jié)構(gòu)分別組合為不同組組,然后再將要左對(duì)齊的所有行選中,進(jìn)行左對(duì)齊操作,如果不先組合為組,則每行中所有結(jié)構(gòu)都移動(dòng)左邊對(duì)齊,見(jiàn)圖4-13。圖4-13 一行多結(jié)構(gòu)中的行左對(duì)齊4.2 化學(xué)結(jié)構(gòu)的繪制4.2.1 單鍵工具1: 繪制實(shí)鍵選擇鍵工具,在文件窗口單擊鼠標(biāo)即可,這樣得到的鍵的方向是內(nèi)部默認(rèn)的;也可以按住鼠標(biāo)左鍵按需要的
14、方向拖動(dòng),得到需要方向的鍵。一般鍵要與原子相接,當(dāng)光標(biāo)點(diǎn)到原子的位置時(shí),光標(biāo)將變?yōu)檫x擇塊,見(jiàn)4-14圖右圖右上方出現(xiàn)的方框,這時(shí)可以繪制鍵。圖4-14 選擇塊示意圖楔鍵點(diǎn)擊的結(jié)果是從楔鍵窄面點(diǎn)動(dòng)到寬面點(diǎn)。2: 改變默認(rèn)鍵長(zhǎng)和鍵角單擊菜單File|Document settings進(jìn)入文件設(shè)置對(duì)話框,在Drawing選項(xiàng)卡內(nèi)的Fixed Length/Chain angle文本框內(nèi)進(jìn)行設(shè)置。3: 繪制無(wú)限制的鍵選單鍵工具,按住ALT鍵,拖動(dòng)鼠標(biāo)左鍵至需要的位置。4.2.2 多重鍵最直接的方法是:選多鍵工具,在子工具箱中選擇需要的多鍵形式,單擊即可,同樣這樣得到的鍵方向也是默認(rèn)的,要得到特定方向的
15、鍵方法同實(shí)鍵的繪制。還有別的繪制方式:1: 繪制雙鍵選需要的單鍵,先繪制一條單鍵,再將光標(biāo)移到鍵中間位置,這時(shí)光標(biāo)變?yōu)檫x擇塊,再單擊即可繪制出雙鍵?;蛘邚睦L制出的單鍵一端(將光標(biāo)放在單鍵的左邊,光標(biāo)變成選擇塊后,即狀態(tài))拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一端也可得到雙鍵。2: 繪制雙抉擇鍵先繪制一條雙鍵,然后選擇波浪鍵工具,用鼠標(biāo)在雙鍵中心單擊。3: 繪制三鍵先繪制一條雙鍵,從繪制出的鍵一端拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一端可得到三鍵,方法同拖拉繪制雙鍵。4.2.3 環(huán)工具1: 繪制環(huán)結(jié)構(gòu)選擇需要的環(huán)結(jié)構(gòu)工具,單擊即可,這時(shí)繪制的環(huán)形狀于工具中相同,若要不同方向的環(huán),可以在點(diǎn)擊同時(shí)繞鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)環(huán),轉(zhuǎn)至需要的方向。繪制出一個(gè)環(huán)后,可以在
16、基礎(chǔ)上合并(將光標(biāo)移到一個(gè)鍵的中點(diǎn),點(diǎn)擊即可)或連接另一個(gè)環(huán)(將光標(biāo)移到一個(gè)原子上,即環(huán)角上,點(diǎn)擊即可),也可以連接無(wú)環(huán)鏈:選無(wú)環(huán)鏈工具,在環(huán)的原子上點(diǎn)擊。如下圖:2: 繪制不定域共軛環(huán)除了環(huán)己烷凳環(huán),任何一個(gè)環(huán)工具都可繪制成不定域共軛環(huán)形式方法:選一個(gè)環(huán)工具,按下Ctrl鍵,然后點(diǎn)擊即可。