DNAMAN使用說(shuō)明

1、序列分析軟件 DNAMAN 的使用方法簡(jiǎn)介DNAMAN是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強(qiáng)大，使用方便，已成為一種普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以 DNAMAN 5.2.9 Demo version 為例，簡(jiǎn)單介紹其使用方法。打開(kāi) DNAMAN ,可以看到如下界面:第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個(gè)常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：I在瀏覽器欄下方的工彳區(qū)左側(cè)，可見(jiàn) Channel工具條，DNAMAN 提供20個(gè)Channel,（如左所三，示：）點(diǎn)擊Channel工具條上相應(yīng)的數(shù)字，即可擊活相應(yīng)的Channel。每個(gè) Channel可以裝入一1 I左 個(gè)序列。將要

2、分析的序列（ DNA序列或氨基酸序列）放入 Channel中可以節(jié)約存取序列時(shí)間，, 口但5 加快分析速度。只需激活某個(gè)Channel,然后打開(kāi)一個(gè)序列文件，則打開(kāi)的序列自動(dòng)載入被激活的 Channel 中。本文以具體使用 DNAMAN的過(guò)程為例來(lái)說(shuō)明如何使用DNAMAN 分析序歹U。1 .將待分析序列裝入 ChannelChannel o （初始為（1）通過(guò) File Open命令打開(kāi)待分析序列文件，則打開(kāi)的序列自動(dòng)裝入默認(rèn)channel）可以通過(guò)激活不同的channel （例如：channel5）來(lái)改變序列裝入的 Channel。（2）通過(guò)Sequence/Load Sequence菜單的

3、子菜單打開(kāi)文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel。通過(guò)Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打開(kāi)一個(gè)對(duì)話框，通過(guò)此對(duì)話框可以設(shè)定序列的 性質(zhì)（DNA或蛋白質(zhì)），名稱(chēng)，要分析的片段等參數(shù)。2 .以不同形式顯示序列通過(guò) Sequence/Display Sequence命令打開(kāi)對(duì)話框，如下圖所示:根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉(zhuǎn)換形式。對(duì)話框選項(xiàng)說(shuō)明如下:Sequence &CompositionReverse Complement SequenceReverse SequenceComplement SequenceDou

4、ble Stranded SequenceRNA Sequence3. DNA序列的限制性酶切位點(diǎn)分析顯示序列和成分顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列顯示待分析序列的反向序列顯示待分析序列的互補(bǔ)序列顯示待分析序列的雙鏈序列顯示待分析序列的對(duì)應(yīng)RNA序列將待分析的序列裝入Channel,點(diǎn)擊要分析的Channel,然后通過(guò) Restriction/Analysis 命令打開(kāi)對(duì) 話框，如下所示:Kestrict ion AnalysisXBesulls|10 sites per line per linePl颯題網(wǎng)%！5值上也叫PJ選喀采皿障立”iErruiiriih，raiiEiihiniiiL與 口

5、為h的L看觸鬼?xiàng)l:見(jiàn)Show si tes on s.queueDrw restri ction mapDrw restriction pattisiteIgXkore eniymes with meIgnore enzymes with 1«Target DNACircuit匚AH 醵良i©.若電/場(chǎng)雙眺 嚨越戳.F dam metKyl&tionn dm methylation上步®） ）| 取消 幫助 |參數(shù)說(shuō)明如下：Results分析結(jié)果顯示其中包括：Show summary （顯示概要）Show sites on sequence （在結(jié)果中顯示

6、酶切位點(diǎn)）Draw restriction map （顯示限制性酶切圖）Draw restriction pattern （顯示限制性酶切模式圖）Ignore enzymes with more than （忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）Ignore enzymes with less than （忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）Target DNA （目標(biāo) DNA 特性）circular （環(huán)型 DNA ）, dam/dcm methylation （dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel （選擇此項(xiàng)，在 Sequence Channel中的所有序列將被分析

7、，如果選擇了 Draw restriction pattern,那么當(dāng)所有的 channel中共有兩條 DNA 時(shí)，則只能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DNA時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。選擇所需的項(xiàng)目，然后按提示操作點(diǎn)擊匕生”士按扭，出現(xiàn)下列對(duì)話框：參數(shù)說(shuō)明如下:Enzyme代表(enzyme data file ),點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng)，restrict.enz和dnamane.enz,如果添加過(guò)自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz數(shù)據(jù)文件包含180種限制酶，dnamane.enz數(shù)據(jù)文件包含 2524種限制酶。選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在

8、左邊的顯示框中列出(按酶名稱(chēng)字母表順序)，鼠標(biāo)雙擊酶名稱(chēng)，則對(duì)應(yīng)的酶被選中，在右邊空白框 中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶(例如puc18 multiple cloningsites),然后點(diǎn)擊21運(yùn)七按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框：輸入要保存酶列表的文件名，點(diǎn)擊 定的酶切0KI按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特位點(diǎn)。Cutter酶切識(shí)別序列長(zhǎng)度；End酶切產(chǎn)生的末端，其中包括，Blunt （平頭末端），5' Overhang（5'突出粘性末端），3' Overhang（復(fù)出粘性末端），系統(tǒng)根據(jù) cutter和end的設(shè)定情況，在左邊 酶列表中顯示符

