三種分析蛋白結(jié)構(gòu)域Domains的方法

1、三種分析蛋白結(jié)構(gòu)域(Domains)的方法三種分析蛋白結(jié)構(gòu)域(Domains)的方法1，SMART入門，蛋白結(jié)構(gòu)和功能分析 SMART介紹SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular a

2、nd chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic

3、 information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART.SMART()， 可以說是蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和功能分析的工具集合。簡(jiǎn)單點(diǎn)說，就是集合了一些工具，可以預(yù)測(cè)蛋白的一些二級(jí)結(jié)構(gòu)

4、。如跨膜區(qū)（Transmembrane segments），復(fù)合螺旋區(qū)（coiled coil regions），信號(hào)肽（Signal peptides），蛋白結(jié)構(gòu)域（PFAM domains）等。SMART前該知道的1，SMART有兩種不同的模式：normal 或genomic主要是用的數(shù)據(jù)庫不一樣。Normal SMART, 用的數(shù)據(jù)庫 Swiss-Prot, SP-TrEMBL 和 stable Ensembl proteomes。Genomic SMART, 用全基因組序列。詳細(xì)列表：2，一些名詞解釋SMART進(jìn)行時(shí)可以直接用各個(gè)數(shù)據(jù)庫蛋白的ID。如Uniprot/EnsemblID

5、/ Accession number (ACC)?；蚴侵苯拥鞍仔蛄小＿\(yùn)行SMART也可選擇signal peptides、PFAM domains等的預(yù)測(cè)，勾上就是。看下圖SMART結(jié)果運(yùn)行后的結(jié)果用圖表表示。其實(shí)運(yùn)行后的結(jié)果都有明確的解釋。詳細(xì)請(qǐng)看下面。不同結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)由不同的工具完成。如果你想了解更多，可訪問去該工具的網(wǎng)站。 跨膜區(qū)（Transmembrane segments）, TMHMM2 program 。(用 表示 ) 復(fù)合螺旋區(qū)（coiled coil regions），Coils2 program。( 用 表示) 信號(hào)肽（Signal peptides），SignalP pro

6、gram。( ) 蛋白結(jié)構(gòu)域（PFAM），PFAM。等等。不止這幾個(gè)的。其它不一一列舉。因?yàn)槎际窃敿?xì)的說明。點(diǎn)擊圖標(biāo)鏈接，就能看到該區(qū)域的序列，或是一些詳細(xì)的描述。如上圖的跨膜區(qū)，點(diǎn)擊進(jìn)去就是該跨膜區(qū)從開始到結(jié)束的序列。 另外，不一定所有預(yù)測(cè)的區(qū)域都會(huì)用在圖示里看到。一般SMART的顯示順序是SMART PFAM PROSPERO repeats Signal peptide Transmembrane Coiled coil Unstructured regions Low complexity。另外其它不用圖解顯示的區(qū)域，在底下的表格也有詳細(xì)說明。2，Sanger的Pfam數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：目前

7、的版本：Pfam 23.0 (July 2008, 10340 families)The Pfam database is a large collection of protein families, each represented by multiple sequence alignments and hidden Markov models (HMMs).3，NCBI的CDD（Conserved Domain Database）數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. NCBIs Conserved Domain Database is a collection of multiple sequen