一個(gè)不定域共軛圈出現(xiàn)在環(huán)中間。如圖4-15右圖。圖4-15 苯三種結(jié)構(gòu)繪制方法3: 環(huán)戊二烯環(huán)和苯環(huán)工具在環(huán)戊二烯環(huán)和苯環(huán)中的雙鍵可繪制成任意兩個(gè)方向之一,直接用環(huán)工具可繪制于工具相同方向的雙鍵,要畫(huà)另一方向的環(huán),可以用Shift+環(huán)工具單擊即可。如圖4-15中圖。4.2.4 無(wú)環(huán)鏈1: 繪制方法:選無(wú)環(huán)鏈
17、工具,在窗口點(diǎn)擊,則出現(xiàn)一增加鏈對(duì)話框,輸入鏈的碳原子個(gè)數(shù),點(diǎn)Add按鈕即可,見(jiàn)圖4-16;或者選擇工具后,沿希望方向拖按即可,最后鏈上顯示的數(shù)字是鏈的碳原子個(gè)數(shù)。圖4-16 增加鏈對(duì)話框2: 鏈角在無(wú)環(huán)鏈中,所有的鍵角是相等的,大小可由前面設(shè)置鍵角方法來(lái)改變。4.2.5 編輯鍵1: 變化單鍵的類(lèi)型選擇需要的鍵工具,把鼠標(biāo)放在要編輯鍵的中間,點(diǎn)擊即可。例如要將實(shí)鍵變成虛鍵,則點(diǎn)虛鍵工具,把光標(biāo)放在實(shí)鍵中間變成形式,然后單擊即可變成虛鍵。2: 變化雙鍵的類(lèi)型雙鍵有四種類(lèi)型。變化法:選擇黑體鍵,虛鍵或?qū)嶆I工具,把鼠標(biāo)放在要編輯雙鍵的中間,點(diǎn)擊即可。例如要將雙實(shí)鍵變成虛實(shí)雙鍵,則點(diǎn)虛鍵工具,把光標(biāo)放
18、在雙實(shí)鍵中間變成形式,然后單擊即可變成虛實(shí)雙鍵。3: 楔鍵和配鍵,雙鍵線的定位當(dāng)繪制或變化一個(gè)鍵到楔鍵和配鍵時(shí),要考慮鍵的合適方向和位置。而雙鍵中表示鍵的線有三種相互定位關(guān)系:上,中,下若定位方向相反,只需把鼠標(biāo)放在鍵的中間,點(diǎn)擊即可改變鍵的方向。4: 移動(dòng)原子選擇套索工具,或用鍵工具,并按住Shift鍵,用鼠標(biāo)指向要移動(dòng)的原子,此時(shí)原子上出現(xiàn)選擇塊,用鼠標(biāo)即可把原子移動(dòng)。這是鍵不和原子接觸地連在一起的情況。選中圖4-17左圖中OH原子或H原子,就可用鼠標(biāo)移動(dòng),圖4-17中圖是移動(dòng)的結(jié)果。當(dāng)要移動(dòng)的原子與別的鍵連接時(shí),則與之連接的鍵都發(fā)生移動(dòng),如圖4-17右圖就是移動(dòng)與COOH連接的C原子的結(jié)
19、果。 圖4-17 移動(dòng)原子示例如果把移動(dòng)中的原子放在鄰近的原子上,那么兩原子間的鍵將消失。這可以方便的改變環(huán)的元數(shù)。5: 鍵的前后交叉交叉鍵的前后移動(dòng):選選擇工具,然后將鼠標(biāo)放在要改變位置的鍵上來(lái)選中該鍵,然后點(diǎn)擊Object菜單中的Bring to Front或Bring to Back下來(lái)菜單命令實(shí)現(xiàn)鍵的前后位置的改變,見(jiàn)圖4-18。圖4-18 鍵前后位置變化4.3 文本說(shuō)明和原子標(biāo)記在ChemDraw中有兩種文本:說(shuō)明文本和原子標(biāo)記文本。說(shuō)明文本用來(lái)建立化學(xué)品的名稱、化學(xué)方程式、頁(yè)題目和在表中的信息。原子標(biāo)記文本用來(lái)確定原子和由化學(xué)符號(hào)及分子式確定的詳細(xì)結(jié)構(gòu)。4.3.1 說(shuō)明文本4.3.
