DNAMAN的使用方法

1、DNAMANDNAMAN的使用方法笫五章DNAMAN的使用方法DNAMAN是一種常用的核酸序列分析軟件。山于它功能強大，使用方便，已成為 一種普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version為例,簡 單介紹其使用方法。打開DNAMAN,可以看到如下界面:第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個常用主菜單，如下所示:笫二欄為工具欄:如下所示：W -3： P二I -戈于;:知卡翠第三欄彳；瀏覽器欄:如下所示:_3 -仝0 畫1在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見Channel工具條，DNAMAN提供20個Channel,如左rn斗I hc w二arm ary:廠S

2、how sites on sq,wncDrv* r az traction rrapDi釧restriclioxi pattiIrkor onzynz vi tk norRestriction I Analysis命令打開對話框，如下所示:sitis pcr lmc|下一步堪）I職梢w參數(shù)說明如下:Enzyme代表（enzyme data file）,點擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個默認(rèn)選項，restrict, enz和dnamane. enz,如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict, enz數(shù)據(jù)文件包含180種限制酶，dnamane. enz數(shù)據(jù)文件 包含252

3、4種限制酶。選擇其中一個數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按 酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶名稱，則對應(yīng)的酶被選中，在右邊空口框中列出。要創(chuàng)建酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如pucl8能選擇兩個酶分析，如果共有三個以上DA時，則只能用一個酶分析。選擇所需的項LI,然后按提示操作點擊按扭，出現(xiàn)下列酶選擇對話框:下一步 輸入要保存酶列表的文件名，點擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析一段序列是否含有特定的酶切位點群。Cutter酶切識別序列長度End酶切產(chǎn)生的末端類型 其中包括，Blunt（平頭末端），5 Overhang（5T突岀粘性末端），3 Overhang（3f

4、突出粘性末端）系統(tǒng)根據(jù)cutter和end的設(shè)定情況,在左邊酶列表中顯示符合全部設(shè)定條件的 酶。 最后，點擊按鈕執(zhí)行操作。I完成4 （DNA序列比對分析（Dot Matrix Comparision）要比較兩個序列，可以使用DYAMAN提供的序列比對1：具Dot MatrixComparision（點矩陣比較）通過Sequense Dot matrix comparision命令打開比對界面，如下圖：Options點擊對比界面左上角的按鈕，出現(xiàn)下列對話框:multiple cloning sites）,然后點擊按鈕出現(xiàn)下列對話框:Sive lx siOK參數(shù)說明如下：Sequence type

5、丿了;列類型Sequence 1參加比對的第一序列選擇框，框內(nèi)選項說明如下:如果要比對的序 列在Channe 1中，點擊下拉箭頭，選擇相應(yīng)的Channel,則被選中的Channel中的 序列作為參加比對的第一序列；也可以從文件夾中選擇參加比對的序列，在File選 擇框上點擊即可。通過Length選擇參加比對的序列片段。Sequence 2參加比對的笫二序列選擇框;選項說明同上Show Sequence選擇此項，當(dāng)同源性大于設(shè)定值時，將顯示同源性；（此功能未 見）Annotations是否顯示批注Comparision比對參數(shù)， 其中Window代表Window size（單位比對長度） ，Mi

6、smatch代表Mismatch size（單位比對長度中許可的錯配值），如果在單位比對長 度中，錯配值小于Mismatch中設(shè)定的值，則劃出一個點。注意,Mismatch值必須 小于Window size值的1/2。如果兩個序列相同的區(qū)域較長，在結(jié)果中，則可顯示 為一條線。要快速比對，需將Mismatch值設(shè)為0。Both stran代表Both strand（雙鏈比對）選擇此項，是指用Sequence 2中的序列的正鏈和負(fù)鏈分別和Sequence 1比較。Sequence 2正鏈與Sequence1比較結(jié)果用黑色點表示，Sequence 2負(fù)鏈比對結(jié)果用紅色點表示。Plot box點陣圖表