9、合條件的酶。最后，點(diǎn)擊完成 按鈕執(zhí)行操作。4 . DNA 序列比對(duì)分析（Dot Matrix Comparision ）要比較兩個(gè)序列，可以使用 DNAMAN 提供的序列比對(duì)工具Dot Matrix Comparision（點(diǎn)矩陣比較）通過(guò)Sequense/Dot matrix comparision命令打開(kāi)比對(duì)界面，如下圖：點(diǎn)擊對(duì)比界面左上角的 L ?？谥?口£按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:參數(shù)說(shuō)明如下:Sequence type序列類(lèi)型Sequence 1參加比對(duì)的第一序列選擇框，框內(nèi)選項(xiàng)說(shuō)明如下：如果要比對(duì)的序列在ChannelI ,八、擊下拉箭頭，選擇相應(yīng)的Channel,則被選中的

10、 Channel中的序列作為參加比對(duì)的第一序列;也可以從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列，在 File選擇框上點(diǎn)擊即可。通過(guò) Length選擇參加比對(duì)的序 列片段。Sequence 2參加比對(duì)的第二序列選擇框；選項(xiàng)說(shuō)明同上Show Sequence選擇此項(xiàng)，當(dāng)同源性大于設(shè)定值時(shí)，將顯示同源性；（此功能未見(jiàn)）Annotations 是否顯示注釋Comparision比對(duì)參數(shù)，其中 Window 代表 Window size （單位比對(duì)長(zhǎng)度）， Mismatch代表 Mismatch size（單位比對(duì)長(zhǎng)度中許可的錯(cuò)配值）要快速比對(duì)，需將此項(xiàng)設(shè)為0。Both stran代表Both strand（雙鏈比

11、對(duì)）選擇此項(xiàng)，是指用 Sequence 2中的序列的正鏈和負(fù)鏈分別和Sequence 1比較。Sequence2正鏈與Sequence 1比較結(jié)果用黑色點(diǎn)表示，Sequence 2負(fù)鏈比對(duì)結(jié)果用紅色點(diǎn)表示。Plot box點(diǎn)陣圖表顯示參數(shù)，Position （起點(diǎn)坐標(biāo)） Width （寬度值）Height （高度值）Frame size（邊框線粗度值）Dot size （點(diǎn)粗度值）Gridline （虛線框數(shù)）。參數(shù)設(shè)定好后，點(diǎn)擊第I按鈕執(zhí)行操作。5 .序列同源性分析（1）兩序列同源性分析通過(guò) Sequence/Two Sequence Alignment命令打開(kāi)對(duì)話框，如下所示：參數(shù)說(shuō)明如下

12、:Alignment method 比對(duì)方法，通常可選Quick（快速比對(duì)）或Smith&Waterman（最佳比對(duì)），當(dāng)選擇快速比對(duì)時(shí)，設(shè)置較小的k-tuple值，可以提高精確度，當(dāng)序列較長(zhǎng)時(shí)，一般要設(shè)置較大的k-tuple值。（dna序列：k-tuple值可選范圍 26;蛋白質(zhì)序列：k-tuple值可選范圍1 3。其它參數(shù)說(shuō)明從略。（2）多序列同源性分析通過(guò)打開(kāi) Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打開(kāi)對(duì)話框，如下所示：Channel從channel中選擇參加比對(duì)的序列Dbase從數(shù)據(jù)庫(kù)中選擇參加比對(duì)的序列Remove清除選擇的序列（鼠標(biāo)點(diǎn)

13、擊左邊顯示框中的序列名選擇）Clear清除全部序列點(diǎn)擊下一步4）按鈕，出現(xiàn)方法選擇對(duì)話框:選擇其中一種方法，點(diǎn)擊EE亙同可按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:如果在前一對(duì)話框選擇的是Fast alignment,則在此對(duì)話框中選擇Quick alignment,否貝U選擇Default Farameters點(diǎn)擊產(chǎn)醫(yī)M可按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框:點(diǎn)擊對(duì)話框中間的D電正sluIt十 i，然后點(diǎn)擊一一逆一I執(zhí)行操作。結(jié)果如下所示:Dynamic alignment即可。其它參數(shù)不必改變，點(diǎn)擊對(duì)話框中間的 使其它參數(shù)取原始默認(rèn)值。理 U MAM AN |*HLi|iLiplE AbyiHiKiri.EWT1EL 5EQ