20、1.1: 建立一個(gè)說(shuō)明文本:1) 在工具板上選擇文本工具2) 在文件窗口希望處單擊,此時(shí)含有光標(biāo)的說(shuō)明文本框出現(xiàn)3) 輸入文本說(shuō)明,文本框的寬度隨著說(shuō)明的輸入而自動(dòng)變化4) 另起一行,按回車(chē)鍵5) 在文本框外單擊,可以關(guān)閉現(xiàn)工作的文本框,而建立另外一個(gè)文本框。4.3.1.2: 編輯說(shuō)明文本1: 變化說(shuō)明文本的寬度選擇文本工具,在文本窗口單擊,或單擊要改變寬度的已經(jīng)存在的文本框,拖動(dòng)左邊的字號(hào)柄(一個(gè)黑色小方框)即可。2: 變化說(shuō)明文本的字體,字號(hào)和字形直接用樣式工具欄中的工具來(lái)編輯即可。ChemDraw 用標(biāo)準(zhǔn)方法設(shè)置了所有類(lèi)型的字體,包括希臘字母和其他常見(jiàn)的化學(xué)符號(hào)。輸入希臘字母的方法是在字
21、體選擇框的右方下拉小三角選中symbol字體,然后按相應(yīng)的字母鍵,即要輸入,先選擇文本工具,用鼠標(biāo)點(diǎn)擊要輸入的位置,然后在樣式工具欄中的字體選擇工具中選symbol字體后,按下A鍵,則顯示。圖4-19是希臘字母(symbol)與英文字母間的對(duì)應(yīng)關(guān)系:圖4-19 希臘字母(symbol)與英文字母間的對(duì)應(yīng)關(guān)系4.3.2 原子符號(hào)的標(biāo)記1: 標(biāo)記原子符號(hào)1) 選擇文本工具2) 在原子上定位(將光標(biāo)移動(dòng)到原子上),出現(xiàn)光標(biāo)塊3) 單擊原子,原子標(biāo)記塊出現(xiàn)4) 輸入原子符號(hào),輸入時(shí)注意系統(tǒng)默認(rèn)鍵和輸入的第一個(gè)原子相連。例如圖4-19中左圖是直接輸入HOCH2后的結(jié)果,由于系統(tǒng)認(rèn)為是和其中的H原子相連,
22、則不符合化學(xué)結(jié)構(gòu)常規(guī),于是原子標(biāo)記用紅色框標(biāo)示;可以輸入CH2OH,則結(jié)構(gòu)正確,見(jiàn)圖4-19中圖,或第一種方式輸入完后,選擇格式工具欄中居中工具則可以變成圖4-19右圖形式,則這種結(jié)構(gòu)也正確。圖4-19 原子標(biāo)記示例5) 按回車(chē)鍵關(guān)閉原子標(biāo)記框。也可以選擇用鍵或環(huán)工具在原子上定位,然后雙擊來(lái)標(biāo)記原子。原子數(shù)目自動(dòng)標(biāo)記在下角標(biāo),電荷符號(hào)(正負(fù)號(hào))自動(dòng)標(biāo)記在上角標(biāo),不用專門(mén)使用上下標(biāo)工具。在原子標(biāo)記框中,建立一新行的方法是按下AltEnter鍵。2: 標(biāo)記同位素1) 用文本或鍵工具雙擊打開(kāi)一個(gè)文本框2) 輸入一個(gè)同位素,例如13C選擇同位素質(zhì)量13(從右往左選)選上角標(biāo)工具,或通過(guò)點(diǎn)擊菜單“Tex
