3500遺傳測(cè)序儀介紹

1、1Life Technologies Proprietary |3500/xl遺傳測(cè)序儀介紹遺傳測(cè)序儀介紹肖懷東 Field Application ScientistTel: 400 820 8982 / 800 820 8982E-mail: CNAPM2Life Technologies Proprietary |AB遺傳遺傳分析分析儀發(fā)展歷史儀發(fā)展歷史370 373 3773100(A) , 3130（xl）3103730(xl)平板膠電泳平板膠電泳毛細(xì)管電泳毛細(xì)管電泳3500 , 3500（xl）3Life Technologies Proprietary |1986年 370型全世

2、界第一臺(tái)基因分析儀1991年 373型基因分析儀1995年 377 型基因分析儀，光柵+CCD1996年 310型毛細(xì)管基因分析儀,全世界第一臺(tái)毛細(xì)管分析儀1997年 377-96基因分析儀1998年 3700型96道毛細(xì)管基因分析儀 2000年 3100 16道毛細(xì)管基因分析儀2002年 3100 Avant 4道毛細(xì)管基因分析儀2002年 3730 48道毛細(xì)管基因分析儀 3730 xl 96道毛細(xì)管基因分析儀2004年 3130 4道毛細(xì)管基因分析儀 3130 xl 16道毛細(xì)管基因分析儀2007年10月 新一代超高通量序列分析儀SOLID2009年 3500系列毛細(xì)管基因分析儀2010

3、年 第三代測(cè)序儀Ion Torrent4Life Technologies Proprietary |主要內(nèi)容測(cè)序儀工作原理儀器的結(jié)構(gòu)及DC軟件應(yīng)用5Life Technologies Proprietary |測(cè)序儀工作原理測(cè)序儀工作原理6Life Technologies Proprietary |電進(jìn)樣DNA在堿性環(huán)境下帶負(fù)電荷帶負(fù)電荷的DNA在強(qiáng)電場(chǎng)作用下進(jìn)入毛細(xì)管15 kv儀器工作原理儀器工作原理電進(jìn)樣電進(jìn)樣TRIVIA:電進(jìn)樣意味著什么電進(jìn)樣意味著什么?只有帶電分子能夠進(jìn)入毛細(xì)管.7Life Technologies Proprietary |+儀器工作原理-通過(guò)毛細(xì)管電泳分離DN

4、A片段H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+負(fù)極負(fù)極正極正極TRIVIA: 什么樣的片段泳動(dòng)的更快? -儀器能夠區(qū)分帶電的DNA和其他帶電分子嗎?小片段小片段不不8Life Technologies Proprietary |儀器工作原理儀器工作原理 -熒光標(biāo)記的熒光標(biāo)記的DNA片段在檢測(cè)窗口被檢測(cè)片段在檢測(cè)窗口被檢測(cè)雙向激發(fā)9Life Technologies Proprietary |儀器工作原理儀器工作原理 -激發(fā)出的熒光由于波長(zhǎng)不同而被分離，并被CCD相機(jī)收集TRIVIA: 什么是什么是CCD?Charged Coupled Device電荷耦合器件 CCD 相機(jī)收集波長(zhǎng)范圍520n

5、m到650nm（發(fā)射波長(zhǎng)） 虛擬的光柵設(shè)置 氬離子激光，激發(fā)波長(zhǎng)488nm，514nm. 10Life Technologies Proprietary |儀器工作原理儀器工作原理熒光標(biāo)記的DNA在電場(chǎng)中由負(fù)極向正極移動(dòng),依次通過(guò)激光檢測(cè)區(qū),小片段在前,大片段在后激光束在檢測(cè)窗口同時(shí)激發(fā)16/4根毛細(xì)管,熒光分子被激發(fā),產(chǎn)生熒光信號(hào)發(fā)射的熒光信號(hào)被CCD相機(jī)收集軟件將光學(xué)信號(hào)轉(zhuǎn)化為電信號(hào)Laser Energy :CCDElectrophoresis+-dye11Life Technologies Proprietary |毛細(xì)管空間定位毛細(xì)管空間定位(Spatial Calibration)

