蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫應(yīng)用swissport和PPD

1、摘 要 本文對SWISS-PROT和PDB兩個數(shù)據(jù)庫進行了簡要介紹以及如何進行序列的單個下載和批量下載進行了說明。關(guān)鍵詞：SWISS-PROT PDB 下載ABSTRACT In this paper,I make a brief introduction about SWISS-PROT and PDB and how to make a single download and batch download about sequence.Key words：SWISS-PROT PDB download摘 要1ABSTRACT2一 Swiss-Port的使用方法41.1網(wǎng)站簡介41.2數(shù)據(jù)下

2、載：5二 PDB的使用方法52.1網(wǎng)站簡介52.2數(shù)據(jù)下載9一 Swiss-Port的使用方法SWISS-PROT是經(jīng)過注釋的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，由歐洲生物信息學(xué)研究所(EBI)維護。數(shù)據(jù)庫由蛋白質(zhì)序列條目構(gòu)成，每個條目包含蛋白質(zhì)序列、引用文獻信息、分類學(xué)信息、注釋等，注釋中包括蛋白質(zhì)的功能、轉(zhuǎn)錄后修飾、特殊位點和區(qū)域、二級結(jié)構(gòu)、四級結(jié)構(gòu)、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關(guān)系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個數(shù)據(jù)建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質(zhì)序列庫和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)庫等。利用序列提取系統(tǒng)(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其

3、它EBI的數(shù)據(jù)庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質(zhì)序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。Swiss-Port的網(wǎng)址為。1.1網(wǎng)站簡介 打開網(wǎng)站后可以找到如下所示部分：在處可以查詢序列。點擊后會有如下界面：在輸入?yún)^(qū)輸入序列：MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG，點擊按鈕可以進行查找（查找時還可以在其下方進行一系列的篩選條件控制）。查詢后會看到如下界面，在這里可以看到你進行查詢的時間，查詢所用時間，查找到的相關(guān)序列的數(shù)目以及相似度和其他相關(guān)信息。1.2數(shù)據(jù)下載： 沒有

4、找到數(shù)據(jù)下載的信息。二 PDB的使用方法PDB是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的英文簡稱。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質(zhì)、核酸和糖)三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫,是通過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質(zhì)、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。隨著晶體衍射技術(shù)的不斷改進,結(jié)構(gòu)測定的速度和精度也逐步提高。90年代以來,隨著多維核磁共振溶液構(gòu)象測定方法的成熟,使那些難以結(jié)晶的蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)測定成為可能。蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)量迅速上升。據(jù)2000年5月統(tǒng)計，PDB數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)存放了1萬2千多套原子坐標(biāo),其中大部分為蛋白質(zhì)，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復(fù)合物以及少量

5、多糖分子。近年來,核酸三維結(jié)構(gòu)測定進展迅速。PDB數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)收集了800多套核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 PDB數(shù)據(jù)庫允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進行檢索，可檢索的字段包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、分辨率、來源、入庫時間、分子式、參考文獻、生物來源等項。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標(biāo)、三維圖形、VAML等,并能從一系列指針連接到與PDB有關(guān)的數(shù)據(jù)庫，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通過FTP下載PDB數(shù)據(jù)。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應(yīng)用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興

6、趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經(jīng)驗和發(fā)布新聞的空間。在PDB的服務(wù)器上還提供與結(jié)構(gòu)生物學(xué)相關(guān)的多種免費軟件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。其網(wǎng)址為。2.1網(wǎng)站簡介打開主頁后可以找到下圖所示部位：單擊進入下圖界面：在“Sequence”出輸入如下序列：MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG單擊可以再不查看結(jié)果得情況下知道有多少個相似序列。單擊進行搜索，查看結(jié)果。找到結(jié)果中的一個序列如圖，打開。此時我們會看到下圖的結(jié)果：標(biāo)題欄

7、的內(nèi)容依次為：摘要、序列、注釋、序列相似性、3D相似性、文獻、生物及化學(xué)報告、方法、幾何結(jié)構(gòu)、鏈接。（1）Summary包含有Primary Citation（主引）、Molecular Description（分子描述）、Source（來源）、External Domain Annotations （外部與注解，該部分只要在可以找到的情況下才會顯示）幾部分。在右側(cè)會看到下圖，這是該序列的立體結(jié)構(gòu)，點擊圖片可以查看詳細信息。在其上方會看到下面的下載項目，在此處可以進行下載。（2）Sequence包含有注解、偏好性、參考文獻。在注解上方可以一看到這樣的部分：點擊FASTA可以下載該序列，點擊Sequence&DSSP可以查看二級結(jié)構(gòu)與氨基酸序列的對應(yīng)關(guān)系，點擊Image可以查看二級結(jié)構(gòu)圖片。（3）Annotation包含有其他數(shù)據(jù)庫的相關(guān)數(shù)據(jù)。（4）Seq.Similaarity序列的相似度。（5）3D Similarity3D結(jié)構(gòu)相似性。（6）Literature相關(guān)的文獻信息在這里可以找到。（7）Biol.&