7、顯示參數(shù)，可以分別對Position（坐標(biāo)起點）,Width（寬度值）Height （高度值）Frame size（邊框線粗度值）Dot size（點粗度值）Gridline（網(wǎng)格線）這些參數(shù)進(jìn)行設(shè)定。設(shè)定好所有參數(shù)后，點擊按鈕執(zhí)行操作。結(jié)果如下:如果想對局部區(qū)域仔細(xì)觀察，可以脫動鼠標(biāo)左鍵，框住結(jié)果圖中某一部分，松 開鼠標(biāo)即可看到局部放大的圖像。雙擊鼠標(biāo)可恢復(fù)原來結(jié)果。5（序列同源性分析（1）兩序列同源性分析通過Sequence Two Sequence Alignment命令打開對話框，如下所示:參數(shù)說明如下:Best alignment of dsDNA當(dāng)參與比對序列是DA時，可以根據(jù)需要

8、選中此 項，則軟件將用第一個序列同第二個序列的正負(fù)鏈分別進(jìn)行比較，以得分較高的那 條鏈作為比對的結(jié)果。Alignment method比對方法，有四種方法可以選擇，-勺選 擇Quick比對方法時，有兩個參數(shù)可以設(shè)置，K-tuple值和Gap (Gap penalty)值。增加K-tuple值會降低比對靈敬度，但會稍微加快比對速度。對于DA序列，K-tuple值可選范圍17,默認(rèn)值是4;對于蛋白質(zhì)序列，K-tuple值可選范圍1 3,默認(rèn)值為2。當(dāng)選擇Smith&Waterman (Dynamic alignment)比對方法時，有兩 個參數(shù)Gap open (Gap openpendl

9、ty缺口 罰分)和Gap (gap extension penalty缺 口延伸罰分)可以設(shè)定(2)多序列同源性分析通過打開Sequence Multiple Sequence Alignment命令打開對話框，如下所示:ft Hies：4十14邛-步 | 取消 |參數(shù)說明如下：File從文件中選擇參加比對的序列Folder從文件夾中選擇參加比對的序列Channel從channel中選擇參加比對的丿了列Dbase從數(shù)據(jù)庫中選擇參加比對的序列Remove清除選擇的序列（鼠標(biāo)點擊左邊顯示框中的序列名選擇）Clear清除全部序列下一步 |點擊按鈕，出現(xiàn)方法選擇對話框:Methodilex：2Sj-u

10、encis 2FolderP&eDI I戶DbaseG DNA廣 TrUinft Hies：Try both stranis fv* Run. in backgri)un Shx progress上一步 下一步國）勺 職消選擇其中一種方法，點擊按鈕，出現(xiàn)下列對話框:Optimal Aligwnenit? Full Ali gwhsECFrofile Aligsmeiitr* New SquicA on ProfileFaiSt AlignmentOupxii or der(* Input( kligiUbdTranslation rorcrPairwise Alignment&

11、 紡山*Ji砂CBynanic Alignnent如果在前一對話框選擇的是Fast alignment,則在此對話框中選擇Quickalignment,否則選擇Dynamic alignment即可。其它參數(shù)不必改變，點擊對話框中間的使其它參數(shù)取原始默認(rèn)值。點擊按鈕，出現(xiàn)下列對話框:10DMA transition|0-55Protein Weight|BLOSUII勺恥自IDefault Par meters|下一步 ”No. 5f TopWinder SizeQui ck AllgfwfthiGfPenaltyK-ivplftter5Iynie Kliennant 5pOpen Penal

12、ty %jExtexisi oxi完成I點擊對話框中間的，然后點擊執(zhí)行操作。結(jié)果如下所示:DefaultParameters5 叫呷叫出沔呷巴空叩弘肘肝點呻w-MiiniHM HUHiiaiIlflllS1，r 1 r L i 6 * e r點擊左上角按鈕，可以從彈岀的對話框中選擇不同的結(jié)果顯示特性選項。點擊按鈕下的按鈕，岀現(xiàn)下列選擇項:可以通過這些選項，繪制同源關(guān)系圖(例如Tree homology tree命令)。顯示 蛋口質(zhì)OptionsOutputOptionsSequence FibTreegraphic (MF) WeBe5tricticn Analysisinfjjin.5ond

13、sr7 amctu r? M洽opkhicJlyHnphRe-Align AN SequencesTrEfiimbwEf Pfpr.miwm刪wnwHonwbgy沁istance tutricestlcxwlogy Tree抄5購屈HJGHSJHCAA二級結(jié)構(gòu)(Protein Secondary Structure命令)，繪制限制性酶切圖(RestrictionAnalysis命令)等。同源關(guān)系圖舉例如下:(Tree Homology Tree命 令)6. PCR引物設(shè)計首先，將口標(biāo)DA片段裝入Channel,并激活Channel。點擊主菜單欄中的Primer主菜單，出現(xiàn)下拉菜單，如下所示:點