6、u什么是空間定位？什么是空間定位？ 空間定位將標(biāo)記出每道毛細(xì)管空間定位將標(biāo)記出每道毛細(xì)管在在CCD上的對(duì)應(yīng)位置，使信號(hào)上的對(duì)應(yīng)位置，使信號(hào)收集軟件收集軟件(Data Collection)能夠能夠找到它們找到它們。12Life Technologies Proprietary |什么時(shí)候要做空間定位什么時(shí)候要做空間定位? 毛細(xì)管安裝完成后,包括重新安裝用過(guò)的舊毛細(xì)管 移動(dòng)或調(diào)節(jié)了毛細(xì)管檢測(cè)窗口的位置 儀器移動(dòng)后 作為儀器日常維護(hù)的一部分怎么做怎么做? ?當(dāng)儀器正常啟動(dòng)，毛細(xì)管已經(jīng)安裝在儀器上，儀器上的相應(yīng)位置已經(jīng)放置了膠、緩沖液和水；進(jìn)入Data Collection軟件，點(diǎn)擊窗口左邊的Spa

7、tial Run Scheduler進(jìn)入空間定位頁(yè)面；在左下角Protocol中選擇一種運(yùn)行模式，有不灌膠和灌膠兩種模式 毛細(xì)管空間定位毛細(xì)管空間定位(Spatial Calibration)13Life Technologies Proprietary |指標(biāo): 峰高大致相同 峰型尖銳、左右對(duì)稱 橙色十字在峰頂端 間距:13 - 16空間定位空間定位結(jié)果評(píng)估結(jié)果評(píng)估14Life Technologies Proprietary |Click to save the calibration data to the database空間定位空間定位結(jié)果評(píng)估結(jié)果評(píng)估15Life Technolog

8、ies Proprietary |Click for any failed calibration空間定位空間定位結(jié)果評(píng)估結(jié)果評(píng)估16Life Technologies Proprietary |如果空間定位失敗怎么辦如果空間定位失敗怎么辦?重復(fù)做一次空間定位若無(wú)效，觀察系統(tǒng)中有無(wú)氣泡，去除氣泡后再定位若無(wú)效，重新安裝毛細(xì)管的檢測(cè)窗口，進(jìn)行空間定位若無(wú)效，取下毛細(xì)管，用槍吸取無(wú)水甲醇沖洗毛細(xì)管檢測(cè)窗口上的凹槽，待甲醇晾干后將毛細(xì)管裝回，進(jìn)行空間定位空間定位空間定位結(jié)果評(píng)估結(jié)果評(píng)估17Life Technologies Proprietary |問(wèn)題問(wèn)題可能的原因可能的原因改進(jìn)措施改進(jìn)措施雜信號(hào)

9、雜信號(hào)檢測(cè)窗口臟檢測(cè)窗口臟毛細(xì)管位置不恰當(dāng)毛細(xì)管位置不恰當(dāng)清潔檢測(cè)窗口清潔檢測(cè)窗口重裝毛細(xì)管重裝毛細(xì)管間距不好間距不好檢測(cè)窗口臟檢測(cè)窗口臟清潔檢測(cè)窗口清潔檢測(cè)窗口沒(méi)有峰圖沒(méi)有峰圖毛細(xì)管里沒(méi)有膠毛細(xì)管里沒(méi)有膠灌膠灌膠肩膀峰肩膀峰檢測(cè)窗口臟檢測(cè)窗口臟清潔檢測(cè)窗口清潔檢測(cè)窗口空間定位空間定位故障排除故障排除18Life Technologies Proprietary | 讓機(jī)器認(rèn)識(shí)純熒光。 每個(gè)染料都有自己的最大發(fā)射波長(zhǎng)，但是不同染料之間有相互重疊的部分，重疊的部分通過(guò)光譜校正來(lái)識(shí)別。光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)目的目的19Life Technologies Proprietary |光譜重疊結(jié)果:光譜校正后