23、t”的下拉菜單“style”出現(xiàn)的子菜單中的superscript命令。3: 重復(fù)標(biāo)記原子符號(hào)1) 選擇文本工具2) 標(biāo)記一個(gè)原子3) 雙擊要標(biāo)記的原子重復(fù)已標(biāo)記的原子符號(hào)。4: 編輯原子標(biāo)記在已標(biāo)記的原子符號(hào)上用文本工具單擊或用鍵工具雙擊,則原子標(biāo)記文本框中的原子符號(hào)文本處于編輯狀態(tài),可以進(jìn)行更改等操作。5: 刪除已標(biāo)記的原子符號(hào)選擇橡皮工具,將光標(biāo)放在要?jiǎng)h除的原子符號(hào)上單擊鼠標(biāo)左鍵即可,或?qū)⒐鈽?biāo)放在要?jiǎng)h除的原子符號(hào)后(不單擊),按下空格鍵即可。4.4 繪制軌道和化學(xué)符號(hào)1: 各軌道的類(lèi)型見(jiàn)圖4-20。圖4-20 各種軌道及其名稱用s軌道還可以繪制結(jié)構(gòu)化學(xué)中的晶胞,如圖4-21示例:1)單擊
24、模板工具的子模板Polyhedra中的立體結(jié)構(gòu),在編輯區(qū)單擊,則得到一個(gè)小型立體結(jié)構(gòu),如左圖;然后對(duì)只進(jìn)行放大,并用實(shí)鍵工具和虛鍵工具匯出6條描述線,如中圖;單擊軌道工具中的s軌道,然后在相應(yīng)的位置單擊得到一個(gè)小球,并調(diào)節(jié)其大小,最后按住Ctrl將小球拖到其他位置,得到右圖。圖4-21 晶胞結(jié)構(gòu)繪制示例2: 化學(xué)符號(hào)工具如圖4-22:圖4-22 各種化學(xué)符號(hào)及其名稱4.5 繪制箭頭、弧及其他圖形本章節(jié)介紹可用來(lái)繪制不同圖形的工具:箭頭,弧形,基元和筆工具。箭頭,弧形,基元各有一個(gè)子工具箱。4.5.1: 箭頭箭頭工具用于指示電荷的傾向,鍵間的角度以及顯示反應(yīng)物向產(chǎn)物的轉(zhuǎn)化和表示配鍵等。1: 箭頭
25、類(lèi)型見(jiàn)圖4-1。2: 編輯箭頭延長(zhǎng),縮短或旋轉(zhuǎn)箭頭的方法:選擇箭頭工具,按住Shift鍵并用鼠標(biāo)指向繪制窗口的箭頭或箭尾部分,則出現(xiàn)選擇塊(箭頭頭部的方框),用鼠標(biāo)按動(dòng)選擇框,可進(jìn)行延長(zhǎng),縮短或旋轉(zhuǎn)操作。當(dāng)然也可以用4.1.3中介紹的方法。4.5.2 基元基元工具提供各種結(jié)構(gòu)圖形中的基本圖形元素。1: 繪制基元繪制方框,圓和橢圓,對(duì)括號(hào)等基元:選擇相應(yīng)的基元工具,在繪制窗口定位,從定位點(diǎn)沿對(duì)角線拖動(dòng),至達(dá)到所需位置為止。繪制單括號(hào)則是向下拖動(dòng)鼠標(biāo)。2: 編輯結(jié)構(gòu)單元方法同箭頭4.5.3 弧形工具 弧形工具用于繪制不同角度的實(shí)線弧和虛?。?0o,120o,180o,270o1: 繪制弧選擇相應(yīng)的
26、弧工具,在繪制窗口定位,從定位點(diǎn)沿所需方向拖動(dòng),至達(dá)到所需位置為止。2: 編輯弧方法同箭頭4.5.4 筆工具 筆工具用于繪制箭頭,軌道或基元工具箱的選項(xiàng)板未提供的圖形。1:單擊繪制折線圖用筆工具繪制的最簡(jiǎn)單的方法是在圖形輪廓上反復(fù)單擊:1) 選擇筆工具。2) 在繪制窗口定位于曲線開(kāi)始端,并單擊出一個(gè)端點(diǎn)。3) 移動(dòng)光標(biāo),再次定位并單擊得第二個(gè)點(diǎn),此時(shí)兩點(diǎn)被直線連上,繼續(xù)單擊直到得到所要的圖形。4) 圖形結(jié)束時(shí),可按Esc鍵或單擊另一個(gè)工具。這樣繪制出的圖形是折線圖。2: 按動(dòng)繪制曲線用筆工具繪制曲線的第二種方法是反復(fù)單擊和按動(dòng)建立曲線段:1) 選擇筆工具。2) 在繪制窗口定位于曲線開(kāi)始端,并單