14、擊Design PCR Primers for DA命令，岀現(xiàn)下列對話框:遛D(zhuǎn)NAMAN - eampleFile Edit Sequence Restriction primer Protein Database Info View23匪Sign PCR Primers forLoad PrimerT?f|iperah.ir55elF-carn 卩怕 mwn 歸門 rydmpfemehtority Alith DfJATwo Primer Gomplement-arity：| = example.dmpWIsfirlfning參數(shù)說明如下：Primer locations on target

15、弓I物定位其中包括下列選項：Product size（擴增LI的片段大?。㏒ense primer（正向引物選擇區(qū)）Antisense primer（反向引物選擇區(qū)）Primer引物特性 包括Length（引物長度），Tm值,GC含量等參數(shù)；Reject primer引物過濾（將符合引物過濾條件的引物過濾掉）包括下列選項：3* dimer（可形成3端自我互補的堿基數(shù)）Hairpin stem（可形成發(fā)卡頸環(huán)結(jié)構(gòu)的堿基數(shù)）PolyN（多聚堿基）3,Uique（3端嚴(yán)格配對堿基數(shù)）Primer-Primer（含義未知）All matches（引物互補配對口分?jǐn)?shù)）Consentrations濃度設(shè)定

16、Product for hybridyzat （ion） PCR產(chǎn)物用于Southern Blot探針雜交 點擊 按鈕，出現(xiàn)下列對話框：存步期麥|Hep. 2 of 3: ftcfincmenlondpair rlcction!Vispr :rt)3iz on -torgat soqv6ncCu I5o( Bo restrictioJeep primers, vith. restrict!o I廣X *Fvilkoul rRtrict I選擇需要的選項，點擊按鈕，岀現(xiàn)：Step 3 of 3: Final上一步)1下一步 | 取消 | 曙助 |點擊按鈕，完成操作。7(畫質(zhì)粒模式圖我們常常要用到

17、各種質(zhì)粒圖， 無論是制作幻燈片，還是發(fā)表文章，常常需要質(zhì) 粒圖。DNAMAN提供強大的繪質(zhì)粒圖功能，能滿足我們的需要。通過16910&6452幻2473508S細(xì)職_TTG ACGkGGGCTTT ACTG CC TGACGAGGrCTTTACrGCCA TTCTATGTTOCTC ACCTC GCC CTGTGACCTCCCTCAA1TGC AT?TWCTG ATTWAT TCTTGTGGGT&JTTTGGJITGCTCTTCTTACACTGTTGC TGCTOCC zJ47047145249449549621CATTTCAGGCAGGTACAGC GCkTTTCjlGGCA

18、GGTCACAGAGAGCATCCAATCACCCAC A 1AJLAG AGCJLTCCAXTCACCC ACC3GAGCATCCUTCMCCA TCAAAC貝GCJLTCC人ATC人CCC CAGCAGCiACAGTGTAAGC G2d電消 |7 piiri Grdej金FcjutaoFroduct *i廠7mH7nZdella 7ntl*jrurinfRestriction Draw map命令打開質(zhì)粒繪圖界面：KrhnnMt1_j將鼠標(biāo)移動到圓圈上，等鼠標(biāo)變形成“嚴(yán)時，單擊鼠標(biāo)左鍵，岀現(xiàn)如下菜單:Cut FragmentRemove FragmentFrame Thickness菜單說明如下：Position當(dāng)前位置Add Site添加酶切位點Add Element添加要素Add Text添加文字Insert Fragment插入片斷Copy Fragment復(fù)制片斷Cut Fragment剪切片斷Remove Fragment清除片斷Frame Thickness邊框線粗細(xì)調(diào)節(jié) 點擊Add Site選項，岀現(xiàn)如下對話框:參數(shù)說明如下：Name要添加的酶切位點的名稱（例如HindHI）Position位置（以堿基數(shù)表示）點擊Add Element選項，出現(xiàn)如下對話框：參數(shù)說明如下：Type要素類型