10、光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)目的目的20Life Technologies Proprietary |多重顏色檢測(cè)光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)目的目的21Life Technologies Proprietary |什么時(shí)候做?使用新的染料組合 調(diào)整過(guò)儀器的光路系統(tǒng)不同顏色的熒光間出現(xiàn)干擾(有拔起或下壓峰) 參數(shù)改變(如毛細(xì)管長(zhǎng)度改變)作為每年一次的日常維護(hù)怎么做?按照試劑盒說(shuō)明書(shū)配制Matrix,對(duì)于8道或者24道的儀器,分別加第一個(gè)run的孔,每個(gè)孔加10l配置好的混合物.在Data Collection窗口中操作光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)22Life Technologies Proprietary |概要概要儀器結(jié)構(gòu)儀

11、器耗材儀器開(kāi)機(jī)樣品檢測(cè)流程及DC軟件介紹儀器關(guān)機(jī)23Life Technologies Proprietary |電源開(kāi)關(guān)自動(dòng)進(jìn)樣器按紐內(nèi)部照明燈開(kāi)關(guān)狀態(tài)燈儀器結(jié)構(gòu)儀器結(jié)構(gòu)外觀外觀網(wǎng)絡(luò)插口斷路開(kāi)關(guān)電源插頭24Life Technologies Proprietary |寬度：61cm深度：61cm高度：72cm重量：82kg 3500/3500 xl基因分析基因分析儀儀3130/3130 xl基因分析基因分析儀儀 寬度：74cm 深度：54.8cm 高度：81cm 重量：130kg 總總體體積積3500是是3130系列的系列的82% （減少了（減少了18%） ） 總總重量重量3500是是313

12、0系列的系列的63% （減少了（減少了37%） ）儀器結(jié)構(gòu)儀器結(jié)構(gòu)25Life Technologies Proprietary |通量增加通量增加特征特征/ /功能功能 低通量低通量 高通量高通量 中通量中通量 最大最大樣樣品品處處理數(shù)理數(shù)/ /天天方便性方便性應(yīng)應(yīng) 用用可靠性可靠性性性 能能 3730 3100310高高低低3130 xl31304896384191426763100Avant192762115235003500 xL26Life Technologies Proprietary |膠塊區(qū)膠塊區(qū) (Gel block region） ）檢測(cè)區(qū)檢測(cè)區(qū) (Detection r

13、egion） ）自自動(dòng)進(jìn)樣動(dòng)進(jìn)樣區(qū)區(qū)(Autosampler region） ）27Life Technologies Proprietary |膠塊區(qū)膠塊區(qū) (Gel block region） ）膠袋膠袋 28Life Technologies Proprietary |膠袋膠袋 毛細(xì)管陣列毛細(xì)管陣列爐子爐子Oven檢測(cè)窗口檢測(cè)窗口電極電極electrodeselectrodes自動(dòng)進(jìn)樣器自動(dòng)進(jìn)樣器Autosampler陽(yáng)極陽(yáng)極bufferABCbufferABC陰極陰極buffer CBCbuffer CBC樣品托盤(pán)樣品托盤(pán)Sample tray風(fēng)扇風(fēng)扇Fan29Life Technol

14、ogies Proprietary |CBC 陰極緩沖液槽陰極緩沖液槽ABC 陽(yáng)極緩沖液槽陽(yáng)極緩沖液槽POP膠袋膠袋毛細(xì)管陣列毛細(xì)管陣列儀器耗材儀器耗材30Life Technologies Proprietary |易于安裝的毛細(xì)管結(jié)構(gòu)易于安裝的鎖定裝置易于存儲(chǔ)過(guò)期日期 內(nèi)壁無(wú)涂層 50 m 內(nèi)徑 160 runs儀器耗材儀器耗材毛細(xì)管毛細(xì)管31Life Technologies Proprietary |儀器耗材儀器耗材毛細(xì)管毛細(xì)管32Life Technologies Proprietary |儀器耗材儀器耗材膠膠Additional “free” volume to enable in

15、stallation, wizards and proper pouch functionality (and may be left over at the end)Standard volumeFor running 960 or 384 samplesProvides:- Ease of use- Quality- Predictable cost per sample33Life Technologies Proprietary | 保存在冰箱冷藏室的中央 使用前，放置在室溫下 1 hour 在儀器上可放置1周 不同儀器之間的膠袋不要交換使用， 膠袋中的膠包括安裝和安裝后維護(hù)使用的部分