27、擊出一個(gè)端點(diǎn),同時(shí)釋放鼠標(biāo)。3) 移動(dòng)光標(biāo)到另一個(gè)位置,再次定位單擊并按動(dòng),此時(shí)兩點(diǎn)被曲線連上,并出現(xiàn)了控制柄(由通過(guò)曲線后端點(diǎn)的切線方向虛直線和虛線兩端的小黑點(diǎn)組成見(jiàn)圖4-23),用光標(biāo)小手選中控制柄移動(dòng)(小手中間的十字消失),使曲線不斷變化。圖4-23 筆工具繪制曲線4) 繼續(xù)定位,單擊和按動(dòng),可得到第二段曲線,依次類(lèi)推,得到所要的曲線。5) 圖形結(jié)束時(shí),可按動(dòng)Esc鍵或單擊另一個(gè)工具。3: 編輯曲線1) 選擇筆工具2) 用光標(biāo)單擊曲線任意位置,原來(lái)繪制時(shí)的各條方向線及控制柄都重現(xiàn)。3) 選擇任意控制柄并按動(dòng),可對(duì)曲線進(jìn)行編輯:按動(dòng)曲線的端點(diǎn),可以改變?cè)瓉?lái)兩點(diǎn)的距離;按動(dòng)控制柄端點(diǎn),可以改
28、變?cè)瓉?lái)曲線的形狀和彎曲度。4: 添加一條線段1) 選擇筆工具,用光標(biāo)單擊曲線任意位置,原來(lái)繪制時(shí)的各條方向線及控制柄都重現(xiàn)。2) 按Alt鍵并單擊端點(diǎn),然后進(jìn)行添加線段或延長(zhǎng)現(xiàn)有曲線的繪制。3) 圖形結(jié)束時(shí),可按動(dòng)Esc鍵或單擊另一個(gè)工具。5: 刪除一條線段1) 選擇筆工具,用光標(biāo)單擊曲線任意位置,原來(lái)繪制時(shí)的各條方向線及控制柄都重現(xiàn)。2) 按住Alt+Shift鍵,并且把光標(biāo)放在要?jiǎng)h除曲線端點(diǎn)上,此時(shí)十字光標(biāo)變成空心方塊。3) 單擊端點(diǎn),可消除端點(diǎn)前一段曲線。6: 設(shè)置曲線的類(lèi)型用Curves菜單可以設(shè)置曲線的類(lèi)型見(jiàn)表4-1:表4-1 Curves下拉菜單說(shuō)明類(lèi)型描述類(lèi)型描述Plain普通實(shí)
29、線Arrow at start箭頭在線開(kāi)始端Dashed虛線Arrow at end箭頭在曲線末端Bold粗線Half arrow at start半箭頭在線開(kāi)始端Doubled雙線Half arrow at end半箭頭在曲線末端Filled填充曲線Shaded陰影曲線Close封閉曲線 4.6 高級(jí)繪制技巧4.6.1 用快捷鍵標(biāo)記原子1: 定位快捷鍵標(biāo)記原子用鍵工具或文字工具光標(biāo)放在原子處,此時(shí)出現(xiàn)選擇塊(圖中右方方框)。按快捷鍵如c鍵,CH2標(biāo)記將被添加到定位的原子處,如果標(biāo)記為單元素,那么相當(dāng)?shù)臍鋵⒆詣?dòng)出現(xiàn)。表4-2是ChemDraw中提供的常用快捷鍵定義,其他的可以在cditems目
30、錄中的hotkeys.txt文件中查到。表4-2 常用快捷鍵定義快捷鍵標(biāo)記原子快捷鍵標(biāo)記原子快捷鍵標(biāo)記原子快捷鍵標(biāo)記原子快捷鍵標(biāo)記原子aAdDiINNarRAAceEtkKoOsSbBrECOOCH3lClpPTOtscCfFmMePPhxXCClhHnNqQ1n-Bu2s-Bu3t-Bu4Ph5Ac6CH2OH2: 選擇快捷鍵變換原子若一次只變換一個(gè)原子,將光標(biāo)放在某原子上,按快捷鍵,將快捷變換成新標(biāo)記的原子。若要一次變換多個(gè)原子,且使用的快捷鍵相同,可以用選擇鍵將要標(biāo)定的所有原子選擇上,按快捷鍵即可,則被全部選擇的原子或關(guān)能團(tuán)將被標(biāo)記。如要將圖4-24中第一個(gè)結(jié)構(gòu)中所有原子改為右圖形式。圖