14、U pliDllfiOutputE11XPLI1 e式具ypi.民苴 E工工WLEM CddsctuusId11121 flKmer*Iditnllfv- GG.狹1117皿 11 1刪改 UI；,雷42g, ,旨 售 *0 . SSfilMdK：QQ S I¥ ：B EJ .雷 /：（.小-Qa .m r. I E uiSEB -"，F(xiàn)T88rBWBBijAA-jn.iLTBBr!S.jjtAGCA-AGCAC XGCA二身 Hom必R_Ty西:皓因等號(hào)官彘三0 J至0;JSIgaqpjHncip fplrltlign iprtn 田nan QMAhmHi 制 hnu 宣

15、rwkm-回兇 Q*in - Iff I xj1415Ih1? 怕1920Build.uvg k-bJLbjc 1«u frea hoalD7y iuixxlx. 544£ 1:2| -., t rv« daov,Tn Fn 匚bum*j CoxaBTid,"開(kāi)利 君I s國(guó)k 怙/二聲”-“中如.ChMTWl 3.LM日MMPLE3752fcpum r點(diǎn)擊左上角L9bU吧.按鈕，可以從彈出的對(duì)話框中選擇不同的結(jié)果顯示特性選項(xiàng)。點(diǎn)擊Options |按鈕下的| °呻山按鈕,出現(xiàn)下列選擇項(xiàng):Output ：Homology&Distanc

16、e MatricesHamology Tree Phylogenetic Treecc cq ccCGCCAGATGACCAGATG.CCAGATG.CGGCgGAAG0GAAGaag g cc aa ccagatgaProtein可以通過(guò)這些選項(xiàng)，繪制同源關(guān)系圖（例如 Tree/homology tree 命令）。顯示蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)（Secondary Structure 命令），繪制限制性酶切圖（ Restriction Analysis 命令）等。同源關(guān)系圖舉例如下：（Tree/Homology Tree命令）6 .PCR引物設(shè)計(jì)首先，將目標(biāo)DNA 片段裝入 Channel,并激活 Ch

17、annel。點(diǎn)擊主菜單欄中的Primer主菜單，出現(xiàn)下拉菜單，如下所示:DNAMAN - ewampleFile £dit: Sequence Restrictbn Primer Pro悔in database Info View Si IH 昌 F詢(xún)電電QSgo Database*Load Primerexample.dmpDesign P匚R PriFTier's for DMA2367Metirig Temperature 的 Y/i"斜印歸口防 £orriplementarity with 口電白 Two Primer Complementarit

18、yMrs&rimirra Analysis點(diǎn)擊 Design PCR Primers for DNA 命令，出現(xiàn)下列對(duì)話框:StE口 1 of 3： Primer liltrationFrlmer l ocal i ons on t肄tPrimer R Shortest primProduct si Cbp)toto1。叩口LengthTm C C)GC CS)IE J to21Sense primer from Antisense primer匚107358to45to62110T35sReject priiters3* Dimers (bp) )js |PloyN Ob&s

19、«)Kiirpin Stem (bp)3, Unique (base)3Cnc«iktrati OusPrimar |50Sait |50Frimer-Friiner ：All matches口Product for hybridyzatTm (" C)GC g fromtotoSalt (nil)憶口口 PlsyN (bawe) |b上一步“下f_喳 | 幫助 |參數(shù)說(shuō)明如下：Primer locations on target 弓 I 物定位其中包括下列選項(xiàng)：Product size （擴(kuò)增目的片段大?。㏒ense primer （正向引物選擇區(qū)）Antise

20、nse primer（反向引物選擇區(qū)）Primer引物特性 包才Length（引物長(zhǎng)度），Tm值，GC含量等參數(shù)；Reject primer引物過(guò)濾（將符合引物過(guò)濾條件的引物過(guò)濾掉）包括下列選項(xiàng)：3' dimer（"形成3'端自我互補(bǔ)的堿基數(shù)）Hairpin stem（可形成發(fā)卡頸環(huán)結(jié)構(gòu)的堿基數(shù)）PolyN（多聚堿基）3' Uique（湍嚴(yán)格配對(duì)堿基數(shù)）Primer-Primer（含義未知）All matches（弓I物互補(bǔ)配對(duì)百分?jǐn)?shù) ）Consentrations 濃度設(shè)定Product for hybridyzat （ion） PCR 產(chǎn)物用于 Southern Blot 探針雜交點(diǎn)擊|下一步篡習(xí)按鈕,出現(xiàn)下列對(duì)話框：.選擇需要的選項(xiàng)，點(diǎn)擊I下一步® >1按鈕,出現(xiàn):x7 pairs Order Positio C' Product si: ' Tml+Tm2 t - d«lt& TmMi spr ir-iTi,Step 3 of 3: Final<上一步宴|下一步3）可 一消 | 幫助 |點(diǎn)擊產(chǎn)至豆0按鈕，完成操作。7 .畫(huà)質(zhì)粒模式圖我們常常要用到各種質(zhì)粒圖，無(wú)論是制作幻燈片，還是發(fā)表文章，常常需要質(zhì)粒圖。DN