16、，如排氣泡. 過(guò)量的維護(hù)操作會(huì)影響到跑樣品使用的數(shù)量?jī)x器耗材儀器耗材膠的保存膠的保存34Life Technologies Proprietary |Pull Lever DownPull Lever Up儀器耗材儀器耗材膠的安裝膠的安裝35Life Technologies Proprietary |儀器耗材儀器耗材緩沖液緩沖液36Life Technologies Proprietary |On instrument:Two unique SeptasBufferWashWaste 一體化緩沖杯 迷宮般設(shè)計(jì)分離洗滌池和廢液池 確保緩沖液達(dá)到Fill line 兩種獨(dú)立的膠墊Septa (a

17、vailable in CBC septa kit)，注意膠墊安裝 注意緩沖液放置的位置 在儀器上放置有效期7天 存儲(chǔ)在冰箱冷藏，使用前恢復(fù)室溫儀器耗材儀器耗材陰極緩沖液陰極緩沖液37Life Technologies Proprietary | 預(yù)裝好的1 x running buffer 1個(gè)包裝4個(gè) 易于安裝 放置在儀器上的有效使用期限為7天 安裝前確保溢杯中的緩沖液都流到主腔中 確保主腔中的緩沖液達(dá)到Fill line 存儲(chǔ)在冰箱冷藏，使用前使之恢復(fù)室溫Removable sealOverflow chamber儀器耗材儀器耗材陽(yáng)極緩沖液陽(yáng)極緩沖液38Life Technologies

18、 Proprietary | 用途填充膠泵換膠時(shí)沖洗膠泵使用儀器長(zhǎng)期關(guān)機(jī)時(shí)使用 可供一次使用，足量?jī)x器耗材儀器耗材Conditioning ReagentConditioning Reagent39Life Technologies Proprietary |耗材在儀器上的放置有效期耗材在儀器上的放置有效期On-instrumentRFID tracked limitsConsumableShelf life (new) Life Sample UsageHard stop (cannot exceed)Warning(optionto proceed)POP Polymers - 960 s

19、ample sizeExpiry dateon label7 daysLower of 960 samplesOr 50 injections (24 cap)Or 120 injections (8 cap)Shelf life expiry,（DC2.0解除）Samples, injections7 day limit- 384 sample sizeExpiry date on label7 daysLower of 384 samplesOr 20 injections(24 cap)Or 60 injections (8 cap)Shelf life expiry（DC2.0解除）,

20、 Samples, injections7 day limitArraysExpiry dateon labelNA160 injections warrantyNoneShelf life expiry,160 injectionslimitBuffers (CBC &ABC)Expiry dateon label7 days50 injections (24 cap) or120 injections (8 cap)Shelf life, （DC2.0解除） On-instrumentNoneConditioning ReagentExpiry dateon label24 hou

21、rsSingle useShelf life expiry（DC2.0解除）24 hr limit40Life Technologies Proprietary |儀器開(kāi)機(jī)儀器開(kāi)機(jī)打開(kāi)電腦，至打開(kāi)電腦，至Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del界面界面開(kāi)啟儀器，等待綠燈長(zhǎng)亮開(kāi)啟儀器，等待綠燈長(zhǎng)亮Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del，點(diǎn)擊，點(diǎn)擊AdministratorAdministrator，輸入密碼，輸入密碼AdministratorAdministrator電腦自動(dòng)開(kāi)啟電腦自動(dòng)開(kāi)啟DaemonDaemon（DC2.0DC2.0隱藏）和隱藏）和打打開(kāi)電腦開(kāi)電腦打開(kāi)收集軟

22、件（打開(kāi)收集軟件（ Data Collection ）41Life Technologies Proprietary |快捷操作鍵快捷操作鍵耗材儀表盤(pán)耗材儀表盤(pán)耗材量和有效期耗材量和有效期耗材詳細(xì)信息耗材詳細(xì)信息儀器運(yùn)行狀態(tài)及預(yù)熱鍵儀器運(yùn)行狀態(tài)及預(yù)熱鍵維護(hù)提示維護(hù)提示儀器開(kāi)機(jī)儀器開(kāi)機(jī)42Life Technologies Proprietary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程 實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備：檢查耗材和儀器 設(shè)置/導(dǎo)入板子命名板子編板，完成信息選填 配制上樣試劑和樣品 鏈接樣品盤(pán) 運(yùn)行過(guò)程中的質(zhì)控Preview runMonitor runReview results43Life Technologi