31、4-24 快速變換多個(gè)原子4.6.2 俗名的使用1: 在化學(xué)中,允許用俗名表示關(guān)能團(tuán),用于原子標(biāo)記或原子標(biāo)記的一部分。常用的俗名如;Me(甲基),Et(乙基),Ph(甲苯基)等,用默認(rèn)的快捷鍵“”號(hào)可以調(diào)出俗名對(duì)話框圖4-25,其中定義了很多俗名(必須把光標(biāo)放在要定義的原子上)。圖4-25 俗名對(duì)話框2: 使用俗名標(biāo)記原子用鍵工具雙擊原子或用文本工具單擊原子,此時(shí)出現(xiàn)一個(gè)文本框,輸入一個(gè)俗名標(biāo)記?;蛘邔⒐鈽?biāo)放在要標(biāo)記的原子位置,按快捷鍵“”,出現(xiàn)俗名列框(圖4-25),從中選擇一個(gè)俗名,單擊Ok即可。用俗名標(biāo)記的原子不能再加另外的鍵。4.6.3 多中心結(jié)構(gòu)1: 多中心鍵與多中心節(jié)點(diǎn)調(diào)整多中心連
32、接可以繪制絡(luò)合物結(jié)構(gòu),例如,二茂絡(luò)鐵(Cp)2Fe。繪制多中心結(jié)構(gòu)的基本步驟是:先繪制結(jié)構(gòu)的一個(gè)分支部分(絡(luò)合配體),通過(guò)選擇和復(fù)制,建立其他分支部分,然后用鍵從絡(luò)合配體的中心點(diǎn)(多中心節(jié)點(diǎn))連到中心原子上。由于用鍵連接的多中心節(jié)點(diǎn)不止一個(gè),所以把鍵稱之為多中心鍵。2: 多中心節(jié)點(diǎn)的建立選擇要定義多中心節(jié)點(diǎn)的結(jié)構(gòu)從Structure菜單中,選擇Add Multi-Center Attachment命令。此時(shí)結(jié)構(gòu)中心顯示一個(gè)星號(hào),表明它有一個(gè)中心節(jié)點(diǎn)。3: 多中心鍵的繪制選擇實(shí)鍵工具指向星號(hào),單擊或按動(dòng)建立一個(gè)鍵。在鍵的端點(diǎn)標(biāo)記一個(gè)鐵原子。4.6.4 不定連接結(jié)構(gòu)利用Structure菜單中的A
33、dd Variable Attachment命令,可以繪制保持化學(xué)組成相同而結(jié)構(gòu)不同的異構(gòu)體。如下圖中二溴基苯三個(gè)異構(gòu)體可以表示成右邊所示的父結(jié)構(gòu)。圖4-26繪制不定連接結(jié)構(gòu)1) 繪制一個(gè)不定連接結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)分支2) 用選擇工具選擇這個(gè)分支結(jié)構(gòu)3) 從Structure菜單中選擇Add Variable Attachment命令,此時(shí)一個(gè)星號(hào)出現(xiàn)在分支結(jié)構(gòu)的中心。此連接節(jié)點(diǎn)可以象對(duì)待普通鍵的端點(diǎn)一樣處理。4) 選擇實(shí)鍵工具5) 將光標(biāo)放在多連接點(diǎn)處,按動(dòng)Alt鍵拖出一個(gè)適當(dāng)長(zhǎng)度的鍵。4.6.5 顏色1: Color菜單Color菜單實(shí)際是一個(gè)選色板,用于給繪制窗口中的圖形結(jié)構(gòu)和文本著色。其中Fo