23、es Proprietary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備1. 準(zhǔn)備儀器 耗材有沒(méi)有過(guò)期 足夠的buffer（在fill line上）2. 預(yù)熱爐溫 3. 查看儀器狀態(tài) 膠泵及通路中有沒(méi)有氣泡 有無(wú)膠泄漏和析出的殘膠44Life Technologies Proprietary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程創(chuàng)建電泳板創(chuàng)建電泳板45Life Technologies Proprietary |Plate Properties界面中給板命名46Life Technologies Proprietary |Plate Contents界面中完成板內(nèi)信息47Life Technolog

24、ies Proprietary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程鏈接樣品盤(pán)鏈接樣品盤(pán)48Life Technologies Proprietary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程核查和編輯進(jìn)樣順序表核查和編輯進(jìn)樣順序表49Life Technologies Proprietary |Injection DetailsSample DetailsRaw Data Display樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)50Life Technologies Proprietary |結(jié)果可能有問(wèn)題哦結(jié)果可能有問(wèn)題哦樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)51Life Technologies Proprie

25、tary |樣品檢測(cè)流程樣品檢測(cè)流程查看電泳結(jié)果查看電泳結(jié)果View View FragementFragement/HID Results/HID Results52Life Technologies Proprietary |儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)在哪里找在哪里找53Life Technologies Proprietary |空間定位Perform QC Checks . 儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)空間定位空間定位54Life Technologies Proprietary |儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)空間定位結(jié)果空間定位結(jié)果55Life Technologies Proprietary |步驟：步驟： 配制光

26、譜校正標(biāo)準(zhǔn)品：置于加樣板第一個(gè)配制光譜校正標(biāo)準(zhǔn)品：置于加樣板第一個(gè)RunRun（非常重要?。ǚ浅Ｖ匾。?上機(jī)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品：填寫(xiě)幾個(gè)電泳參數(shù)上機(jī)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品：填寫(xiě)幾個(gè)電泳參數(shù) 對(duì)結(jié)果接受對(duì)結(jié)果接受oror拒絕拒絕儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)56Life Technologies Proprietary |儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)57Life Technologies Proprietary |儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)結(jié)果光譜校準(zhǔn)結(jié)果58Life Technologies Proprietary |儀器校準(zhǔn)儀器校準(zhǔn)光譜校準(zhǔn)結(jié)果光譜校準(zhǔn)結(jié)果59Life Technologies Prop

27、rietary |DatacollectionDatacollection Software Software參數(shù)設(shè)置參數(shù)設(shè)置60Life Technologies Proprietary |參數(shù)設(shè)置參數(shù)設(shè)置LibraryLibrary是什么？是什么？61Life Technologies Proprietary | 包括以下管理設(shè)置: Plates Assays File Naming ConventionResults Group 不同的標(biāo)志: 出廠設(shè)置不能編輯/不能刪除 模板 鎖定 可以基于出廠設(shè)置、模板和鎖定的文件，點(diǎn)擊 DuplicateDuplicate, 編輯復(fù)制版then ed

28、it the copy參數(shù)設(shè)置參數(shù)設(shè)置LibraryLibrary是什么？是什么？62Life Technologies Proprietary | 預(yù)置了HID相關(guān)文件:Instrument ProtocolsDye SetsSize StandardsQC ProtocolsHID Analysis Protocols 用戶可以自己創(chuàng)建對(duì)應(yīng)的分析文件參數(shù)設(shè)置參數(shù)設(shè)置LibraryLibrary是什么？是什么？63Life Technologies Proprietary |Result group library Results Group Name Assay Name Injectio

29、n Number IP Name (instrument protocol) Logged-in User Name PA Protocol Name (primary analysis) Plate Name Prefix Start Instrument Run Date/time Stamp Suffix如何創(chuàng)建如何創(chuàng)建Result Group 64Life Technologies Proprietary |舉例65Life Technologies Proprietary |Result Group Defaults Example 2 The factory-provided results group creates a fold