34、reground色彩是默認(rèn)的新繪制的結(jié)構(gòu)的顏色,Other色彩可用來(lái)給被選擇的圖形結(jié)構(gòu)改變顏色。用File菜單中的子菜單Document settings中的Colors對(duì)話框可以增加或者改變現(xiàn)有的顏色。改變一種顏色,將改變所有正在使用此顏色的圖形的顏色。2: 給圖形結(jié)構(gòu)或文本,原子符號(hào)著色用選擇工具選擇繪制窗口中要著色的部分,從Color菜單中或是工具欄中的顏色工具,選擇一種顏色即可。3: 改變調(diào)色板從File菜單中,選擇Document settings子菜單,出現(xiàn)文件設(shè)置對(duì)話框,再選擇其中的Colors選項(xiàng),變成圖4-17左邊圖的界面。 圖4-27 顏色菜單設(shè)置界面其中Backgroun
35、d Color選項(xiàng)用于填充活動(dòng)窗口中當(dāng)前文檔的背景。 Foreground Color是繪制新圖形結(jié)構(gòu)時(shí)的默認(rèn)顏色。 Other Color是Color菜單中提供的其他顏色,顏色的顯示順序與在Color菜單中的一致,用于改變選定的圖形結(jié)構(gòu)的顏色。 Set Color按鈕隨被選的顏色改變。例如,如果選擇了第五個(gè)Other Color,按鈕的名稱就變?yōu)镾et Other Color#5。當(dāng)選擇前景色或背景色時(shí),按鈕變?yōu)镾et Foreground Color或 Set Background Color。單擊要改變的顏色,顏色上出現(xiàn)一個(gè)選擇框,指示被選狀態(tài),此時(shí)Set Color按鈕的名稱變?yōu)橄鄳?yīng)顏
36、色的號(hào)數(shù)。單擊Set Color按鈕或雙擊這個(gè)顏色,顏色對(duì)話框出現(xiàn),見(jiàn)圖4-17右圖。在基本顏色區(qū)或自定義顏色區(qū)單擊一個(gè)顏色框,被選擇的顏色上出現(xiàn)一個(gè)加亮的邊框(被選狀態(tài))單擊確定按鈕即可。4: 顏色對(duì)話框顏色的建立和設(shè)置在顏色對(duì)話框中,單擊“規(guī)定自定義顏色”按鈕,顏色對(duì)話框展開(kāi)為顏色/純色對(duì)話框,見(jiàn)圖4-18圖4-28 顏色純色對(duì)話框通過(guò)改變顏色/純色對(duì)話框中紅綠藍(lán)后面的數(shù)字,或改變色調(diào),飽和度,亮度后面的數(shù)值來(lái)改變顏色組成。(或者單擊一種顏色,設(shè)置色調(diào)和飽和度。),得到希望的顏色后,單擊“添加到自定義顏色”按鈕把它加入到自定義顏色中。5: 給Color菜單增加顏色單擊Color菜單的下拉菜單Other,或單擊文本設(shè)置界面中的顏色,然后單擊其中的“New Color”按鈕,見(jiàn)圖4-17左圖,顏色對(duì)話框出現(xiàn)圖4-17右圖,單擊要增加的顏色或按以上步驟建立一種新的顏色,單擊確定即可。6: 刪除顏色在單擊圖4-17左圖中刪除的顏色。單擊Remove Color按鈕即可將該顏色從Other Colors列表中消失。4.7 化合物名稱和結(jié)構(gòu)式相互轉(zhuǎn)化Chemdraw8.0不但可以繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式,而且可以自動(dòng)依照IUPAC的標(biāo)準(zhǔn)對(duì)選定結(jié)構(gòu)命名;或者由給定的化合物名稱自動(dòng)繪制出相
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